5SWMA

Bacillus halodurans rnase h mutant d132n in complex with 12-mer frna/dna hybrid
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
IIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Limits of RNA 2'-OH Mimicry by Fluorine: Crystal Structure of Bacillus halodurans RNase H Bound to a 2'-FRNA:DNA Hybrid.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2016-08-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5swmA00
3HM9A 5D3GA 2BDPA 3ZCMA 2P5OA 1YVUA 3VQQA 1NK0A 2GUIA 2YKMA 1NJZA 2HMIA 3LZIA 3LWLA 3SYZA 5C25A 1TKDA 4FJHA 2P51A 4BWJA 2WONA 1LAWA 1RT6A 3PV8A 4FJ9A 2D0CA 3ZSOA 4KAZA 2P1JA 4IG3A 3V1OA 1Q9YA 4RG8A 1U04A 1N5YA 1C1BA 4M3RA 1BGXT 2RN2A 4RW9A 3NH2A 4K8XA 3KK2A 2O4IA 4AHTA 2HB5A 4I2PA 4IFVA 4EZ9A 3SUOA 3BDPA 1IKXA 3C6UA 3OYGA 1TK5A 4CF9A 4NYFA 3CFPA 2FBXA 3AA4A 3QEIA 3OYIA 4NCAA 3DRSA 3V6DA 1TV6A 2ETJA 4CJ5A 4FXDA 1RT5A 3LZJA 1VSKA 4CGHA 2B5JA 3MXJA 3P83D 4EP5A 1T8EA 4KHWA 4LSNA 4FJ7A 4AHVA 1X1PA 4CJQA 4DQRA 4N76A 1VK0A 4AHUA 4CFCA 1VRTA 3CYMA 3O4QA 3KK1A 4E7HA 4FJXA 1HRHA 4OGEA 1NK4A 1JLGA 2HHUA 3OS1A 1RT3A 4CK3A 2R7YA 4CGJA 4FLYA 3SUNA 4E7JA 1L3SA 1GOAA 2WOMA 4CECA 3OS2A 3F9KA 5KGWA 4DS5A 4DTMA 3LP0A 5HRRA 3OYAA 1VSDA 2QK9A 3RWUA 4JS4A 1L3TA 1VSLA 1XHXA 3VQBA 4UQGA 3NH1A 3B6PA 4CIGA 1ZBHA 2HHQA 3VQ4A 4FJNA 3DLEA 4MFBA 1FK9A 4FK0A 1X9MA 1EP4A 1IKWA 4B3OA 2OPRA 3LWMA 1JL1A 2YV0X 1Z26A 1SKWA 1KSPA 3F73A 1JXEA 4O55A 1S1WA 3MEGA 3ASMA 2OPQA 3KK3A 1B92A 3LAMA 3DLRA 5HRSA 1KVBA 2B6AA 3SCXA 4DSKA 2IOCA 1HYVA 3QLHA 3CFRA 4KO0A 1D9FA 2IC3A 3LPUA 4DF8A 1L5UA 3AVLA 3DRRA 4FM2A 3JSMA 1IH7A 3KLEA 2OYQA 4DTOA 3OJUA 3L2WA 3DLBA 1CXUA 1KFDA 3RMCA 2X6SA 3NCIA 1HPZA 4GVMA 4G1QA 2FBVA 3T3FA 4M3YA 3AO5A 3EZ5A 