5SWMA

Bacillus halodurans rnase h mutant d132n in complex with 12-mer frna/dna hybrid
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
IIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Limits of RNA 2'-OH Mimicry by Fluorine: Crystal Structure of Bacillus halodurans RNase H Bound to a 2'-FRNA:DNA Hybrid.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2016-08-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5swmA00
1Y97A 5KGXA 4IFVA 3VA3A 4DG1A 4CFDA 1REVA 1VSEA 3TABA 3DMJA 4AHUA 1UWBA 3DOKA 1RBUA 3LDSA 4UQGA 4DU3A 2Z1JA 3SZ2A 2KZMA 4CJSA 4AHRA 3L2QA 1IKWA 2YNFA 3AO4A 4DMNA 4KPYA 3H08A 1JLAA 4N5SA 4ZHRA 3SPYA 3RMCA 4AHSA 2PYLA 3T3FA 4EZ9A 4M3ZA 3ZSZA 4KB0A 3P5JA 3O4QA 1C6VA 4CF2A 4DSFA 3VQ5A 4FZYA 1GOCA 1HJRA 4FJKA 2LSNA 3T19A 2X74A 1NK6A 3LWLA 2AJQA 1LW0A 4K8ZA 3ULDA 3G10A 1EP4A 4FW1A 3QEWA 2G8HA 3EY1A 4LD0A 3HVRA 3S3MA 1ZBIA 1L3VA 2I5JA 3ISNC 3ZT0A 3NH0A 3OYNA 2Y1IA 4N41A 4CJKA 4OGCA 4FJHA 1GOBA 1QQCA 2VWKA 4E3SA 1JL1A 1ASUA 1KVAA 3HXMA 3TAFA 1D9DA 3KK1A 4FZXC 4PUOA 3LAKA 4W5NA 3ZCMA 2XRIA 4KRFA 3KKSA 4B8AB 3PUFA 3M8PA 3ZSVA 1A5VA 4CIFA 2X6NA 1YTUA 1KVCA 3NF7A 4J2EA 4M3YA 3IAYA 3RMDA 1QSLA 1NK4A 1NKBA 1XC9A 4AHCA 2BGGA 1I39A 3AA2A 4KV8A 3WNEA 3ZSYA 4DSKA 1BI4A 4N56A 5K14A 4Z4EA 3B6OA 2XY7A 1RBRA 1BIZA 4OPKA 1D5AA 1VSIA 2YNGA 2A1RA 1T05A 2KZZA 5DK5A 3LWMA 3O4NA 3VQEA 3K58A 4JRPA 3OYDA 1HNIA 4CFCA 4FJXA 3OYFA 3F9KA 4EP4A 1BL3A 4GVMA 4DTUA 2D0AA 2WONA 4KI6A 1KFSA 3OYCA 2IDOA 3P1GA 3QETA 3T1AA 1LAWA 3DLBA 4KTZA 4ID5A 4OLBA 3B6PA 4BE2A 4Z4CA 3KJVA 1FKOA 4H4MA 4LH5A 3TAQA 2HHTA 3LP2A 3D45A 4IBNA 4WE1A 3HT3A 1LAVA 3PO5A 5KGWA 4FLZA 2Z1IA 2WOMA 4DFJA 4B08A 4XIUA 4LSNA 4J2DA 3MEDA 1JLCA 2Z1GA 4FK2A 5J2PA 