5SWMA

Bacillus halodurans rnase h mutant d132n in complex with 12-mer frna/dna hybrid
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
IIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
publication title Limits of RNA 2'-OH Mimicry by Fluorine: Crystal Structure of Bacillus halodurans RNase H Bound to a 2'-FRNA:DNA Hybrid.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2016-08-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5swmA00
2GUIA 4FJ8A 1NJZA 4M3UA 3LAKA 1SL1A 1JLGA 3DM2A 4IG3A 3KD5E 1KVCA 1EXQA 1VSIA 3QESA 4DFJA 3CFPA 3SI6A 4CJWA 2D5RA 1D9FA 3PX4A 4CJEA 3S3MA 2HHUA 5J1EA 4F4KA 3SPZA 3DLGA 3MXIA 4FZYA 2KZMA 1NOZA 4Q0BA 2HHQA 3QINA 3SUQA 4I2QA 1S6QA 4ELVA 1U04A 2HHSA 4FW2A 3NH1A 3B6OA 4DTMA 1LWFA 4LSLA 3S3NA 3OJSA 3K57A 4DSFA 4DMNA 4BE2A 2OYQA 4OJRA 1NKEA 1ASUA 4LSNA 2OA8A 1DTTA 5HLFA 3DOKA 3L2QA 1FK9A 3IG1A 1J9AA 4KHNA 3AVKA 4CEDA 4O55A 4M3TA 3KLHA 5JS1A 3C94A 3DI6A 2G8WA 4M3RA 3S9HA 3PY8A 1SUQA 1XWLA 4CK1A 3P1GA 4R5PA 3ULDA 1JLAA 2E6MA 2RF2A 2G8UA 3I0SA 3T19A 2DFEA 3SV3A 3ZT0A 4FLYA 1TK5A 4K8ZA 4QCLA 4CF0A 3V9ZA 4LY7A 2FBXA 1SKSA 1F21A 2YNFA 4DLEA 2P5OA 1C6VA 4DSLA 4DFKA 4J2AA 2RPIA 4E7JA 1RT4A 3NE6A 4IKFA 4JRQA 4NCAA 3H08A 3C6TA 4KHYA 3K5LA 4BWMA 4HVJA 4E7LA 1FKOA 1HYZA 2BANA 3O3HA 4CHYA 4CEEA 3HVRA 4JRPA 3RMBA 1L3TA 3G0ZA 3NHGA 2PYJA 5FRMA 3OJUA 1HRHA 4CGHA 3ZSOA 1I39A 4KO0A 4DFMA 1BI4A 3ZSWA 1NKBA 1L3VA 3V1RA 4RG8A 4DSJA 4FYDA 2XY5A 5D3GA 3ZSQA 1HJRA 1SKWA 1U48A 1C1BA 3OYDA 3MEGA 4GMJB 4CHZA 3QEXA 3TAGA 1D8YA 4C8OA 1MU2A 3AA5X 1IKYA 4KTWA 3LZJA 4FJHA 4HCCA 4OKEA 3RMDA 1TL1A 4JS4A 1NJWA 3VA3A 1BCMA 1C1AA 3LPUA 4J2DA 3D0PA 4Y1CA 3KK3A 3QEIA 2PZSA 3RR7A 2YHBA 3HP9A 1QS4A 3IRXA 3MECA 4DQPA 