The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
186
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structure length |
171
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Chain Sequence |
NSVFSGLDMLILLPYERRGTRLVVEDYRPDHIYCIGADFGNQDYSVFSVLDLDTGAIACLERMNGATWSDQVARLKALSEDYGHAYVVADTWGVGDAIAEELDAQGINYTPLPVKSSSVKEQLISNLALLMEKGQVAVPNDKTILDELRNFRYYGHDDIVMSLALAYSQYE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Viral genome packaging terminase cleaves DNA using the canonical RuvC-like two-metal catalysis mechanism.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Phage terminase large subunit
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| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Thermus phage g20c
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| total genus |
58
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| structure length |
171
|
| sequence length |
186
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5C2F A; 5C10 A; 5M1P A; 3CPE A; 4IEE A; 5C2D A; 3C6H A; 4IEI A; 5M1O A; 5C15 A; 5M1N A; 5M1F A; 4IDH A; 3C6A A; 4IFE A; 5C12 A; 5M1K A; 5M1Q A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4EZ6 A; 3DOK A; 2Q0R A; 1KFD A; 2HOE A; 4CHO A; 4CJK A; 2E1Z A; 3OJU A; 1WAJ A; 1MWM A; 1RT2 A; 2CH6 A; 3O3H A; 2NRR A; 4CJR A; 3DWL A; 2BH1 A; 4EP4 A; 1J5E K; 3MCA B; 2RKI A; 4BWM A; 4MDB A; 2P5G A; 4H5V A; 4DSL A; 2VCP A; 3R3L A; 4JI1 K; 4DSJ A; 1TV6 A; 4CJU A; 1NMN A; 1Y64 A; 1A5W A; 3CPW M; 5GAG P; 5C12 A; 3QFP A; 1U2V A; 1B92 A; 4E7L A; 1K8K A; 3WEE B; 3OVN A; 1CZ9 A; 3SJH A; 4IO9 L; 3L8B A; 3PO5 A; 4Z4C A; 2PYL A; 2BDP A; 1CZA N; 3L2R A; 1NK5 A; 1NGD A; 4YDU C; 2UXB K; 4CZH A; 4DLE A; 2KFN A; 3A5N C; 3QO9 A; 1BCO A; 2XRI A; 4CEZ A; 4MLH A; 4GV6 A; 2KW4 A; 4M63 C; 3ATV A; 3PO4 A; 3P39 A; 2GUP A; 4DTU A; 1SUQ A; 3I33 A; 1RT3 A; 2FBV A; 4B9N A; 1BA1 A; 3RMA A; 1IG8 A; 4CBX A; 2IOC A; 4KHP K; 4BRH A; 3CMA N; 5BPL A; 3VQA A; 2WOM A; 3VEY A; 3KKR A; 1C1C A; 2B4J A; 4NCG A; 4JI8 K; 3VQ7 A; 1JXE A; 3FLC O; 3QEP A; 4DQP A; 3CME