5SWMA

Bacillus halodurans rnase h mutant d132n in complex with 12-mer frna/dna hybrid
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
IIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
publication title Limits of RNA 2'-OH Mimicry by Fluorine: Crystal Structure of Bacillus halodurans RNase H Bound to a 2'-FRNA:DNA Hybrid.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2016-08-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5swmA00
4B9MA 3AVCA 5C42A 3TARA 4CEOA 3KTQA 4FJ5A 3OYKA 4DSJA 4K8XA 1T7PA 3M8SA 4HUFA 3L3UA 4FJLA 1WN7A 1RBRA 3O3GA 1XC9A 1TK5A 2ITGA 1CLQA 1JLGA 4FJGA 1RDAA 4BWJA 4DLEA 3QNOA 4FLYA 1O1WA 3T19A 4MFBA 4H4MA 2IS3A 4DSFA 3SUPA 4CFCA 4M42A 4CEAA 3AO3A 4M3XA 5DMRA 2FBYA 3ZSOA 4FJIA 4FJ9A 1C1AA 5J2QA 4EZ9A 3V4IA 1U49A 1Q9XA 4N76A 3VA0A 1HQEA 1D9DA 3LWMA 1YVUA 1VRUA 4NYFA 2Z1JA 3OYDA 2LSNA 4FM0A 4FM1A 4KTWA 4BWMA 3RRHA 3KLHA 4OGCA 4DSLA 1SKRA 4CK2A 2XY8A 1DTQA 1S6QA 5KGXA 1L3UA 4OKKA 3HM9A 4CJ3A 4HVJA 1C0TA 3NGZA 1YTUA 2FBVA 3LANA 5HLFA 4KAZA 4RW4A 3RTVA 1W0HA 1WLJA 2GBZA 3VQEA 3C6TA 2E6MA 4KI4A 3LWLA 1JKHA 1TKDA 3MXIA 4KHNA 5J2MA 4DG1A 2RF2A 1BISA 3THVA 3NF8A 2QK9A 4B9NA 1C6VA 1FXXA 1LAVA 1VSIA 3V6DA 2XO7A 3PX6A 5E41A 4CHPA 1IKWA 1ZBUA 2O4GA 4E1MA 1RDDA 1WSIA 2HMIA 1WAJA 4CJ4A 4DTNA 4OVLA 1IKXA 4ELTA 4R5PA 3RWUA 4GW6A 4FJHA 2KFNA 2ZE2A 2KZMA 3V9SA 1KFSA 3DOKA 3KLGA 1IO2A 5KRTA 4CIEA 3HPOA 1D5AA 4F8RA 1ASUA 2DTUA 2YNIA 3IG1A 3TI0A 1RTDA 4DTMA 4I7FA 4Z4HA 1KRPA 1Y97A 4ID5A 3VQQA 4F4KA 3QO9A 3QNNA 1RNHA 3NF9A 4ZTFA 2F8TA 1VK0A 2D0AA 4FLVA 5CY4A 1NJYA 3H08A 3D45A 5J1EA 3RR8A 3AA2A 1VSMA 1EKEA 1JLEA 3QESA 2Q3SA 4Z4FA 4OGEA 4CEFA 4PWDA 2RKIA 3AO5A 4B9VA 3QLHA 3HT3A 3P83D 1TK8A 4Z4CA 1C0UA 1QSSA 2X78A 3AVKA 3AVLA 2XHBA 4B8CA 5HP1A 2QKBA 2BANA 