5DMRA

Crystal structure of c-terminal domain of mouse erf1 in complex with rnase h domain of rt of moloney murine leukemia virus
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
160
structure length
139
Chain Sequence
PDLTDQPLPDADHTWYTDGSSLLQRKAGAAVTTETEVIWAKALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHIHGEEIKNKDEILALLKALFLPKRLSIIHCPHSAEARGNRMADQAARKAAITETPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis of suppression of host translation termination by Moloney Murine Leukemia Virus
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/translation
source organism Moloney murine leukemia virus (isolate shinnick)
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
total genus 37
structure length 139
sequence length 160
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5dmrA00
3U3GA 1FK9A 2G8VA 3V4IA 3KD5E 3EZ5A 3C6UA 1NJZA 2D0BA 4H8KA 4FLYA 4DQQA 3SCXA 1U4BA 1NK9A 1NJWA 1NK4A 1JLEA 4DTUA 3OS1A 3HK2A 1WN7A 4CEQA 4FJLA 2VWKA 3V9XA 4M3YA 4PWDA 4Y1DA 2HHTA 1S1UA 4CJ4A 1Q9YA 3IAYA 1TVRA 1L3SA 4CEFA 1IG9A 4RW6A 3OS0A 3HYFA 2YKNA 3IRXA 1TGOA 3SUOA 4M41A 2KZZA 3CM6A 4CJUA 4FJ5A 1CXQA 4FLVA 4GW6A 3KLHA 4E7JA 5CZ1A 3S3MA 3OYBA 4HUGA 1LW2A 2X74A 3DRSA 3O3FA 1EX4A 2FBTA 4AILC 3RMAA 2BGGA 1WSGA 1C6VA 3OYKA 2XHBA 2Z1IA 4E3SA 4KAZA 3RWUA 3V9WA 4KRFA 4IBNA 3VQ8A 3ZSRA 4DTSA 3QETA 3PY8A 1WLJA 4C8MA 5C24A 4CHZA 3K5LA 4KHUA 1U47A 4FM2A 3L3UA 2HHVA 4ICLA 4K8ZA 3VQPA 2KZMA 4NYFA 3M8PA 4FLWA 3WNHA 3T3FA 3AVLA 3VQ7A 1SL1A 3AVNA 1T8EA 4M3UA 3O4QA 1UA1A 1L3TA 5CY4A 3L2RA 3S3OA 4OGCA 4CJVA 4RW4A 2A1RA 3PX4A 4ZHRA 4HHTA 2RF2A 4CGFA 4M3XA 1DTTA 2R7YA 3S9HA 4IFVA 1BHLA 3ZT0A 3QEVA 3HM9A 1C0UA 3VQEA 2F8SA 2OPQA 1TKDA 2YNFA 1G15A 4CJQA 4FJMA 1HRHA 1KTQA 1RILA 4E7KA 1RTJA 3V9ZA 2BE2A 3UIQA 1I3AA 