The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
186
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structure length |
171
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Chain Sequence |
NSVFSGLDMLILLPYERRGTRLVVEDYRPDHIYCIGADFGNQDYSVFSVLDLDTGAIACLERMNGATWSDQVARLKALSEDYGHAYVVADTWGVGDAIAEELDAQGINYTPLPVKSSSVKEQLISNLALLMEKGQVAVPNDKTILDELRNFRYYGHDDIVMSLALAYSQYE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Viral genome packaging terminase cleaves DNA using the canonical RuvC-like two-metal catalysis mechanism.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Phage terminase large subunit
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| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Thermus phage g20c
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| total genus |
58
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| structure length |
171
|
| sequence length |
186
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5C10 A; 4IDH A; 5C2D A; 5C2F A; 5M1Q A; 5M1P A; 5M1F A; 5C15 A; 5C12 A; 5M1O A; 4IFE A; 4IEE A; 5M1N A; 3C6A A; 3CPE A; 4IEI A; 3C6H A; 5M1K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3T3F A; 4CJ3 A; 4BRF A; 1VSE A; 3PX6 A; 2HHX A; 5CZ1 A; 3NF8 A; 1LV5 A; 1NMD A; 5E41 A; 4B3O A; 4CD1 A; 3D2F A; 4FLW A; 5K14 A; 4DV4 K; 3VQ8 A; 5BPN A; 4BDP A; 4A61 A; 1HRH A; 4FZX C; 3AGR A; 2OYQ A; 4M3Z A; 2B5J A; 3VQ9 A; 4WE1 A; 3VF6 A; 4BR0 A; 1HKC A; 1BO5 O; 3WXM B; 4ISG A; 3EEQ A; 5AQI A; 3VEZ A; 4DFM A; 3MMV A; 4WQ5 A; 2HMI A; 4LH5 A; 2IVO A; 3PY8 A; 4BE0 A; 3BEX A; 3G4S N; 4AHR A; 4DMN A; 3V9U A; 1C1B A; 4KHQ A; 1I39 A; 2E1Y A; 2HOE A; 2YKN A; 4H0T B; 1NGC A; 1J5E K; 1JCG A; 3WQU A; 2RF2 A; 4BVP A; 4OPK A; 3PX4 A; 1SL1 A; 3TSQ A; 3M8Q A; 1KLM A; 3TPQ A; 3AVG A; 4DTJ A; 3O1W A; 5LJW A; 4OPJ A; 5C12 A; 2D4W A; 5E84 A; 2CH6 A; 3IAY A; 2V7Y A; 1VQM N; 2ZJP L; 1XQS C; 2P9S A; 2E5L K; 4JKD A; 3RRH A; 1KXP A; 3SMP A; 3DXK A; 3U4L A; 3J80 O; 2YNF A; 4J2A A; 4Z4E A; 3OYD A; 1VAZ A; 3M8R A; 4FJK A; 1ATN A; 2QXF A; 3C6T A; 2GX9 