5CZ1A

Crystal structure of the catalytic core domain of mmtv integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
RGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTGIPYNPQGQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWGPISLEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords integrase
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
source organism Mouse mammary tumor virus
total genus 52
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz1A00
4CCHA 3QEXA 4CEAA 1JKHA 2ZE2A 2PYJA 4CJVA 4FLWA 4CGHA 2HVIA 1HJRA 4HUFA 3VQ7A 4KI6A 1RDAA 3SQ0A 3OYEA 1JL1A 4DWIA 2OA8A 3KKSA 1DTTA 2DFEA 3V1RA 4CJQA 4DQQA 2XY7A 1XWLA 1QS4A 2RPIA 2E6MA 1JLQA 1KTQA 2FBXA 1Y97A 1C1AA 1FK9A 1VK0A 1BIZA 1U48A 1NKEA 3DLRA 1X1PA 4CJPA 4B08A 1T05A 4NYFA 4F3OA 2HNDA 3DOKA 3LAKA 3VQ9A 4DQPA 4Y1CA 3K5NA 3LWMA 1F21A 2VWJA 4F3TA 3V9UA 2IS3A 1UA1A 1S1TA 2OPQA 4B8CA 3PX6A 1QSYA 4GW6A 2QKBA 4KTZA 4CE9A 2HMIA 1VSLA 4FK2A 1RDBA 4CIGA 3T1AA 3PV8A 4B9LA 5J1EA 1LWEA 3VQ5A 3SUPA 5CYMA 2GV9A 4EP4A 1IKYA 2EX3A 3KTQA 3DOLA 1TVRA 3NH2A 3SJJA 4DMNA 1W0HA 3TARA 1VSDA 3P1GA 1L3UA 4MQ3A 4DSJA 2JLEA 4LH5A 3M8RA 4DTRA 1S1VA 3ZT4A 2XHBA 3PX0A 2QK9A 2KFNA 3L2WA 3DRPA 2OPSA 3ZSZA 4OPJA 3KLHA 1QQCA 3C94A 3DLEA 4AH9A 3F73A 1BCOA 2HHVA 1RTIA 2WONA 1WSFA 4NCAA 3LZJA 1IO2A 1WSHA 1WAFA 4ZTJA 1X9MA 2HVHA 4ICLA 2P5GA 2ZQBA 4O5BA 1TL1A 4O0IA 4W5OA 1LWFA 3L2RA 4YFUA 5CZ1A 2YNGA 3VN5A 4Z0UA 2F8SA 3AO3A 5SWMA 3HL8A 1UWBA 4CJTA 4CIEA 1IG9A 4KHNA 2O4GA 1CZBA 3SQ4A 3VA0A 3RR7A 4BACA 4EZ9A 1VSEA 4DLEA 1G15A 4BWJA 4FJ9A 4DFJA 1BI4A 3AVLA 4OKKA 3VQPA 4BE2A 1SL2A 1L3VA 1T7PA 2P1JA 3G10A 4E19A 4DTSA 4LY7A 1RDCA 4O0JA 4IFVA 4JS4A 3SPZA 3RR8A 4C8KA 4BDYA 3O3FA 1VSKA 1NK4A 