4CJRA 3ALYA 1JLFA 4DTNA 2G8HA 4FLXA 1KRPA 5D3GA 1J54A 2IS3A 4DFPA 3OJUA 2D0CA 2HNYA 3ZSYA 4M3WA 4Z4EA 3VQDA 1YTAA 4UQGA 1QSYA 4CE9A 1KSPA 4B8CA 4DU3A 1RBTA 1RT6A 3NF6A 4E89A 1DTQA 1IKXA 4KHQA 3C94A 5KRSA 2HVHA 4CHQA 2G8UA 1S6QA 3JYTA 4CJ3A 3B6PA 5SWMA 1Z26A 4KREA 4DQPA 2P51A 4CF0A 1JL2A 1VSMA 4DMNA 1Z25A 1BQNA 3V6DA 3C95A 3SV3A 3OYGA 1RT7A 4CESA 3NGZA 1GOAA 3PO4A 3DLEA 3HO1A 4PY5A 1RNHA 1I39A 1J5OA 4CECA 3NF7A 2ETJA 4FJ7A 2GBZA 3KLFA 4DSFA 4DTXA 1ASVA 2OA8A 4Z4FA 1C0TA 2B4JA 3LWMA 4CK3A 2FBYA 4HVJA 3QEXA 4M3TA 1DLOA 1TKXA 3KJVA 4FZYA 5FRMA 1BISA 2HMIA 3PO5A 2O4IA 2P1JA 4AHRA 3VQCA 5KTQA 3OYNA 4C8OA 2HHUA 1RCHA 2JGUA 3OYFA 2Y1IA 3CG7A 4Z0UA 4XIUA 3M8RA 1K6YA 3VQ5A 3AVIA 4CJKA 3LDSA 4OKJA 4CJTA 4E1NA 3S3NA 1BCMA 2YNGA 3HXMA 2P5GA 3MEGA 4F3OA 4NCBA 3AVMA 3PV8A 3SUNA 3C6TA 4W5QA 1LV5A 2A1SA 4KTZA 1GOCA 4CGGA 4NYNA 3DLHA 2YKMA 3DLGA 1NJYA 4FK2A 4CJWA 3IS9A 4PA1A 1SKRA 2PY5A 4M3RA 3QERA 1S5JA 4CJPA 1VK0A 3MEDA 4E7IA 4O44A 1SL0A 4ELUA 3G0ZA 3B6OA 3TAFA 4E0DA 3KK2A 4CEDA 3VA0A 1YVUA 2LSNA 2VG6A 4RG8A 3TAQA 1LWCA 4KB0A 4JS5A 2YNIA 2KQ2A 3L2WA 3LZJA 1ZBLA 4YNQA 3HL8A 3AO4A 5C42A 1RT1A 4KV8A 3M8SA 4E19A 4RW7A 5KRTA 1KVBA 3OYDA 3LZIA 4F4KA 4CIGA 2VG5A 2FC0A 4CHNA 4KHSA 1W9HA 1JLBA 3VQ4A 4OLBA 3OS2A 3SUQA 3ZSZA 1XHXA 3RMBA 4EP4A 2IOCA 4ELVA 3CFOA 3BDPA 4IKFA 1CXUA 3NGIA 1ASUA 4KHWA 3RRHA 4OJRA 1QQCA 4DTPA 1RBRA 4J2BA 1T7PA 3P1GA 5CYQA 3ASMA 2OZMA 1W0HA 2KFNA 1N5YA 2EHGA 3KLIA 4LH5A 4OLAA 3NHGA 3ZSWA 3CFPA 3K58A 3G10A 4B9VA 1VSDA 2YHBA 4CEAA 3SQ1A 4DQIA 2F8TA 2E6LA 3K59A 3OYHA 1SUQA 5HBMA 1RT5A 1RDDA 3OYMA 1LAWA 3O3HA 3SPZA 3DOLA 1KLMA 1YT3A 2NUBA 3QIPA 4DF8A 4QCLA 3K57A 4DTJA 2DFEA 2HB5A 3MECA 1KFSA 1XWLA 1WSEA 1Y97A 3K5MA 3AA3A 4OVLA 4CEOA 4H4OA 4KTWA 3TANA 1O1WA 1S1TA 3MXJA 1IO2A 3MXMA 4ZTJA 2QKBA 