1JXBA 4H4OA 3ZSVA 4KB1A 1W0HA 2VG5A 2WOMA 4F3OA 3AO5A 4O0IA 1D9DA 1RT6A 2Q3SA 4CJVA 3RRHA 2YNIA 1T8EA 1Q9YA 4CJFA 1T03A 2X6SA 4DTXA 5J2PA 4Y1DA 4CF1A 1SV5A 2WONA 4BACA 2Z1JA 4B9NA 4C8NA 2EX3A 1LAWA 2B6AA 4FLTA 2HB5A 4W5RA 3C95A 3CFOA 1XHXA 2I5JA 1WAJA 4ELUA 4DQIA 5FRNA 4FXDA 3OYEA 1BIZA 4XIUA 5J2NA 4HHTA 4I9QA 1EETA 3ZSZA 1IKWA 1X9SA 1ASWA 3QIPA 4OPKA 1C0TA 2KTQA 1C1CA 1B92A 1DLOA 3VQEA 4E89A 4N41A 1KFDA 1IKVA 4E3SA 3QNOA 3TANA 3VQ5A 1QTMA 1U49A 4KRFA 1A5XA 3LP1A 4CIFA 1KTQA 2XRIA 4CERA 3HSTB 3OYLA 3L2UA 4B9VA 4QOZB 1WSGA 1VRUA 4QAGA 3TR8A 3TAEA 1JLEA 1NK5A 3DLKA 4FJMA 5C25A 3OY9A 4OVLA 2LSNA 1RT7A 4DTOA 4HCBA 4FJKA 3QIOA 1WSHA 5HRNA 3LWMA 2HHWA 4YNQA 1X1PA 3K5MA 3RMCA 1SL0A 5I3UA 4CF2A 5SWMA 2HNYA 1L5UA 2ZE2A 4FM2A 3ZSYA 4CJUA 3OS0A 3L8BA 5HP1A 3PO4A 4KB0A 4OLBA 3VN5A 3ZSXA 4EZ6A 4M41A 3C6UA 3V81A 1NKCA 1NOYA 4KI6A 4GVMA 3AVHA 1WSEA 5J2MA 3HM9A 2DTUA 4DTJA 4FVMA 1HNVA 4DF4A 3VA0A 2KQ2A 2XY8A 4W5NA 1VSEA 3M8PA 2YV0X 3NH0A 1RCHA 2GV9A 3ASMA 1U47A 1KVBA 3HJFA 3U6FA 3DYAA 3KKRA 4CGGA 2ZD1A 2RKIA 4NCBA 4AILC 3V9UA 4B8AB 2OPSA 3RMAA 4CF9A 3A2FA 1S9EA 3E01A 1NK7A 4CEFA 3TARA 1NK0A 4O5BA 2IDOA 4IFYA 4MFBA 4M3YA 4FK4A 1UA0A 4E1MA 1TVRA 3LP0A 4DS4A 3QEWA 3VQPA 1TKZA 3HL8A 3DOLA 2JLEA 4ID5A 4TSXA 4CEAA 4E7IA 2XO7A 1WN7A 3HPOA 3HPGA 1JLQA 5KRSA 3SNNA 4Z4CA 3KLIA 3LZIA 4DLGA 2OPQA 4CFDA 2X78A 4M3WA 4Z4FA 1BISA 3B6PA 1GOBA 1HNIA 3NFAA 3AVJA 5KGWA 1B9DA 3LPTA 4DF8A 2KW4A 4YFUA 1BQMA 1VK0A 4KREA 4FLXA 1S6PA 3IS9A 1VSKA 4CESA 3NGZA 1B9FA 3OS1A 2BE2A 4KFBA 5J2QA 3CYMA 3OVNA 3KK1A 4C8MA 3L2WA 3U3YA 3WNFA 5KGXA 4W5TA 4HTUA 2B4JA 1CZBA 3LANA 4N47A 3TAQA 4ZTJA 1RBSA 3ZT3A 4F2RA 1S1VA 1RT2A 3KKSA 4AHRA 3V9XA 2GBZA 3NBPA 4DSEA 3HVTA 1S1UA 3QO9A 