5CZ2A

Crystal structure of a two-domain fragment of mmtv integrase
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
159
structure length
151
Chain Sequence
VNPRGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Mouse mammary tumor virus (strain br6)
total genus 46
structure length 151
sequence length 159
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz2A00
2YHAA 1JXBA 3H08A 4EP5A 2HHWA 4LD0A 1T05A 2X6NA 3OYHA 4H8KA 1SKRA 5D3GA 1JLFA 3HPHA 1QSLA 1LW2A 4F8RA 1JL1A 1HYZA 4O55A 3HJFA 4GVMA 4E0DA 3RRHA 2P1JA 2GV9A 4AHVA 1U04A 2D0CA 3B6PA 4KV8A 4CF0A 3VQ6A 3RMCA 3MECA 4HTUA 1J9AA 3TI0A 1G15A 2XY7A 2ZD1A 3VQ4A 1U48A 1RBRA 3L2QA 1IKVA 1WSGA 4I7FA 1UAXA 2JGUA 1LW0A 1L3SA 1IO2A 5FDLA 4FJ8A 4RW4A 1RCHA 2FBTA 5J2NA 3NE6A 1JLQA 4FVMA 2KQ2A 2HNYA 4DSFA 3AO3A 1BCMA 2XY6A 1Z26A 4CF9A 3DRPA 4CFBA 3P83D 1QE1A 3SV3A 5JS1A 4DMNA 3KLGA 3OJUA 4HUEA 2XY8A 4OGEA 1RILA 4NCBA 1TK8A 3RMDA 2D0AA 1RTDA 4BDYA 1SL2A 2GBZA 3L2WA 4F2SA 4DLEA 4C8LA 4Q0BA 4Z4HA 3ZSYA 2IC3A 3L2RA 3THVA 5SWMA 4DLGA 1NJYA 3CFRA 2Z1IA 5KTQA 2RN2A 4DWIA 3VQPA 3M8RA 3NDKA 2B6AA 4I2PA 5FRMA 1SKWA 4O4GA 3AA5X 4K8XA 2OPPA 1U49A 2HHTA 2KTQA 4BWMA 1VRUA 4DS5A 4KAZA 3QO9A 3VQ8A 1VSJA 1VRTA 2EX3A 2HB5A 4B8AB 1EX4A 1X9SA 1NOYA 5KRSA 3ASMA 3KIOA 1WSEA 1B9DA 1FKPA 3QETA 1TK0A 1EETA 3WNGA 5C24A 2FBXA 4CEDA 1ASWA 1RTJA 1JKHA 4H4OA 4N5SA 3RR8A 1W9HA 3F9KA 2VG7A 1LWFA 5HRRA 3O3HA 3OYLA 1EP4A 3OJSA 2IDOA 2KW4A 3O4NA 1NOZA 1WAFA 3DLKA 4KHQA 4KPYA 3NGIA 3K5NA 4DF4A 3SUPA 4FZZA 3IG1A 4QOZB 4CEQA 1UA1A 5CY4A 1KVCA 3QNNA 4CFCA 1BL3A 2OZSA 3K5LA 3AVAA 4OVLA 1WAJA 5KGWA 3SQ4A 4AILC 2JLEA 3TARA 4NYFA 1VSMA 4CGJA 3NF9A 4CHZA 1FKOA 4W5QA 4CFDA 2D5RA 4W5RA 2Y1JA 5HROA 