3MXMA 4DFKA 2F96A 1S1WA 1CZBA 5CZ2A 3VQDA 1BQNA 3V4IA 4M3WA 5HRNA 1RT6A 2IS3A 1S9GA 4ZTJA 1L3UA 2OYQA 3E01A 3HP9A 3V81A 1KVBA 4E1NA 4ELTA 4LY7A 2KQ2A 4CJUA 1ASVA 3OYKA 3LALA 3OYHA 1RNHA 3TR8A 3K59A 1ZBFA 1ZYQA 3SUOA 4CHOA 1CXUA 4LSLA 2HHQA 4CGFA 3KD1E 3AVAA 2JGUA 3DLGA 3CYMA 4FM1A 3U6FA 4BDYA 1QHTA 1C0MA 1WLJA 3QNOA 3AVNA 1KSPA 4F2RA 3HM9A 4CEFA 2HNDA 2G8VA 4IG0A 3SUNA 1QE1A 3AA3A 3I0RA 1S6PA 3RMAA 2PYJA 1NOYA 1IH7A 4M3RA 3TARA 4I2QA 1A5WA 1HRHA 2XHBA 4F4KA 3LZIA 4OKEA 1TGOA 4Q0BA 4DTNA 3CM6A 4DSEA 1X1PA 2YKNA 3M8RA 2KFZA 3HYFA 3TAMA 3K5OA 3AVFA 1KRPA 1Q9XA 4CGGA 4HUEA 1XI1A 1L3SA 2PY5A 4PY5A 4FM2A 3K5NA 1HYVA 3CFPA 3LP0A 4CHNA 2QKBA 1C1CA 1IKVA 2XY5A 3UIQA 4JLHA 4AILC 1JKHA 3P83D 2DFEA 2F8TA 1DTQA 4H4OA 2HHVA 4C8LA 1RT4A 4PA1A 3V9SA 4OKJA 5FRMA 3DLHA 1S9EA 3V1RA 4O0JA 1Q9YA 3ZSXA 2RN2A 3HPGA 2OZMA 5FDLA 5J2NA 2OPRA 5C25A 1NOZA 1XHXA 3SV4A 2GBZA 2G8UA 3OVNA 1Z26A 4IKFA 3QEPA 1FK9A 3ITHA 2E6LA 4HCBA 1UAXA 3DRRA 1WSIA 3HPOA 4DLEA 4FYDA 4KKOA 1NK7A 4TSXA 4N47A 1YT3A 3EZ5A 3A2FA 2HVHA 1NJZA 3SV3A 1TKDA 3ZT2A 2DY4A 2X6SA 4ICLA 3AA5X 1TL3A 3AVLA 4W5TA 1RT2A 4DLGA 3O3FA 4CHQA 1LW2A 1IG9A 4CJ3A 3SYZA 4FCYA 2XY6A 1N5YA 3HK2A 4CEOA 2KFNA 3QERA 4E7IA 4DS4A 3AVBA 4CEEA 3OYLA 4HUGA 3VQ6A 2W42A 5J2MA 1HQEA 5CY4A 3V1QA 4Z4HA 2BDPA 2ITGA 2QK9A 1WN7A 1TK0A 1W9HA 3S3NA 3ZSQA 3OYEA 2OPQA 3L8BA 1BI4B 1C0TA 4RW6A 2FC0A 1WSJA 5T7BA 2RPIA 1U45A 1NJWA 3I0SA 4E7HA 4C8KA 1JXEA 3RWUA 1NJXA 4O55A 1TKTA 2VG5A 5CYQA 4FLVA 4B8CA 4DQSA 4DSJA 3V9UA 2O4GA 2P51A 3DLEA 3CFOA 1Z25A 4I9LA 4RW7A 4CEDA 3K57A 1UA1A 4CFAA 4Y1DA 5J1EA 2FBYA 2YHAA 4BACA 4FJGA 1WAJA 1IO2A 1QTMA 1EX4A 1LWCA 2DFHA 3MEEA 1HPZA 4RW8A 3DYAA 3CQ8A 4FJIA 1RDDA 5HRRA 4G1QA 2FBVA 1R0AA 