1CXUA 1VSJA 3QLHA 4NYFA 3K59A 5I42A 4FK0A 1UAXA 3ISNC 4I2PA 4H8KA 2W42A 2HHXA 1JLFA 4N56A 1L3UA 1KFSA 1LWEA 4K8XA 4O0JA 3T3FA 1C0MA 5DK5A 4FLWA 3AA4A 4CHPA 3K58A 2ETJA 4FM0A 1LV5A 3DLHA 2IAJA 3DMJA 1TKDA 3UIQA 3PUFA 4Z4HA 3K5NA 3WNHA 4KKOA 3HYFA 5CYMA 4LD0A 3CM5A 4CJQA 4CJ4A 2YKNA 2Z1GA 3L3VA 3SQ2A 4FLUA 2A1RA 1BQNA 3K5OA 4PY5A 1TV6A 1SKRA 1NK6A 1ASVA 5KI6A 1C0UA 3ZCMA 4CJTA 3KLFA 4PA1A 5HRRA 4DQRA 1LW2A 1IH7A 2XY7A 4EP5A 3OYHA 2OPPA 4N76A 2JGUA 1FXXA 1VSHA 2DFHA 3DRRA 1G15A 3VQQA 3TAFA 3TI0A 4KHUA 2F8SA 2Y1JA 3HXMA 3AVNA 3WNEA 3SCXA 2E6LA 1VSLA 4G1QA 4N5SA 4Z4GA 1NJXA 1S5JA 1N6QA 2G8VA 2IGIA 4B9MA 4FJ9A 1W9HA 3WNGA 1LWCA 3VQ4A 1ZBUA 4CE9A 3I8DA 3SPYA 3MXMA 4FK2A 4AHUA 1JL1A 4AHTA 3V4IA 3ZT1A 4DQSA 3KLEA 2IC3A 3AO4A 4DU3A 4IBNA 4ID1A 3MEEA 3NF6A 3VQ6A 1VRTA 2ITGA 4BE1A 1L3SA 3JSMA 3ZSRA 3M8SA 4FJIA 3VQDA 4DSKA 4FJNA 4DU4A 1NK8A 2G8IA 5EU7A 4AHVA 3DRSA 1JKHA 1RTJA 4CGIA 4OGEA 3KD1E 4DFPA 1ZBHA 2X74A 4E7HA 4C8LA 5DMRA 3VQ8A 1UA1A 1WAFA 1NK4A 1RDCA 4LH4A 3OYAA 2YKMA 3HPHA 2NUBA 2YNGA 3OYCA 2BGGA 5KTQA 3JYTA 4RW8A 3V1OA 4RW9A 3S3OA 3U3GA 3KTQA 2KFZA 1QSYA 2BDPA 4B9LA 4CEBA 3SUNA 3CM6A 1Y97A 4CJLA 2QKKA 2DY4A 3V1QA 4ZHRA 3V9WA 2HVHA 1ZBFA 2OZSA 1JL2A 1TKTA 4GW6A 1HQEA 4BDZA 3HT3A 3I0RA 4CJ5A 3SUOA 1RTIA 2X6NA 4KV8A 4KHQA 3AVBA 3QEPA 5HRPA 3LAMA 3TABA 3HK2A 4B9TA 1YT3A 4CJSA 3K2PA 3OYIA 3AVLA 1YTAA 4W5QA 4E7KA 3RRGA 2F8TA 4O4GA 2VG6A 4PQUA 4KI4A 2KZZA 3AO1A 4CK3A 1Q8IA 3O4NA 3ZT2A 2AJQA 3NGIA 1A5WA 1S1XA 3DRPA 4CK2A 4IDKA 4Q5VA 3RTVA 1CLQA 2FC0A 1FKPA 1WSIA 1JLBA 1RBRA 4OPJA 4F3TA 2G8HA 1HYVA 1T7PA 1WSFA 4KHSA 3SV4A 4BDPA 3AO3A 4C8KA 2OPRA 2HMIA 3AO2A 4AH9A 4FZZA 2QK9A 4CHQA 4ZTFA 1BCOA 4J2EA 1S1WA 2DFFA 4FLVA 4B9UA 4NCGA 