1U47A 1TGOA 3LP0A 3MAQA 1C0UA 4FLYA 2XY5A 1UA0A 1KVAA 4FM0A 3B6OA 3LAKA 3QLHA 4AHCA 2OPSA 1DLOA 3SQ1A 1NK8A 1NJZA 4RG8A 1KVBA 2W42A 4EZ9A 1RTHA 4FLVA 2HNDA 4ZTJA 4FZXC 3NH1A 3HM9A 3AVNA 5CYMA 1KFDA 1DTTA 1BIUA 1S5JA 5CYQA 4DSEA 4IFYA 3HYFA 3IS9A 3TAPA 4E7KA 5I42A 1LV5A 4FLTA 3VQ5A 3OYKA 1D8YA 4AHRA 1YT3A 4IG0A 1TKDA 3SUNA 1S1VA 1TL1A 4DTXA 1YTUA 3RWUA 4CE9A 3KD1E 4O0IA 4Z4EA 1UOCA 3PY8A 1BI4B 1TL3A 3NBPA 4G1QA 2FBYA 3QINA 4CK3A 4M3TA 1T8EA 1F21A 3OYIA 3TAGA 1BGXT 3L3UA 3HP6A 1VSEA 4ZTFA 1SV5A 3NF6A 1EXQA 3PX6A 3HSTB 4GW6A 3SPYA 4LSLA 2KFNA 1JLBA 1KTQA 1TKXA 3ULDA 1Q8IA 4NCAA 3SUQA 2P5OA 1LWCA 1J53A 4DU1A 3TAEA 4PY5A 4CJWA 1BQNA 5HRSA 2DFHA 4M3WA 1JXEA 4Q5VA 4JRQA 1NK9A 4PUOA 1C6VA 3C94A 4KHSA 3LZJA 2HHQA 3SPZA 3LALA 4OJRA 4FJ7A 1ZBUA 4KRFA 3LP1A 4DFJA 1IKYA 4J2BA 2OA8A 3LWLA 5HLFA 1RT3A 4W5OA 4M3XA 3V81A 3ZSOA 4KHNA 3S9HA 3ITHA 2AJQA 5SZTA 5DMRA 4M41A 4E19A 4FK0A 1A5XA 4KKOA 4CJKA 3V9WA 5HRPA 1C0MA 2YNFA 1WN7A 4WE1A 4B9MA 3WNFA 3AVBA 2BDPA 2HMIA 2PY5A 1ZBFA 4Y1DA 3RMAA 3OVNA 3CYMA 4YNQA 5T7BA 3OYDA 4F3OA 3AVCA 1NK6A 4CGGA 1TV6A 4KI4A 3LZIA 2Z1JA 2BGGA 4CJEA 1DTQA 4CGFA 4CIFA 1JL2A 3OYEA 1L3VA 4DQIA 1HPZA 1O1WA 3AVJA 3PX0A 3MEGA 3O4QA 1QSYA 2F96A 3G0ZA 1S1XA 5JS2A 3LWMA 3V9UA 1Z25A 5J2MA 1BIZA 1S6QA 4B9SA 3KTQA 4BWJA 3OS0A 1EKEA 4CJRA 5KGXA 4DTSA 2ZQBA 3TABA 3PV8A 4HVJA 4KB0A 3NCIA 3L8BA 4MQ3A 4CJTA 2VWJA 4FM2A 4B3OA 3ZSWA 1ZYQA 2Z1HA 1VK0A 1RT7A 3AVFA 4W5TA 4M45A 4M3UA 4HUGA 3DM2A 4O0JA 4FJNA 4CFAA 3S3NA 2HNZA 4CJPA 4BDZA 4DTNA 4CJQA 2YKNA 3T1AA 3T3FA 4E7JA 3AVLA 4H4MA 3NGYA 3CFOA 4Z0UA 2XHBA 1CXUA 1S1UA 3EYZA 1JLEA 4N56A 1WNSA 4FCYA 3SQ0A 5J1EA 4C8NA 4FLZA 3ZSRA 4BDPA 3L2VA 5I3UA 2YKMA 4CHNA 3MXIA 5CZ1A 