2DY4A 2Y1JA 3DYAA 5KI6A 1J9AA 4FJMA 1VSLA 4CF9A 1ZBIA 4KV8A 4J2DA 4CK3A 1RBVA 2P5GA 1S1TA 3MAQA 2OPSA 3ALYA 4E1NA 4DTUA 4E7LA 4FM2A 1U04A 3K5OA 5I3UA 4CEZA 2OYQA 3S3MA 1JLQA 3LALA 1LWFA 3AVJA 1KVCA 2PY5A 3NF7A 1Z26A 3CG7A 3LP3A 1ASVA 3OVNA 4M45A 3QEVA 4M41A 1T8EA 1JLFA 3NE6A 4O4GA 3MEEA 2ETJA 1UWBA 3DRSA 4PA1A 4CHZA 4FLXA 4E19A 2D0BA 1TKZA 2XY7A 1U47A 4CEQA 3ISNC 1I3AA 4CFAA 1TAQA 1HPZA 2GV9A 3VN5A 4Q0BA 5FRMA 4FK2A 2G8IA 1RILA 2HW3A 1BL3A 4FK4A 4RW6A 4CGGA 3ZSRA 4LH4A 4OLAA 1HQUA 2HHWA 4DU1A 1X9WA 2BE2A 2P1JA 4EP5A 2W42A 1RTIA 3EY1A 3QEXA 4DTJA 3SQ1A 3OJUA 5C24A 4BDPA 4FJ8A 4FZXC 4I2PA 3NH0A 3HXMA 4I9LA 2E6LA 4DTPA 3JSMA 1B9DA 3O3FA 1WSHA 1XHXA 3LAMA 3LZIA 4W5QA 4DSIA 1RDCA 1VSDA 4KB1A 2X6NA 1C0MA 2YKNA 1CZBA 3HVTA 2HVIA 4J2AA 3ZSVA 1RT4A 2VWJA 1VSEA 2KW4A 4C8MA 3V9XA 1X9SA 1HMVA 1T03A 1KVAA 1UAXA 3DLEA 3P1GA 4CIGA 4DWIA 4HCBA 2KZZA 2ZD1A 3F73A 3S9HA 4AHRA 3TAPA 1N5YA 4CHYA 4AILC 3L2RA 4CFDA 1JLAA 4I2QA 3VQBA 4DF4A 3DLKA 4CJ5A 5J2NA 1L3VA 4DFJA 2HNDA 4CJTA 4FCYA 1RDBA 1U48A 3ZT4A 3NFAA 4KFBA 3PY8A 4DQSA 4DF8A 1UA1A 1HRHA 1VSJA 1BGXT 3L2VA 4O0JA 3PV8A 3VQDA 1G15A 2HNYA 5HROA 4BDZA 2YNGA 2I5JA 2HHXA 3OY9A 4BE0A 2FBTA 4N5SA 4Y1CA 2VG7A 1REVA 1ZBFA 1NK8A 3HPGA 1L5UA 1D8YA 1ZBHA 4E7HA 1MU2A 3LPUA 5HBMA 3OS2A 4CGJA 4B9UA 1IG9A 5EU7A 3PUFA 4CJVA 3VQ5A 4M3YA 1C1CA 3TR8A 4FZYA 2HB5A 3U6FA 3I0RA 4ELVA 2FBXA 4PUOA 4NCGA 1RCHA 3LDSA 1TGOA 1HYSA 1RT1A 2Z1GA 1KCFA 4DTXA 3MEDA 4CJQA 1JL2A 1RT3A 2OPPA 2XY6A 4DTOA 3SZ2A 4JS4A 1SL2A 3EYZA 2VG6A 4RW9A 4DQRA 3RMDA 4CHQA 4DTSA 2F96A 4LSNA 4OKJA 1ITGA 4HCCA 1X1PA 4O55A 3AVBA 3NGYA 1HNVA 3T1AA 4CGIA 1JLBA 3V81A 3RMBA 3DLBA 1L3SA 1GOAA 4IBNA 3OYAA 3OYGA 4FW1A 3NH1A 3P5JA 3WNGA 4CK1A 1FKPA 3HVRA 1S6PA 3QEPA 4M3ZA 2HHVA 4JRQA 3RMCA 1X9MA 2OA8A 4CECA 4YNQA 4CF8A 4J2EA 1NJWA 3TAGA 1S5JA 3TANA 4PQUA 1KLMA 3T3FA 4DMNA 4O44A 1SV5A 3AVGA 1TV6A 1RT6A 1VSKA 3ZT2A 4AHSA 3OYJA 3DI6A 4MQ3A 2Z1HA 2YKMA 3L2UA 1S9EA 4E89A 5CYQA 3SYZA 2G8HA 1VSFA 2IC3A 3VQ9A 4EZ6A 3AVHA 1NK9A 4RG8A 1LAWA 3QEIA 1A5WA 2BGGA 4H8KA 3TAEA 4JS5A 2XRIA 3TAMA 1NJZA 3JYTA 4C8LA 4B3OA 3WNFA 3NCIA 4F2RA 4Y1DA 1S1WA 4FVMA 3U3GA 1TKTA 3VQCA 3MEGA 4B8AB 1UOCA 1SL0A 4C8OA 1TKXA 3IRXA 4TSXA 4FJXA 1WSEA 2HHQA 5KRSA 1S9GA 3SQ2A 3AA4A 3TWHA 3HO1A 2QXFA 2WOMA 4CF2A 3D0PA 3ZSYA 3DRPA 2ATQA 3TAQA 3KLFA 2HHSA 3K59A 3DLGA 4HTUA 2Y1IA 1TK0A 1WSJA 1Z25A 4DTRA 4QOZB 3AO1A 3B6PA 3SNNA 4K8ZA 4LD0A 3AVAA 3IAYA 4PY5A 2HHTA 2OPRA 4IG0A 4CIFA 3CYMA 3K2PA 1IH7A 3OYMA 2AJQA 3ITHA 4M3RA 3CM5A 2A1SA 1WAFA 4E7JA 1SKWA 3ZSQA 3CFPA 3KKRA 1LV5A 1IKYA 3CQ8A 2VWKA 1YTAA 3KD1E 2X6SA 2G8VA 3HJFA 4BE1A 2F8SA 2O4IA 1J5OA 3OYFA 3B6OA 3MECA 3CFRA 1RTHA 4IFVA 1TL3A 3I0SA 3MXJA 4CJPA 4CJEA 1J53A 2DFFA 4O5BA 4CEBA 1QSYA 2ZQBA 2G8WA 3RR7A 4C8NA 3VQ8A 3FFIA 3SUOA 3K5MA 1RT7A 1LWEA 1NKBA 1HJRA 5HRPA 2PZSA 1BI4A 1Q8IA 1ZBLA 1VSHA 1F21A 4W5OA 2OZMA 1NK0A 2R7YA 4DS4A 4ID1A 2JLEA 3SPZA 4J2BA 1EETA 3M8QA 4NYNA 1NK7A 3QEWA 4CF0A 3TABA 2G8UA 2P5OA 1BI4B 4IKFA 2B6AA 2DFHA 3ASMA 2PYJA 3HL8A 5CYMA 4N56A 1C1BA 1SUQA 2EX3A 3C6UA 4OPJA 2B5JA 1NKCA 3E01A 4DSEA 4KHYA 5CZ2A 5FRNA 4GMJB 1Q9YA 3LP1A 3SUQA 4I9QA 4OKEA 4G1QA 3SV4A 5CZ1A 2YHBA 1NK4A 4GVMA 1CZ9A 3NHGA 3DLHA 1RT5A 1BIUA 3KK3A 4ELUA 4YFUA 3O3HA 4KRFA 3K5NA 5I42A 4AHCA 1KSPA 3ZT1A 2Z1IA 3ZT3A 3ZT0A 4FLZA 5SZTA 5FDLA 1QQCA 4ICLA 3OJSA 1QSLA 3F9KA 4DSKA 2KFZA 3S3NA 1RT2A 3KD5E 4XIUA 2D5RA 1QE1A 3SV3A 3IS9A 4JLHA 4M3UA 3V1RA 3QINA 2WONA 4O0IA 4WE1A 4F3OA 3LPTA 4CJUA 3NBPA 4W5NA 4DU4A 5K14A 5KGWA 1K6YA 4LSLA 1RBSA 1NOYA 3G10A 1SKSA 4LY7A 1LWCA 3C95A 3SPYA 1TVRA 