4CGGA 3I0SA 1TAUA 3I8DA 2Q3SA 3I0RA 1JLFA 4OKKA 3KJVA 1BIZA 3PO5A 3B6OA 3WNFA 4DTPA 4KB1A 4LH5A 4FJ5A 4Q5VA 2ZD1A 1ZBUA 2BE2A 1JLBA 3C95A 3AO1A 3KLGA 3S3NA 3S9HA 3QO9A 3M8SA 2G8WA 1EETA 2O4GA 4Z4FA 1NJXA 5HP1A 3IRXA 2HVHA 1ASWA 1EX4A 3LDSA 4OLBA 3V9SA 4IG0A 4CCHA 4F2SA 1DTQA 3ZT1A 4ELVA 5EU7A 3MEEA 3ALYA 2OZSA 3SI6A 4E0DA 3DMJA 1TAQA 3O4NA 5E41A 2JGUA 4FJGA 1ZBLA 3RMDA 2HHWA 3DLKA 4IFYA 3BGRA 1VSHA 2YNGA 3AA2A 4FW2A 1L3VA 3RR8A 2EX3A 2G8HA 4K8ZA 4CF8A 4HUEA 2GV9A 5J2PA 3HK2A 4ZHRA 3QESA 4WE1A 1XI1A 2KTQA 1S1UA 4E19A 3AVKA 4DSFA 3HPHA 3AO2A 3QEPA 4Z4IA 4Z4HA 4DQIA 3TR8A 4CGIA 4PA1A 4CJEA 2XHBA 3TANA 1FKPA 4CHNA 4W5QA 4DF4A 3SNNA 4ZTJA 1U45A 4N56A 3L2RA 1XHZA 3K5NA 2VWJA 3QETA 1QSSA 1X9WA 4AILC 3KD5E 1RT1A 4OJRA 1WSJA 3MEDA 4HHTA 2F8TA 3ITHA 3LP2A 4CHYA 1HYZA 5DMRA 1XWLA 1ITGA 4CHOA 3OYBA 3OYCA 4FW1A 2D0AA 1NK6A 4KHQA 4JS5A 4F3OA 1GOBA 3NGIA 3ZSXA 1T7PA 3RRGA 3MXIA 4KHSA 4CJRA 1X9SA 3AVIA 3LP3A 4CEDA 3SUPA 2X74A 1LV5A 3OYKA 4LSLA 1QHTA 4Y1DA 4LH4A 4BWMA 5SZTA 2DFFA 4FM1A 3A2FA 4AHCA 3DI6A 3HPGA 4BE1A 4BDPA 1I3AA 2VG5A 4E7KA 4IDKA 4J2BA 2QXFA 4CEOA 1NK9A 4J2EA 1IO2A 3HXMA 3CQ8A 3SQ4A 1IKYA 1C0TA 4CGDA 4CK1A 3HPOA 1Q9XA 3VQ9A 3ZT3A 4FLUA 1FKOA 2E6LA 1D5AA 1WAFA 2HNYA 4RW7A 3OYMA 4LD0A 1UA1A 3RMAA 5FRNA 5J2QA 1BL3A 3O3GA 4AHRA 4CEFA 3AO4A 3HVRA 4DQQA 1JLQA 3RMBA 1QTMA 3KLIA 4M41A 4DU1A 4CFDA 1C0MA 1VRUA 2RKIA 3U3YA 4PWDA 2D5RA 3M8RA 3ZT2A 1TL1A 1RTDA 3QEWA 1LAVA 2B4JA 4CJVA 1SL0A 1RBRA 3VQAA 2AJQA 4CHPA 2YKNA 4DTXA 1C0UA 4EP4A 4CIFA 1NKCA 1BI4B 4HTUA 3QEXA 3DOKA 4O44A 4DSIA 1SKRA 3KLHA 1S1VA 3V9ZA 3SPYA 4M3ZA 1KTQA 1D8YA 2VG7A 4C8MA 3THVA 4QCLA 1UOCA 4OPKA 1JLCA 3JYTA 3PUFA 4KREA 3AA5X 1I39A 5I42A 4HUGA 1W9HA 4I9QA 4ICLA 