1TV6A 3QNOA 1JXBA 3LANA 5CYMA 4CHOA 3MAQA 2IGIA 3KIOA 4FJHA 5FDLA 3NFAA 2ATQA 3RRGA 1HYSA 4AHSA 4CJSA 3THVA 1A5WA 2OPSA 4C8NA 1ASWA 1QE1A 3WNGA 3LPUA 4RW8A 2OPPA 3ZT1A 2RN2A 1T05A 3VQAA 3RR8A 1F21A 4CJEA 4QOZB 4KHNA 2FBVA 4BDYA 3ZSXA 1JLAA 4M45A 4CEBA 3CM5A 1ZBUA 3QO9A 4F2RA 1L3UA 1RBSA 4DWIA 2QK9A 4WE1A 5T7BA 1TK0A 3H08A 5KI6A 2PZSA 3O3GA 4FJKA 1RT2A 2EX3A 4CF9A 1U49A 4N5SA 4FJXA 2X6NA 3DMJA 2G8KA 1JLGA 3TWHA 2X78A 1S1WA 2GUIA 2QXFA 3TARA 2YHAA 4F2SA 5FRNA 3MXIA 4B9TA 1YTUA 1J53A 1REVA 3QEWA 1KLNA 4CCHA 3NF8A 1SV5A 1HNVA 3AVKA 2QKKA 4I7FA 4CGDA 2KW4A 4EZ6A 4DTMA 4DTOA 4BE2A 5DK5A 3D45A 3ZCMA 1NKBA 1LW0A 4CF2A 3K2PA 3NAEA 3V9UA 4CJLA 2X6SA 4DSIA 1X9SA 1WAJA 2E4LA 1MU2A 2HW3A 2I5JA 3AA5X 1EKEA 4ID1A 3K5NA 3JSMA 4IG3A 3V9SA 3SPYA 4CFBA 1IH7A 4W5RA 4E7LA 1Q9XA 4F3TA 2RPIA 1TAUA 3ITHA 1TL3A 2HHQA 2KFZA 4RW9A 3SJJA 4FJIA 1ZBHA 3TAPA 2AJQA 1S1VA 4AHCA 2BDPA 3V1RA 3LP3A 1KVAA 1SKWA 2XY5A 1S9GA 1ZBFA 3BGRA 3T1AA 1FKOA 3KTQA 4J2AA 5J2PA 2DTUA 1X9WA 3HVRA 1NKEA 5HRSA 4CK2A 3AO2A 1HYZA 3SYZA 5CZ2A 4DSLA 4IG0A 4B9UA 4GMJB 4N56A 3HP6A 1RBUA 4DS4A 3TAGA 3DM2A 2Z1JA 1RTIA 4KFBA 2P5OA 4FJ8A 1VSEA 2Q3SA 4FLTA 4LSLA 3WNEA 2D0AA 1BIUA 1A5VA 4BWJA 1XI1A 3NF9A 4OGEA 4DU1A 4FYDA 1TL1A 1WNSA 5HRPA 2GV9A 4DLEA 2G8FA 4M42A 2DFFA 4BE0A 3AA2A 4CIFA 4B08A 4DFKA 3LALA 1NOYA 4W5NA 4BE1A 4DF4A 1RTHA 1HNIA 4OPJA 1CLQA 1C0MA 3M8QA 4LSNA 4Y1CA 3TABA 3KD1E 4B9LA 4KTQA 4NCGA 1EP4A 2E6MA 1Q8IA 3OYEA 1KVCA 4CF8A 1BCOA 3NDKA 1BL3A 1D5AA 3LP1A 3KLGA 4Z4HA 3PUFA 4OKEA 4JRPA 5JS2A 2Y1JA 3PX6A 4R5PA 1NK5A 4CJFA 1ZYQA 3OYCA 3AVCA 4DSEA 4O55A 1WSJA 2OPRA 1TKTA 4JLHA 4HUEA 4IDKA 3V81A 1JL1A 1WSFA 4O5BA 1LWFA 4N47A 3KKRA 3TR8A 4N76A 3V1OA 4FCYA 1BI4B 4TSXA 2WONA 1CZBA 3DYAA 3IG1A 4YFUA 3EYZA 3QNNA 1U45A 4KB1A 4BDPA 4CK1A 3OYAA 4FLUA 