5SWMA

Bacillus halodurans rnase h mutant d132n in complex with 12-mer frna/dna hybrid
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
IIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Limits of RNA 2'-OH Mimicry by Fluorine: Crystal Structure of Bacillus halodurans RNase H Bound to a 2'-FRNA:DNA Hybrid.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2016-08-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5swmA00
1IO2A 3C6TA 4I2PA 4EZ6A 2RF2A 4HUFA 2KZZA 2YNIA 1TKXA 1YVUA 1JLCA 1J5OA 1X9SA 4PUOA 4DWIA 3ZSWA 2HVIA 3OYLA 5KGWA 4CK1A 4IKFA 3MEDA 4Y1DA 3TI0A 2HW3A 4RW6A 3LAKA 3RMCA 4CJVA 4AILC 4KI4A 1BIUA 4OPJA 2XY8A 4CERA 4FZXC 4DFKA 1LAWA 2XY5A 3QIPA 3I0SA 4DSKA 2YV0X 3LP0A 2G8VA 2A1RA 4J2AA 4HVJA 3BDPA 3OYHA 4DSIA 4CHOA 3AVNA 4GW6A 2XRIA 4UQGA 1RT4A 4RW4A 3SUQA 4DQRA 1RBTA 3OYGA 2OPPA 3MEGA 4OKKA 1FXXA 4FLZA 4O44A 1TAQA 1UA1A 1RT7A 1DLOA 4KFBA 4CEEA 4CFCA 1S1UA 4KO0A 3LPTA 1WSFA 4DU4A 4LSLA 1Z25A 3NH0A 1X1PA 5HP1A 2ETJA 3A2FA 1ASWA 4IDKA 3HVRA 3AV9A 3M8RA 1B92A 3G10A 4FM0A 3RRHA 1VRUA 1KLNA 1KVBA 1JLAA 4CJLA 4F4KA 3KLHA 4DTSA 1A5VA 3ZSQA 4F3OA 1KCFA 3DM2A 3HPGA 1EXQA 4HUEA 4KKOA 3L2RA 4CJWA 1D5AA 4CGHA 4DQQA 1S1XA 2KW4A 3KLFA 4DTUA 4C8KA 1IKWA 3DLGA 4I7FA 3RTVA 3IRXA 1UA0A 1ITGA 3I0RA 4IBNA 4E0DA 3QO9A 1RBUA 4ICLA 3ZSVA 3KK3A 2R7YA 4FLTA 3OYAA 3AO5A 4XIUA 4CEOA 3ULDA 4HCCA 4KHUA 1RTJA 5C25A 3NF7A 4JRPA 1JL1A 3L3VA 4CFDA 3QLHA 3NGZA 1TVRA 2F96A 2XY7A 4Z4EA 2YNGA 1CZBA 3RR8A 1KVAA 2YKNA 1GOBA 3HVTA 1RTDA 1N6QA 4M3WA 3SI6A 1RT5A 2B6AA 3V1OA 4CJUA 3BGRA 1X9WA 2DFFA 2JGUA 1RT6A 2QXFA 3FFIA 3VQ6A 3VQQA 4FLVA 4CJQA 3V6DA 4OKJA 5C42A 3V9WA 2GBZA 3HYFA 4RW8A 3LPUA 4DTXA 3TAFA 4I9QA 4CJKA 4CCHA 1S1WA 2D0BA 