5BR9A

Crystal structure of an uncharacterized protein with similarity to peptidase yeaz from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
217
structure length
217
Chain Sequence
HMSTLLALDTSTEACSVALLHEGRALSHYEVIPRLHAQRLLPMVRDLLDEAGVALSAVDAIAFGRGPGAFTGVRIAIGVVQGLAFALQRPVLAVSDLAILAQRAYREQGAERVAAAIDARMDEVYWGCYQLQQGEMRLAGSEAVLPPERVAVPWDAAAADWFGAGTGWGYVERMPQRPVALDASLLPHAEDLLSLAGFAWARGEGVEAEQALPVYLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of an uncharacterized protein with similarity to peptidase YEAZ from Pseudomonas aeruginosa
rcsb
molecule tags Unknown function
source organism Pseudomonas aeruginosa (strain atcc 15692 / pao1 / 1c / prs 101 / lmg 12228)
molecule keywords Uncharacterized protein
total genus 63
structure length 217
sequence length 217
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5br9A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5br9A02
1J6ZA 3ATUA 4CZJA 2IVNA 1C0GA 3HM8A 4JHDB 3VEYA 4BRCA 2BTFA 4Y0WA 4H0VB 4H5TA 5AQSA 4DQ8A 1GLJO 5EXWA 3DXMB 3O1WA 1E4GT 5KQDA 3H1QA 5AR0A 3GL1A 4FPAA 4WQ4C 4CZIA 5AZIA 4WQ5A 5KPRA 2HMPA 1Q18A 5EY4A 4BR4A 4M7XA 4FWRA 3JXUA 1Z05A 5ELZA 3TU5A 4H0TB 3A5MC 1V4TA 2P9IB 2ZGZA 2P9SA 5BPMA 5AQMA 5F2RA 4CZFA 3MN6A 4Z94A 1RDWX 4JAXA 2I7PA 1K8KA 2GUPA 5AQRA 3QBWA 1T6DA 2GTDA 1QZ5A 3D2EB 4CZKA 3FZLA 2V7ZA 3VGKA 5I9EB 3BUZB 3GG4A 3C7NB 3TPQA 3DWLA 3IUCA 3UKRA 1X3MA 3VETA 4RTFD 1NMDA 1NGDA 2HF4A 4H5NA 4XH5A 2E20A 1DEJA 3M3ZA 2D0OA 2YJFA 3HZ6A 5E84A 4WQ5C 2ZF5O 2ASMA 1MA9B 2YJEA 3FE1A 3O5BA 2D0PA 3F9MA 2IVOA 3AY9A 2W40A 4WYBA 3WXJA 3R6MA 5EOYA 5B8HA 1QZ6A 2E1YA 4CZHA 4BRGA 3L6QA 3QDKA 3EL2A 3AAQA 4JHDA 4FWKA 3MN9A 3SMSA 3CI5A 4B1ZA 1GLAG 5AZIB 4CZLA 4DCHA 3A5LC 4CI6A 3DXMA 5BRHA 3L0QA 5JMVA 4YDUA 4PKGA 4BREA 3A0IX 3WQUA 1GLBG 1P8ZA 4B1XB 5FPNA 2FSNA 5EVZA 3VEVA 5FPDA 4FWSA 3U9ZA 4EHUA 2A6AA 1BUPA 1XC3A 5AQGA 1ESVA 2NRHA 1HKCA 1RFQA 3IFRA 4IO8A 