N; 4RCH A; 1KAZ A; 3MAQ A; 1YJ9 N; 3E9O A; 4H0Y B; 1V4T A; 3OS1 A; 4QS8 A; 3OYF A; 3FFK B; 2BTF A; 3WQT A; 4CFA A; 1IBM K; 4CGF A; 4CIE A; 3N4Q A; 4O44 A; 5BN8 A; 4FW1 A; 4B1Z A; 3EKU A; 1SKR A; 3U4L A; 1KQS M; 2VQF K; 1ZC6 A; 3CQ8 A; 1WBB A; 1K6Y A; 2E6L A; 1VAZ A; 1VSF A; 3HT3 A; 3AVK A; 2Y1J A; 1HJO A; 3CJ9 A; 1C0T A; 2Z1J A; 5HOO A; 5AZJ A; 3OHR A; 4DUY K; 3O8M A; 4JAX A; 4BRF A; 5KTQ A; 3QEX A; 4RW4 A; 3D7E O; 1QQN A; 3VN5 A; 2V52 B; 4LFC K; 5IWA K; 5LMU K; 3G71 N; 3WT0 A; 4CGH A; 3BF1 A; 4HTL A; 2O4G A; 4B1V A; 2VYP A; 4PA1 A; 4PKH A; 3ZT2 A; 3CFR A; 5AQT A; 3JAM O; 2P5O A; 2GV9 A; 3ZX0 A; 4B1W B; 3WXI A; 2UUA K; 1LW2 A; 2HND A; 3AA4 A; 3MDQ A; 1XMQ K; 5JVH L; 4O8K A; 3AVJ A; 4FWK A; 4JD2 A; 4CFC A; 4JKE A; 3VGK A; 1SL0 A; 4FW2 A; 3VQQ A; 5E41 A; 2VWB A; 3D2E A; 1VSJ A; 1HJR A; 1C0F A; 4CE9 A; 1JL2 A; 1IKW A; 3VQP A; 3A5M C; 4FCY A; 4B3S K; 2I7N A; 1HPM A; 1EX4 A; 1KTQ A; 1TGO A; 1IO2 A; 3OYJ A; 4AM7 A; 3RWU A; 1RGI A; 1NJY A; 4B9L A; 1U47 A; 4H5R A; 3AY9 A; 3HP9 A; 3NAE A; 4FOE A; 3I0R A; 3LAL A; 1NKB A; 2NLX A; 1U48 A; 1VQ9 N; 1Z26 A; 4KTQ A; 4IKF A; 5CYM A; 5CYQ A; 3TAP A; 4AHU A; 2OTJ N; 1LWE A; 3ID6 A; 2P9K B; 3AA2 A; 4BQL A; 4JK9 A; 4M3U A; 4PQU A; 2PFU A; 2QXL A; 2D0C A; 4H0P A; 2IAJ A; 4RW9 A; 1Y97 A; 1BCM A; 2UYT A; 1RDD A; 2I7P A; 3O9R A; 1ATN A; 3L6Q A; 3KK1 A; 1CXU A; 4CGD A; 2E4L A; 3DLL L; 2HVI A; 2EWS A; 2O8C A; 2IS3 A; 1EWQ A; 5C15 A; 1VSL A; 1EP4 A; 5K14 A; 3JXU A; 5JLF A; 5KPT A; 4DQ8 A; 4CER A; 2QWM A; 4O55 A; 1CZB A; 3V9W A; 4FO0 A; 4CJT A; 2XO7 A; 4X65 K; 4DTP A; 1ZXO A; 1KVC A; 4BR0 A; 4CHY A; 4FVU A; 1VSI A; 5FPN A; 3ZSW A; 2IVO A; 4OJR A; 3SPZ A; 4F2S A; 1QVF M; 4JKD A; 3U3G A; 3BUZ B; 3ZSV A; 1VQM N; 2AA4 A; 3OW2 M; 1HNZ K; 1RDU A; 4M3Z A; 3EN9 A; 3KK3 A; 4BRC A; 2O8E A; 4DFM A; 2P9P A; 1N33 K; 1BG3 A; 3S41 A; 1N8R O; 4AQY K; 1GOA A; 1BL3 A; 4Q5V A; 1XC9 A; 3TTC A; 2KZZ A; 5AFU A; 4FLW A; 2V7Y A; 1JLG A; 2HHT A; 2Z1I A; 3ZX3 A; 4FZY A; 1NU0 A; 1X9S A; 4GKK K; 4XEI A; 1ATS A; 2E2O A; 5I42 A; 3I8B A; 2ZF5 O; 3THV A; 1C1A A; 5E84 A; 5BPN A; 