1WN7A 3DLBA 1ASUA 1WSJA 3OYFA 2ZQBA 4BDYA 4M3YA 2OA8A 1O1WA 2P1JA 4DU1A 2OYQA 4CESA 4M3TA 1TV6A 4CJ3A 3MEEA 3VA0A 4CJSA 3SUNA 3P5JA 3SV3A 4N47A 3NF9A 2G8WA 1LW0A 3OYMA 2KTQA 2KZMA 4DFJA 2QK9A 1NJWA 4CFBA 3SUPA 1XHZA 3TAMA 1UOCA 4DSEA 2YKMA 1SUQA 2HB5A 3ALYA 3V1QA 4BE1A 2ZD1A 4B8AB 2LSNA 4FJ8A 4FJ9A 2E6MA 1SKWA 1BCOA 4E7JA 3CG7A 4AHVA 4FLXA 1XWLA 1EETA 1NK8A 5D3GA 1LWCA 1NKCA 3NH2A 1LW2A 3OYIA 2PYLA 4OKEA 3LANA 4E89A 1WAJA 2IOCA 2ZE2A 3AVFA 4IFVA 2AJQA 2G8FA 1BI4B 4KTZA 1NK4A 4LH4A 4ELVA 4PQUA 3T1AA 5I3UA 5JS2A 1NKBA 4C8LA 3IAYA 2Z1HA 4DSJA 4FYDA 2I5JA 3LDSA 1VSDA 4NYNA 3TAQA 2YNFA 3VQ8A 3KTQA 3ZT3A 4KREA 4W5QA 1C0MA 1WSIA 3NH1A 3ASMA 4N56A 1BI4A 1NJXA 3VQ9A 4CE9A 4FJNA 3HL8A 1SV5A 4B8CA 2HHTA 1F21A 3SQ2A 1JXEA 4GVMA 3AVKA 3RMBA 3DRSA 3CFPA 1RTIA 3VQBA 4Q5VA 2E6LA 1NJZA 1S5JA 2XO7A 1NOYA 4DTJA 1D8YA 2F8SA 1KLMA 1WNSA 2GV9A 3AVCA 4BWMA 3UIQA 3AO3A 4KHQA 3OVNA 3JSMA 1NK7A 1RBRA 2WONA 1S6QA 4QAGA 4CJTA 4OJRA 3S3MA 2PY5A 1TL3A 3P83D 4B9UA 1RCHA 5J2MA 4ZHRA 4AHRA 1TKZA 1B9DA 4FLWA 4DSFA 3SYZA 1BHLA 2B5JA 1J54A 4DQIA 3LALA 4YFUA 1BISA 3ISNC 4JS5A 5HROA 3O3GA 4KHYA 2QKKA 3OJSA 3WNFA 2XY6A 2O4IA 3NHGA 2HVHA 3QEVA 3DI6A 1Y97A 1RT1A 1VSIA 1U49A 4BDZA 4FM2A 3ZT0A 3V9ZA 1C0TA 3RMDA 4KB0A 4M3UA 3HXMA 4L8RB 4Z4CA 4IFYA 1JLFA 1BGXT 1EX4A 4OGCA 4ZTFA 1C0UA 3PX4A 2DFHA 2RPIA 4N41A 3HM9A 4O0IA 1ZBIA 1LAVA 4CEFA 5KI6A 4CF8A 4N76A 2DTUA 3AO2A 3DMJA 3VQDA 5J2PA 1KTQA 4FXDA 3U6FA 4H4OA 3SQ0A 1L3SA 3OYBA 3HPHA 3KIOA 2JLEA 3NGIA 4DLGA 2Q3SA 1VK0A 3HSTB 1NJYA 3QESA 3OYDA 2DY4A 3V1RA 3VQEA 4FJKA 1KFDA 1DTQA 4JS4A 1SL1A 4E7KA 4FW1A 4O55A 1S9GA 1I3AA 1TKTA 1U4BA 1I39A 1TGOA 2YNHA 4AHSA 3K5MA 3JYTA 4M3ZA 3AO1A 4LH5A 3VQPA 4AHCA 1RILA 2IDOA 1L3TA 