5CZ2A

Crystal structure of a two-domain fragment of mmtv integrase
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
159
structure length
151
Chain Sequence
VNPRGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Mouse mammary tumor virus (strain br6)
molecule keywords Pol polyprotein
total genus 46
structure length 151
sequence length 159
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz2A00
1J5OA 4B9LA 5D3GA 2I5JA 5JS2A 1NKCA 1NOYA 3ZT4A 4B08A 1RDAA 3KLFA 3HXMA 3ZSYA 1I39A 3O3HA 1TL1A 3MAQA 4DQQA 2ZD1A 3QNNA 3C95A 3M8QA 1Q9XA 1FKPA 2E4LA 1A5WA 1VSEA 3QO9A 3O3GA 3NAEA 1BQMA 4M3WA 3AVHA 3DOLA 4RW4A 2ETJA 4ZTJA 1RNHA 2O4GA 5CYMA 4DFPA 4KHYA 1U49A 4DG1A 3QIOA 3NH2A 4CEBA 2W42A 3VA3A 3K5OA 1NK5A 4TSXA 2YKNA 3G0ZA 4FJLA 1RT1A 1FXXA 3AA4A 1HJRA 1T03A 4K8ZA 1K6YA 1FK9A 2Z1IA 4PUOA 2IS3A 3AVCA 1WSHA 3NDKA 3QIPA 1WSJA 4CFCA 3NF7A 4KTZA 4FLZA 1RTHA 1SKSA 4B3OA 3TARA 5HRRA 1T7PA 4IBNA 4W5QA 1J54A 3HJFA 4F2SA 3OYAA 4ELUA 4CGIA 4N56A 3AA2A 1NK6A 1DTTA 3IS9A 3ZSWA 2F8TA 3DLKA 1NK4A 1IKWA 4B8CA 4CGDA 4N47A 1LW0A 4CEOA 4KO0A 1S6PA 1HYZA 2G8VA 4DMNA 4CJEA 1TK0A 1Q9YA 3QESA 4FM2A 2Y1JA 1KCFA 3TAGA 3RMCA 1RTJA 1MU2A 1ASUA 3P1GA 5I42A 3M8RA 3S3MA 1C0MA 3KIOA 4FK0A 5DK5A 3MXIA 1JL1A 3E01A 2RKIA 3LP2A 4O4GA 2OA8A 3PO5A 3HO1A 4B9MA 1A5VA 1BISA 3RMBA 3VQQA 5FRMA 1YTAA 3WNFA 4OLAA 5KGWA 4AHVA 2VWKA 3DLGA 3QEXA 5HP1A 4FJIA 3L8BA 3BGRA 1ZBHA 1IKYA 5C25A 4OPJA 1TKDA 4KREA 3H08A 3TR8A 3ZCMA 5KRTA 4KHNA 1TAQA 3LANA 2IGIA 3PX4A 1XHXA 1IKXA 4DQPA 3OJSA 4HUEA 1SKRA 1WSFA 2B4JA 4QAGA 3AVGA 1SL0A 4JRPA 2VG7A 1RBRA 4CIGA 1TK5A 1LAVA 3V9UA 1C0TA 4W5TA 4E0DA 3SUNA 3AVKA 4JLHA 1JL2A 3AA5X 4CEQA 4Z4IA 2G8UA 4KI4A 2HNYA 1S6QA 4YNQA 5C42A 