5DMRA

Crystal structure of c-terminal domain of mouse erf1 in complex with rnase h domain of rt of moloney murine leukemia virus
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
160
structure length
139
Chain Sequence
PDLTDQPLPDADHTWYTDGSSLLQRKAGAAVTTETEVIWAKALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHIHGEEIKNKDEILALLKALFLPKRLSIIHCPHSAEARGNRMADQAARKAAITETPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis of suppression of host translation termination by Moloney Murine Leukemia Virus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
molecule tags Hydrolase/translation
source organism Moloney murine leukemia virus (isolate shinnick)
total genus 37
structure length 139
sequence length 160
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5dmrA00
1IKWA 3AVFA 3ISNC 4IG3A 3V1QA 4CJVA 3OYJA 4FLUA 4KKOA 3LZJA 3AV9A 4OGCA 1NJZA 4EZ9A 2ZQBA 1L3SA 2EHGA 3HVRA 2G8KA 4ID5A 4BE1A 5FRNA 3OYNA 4Z4EA 4H8KA 1W0HA 4FJ7A 4CIFA 1KVBA 4FW1A 3AVJA 3ZSOA 3SQ0A 1YTAA 2XY5A 2YNIA 4CJWA 4FLZA 3LP3A 4DF4A 4DSJA 3SQ1A 1B9FA 3P83D 1REVA 1QSYA 3L2QA 1ASUA 4DSFA 3KLGA 4AHUA 4N56A 3HPGA 2NUBA 3V9XA 4R5PA 3NE6A 4W5RA 3RRHA 3PX6A 1VK0A 4W5QA 4AILC 4KB0A 3AVLA 4O55A 1D9DA 5FDLA 1ZBHA 1BIZA 1S5JA 4CJSA 2XY7A 2DFHA 1RDDA 1EKEA 3AVNA 4C8NA 1YTUA 1S9EA 3HO1A 4Z4FA 1JLGA 4CEDA 1HPZA 4E89A 1IH7A 4DFMA 1L3VA 4QCLA 2ATQA 2IAJA 4FLXA 1D8YA 4DMNA 4K8ZA 2B5JA 4CF8A 4CERA 3MECA 2HMIA 1RBSA 2PY5A 4F8RA 3NF7A 4IKFA 3M8SA 3VA3A 1BISA 1FKPA 4RG8A 3HL8A 4E7JA 1D9FA 4CGDA 5CY4A 1EXQA 3G10A 4KV8A 2YKNA 2W42A 2HNYA 3S3OA 4F3TA 1W9HA 2GBZA 4N47A 3QIPA 3V4IA 5I42A 1WSJA 1JLEA 5E41A 4AHRA 2QK9A 3F73A 3QINA 4I2PA 1X9MA 1UOCA 4Z4CA 3KTQA 1D5AA 1S1TA 4CK2A 2ZD1A 4DU4A 1SKSA 2F8TA 1F21A 4FJ8A 1WSIA 5KRTA 1HYZA 4ZTJA 4AHSA 3ZT4A 5SZTA 1HNVA 4HUFA 4B9NA 2HVIA 4LY7A 4CEBA 5I3UA 4KB1A 1QE1A 4FJJA 2Y1JA 3K5NA 2YNGA 1XI1A 1LWFA 4RW9A 3OYBA 2HHTA 3TAMA 4M3RA 4UQGA 1S6QA 3D45A 4DQSA 3L3VA 3U3YA 3KD5E 4FJ5A 2X78A 4B9LA 4KRFA 1C6VA 