3AVJA 5C24A 2D5RA 5FDLA 1XC9A 3LAMA 4HHTA 4FM1A 2BANA 3ZT4A 1HNIA 3D45A 3I8DA 4KI6A 1NK6A 1HYVA 2ATQA 1SKRA 1T7PA 3CFRA 4B9MA 4RW9A 3L2UA 4B9NA 3AA2A 5HBMA 1BQMA 4J2DA 1RDBA 3AO4A 3V9UA 4B9SA 3ZSOA 3NBPA 4CEZA 1VSHA 2P51A 4DFMA 4HCBA 3WNGA 4OLAA 3K59A 4K8ZA 4M3XA 3PY8A 3OS2A 3AVMA 3ITHA 2Z1IA 4OLBA 3HK2A 3AA4A 4QOZB 1LWFA 3TARA 4HUGA 1J9AA 4FJMA 1ASVA 3HPOA 3V9XA 4ELUA 3C95A 1T03A 1ZBUA 2X6SA 4MQ3A 5CZ2A 1UWBA 4E1NA 3S3OA 4BDPA 2HHVA 5KRTA 4CECA 3DLRA 4AH9A 3LZJA 4CJPA 1L3VA 3CQ8A 3K5OA 4Q0BA 1RDDA 1QHTA 1RBSA 2FBXA 2X6NA 2IS3A 3CM6A 2VWJA 1J53A 1QSLA 4DS5A 1XHXA 4CEDA 3TANA 1EKEA 1DTTA 2YHBA 3PO5A 1C1AA 4M41A 3TWHA 1W9HA 3V9SA 3V81A 5E41A 3QEWA 3NF6A 3QEIA 3SPZA 1T05A 1IKVA 3TABA 1JLQA 3MAQA 2B4JA 4IG3A 4AHUA 3QNOA 4B9LA 4CIFA 2VWKA 5CYMA 1WSHA 2D0AA 4H4MA 2RKIA 2E4LA 3C6UA 4CK2A 5HRSA 3WNHA 4KRFA 2OPSA 3LZIA 4CFAA 1NOZA 1HJRA 3SCXA 4Z4GA 3NCIA 4MFBA 4KTQA 1JXBA 3KKSA 3QETA 3G0ZA 3DOLA 4FLUA 5HRRA 3PV8A 3E01A 4BACA 3MXMA 2BDPA 1KRPA 1GOCA 2PZSA 3B6PA 5CZ1A 4CGFA 3U3YA 3ZSYA 3QIOA 4E7IA 1BQNA 4RG8A 3THVA 2PYJA 4F2SA 4H8KA 1VSEA 4KTWA 1TAUA 1WSEA 2FBVA 3ZCMA 4W5TA 3T3FA 3LWLA 4DFPA 2KQ2A 4ZTJA 3QEXA 3KD1E 4FK4A 3RRGA 1Q8IA 2HMIA 3KK2A 3DRPA 1JLEA 2IC3A 3K2PA 2KFZA 3HP9A 4DG1A 1HRHA 2Z1GA 3AVGA 4DMNA 3K5NA 4B9VA 3MECA 4LSNA 2OZMA 4NYFA 3S9HA 3L2QA 3NE6A 4TSXA 4C8NA 4E3SA 2VG6A 3SJJA 1GOAA 4CHZA 3K57A 1ZBLA 1XI1A 4NCAA 2YHAA 1HMVA 1ZBHA 4O4GA 1CXQA 1U47A 3OS0A 2G8UA 4J2BA 4E19A 2OPQA 1VSMA 3LWMA 1S1VA 5KTQA 5J1EA 5SWMA 4FK0A 4FK2A 1S9EA 3V4IA 3AVAA 1B9FA 4CK3A 3NGYA 1KVCA 3ZT1A 4FLYA 5I42A 2OPRA 3DLHA 4M42A 3RWUA 4CJ4A 1TL1A 3LP2A 3O4NA 1WAFA 2IAJA 1YTUA 3CYMA 4EZ9A 4Z4HA 1IKXA 2DFEA 2X78A 3M8PA 4JLHA 1U45A 4CJ5A 