5ADXA 4BR2A 5AQWA 2J4RA 3EZWA 5BPLA 1XQSC 4BRHA 3UKRB 5EX5A 3GDQA 4B1VA 3ZEUA 3D2EA 4DHYA 5CE3A 4FWOA 4BC4A 2E88A 5TKYA 4ISGA 3FZHA 1NGJA 2H3GX 3C7NA 4BRQA 1ATNA 5BR9A 4FSVA 4A2AA 3MCPA 2CGKA 3U9DA 3M1FA 2FSKA 4FWPA 1TYQA 3MDQA 3VGLA 3CJBA 4BR7A 3H6EA 3KZBA 2P9LB 1BG3A 4GNIA 4A61A 4MO4A 3P4IA 4BRLA 3VENA 4B1UB 3WEEB 4GY2B 1GLFO 1YVNA 4BR9A 1RGIA 2E1ZA 4AM7A 1GLCG 2OANA 3FGUA 4MLHA 2DPNA 2E2PA 2ASPA 4HWIA 3GOIA 1IG8A 4I6MB 3G25A 3DXKA 4BC3A 5AQQA 4A62A 3H45C 3MK6A 5FPMA 3WXKA 2HOEA 1EQYA 3FFKB 3A8YA 3SMPA 4H5WA 3QFUA 2BUPA 5AQVA 3S41A 1V4SA 4IWVA 3LM2A 3ULEB 4RCHA 1JCFA 3L4IA 3B8AX 3HSCA 3LDPA 1ZC6A 2Q0UA 4PKIA 2YHWA 4M7YA 4FOEA 3I8BA 3J8AA 3WUHA 4IJAA 1T44A 4LC9B 3ZEUB 4H0OA 1BOTO 5JICA 3QICA 5AZJB 5AQZA 3WQTA 3C0BA 4FO0A 3U8XA 3AARA 2QWRA 3GBTA 2ITMA 4BRPA 3RSEB 2P9PB 2A42A 5AFUA 2P9NB 3VOVA 3VEZA 1TYQB 1QHAA 4NB4A 4XH1A 1NWKA 3QB0A 2GEMA 5KPTA 3HTVA 1S3XA 4H03B 3O1BA 2A5XA 3IMXA 1LOTB 3W0LA 3OHRA 2VCPA 3QBXA 3UE5A 1ATRA 2P9LA 3H3OB 2YI1A 4IXCA 3UKUA 4F9OA 4K42A 2ASOA 1MWKA 1S22A 2GWJA 2HF3A 2QWLA 3WEEA 2YCHA 3BEXA 5BRDA 3DXKB 4C23A 2QW9A 1ZBSA 4BGBA 3HI0A 4XH4A 4FPBA 2FF6A 2NLXA 4CZMA 1WUAA 3EO3A 5BN8A 4I6MA 5AQUA 1G99A 3VF6A 4AM6A 4BRMA 2PAVA 5F0XA 1HX1A 1XUPO 2GWKA 3A5NC 4BGAA 3SLCA 5AQXA 1DGKN 2CGLA 2V51B 3UB5A 3ULEA 4BVOA 2VWBA 2NZTA 2EWSA 3EKSA 2ZWHA 4CBUA 2WUSA 4H0PA 1SQKA 4FWLA 4MLEA 1HUXA 3LM9A 3MN5A 3BF3A 3VF4A 4CBWA 1HJOA 4BG8A 1ATSA 2IVPA 4H5VA 4XEIA 5AQHA 4CBXA 2Q1NA 4QS8A 2CH6A 2F9WA 2KHOA 2FF3B 5AZJA 1TUUA 3O08A 5AQJA 3LDNA 4K25A 2P9UB 4K43A 3VEXA 5E26A 3RSEA 2W41A 1BA1A 3FR0A 4YDUC 4O5FA 2P9PA 3BP8A 2P9NA 4NO7A 1E4FT 1BWFO 1YXQA 1HPMA 1JCEA 2D4WA 3HBTA 1U2VB 3VF2A 4BR0A 1T6CA 4BG9A 5FPEA 4B1WB 1NGBA 1YAGA 2D1KA 3CJ1A 5AQNA 3ZETB 5AQPA 3UKUB 3EKUA 1BA0A 4HTLA 3ZX0A 2QWQA 2UYTA 4B9QA 1GLLO 3H46O 1NGAA 3CJAA 2P9KB 3O8MA 1GLEG 3CJ7A 4QS9A 4CD3A 2FLOA 3LL3A 1WOQA 3O4WA 4BRDA 4FWNA 1Z6RA 4BR5A 