A; 1EWQ A; 3ZT0 A; 1N36 K; 4KB0 A; 3V1Q A; 3C6U A; 1E3M A; 2VG7 A; 3CCL N; 5CR4 A; 3TAG A; 4DSI A; 1L5U A; 1IBK K; 5C15 A; 4A57 A; 3WT0 A; 1ZC6 A; 2VQE K; 1EX4 A; 2BDP A; 3ID8 A; 2HNZ A; 4J2D A; 2FF6 A; 4KTW A; 4O5F A; 3DXM A; 4B1Z A; 5HRP A; 3DM2 A; 2HB5 A; 4CF2 A; 3IDH A; 3PO4 A; 3I55 N; 5GIO A; 3SUO A; 4AHS A; 4CHQ A; 4JKF A; 4NYF A; 1NK6 A; 4DTP A; 3K5O A; 3T1A A; 3SQ4 A; 3WXK A; 3S9H A; 1SL0 A; 1V4S A; 1Q7Y O; 1NOZ A; 2YJE A; 2FBY A; 3TSU A; 2KKZ A; 4CGJ A; 2P9S B; 3D0P A; 3LDO A; 4ILJ A; 3DXK B; 2ITM A; 4OGC A; 4CJK A; 2X78 A; 4C23 A; 4LFA K; 1HKG A; 4E7K A; 2CGL A; 1YVN A; 1KCF A; 4CHP A; 2QXL A; 1VRT A; 4DB3 A; 1SZ2 A; 3KTQ A; 2P9P A; 3QB0 A; 1WAF A; 3IRX A; 4DF8 A; 4JKH A; 5AQP A; 3OYJ A; 4C8O A; 4JI0 K; 4YOY A; 2JWL A; 4PL8 A; 5I42 A; 1QQM A; 3E1Y A; 2HHH K; 4CEQ A; 4CFC A; 1C1A A; 4JRP A; 1XHX A; 2OPP A; 3VQP A; 4M3U A; 1G15 A; 3AA5 X; 3D6R A; 4CEO A; 3CCQ N; 4FSV A; 1VSJ A; 4YFU A; 4JLH A; 1DLO A; 1XMO K; 5JVH L; 1N33 K; 3AVJ A; 3DXM B; 4H5W A; 2A42 A; 2QWQ A; 1NJY A; 5D3G A; 4F9O A; 4CBU A; 5E26 A; 1BU6 O; 4HTU A; 3R1X A; 2NRR A; 5GAE P; 3KLF A; 3R9P A; 1S9E A; 5M1Q A; 2I7N A; 3CCJ N; 1C0M A; 2YNH A; 3SUQ A; 2HW3 A; 3CI5 A; 4Z0U A; 2XO7 A; 4GVE A; 3QNN A; 4K0K K; 5BRD A; 1JLB A; 1LWE A; 3C6A A; 1CXQ A; 3LL3 A; 3QIP A; 3ZT3 A; 1WBB A; 4E3S A; 4IG3 A; 3ISN C; 3TTC A; 1VRU A; 4FCY A; 4JN4 A; 1L3V A; 2P9P B; 3F9K A; 3LDQ A; 3AVI A; 1RGI A; 4JKB A; 2E20 A; 5I9E B; 3DOL A; 1OKJ A; 4YOW A; 1IV0 A; 3E9L A; 1RDU A; 4NCB A; 2IC3 A; 5M1P A; 4F3O A; 4Y0W A; 2V7Z A; 1RDW X; 3L4I A; 1HR0 K; 5AQM A; 1NGE A; 1NK9 A; 4JI5 K; 4M3X A; 4LFB K; 3VQE A; 3EE9 A; 2D0P A; 3HP9 A; 1ILY A; 3GL1 A; 2J4R A; 5KTQ A; 5FRM A; 4XH1 A; 4CJT A; 3DYA A; 1JLA A; 1RBV A; 3R8E A; 5MLC Q; 3RMB A; 1NBW A; 1YIJ N; 1W97 L; 5LJV A; 5CHI A; 3TWH A; 4IJN A; 4N41 A; 4QS9 A; 1L3T A; 1NG9 A; 1JLC A; 2KZM A; 2Q97 A; 3GDQ A; 1U4B A; 1XMQ K; 3A5N C; 3H6E A; 1SS6 A; 2HST A; 3V1R A; 3VQB A; 5KPZ A; 4BE2 A; 5B8H A; 3ID6 A; 2OPS A; 2G8U A; 2O8D B; 3CD6 N; 3VET A; 3WEE A; 3QLH A; 4C1N K; 2IS3 A; 4BR7 A; 1RBR A; 1GOA