The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
186
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structure length |
171
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Chain Sequence |
NSVFSGLDMLILLPYERRGTRLVVEDYRPDHIYCIGADFGNQDYSVFSVLDLDTGAIACLERMNGATWSDQVARLKALSEDYGHAYVVADTWGVGDAIAEELDAQGINYTPLPVKSSSVKEQLISNLALLMEKGQVAVPNDKTILDELRNFRYYGHDDIVMSLALAYSQYE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Viral genome packaging terminase cleaves DNA using the canonical RuvC-like two-metal catalysis mechanism.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Phage terminase large subunit
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| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Thermus phage g20c
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| total genus |
58
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| structure length |
171
|
| sequence length |
186
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4IEE A; 5C12 A; 5C15 A; 5M1O A; 5M1P A; 3CPE A; 5C2F A; 3C6A A; 5M1Q A; 3C6H A; 5M1F A; 5M1N A; 5M1K A; 5C10 A; 4IEI A; 4IDH A; 4IFE A; 5C2D A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3LP0 A; 4ILH A; 4I9L A; 1QVG M; 2FSN A; 4FVM A; 4M3W A; 1TKT A; 3S3O A; 2VYP A; 4Z4G A; 4XEI A; 4HUF A; 3IS9 A; 1QSS A; 2OAN A; 3NDK A; 2IIR A; 2AA4 A; 3BZC A; 2Q31 A; 1L3V A; 4DWI A; 2E20 A; 3CJ7 A; 5AZI A; 4DB3 A; 1N8R O; 4IO9 L; 1LCU A; 3T7Z A; 4WQ4 C; 3T1H K; 4B9Q A; 4W5R A; 4YOX A; 1LAW A; 1U4B A; 4J2B A; 5FLX O; 3CCS N; 2HF4 A; 1RDW X; 2KFZ A; 3O3G A; 5DMR A; 2GV9 A; 2P9L A; 2ASM A; 4JN4 A; 4QS7 A; 4JRQ A; 1CXQ A; 4YOU A; 5K14 A; 1SAZ A; 4AM7 A; 4BRE A; 3VQ7 A; 3EO3 A; 4FK2 A; 5AQT A; 4YOY A; 4CF9 A; 3DMJ A; 2X78 A; 1IO2 A; 5AQG A; 4IXC A; 4CZI A; 1YJ9 N; 1NGC A; 2DPN A; 3CIP A; 3ZT3 A; 4QCL A; 4RWT A; 2IVO A; 1J6Z A; 4FOI A; 4E3S A; 4Z4C A; 3T3F A; 1L3U A; 4BQL A; 1JLG A; 3NCI A; 4NXN K; 1HYZ A; 2E1Y A; 4R5P A; 4ELU A; 4NYF A; 4H4O A; 1ZYQ A; 3K9J A; 4DLE A; 5D3G A; 3NF8 A; 2D0A A; 1X9W A; 3FZK A; 1R0A A; 1S72 N; 4KHQ A; 1DEJ A; 4KHY A; 1W2B M; 5MLC Q; 3LZI A; 2GUP A; 5BN8 A; 1QQC A; 1ZBI A; 2PYL A; 5LMN K; 3T19 A; 2Q97 A; 4FWL A; 3MX2 A; 3V1O A; 4OPK A; 3RR7 A; 1P90 A; 3MXJ A; 4B1Z A; 5KPR A; 5GIN A; 1WN7 A; 1NG9 A; 4FJ8 A; 5AQP A; 1KFS A; 2QWQ A; 1RBU A; 3CFP A; 4NLB A; 3A5L C; 4V19 S; 1T6D A; 1UA0 A; 2HHT A; 1NJX A; 3HVT A; 4AH9 A; 4OPJ A; 5AZJ B; 3R8E A; 3FZL A; 4CGD A; 3ZEU A; 3KLE A; 1T8E A; 3WXJ A; 4FWN A; 5LY3 A; 3LDS A; 3KWI A; 3VQB A; 1KTQ A; 1HRH A; 1RDC A; 1Y97 A; 3WNF A; 4Z4E A; 3SLC A; 4DSE A; 2V7Z A; 5F0X A; 3VF4 A; 2QW9 A; 5ADX A; 4CD1 A; 5J1E A; 3MEG A; 2NRZ A; 2E4L A; 2O8B B; 3PY8 A; 4FJX A; 1VQK N; 4U67 L; 2YJE A; 4KRF A; 3CMA N; 4DFJ A; 4C1N I; 4O0J A; 1S22 A; 3IKM A; 4KHN A; 3VEX A; 4JI5 K; 3H1Q A; 4ISG A; 4C23 A; 2JGU A; 3ZSZ A; 2W40 A; 4K8X A; 1LWE A; 2O8D B; 4O5B A; 2UUA K; 1NMD A; 2VWB A; 4FWR A; 1HR0 K; 4IZ9 A; 3EZ5 A; 1C6V A; 4XH1 A; 2E2P A; 3AVG A; 2F8S A; 4PL7 A; 1MDU B; 1VSM A; 3WQU A; 4JHD B; 5KGW A; 3W0L A; 4B3M K; 4MLE A; 4DSK A; 3J80 O; 2PAV A; 1JCE A; 1FXX A; 4DTP A; 3E66 A; 3UKU B; 5J2M A; 4KI6 A; 3VPZ A; 1ZBU A; 3KHY A; 1QSY A; 1SZ2 A; 3PIP L; 1NGH A; 1NNE A; 3N4Q A; 1WAJ A; 1NGD A; 2OPP A; 1XC3 A; 1K9M O; 3NFA A; 3VQE A; 4B3T K; 3AAQ A; 1WUA A; 3CF5 L; 1JLB A; 4N47 A; 4FJI A; 1W97 L; 1ZXO A; 3QLH A; 3O3H A; 2QTD A; 2O8F B; 4NXM K; 4Y1D A; 1BI4 B; 3DLR A; 3NE6 A; 1VSL A; 2YNF A; 2JWL A; 1J9A A; 1KAX A; 3L2Q A; 3IMX A; 1BWF O; 1LW0 A; 1YUW A; 2Y1I A; 4LSL A; 3ITH A; 4HTL A; 3VEZ A; 1QZ6 A; 2ITM A; 3WEE B; 3CME N; 1TV6 A; 3MXI A; 3IG1 A; 4N41 A; 3O4N A; 3THY B; 2UXD K; 4DV5 K; 1J53 A; 5AQU A; 3OYD A; 2HND A; 4CHZ A; 3UIQ A; 3U9Z A; 1TAQ A; 2DY4 A; 3WNG A; 3K58 A; 2AJQ A; 1LWF A; 3NVM A; 1Q82 O; 4BVP A; 5T7B A; 5M1P A; 3OYC A; 3MDQ A; 5E41 A; 1TK5 A; 4DQR A; 4OLA A; 1EKE A; 4ELT A; 4DQS A; 1RT3 A; 3SUQ A; 3NGI A; 1UOC A; 3I55 N; 1RIL A; 4RW4 A; 5ELZ A; 4B9S A; 1CZB A; 3LDL A; 3EZW A; 2XRI A; 2F8T A; 3T69 A; 3C94 A; 4OKE A; 3G10 A; 3K0S A; 4KHS A; 3LDP A; 3CCQ N; 3O4W A; 3KKS A; 4CJV A; 1VQO N; 1QQM A; 3LP1 A; 3DRP A; 4J2E A; 5AQI A; 4OGE A; 4BE1 A; 