3NE6A 4KI4A 1IKVA 4FZZA 4CEEA 2KQ2A 4W5RA 5CY4A 2XY5A 4E7LA 3TAEA 4KTQA 2KW4A 3WNHA 2X78A 1REVA 4M3TA 3SPZA 4ID5A 4ELUA 4W5NA 3V4IA 4HUFA 1HNVA 4OKEA 1VSIA 4Z4CA 3RR7A 1KRPA 1WSEA 2JLEA 3KLFA 4N5SA 3CG7A 4B08A 2EHGA 1NK7A 3TI0A 1NK5A 1NOYA 3TABA 2IGIA 3M8PA 3ZT4A 4DTUA 4HCCA 1ASVA 1C1AA 3VQCA 1T03A 1LW2A 2RPIA 3KKRA 4CJSA 3L8BA 1SL2A 2KZMA 4M3UA 2HNDA 3D45A 2A1SA 3V9WA 3SQ1A 4YNQA 4B8CA 2NUBA 4W5OA 1BCMA 1CZ9A 1N6QA 3L3UA 4ID1A 1SL1A 4Y1CA 3DOLA 5FROA 4DG1A 3ISNC 1RBUA 2IDOA 5C24A 1A5WA 4I9LA 4J2AA 4CJLA 3SQ0A 4KFBA 4FJMA 2Y1IA 1NJWA 3LANA 4C8KA 1BCOA 1KLMA 4FLTA 4E1NA 4B9TA 4DSLA 4DLEA 1QSLA 4Z4GA 1VSJA 2QKBA 1JL2A 3QINA 4CEQA 3DYAA 4RW8A 3TAFA 4FYDA 2GBZA 3TARA 1LWEA 1JLAA 1RDBA 2HHSA 2ATQA 3DRPA 4JRPA 1NOZA 3CM6A 3TWHA 3D0PA 3NBPA 5HLFA 4CIEA 4KHNA 1HYSA 1TKZA 4FLWA 3HVTA 3TAMA 1EKEA 2ZQBA 1RCHA 4O0JA 4CF0A 1QSYA 1TVRA 3QIPA 3HJFA 3U3GA 4C8LA 1J9AA 1Z25A 4LY7A 1UA0A 1IG9A 2YNHA 3VQDA 1NKBA 3AVFA 1NKEA 2XRIA 2LSNA 2OA8A 3NGYA 4FCYA 4FLZA 1CXQA 1R0AA 3SQ2A 1HMVA 3K2PA 5FDLA 5DK5A 3DLHA 4OLAA 2HHXA 3VQ7A 4OVLA 3V1QA 4B9UA 4IKFA 3CFOA 4E1MA 4R5PA 3MXMA 4ZTFA 3OJSA 1MU2A 3V9UA 2ZE2A 3QNOA 2PY5A 1J54A 1QE1A 3NF8A 3O3FA 4DQSA 1HNIA 1ZYQA 2PYLA 4NCGA 2YHBA 4DSJA 1S9GA 1HJRA 4BDZA 3RTVA 1VSFA 4DWIA 2F96A 2DFHA 2DTUA 1S9EA 3C6TA 4DMNA 1TK8A 2YNFA 4OPJA 2G8KA 3UIQA 3AVBA 4DTSA 2G8FA 3T1AA 3ZSQA 3KTQA 3AO3A 4M45A 1CZBA 3L2VA 3EYZA 2VG6A 1RTIA 4DQPA 1JKHA 1O1WA 4F4KA 2OPPA 2OPSA 2KFZA 3IG1A 4RW4A 4E89A 1XC9A 1Y97A 3AVJA 1BIUA 1B9DA 3C94A 1WSFA 3LAKA 1A5VA 3VN5A 1GOCA 4H8KA 4CJ3A 4DS4A 1J5OA 3SJJA 1WSIA 3TAQA 1RBVA 1S1XA 4AH9A 3V1RA 3SV4A 4KI6A 4FLVA 1RNHA 1D9DA 4NCBA 4FLXA 5CYQA 5J2MA 4CHQA 4DU4A 1HQUA 1RDAA 4DSEA 4B9SA 