1NOYA 2JLEA 3MEEA 4FVMA 1C1BA 3NGZA 3QEVA 2AJQA 1S9GA 1TKXA 2ETJA 1UA1A 1A5VA 3KLFA 3AVIA 3LZIA 4FW2A 3G0ZA 5J2NA 4CHPA 2PYLA 4KHUA 3KJVA 3LAKA 2I5JA 3SPYA 3QIOA 1NK9A 3AA3A 3DMJA 1RT1A 3ZSXA 4ZHRA 2KFNA 3B6OA 2YHBA 3C95A 4CJUA 4N76A 1XHZA 4JS5A 4FYDA 4PUOA 5J2QA 2G8HA 1KSPA 4FJMA 1KLMA 1RT2A 3CM5A 3K58A 1IKYA 2IGIA 4AH9A 3VQEA 4HVJA 2KFZA 4CESA 1ZYQA 2YHAA 3QETA 3MXJA 2KZMA 4CF1A 3RRGA 4DU3A 1HQEA 3NH0A 4CHQA 3LDSA 3T1AA 5SWMA 4M3XA 2OPSA 4C8OA 4KO0A 3B6PA 5KGWA 4CEQA 3I0RA 4E7HA 2HVHA 1BI4B 1HRHA 1EP4A 2R7YA 1RDAA 5FROA 5HRNA 1NOZA 3IRXA 4KI6A 4HCBA 1KVCA 4KTQA 1ASWA 4FJGA 1J9AA 3NH1A 3ASMA 1RTIA 3I0SA 4Y1DA 3TAEA 4E1NA 1MU2A 4BWJA 1GOCA 2EX3A 2FBXA 2HHWA 4CIGA 4FLWA 3K5MA 3HP6A 3V9SA 1WAFA 3L2WA 3AO2A 2P51A 1XC9A 2X6NA 4FK2A 4KHYA 3DOKA 1LV5A 3L3UA 3H08A 4CJ3A 3L2UA 3CYMA 3NF9A 4WE1A 3FFIA 3TR8A 4CEEA 4B9MA 3LALA 1JLQA 4J2DA 1T7PA 1RILA 4KTZA 3LP0A 1C0UA 2ZE2A 3ZSYA 3ZSVA 4CGFA 4CGJA 2OZMA 3VQ6A 4CJ4A 3OYDA 4CHYA 4FJNA 3SJJA 1TL3A 4FZYA 1X1PA 4EP5A 5DMRA 4CF9A 1UA0A 4FCYA 2HB5A 1S1UA 4DFPA 3DLGA 3DLEA 3DLHA 3HYFA 3PY8A 3HSTB 4M41A 2HNDA 1VRUA 1RT5A 3VQCA 1WLJA 3KLHA 5HBMA 1BI4A 3VQ9A 3OS1A 1LAWA 1RT7A 2XY8A 3ZT1A 4CJ5A 2OYQA 4CJTA 3QEPA 3TI0A 3DLBA 4F4KA 3K59A 1IO2A 4BDPA 4BACA 1G15A 2DTUA 4GW6A 4FJ9A 1SL1A 4M45A 2A1SA 1SV5A 2IOCA 3TAFA 1Z25A 4B08A 4J2EA 1T03A 3KLIA 5KTQA 4W5TA 3TARA 1C1AA 4B8AB 3AVAA 1ZBLA 1TV6A 4MQ3A 3PX4A 4B8CA 2WOMA 4ICLA 4LH5A 4DTPA 3SUOA 3SPZA 4H4MA 4I7FA 3ZCMA 4DTXA 2BGGA 1L3TA 2KW4A 1B9DA 3LPUA 3QLHA 4NYFA 4FJHA 3NGYA 1K6YA 2F96A 3NCIA 4RW7A 4W5OA 5C24A 1NK6A 3NF8A 1BGXT 3LAMA 3LPTA 1NK5A 1U48A 4LSNA 2OPQA 1HYSA 3EZ5A 4E7IA 4Q0BA 1KFSA 4DS4A 5CZ1A 4CCHA 4DF8A 2DFEA 1CLQA 3ITHA 3NHGA 3RR7A 3T3FA 2D0BA 4CHZA 5D3GA 3DLKA 4F3OA 4CGIA 5T7BA 3EYZA 4N41A 4GVMA 3WNGA 1HNIA 3AO1A 1U04A 4CJLA 4CJRA 4ZTFA 4KHNA 1KTQA 2B4JA 4H4OA 4Z4GA 2RF2A 3E01A 4BE0A 5J2MA 4IFYA 2P5OA 1TK0A 2VWKA 3OS0A 5HRPA 2G8WA 1S1WA 1NJWA 3A2FA 3K5LA 1VSLA 3VQPA 4HUGA 4O4GA 4YNQA 4DTRA 2PZSA 4FJIA 