3CG7 A; 1U2V B; 1K8K B; 1X9M A; 1X3N A; 1T05 A; 2D0P A; 2NNW A; 4K43 A; 4DUZ K; 4I2P A; 4E3S A; 4FXD A; 1JXB A; 3KZB A; 1MWK A; 3CCV N; 4Y0W A; 3T7Z A; 2IIR A; 1VQ6 N; 3AO5 A; 3LDP A; 4H0X B; 4FZZ A; 5EOY A; 4CF2 A; 3AAP A; 3J7Z O; 4E7H A; 2FF6 A; 3OYN A; 2VG7 A; 4FPA A; 2KHO A; 4KO0 A; 1KC8 O; 4FJ8 A; 1NGI A; 1NMD A; 2HNZ A; 4DQR A; 3H46 O; 5KPR A; 1YXQ A; 1NOY A; 4E89 A; 4A62 A; 2KLA A; 3HJF A; 1IV0 A; 4CEF A; 3L2U A; 2P1J A; 3AO1 A; 2QXF A; 2GTD A; 1KVB A; 4JKG B; 3RR7 A; 3TU5 A; 4CZI A; 5KQ8 A; 3FZM A; 3V9X A; 3QEV A; 4JI5 K; 3E9L A; 1RT4 A; 2F9W A; 3F9M A; 4M7Y A; 1VHX A; 3NH1 A; 3NBP A; 3OBW A; 5AQR A; 1Z25 A; 4V19 S; 1JLB A; 1JJ2 M; 1BOT O; 3GDQ A; 3H08 A; 5DM6 L; 2JLE A; 1GLB G; 1FKO A; 5E26 A; 3L2V A; 3WNF A; 1A5X A; 4E7J A; 4FVM A; 1QSL A; 4ZTJ A; 4H4O A; 3ZEU A; 3CFO A; 1TK8 A; 2YKM A; 1XQS C; 2QWL A; 3LP1 A; 1DLO A; 5AQH A; 4CIF A; 5AZJ B; 4DSF A; 1QQC A; 3AVN A; 3TTF A; 5M1F A; 3MMV A; 3ALY A; 5BRE A; 3TAN A; 2OZM A; 4KFB A; 3TTD A; 5JMV A; 1W97 L; 4H5T A; 3ZT4 A; 2HMI A; 3DLH A; 4RW8 A; 4B1Y B; 3OYL A; 3OYM A; 1Z6R A; 5EX5 A; 4M3R A; 1RFQ A; 4B3M K; 2A42 A; 3EE9 A; 2CH5 A; 5KGX A; 1SZ2 A; 3NF6 A; 4I6M A; 4N76 A; 4CZG A; 2XY6 A; 2D1K A; 4KHN A; 4ELU A; 2W40 A; 1SKW A; 1FJG K; 3G10 A; 4KRE A; 1EET A; 1WLJ A; 4FLZ A; 1QQO A; 4JD2 B; 5DK5 A; 3CCJ N; 4NYF A; 4LF5 K; 4QS9 A; 1ILY A; 2IGI A; 3CM5 A; 1Z05 A; 3DOL A; 3D2E B; 3S3O A; 4FWL A; 1DTT A; 4CHZ A; 4OLA A; 3ZSX A; 3HPO A; 4KV8 A; 5LL6 Z; 4QS7 A; 2OPQ A; 4K41 A; 4A61 A; 3M8R A; 3O08 A; 3DRS A; 3EO3 A; 4WQ4 C; 5AQQ A; 4M3T A; 1Q9X A; 4JRP A; 4CK2 A; 1C1B A; 4IJA A; 2P51 A; 3IG1 A; 1LOT B; 4E1N A; 5FPE A; 1XHZ A; 4DWI A; 5ELZ A; 4KB1 A; 4FJ7 A; 1SV5 A; 3V81 A; 1ASW A; 2FSJ A; 4BRO A; 4LH5 A; 1NK4 A; 3VEN A; 3SUP A; 3O1W A; 2E2Q A; 1A5V A; 4KRF A; 3GOI A; 3BZK A; 1NGJ A; 4CJV A; 1TL3 A; 2ZQB A; 2GWK A; 1YIT N; 2WON A; 2OPR A; 2ASO A; 2CGK A; 1S1W A; 3PX0 A; 4GVE A; 3DXK B; 4GW6 A; 1D4X A; 4LFA K; 4OPJ A; 1NJI O; 1HYZ A; 3L4Q A; 2VGM A; 1YJN N; 2YV0 X; 5J2N A; 4IZ9 A; 2DTU A; 3PIP L; 3QET A; 1NK7 A; 3QIC A; 4Z4H A; 