4PL8A 3BF1A 1HKGA 1NGGA 5BPNA 3VEWA 4EIAA 4IZ9A 3DAWA 4H0YB 4MO5A 3U4LA 4BRKA 4EAHD 3VERA 4B1YB 5ADXH 2Q31A 4E1JA 2ZGYA 1H1VA 2Q0RA 4H0XB 1NGCA 1NM1A 2A40A 2E8AA 4L3QA 3IDHA 3ZX2A 3CQYA 3KHYA 1KAXA 3CQXA 4K41A 1IJJA 2CH5A 3CJCA 1D4XA 4BROA 4JD2B 4O8KA 2PBDA 1QQNA 1QQOA 3M6GA 3LDLA 2FXUA 4M63C 4PKHA 2QWPA 3JS6A 3FZFA 3GE1A 4BQLA 5KQ8A 3SJHA 3VGMA 5BRFA 2QWOA 4DB3A 1C0FA 4JNEA 3VPZA 4FL9A 1NGIA 2V7YA 3R8EA 5LJWA 1R59O 2P9UA 2V52B 1NLVA 3AAPA 1NGFA 2YHYA 4QS7A 3FLCO 4ISEA 1NBWA 1OKJA 3DJCA 3O80A 4FOIA 2VYPA 4JN4A 2E2OA 3R9PA 4BRNA 4BRAA 1U2VA 3QFPA 2QWMA 4BQZA 2QXLA 3EN9A 3ZETA 1YUWA 3FZKA 3D2FA 4H5RA 3ATVA 5JLHA 2Q97A 3LDQA 1BU6O 1U6ZA 2P9KA 3O6WA 1HKBA 5AQTA 4FWQA 1MWMA 3VESA 3CERA 1HLUA 2FSJA 1KAYA 4A2BA 3H3NO 4RWTA 3QMLA 1BO5O 3D7EO 3WXIA 5AQLA 3SK3A 2AP1A 1JCGA 4IJNA 3ENHA 3CETA 1X9JA 2AA4A 4EHTA 3VEOA 3FZMA 2E2QA 2A3ZA 2GELA 1DKGD 2F9TA 3CIPA 2YHXA 1Y64A 2P9SB 3MN7A 4BC5A 1BDGA 5AFUH 2CGJA 4CJ7A 1NGEA 2I7NA 4JD2A 4FWMA 5LY3A 3I33A 2A41A 3ID8A 1KXPA 5JLFA 5AQFA 1MDUB 1LCUA 1TUYA 2P9IA 3ENOA 3LDOA 1GLDG 5AQYA 4BVPA 2E2NA 4PL7A 3A5OC 1CZAN 1K8KB 5BREA 4ISFA 3WXLA 1SZ2A 3ZX3A 5BN9A 1QQMA 4EFHA 2IIRA 3W3DA 2QWNA 5AQIA 4WQ4A 4BRIA 2Q2RA 5KPZA 5LJVA 3D2FB 3CJ9A 1NGHA 4J8FA 2QM1A 1X3NA 4CZGA 2Q36A 4CZEA 3WT0A 1ZXOA 1SAZA 5F1XA 3CHWA 1KAZA 4BRFA 4CD1A 3MMVA 5AQOA 3KVGA 5AQKA 4BC2A 4KBOA 3H1VX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DTRA 4FXDA 4CIEA 4CZJA 1Q7YO 1EKEA 4YNQA 1RT4A 4YY3K 3NH1A 1QS4A 4FJXA 3VEYA 4BRCA 2BTFA 3NF7A 1L3VA 4Z4GA 3NHGA 3V9ZA 3DXMB 3O1WA 4KPYA 4AHRA 2ZQBA 1E4GT 3G4SN 1C0UA 2WC9A 3GL1A 5AR0A 3VQEA 4WQ5A 4DU4A 4BR4A 1RBRA 4Z0UA 2RKIA 4FJMA 3IS9A 4OO1J 2ZGZA 3U6FA 5BPMA 2IGIA 5AQMA 3ZT2A 4HUEA 4IG0A 4FZYA 2I7PA 2GUPA 5K14A 2E4LA 4O44A 5AQRA 1T6DA 2NNWA 3ZSVA 3SZ2A 2HHUA 3AVJA 5D3GA 1HRHA 3TTFA 5FROA 1X3MA 1Z25A 3DLHA 2HNDA 4XH5A 2E20A 4WQ5C 2YJEA 4X65K 5GADP 1N6QA 4OLBA 4WYBA 