4OKEA 4Z4HA 2G8WA 3CG7A 3V9XA 3QETA 2HHQA 4KO0A 3K59A 3NGYA 2GUIA 1NK8A 5HLFA 2Z1JA 3HPOA 4M3WA 5K14A 1RBVA 1RT2A 3OYKA 5KGWA 1RBUA 1RT7A 3DMJA 1WAJA 3OYHA 1JLCA 4M3ZA 4DU4A 4KHWA 3AVFA 4KI4A 1RT5A 4J2AA 2RKIA 4QOZB 2Z1GA 3TR8A 4FJHA 4CF8A 1RT1A 2OPPA 4CHYA 3SCXA 2XY6A 1QSLA 2OPRA 3AVHA 3HO1A 3AA3A 1Z26A 2D0CA 3S3MA 1SKWA 4FCYA 2KZZA 2ITGA 4B9SA 1S6QA 4O44A 3VQBA 2A1SA 1ZBFA 3JYTA 4KB0A 4FZXC 2X74A 2FBVA 3RMDA 3PUFA 3LWLA 4M3YA 1U45A 5C42A 1A5WA 4FLZA 4KHSA 1Z25A 4ELVA 4PUOA 3DM2A 2G8VA 3HK2A 4JLHA 3K5LA 1VRTA 3E01A 3RRHA 1TK5A 1BL3A 4W5NA 4F2RA 3OVNA 2FC0A 3DLKA 3D0PA 1S5JA 3TI0A 1SKSA 4Y1DA 4ZTFA 2YKMA 4CJ4A 3SUNA 4LH4A 2BANA 4B9VA 5CYQA 4C8OA 3SI6A 3VQ4A 3SYZA 2E4LA 2G8IA 3LDSA 4FYDA 1LAVA 2DFFA 4CJKA 2HB5A 2Z1IA 4Z4CA 1NJZA 4FJGA 3KLFA 1NK9A 4CHQA 4RW4A 3K57A 1RTDA 2OZMA 4OVLA 1JXBA 3CFOA 3LANA 3TWHA 4Q5VA 4FJKA 4F4KA 4DFMA 2P51A 1C1BA 1O1WA 4Z4EA 1HRHA 3QEVA 1CXUA 1TKZA 4CEBA 4CJFA 4Z4GA 3ISNC 4PQUA 4CEZA 3KLEA 1C0MA 3HYFA 5JS1A 4CJ3A 3AO2A 1I39A 3QO9A 1TAUA 1DLOA 4HTUA 3QNNA 3AO4A 3VQDA 1RT6A 2QKKA 3AVGA 3U3YA 4FJ7A 1BGXT 4N76A 2B4JA 4FW1A 4E1NA 1NK0A 3PO4A 4JRPA 4W5QA 2IOCA 3OYMA 3KJVA 4FM1A 1XHXA 3NF9A 3LP1A 4M41A 4ELTA 3M8SA 2ZD1A 1L5UA 2YV0X 2X6SA 3NGIA 3MEGA 3P5JA 1B92A 4JS5A 2G8HA 4M3TA 1D9FA 4FLXA 3ZCMA 2YHAA 3HPHA 4OGEA 1EX4A 3HPGA 3LPUA 4DSIA 4FLTA 1TL3A 3DYAA 1JLBA 2D5RA 5JS2A 2BE2A 5SZTA 3KK1A 4M42A 1VSFA 1LW0A 3MXMA 1NJWA 1HYSA 4CEDA 4W5RA 3BDPA 1VRUA 1WNSA 1W9HA 3CM5A 1TK0A 4CESA 1BQNA 4FZZA 3TAGA 4DSFA 3PO5A 5FDLA 3LP0A 3OJUA 3OYLA 3SUOA 4CK3A 3RMBA 1DTQA 4DTUA 4CF2A 1Q9YA 3A2FA 3C95A 3EY1A 3SPYA 1RBSA 4HVJA 4NCGA 1LW2A 3NH0A 3S3NA 3C6UA 2RF2A 3CYMA 5KGXA 4H8KA 3CQ8A 1WSEA 4J2BA 1TKDA 2OYQA 3CM6A 4I9QA 