3NGYA 2P5GA 5C42A 3ZT4A 3CG7A 3DLRA 4CEQA 1LW0A 5K14A 1REVA 4CGDA 3CFRA 4CHNA 1BI4B 3SZ2A 5FDLA 4IFVA 1QQCA 1QSLA 2ZQBA 2F96A 3VQ7A 3EY1A 4B9SA 3MEDA 1BHLA 3AVIA 4L8RB 4CHOA 2RN2A 4DTRA 3L3UA 4F8RA 4FJGA 4FW1A 3ALYA 3LP3A 3KLGA 4DTNA 4M3ZA 5T7BA 1X9WA 4FZXC 4JS5A 4FCYA 4I9LA 1LAVA 3LWLA 4BDYA 4CFCA 1EX4A 1TK8A 1TAUA 5HROA 1R0AA 3SUPA 3BGRA 3AV9A 3TWHA 2P1JA 4CGJA 4M42A 4W5OA 1JXEA 3HP6A 2VWKA 1K6YA 4B3OA 2G8FA 3CQ8A 1GOCA 4RW7A 3NF8A 4M3XA 1EP4A 1VSMA 3RR8A 1HPZA 1HYSA 3NF7A 1Q9XA 1KRPA 3G10A 4M45A 3O3FA 1KLMA 1QHTA 5FROA 3F73A 3EZ5A 1IG9A 4Z0UA 4H4MA 2OZMA 1HQUA 1Z25A 3NCIA 1ZYQA 4CEOA 3OYFA 3THVA 1RT5A 3L2RA 4OLAA 1XHZA 4CJKA 1ZBLA 2PYLA 1XC9A 4Z4IA 5CYQA 3SQ0A 1RBTA 3AA2A 2O4GA 1TGOA 4FM1A 1SL2A 2HHTA 3AVGA 4KTQA 1VSDA 3SQ1A 3AVCA 4KAZA 2FBVA 3OYKA 3LP2A 2HW3A 4MQ3A 3V6DA 1RT1A 4CCHA 3OYGA 1RT3A 2EHGA 4O44A 2YHAA 3HO1A 5CY4A 4E1NA 4CJRA 3OS2A 4ELTA 4IG0A 4CFAA 1RDBA 2FBYA 3SQ4A 4CIEA 4KHWA 1TL3A 3QETA 2PY5A 1A5VA 1D5AA 1QSSA 1RDDA 4JLHA 4FJ7A 1YVUA 2Y1IA 1NK9A 1CZ9A 3VQBA 1RBVA 3TAPA 1U45A 4HUGA 2HNZA 4Z4EA 3L2VA 1GOAA 2QXFA 3NH2A 4DWIA 3DLEA 3P83D 1NJYA 4FJJA 4KPYA 1ITGA 4DTUA 3M8QA 1WNSA 3V9SA 4CFBA 1KVAA 4BE0A 2D0BA 3OYJA 4AHCA 1X9MA 3SJJA 4FJLA 2D0AA 1DTQA 4PUOA 1S1TA 3KK2A 3KJVA 4UQGA 1RNHA 2VWJA 4CJPA 3QEVA 4ICLA 3M8RA 4E0DA 1BIUA 1HMVA 4OKJA 4RW6A 3MXJA 2D0CA 4CGFA 5CZ1A 1ZBIA 5KRTA 4FJ5A 1RTHA 4OGCA 3AA3A 1KCFA 2R7YA 4RW4A 4AHSA 2XHBA 1WLJA 2Z1IA 3LALA 1RTDA 1I3AA 3RWUA 1CXQA 3QERA 3EYZA 5HRSA 2B5JA 3NDKA 4DU1A 3KIOA 5HBMA 4DG1A 4DS5A 4DTSA 1IO2A 3PV8A 3O4QA 3ITHA 4CEZA 1BGXT 2E4LA 4HUFA 1IKXA 3LDSA 5JS2A 1YTUA 3VQAA 3TAMA 2Z1HA 1TAQA 2XY6A 1EKEA 4NYNA 3VQCA 4CECA 1TKXA 4EZ9A 1QE1A 3AVAA 1RDAA 3NF9A 4LH5A 