1VSJA 4FLUA 4DU1A 1RTHA 2YNHA 1VK0A 4KHYA 4DSLA 3NBPA 2IOCA 1WSEA 4Z4FA 4B9UA 4CJTA 5HBMA 4C8MA 3OY9A 4W5RA 4BE0A 4DTRA 3SQ2A 1X9WA 4CJQA 4DTOA 4FJ7A 2KTQA 1RDAA 1SKRA 3VQQA 2HHSA 1U49A 1JLEA 5HLFA 3I8DA 3KD5E 3KIOA 3TANA 1SL2A 2G8FA 4M3TA 1SL1A 3ZT4A 1L5UA 2X78A 3DM2A 4B9LA 4E0DA 3HSTB 1HYZA 1VSLA 4HTUA 2B5JA 1S1XA 1RCHA 4CEAA 3BDPA 4B9VA 4M42A 1D8YA 1JLFA 3F73A 4CHZA 3LZJA 4J2BA 1ASWA 1VRUA 1KLMA 3L3VA 3PY8A 4O44A 4CF8A 1IKYA 2OA8A 3AO2A 4CJRA 3S9HA 3L2VA 1X9SA 4CE9A 4IG3A 2XY8A 5CZ1A 1JL2A 4AH9A 4DF8A 3ASMA 4C8OA 4DQQA 3AVGA 3THVA 1A5XA 3CFRA 4IDKA 3VQ4A 2EX3A 3KLHA 3PV8A 4GMJB 3OS0A 1S6QA 3AVJA 3RRHA 3TAEA 1X9MA 1NK0A 1G15A 4JRQA 4BDPA 3LPUA 2GUIA 3WNFA 4CK2A 5DMRA 4YNQA 4GW6A 1SV5A 4CCHA 4DQIA 1T8EA 5J2QA 3LANA 1BIUA 1LWEA 4RW9A 1TV6A 3WNHA 1W0HA 4IFYA 5HRSA 3OYGA 3SI6A 4FZZA 3KLIA 4AHVA 4HVJA 3K5MA 4JS4A 4NCBA 3VN5A 4KHQA 2O4IA 3O3GA 4CIEA 4CF9A 1TAUA 4DTXA 3OJSA 1RTDA 2IC3A 4B9TA 4FK4A 1J53A 5JS1A 3LAMA 2VG7A 3VQCA 4F2SA 1SUQA 3QIPA 2EHGA 4I9QA 3LPTA 1J9AA 3C6TA 4CEZA 5HROA 4FJNA 3SQ4A 3V1OA 3L3UA 4DTSA 3KKRA 4DFMA 4KHNA 3KLFA 3AO5A 1RT1A 3C95A 3QLHA 3OS2A 1VSKA 3NHGA 3SNNA 2G8IA 5KTQA 2Y1JA 4B9SA 4ELVA 1LWFA 4FJJA 2D0CA 2HHWA 1K6YA 4LH4A 4CGJA 1HMVA 5E41A 1RDBA 1JLQA 4BWMA 4BDZA 2HNZA 4FW2A 3RRGA 3VA0A 1F21A 4JS5A 3NF9A 2FBTA 1VSFA 3NDKA 3FFIA 4E89A 4FJ8A 1Q8IA 3NF8A 1RBVA 4KAZA 4DU4A 1WSFA 1BCOA 1VSDA 3RR8A 3C94A 4K8XA 4NCGA 3VQ7A 3MAQA 1U48A 3SPZA 3HL8A 2OPPA 1U4BA 1FKPA 3NGIA 4DSIA 4NYNA 4E1MA 3VQAA 4AHTA 4KTQA 4M3XA 1ZBUA 4CK3A 4PQUA 4I7FA 4E7KA 4N76A 3IG1A 3RR7A 4M45A 2VG6A 1KLNA 1RTJA 3KK3A 4R5PA 3KK2A 3IS9A 3OYBA 3NGZA 4KHSA 1L3TA 3O3HA 1NJYA 3OYIA 1NK8A 1YVUA 3ZT3A 2HW3A 1WNSA 2OPSA 3NF6A 3DRSA 