1CLQA 4BWMA 3HP9A 2IAJA 1D5AA 3I0SA 4MFBA 3VA3A 4CERA 1U4BA 3OYFA 1NJYA 2HW3A 1CXQA 4JRQA 3MXJA 3QERA 1S1UA 2Z1HA 4CHOA 1YTUA 2D0AA 3UIQA 2YKNA 3HJFA 4LSNA 4Z4IA 3CFPA 3L2QA 3B6PA 4J2EA 4DTXA 1UOCA 4CJEA 1QHTA 4W5TA 4K8ZA 4OPKA 3G0ZA 4N41A 3VQ8A 4KHQA 2BGGA 4OKJA 4I2PA 4OGCA 3OS1A 3QEWA 3AO1A 4YNQA 4DU1A 4L8RB 2YNIA 4LD0A 3KK2A 1KVCA 1KFDA 3C6TA 4B9NA 3NH1A 4HCBA 1TK8A 1HNVA 1VSJA 1HPZA 4C8MA 3U6FA 2P5OA 1ITGA 4GMJB 3NDKA 1REVA 3KKRA 3NBPA 2KFZA 3T19A 3NCIA 5T7BA 5J2MA 4DS5A 2NUBA 1ZBLA 2KTQA 3WNEA 1XC9A 3OYJA 4B3OA 4HUEA 3O3GA 5DK5A 4CJRA 4DQIA 4IG0A 3EYZA 4HUGA 1BIUA 1RBTA 4E7IA 4B9UA 4CHZA 3RTVA 2G8FA 3O3HA 4KV8A 1WSGA 4AHRA 5HP1A 4K8XA 5FRNA 5FRMA 1KFSA 1BHLA 3V9ZA 3ZT0A 1VSIA 1T03A 1U04A 1RT4A 1WLJA 1EXQA 1FXXA 2F96A 1HQUA 3L2UA 1EETA 1RNHA 4ELUA 4IKFA 2B6AA 3V9WA 1IKWA 3M8QA 4IFYA 4WE1A 4ZHRA 3SV4A 2O4IA 1ZYQA 4DU3A 3VQQA 2BDPA 1EP4A 1SL1A 1D8YA 1X9WA 4B8AB 3OYBA 3P83D 2IGIA 1NK5A 4DSLA 3AA2A 4FVMA 2HHWA 2R7YA 4ID1A 3CFRA 1X9SA 3T3FA 4J2DA 3TAQA 2D0BA 4CHPA 3NF8A 3KIOA 1RT3A 3M8PA 3ZSRA 1GOCA 3MEEA 1R0AA 4CJSA 4DQRA 4FK4A 2KZMA 3WNFA 1Q9XA 1RILA 3QIOA 3HXMA 4DTNA 1SV5A 4CEEA 1UA0A 3HT3A 4CGFA 4C8NA 3VQ6A 5KTQA 4FJLA 4FW2A 4DSEA 4KAZA 1RTHA 4N56A 2XRIA 4E1MA 4DTJA 3JSMA 4B9MA 4M3XA 1RDDA 2ATQA 3LP2A 1C0UA 3L3UA 4CGJA 4KTQA 4CGIA 2HNZA 2EHGA 4AHSA 1KLNA 1JLFA 5HRRA 4DTOA 4R5PA 4DF8A 3VQCA 3V9SA 3PY8A 4CHNA 3TANA 3MXIA 4DSKA 4IDKA 3IAYA 5HRSA 1HYVA 3H08A 3OYIA 1YTAA 5FROA 2XO7A 3TAFA 3OYNA 3DRRA 2YNFA 3TAMA 3NGZA 3AV9A 4E7HA 2ETJA 1VSMA 4F8RA 4DG1A 4E3SA 4FJ5A 1NOYA 3RRGA 4OJRA 1XI1A 3MECA 3K58A 3AA5X 4N5SA 1BCMA 5KRSA 4I7FA 3AVJA 4E0DA 1C6VA 1ASUA 3AVCA 1ZBUA 3AVMA 4CF1A 3I8DA 3HVRA 2KW4A 2PYLA 4FJJA 1JLAA 3SQ1A 4CIFA 