5DMRA

Crystal structure of c-terminal domain of mouse erf1 in complex with rnase h domain of rt of moloney murine leukemia virus
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
160
structure length
139
Chain Sequence
PDLTDQPLPDADHTWYTDGSSLLQRKAGAAVTTETEVIWAKALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHIHGEEIKNKDEILALLKALFLPKRLSIIHCPHSAEARGNRMADQAARKAAITETPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis of suppression of host translation termination by Moloney Murine Leukemia Virus
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/translation
source organism Moloney murine leukemia virus (isolate shinnick)
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
total genus 37
structure length 139
sequence length 160
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5dmrA00
3NGZA 3NCIA 4FW2A 3O3FA 4DTUA 2HHQA 4FJIA 3DRPA 1TAQA 4CJFA 3O4QA 4KREA 4OVLA 1NJWA 4CEZA 1LW2A 1QS4A 3RRGA 1RDBA 1KLNA 1IO2A 1C0TA 3B6PA 1D8YA 1ITGA 3C6TA 4B9VA 4LSNA 3AV9A 1EXQA 3OJSA 4JS5A 3LAMA 4OKJA 3K5LA 3JYTA 1G15A 3KJVA 4OPKA 3K5MA 1WSGA 5J1EA 1BCOA 2P1JA 3QERA 2HNDA 3NFAA 3EZ5A 4JS4A 4CGIA 1VSFA 1JLGA 3OVNA 4KKOA 1RILA 4B8CA 4CJUA 2P51A 3NGIA 4E7LA 2OPPA 3M8QA 2XRIA 3OJUA 3DM2A 1SL0A 4J2BA 3LANA 1C0MA 1XHXA 3ZSVA 2YV0X 1S1TA 4YNQA 3T19A 3OYNA 4HCCA 3ZT0A 1WSHA 3AVNA 4DFPA 1EX4A 2D0AA 3KTQA 3T1AA 1CXUA 4DU3A 1IKVA 3L2RA 2Q3SA 4CJVA 4DS4A 3KLIA 1XC9A 3HVRA 1EKEA 2I5JA 1L5UA 4CHNA 1KFSA 3TAFA 1U04A 1D9FA 3SUQA 4BE0A 4DF8A 1UA1A 4F2RA 3ISNC 3V1RA 3VQ7A 3PY8A 3H08A 3HVTA 3VQ9A 4DTJA 4AILC 3RMDA 1TKDA 4FJMA 4Q0BA 2VG6A 4FJNA 1RT1A 2HW3A 2QKKA 3AA5X 3IG1A 4CJEA 3HXMA 3V9XA 1WN7A 1TKXA 3DMJA 3ZSZA 3LWMA 3QEIA 4HUGA 3OS2A 4DFMA 4PY5A 3SCXA 3A2FA 1U47A 5FRNA 1CLQA 4DSIA 4E7HA 1KSPA 1VSHA 1TV6A 