4JNE A; 4K25 A; 2P9L B; 3QFU A; 2BH1 A; 3AAR A; 3BF1 A; 1YTA A; 3O6W A; 2P5G A; 3A2F A; 2NRV A; 4YDU A; 4B3O A; 4KBO A; 1RDA A; 1BL3 A; 3K9K A; 3K57 A; 4O55 A; 3D7E O; 4O0I A; 3QEW A; 2B5J A; 4NCG A; 3QB0 A; 1M1K O; 2NRH A; 3LL3 A; 1I39 A; 5EX5 A; 3L6Q A; 3M1F A; 5TKW A; 3RMC A; 4OX9 K; 3CJ1 A; 4DSI A; 4DV4 K; 3HZ6 A; 4LFA K; 3NH2 A; 3NGY A; 1ZBF A; 4CFA A; 4BC5 A; 2KFN A; 1Q7Y O; 3BUZ B; 5JMV A; 3ISN C; 1U48 A; 3VEO A; 3DXM A; 1OVY A; 1CXU A; 2NRR A; 1GOC A; 3OHR A; 2HST A; 2ZD1 A; 3MCP A; 3CCV N; 3AA4 A; 3C0B A; 4LF4 K; 1RT6 A; 3THV A; 4DLG A; 1HNX K; 3CD6 N; 4FVU A; 4DFM A; 3RMA A; 3AO2 A; 3SPZ A; 4Y0W A; 4AF1 A; 1BGX T; 3WXL A; 3V4I A; 3D2F A; 3DOL A; 4CJ5 A; 5JVG L; 3SUO A; 5GIP A; 1VSJ A; 3ZEU B; 3U4L A; 3OBY A; 5AFU A; 2HNZ A; 1SUQ A; 3ULE B; 3A5O C; 3CQ8 A; 3O1B A; 1TGO A; 3AAP A; 3MED A; 3LDQ A; 3HO1 A; 4H0Y B; 1BIZ A; 1S6Q A; 2ZGY A; 2YNH A; 3ZSV A; 2ASO A; 2KLA A; 2QWM A; 4KH4 A; 3EYZ A; 3WNE A; 4GNI A; 4CGH A; 3P5J A; 4BR2 A; 1HX1 A; 2F9W A; 3PX6 A; 2ZJR L; 3RMB A; 4FSV A; 4E7K A; 5IWA K; 2FSJ A; 4JKD A; 2GUI A; 4K8Z A; 3D0P A; 1NOY A; 1KD1 O; 5AQH A; 3JXU A; 2FXU A; 4H5W A; 4FLW A; 2XHB A; 4M3X A; 5CY4 A; 3BP8 A; 1NGB A; 4RTF D; 4DU1 A; 3P31 A; 3HSC A; 3TAG A; 3OYH A; 2QWP A; 3FFI A; 4O5F A; 4F4K A; 1HNW K; 2KQ2 A; 3H6E A; 4GV3 A; 3T1A A; 3LAL A; 5EXW A; 3QBW A; 3OA9 A; 1NKB A; 4BR9 A; 4FLZ A; 4XH4 A; 4GKJ K; 1TKX A; 3V9X A; 2PYJ A; 3IRX A; 2VGN A; 4LSN A; 1NGA A; 3W3D A; 1RT2 A; 2YV0 X; 4JI1 K; 3SBT A; 4EP5 A; 5I42 A; 2IC3 A; 1Y64 A; 3VF6 A; 2E2Q A; 4QAG A; 3U6F A; 2CGK A; 3SMP A; 3V6D A; 4GV6 A; 2X6S A; 1X3N A; 3QEX A; 3EL2 A; 1NK4 A; 2FSK A; 2WBN A; 1FKP A; 3OYG A; 4KTQ A; 2FBY A; 2KKZ A; 4M41 A; 4M42 A; 4C8O A; 4BR0 A; 1LV5 A; 2Q0R A; 1VQ8 N; 5C2D A; 4H5N A; 3DM2 A; 1XNQ K; 2GEL A; 3AO5 A; 3FE1 A; 4A57 A; 3D6R A; 5B8H A; 1TVR A; 3RRH A; 1NK8 A; 4BRD A; 3AVM A; 2NZT A; 2O8B A; 4JV5 K; 1C1A A; 3AO1 A; 4H5T A; 5KPZ A; 1NJI O; 3NF6 A; 3GG4 A; 2ZM6 K; 3C6T A; 1U47 A; 3HYF A; 2FBX A; 3HPH A; 3PLA A; 5KGX A; 1NK5 A; 2A5X A; 1DLO A; 5FPD A; 4A59 A; 4K0K K; 2E6M A; 