1B9FA 4KAZA 2YHAA 2LSNA 1WLJA 5CYQA 4IG0A 3VQAA 3ZSXA 4DSFA 3U6FA 3AVFA 2OPQA 4PA1A 3VQ8A 1CZBA 3VA0A 1VSHA 3V9XA 3SQ2A 4BDPA 1TVRA 2AJQA 2FBXA 4C8LA 3HPHA 3AVIA 4R5PA 3RMDA 3PV8A 2P5OA 4F2RA 1UA1A 4LSLA 3LP3A 3QLHA 3SI6A 1LWEA 2ITGA 2IAJA 2FC0A 3LDSA 3KLIA 4FK4A 4FVMA 1W9HA 2OYQA 4PY5A 1U45A 4FJ7A 4F3OA 4RW8A 3K5MA 1VSKA 4CGGA 3OYJA 2XY7A 2A1RA 4FLTA 3V9SA 4KV8A 2PYLA 1UAXA 3AO1A 5KI6A 1BIZA 3HT3A 4DTXA 3TWHA 3LP1A 2HVIA 1W0HA 4HVJA 4OGEA 4CJ5A 2BE2A 2QXFA 5KGXA 1C1CA 4DLGA 1WSIA 2QK9A 1IH7A 2XO7A 3L3UA 3MXJA 4C8MA 3F9KA 4CIFA 4DQRA 2DY4A 3ZT3A 4OJRA 4CJKA 3AO2A 4O5BA 3SQ1A 3UIQA 3OY9A 4CHNA 4KFBA 4BE2A 4KI6A 3HVTA 4I2PA 3QETA 2BANA 4M3TA 1U04A 4H4MA 2FBTA 2XY5A 3WNEA 4AHRA 2WONA 1NK7A 1NKEA 1KRPA 4FJHA 1WAJA 3B6OA 5DMRA 3QEPA 4CGHA 4FJKA 2O4IA 2HVHA 4KTWA 3ZT0A 3U3GA 2KFZA 3LPUA 1IKVA 1ITGA 3T1AA 1KVAA 3V9ZA 1KFDA 2OPSA 2FBVA 3NH0A 1BHLA 3WNHA 3CFOA 3K59A 3RWUA 1F21A 4FJXA 1S1UA 1L3UA 3ULDA 4B9NA 4CEZA 3VQ9A 2GV9A 1S1WA 2KZMA 4FJGA 4DTNA 4DTSA 3TANA 1JLBA 3BDPA 5E41A 2EHGA 4DTRA 1ZBUA 2JGUA 4LH5A 3SZ2A 4Z4GA 1BIUA 4OKEA 3OYGA 1X9SA 5KTQA 3CFRA 2X6NA 3U3YA 4CEDA 3D45A 4DS5A 1HQUA 1WSEA 4I9LA 3OYHA 3EY1A 4O0IA 4CECA 3SJJA 4CJVA 2IDOA 3HL8A 4E7JA 1L5UA 4CK3A 1QSLA 2FBYA 2OZSA 4XIUA 2EX3A 4Q5VA 5CZ1A 5SZTA 3OYFA 4PWDA 3DRPA 2QKKA 4ELVA 2DFFA 4OPKA 1GOCA 4DSLA 4NCAA 4C8KA 1NK8A 4Y1CA 4KTQA 3MEGA 1G15A 3NGIA 2YV0X 4N5SA 1L3VA 4QOZB 3K5NA 3OYEA 4CHZA 1C1AA 3NGYA 4CEAA 4I9QA 4EZ9A 1RTDA 3O4NA 2DFHA 4CHYA 1VK0A 3VQ4A 1KLNA 2HHWA 5C24A 3DM2A 2Z1HA 4BWMA 1S9EA 1WNSA 4M3UA 3DRSA 4CHQA 5SWMA 3LZIA 4CJSA 3K58A 4B8AB 4BACA 4NCBA 1RTIA 3K5LA 2F8SA 3MXMA 2VWJA 3AO3A 2B6AA 4LSNA 4E7LA 2E6MA 1UA0A 4KHSA 4RG8A 4RW9A 4NCGA 1JLQA 