3LPTA 5J1EA 3VQ6A 1YT3A 3HL8A 4CF2A 3OY9A 1J53A 3AVCA 3HP9A 4KTWA 5T7BA 3HO1A 3S3MA 1SUQA 1BI4A 4F8RA 4MQ3A 1FXXA 1NK8A 3OYDA 1U48A 2G8UA 3S3OA 2W42A 3HYFA 1LWFA 1ZBFA 3ZSZA 1SKSA 2XY8A 3HSTB 4JRQA 2PZSA 1RTHA 3ULDA 4L8RB 5CZ1A 3K5LA 1BQNA 3DM2A 1BHLA 5KRSA 5SWMA 1K6YA 1EXQA 5KRTA 4F2RA 4M3XA 1C1CA 2A1RA 4ELTA 4DFJA 2X6NA 4HCBA 3AVNA 4EZ6A 3TAPA 2DY4A 1DTTA 2IS3A 4M3WA 2HNZA 4TSXA 4XIUA 3HP6A 4KHYA 4JLHA 1RDCA 3AVMA 2HHTA 4KB0A 3MAQA 4FZYA 3AV9A 5HRPA 1KVAA 4CJFA 3QEVA 2KZZA 5HRNA 2VWKA 4F3TA 2E4LA 3NF7A 1S6QA 3LALA 5CYMA 3WNGA 4B9NA 4FJKA 3IAYA 4W5TA 4IBNA 3ZSYA 4GW6A 3ZSRA 3H08A 1RILA 3KIOA 2OZMA 4DU3A 4FZXC 4KRFA 1RT7A 1C6VA 4NYNA 3AVAA 4CJPA 1TGOA 3HT3A 5JS1A 2G8VA 4FJ8A 3K58A 2XO7A 1WSGA 4I2QA 5HROA 1U49A 4DFMA 4C8NA 2E6MA 3NFAA 1S1TA 2Z1IA 1VSEA 3O3HA 4FK2A 1KVCA 5CZ2A 5JS2A 4DTJA 4FJJA 1TKTA 1WLJA 3AVHA 4OGCA 5KTQA 4B8AB 1UWBA 1YTAA 4Z4EA 1F21A 3ZSWA 2YHAA 2IAJA 1RT4A 3NDKA 2HHVA 4PY5A 4CHZA 4B9LA 4DFPA 4BACA 4AHSA 2DFEA 3PX6A 3SUQA 1RDDA 3TAGA 2D0BA 3KKSA 4QOZB 1QS4A 3P5JA 4HVJA 4KPYA 3K5MA 3PY8A 4O5BA 3VQ5A 4H4OA 3ZT0A 4DFKA 3SV3A 3V81A 2Y1JA 1JLEA 3NHGA 1WSHA 3U6FA 4CGFA 2BANA 2XY7A 3DLGA 1ZBIA 4CE9A 1CLQA 3PX4A 3NGZA 1VSMA 4DLGA 4PUOA 3L3VA 1QQCA 5FRMA 4E7IA 1HQEA 4PQUA 2HW3A 1WAJA 4M42A 4BE2A 5J2NA 3P1GA 1G15A 3NF6A 3OYHA 1L3UA 3SZ2A 4B9MA 3QNNA 4CERA 3EY1A 1JXBA 4Z0UA 3E01A 4CJKA 3PO4A 3KD1E 2ITGA 3G10A 4N47A 4CFAA 4J2DA 5HBMA 3ZSVA 1B9FA 4CEAA 2BGGA 3OYLA 2Z1HA 2F8SA 1KCFA 2YNIA 2XY6A 4CFBA 3MECA 1U4BA 3WNEA 4KHUA 3FFIA 4DTNA 4C8OA 5I3UA 2G8IA 4Q0BA 2RF2A 4RW6A 1LWCA 4KKOA 2P5GA 2HVIA 1RBTA 2Z1GA 4DTRA 1S6PA 3QIOA 2PYJA 2FC0A 1SV5A 3CM5A 4CESA 3K57A 1LW0A 1WN7A 4FK4A 3OYFA 4I7FA 4CK2A 4CJTA 3G0ZA 4N41A 