1RDDA 2HHWA 4KHNA 1HQEA 4MQ3A 3CFRA 4DS5A 1XI1A 4GVMA 1IKXA 3CM5A 2HNYA 4O0JA 3NHGA 3ZSYA 3V9WA 3PX0A 2QK9A 4Y1CA 1ZBIA 2FC0A 4K8ZA 4LH4A 4OKKA 1BISA 2ZD1A 1JLBA 3AO5A 4M41A 3SQ2A 1NKEA 3UIQA 2OPSA 3V1QA 4CF0A 4RW4A 3KLFA 4KO0A 3VQ6A 3HT3A 4W5NA 3ZT3A 1RBUA 3OYLA 3KIOA 1U4BA 4FXDA 4E89A 3KLGA 3RMCA 3RMAA 4CJTA 4FK2A 3CG7A 1NK8A 2YKMA 3O4NA 1NK0A 3AA2A 3WNHA 3WNFA 1JLAA 1TL1A 1RT3A 3LPUA 3NH0A 3QEPA 1YTUA 4EZ6A 3KLHA 1SKRA 4Z4IA 1RDCA 2VWKA 4N76A 4FW1A 4ZHRA 3ITHA 2A1RA 2KFNA 1QSYA 1WNSA 4AHCA 4FJXA 1QQCA 5C24A 1GOBA 3DI6A 4W5RA 3DLKA 2D0CA 1MU2A 1IKWA 1NOYA 3BGRA 1NKBA 2G8UA 1LWFA 3ZSOA 2XY8A 3MECA 3KK1A 2PYJA 4CGJA 3PO5A 4FJGA 4QCLA 1RTDA 1L3TA 3CFOA 4N41A 1JL1A 4LY7A 1LW0A 3V1OA 4CEBA 1VSLA 2F8TA 3CM6A 3P1GA 4RW8A 1VSEA 4RW9A 4C8NA 1XWLA 5J2PA 4BDZA 4FK4A 1KVCA 4EP5A 4XIUA 4DFKA 4CK3A 3SZ2A 3HJFA 4W5TA 3KK2A 1RTIA 3DRRA 4E7JA 4KHWA 2FBYA 3NH2A 4KI4A 3TAQA 1J54A 4Y1DA 1A5WA 5DK5A 1JLQA 4CJWA 1KTQA 3EYZA 3AVCA 3MXJA 4IG3A 3TWHA 1FXXA 1LAVA 3U3GA 4CIGA 1ASWA 4F3TA 1UOCA 4GW6A 2KQ2A 3VQ4A 1RT7A 4IKFA 5CYMA 2IDOA 5KI6A 1GOAA 4M3TA 2HVHA 3AVHA 4O55A 4E19A 1X1PA 3NBPA 4KTWA 4CE9A 2PZSA 5SWMA 4JRQA 4M3UA 1KVBA 5CYQA 3E01A 4DQPA 2ATQA 4B8AB 4CEQA 1WAFA 3KKSA 1BQMA 1RBSA 2O4GA 3KKRA 1L3VA 4OLBA 2E6LA 4FJ8A 1RBRA 3K57A 3TR8A 1YT3A 1QHTA 2GBZA 4E7IA 4KTQA 2Z1GA 4KHSA 4Z4FA 2Z1JA 3C6UA 4CJSA 3DLRA 3NAEA 1EP4A 1W9HA 4M3YA 3SUPA 2DFFA 3I8DA 4ID1A 3V9ZA 4OPJA 4L8RB 4I9QA 4I7FA 3V9UA 4O44A 1VSJA 3DLGA 3OYFA 4KAZA 3PV8A 4DWIA 4B08A 1L3SA 2OPRA 4N47A 3SPZA 3HPHA 4FLZA 1C0UA 3ZSRA 3LWLA 3QETA 1D9DA 1T05A 2BE2A 4I2PA 2IGIA 3TI0A 1VRTA 4IG0A 2B4JA 4KB1A 1RDAA 4UQGA 1JXBA 2BDPA 5KGWA 3IRXA 1TKZA 2WONA 4M3WA 1HMVA 4BE2A 4DLEA 3MAQA 1RT5A 3DRSA 1KLMA 3ULDA 1BL3A 4CEOA 4LSLA 5FDLA 2Y1IA 2KZZA 4CEEA 4DSFA 2YNIA 