1TVRA 3HPHA 3OJUA 3DRPA 4CF0A 3PX0A 1HQUA 3V6DA 1NKEA 2G8KA 3RMBA 1ITGA 3WNGA 4CJVA 2HVIA 3VQBA 2JLEA 1GOAA 3SCXA 1RBSA 1B9DA 2OZSA 2ZQBA 5HRPA 1YTAA 3EYZA 3AVKA 1S1TA 3L2WA 4Z4IA 3AVHA 3DOLA 5FRNA 5EU7A 4L8RB 1J5OA 4F3OA 1BQMA 2XO7A 1BISA 3M8QA 4CJPA 3JYTA 4ZTFA 4C8NA 2QKKA 3KTQA 4FLXA 1DLOA 2E6MA 4CF1A 2HB5A 5CYMA 4H8KA 4FJMA 3KLEA 3ZSRA 4FJLA 2IAJA 2R7YA 4FLWA 1T03A 3PX6A 3ALYA 1KFDA 4Q5VA 5I3UA 5I42A 4OJRA 5SZTA 1NKCA 4W5OA 4KTWA 3L2RA 1VSMA 1EETA 3DLKA 5C24A 1B9FA 2Z1HA 1UA0A 2DFFA 1RTIA 2RKIA 2B4JA 1SKWA 4RW4A 1QS4A 3SJJA 1VSHA 4M3UA 2HHUA 5HP1A 5JS2A 1BGXT 4KFBA 4KO0A 2D5RA 1C0UA 1LV5A 2P5GA 2NUBA 2B6AA 4CJEA 3VQ9A 3OS1A 1JLBA 4MFBA 2A1SA 2FBXA 1C1BA 1NK9A 4CESA 3LP1A 3NCIA 3QNNA 2ZD1A 1TK8A 4B3OA 4ELUA 4QCLA 1C1AA 3V9ZA 4OGEA 4CFBA 4EP5A 3QEIA 3TI0A 1RBTA 4DTJA 2KW4A 1XHZA 4DQPA 5SWMA 1U47A 3D0PA 1QSYA 1TKXA 4I2PA 3AV9A 3OYMA 2DTUA 1EXQA 1JXBA 3CM5A 3DI6A 2HNYA 4QOZB 4NCAA 2ATQA 4HHTA 4RG8A 4CGIA 4O4GA 1J54A 4NYFA 2VWJA 4CK1A 3OYJA 3V9WA 3G0ZA 4FJ5A 1WSGA 4QAGA 4CEBA 1RT3A 3VQPA 3QESA 4DF4A 1S1UA 4CHYA 4BE1A 2ETJA 3AVIA 4KHWA 4OPJA 3QO9A 3AVCA 5KI6A 4F3TA 4DTMA 1XWLA 3U3YA 1KTQA 1S1VA 2D0BA 2YKMA 2GV9A 3VQ8A 3TAPA 1I3AA 4DS5A 4F8RA 3HJFA 3K2PA 4OVLA 3ZSOA 3M8SA 3DLRA 1TL1A 4ID1A 4CERA 1IKXA 1VRTA 1DTTA 2G8WA 1S5JA 3MEGA 1UOCA 3AVMA 4CJLA 3MXIA 1ZBHA 1QSSA 1WAFA 3S3OA 4DFPA 1FXXA 2QXFA 3TWHA 3QEVA 2YNIA 3AO3A 4CEQA 3V9XA 4CGDA 4KI4A 2Q3SA 3MXJA 3C6UA 5C42A 2IGIA 1O1WA 1RILA 2HHXA 3CG7A 3OYAA 4O0IA 3HO1A 4HCCA 3TAGA 4E7LA 1BHLA 3LP3A 1SKSA 4W5QA 4O5BA 2P5OA 3SUQA 3U3GA 4FLYA 3HP6A 4FVMA 4E19A 3HVTA 4CJWA 4OLAA 4M41A 1TKZA 4FK0A 2F8SA 3SUPA 1D9FA 4B9MA 1HNVA 1CXQA 3AO1A 3NFAA 2PZSA 4CHPA 4EZ6A 3AA4A 4CIGA 1RT7A 