4ELVA 4CF2A 2YNIA 3VQEA 1S1TA 3C6TA 3HVTA 1RDCA 4XIUA 3HXMA 4CF8A 3TANA 4Z4IA 3AO2A 4LH4A 4DS4A 1ITGA 1VSKA 2NUBA 4CJ5A 3S3OA 1Q9XA 4FJKA 3HK2A 4B9UA 3OYFA 4J2AA 2D0BA 3VQBA 3AVKA 3NF8A 1B92A 4AHTA 4CERA 4CF1A 4CJ4A 3HPGA 4FJMA 4CJUA 3ZSVA 3NF7A 2IS3A 4CEFA 4TSXA 4CHOA 4FLWA 4DFKA 4ID1A 4CIEA 4KFBA 3AA4A 3VQQA 4E1NA 4KREA 2IAJA 4CGIA 4M3YA 4OPKA 1VSFA 2E6MA 1XWLA 3M8QA 4I9QA 4M3ZA 4J2DA 1HNIA 1TAUA 4OKJA 3KKSA 1NJWA 2QXFA 1RT1A 2XRIA 3NH0A 4J2EA 2LSNA 3P1GA 4CJLA 4RW6A 3D45A 1RTIA 4AH9A 2PZSA 4DSLA 4DTRA 4F4KA 4KHWA 4PA1A 1I39A 3TAMA 1S6PA 4DTUA 4I9LA 3AVGA 4RW9A 2HVHA 1C0TA 3DI6A 2RF2A 3QIOA 4CHQA 4CK2A 1RDBA 1XC9A 3DLHA 2ETJA 4K8ZA 2G8IA 3VQ7A 3AVMA 3AO5A 1NK0A 1WSJA 3K5OA 3TAQA 1S1WA 2HW3A 1QS4A 2BE2A 3KLHA 3SZ2A 1BI4A 1WSFA 1X1PA 3P5JA 3LP3A 1U45A 4FJ5A 2R7YA 2RKIA 3RMBA 3QNOA 4B9LA 2Q3SA 2OPQA 3LPUA 1BQMA 3OS1A 3K59A 4O5BA 3SJJA 1J54A 1N5YA 1RNHA 1LWEA 3OYMA 1IH7A 2O4GA 3CG7A 1YVUA 4OPJA 3WNEA 3K57A 4HHTA 3TWHA 4CHYA 1WSHA 3MEEA 1GOCA 3NGZA 4FYDA 3DLEA 2DFFA 4CESA 3L3VA 3ZT4A 1NK4A 3HT3A 2KZZA 1VSLA 2ITGA 2X78A 4DTOA 1X9WA 2A1SA 3DLGA 4JRPA 3CM6A 4KTZA 4DU4A 1R0AA 3CM5A 2ZE2A 3I0RA 3BDPA 3ZSQA 2OZMA 5C42A 3VN5A 3HPOA 4DSIA 4CEZA 4DTPA 3SI6A 4NYNA 4ID5A 2G8WA 3SQ2A 2G8UA 3FFIA 4PQUA 4OLBA 1MU2A 4CJSA 2YHBA 3AA2A 4E1MA 4B9NA 4IFVA 4FLXA 1NK7A 3V9ZA 3K5MA 1TAQA 4N41A 1I3AA 1VSIA 1KCFA 5HP1A 4F2RA 4DQPA 1RT6A 4CEAA 4NCGA 1QHTA 3V9XA 1U4BA 4B9VA 3O3GA 4BE2A 3G10A 4N47A 3ZSXA 3OYCA 2YNGA 5KRTA 1CZ9A 1W0HA 4DQQA 1JLGA 4DQRA 2HHVA 2KZMA 4OGCA 3SCXA 3NFAA 3EZ5A 1A5VA 4FJIA 3MXMA 3UIQA 3EY1A 3DRRA 3RR7A 4C8KA 3VA0A 3C95A 1K6YA 2YV0X 3ZT2A 3L2UA 4Z4FA 1GOAA 3NH2A 5HRNA 4BE0A 3VQCA 1VSDA 1NKCA 1D9DA 4KHYA 1NKBA 