4AHT A; 4FJL A; 5M1K A; 1VQ5 N; 3KZB A; 1QE1 A; 4FPA A; 4CBU A; 3SBG A; 4IO8 A; 4DR5 K; 3EE8 A; 4ISE A; 4AM6 A; 2ASP A; 5AQX A; 1W9H A; 5KRS A; 3L2U A; 5EOY A; 4DSJ A; 1X9S A; 1ASV A; 1XMO K; 3QML A; 2VWJ A; 1SL0 A; 2I5J A; 5CHI A; 1XHX A; 2Q36 A; 3DLB A; 3QNO A; 3LWM A; 1X1P A; 4NO7 A; 2G8W A; 2NUB A; 4GVM A; 3QFP A; 2YJF A; 1VQM N; 2GX9 A; 4CVN E; 4JI7 K; 3QNN A; 3L3V A; 2P1J A; 3NH1 A; 2FBT A; 4CHY A; 4ELV A; 2OCE A; 3MEE A; 2O4I A; 2QM1 A; 4DCH A; 4M3T A; 3Q7C A; 1KAY A; 4KTW A; 2BE2 A; 2BGG A; 4CJU A; 3SPY A; 4HCC A; 4OPA A; 1GLJ O; 4WQ5 A; 1RGI A; 5F1X A; 1SKW A; 2EWS A; 3G6E N; 5H1S Q; 3DOK A; 4DUZ K; 3CFO A; 5JLH A; 3L3U A; 2Y1J A; 3C95 A; 4M3U A; 1ZBS A; 1IKW A; 4IJA A; 4TSX A; 4A62 A; 4CEE A; 4BAC A; 3OS0 A; 1YJW N; 1SV5 A; 3THY A; 4CGF A; 2YNG A; 3LDO A; 3LPU A; 4DFP A; 3SUP A; 1RFQ A; 2WFB A; 3MN7 A; 3DLG A; 4CF1 A; 2QEX N; 5KPT A; 1S6P A; 2QWN A; 4KTZ A; 1VSD A; 2UXC K; 3BF3 A; 1V4T A; 4CZL A; 2GEM A; 3WNH A; 3VEN A; 5GIO A; 3DXM B; 4C8M A; 4CZE A; 1DTT A; 1VQ6 N; 1M90 O; 1EO1 A; 4ILG B; 1OH5 A; 1T03 A; 4E7L A; 3H46 O; 3D45 A; 3TAF A; 4MDB A; 5HBM A; 1NU0 A; 3ZSQ A; 2VQF K; 4O44 A; 4CHQ A; 2XY5 A; 3TU5 A; 3KJV A; 1J5E K; 1HLU A; 4DV2 K; 3LAN A; 3DI6 A; 4KAZ A; 3D2F B; 2VG6 A; 4BDZ A; 5AQL A; 2V51 B; 4EAH D; 2HHU A; 2O8E A; 1VQL N; 4LC9 B; 2HBK A; 4PUO A; 3VF2 A; 4F9O A; 4LY7 A; 4XH5 A; 3OBW A; 3MMV A; 4LH4 A; 4OKJ A; 3AGK A; 3A5M C; 5AQF A; 4H5V A; 1VSE A; 3ZSW A; 4JS4 A; 2IVN A; 4Z4F A; 1JLA A; 2QA4 N; 4BRN A; 1EWR A; 1RNH A; 2A6A A; 1OVQ A; 4DV6 K; 3OJS A; 3L2W A; 3MN6 A; 2BAN A; 1NMN A; 1SL2 A; 5C24 A; 2HF3 A; 1A5V A; 1NK9 A; 2HNY A; 5GAG P; 2QXL A; 4CFC A; 1QHA A; 4BRQ A; 3O1W A; 3ZSY A; 1HKG A; 1V4S A; 1T6C A; 3VQ9 A; 4K43 A; 1YJN N; 3M6G A; 4E7J A; 5FRO A; 1K8K A; 4KH5 A; 3AVA A; 4JKC A; 4BC3 A; 3DWL A; 4NLC A; 4AIL C; 1MU2 A; 3PSF A; 4B8A B; 2ZGZ A; 4JKE A; 4FM2 A; 4FZY A; 1RDD A; 1S1X A; 1XC9 A; 4CZM A; 2YHW A; 1TUY A; 1BA0 A; 2B6A A; 3DRS A; 3M8R A; 3DJC A; 3CPW M; 4B9V A; 3O9Q A; 3MCA B; 2ZWH A; 4X66 K; 5DK5 A; 4BGA A; 4OO1 J; 5KRT A; 2Z1H A; 2BDP