4CJ4A 3LP1A 3NAEA 1RT2A 1WNSA 1U47A 3OVNA 1T05A 3IS9A 4E3SA 2KFNA 4BDYA 1BISA 4OKJA 3T19A 3OYNA 1YTUA 1DLOA 4B9VA 4O0IA 1Q8IA 3L2QA 3QERA 3M8QA 1UAXA 3VQPA 3VA0A 3K5OA 3PX0A 1BQMA 2FBTA 4FJLA 4FM0A 4CEBA 1RBSA 3AVGA 4FVMA 5C42A 1TL3A 3OS0A 4FJIA 4CEZA 3K59A 3NF9A 5K14A 3OYJA 4QAGA 1TK0A 4BE0A 1KFSA 4KV8A 1W0HA 3VQEA 3RRHA 1A5XA 5KGXA 3VA3A 4GMJB 5KI6A 4CF1A 3OYEA 3V9XA 1TKXA 2FBYA 4CJWA 4KTZA 4YFUA 2QKKA 4CJUA 1S5JA 1RTJA 2I5JA 3AA3A 4H4MA 3VQ8A 3NH0A 3L2UA 1NJYA 1KLNA 1ASUA 2Z1JA 4O4GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5D3GA 2BDPA 2YKMA 3FR0A 1RT6A 1NGHA 4RG8A 4RW9A 3P39A 1KC8O 4CD1A 1TK5A 5C12A 3QEIA 4NCAA 5GIOA 2ETJA 2NRHA 4CJ5A 4B1VA 2B5JA 4PL8A 4LSNA 4FJ7A 4CJQA 4N76A 3KK1A 3CYMA 3O4QA 3WXKA 4E7HA 1HRHA 4IOCL 3OS1A 1L3SA 4Z4IA 4FPAA 5KGWA 2VGMA 3LP0A 1TUYA 1VSDA 4CBWA 2V7ZA 2QK9A 2W40A 3I8BA 2OTLN 3HZ6A 4UQGA 2UXBK 3PSFA 2HHQA 4JI2K 3VQ4A 4FJNA 3VOVA 3HI0A 3NVKA 1YF5L 1SZ2A 3CCMN 4B3OA 1EP4A 3R6MA 3VEWA 1TYQA 5ADXA 1JL1A 4PKIA 5AQXA 1HKGA 3F73A 1NBWA 5BREA 4BR2A 3J81O 3CPEA 3TPQA 1HYVA 3CCRN 1D9FA 1L5UA 4DF8A 5AR0A 2OYQA 3KLEA 3WQTA 3ENOA 2X6SA 3NCIA 1HPZA 4BC4A 2FBVA 3EZ5A 4CGGA 3QICA 3QFPA 1JLFA 4Q5VA 2ZD1A 1NWKA 1ZBUA 3C95A 2VCPA 5CHIA 3S9HA 3M8SA 1EETA 4Z4FA 4JNEA 1NJXA 3HBTA 3LDSA 3K0SA 4B3RK 4F2SA 5EU7A 3MEEA 2A3ZA 3OBYA 3DMJA 5BN9A 2HHWA 2QWQA 2YJFA 5AQUA 5B8HA 5FLXO 1VSHA 1L3VA 4DV5K 1S72N 4K8ZA 4CF8A 2GV9A 4ZHRA 1XC3A 1S1UA 2KTQA 3AVKA 3U8XA 3O08A 3AO2A 1XQSC 2XHBA 4CGIA 1FKPA 4CHNA 4DF4A 5AQPA 5GINA 1U45A 3FGUA 1IJJA 2HOEA 3K5NA 3GOIA 4AILC 2F8TA 2JWKA 2OCEA 3ITHA 4CHYA 4H5TA 2O8BB 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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