4IKFA 1A5WA 4FK2A 3OS2A 1TK5A 2F8TA 1XI1A 1RBVA 3SUOA 4L8RB 1KFSA 4UQGA 4BE1A 4YFUA 3AVHA 3QEPA 1S9EA 4CEEA 3TAFA 1FK9A 4CJVA 4DTMA 2HHXA 2XO7A 1WLJA 1NJXA 3V1OA 1HQUA 4KTWA 4RW8A 4W5NA 3KK3A 1JLAA 2P51A 4N76A 4CEBA 4EZ6A 1L5UA 1L3TA 2QKBA 4KB1A 4LY7A 4ICLA 3PUFA 3DOKA 3QEXA 4CGHA 2G8HA 1KRPA 2QK9A 4FM1A 2Y1IA 1Q9YA 2DTUA 1HJRA 3U6FA 4BACA 1LAWA 2WONA 3ZSZA 3AA3A 4FJXA 5C25A 5J2PA 1JLCA 4KTQA 1CLQA 3HP9A 4KI6A 4FLUA 1WSIA 3NAEA 4C8OA 3A2FA 4Z4GA 4QCLA 3QIPA 4FJGA 3D0PA 1HRHA 3OYNA 3DMJA 3V1QA 1N6QA 3DLBA 2ATQA 4DFPA 4IDKA 1XHZA 3HO1A 1B9FA 2EHGA 4GMJB 3ZCMA 4M42A 3VQDA 2DFEA 3U3GA 3HL8A 1HYVA 4FJJA 3AVIA 2E6LA 4DG1A 3DLRA 3ZT0A 4CGDA 5KI6A 3TR8A 3IRXA 3VQAA 3SV4A 4CK1A 1T03A 1NKEA 3PX4A 4IG3A 3VA3A 3O3FA 4DTJA 3LANA 1CXQA 4EP4A 4DSJA 3AO4A 3OYBA 4DF8A 4FJ9A 3NHGA 5FRNA 1BHLA 3MXJA 4RW7A 1CZBA 2RPIA 4Z4CA 4FW2A 3CQ8A 1C1CA 4E89A 2P5GA 4HCBA 1REVA 3F73A 4F3TA 4IBNA 3LP2A 1ASUA 5HBMA 2HHSA 4HCCA 2X6SA 1T7PA 3CFPA 4FJLA 1QSSA 3ISNC 3LPTA 4KO0A 1IKXA 4OKEA 1FXXA 5K14A 4M3RA 1YTAA 4DU3A 3QEWA 1ZBIA 4ZHRA 2G8VA 3V4IA 4FW1A 2PYJA 3KJVA 3PO4A 4DQSA 1RT5A 1RBSA 4OKKA 4AHSA 1Y97A 3KLFA 3U3YA 1J5OA 3VQ9A 4MFBA 4B8CA 4DFMA 3AO1A 3V6DA 2PYLA 2A1RA 1C1BA 3DRSA 1HMVA 1KLMA 3LDSA 3JYTA 4ELUA 3MEDA 1UWBA 2F8SA 3OYAA 3QERA 5FROA 2X74A 3LAMA 4OLAA 2B4JA 4LH5A 1TKZA 3QESA 3V1RA 3KLIA 2VWKA 2B5JA 1ZBLA 5DK5A 3T19A 2G8KA 1HYSA 3C6UA 2WOMA 5CZ2A 1L3UA 3KKRA 3QEIA 2HVIA 3QEVA 4CHPA 3BGRA 3K2PA 3RTVA 5J2QA 1TKTA 4KHUA 1NK5A 3S3MA 3ZT1A 4CEOA 3OY9A 2VG5A 2O4IA 4CJFA 2YNHA 3ALYA 3SNNA 4B08A 2KFZA 5EU7A 2G8FA 1TVRA 1IKWA 4E7LA 4E3SA 1BCOA 1GOBA 1C1AA 4HUFA 1VSHA 1QQCA 3AV9A 2Z1GA 3IAYA 4Y1CA 2DY4A 5E41A 1RBUA 1KLNA 4FZYA 4JS5A 