1HMVA 4AHVA 3SV3A 2FBYA 1ZBHA 4CF9A 1BQMA 4FXDA 4TSXA 4DS4A 1A5VA 4DFKA 3OS0A 1IH7A 4RW9A 4FLVA 3KD5E 1SKRA 3AVNA 3OYGA 5J2NA 1Q8IA 1CZ9A 1YVUA 1UAXA 2VG6A 1B9DA 1RBRA 4IBNA 4HHTA 1N6QA 4FLUA 1IKVA 2DFHA 4KTWA 1NJXA 5J2PA 1L3TA 1HYZA 1YT3A 3V6DA 5C25A 4Z4FA 4BE1A 1QSSA 4DLGA 5D3GA 4HCCA 2X78A 3KLIA 3WNGA 4AILC 3DLBA 3ZT3A 4PA1A 3DI6A 1I3AA 3AVIA 1C1CA 5DMRA 3EZ5A 1JLGA 2RN2A 3KK3A 4CGGA 4H4MA 2G8UA 3THVA 1EKEA 3OJSA 4KHYA 2JGUA 3QIPA 4UQGA 5J2QA 1NKBA 3OY9A 3V1OA 4CJWA 3V1QA 4EP5A 3NFAA 1S1WA 1K6YA 5EU7A 4M45A 3F9KA 3V81A 3D45A 3NAEA 4E7LA 4OLBA 1J54A 3L8BA 4I9LA 3ULDA 1VSHA 1J5OA 2HHUA 1SUQA 1ASVA 3I0RA 3DLHA 4CJLA 1NK7A 1KSPA 2Q3SA 4M3RA 1BISA 5KI6A 1KVAA 4FK0A 3NF7A 1S6PA 4GVMA 3BGRA 4RG8A 3VQAA 4BE0A 4KFBA 3HSTB 3V4IA 1IKXA 1NKCA 3ZSQA 3ZT1A 1ASWA 1TKTA 2IDOA 3NHGA 4C8LA 5CZ2A 4KHUA 1ZBIA 3VQEA 1U47A 4BDPA 4FJMA 1WSJA 4DTMA 3TAEA 3ALYA 3IRXA 3B6OA 4CJUA 1J53A 1TKXA 2FBTA 3MEDA 1LAWA 1QE1A 3K2PA 3O4QA 3PX4A 2HHTA 3ZSVA 3KLGA 2VG7A 4CK1A 3QLHA 1B9FA 4O55A 1D9DA 1L3SA 3S9HA 4DTPA 3OYCA 4G1QA 1LWCA 5HROA 3LZIA 4F2SA 3ITHA 2IC3A 4KKOA 4O4GA 4CK2A 1TV6A 4FM2A 4XIUA 4FJIA 3FFIA 2VG5A 4LSLA 4ID5A 4FLYA 2Y1IA 2PZSA 3WNHA 1TGOA 2HHXA 1JL2A 3LALA 1XHZA 3L3VA 4CFCA 4H4OA 1S9EA 3ZSWA 1FKPA 2E6LA 3O4NA 2VWKA 4CFDA 5HRNA 3HP6A 3NF6A 3IG1A 3RWUA 4KRFA 4RW7A 4EZ6A 3IS9A 2DY4A 2WOMA 1JLEA 2YHBA 3ASMA 5CY4A 4CEQA 1S1XA 4DQSA 3SUQA 2OZSA 4Q0BA 5I3UA 4CFBA 3MAQA 4I2QA 1A5XA 3TAPA 3QINA 4QAGA 2G8KA 4QCLA 3SNNA 2DTUA 3QEPA 1KCFA 4AHUA 3QESA 4AHTA 4FJ8A 2X6NA 3HVTA 3KD1E 4KPYA 3AA4A 3ZSXA 4FJXA 1RTJA 4KREA 3NE6A 3AVAA 3AO5A 5HRPA 4CECA 2A1RA 2XY8A 3OYDA 3QNOA 2PY5A 2HNYA 1NOZA 1U49A 4FJNA 4FZYA 4AHCA 4FM0A 3SZ2A 1RCHA 3LP3A 4DFPA 4BDZA 2YNHA 1C0TA 