4OLBA 1VSIA 4FJLA 2JGUA 3F9KA 4DLGA 5CYQA 4DTOA 1LWEA 3AO4A 3DYAA 3SQ2A 1NK0A 1NK4A 2Z1IA 3U3GA 2VG7A 3PV8A 2FBTA 1ITGA 3VA0A 4RW4A 4NCBA 4M3WA 5JS1A 1RCHA 1JXBA 3OYMA 1VSMA 1RBRA 3NBPA 3OYIA 2Y1IA 4KI4A 3P5JA 4BWMA 5CZ2A 3ULDA 3TABA 3VQ7A 1Z26A 4CK1A 2OPRA 4CFDA 4OLAA 1A5XA 2X74A 4CHNA 4BE2A 3C6UA 2OA8A 4FM0A 1KVAA 5EU7A 3KK2A 3DRSA 3QEWA 1JL1A 2HHXA 1NJXA 5HRRA 4M3TA 4GMJB 2RKIA 1VSHA 1KLNA 3K5OA 2O4GA 4DWIA 4LSLA 4OJRA 3L2RA 1Q9YA 5J1EA 1WSEA 4BDYA 3M8PA 4KAZA 3SV3A 3T19A 2P1JA 2VWJA 1S1VA 4DU1A 3V9UA 1RT4A 1WSHA 5C42A 3OYHA 1RBVA 2BE2A 2HW3A 1GOBA 1J54A 1QHTA 3M8QA 3OY9A 1S6PA 1LWCA 1RDBA 3LP2A 4ELTA 1KCFA 2ITGA 1DLOA 3KK3A 4PY5A 1KFDA 3KLEA 2YV0X 4MFBA 4OGEA 1Q8IA 3CFOA 2QXFA 4EP4A 3NGIA 1WSFA 1JLFA 4DTNA 4DSEA 1ZBUA 2RN2A 4DG1A 3BDPA 1TL1A 2IC3A 4CGHA 4Q5VA 1U45A 4CFBA 4HCCA 4PWDA 2Q3SA 3UIQA 4CEAA 1LW0A 1VSKA 4O0JA 2KQ2A 1U47A 1IG9A 4DTUA 4KPYA 2G8UA 1EETA 4YFUA 3LWMA 3RMBA 4FZXC 1C0MA 4IG0A 4BDZA 2E6MA 4I9QA 1TK8A 4O0IA 4KFBA 3K57A 3AA4A 4CFCA 1U4BA 3ZT2A 4OPKA 3ZSQA 3DI6A 4IBNA 3NDKA 4IDKA 3AO3A 3V1OA 4PQUA 3AA2A 3LANA 3MXMA 3BGRA 4CEOA 3JSMA 4ELVA 4B3OA 4LD0A 4DS5A 1TKZA 4Y1CA 3V1RA 2XHBA 4DSKA 4DSLA 4Z4HA 4FK4A 3S3NA 4CEFA 3MXIA 2FBYA 3VQ5A 3OVNA 4OKEA 3PO5A 4FJXA 4Z4IA 3CG7A 3OJSA 4JLHA 4AHTA 4IFVA 4JRQA 2Z1GA 3K2PA 3QEXA 3NH2A 2B6AA 1SKWA 1X9SA 4Z0UA 3VQ8A 1L3UA 4M3UA 4AHVA 3V6DA 3TANA 3ZT3A 4M42A 3CM6A 3KD1E 2DY4A 4N5SA 3OYFA 1JLBA 3AVBA 4OKKA 4DQPA 1NKCA 4W5NA 3VQDA 2O4IA 4CJPA 1QTMA 2HHUA 1BL3A 2GUIA 3SQ4A 5HROA 2QKBA 3ZSWA 3SCXA 3OYEA 3AVGA 3IG1A 1T8EA 3I8DA 5CYMA 2FC0A 4DLEA 4DQRA 2G8IA 3OYCA 2KZZA 1QQCA 1JXEA 3HM9A 1XWLA 3L8BA 3MEDA 4RW8A 4CF0A 1VSFA 1J53A 1BIUA 3QO9A 4I9LA 1BQMA 4KREA 3VQQA 3RMDA 3HK2A 3DM2A 2IDOA 4AHCA 2BDPA 4FLTA 1WAJA 1YT3A 1SKRA 4LH4A 1L5UA 1TGOA 1QS4A 4HHTA 3NF6A 1RBUA 3LWLA 4NCAA 3VQAA 3NAEA 1TKTA 3SNNA 4FZZA 3RR8A 4CE9A 3KIOA 4QAGA 3HT3A 2VG6A 4KTWA 4F2SA 1JL2A 1RTHA 1UAXA 2RPIA 2VG5A 3PX0A 3AA5X 1JLAA 3PO4A 1NKBA 3WNEA 2X6SA 1RBTA 3RWUA 1SL0A 