3DLRA 3LP2A 4CEDA 3QIPA 1W9HA 4DQQA 4E7KA 1JXEA 2PYLA 1BQNA 3AVIA 1U45A 2JGUA 3HP9A 2D0CA 4LH5A 1CXUA 2YV0X 3CFOA 5DK5A 1EXQA 4CGHA 5HRNA 1BCMA 3EZ5A 1XI1A 1ASWA 1RTJA 3V9ZA 3BGRA 4IG3A 4CHNA 3VA3A 4N47A 3L2WA 4AHTA 4CJKA 3K58A 4QAGA 3KIOA 4CFBA 3OS0A 2RN2A 3NAEA 4DS5A 3RMAA 1R0AA 4L8RB 1VRTA 4RW7A 4AHUA 3OYIA 2BDPA 3SQ4A 4HUEA 3WNHA 1A5VA 3K5LA 4FZZA 2OZSA 5HRSA 3AA5X 1BQMA 1HNIA 1WNSA 4CJFA 3AV9A 3U3YA 1KTQA 4BE2A 4F3TA 4W5TA 1QTMA 3S3OA 1J54A 1LW2A 1EX4A 4Z0UA 3SCXA 4AHVA 4E0DA 3HYFA 1QHTA 4B9LA 4FJJA 4OPKA 1ZYQA 4ZHRA 3L3VA 4CEEA 2RPIA 4N41A 2HHUA 1KVBA 4CJSA 4DLGA 1UA0A 4Z4GA 2YNHA 4FJNA 1WSGA 3NDKA 3HSTB 4KTZA 4KI6A 4E3SA 4B9SA 1NOZA 4FYDA 1GOCA 1LW0A 4CCHA 2YNFA 3QIOA 3VQ4A 4Z4IA 2KTQA 3OYNA 3KJVA 1NK5A 1BHLA 4Q5VA 3C94A 3RRGA 2X74A 3LP0A 3QERA 4QCLA 1HYVA 3V1OA 2IDOA 2OPQA 4DQIA 4OLBA 5FROA 1T05A 4HUGA 4KREA 1JL1A 4Z4EA 1NK6A 2NUBA 3G0ZA 1XHZA 5C25A 1TL1A 1S1VA 3A2FA 3K57A 2HNZA 2YHAA 1XWLA 4EP4A 4KB0A 2KQ2A 3PO5A 1JXBA 3V9UA 4JRPA 5J2PA 4NCBA 3KK1A 5HRRA 4W5RA 1NJXA 4KHUA 5SWMA 3V9WA 4KKOA 4DFPA 1L3TA 1BCOA 2EHGA 4FJ7A 4KHSA 4E7IA 3CM6A 1HYZA 3DM2A 4CGDA 4FK0A 2FC0A 1DLOA 2XY5A 3OYLA 4IDKA 3VQPA 1IKVA 4CJLA 1SL1A 4FLUA 4M3TA 1D9FA 3L8BA 4KTQA 3WNEA 4OJRA 4KHQA 4FW2A 2P51A 5T7BA 5JS1A 3OYHA 1YT3A 4UQGA 4DFMA 4CHOA 4FLWA 1NKEA 4CERA 4IFYA 3ULDA 3L2QA 4FXDA 3AA3A 3PX0A 3NH2A 3AVFA 3AO2A 2E4LA 4B08A 1RBTA 4KHWA 3M8PA 2B4JA 3VQ7A 3DRRA 2G8FA 3AVMA 3SUNA 1RBUA 3OYBA 4DU3A 4F2SA 4CESA 4FLTA 1EP4A 1CXQA 3LAKA 1BIZA 2HVHA 3TAFA 4B9TA 5JS2A 2IAJA 1FK9A 3KKSA 3DMJA 4BACA 2IOCA 3HP6A 3HK2A 4BDYA 3UIQA 3OS1A 4H4OA 4KO0A 3OYCA 3ZSXA 3OYEA 2GUIA 3ZCMA 4CJRA 3I8DA 4HHTA 4DFKA 1GOBA 4RW8A 3M8RA 1B9FA 4ZTJA 3NGIA 3ZSZA 4NCAA 2DFEA 3QETA 3NF6A 4C8KA 3SQ0A 1FKOA 3VQ6A 3SJJA 1N6QA 