3C65 A; 2FXU A; 1U45 A; 3SPY A; 4A59 A; 2O8C B; 3CJB A; 4U7B A; 3KLF A; 4OLB A; 1Q18 A; 1HUX A; 4WFA L; 4BRP A; 3VA3 A; 1E3M A; 4N5S A; 1D8Y A; 4A5B A; 1ESV A; 1IG9 A; 1QSS A; 3A5L C; 4IFV A; 3DJC A; 4ZHR A; 3BZC A; 5MLC Q; 2WUS A; 3CJ7 A; 3HST B; 3QER A; 5AQK A; 4ILG B; 3WXK A; 1GLE G; 2ZJP L; 4M41 A; 3TPQ A; 3DM2 A; 1T44 A; 1RIL A; 4JI2 K; 2F96 A; 4BRL A; 2RE2 A; 2PYJ A; 5M1K A; 4YOX A; 1S1X A; 4O0J A; 3LDL A; 1R0A A; 4PL7 A; 3O4Q A; 2ZJQ L; 4B1X B; 1RCH A; 4IBN A; 1LWF A; 3MWT A; 4CZE A; 4I9L A; 1CLQ A; 2O8E B; 4J2B A; 2QKK A; 3ZSQ A; 2P9P B; 4BRG A; 2P9K A; 4BRA A; 3AVA A; 1YVN A; 4IJN A; 1BWF O; 2HB5 A; 1NGA A; 4H0T B; 1Q7Y O; 4FJM A; 3VGL A; 4DS4 A; 4CFD A; 4FJH A; 3C6T A; 4KPY A; 1OVY A; 5JS2 A; 4WFB L; 5KPZ A; 4N47 A; 1N5Y A; 4LF7 K; 4CJS A; 3KJV A; 4F2R A; 3TAM A; 3OA9 A; 3I56 N; 3DYA A; 3NF7 A; 4DKW A; 4CBU A; 2HHV A; 2XHB A; 3WNH A; 4O4G A; 2HHX A; 4NXN K; 4GNI A; 4CJ4 A; 4KH6 A; 1I39 A; 3O6W A; 3SZ2 A; 1RDW X; 5J2Q A; 5AQP A; 4BC4 A; 2DFH A; 2KFZ A; 3KLE A; 3O3F A; 5M1N A; 2ITM A; 4RW7 A; 4M3X A; 3VEV A; 2HST A; 5C24 A; 5ADX A; 3VQ5 A; 4DTS A; 3ZSO A; 4DQS A; 1RBV A; 4JKB A; 4FJJ A; 5FPD A; 4CJ5 A; 4WYB A; 3RRG A; 5HRS A; 4FYD A; 2Q36 A; 4CIG A; 1TL1 A; 5DMR A; 1S6P A; 1C6V A; 3UKU B; 1F21 A; 3P1G A; 2YHA A; 3AGR A; 3SAF A; 2D4W A; 1UWB A; 5FRO A; 5BPM A; 3SQ1 A; 1C0M A; 1VQP N; 3K5N A; 3A8Y A; 3O3G A; 4FM0 A; 3VOV A; 2Q97 A; 5CHI A; 4GV3 A; 3CC2 N; 3O9Q A; 1DT9 A; 2O8F A; 3SBG A; 3O9U A; 4W5T A; 2A41 A; 3AAQ A; 4CJ7 A; 1LW0 A; 3WUH A; 3CI5 A; 3U6F A; 4Z4G A; 4PWD A; 2GBZ A; 4DQQ A; 4C1N I; 2YJF A; 2X74 A; 3RR8 A; 3HM9 A; 3M5R A; 2OPP A; 1RBR A; 3G4S N; 3E01 A; 3FGU A; 4FOI A; 2ZM6 K; 4FJK A; 2NUB A; 2Z1G A; 3ZEU B; 2FBY A; 4ISG A; 4M42 A; 3PV8 A; 3MXI A; 3QDK A; 4CHN A; 3E66 A; 1D9F A; 1RNH A; 4AIL C; 3KHY A; 4JKF A; 3W0L A; 4KB0 A; 3QIO A; 4YOT A; 2O4I A; 3QBW A; 5C42 A; 2OA8 A; 5DM7 L; 3F73 A; 4Y1C A; 4IOC L; 1FK9 A; 1YI2 N; 4JKG A; 4W5Q A; 4C8L A; 1VSD A; 3IFR A; 3PLA A; 3KLH A; 4E1J A; 3R8E A; 3K0S A; 4OKJ A; 5EU7 A; 1SKS A; 4DU1 A; 3M6G A; 5GAE P; 4I6M