3LAKA 1UA0A 1KFDA 3SQ2A 3ZT2A 1NK8A 1BGXT 3NE6A 2XRIA 4AHVA 1C1BA 3DLBA 4CGJA 3DLKA 3ZSVA 2OZSA 4N41A 4FK4A 5C25A 2XO7A 3TAMA 4CF1A 1IKYA 1QHTA 4AH9A 3OYIA 5DMRA 4DQSA 4Q5VA 3AV9A 1HJRA 3QLHA 1HQEA 3F9KA 1X1PA 3FFIA 4CEZA 1VSJA 4GVMA 1R0AA 2G8WA 3AVHA 4E7HA 1FKPA 3L3VA 4HCCA 2KTQA 4C8KA 1NJXA 3ZT4A 4KHYA 5I42A 3OYLA 5HLFA 4BWMA 1JKHA 3AVJA 4EP5A 1D9FA 2HNZA 1IKWA 4CHYA 2DY4A 3SZ2A 1JLQA 1FXXA 1JXEA 3VQ6A 4AHUA 4CHPA 3OJSA 4FW1A 4W5OA 3TAEA 4M3ZA 3OY9A 5HRNA 1HMVA 1J9AA 1A5XA 3NH1A 1JLCA 2IC3A 3KKSA 2BANA 4DSJA 4J2DA 3AA4A 4FZZA 2ZE2A 3DLRA 2FBXA 3I0SA 1GOBA 3HPHA 1B92A 3CYMA 4OKKA 4DLGA 4PUOA 3DRPA 3AVFA 4CFDA 2HNDA 1KCFA 1XC9A 1L3VA 2DFHA 4E1MA 4C8LA 1NKCA 1U04A 3CQ8A 1VSLA 4HCBA 4CERA 3VN5A 3HSTB 3O4NA 3KLEA 1NOZA 4B8AB 4I2QA 4Z4CA 2YV0X 2Z1HA 4FJJA 1RDAA 4I9LA 5SZTA 3OYJA 1TK8A 3T19A 4KPYA 1UAXA 3DI6A 3E01A 3LP2A 2HVIA 3U3YA 2WOMA 2IAJA 3CFRA 3ULDA 3SV4A 3L8BA 4B3OA 3SQ0A 2XY8A 4LH4A 5J2QA 1NK6A 3NGYA 4DG1A 5JS1A 4B9NA 1WSHA 3ZSOA 2ITGA 3MEEA 4DQRA 4FJNA 4FJ9A 4J2EA 1IKVA 3HPOA 3A2FA 3F73A 2PYJA 2VG7A 1WAFA 3AVAA 3K5OA 1B9FA 1B9DA 3AO3A 2G8IA 1WSIA 4B9SA 3WNFA 3AO5A 4FM1A 4O4GA 3KK1A 1VSFA 3QINA 3NBPA 2D5RA 5KGWA 4ID5A 1X9MA 2OYQA 1LWEA 3LP0A 4CGHA 1VRUA 1ZBIA 1EXQA 1HYVA 4G1QA 1QSLA 4K8XA 3HJFA 5HP1A 1D8YA 1XHZA 1HPZA 5HRRA 3AVGA 3RMDA 1TK5A 4ELTA 4KO0A 5J1EA 4PQUA 1T03A 4IFYA 1RT3A 1RDBA 4EZ9A 1QTMA 3NH0A 1VRTA 4FW2A 3ZT3A 1SKSA 4KKOA 2HHXA 4KI4A 3VQBA 3VQQA 4BACA 4AHTA 4I2PA 4FJGA 3LPTA 4CEEA 4Z4IA 3QEPA 4FXDA 4CJ5A 2B6AA 4JS4A 2XY6A 3VQ9A 1HQUA 4O0IA 1U48A 2O4GA 3RR7A 1C1AA 3QESA 3P5JA 3RMCA 4NCAA 3LWLA 1VSHA 1UWBA 3OVNA 1VSKA 4O0JA 2IDOA 5K14A 5J2NA 2XY7A 4FZXC 4BDZA 3V1QA 4FK0A 3HP9A 5KGXA 1BQMA 4OPKA 4H4MA 4MQ3A 3AVBA 1EETA 2HHWA 1BI4A 4QAGA 1SL2A 5I3UA 1N6QA 4B9MA 1S9EA 1QS4A 