1ZBHA 5EOYA 1QZ6A 3V9WA 4O5BA 3OYCA 3RR8A 3VQDA 1JLEA 1GOAA 3L6QA 3NH0A 3CC4N 2QXFA 2HHQA 3L8BA 5AZIB 2KW4A 4CZLA 4JS5A 4ELTA 3OYDA 4CI6A 3DXMA 3SQ4A 1U4BA 5BRHA 3L0QA 1FKPA 1WSFA 2KZMA 1LAWA 2Z1GA 2JWKA 3E9PA 5KI6A 1WBBA 1X9SA 1S9GA 1TK8A 3OW2M 1WNSA 5J2PA 1KCFA 3EZ5A 4CGJA 1A5WA 1ESVA 1RDBA 1O13A 2O8DB 3SQ2A 1VQON 4M3ZA 4E3SA 3VQ9A 1XQSC 3VA0A 3S3OA 3UKRB 4BY9C 3GDQA 4B1VA 5HROA 4I9QA 1JXBA 2WBNA 3ZEUA 2HB5A 4DHYA 3OYAA 4FK4A 1HNZK 5BR9A 4RW8A 4FSVA 3NFAA 4A2AA 2CGKA 3U9DA 4RW7A 3H6EA 2HBJA 1N36K 3SNNA 1NOZA 4B1UB 3MEDA 3KKRA 1IO2A 2BE2A 2E1ZA 2OANA 4MLHA 2DPNA 1IKYA 4CEQA 1IG8A 3G25A 1DTTA 4NXMK 3NCIA 4KAZA 3KLIA 1LWFA 2X78A 3QFUA 3IAYA 4IWVA 2XY5A 4J2BA 4LH4A 4CEDA 1TKDA 3CM5A 1RT3A 4OPAA 1JLGA 2YNIA 3CCQN 1UA1A 3L4IA 1KRPA 4CGIA 4JRQA 5JVGL 4FLZA 2HHWA 1EX4A 2Q0UA 4PKIA 3SUOA 2YHWA 1XHXA 3J8AA 3WUHA 4DTJA 4LC9B 4AHVA 3WQTA 3C0BA 3OYBA 2QWRA 3GBTA 4PY5A 4H4OA 5AFUA 4WFAL 1LAVA 3K5NA 3H08A 1TYQB 1QHAA 3I0SA 4XH1A 4GVMA 3QB0A 1ASWA 5KPTA 3KIOA 1QTMA 3HTVA 4YOYA 2A5XA 3IMXA 3ZSYA 3OHRA 5CZ2A 4KH6A 4CFBA 2VCPA 1HYSA 1ATRA 2XY8A 1KFDA 3H3OB 2YI1A 3TAEA 4I9LA 3UKUA 4BE2A 3OYFA 4DV0K 3TARA 3O9TA 2ASOA 1BL3A 2QWLA 2NRWA 3AVCA 3ZT3A 3DRRA 3HK2A 1NK7A 2P51A 5LMUK 3ZT0A 1HX1A 3K57A 1S6PA 5J2MA 4FLUA 3OYHA 3SV3A 5I42A 4ILJA 4CHZA 1NJZA 1RT1A 3J81O 2ZJQL 3SLCA 2V51B 3UB5A 5FRMA 4BVOA 2QK9A 1WLJA 5IWAK 2ZWHA 3O9UA 4PWDA 2NRRA 4MLEA 3AA3A 1HJOA 2YNHA 1A5VA 4DV1K 4FJ9A 2CH6A 2F9WA 4GMJB 4DR3K 2OA8A 1JLQA 5E26A 1RDAA 4B3RK 1YXQA 3HBTA 1JCEA 3VF2A 4BR0A 2QKKA 4E7KA 4CFAA 1NGBA 1Q8IA 4HVJA 3AO2A 2DFFA 5AQNA 1QVGM 1S5JA 2OPSA 2UYTA 2OZSA 3H46O 1NGAA 2P9KB 1VSIA 3LL3A 3QEIA 4CJQA 1CZBA 4BR5A 1JLFA 4ZTFA 3NGYA 4A5AA 2XY7A 4DSIA 3VQBA 2AJQA 4CGFA 4EIAA 4IZ9A 2FBYA 4MO5A 3U4LA 4NCBA 4N76A 3VERA 4B1YB 1CXUA 1NK9A 2ZGYA 4ILGB 2BANA 3VQQA 4DQRA 3CQYA 1NK0A 1IJJA 4J2EA 1KLMA 4JD2B 4O8KA 2PBDA 4YOUA 4M63C 3CM6A 2QWPA 3SPZA 1KSPA 