B; 1HRH A; 2VG6 A; 1N36 K; 3U8X A; 1VQO N; 5FRN A; 3FE1 A; 3I8D A; 4AH9 A; 3EL2 A; 4IG0 A; 3PX6 A; 2ZD1 A; 4CEC A; 3LL3 A; 4CEB A; 1HLU A; 4LH4 A; 2D5R A; 4A57 A; 4DG1 A; 5LJV A; 2LSN A; 3VTH A; 4NLB A; 3LPT A; 4IDK A; 1NKE A; 1J5O A; 3LDN A; 3LZI A; 3SUQ A; 2W41 A; 4XH5 A; 2F4V K; 5FDL A; 3MCP A; 4PKI A; 3MXJ A; 4AHT A; 3RMD A; 2FBX A; 1RBU A; 4FLY A; 4I2Q A; 1I3A A; 4CGG A; 1QQM A; 1NNE A; 1HQE A; 4JKH A; 4RTF D; 1RTJ A; 3JSM A; 5F2R A; 2VG5 A; 3HM8 A; 4AHR A; 3KLG A; 4AHV A; 3OYC A; 1TKT A; 4FJ5 A; 1XWL A; 4AHC A; 1HQU A; 4CEO A; 4FWQ A; 1HNV A; 5GAH P; 4CHP A; 4B1U B; 1NOZ A; 1OH6 A; 1NK8 A; 3TAF A; 3AVM A; 3AVI A; 4BDY A; 2CGJ A; 4WQ5 C; 3LAN A; 4KKO A; 3TAE A; 2JWL A; 3KWI A; 4JS5 A; 4B9T A; 5F0X A; 5LJW A; 4JLH A; 5C2D A; 1JLE A; 2D0A A; 1ZBL A; 1C0U A; 4MQ3 A; 3O9T A; 1NK6 A; 3EE8 A; 1GLL O; 3C6U A; 3PX4 A; 1FW6 A; 4EZ9 A; 2GEM A; 1DKG D; 3ENB A; 3Q7C A; 1BO5 O; 4AM6 A; 4B08 A; 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4CW7 B; 4ILJ A; 1BQN A; 4CGJ A; 4Z0U A; 4OX9 K; 2ZE2 A; 3QFU A; 1LAW A; 3ITH A; 2NRX A; 2H3G X; 3ZT1 A; 2IC3 A; 3SQ0 A; 2RPI A; 5AQN A; 3AO3 A; 5TKY A; 4BDZ A; 3THW A; 1WSJ A; 1XI1 A; 1HKC A; 2NRT A; 4DR7 K; 3MX2 A; 2VWK A; 3C0B A; 2O8F B; 2D0O A; 3CQX A; 1S5J A; 3CCU N; 4AF1 A; 3P31 A; 5AQJ A; 5AQX A; 3NGZ A; 2O8D B; 2A1S A; 4FWR A; 3HRG A; 4R79 A; 4BDP A; 3QBX A; 2YHX A; 4CF8 A; 1D9D A; 1NBW A; 3PUF A; 4CJW A; 1BGX T; 5HRN A; 4IG3 A; 3P5J A; 3BEX A; 3BY5 A; 3IMX A; 3VF2 A; 3NGI A; 3W3D A; 3SQ2 A; 5AFU H; 1L5U A; 1W2B M; 3DAW A; 1ASV A; 2EX3 A; 5I3U A; 4DSK A; 2XY8 A; 2E2P A; 5AQL A; 4C1N K; 5J2P A; 3KK7 A; 3UKU A; 4FWP A; 3K57 A; 4K8Z A; 4DTR A; 4J2D A; 2P9I B; 3OYH A; 3NMU A; 1GOB A; 4GY2 B; 4B8C A; 1YT3 A; 3SAG A; 2E1Y A; 3OTO K; 4DLG A; 1NGG A; 3CER A; 4GMJ B; 5B8H A; 3NCI A; 4BE1 A; 1FXX A; 1KAX A; 4JEP A; 3C7N A; 5C25 A; 3J7A P; 3GL1 A; 3ENO A; 5LY3 A; 3N4P A; 2HHW A; 3CET A; 3CHW A; 4CF1 A; 2ATQ A; 3F5T A; 3MN9 A; 1Q86 O; 1S9E A; 1RDA A; 3RVC A; 4DU3 A; 3OYD A; 1P90 A; 3LWL A; 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