4B9UA 3SUQA 1CZ9A 2OZSA 1LAVA 1YVUA 2XO7A 3SYZA 3OYLA 1GOAA 3QEIA 2FBVA 2LSNA 4XIUA 3QERA 4CJFA 4E0DA 4HTUA 5FRMA 3HPOA 1I39A 3RMAA 1FXXA 5KGXA 3KK1A 4M3YA 1FKOA 4O44A 1A5WA 3O4QA 1HJRA 1VRTA 3P1GA 4CIEA 5C25A 3ZSRA 5HRSA 3OS2A 3S3MA 3IAYA 1O1WA 3EY1A 2E6LA 2OPPA 1EX4A 1JKHA 4FM2A 3TAGA 1HQUA 3O4NA 1SL2A 1JLCA 4CHOA 2YNHA 4CGGA 2Z1JA 4JRPA 4E7LA 2HHQA 1CZBA 4RW6A 4G1QA 2HHSA 3CQ8A 3IS9A 1FK9A 1UWBA 3LP1A 3TWHA 1C1CA 2DFFA 1HYVA 1TKDA 2D0CA 4CFAA 3SI6A 5HLFA 3MAQA 1RTDA 1BQNA 1RDCA 3AVKA 3HPHA 3QNNA 1QSLA 3OYGA 3S9HA 4OPJA 3HXMA 4TSXA 4E3SA 3QNOA 1NJYA 4DSIA 1C0TA 3V9ZA 4KHSA 1RT6A 2HNZA 3O3GA 4C8KA 1VSEA 1XHXA 1TAUA 4E1MA 3PUFA 4DTJA 1NK7A 3C94A 3NFAA 3SV4A 1BHLA 1KRPA 1WN7A 4J2BA 2BANA 4FXDA 5JS2A 1RT3A 3TAQA 1T05A 4J2AA 1IKXA 3V9WA 3WNFA 1I3AA 1WSGA 2F8SA 3DOLA 4C8LA 1WNSA 4HUEA 2A1RA 3QESA 3HVTA 1TK5A 1RTJA 5DK5A 3ALYA 3HJFA 3KKRA 1R0AA 1DTQA 1S1XA 2D5RA 3AO5A 3WNHA 4E19A 4JS4A 3C6TA 2P5GA 3SUNA 4B9TA 4DFJA 1NK8A 3HP9A 1X9WA 1BCOA 1CXQA 4O5BA 3JYTA 4DTSA 3RMCA 2G8FA 3OYKA 4DQQA 4L8RB 4B9SA 4I2QA 3SZ2A 4NCGA 4F2RA 2KTQA 3VN5A 1RNHA 3DRPA 4OVLA 3CFRA 4FK0A 4E7KA 1B92A 4CJQA 4CJKA 2HHVA 3O3HA 2G8VA 3V81A 4KHQA 3VQBA 1Q9XA 2GV9A 4CEZA 1ASVA 2D0AA 1ZBIA 1DTTA 4DTMA 1U49A 1QSSA 4FLYA 3SUPA 2Z1HA 3TAPA 4ELUA 2E4LA 3OYAA 3KKSA 5J2PA 1SUQA 4CJEA 2PYJA 3OJUA 3ZSZA 2XY6A 4DQIA 2IS3A 4QOZB 1LW2A 1N6QA 4CF2A 4DFKA 4EZ6A 5KI6A 1NKEA 3D0PA 2WONA 1IKVA 3AVHA 5K14A 3DRRA 1TVRA 1ZBFA 2YKMA 4C8MA 4FLVA 1HMVA 5KRSA 4KHWA 4M3ZA 4NYNA 3O3FA 1CXUA 3THVA 4PA1A 3L2VA 3VQ4A 1J5OA 3AVCA 1TAQA 4OKJA 2XRIA 1VSDA 3ZT0A 4CK3A 1N5YA 2QKKA 1VSJA 4B9VA 4FJKA 5HP1A 4ID1A 2YNFA 3CFPA 4FM1A 4CECA 3MEGA 3RTVA 3U6FA 3DLRA 1Y97A 1BCMA 3M8RA 4K8XA 3AVMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V1QA 4JKCA 4FLUA 3LZJA 4R79A 4DR7K 3M3ZA 3NMUA 4Z4EA 3OYNA 1K8KB 3UKRB 3ZSOA 2GUPA 2YNIA 3CJAA 3LP3A 4DSJA 4FVUA 1EWRA 4FL9A 1QSYA 1REVA 4N56A 3V9XA 4R5PA 4W5RA 3TU5A 4KB0A 1D9DA 5FDLA 1BIZA 2XY7A 1S9EA 1JLGA 3EKUA 1IH7A 5GAGP 