4DFKA 1CXUA 4KKOA 1TGOA 4E7HA 3OJUA 1SL1A 2OPPA 3M8SA 4GW6A 4DFMA 1NJZA 3OYNA 4L8RB 1I3AA 4JS5A 4KRFA 1KTQA 4J2EA 1ASVA 3AO5A 1U47A 1VSJA 1XI1A 3LAKA 4B9SA 3SYZA 4Q0BA 3VQ5A 3RRHA 1NK9A 4IDKA 3SPZA 3LALA 3PY8A 2P5GA 5J2PA 3TAPA 1HMVA 3WNGA 1CZ9A 3G10A 1B9DA 3QEWA 4LY7A 4CK1A 4Y1DA 4CF1A 3NFAA 5HLFA 2P51A 4ID5A 5HRPA 1ZBLA 4M3RA 1Q8IA 1TKTA 3PO4A 3LAMA 4EP4A 4CJRA 2HNDA 5KRSA 3DYAA 4FJNA 1HYSA 4BE0A 2XHBA 4DU4A 1VSLA 2D0BA 2X74A 1XWLA 2IC3A 4M3XA 1VRUA 4Z0UA 1JLAA 3D0PA 3IAYA 3OYIA 3THVA 2DTUA 5HBMA 3SV4A 2PY5A 1D8YA 1CXQA 2GBZA 3CYMA 2E6LA 2G8HA 1JKHA 1DTQA 1A5XA 2Q3SA 1KLMA 3MECA 4CFBA 4UQGA 3KJVA 1D9FA 1UWBA 2JLEA 3TAMA 4RW6A 4FLYA 3QNOA 3KD5E 3S3NA 1BGXT 1C6VA 2YNHA 2YNGA 4J2DA 3VN5A 3SQ0A 4HCCA 1ZBIA 3CQ8A 1BQNA 4DSEA 3LP0A 3OS1A 4HUGA 4ELTA 4FJ8A 4CJLA 1D9DA 1RILA 4JRQA 4FW2A 2G8FA 1S1XA 3OYCA 4AILC 4CJTA 4EP5A 1TV6A 3JSMA 3VQCA 2X6SA 4DTOA 3ALYA 1REVA 2YKMA 4W5RA 3C94A 4H4OA 1T8EA 1RBVA 1J53A 4CESA 3I0RA 2PZSA 3K57A 3T3FA 3QERA 1QSSA 1S5JA 4CHPA 1HNVA 4AH9A 1IG9A 3NE6A 1EKEA 1ASWA 1BCOA 1JXBA 1HRHA 1QQCA 2VG6A 2HHVA 3DI6A 4DQIA 4N41A 3V6DA 1JLGA 1RDCA 3NCIA 1CLQA 3AA3A 3RRGA 1NOZA 3DLHA 4QCLA 1HPZA 2KTQA 3LWMA 3LWLA 2RN2A 4FLVA 3KD1E 3OVNA 4M45A 3C6UA 4C8OA 1S1VA 4DTPA 1N6QA 3AVJA 4IFVA 1HQEA 4PQUA 1X9WA 3SQ4A 3DLRA 2XY6A 3ASMA 4CJWA 4CCHA 4FLWA 4FXDA 4W5NA 2Y1IA 4DSKA 2KW4A 3I0SA 2RPIA 1S9GA 2X78A 4KPYA 1C0UA 3A2FA 4YFUA 3SNNA 2P1JA 1RT3A 1NJWA 3NF6A 3NGZA 4FCYA 3VQDA 1VRTA 4DU3A 5J2NA 1RBTA 3TABA 2IOCA 4CGJA 3KK2A 1Z26A 4CJUA 3NH1A 1TK8A 4DTMA 3F73A 3PX0A 4KB0A 4CEEA 5HRSA 3KK3A 4C8NA 4HUFA 4F3TA 1U4BA 3ISNC 4M41A 2R7YA 4CFAA 3SUQA 3CFPA 4E1MA 3AVBA 4CF8A 2BDPA 1N5YA 1LWCA 1VSMA 3OYLA 4Z4EA 3C6TA 