4CCHA 4LSNA 4AHUA 1HQEA 2E4LA 3KK1A 3K58A 1XHXA 2FC0A 4CJ3A 1RDDA 4E7IA 1D9FA 2I5JA 1X9MA 1BISA 1SKSA 1SL0A 3V9SA 2QKKA 3OYJA 3PO5A 4ELTA 4FK4A 3M8PA 4PWDA 4I2QA 2OYQA 4FJHA 2IOCA 3SYZA 3KLEA 1SL1A 4CECA 1QTMA 3KD5E 1ZBHA 2HHUA 4JLHA 2IGIA 3OYGA 4E7HA 1RT2A 2GUIA 2FBVA 1ASVA 1RDAA 4C8MA 1RT4A 3I8DA 2VG6A 3HVRA 1HNVA 3DOLA 1LAVA 4O44A 4R5PA 3I0SA 2OPRA 3DYAA 3RRGA 1D5AA 3JSMA 2BANA 3ZT3A 4B9TA 1RBTA 1S9GA 3E01A 4QAGA 1KSPA 3WNHA 3M8SA 4JS4A 1IG9A 1SUQA 4DSKA 4CIGA 3KK2A 4FXDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JXBA 4EP5A 4R79A 4X66K 1HYZA 1S3XA 3BUZB 4OX9K 2GV9A 3B6PA 3RMCA 1VQ9N 4HTUA 3VQ4A 3RSEB 1WSGA 3N4QA 4DR2K 3BZCA 1IO2A 4RW4A 4LF6K 3NE6A 3U9DA 2KQ2A 3D2EB 1BCMA 2QWRA 1Z26A 3R8EA 3M1FA 4QS8A 4CF9A 3SV3A 1T3VA 4BY9C 3O80A 2A6AA 4HUEA 4NCBA 1TK8A 2CGJA 3CJ7A 4BR9A 4AF1A 2ZWHA 4JI1K 3NMUA 1IBKK 4DWIA 3M8RA 2O8BA 3O08A 3SJHA 3L4QA 5FRMA 1SKWA 4GKKK 3EKSA 4DS5A 2EX3A 3HSCA 1NMDA 3RVCA 4JKBA 1EX4A 3FR0A 3ASMA 3J8AA 1DKGD 1EETA 2FBXA 4CEDA 1RTJA 2Q0RA 2HBMA 5HRRA 1TUYA 3DLLL 3OJSA 2P9PB 3O1BA 3O4NA 5FPNA 1WAFA 4JKCA 3IG1A 4QOZB 1UA1A 1N8RO 4BRGA 2BUPA 2A42A 4BC5A 4CZGA 4XH1A 4CHZA 1FKOA 1LCUA 5HROA 2D5RA 4YOXA 1U47A 3MAQA 4FLYA 4FM0A 4AHCA 2P9UA 5AFUH 4ZTJA 4JV5K 3AVNA 1KFDA 1S5JA 1BIUA 2I7NA 3E9OA 3TAPA 4E7KA 1R59O 5KPTA 3VQ5A 2ASOA 1TL1A 3KD1E 2O8CA 3FGUA 3PY8A 1NU0A 2HSTA 3P38A 1OVQA 3QINA 2HBKA 4YOUA 1G99A 3VERA 3CJBA 1GLEG 2D1KA 3MCPA 3U8XA 3PX6A 3H45C 2UXCK 3SPYA 3VETA 4LSLA 1Q8IA 2A40A 4DU1A 3Q7CA 3CCRN 1ZBSA 3THWB 1NK9A 4PUOA 2HHQA 4BQZA 5CE3A 5M1NA 4FJ7A 4OJRA 4XH5A 3FZFA 1ZBUA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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