A; 4QS9 A; 3ULE A; 3PO5 A; 3KK2 A; 4YDU C; 3KIO A; 4FWP A; 1G99 A; 3NF7 A; 5HRO A; 5FRN A; 1F21 A; 4JK7 A; 5M1Q A; 1SS6 A; 1DTQ A; 4C8K A; 3AA3 A; 1ASU A; 3TTF A; 2VGM A; 3LM9 A; 4CZK A; 4JD2 B; 5AQM A; 4CJ7 A; 3H3N O; 4KFB A; 3QEP A; 3SAH A; 3ULD A; 3R3L A; 1U6Z A; 3RTV A; 3TAQ A; 4LF6 K; 1DKG D; 3M8P A; 4DR3 K; 4JS5 A; 4FLU A; 3DAW A; 4IDH A; 1YXQ A; 3KLH A; 1K6Y A; 1S1W A; 3VES A; 3OYJ A; 2ITG A; 1GLD G; 1QS4 A; 4YY3 K; 4J8F A; 1I3A A; 1LAV A; 1TL1 A; 4FXD A; 1JLE A; 4IJN A; 4H8K A; 4M45 A; 3E9L A; 4M3R A; 4FWK A; 4WCE L; 5CZ2 A; 1BU6 O; 4PKH A; 2P9I A; 3SUN A; 4OLB A; 4CK2 A; 1ESV A; 1P8Z A; 1E4G T; 3CET A; 1U45 A; 4NB4 A; 3OTO K; 3V81 A; 3DLE A; 3MWP A; 4YNQ A; 4PHT X; 4B1X B; 1VRU A; 4J2A A; 2PFU A; 4BRP A; 4BRH A; 2UXB K; 2OA8 A; 4BRO A; 2YKN A; 3B6O A; 4M63 C; 4CED A; 4FJN A; 3P39 A; 4GY2 B; 4FZX C; 5HRS A; 2WC9 A; 3HJF A; 3EN9 A; 3I8B A; 4NCA A; 3C65 A; 3R6M A; 3VTH A; 1GLF O; 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4KO0 A; 1ASW A; 4DMN A; 3V1Q A; 1L5U A; 3J8A A; 3AGR A; 2IS3 A; 1JXE A; 3CCE N; 4PWD A; 1NK0 A; 1U04 A; 4AHR A; 3HBT A; 4BE0 A; 4DU3 A; 4HVJ A; 3DYA A; 4CEF A; 3S3M A; 5C15 A; 5HRR A; 4K42 A; 2G8H A; 4EHT A; 4OGC A; 3IDH A; 4E0D A; 3K5O A; 1LW2 A; 3ZSR A; 3NH0 A; 2HVH A; 2Z1G A; 3S3N A; 4CGI A; 3C7N A; 4H0T B; 3D2E A; 1X9M A; 1NLV A; 3KWG A; 4CGJ A; 3KVG A; 4A2A A; 5IT9 O; 4EZ9 A; 3TTC A; 2G8F A; 4PL8 A; 2QKK A; 4CJL A; 1D4X A; 3AVC A; 1C1B A; 4CW7 B; 5M1N A; 3OW2 M; 1K8K B; 2A1S A; 4EP4 A; 4DV3 K; 4CF8 A; 3I0S A; 3V9S A; 2DFH A; 4GV9 A; 4FWO A; 3VQ8 A; 3CJC A; 3ASM A; 3OYF A; 4FWS A; 3AVK A; 1WSF A; 3HT3 A; 1RT7 A; 5HRP A; 4BE2 A; 3K59 A; 1NKE A; 1CLQ A; 2P9S A; 3VTI A; 5C42 A; 4KKO A; 3MAQ A; 3ALY A; 1D5A A; 1BO5 O; 1A5W A; 5BRD A; 1N5Y A; 3S9H A; 4H0O A; 3QET A; 4WQ5 C; 4KB1 A; 1RCH A; 2IVP A; 3ZT2 A; 3ZT1 A; 3SI6 A; 2CH5 A; 4IBN A; 3KD1 E; 4FJK A; 4U7B A; 4M3Z A; 1O13 A; 1A5X A; 3O3F A; 1X9J A; 3CCJ N; 3CM6 A; 4O4G A; 3H45 C; 2PBD A; 4CBW A; 5FPN A; 3TAR A; 4FZZ A; 4DTU A; 4I6M A; 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