2G8KA 4KPYA 3BDPA 1I39A 3O4QA 3KLEA 3SI6A 1U4BA 3PO4A 1WSFA 3AVNA 3V1QA 1QS4A 4CE9A 1S1UA 1S1XA 5D3GA 3O4NA 3LZJA 1KFDA 4CGFA 4DQPA 1TAUA 2IGIA 1KLNA 1B92A 3KLIA 3AO4A 1JLCA 4M3WA 2VG5A 3DOLA 1A5XA 1DTTA 4CJWA 3PX4A 4FJKA 2A1RA 4AH9A 3VQAA 3ZSWA 3KK2A 4CF1A 5KTQA 3MXMA 2QKKA 3HPHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KTQA 1T7PA 3L3UA 3O08A 3O3GA 1JCEA 4FJGA 4BWJA 4DLEA 2WC9A 4H4MA 4BRCA 1YUWA 1JCFA 2A40A 2P9LB 5DMRA 3S41A 3ZSOA 3FZKA 4A2AA 1Q9XA 3JS6A 3LWMA 1VRUA 2VGMA 3A5OC 4BWMA 1OVQA 3C65A 3SAFA 1ZC6A 1KAXA 4G9ZA 3R6MA 4CJ3A 4HVJA 4DV1K 1Z05A 3LANA 4KAZA 5AFUH 2WTUA 4ILHA 1WB9A 1WBBA 4KI4A 1TKDA 3MXIA 1HPMA 1N36K 4DV7K 3KWIA 3NF8A 2P9UB 1RGIA 4B9NA 1C6VA 1ILYA 3LDLA 2YJEA 3GE1A 3ZYYX 4CHPA 4E1MA 2HMIA 4OVLA 3K9JA 3ATUA 3FZFA 4BRAA 2ZE2A 2KZMA 4GV9A 1ASUA 3IG1A 1Y97A 4ID5A 3UKUB 3ID6A 4ZTFA 2F8TA 2F4VK 3H08A 5J1EA 1OH8A 1EKEA 2GWKA 4Z4FA 4DR6K 4PWDA 2RKIA 4BQLA 4XEIA 3A5NC 1QSSA 2X78A 2XHBA 3ZETB 1W2BM 3EKUA 1J9AA 5GADP 4CF9A 4FJMA 4KV8A 4CK3A 2P5GA 4LF8K 3MN6A 3MCPA 4DTUA 4E7LA 4IEIA 5I3UA 3S3MA 1NGHA 3FLCO 2A6AA 1KVCA 2VCPA 1Z26A 1J5EK 2A42A 4M41A 1JLFA 3MEEA 4EIAA 1RFQA 1UWBA 2NRHA 2D0BA 1TKZA 3CJAA 4NXMK 3SJHA 3WUHA 4ISFA 3J80O 1I3AA 4CFAA 4LF9K 2GV9A 2G8IA 3VF4A 5ELZA 4RW6A 3L0QA 4CVNE 1K73O 4KBOA 4GKJK 3H1VX 2BE2A 2P1JA 4IEEA 2W42A 4B1ZA 3SQ1A 2AP1A 3OJUA 1Z6RA 4I2PA 3NH0A 3HXMA 4I9LA 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 4CES A;  4FLT A;  1EP4 A;  1CXQ A;  3LAK A;  1BIZ A;  2HVH A;  3TAF A;  4B9T A;  5JS2 A;  2IAJ A;  1FK9 A;  3KKS A;  3DMJ A;  4BAC A;  2IOC A;  3HP6 A;  3HK2 A;  4BDY A;  3UIQ A;  3OS1 A;  4H4O A;  4KO0 A;  3OYC A;  3ZSX A;  3OYE A;  2GUI A;  3ZCM A;  4CJR A;  3I8D A;  4HHT A;  4DFK A;  1GOB A;  4RW8 A;  3M8R A;  1B9F