1SL0A 3SZ2A 1RT3A 1SL2A 4CEQA 2BGGA 3B6OA 1A5WA 4JRQA 4FJLA 2VG7A 4DTPA 4CEBA 1YTAA 3KLIA 3KKRA 2G8HA 2EHGA 5HLFA 4CGIA 1NKEA 2G8KA 3OS1A 5DK5A 3RR7A 4CGJA 2HHSA 1FKOA 5K14A 4DQSA 4CGDA 1G15A 1TK5A 3NAEA 4PY5A 2Y1JA 4CIEA 1TK8A 2HHUA 2OZSA 3NFAA 4IG0A 4FW2A 3TR8A 3TAPA 4K8XA 4AHTA 2Y1IA 2F8TA 4CHNA 1KFSA 4B3OA 1RDCA 4EP5A 4FJIA 4DF4A 4R5PA 4FJ7A 3S3NA 3K58A 4FCYA 4DQPA 1FKPA 1NK9A 3DLKA 4KHNA 1WSGA 4FZZA 3VQAA 4NCBA 1VSKA 2HNYA 4DTMA 4DTOA 1S1TA 3DOKA 3PUFA 3LP3A 3HT3A 3K5LA 3EYZA 3PX6A 2RN2A 4PA1A 4BE0A 5SZTA 4OPKA 2D0CA 4FJ5A 4OGEA 4Z4IA 5JS1A 4J2EA 2FC0A 1T8EA 3L2VA 5CYQA 2P5OA 2XHBA 3OYEA 3H08A 1U04A 3KK1A 4KPYA 4F3TA 4G1QA 4W5RA 1RBVA 1VSJA 2A1SA 3CM5A 4N5SA 4CF1A 1L5UA 3TAEA 1BCMA 1Q9XA 1C1BA 1JLGA 2HNZA 1RDAA 1QSSA 2NUBA 4W5NA 1HQUA 1TK0A 3AA5X 3F9KA 3O4QA 4CJRA 3SNNA 1QE1A 3O3FA 3F73A 3M8QA 2GUIA 1VRTA 2X74A 4Z0UA 3AVBA 3VN5A 4CEAA 3SUOA 1SKSA 1QSYA 4QCLA 1HYSA 3KLEA 3MXJA 3VQ7A 3SPYA 1HQEA 3L3UA 4OVLA 5FROA 1D9DA 1KSPA 3C94A 4KB1A 3AVHA 3NF8A 4E1MA 1CZ9A 4DSLA 3DRRA 5T7BA 3SQ1A 1CLQA 5DMRA 1JKHA 1L3UA 1HNVA 3CFOA 3AA3A 4M45A 4CF0A 1ZBFA 1A5XA 3VQ5A 4CF2A 3KLGA 4W5OA 4Y1CA 5EU7A 1QQCA 3ZSXA 5J2QA 1EP4A 3AVLA 3DLEA 2P5GA 1RNHA 4F8RA 1IKYA 3AVIA 1CXUA 4FJHA 2VG5A 2HHQA 3HO1A 1IH7A 4DTNA 2BE2A 1X9MA 4BWJA 1S6PA 3P1GA 5CY4A 3DYAA 3U3GA 1RTHA 4DS4A 3RMAA 2HHWA 4I9LA 4GMJB 1C6VA 2FBYA 3PO4A 1N5YA 4EP4A 1TKDA 1FK9A 3OYNA 3OJUA 4CF9A 4CIGA 3QEPA 4E7HA 1REVA 2EX3A 3L2WA 3SQ4A 5FRMA 3QNNA 4Z4FA 4PWDA 3VQCA 4O5BA 3WNEA 3KJVA 2HNDA 1ZYQA 1NK0A 1BL3A 4DLEA 1LV5A 3OYCA 5KGXA 3KD5E 2O4GA 4WE1A 4E7LA 4FJXA 4C8OA 4C8MA 1JLBA 1U48A 3L8BA 3D0PA 3VQ4A 4LY7A 4HTUA 1QS4A 2IGIA 2KFNA 3QERA 4CHYA 1UAXA 1JL2A 4KHSA 4CGGA 4FJJA 3NDKA 