3GE1A 4AHTA 3VGMA 3KK3A 4IKFA 4CW7B 2QWOA 4Y1DA 1C0FA 2V7YA 5DMRA 5C0YA 5LJWA 2V52B 3AVIA 3I56N 2I5JA 3L3UA 3SUPA 4ISEA 1NBWA 2OPPA 3BDPA 4DR2K 3V9UA 3PX6A 4CJ5A 4CHNA 2QXLA 1W9HA 1YUWA 1HQEA 2ITGA 3KTQA 2NUBA 3VA3A 4LFBK 3SBGA 1A5XA 4WF9L 3RRGA 3SYZA 2Q97A 3OBYA 1BU6O 2ZJPL 2P9KA 1HPZA 2DFEA 1RDDA 4B3OA 1SL0A 3PLAA 3CERA 4HHTA 3AO3A 1KAYA 4A2BA 3KWGA 1YJWN 5HBMA 4CHPA 4FZZA 3I55N 1NNEA 3SK3A 4B08A 4IJNA 1B9DA 3CETA 4CHOA 4KTQA 2AA4A 4CK2A 3C65A 2A3ZA 2GELA 5C25A 3HP6A 1KLNA 2F9TA 2YHXA 2QTDA 1Y64A 1Y97A 2P9SB 5AFUH 2KKZA 4CJ7A 1JL2A 2I7NA 4JD2A 1KXPA 4E1NA 1TUYA 3S9HA 1GLDG 5AQYA 2E2NA 3DLKA 1M90O 5BREA 4LSLA 3CG7A 3WXLA 4QAGA 4AHSA 3OS1A 1QQMA 2O8EB 4DV3K 4WQ4A 1VSEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1J6Z A;  3ATU A;  4CZJ A;  2IVN A;  1C0G A;  3HM8 A;  4JHD B;  3VEY A;  4BRC A;  2BTF A;  4Y0W A;  4H0V B;  4H5T A;  5AQS A;  4DQ8 A;  1GLJ O;  5EXW A;  3DXM B;  3O1W A;  1E4G T;  5KQD A;  3H1Q A;  5AR0 A;  3GL1 A;  4FPA A;  4WQ4 C;  4CZI A;  5AZI A;  4WQ5 A;  5KPR A;  2HMP A;  1Q18 A;  5EY4 A;  4BR4 A;  4M7X A;  4FWR A;  3JXU A;  1Z05 A;  5ELZ A;  3TU5 A;  4H0T B;  3A5M C;  1V4T A;  2P9I B;  2ZGZ A;  2P9S A;  5BPM A;  5AQM A;  5F2R A;  4CZF A;  3MN6 A;  4Z94 A;  1RDW X;  4JAX A;  2I7P A;  1K8K A;  2GUP A;  5AQR A;  3QBW A;  1T6D A;  2GTD A;  1QZ5 A;  3D2E B;  4CZK A;  3FZL A;  2V7Z A;  3VGK A;  5I9E B;  3BUZ B;  3GG4 A;  3C7N B;  3TPQ A;  3DWL A;  3IUC A;  3UKR A;  1X3M A;  3VET A;  4RTF D;  1NMD A;  1NGD A;  2HF4 A;  4H5N A;  4XH5 A;  2E20 A;  1DEJ A;  3M3Z A;  2D0O A;  2YJF A;  3HZ6 A;  5E84 A;  4WQ5 C;  2ZF5 O;  2ASM A;  1MA9 B;  2YJE A;  3FE1 A;  3O5B A;  2D0P A;  3F9M A;  2IVO A;  3AY9 A;  2W40 A;  4WYB A;  3WXJ A;  3R6M A;  5EOY A;  5B8H A;  1QZ6 A;  2E1Y A;  4CZH A;  4BRG A;  3L6Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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