5SZTA 4DQQA 3PO5A 5CZ2A 4FJXA 2O4IA 1KLNA 2G8KA 4I7FA 3SYZA 1O1WA 2FBTA 5E41A 4DTPA 1RBUA 1J5OA 1KSPA 4PWDA 1JLCA 1UOCA 4KTZA 1UWBA 3O3GA 3AVMA 2IOCA 3OYBA 1J54A 3MAQA 4DSIA 3OYMA 4J2BA 2HHVA 3NAEA 2QKBA 1S9GA 1WSJA 3D45A 4CIGA 3T1AA 3OYNA 4HUEA 1RILA 1BL3A 1N5YA 2ATQA 2P51A 3BDPA 2VG7A 3PX0A 3FFIA 3IAYA 3PX6A 4B8CA 1VSFA 1TK0A 2YNHA 3DLBA 3F9KA 4EP4A 3AVFA 4BWJA 2IS3A 1U4BA 4E19A 4OKKA 4B08A 5C24A 3QNNA 1XI1A 4FLZA 1T05A 4CF8A 3P5JA 1J53A 3VQ9A 4F2SA 4CJ3A 2HNDA 1Z26A 2HVIA 4WE1A 2KFNA 2A1SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GUIA 1ZBSA 3K9JA 4XH1A 3HTVA 1BOTO 2I7NA 3CFPA 4CJEA 4I6MA 1LCUA 5J1EA 4F4KA 5EVZA 1KQSM 2HHQA 4LFAK 1S6QA 2ZWHA 4JI4K 2P9IB 1W97L 3NH1A 3WUHA 4CBXA 3D7EO 3M3ZA 3K57A 4DSFA 3O6WA 1NMDA 4LSNA 3ENHA 3IFRA 3WXMB 3H46O 4JEPA 3DOKA 4KHNA 4IWVA 5GIOA 3IDHA 1T3VA 4O55A 5JS1A 1E4FT 4M3RA 3S9HA 1XWLA 1KXPA 2E6MA 3L0QA 2G8UA 2VQFK 3ZT0A 3MN6A 3V9ZA 4JKGB 2I7PA 2O8FA 4J2AA 1RT4A 2JWKA 3ENOA 4JRQA 4NCAA 3H08A 2BANA 1SS6A 2YCHA 4IDHA 3RMBA 3NHGA 5FRMA 1QVGM 2CGJA 4CGHA 3HOSA 3ZSOA 1I39A 1L3VA 1NKBA 3ZSWA 5BN9A 3V1RA 1XNRK 2XY5A 5D3GA 3ZSQA 1C1BA 3OYDA 3MEGA 2NRRA 4CHZA 1IKYA 1ATNA 3LZJA 2NRHA 1NJWA 3VA3A 3FE1A 3LPUA 5AQXA 3L4IA 3TTDA 1J6ZA 4DV2K 3MECA 4DQPA 1JXBA 4BRIA 3NVKA 1NGFA 3AO5A 4B1UB 5FPEA 4O0IA 5C15A 2VGNA 1DKGD 1T8EA 4CJFA 4DTXA 5J2PA 4CF1A 1XQSC 5AFUH 2B6AA 4W5RA 1XHXA 2I5JA 1X3NA 3EEQA 3LDNA 4JYAK 5J2NA 3J81O 5AZIA 1EETA 4FWQA 1ASWA 3SLCA 4IEEA 4H5VA 1B92A 1DLOA 3ZLJA 4O5FA 4N41A 1KFDA 3WXJA 1N32K 1IKVA 4E3SA 3QNOA 1QTMA 1Q7YO 2A3ZA 3LP1A 4JI7K 4CERA 1YXQA 1VRUA 1R59O 1RDUA 2OTLN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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