1WLJA 3LP1A 4O0JA 3ZSRA 3OYKA 5J2NA 3HJFA 1QTMA 4B08A 4FVMA 4YNQA 3HP6A 3TAGA 3OY9A 1LWEA 1MU2A 4I2QA 3ZSZA 1HPZA 4KV8A 4LD0A 3T19A 3EY1A 2HHXA 4CJEA 4DF8A 3OYJA 1D9FA 3VA3A 2Z1JA 3SV4A 5HRPA 1RT2A 3EZ5A 1C1CA 3QINA 1R0AA 4KHWA 1Z26A 2QKBA 3IG1A 3M8SA 4NCGA 1Q9YA 1BIZA 4ID1A 3O3HA 1W0HA 1IG9A 1YT3A 1VSLA 1NK5A 1HYZA 4CJFA 5HRNA 4ELTA 4FZYA 4ID5A 4B9TA 4M3RA 2G8IA 4CHPA 5FRNA 2ITGA 4RW7A 4BE2A 5KRSA 3IS9A 1K6YA 2WOMA 3MXIA 4F2RA 4KAZA 2W42A 4DTRA 3ZT2A 3PX0A 4FJGA 1VSFA 4DU3A 2FBTA 4CHQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IO2A 3C6TA 4I2PA 4EZ6A 2KZZA 3H1VX 1YVUA 2YX6A 4MLEA 4PUOA 4DWIA 4FOEA 2W6LA 4IZ9A 3WT0A 4RW6A 3ZETB 3LAKA 4OPJA 2XY5A 3QIPA 3I0SA 2YHYA 4JKAA 2G8VA 3BDPA 2VCPA 4UQGA 4DQRA 3O9SA 1FXXA 1TAQA 5JMVA 4CFCA 4KO0A 3LPTA 4DU4A 3IKMA 3NH0A 5AZJA 1B92A 3MCPA 2P9LB 1NGCA 2A6AA 4CJLA 4F4KA 3KLHA 1A5VA 3O6WA 3DM2A 4CJWA 1D5AA 3ZX2A 5EXWA 3EE9A 2YJEA 2F7TA 3O9QA 4I7FA 5IWAK 3RTVA 3VESA 3KWIA 1XNRK 3LM9A 1ITGA 4FWQA 4E0DA 3QO9A 3J7AP 4JK9A 4FLTA 3AO5A 1ATNA 4HCCA 5C25A 3NF7A 2XY7A 2YNGA 1CZBA 3HVTA 2A42A 4FWKA 4Z4EA 3BGRA 5A2QO 2JGUA 3FFIA 1RT6A 2QXFA 5AQNA 4YOTA 4DV6K 1X3MA 4FLVA 1IBMK 4I9QA 2GBZA 2KLAA 4DV0K 1K73O 2D0BA 4CCHA 1WN7A 4GV6A 4PHTX 4IO9L 3SAGA 1TV6A 2P9IA 3BEXA 1QHAA 3MEEA 5CE3A 3VA0A 3P5JA 3SV3A 4I6MA 1LW0A 2KTQA 1X3NA 1NJWA 2P9UB 3VF4A 3MWTA 2YKMA 3WXLA 3HRGA 3R1XA 4FJ9A 1XQSC 5CHIA 1BCOA 1GLFO 2JWLA 3CG7A 4WQ5A 5AQUA 4AHVA 5D3GA 5AQKA 4DR3K 3P4IA 1RFQA 1WAJA 2IOCA 4M7XA 4K0KK 2G8FA 1NK4A 4H0VB 4FYDA 3LDSA 1VSDA 2D4WA 1D4XA 3FE1A 3KTQA 3ZT3A 2VGNA 1SAZA 1WSIA 3NH1A 4WQ5C 3VQ9A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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