1B92A 4BACA 2F8SA 1VSDA 4AHRA 5J2MA 4O4GA 2Y1JA 1NKCA 1N5YA 4EZ9A 4CF1A 1JLFA 1S5JA 3OYEA 4FLVA 3RWUA 3EY1A 4GMJB 3I0RA 4R5PA 5DMRA 1WSEA 2BANA 1BI4B 4KTZA 1RCHA 3TABA 3VQEA 4CCHA 4J2DA 3QNNA 4OLAA 1VSIA 2GV9A 4M42A 3AVFA 3L3VA 1KRPA 1A5VA 5I42A 4E3SA 3L8BA 4HHTA 4DTPA 3PX6A 3JSMA 1TK5A 1EETA 1IKYA 4ELVA 2G8IA 3V9SA 4O5BA 5HRNA 1HYSA 1C1CA 4AHTA 4OKEA 3SV4A 3PO4A 4O0IA 1RNHA 4AH9A 3LP0A 3OYMA 2OA8A 1DTTA 2HHSA 3V4IA 3AVBA 3RR7A 1NK5A 3HP9A 4KPYA 4JRPA 3B6OA 1NJYA 2YHAA 4CHPA 4CEAA 3OYKA 5D3GA 4QOZB 4CFDA 4Q5VA 1S6QA 5JS2A 5KRTA 1SUQA 5KRSA 2OPQA 1HYVA 5C25A 3AO3A 3CYMA 1ZBFA 1WAJA 4H4MA 4Z0UA 4DQSA 5HP1A 3LP1A 3IAYA 4B9NA 5K14A 4BE1A 1TL3A 1HJRA 2X78A 2ITGA 3DOLA 4BDYA 1RT2A 3WNEA 3VQPA 4DF4A 4RW7A 4Z4GA 1ASVA 2Z1IA 4DTSA 3G10A 1I3AA 3QEXA 2IAJA 4FJ9A 2HNZA 4C8LA 1SKSA 2DY4A 2G8KA 4CHOA 3SI6A 1LWEA 1T7PA 4J2EA 4FLYA 4FM1A 3TAMA 3HP6A 3QEVA 3PX4A 3ZCMA 3LP2A 3AVLA 4DSLA 4IFYA 3LDSA 2KTQA 4C8MA 2HHVA 2A1SA 3LALA 3L2WA 3U3YA 5HLFA 3HSTB 2RN2A 4W5OA 4B9MA 4K8XA 3SYZA 1WSJA 2X6SA 4CK1A 1UA0A 1NK7A 4F2SA 4FJ5A 1Y97A 2YNFA 2D0BA 3AVAA 2DFHA 5HRSA 1VSKA 1BIUA 4CHQA 4DTXA 4H4OA 1C1AA 4CJRA 2X6NA 1I39A 4CECA 1Z26A 3L3UA 2JGUA 3VQAA 1WSIA 3NF8A 4FLTA 3VA3A 2VG5A 4KRFA 3O3HA 4NCGA 4FYDA 3AO1A 4JLHA 1VRUA 3AVGA 4NYFA 4DU4A 2XY5A 1T8EA 5T7BA 1IG9A 5FRMA 2O4IA 4CIEA 3QINA 4NYNA 1VK0A 4FM2A 3K5OA 4Z4EA 1CXQA 5CY4A 2YNGA 2OZSA 2B5JA 1GOCA 2IS3A 3NE6A 3VA0A 1ZYQA 1SV5A 5KGXA 1O1WA 1J9AA 4CGHA 4E0DA 3QIPA 4C8KA 3AO4A 4IFVA 1S9EA 3HYFA 4ELTA 4KHUA 2JLEA 3KK3A 4NCBA 4I9LA 1D5AA 4E1MA 3K58A 3VN5A 4LD0A 1CZ9A 4CIFA 3MEDA 1S1WA 3FFIA 4ELUA 3SV3A 4FM0A 1U48A 3SPYA 1RBVA 4CEDA 3RMBA 1SL1A 3WNGA 1SKWA 3NF6A 1X9SA 2YNHA 2Z1HA 2E4LA 4CFAA 1W0HA 4I2QA 2G8HA 4B9SA 3L2UA 5I3UA 1RTHA 3TAGA 3LZIA 4B3OA 3K59A 3ZSWA 4OGCA 