2E20A 4LC9B 4FLXA 4BRHA 4DMNA 4F9OA 5TKWA 2NRHA 3VA3A 4H0PA 1FKPA 5CY4A 1EXQA 3G10A 3VGLA 3A5NC 3V4IA 1F21A 1WSIA 4KHPK 4B9NA 3VEOA 3M5RA 4KB1A 1HX1A 2YNGA 1XI1A 4RW9A 1QQMA 3OYBA 1S6QA 3L3VA 4FJ5A 3MX2A 2X78A 4B9LA 1N32K 2A6AA 1C6VA 2AJQA 3QEVA 3MCPA 1S9GA 3AVIA 1BWFO 4C1NK 2P9SA 3LAKA 3O80A 3QIOA 2YHYA 3ZSXA 1NBWA 4CJUA 4LFBK 4JS5A 4FWPA 1KSPA 3F9MA 1RT2A 3CM5A 3VPZA 2IGIA 4AH9A 3WUHA 4JK9A 1N36K 3LDQA 4CF1A 1T6DA 4DU3A 5M1FA 3GE1A 4CHQA 3UB5A 3J7AP 4M3XA 4BRPA 4EHTA 3CMAN 1HNWK 2HVHA 3VGKA 5HRNA 4DHYA 4FJGA 3NH1A 3I0SA 4Y1DA 3THYB 3TAEA 3WXJA 3T1YK 4BWJA 4MLEA 2EX3A 2FBXA 2HBMA 4BRFA 2E1ZA 1JCEA 3K5MA 3CC2N 4GKJK 4PL8A 1XC9A 2I7NA 3EKSA 3L3UA 3U8XA 3L2UA 3DWLA 4WE1A 5F1XA 4CD3A 1NNEA 3LALA 4IOCL 1MWKA 3OYDA 3J8AA 3KWGA 5DMRA 4CF9A 4FCYA 1UA0A 1S1UA 2HBJA 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1BA0A 1U4BA 3ZT2A 5AQHA 4PQUA 3LANA 1NGCA 3I8BA 2O8EA 2ZJPL 4CJ7A 3PO5A 2D1KA 3EZWA 4JLHA 5AQSA 2Z1GA 3K2PA 3SMSA 3QEXA 3NH2A 1TYQA 4AHVA 3TANA 4M42A 3KD1E 2DY4A 4DQPA 1NKCA 3VQDA 4CJPA 4BR0A 3SQ4A 3SCXA 2P9LB 1T8EA 1J6ZA 4DQRA 3H3OB 2KZZA 4FWNA 4GY2B 3L8BA 4RW8A 4FOEA 4K43A 1BQMA 3FR0A 5I9EB 3AARA 1WAJA 3SAHA 4WQ4C 4LH4A 4HHTA 1XNQK 1YUWA 3BUZB 3T7ZA 5FPDA 4JI3K 3VTHA 4PKGA 1OKJA 1M1KO 2VG5A 3J81O 1JLAA 3DXMA 1T44A 3FFKB 3LL3A 5KQDA 1LAVA 1YVUA 2HSTA 3QEIA 2LSNA 3ID6A 5M1OA 4HTUA 3HPOA 1I39A 5KGXA 4M3YA 4O44A 3ZSRA 4DR5K 4AQYK 3OS2A 3ZETA 1GLEG 5LJVA 1O1WA 2NRTA 1EX4A 3O4NA 1JLCA 5BN8A 1XQSC 3M1FA 5BPNA 4G1QA 3CQ8A 4YOVA 3UKUA 4JKGB 3SI6A 4JK8A 1BQNA 4B3SK 1C0GA 2QWRA 3SBGA 5LMUK 4OPJA 3QNOA 3V9ZA 1RT6A 3O3GA 1Z05A 5GIPA 1ZXOA 4DTJA 5M1PA 1NK7A 3NFAA 3SV4A 4JI5K 4FXDA 1RT3A 4H5VA 1T05A 1IKXA 3V9WA 1I3AA 4DR4K 1WSGA 2A1RA 3HVTA 3EE9A 3BEXA 4JS4A 3AO5A 4RCHA 3HI0A 4B9TA 4BVPA 1X9WA 4O5BA 2G8FA 4JI6K 1QZ5A 4L8RB 4B9SA 3VF4A 4F2RA 3CETA 4BC5A 4GV9A 1RNHA 3CPEA 3QBXA 2HHVA 3O3HA 2D0AA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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