4M3ZA 4IFYA 1FKOA 1ZBFA 2HB5A 3OS2A 2KZZA 1LAWA 3SPYA 4MQ3A 1RT5A 3OYBA 1QS4A 1RT2A 4FK2A 4NYFA 2KQ2A 4O0JA 4FJ5A 1UOCA 5FDLA 4DF8A 2G8IA 3HPGA 3V1QA 3DLEA 1LW2A 3L3VA 4B9VA 3MEDA 4E19A 1BI4A 1U48A 1B92A 4O55A 3HK2A 3MEEA 3L2VA 3KKRA 4FM0A 3L2RA 2HHTA 4J2BA 3RTVA 1HNIA 2D0CA 4MFBA 4FJ9A 2F96A 3SCXA 3O4QA 3V1RA 1KSPA 3HM9A 5CY4A 2OZMA 4CFDA 2QKBA 4KHQA 1O1WA 4W5OA 1BL3A 1RT7A 3HPOA 3PX6A 1R0AA 4BDZA 4J2AA 3TAFA 5EU7A 4LH4A 2G8WA 4M3YA 4M42A 3VQPA 1D5AA 3V81A 1NK0A 1JLCA 2D5RA 3V1OA 4AHCA 4IKFA 3LZJA 1GOAA 4ID1A 5CZ2A 4WE1A 1BI4B 4CJQA 1RBUA 3OYDA 1RDBA 4CF2A 3IRXA 4EZ6A 3DRRA 3HYFA 4OVLA 3ZSRA 4DFJA 1VSDA 3QINA 3VQBA 4CJFA 1QSYA 3ZSZA 4CF0A 3QEVA 3KLEA 4KB1A 2ATQA 3PUFA 4FJJA 4FLXA 3ITHA 4N76A 1S1TA 3HP6A 4OKJA 3AVAA 4FLUA 2XRIA 3V4IA 4JS4A 4H8KA 1JXEA 1YT3A 1TKXA 5J2MA 2HNZA 4DTUA 4B9UA 1RBSA 3TI0A 3OYMA 3RMAA 3ZSVA 1T05A 3VQ7A 4HHTA 3AV9A 5T7BA 3CM5A 1X9MA 1IO2A 3LPTA 3T19A 5FRNA 1BCMA 3I8DA 3ZSQA 2Z1GA 1GOBA 3OS0A 1L3TA 3HVRA 2BGGA 2WOMA 1EP4A 4E1NA 3ZSOA 1EETA 1QE1A 3B6PA 4I2QA 4CJ4A 3EYZA 5I3UA 3VQ6A 3NBPA 3KTQA 4KHUA 3DOKA 4CIEA 1WAFA 3KLHA 1J9AA 2RF2A 4CHOA 4E3SA 4ICLA 1KVCA 1KVBA 2ZQBA 4CGFA 1SV5A 3O3FA 1Y97A 5FROA 4AHTA 3VQEA 2HMIA 3FFIA 2PYJA 3ZT2A 5HRNA 1X1PA 3SV3A 2HW3A 2VG5A 4NYNA 4BWJA 1TAUA 4ZHRA 1DLOA 4CK2A 4FZXC 2B5JA 2G8KA 3K2PA 2HHUA 5K14A 4Z4FA 4E7KA 3HSTB 3RR7A 1C1BA 4FJMA 4DWIA 1SUQA 3CM6A 5JS1A 4AHUA 4Z4HA 3NF8A 4GVMA 4I7FA 2YHBA 4CF9A 4DLEA 1NKBA 3IG1A 4E89A 1YVUA 4CERA 3NHGA 1XHZA 4FZYA 3JYTA 3SUOA 4F8RA 1JLFA 4DQSA 2DFEA 2OPRA 2GUIA 3AVNA 4O44A 2HHSA 2KFNA 4BE1A 2NUBA 4IG3A 5J1EA 4HTUA 4B9TA 4DS4A 4DSIA 4K8XA 5HROA 3QEIA 4FYDA 3AVMA 1TL3A 4LD0A 4HCBA 3S3OA 4FZZA 4CEFA 2D0AA 4FM1A 4FW1A 