3NH2A 3KLGA 4FLTA 1B92A 5KRSA 2YV0X 4CECA 4CJ4A 5KRTA 3ZSWA 1TAQA 3QEXA 3SQ1A 3NGYA 3QINA 5D3GA 1EKEA 4Z0UA 4E7JA 4B9NA 3PO4A 1JLGA 1T7PA 3BGRA 3QIOA 2YHBA 4CJFA 2P1JA 3IRXA 3RTVA 1BCMA 4J2AA 2ZE2A 2BANA 1SL0A 3NH1A 2RF2A 4DWIA 2E4LA 1MU2A 1HYSA 4DQRA 1WSHA 4CGHA 3K5LA 3L2UA 1CZ9A 3NAEA 4MQ3A 4OKKA 4Y1CA 3SQ0A 1ZBLA 4FXDA 3ZT1A 4BWJA 3PX4A 1RT5A 4CJ5A 5FROA 4PWDA 4HUFA 4DTPA 1NK5A 4KHUA 4Z4GA 2BE2A 1CLQA 2HMIA 4FM0A 1U04A 3NE6A 4FJ9A 3MECA 1TK5A 3JSMA 4KB1A 4KREA 1RDCA 1KCFA 1N6QA 4YFUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KGXA 1IV0A 1SS6A 4CBXA 3TABA 3ID6A 1UWBA 1TYQA 3SZ2A 1QHAA 4CJSA 2YNFA 3H08A 3O08A 4ZHRA 4B3RK 1OVYA 3CPEA 1GOCA 2O8FA 2P9LB 2X74A 3F2KA 4YOXA 3LDPA 3EY1A 3S3MA 1L3VA 3ISNC 2Y1IA 4CJKA 4OGCA 2E2NA 1KC8O 1GOBA 3H3OB 1JL1A 1KVAA 3HXMA 3W0LA 1IBLK 3ZCMA 2XRIA 3ATUA 5F0XA 4OPHA 3PUFA 4JN4A 3ZLJA 4IOCL 3C0BA 3DWLA 3BF3A 1N32K 3DJCA 2P9UB 4GNIA 3C65A 3VEWA 1D5AA 1VSIA 1SZ2A 3KWGA 1Q18A 3OYFA 4EP4A 2GTDA 1BL3A 2ZGYA 4GVMA 2KKZA 1QQOA 4KI6A 1KFSA 1GLAG 4AM6A 3A5OC 4ID5A 3ZETA 1VQ9N 3TU5A 1ZXOA 3LP2A 3PO5A 3VGKA 2H3GX 3CJ9A 1GLJO 4DFJA 3O9QA 4XIUA 4J2DA 3BP8A 1BQNA 3WEEA 4CW7B 3QDKA 5M1NA 1RT6A 1S9GA 4ZTJA 3CIPA 3V81A 3T1HK 1LOTB 4CJUA 3P31A 4JKGB 3K59A 1ZYQA 3SUOA 4CHOA 4M63C 4DQ8A 1XC3A 3G25A 4BDYA 1WLJA 5M1KA 3A5NC 2FLOA 3RMAA 3T69A 4I2QA 4BRDA 2WBNA 4H5VA 3CM6A 2ZF5O 3L6QA 1X1PA 3CF5L 2IVPA 4WQ5A 3HYFA 3AVFA 5M1PA 2PY5A 3U9DA 4FM2A 3CFPA 4I6MA 4AILC 2DFEA 2QWLA 3ULEB 1DTQA 1T3VA 4H5TA 4OKJA 5FRMA 1S9EA 4DV7K 3HPGA 4JKFA 3MCPA 2OZMA 5FDLA 2OPRA 1Z26A 3ITHA 2E6LA 4DLEA 1YT3A 2JWKA 2HVHA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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