4DQQA 5C42A 4B9TA 2XO7A 1C6VA 2VG7A 4PUOA 4DMNA 3SQ1A 4DTMA 3O3GA 3QLHA 4EP4A 5HRRA 3ZT1A 3S3NA 3KD5E 4CGGA 3QIOA 4DTNA 1BHLA 3F9KA 4M3RA 2KZMA 4DLGA 1YVUA 2P5GA 1LAWA 1HPZA 4FZYA 2FBVA 3HPGA 4CJQA 3HK2A 1ZBLA 4FJHA 4OGEA 3VQCA 1J53A 4CJPA 3RRHA 2PYLA 3AO2A 3KD1E 4W5QA 4F4KA 4M3ZA 3NH1A 3MXIA 4AHVA 4HUEA 4DTRA 4CFBA 1JXEA 4MFBA 1HYZA 3SUNA 1SL2A 1S9GA 1ZBUA 4CEFA 2E6MA 4CHYA 2YKNA 1BI4A 3ZT4A 2GUIA 4IDKA 3LP3A 1NJXA 4C8OA 2W42A 3OYAA 1B9DA 1RBTA 3ASMA 3G0ZA 5HROA 3SNNA 1JLEA 4FVMA 2B6AA 2ZE2A 4CF9A 1N6QA 1TK0A 1DLOA 3DLBA 3RR8A 3L2QA 1JLCA 3QESA 4KFBA 3TAPA 1ASUA 3DOKA 2RKIA 3RTVA 2QKBA 4FZXC 1R0AA 4ID5A 1BIZA 2RF2A 4FZZA 4DSJA 1XHZA 4DU1A 1QE1A 5EU7A 1Q9YA 2OYQA 3HPOA 1KCFA 2FBXA 4DG1A 3OYIA 2PY5A 2BGGA 2HHTA 1VSMA 4AHUA 3AA3A 4PA1A 1NJZA 1TK8A 3L2VA 3AA4A 2NUBA 1FKPA 2G8WA 4HVJA 4AHSA 1LWCA 4FLXA 4B9UA 4CF8A 4KHQA 2QXFA 2IOCA 3S9HA 3ZSQA 3S3OA 1IH7A 2DFEA 2IC3A 3OYHA 1KFDA 4J2AA 3OYBA 1BQNA 4CJ5A 1RT6A 1K6YA 4PWDA 3D0PA 1U45A 4CJLA 3OYCA 3AVMA 1BCMA 4DFJA 4QAGA 2G8VA 1ZBHA 3ZT2A 2EHGA 3OS1A 4FJLA 5FROA 1REVA 5E41A 2F96A 1HNVA 3LAKA 4G1QA 1NK9A 1S1XA 4CJ4A 4TSXA 3OS0A 3NF7A 3T3FA 1FK9A 1TKTA 2HB5A 4KV8A 3VQQA 1B9FA 5J2QA 2HMIA 4F3OA 2G8FA 4KHYA 4CERA 3SJJA 4CFCA 4FJ7A 3DLHA 1RTJA 4B9LA 1X9MA 4IBNA 2KFZA 3S3MA 3F73A 3VQBA 2ETJA 2RPIA 4FLWA 4CK2A 3ZSXA 4YFUA 3CQ8A 1Q9XA 4FK0A 3V81A 1WLJA 5HRPA 3HL8A 3NF9A 3K5NA 2HVIA 1L3UA 3QEWA 3SQ4A 5SZTA 2ZQBA 3BDPA 3QO9A 1FKOA 1YTAA 2EX3A 3M8PA 4E1NA 4HCBA 1TGOA 1WSFA 2WOMA 1QSLA 1QSSA 1U49A 1Z25A 1LV5A 3LZJA 1J5OA 1C1BA 1RT4A 4CGFA 4WE1A 1HRHA 1NOZA 4FLUA 3TARA 4RG8A 4CHZA 2AJQA 1F21A 3AVJA 3PUFA 1A5XA 4H8KA 1CZBA 4CJKA 3C95A 2FBTA 1KVAA 3D45A 4Z4CA 1T03A 4M3XA 3HO1A 3OY9A 4ZTJA 1HNIA 5J2NA 2DTUA 2XY7A 1JKHA 4RW6A 4N5SA 4DQIA 3ALYA 3DYAA 2XY6A 2P5OA 4LH5A 