A; 2YHB A; 1X1P A; 3OS1 A; 4JS5 A; 3QIC A; 3DMJ A; 3CIP A; 4CEE A; 4F8R A; 4ID5 A; 4YOT A; 4BQZ A; 1VQ8 N; 4C8L A; 2A5X A; 3CJ9 A; 3M8S A; 2OTJ N; 2W41 A; 3AAQ A; 1B9D A; 4N76 A; 4CF8 A; 4H5T A; 5LL6 Z; 4CJE A; 4DFJ A; 4W5R A; 4FPA A; 3U9D A; 1VK0 A; 4B8C A; 4FJI A; 1ZBF A; 3AO1 A; 2IVP A; 1RDC A; 4WQ4 C; 4CEC A; 2I7P A; 1GLA G; 4IG0 A; 3GG4 A; 3NVM A; 3SI6 A; 1NGI A; 4JNE A; 1IG9 A; 4DS4 A; 4JEP A; 2VWB A; 3ZSQ A; 5BN9 A; 3WEE B; 4CHY A; 3HST B; 4FJ8 A; 4MLE A; 3OY9 A; 2VGM A; 2Y1J A; 4WCE L; 3MXM A; 3V1O A; 4CBX A; 4RW7 A; 4DR5 K; 3RMD A; 1SKS A; 4X64 K; 3IMX A; 3LPU A; 3CC2 N; 3LDS A; 1SAZ A; 4CK2 A; 5AQW A; 3L3V A; 1TYQ A; 2IAJ A; 4IBN A; 3KWG A; 4ELV A; 1WNS A; 1NGB A; 3AVC A; 4CJL A; 3K5N A; 4Z4C A; 1C6V A; 3CPE A; 1BG3 A; 4NO7 A; 3ZSR A; 3AVH A; 4YOU A; 3TAE A; 1S1W A; 4AIL C; 3NAE A; 1XI1 A; 2G8I A; 1KRP A; 3MCA B; 4DTS A; 3CET A; 1RTI A; 1W9H A; 4U7B A; 4DUY K; 1X3M A; 3R6M A; 4FVU A; 3CJA A; 4CD3 A; 4QOZ B; 3QET A; 4K8Z A; 4Z4H A; 2F7T A; 3V9W A; 4B1U B; 4BR9 A; 3TTF A; 4AM6 A; 5LY3 A; 1QTM A; 1RT2 A; 3AO2 A; 1WSH A; 5HRO A; 4DR2 K; 5BR8 K; 5JS2 A; 1VQP N; 1O1W A; 4H0Y B; 1IG8 A; 3MX2 A; 4DV6 K; 2BTF A; 4YNQ A; 1LCU A; 4KI4 A; 4C8M A; 4OO1 J; 1TYQ B; 2QM1 A; 3NF9 A; 3FZF A; 3CQX A; 1TAU A; 2Q0R A; 3VEO A; 3OYG A; 4B1V A; 1HJR A; 3IKM A; 2FBT A; 1GOB A; 2HBL A; 4LC9 B; 4HUE A; 4MDB A; 4CW7 B; 2G8W A; 1S22 A; 2A6A A; 2A1R A; 4Z4G A; 2KHO A; 4HUF A; 3ZLJ A; 4HCB A; 1BCM A; 4CEF A; 2QWM A; 4LF5 K; 4QAG A; 3P5J A; 1I94 K; 3TAP A; 4GNI A; 1D5A A; 2Z1G A; 2JGU A; 3FLC O; 4FLZ A; 4GV9 A; 3LP2 A; 3BF3 A; 3L4Q A; 4CJF A; 4CJW A; 2JLE A; 4M3Y A; 3H3O B; 5JMV A; 3AA4 A; 1Y97 A; 4FLX A; 3RWU A; 4L8R B; 2P1J A; 1RT4 A; 4BRL A; 3SQ2 A; 4A62 A; 5FLX O; 1CLQ A; 3H08 A; 1T05 A; 1HUX A; 3LZI A; 4DUZ K; 1F21 A; 3VEX A; 4O0I A; 2ZGY A; 1M1K O; 1YIT N; 2QWN A; 4DSL A; 3OS0 A; 5JS1 A; 3O4Q A; 1I3A A; 2NRX A; 4C1N I; 4FXD A; 3ZET A; 2BH1 A; 1BIU A; 1HX1 A; 1LWF A; 2G8F A; 1DEJ A; 3QEV A; 4FWO A; 3ENO A; 2W6L A; 3QER A; 4B9N A; 4KHN A; 4FYD A; 1NK5 A; 3CG7 A; 4CF1 A; 1NMN A; 4X66 K; 