3L2WA 2ZE2A 1L3SA 4F4KA 4Z4CA 1RT6A 4AHSA 4ZTFA 3OYKA 2HHQA 4CJ3A 3KK1A 3P5JA 3L2UA 2A1SA 4DTJA 3S9HA 1SL2A 1NJYA 3DMJA 1QHTA 1WSGA 4DSJA 1RCHA 2HHXA 3CG7A 1LWFA 4RW7A 4DU1A 1RT4A 3DLBA 2YNFA 4BDYA 4KHWA 3L2QA 3KKSA 1SKWA 3KLGA 3HP9A 3P83D 1JLEA 1Z25A 1NJXA 1KFSA 2Z1JA 1VSFA 3RR8A 3NF9A 4OGCA 1LV5A 3AVLA 3V9WA 1VSIA 1WN7A 2XY8A 1HYVA 4DF4A 3TAQA 1EX4A 3ZT1A 4CJPA 5J2QA 3SUPA 3AO4A 3TAEA 1YTUA 1RDDA 4E7IA 4GMJB 1XC9A 1ZYQA 4CE9A 1QTMA 1TKZA 2YNIA 4OLBA 3EZ5A 4OKKA 1EXQA 4G1QA 3M8PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O8EB 4B9LA 1HNZK 4MLHA 2I5JA 3ZT4A 4FOIA 1RDAA 3KLFA 3U4LA 3I56N 2V51B 3O3GA 3NAEA 4H5TA 4WQ5C 3C6AA 2ETJA 3PIOL 3M6GA 2O4GA 4DFPA 3IFRA 4KHYA 3QIOA 3J80O 3K5OA 4TSXA 4K8ZA 1FK9A 1SZ2A 4BC4A 5M1QA 3MN5A 2UXCK 3NF7A 5M1OA 4FLZA 1SKSA 1K8KB 4B3OA 2QWOA 4JI0K 2QI2A 1IBKK 4IBNA 4W5QA 1T7PA 5M1PA 4N56A 3AA2A 3PIPL 3UKRA 3IS9A 3ZSWA 4B8CA 3CJBA 4CGDA 3F9MA 3WEEB 4N47A 4KO0A 3C65A 3E1YA 3TTFA 2ZM6K 4B1WB 4LF8K 4DMNA 3CHWA 2WC9A 1Q9YA 3QESA 2E2NA 3LL3A 1Q7YO 1MU2A 1ASUA 5I42A 1KC8O 3KIOA 4QS7A 2UXBK 4CI6A 3LP2A 3VERA 3HO1A 1BISA 5KGWA 5AQWA 3BGRA 4JK8A 5F0XA 1TKDA 3TR8A 4FWSA 4BG9A 4C23A 1TAQA 2IGIA 4YY3K 3PX4A 1IKXA 1K8AO 1SKRA 1WSFA 3AVGA 5A2QO 2OCEA 3O9SA 4ISEA 3V9UA 4E0DA 3OHRA 3J8AA 4KI4A 3HTVA 2HNYA 2HBMA 3VMFB 4DSFA 4WCEL 3HPHA 4EFHA 3AVIA 1LWEA 2ITGA 2FC0A 3HBTA 4FK4A 4FVMA 4FOEA 2OYQA 1QVGM 1U45A 3CERA 4RW8A 2XY7A 4CGGA 3ZEUB 4FLTA 3V9SA 1UAXA 3TPQA 1MWMA 4OGEA 4CJ5A 1C1CA 4B3MK 1IG8A 1Q86O 2FLOA 1D4XA 3MXJA 4C8MA 4CZIA 4OJRA 2QM1A 4O5BA 4CHNA 3HVTA 2BANA 4H4MA 3HRGA 3WNEA 4AHRA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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