1S1UA 2R7YA 3QNOA 3P5JA 3MEEA 3OYGA 3OYDA 4KB0A 5CZ1A 4DQRA 3K2PA 3NGYA 3SUOA 3LPTA 2VWJA 1Q8IA 3TAEA 4F8RA 3VQ5A 4OJRA 3P83D 3AVKA 1NK4A 4PQUA 4DSEA 2LSNA 1HQUA 3MEGA 3VQDA 5KTQA 1S1VA 2KW4A 3M8RA 4FCYA 5HBMA 3OYJA 4FJKA 3IS9A 4N56A 3HM9A 3THVA 4BWJA 4E7KA 1TAUA 4FJJA 2HHUA 3DLEA 1UWBA 2D5RA 3VQ8A 3M8SA 4HUFA 3TANA 3MXMA 3U6FA 3V6DA 4DSKA 4CF2A 2HHXA 3AVIA 3KLEA 5CZ2A 4BWMA 1DTQA 4M45A 4CGDA 3CFPA 4HTUA 2X74A 1QTMA 5JS1A 4ICLA 4Z4HA 4ZTFA 4NCAA 1S6PA 2XHBA 3C94A 4KI6A 1JL2A 2YHBA 1UAXA 3I0SA 4CESA 4BDPA 1X9WA 2OZMA 4CJ3A 1NK6A 3NDKA 3SQ0A 1TVRA 4DTOA 1BGXT
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DTUA 1NJWA 4CEZA 5EY4A 1U2VB 1KLNA 2OANA 3B6PA 1D8YA 1X3MA 4OKJA 2ZJRL 3JYTA 4BG8A 1WSGA 2HNDA 3NFAA 4CGIA 1VSFA 5JS1A 3OVNA 1T44A 1RILA 4KKOA 1WUAA 1Q18A 4B8CA 4IOCL 4M63C 2YI1A 2ZWHA 4J2BA 3OJUA 4LFBK 1C0MA 1XHXA 4YNQA 3KVGA 2D0AA 3KTQA 3L2RA 4CJVA 4DS4A 3H1QA 1K8AO 5DM6L 3HVRA 3IDHA 1EKEA 3VEZA 4GV3A 1KFSA 4EFHA 3W0LA 4RTFD 4F2RA 3VQ7A 1NMDA 3HVTA 3RMDA 2VGMA 3RSEA 1GLEG 4FJMA 3MX5A 3SK3A 4KBOA 4CJEA 3LWMA 1U47A 2IIRA 4E7HA 1N8RO 3AGRA 3N4PA 3CFRA 4DS5A 1ATSA 4GVMA 4O0JA 3NHGA 3V9WA 3ZSYA 2Q36A 4K8ZA 4M41A 3UIQA 4CF0A 3MN6A 4JI4K 1RBUA 1SS6A 3FFKB 3RMCA 3EEQA 4CZHA 1W97L 3J8AA 4B3RK 3AA2A 1YTUA 3WNFA 3NH0A 3QEPA 2OCEA 5ELZA 1IV0A 4Z4IA 1RDCA 2VWKA 2E20A 3ITHA 4A2AA 4CBWA 1WNSA 3C6AA 4JI2K 4AHCA 1NGHA 1GOBA 1IBMK 1MU2A 2QXLA 3BGRA 2G8UA 4FJGA 2XY8A 4LC9B 1VQPN 4N41A 3TSPA 3V1OA 3O9UA 3CM6A 3FZLA 4RW8A 5AQVA 1VSEA 1SAZA 1XC3A 4IOXA 1XWLA 4C8NA 4FK4A 4XIUA 4H0VB 3OBWA 3HJFA 3OW2M 2HSTA 4KHWA 1J54A 3EO3A 1JLQA 4A59A 3AVCA 4IG3A 1LAVA 4DCHA 4CD3A 4IKFA 4YOXA 4M3TA 4B3TK 2HVHA 4E19A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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