5C42 A; 4KO0 A; 1QSS A; 1RIL A; 5AQQ A; 4DHY A; 4Z4I A; 3HPG A; 4AF1 A; 1XC9 A; 3HVT A; 2FXU A; 2CGK A; 4E1N A; 3FR0 A; 4KFB A; 5ADX A; 4ILG B; 2FBV A; 2OPR A; 4YDU C; 5AQU A; 3NH1 A; 3VQD A; 3CM5 A; 2QWL A; 1VSL A; 5HP1 A; 2B4J A; 3MEG A; 2CH5 A; 2QWO A; 3VA3 A; 4OKJ A; 4PA1 A; 1RBS A; 1Y64 A; 4NCA A; 2GWK A; 4LSL A; 3MED A; 3ZET B; 4BAC A; 1VQK N; 5J2M A; 2Q31 A; 4CZH A; 1HKB A; 3EL2 A; 3FGU A; 3VPZ A; 4Q0B A; 2IIR A; 3MK6 A; 3CC4 N; 4C8K A; 4W5T A; 1BOT O; 3SK3 A; 2A41 A; 5AQN A; 4DQR A; 4FW1 A; 4MO4 A; 3VQ7 A; 3TAM A; 4AHC A; 3GOI A; 4K41 A; 3MWP A; 4CJV A; 1NKE A; 4JS4 A; 1HJO A; 3P83 D; 1VHX A; 4CFB A; 3NGI A; 3OBW A; 3K2P A; 2OZS A; 2NRT A; 4BRM A; 3S41 A; 3CME N; 3KLH A; 4BC2 A; 4PWD A; 2GUI A; 3MX5 A; 3PV8 A; 2PYL A; 4EHU A; 4JI6 K; 4IOA L; 3OYE A; 3RVC A; 2ZM6 K; 3M1F A; 3BY5 A; 3JAM O; 3P31 A; 3WNH A; 3VGM A; 1TUU A; 1QSY A; 5DK5 A; 4E7I A; 2KQ2 A; 1QZ5 A; 3VQC A; 4I9Q A; 3TAB A; 4OJR A; 4JKE A; 1XHZ A; 3ZT4 A; 1BGX T; 4H5R A; 5C2F A; 4CJ7 A; 1OVY A; 3TTD A; 1YJW N; 4BC3 A; 1T44 A; 5C10 A; 4DTM A; 4BRO A; 1Q81 O; 3OYH A; 1QQC A; 3J8A A; 4CF9 A; 4BC5 A; 1D9D A; 2VWK A; 4KRE A; 4WF9 L; 4EP5 A; 4BE1 A; 3O1B A; 3G6E N; 3RRG A; 2IOC A; 4F2R A; 4AH9 A; 3HT3 A; 4NYN A; 4IJA A; 4FPB A; 3SPY A; 3SJH A; 1VQ5 N; 4DQI A; 5AQG A; 4EP4 A; 4NCG A; 4CK3 A; 4DR4 K; 5T7B A; 4CIE A; 3C94 A; 1FXX A; 1WB9 A; 3E9P A; 2GBZ A; 2WUS A; 2V51 B; 4FM0 A; 3HPO A; 3L2U A; 4F2S A; 1T8E A; 2YX6 A; 1JL1 A; 3CJC A; 3DLK A; 2DFH A; 4A5A A; 1HPM A; 2XY5 A; 2D0B A; 1IBL K; 2IGI A; 5LMN K; 1OH8 A; 4BR5 A; 3DLG A; 3QNO A; 4Y1C A; 1P8Z A; 3Q7B A; 1RNH A; 3SCX A; 1D9F A; 4FOE A; 1TUY A; 3RMA A; 1QZ6 A; 2DFF A; 1U48 A; 3G25 A; 4FO0 A; 2Z1H A; 1MU2 A; 4E7J A; 3LAL A; 5EU7 A; 4FWR A; 3M3Z A; 4JYA K; 3W0L A; 4CJQ A; 4EZ9 A; 3H1V X; 4E19 A; 3ZCM A; 5J2Q A; 3ZT2 A; 4H0V B; 1KC8 O; 3ZX3 A; 3NGZ A; 1OH7 A; 3AVA A; 1TK5 A; 3KD1 E; 1RTH A; 4CEA A; 5F0X A; 5C0Y A; 3P39 A; 3DLL L; 1NLV A; 5TKW A; 4FOI A; 3SZ2 A; 2HBJ A; 3F5T A; 1HMV A; 2W6K A; 3SLC A; 3NF6 A; 3NF7 A; 4CBW A; 4B08 A; 3OYC A; 4ZTJ A; 4X65 K; 5ADX