2F8TA 1BI4B 4CJ5A 3SQ2A 5I42A 4M3UA 1QTMA 1N5YA 4E89A 3DLGA 2W42A 4RW6A 4OLAA 1JXEA 4CGDA 4KB1A 1SL0A 3U3GA 5C24A 4NYNA 1J9AA 2LSNA 1KLMA 3K5OA 3LPTA 5HBMA 4N47A 3OYAA 2KQ2A 4IG3A 3S3OA 2HHSA 4PWDA 3L2VA 4E7KA 3LAMA 4B9TA 4PY5A 3ZSOA 1FKOA 5KRTA 4CEFA 3HM9A 1TAQA 1T8EA 1KRPA 3ZT2A 1MU2A 3DRSA 4DF4A 3K5MA 3RMAA 2B5JA 2I5JA 2AJQA 4RW8A 4CFAA 1WSIA 1WN7A 1GOAA 3ZSYA 3OS2A 3QEIA 2QXFA 1GOBA 4CF0A 1HNIA 1KVBA 1LV5A 1HQEA 1S9GA 2Y1JA 3TABA 1NK6A 4NCBA 3RMCA 2XY5A 3AVBA 5E41A 4E7JA 4CEOA 2GBZA 3AVKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EN9A 1XUPO 2PYJA 2HVIA 4CGHA 3TTDA 4IO8A 5KQDA 3SQ0A 3D6RA 2OA8A 3KKSA 3NMUA 1KAZA 4H5VA 1XWLA 2RPIA 3DLRA 3ID8A 4FWNA 3DOKA 3LAKA 3VQ9A 4DQPA 3AGKA 3A8YA 4CE9A 3A5NC 4B9LA 1LWEA 3SUPA 1IKYA 1W0HA 4DSJA 4BVPA 2JLEA 2QK9A 4DV6K 4BRGA 4X65K 3DAWA 3ZSZA 4IWVA 3CC4N 5AQFA 1BCOA 4FPBA 4NCAA 1WSFA 2H3GX 1X3NA 4JYAK 2F8SA 4YFUA 3G25A 1VQ9N 5SWMA 3HL8A 3SQ4A 1CZBA 4A5AA 2QWPA 1VSEA 1Q86O 2O8EA 4BGAA 4DLEA 4BWJA 3MN9A 4BE2A 1SL2A 5JMVA 3C6AA 2P9PA 2P1JA 4E19A 4DTSA 4JKGA 4IFVA 4M7XA 3SPZA 4C8KA 2ASOA 4BDYA 3C6HA 3CG7A 4DHYA 1VAZA 3BZCA 3CMAN 1RBUA 5JLFA 3VF6A 4QOZB 1HPMA 2Z1GA 4CF8A 1OH5A 2QWQA 2UXDK 4AM6A 3AVHA 1ATSA 1Z26A 2D0CA 1VQMN 2ITGA 3SBTA 2GWKA 2A1SA 5AQHA 4DV3K 2FBVA 3RMDA 3PUFA 5AFUH 4Z94A 4FOIA 5C42A 5GAGP 1EWQA 1EO1A 4PUOA 2G8VA 2E1YA 1VQPN 1BL3A 1BO5O 4M63C 4CJ4A 4LH4A 3CJBA 4JEPA 5CYQA 3BZKA 3SI6A 2CGLA 4FYDA 2DFFA 2YHXA 2OANA 1NJZA 4Z4CA 5M1KA 3KLFA 4CHQA 3K57A 2VQEK 1YXQA 3LANA 4FJKA 4Q5VA 2P51A 4FSVA 4CEBA 4Z4GA 4CEZA 5JS1A 1NBWA 3QO9A 4BRDA 3L4IA 4NXNK 3SK3A 5AQQA 1BGXT 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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