A;  4ZTJ A;  3NGI A;  3ZSZ A;  4NCA A;  2DFE A;  3QET A;  3NF6 A;  4C8K A;  3SQ0 A;  1FKO A;  3VQ6 A;  3SJJ A;  1N6Q A;  2G8K A;  4KPY A;  3BDP A;  1I39 A;  3O4Q A;  3KLE A;  3SI6 A;  1U4B A;  3PO4 A;  1WSF A;  3AVN A;  3V1Q A;  1QS4 A;  4CE9 A;  1S1U A;  1S1X A;  5D3G A;  3O4N A;  3LZJ A;  1KFD A;  4CGF A;  4DQP A;  1TAU A;  2IGI A;  1KLN A;  1B92 A;  3KLI A;  3AO4 A;  1JLC A;  4M3W A;  2VG5 A;  3DOL A;  1A5X A;  1DTT A;  4CJW A;  3PX4 A;  4FJK A;  2A1R A;  4AH9 A;  3VQA A;  3ZSW A;  3KK2 A;  4CF1 A;  5KTQ A;  3MXM A;  2QKK A;  3HPH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3KTQ A;  1T7P A;  3L3U A;  3O08 A;  3O3G A;  1JCE A;  4FJG A;  4BWJ A;  4DLE A;  2WC9 A;  4H4M A;  4BRC A;  1YUW A;  1JCF A;  2A40 A;  2P9L B;  5DMR A;  3S41 A;  3ZSO A;  3FZK A;  4A2A A;  1Q9X A;  3JS6 A;  3LWM A;  1VRU A;  2VGM A;  3A5O C;  4BWM A;  1OVQ A;  3C65 A;  3SAF A;  1ZC6 A;  1KAX A;  4G9Z A;  3R6M A;  4CJ3 A;  4HVJ A;  4DV1 K;  1Z05 A;  3LAN A;  4KAZ A;  5AFU H;  2WTU A;  4ILH A;  1WB9 A;  1WBB A;  4KI4 A;  1TKD A;  3MXI A;  1HPM A;  1N36 K;  4DV7 K;  3KWI A;  3NF8 A;  2P9U B;  1RGI A;  4B9N A;  1C6V A;  1ILY A;  3LDL A;  2YJE A;  3GE1 A;  3ZYY X;  4CHP A;  4E1M A;  2HMI A;  4OVL A;  3K9J A;  3ATU A;  3FZF A;  4BRA A;  2ZE2 A;  2KZM A;  4GV9 A;  1ASU A;  3IG1 A;  1Y97 A;  4ID5 A;  3UKU B;  3ID6 A;  4ZTF A;  2F8T A;  2F4V K;  3H08 A;  5J1E A;  1OH8 A;  1EKE A;  2GWK A;  4Z4F A;  4DR6 K;  4PWD A;  2RKI A;  4BQL A;  4XEI A;  3A5N C;  1QSS A;  2X78 A;  2XHB A;  3ZET B;  1W2B M;  3EKU A;  1J9A A;  5GAD P;  4CF9 A;  4FJM A;  4KV8 A;  4CK3 A;  2P5G A;  4LF8 K;  3MN6 A;  3MCP A;  4DTU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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