H; 2I5J A; 4KB1 A; 2QK9 A; 3G0Z A; 4FJJ A; 1OVQ A; 4IXC A; 1T03 A; 5AQO A; 3O9Q A; 3O9R A; 4GKJ K; 1S6Q A; 3MN9 A; 2A40 A; 3J7Z O; 4KI6 A; 4CCH A; 5JLH A; 3C95 A; 3CFR A; 2Z1J A; 3OHR A; 3L3U A; 4E7L A; 4DTU A; 2YNG A; 1YTA A; 3WUH A; 3O3G A; 4FLV A; 1HNI A; 4AHT A; 1WAJ A; 3NE6 A; 2ZWH A; 4LH4 A; 3V81 A; 4FJ7 A; 4CJU A; 4H0X B; 1VSK A; 4FWP A; 2XHB A; 1W7A A; 4BWM A; 1NKC A; 3I8B A; 4BY9 C; 3TAR A; 1IJJ A; 1EXQ A; 3A5L C; 1C1C A; 3PIO L; 1WLJ A; 1NK0 A; 1BQM A; 1Z26 A; 3T1H K; 3OYM A; 4IKF A; 3FZL A; 1E4G T; 3ALY A; 3CJ7 A; 4OKE A; 4PY5 A; 3CPW M; 5KRS A; 1NGD A; 1QHA A; 1FJG K; 4CZJ A; 3L2V A; 3LP0 A; 1YUW A; 4DSF A; 3O9S A; 4GV6 A; 1J9A A; 3CQ8 A; 3KK7 A; 4K43 A; 4GKK K; 1NWK A; 2QTD A; 2O8D A; 1NGH A; 3LAN A; 3RTV A; 2HF3 A; 4M3R A; 3RR7 A; 1ATR A; 4JV5 K; 1QQO A; 3A5M C; 1S9G A; 1VQN N; 1JJ2 M; 5IWA K; 4RW6 A; 2GEL A; 1BUP A; 1BDG A; 1Z6R A; 5HBM A; 4KH4 A; 3CHW A; 3TI0 A; 3JS6 A; 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4LFC K; 1WUA A; 2ASO A; 1WSJ A; 4FK2 A; 4HVJ A; 3BUZ B; 2VWJ A; 3U3Y A; 4BGA A; 4DV3 K; 5BRH A; 4H0O A; 5BRE A; 1A5X A; 4EZ6 A; 3AO5 A; 3RR8 A; 4BRD A; 4WFN L; 1HQE A; 4BVO A; 4CF0 A; 1IKV A; 4IZ9 A; 3I0R A; 4CZK A; 2G8K A; 4G9Z A; 4ISE A; 1Q86 O; 1KFD A; 2LSN A; 1YT3 A; 4B9L A; 4JKA A; 1YXQ A; 2Q1N A; 4FJN A; 1JXE A; 5M1F A; 1S1X A; 5GAG P; 4BRH A; 3K0S A; 5KPR A; 4RG8 A; 1LW0 A; 4BG8 A; 4KHP K; 2P9N A; 3AY9 A; 3OS2 A; 4A2B A; 4YOX A; 1QVF M; 3AO4 A; 2O4G A; 4DV1 K; 3VGL A; 2HVI A; 1Q9Y A; 2Q2R A; 5A2Q O; 3BZK A; 2OPQ A; 3AVL A; 3C0B A; 4Z4F A; 3VA0 A; 1KVB A; 4CZG A; 1EO1 A; 3JSM A; 2VYP A; 1V4T A; 3OBY A; 5AQL A; 5CYQ A; 5FRN A; 4CFA A; 4BR2 A; 3EYZ A; 4FWN A; 4W5N A; 1ITG A; 1YF5 L; 5EOY A; 2ZF5 O; 3KD5 E; 2E2N A; 2UUB K; 1LAV A; 3CER A; 2HBK A; 4FM2 A; 3ZYY X; 3C7N A; 2GTD A; 2WC9 A; 1QE1 A; 4B3T K; 4AHU A; 1JCE A; 4W5O A; 4KAZ A; 4CJ4 A; 3AAR A; 1BHL A; 3VF4 A; 3SNN A; 4OPA A; 4F4K A; 3LDN A; 4BR4 A; 4JI2 K; 3UIQ A; 3EE8 A; 3DRS A; 2DTU A; 5FPD A; 1KFS A; 3VEV A; 3O80 A; 4XIU A; 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