3HPGA 4FM0A 1S1XA 3PX0A 3L2VA 4FLZA 3AO1A 5FROA 1TKZA 4Q0BA 1RTDA 3ISNC 1BIZA 2B5JA 3EY1A 4LD0A 1RBVA 1RT4A 4LY7A 3L2QA 4FVMA 2W42A 5HROA 2VWJA 5EU7A 2RKIA 3LAMA 3ZSQA 1NK0A 3HT3A 4CFAA 2F96A 3DOKA 3NCIA 4HUFA 4DTRA 4DFJA 5J2MA 4ZTFA 4MFBA 3TI0A 3I0RA 4Z4GA 4W5TA 3RTVA 1L5UA 2JLEA 3SQ4A 4F8RA 3VA3A 3U6FA 2HHSA 4CIEA 1S6PA 2YNHA 4I9QA 1C1CA 3DRRA 1CZ9A 3QIOA 4DS5A 2Z1GA 3P83D 5E41A 3SUPA 1UOCA 1RDCA 4CFCA 3KK3A 1VSIA 3D0PA 2ZD1A 4DFMA 3SI6A 1NK7A 2PYLA 3QEIA 1ITGA 3NH2A 3HVTA 4KI6A 2ZQBA 4JRQA 1QSSA 4CGIA 3SNNA 3I8DA 4HTUA 4DSKA 1TAQA 4L8RB 1D9DA 4DU4A 3L2UA 1LAVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WQTA 4K42A 3EZ5A 2A6AA 3G71N 1NK9A 3I8BA 4C1NI 2CH5A 1W7AA 4GNIA 2VWKA 4PWDA 1S1UA 4U7BA 1L3SA 4CEFA 4RW6A 3HYFA 2KZZA 3SUOA 4CJUA 4FJ5A 1CXQA 4FLVA 2Q97A 2X74A 3O3FA 3RMAA 2FBTA 4CJ7A 1WSGA 4GV6A 2Z1IA 2GEMA 1OKJA 4KAZA 3V9WA 3FE1A 3KVGA 4H0OA 4DTSA 3PY8A 4C8MA 4KHUA 2E20A 4ICLA 4K8ZA 3VQPA 4NYFA 4FLWA 3WNHA 3AVLA 1VHXA 1SL1A 3VEVA 3O4QA 4CBXA 1UA1A 1L3TA 5H1SQ 3WT0A 4H5VA 4RW4A 3PX4A 4M3XA 4IFVA 1HKCA 2OPQA 1TKDA 1HUXA 1G15A 4LC9B 1RTJA 2HBLA 4FWSA 2Q0RA 3O9QA 1W2BM 1VQ8N 4FLXA 4CZKA 4Z4EA 3VQDA 5KQDA 5DM6L 4UQGA 5BRHA 5C15A 4DU3A 1U2VB 3R6MA 2P9SA 5F1XA 1HNWK 2G8UA 4NLBA 1S6QA 3JYTA 3ULEA 1P8ZA 2HF4A 5SWMA 3BF3A 2P51A 4DMNA 4JYAK 3OYGA 4CESA 1GOAA 3GE1A 3ZX3A 4PY5A 1QQNA 1I39A 1RNHA 5AQKA 3TSPA 1YHQN 1J5OA 3CC2N 2GBZA 3KLFA 3ZETB 3D6RA 1XNQK 2IVPA 2B4JA 2Q36A 2FBYA 2BTFA 3T1HK 3A5MC 3H46O 4JHDA 3JAMO 3PO5A 3PIOL 2P1JA 3VQCA 2V52B 2JGUA 4BRKA 1YITN 3CG7A 3GL1A 3H6EA 1K6YA 3UKRA 5AR0A 4A57A 3FZMA 2YNGA 4CZHA 5C10A 2ZM6K 3C6TA 3DLHA 3DLGA 3QERA 4CJPA 4E7IA 2ZF5O 1SL0A 4PKGA 3TAFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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