5EU7A

Crystal structure of hiv-1 integrase catalytic core in complex with fab
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEFGVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Preserved HTH-Docking Cleft of HIV-1 Integrase Is Functionally Critical.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase
total genus 48
structure length 143
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-11-18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5eu7A00
4DLGA 1L3VA 2Z1IA 2G8HA 3L3VA 1BI4A 2G8KA 4HVJA 2WONA 4FYDA 1RCHA 4FLVA 4CFDA 1BQMA 4DG1A 3V9XA 4H4OA 3ZSXA 3OJSA 3M8PA 5K14A 4DFPA 3V6DA 4KTWA 2PY5A 2QK9A 4FM2A 2XY7A 2PYLA 2R7YA 1G15A 3V9WA 3LWMA 1NJXA 1QSLA 3TAGA 3CQ8A 3NH0A 1WSEA 3NDKA 3AA3A 4Z4GA 4QOZB 4DTOA 3SUOA 3OYMA 3SQ4A 3O3HA 3ZSVA 4CF0A 3CG7A 3VQPA 4AHTA 2OPSA 4W5RA 1D8YA 4AHUA 4F4KA 1HNVA 4KREA 4KRFA 3OJUA 3AVNA 2VWJA 1X9SA 4M3YA 1U45A 4ID5A 4DF4A 1TK0A 4FVMA 4WE1A 4E7LA 4MQ3A 4BDPA 2Z1JA 1NK0A 5J2MA 2HHVA 1VSLA 1U04A 4NCGA 4QCLA 4KAZA 4PUOA 1VRTA 3NCIA 3T3FA 2KTQA 3DMJA 1UOCA 3AVHA 3DRPA 3KIOA 4IFYA 5KI6A 1TL1A 5KGWA 3ZCMA 4BDZA 3SJJA 4M3XA 2HHUA 1T7PA 1L3SA 2OYQA 3LALA 4CF8A 3PO4A 3NBPA 1VSIA 3F73A 1ZBHA 4AHSA 2HHTA 1FXXA 2ZE2A 3HM9A 4DFJA 2AJQA 4CFAA 1RBVA 1QSSA 1R0AA 4FW1A 5HBMA 3VQQA 1Q8IA 3NH2A 3OYLA 3QERA 4M3ZA 4I7FA 3O4NA 4CEFA 2BGGA 1HRHA 5CYMA 4IG3A 4DWIA 1RT5A 3QEXA 4FJXA 4M3WA 3DLHA 4FZXC 2DFHA 4Z0UA 3RTVA 3CFOA 2HB5A 1A5XA 2IAJA 4OKKA 3HL8A 3KD5E 3VQ7A 4E0DA 4KHQA 4CK2A 2PZSA 3KK3A 4CGJA 2PYJA 1IO2A 4DTNA 2XY6A 1NJWA 3ITHA 3VQ5A 2DFEA 3P1GA 5I42A 3HK2A 3NF9A 3VQDA 4W5QA 1LV5A 1HNIA 4FLWA 4Q5VA 4BWJA 1TV6A 4DLEA 3PO5A 4KPYA 4CGDA 2XHBA 3HXMA 4CJRA 1J9AA 3VA3A 3DRRA 1VSHA 2GUIA 4YNQA 2HHWA 1B9FA 1S1XA 2B5JA 4J2AA 2KFNA 3AA2A 3KLIA 1KLNA 2FC0A 1JKHA 4CEAA 1CXUA 4FLXA 1ZBLA 3DOKA 2RN2A 3RR8A 3B6PA 3OYAA 1JLGA 4KHWA 1MU2A 3QNNA 2HHQA 1NK4A 1C1BA 4CFCA 3SZ2A 5J2QA 4AHRA 3AA4A 4CHZA 2G8WA 3DLBA 1K6YA 4N47A 4C8KA 3UIQA 1C6VA 3LPTA 2EHGA 1TK5A 4OPJA 1KVBA 4JRQA 1KCFA 3OYGA 3KLFA 4DU1A 1Q9XA 4EZ6A 4FJ5A 5T7BA 4W5TA 3SV3A 2YHAA 2LSNA 3V1OA 4G1QA 4OVLA 2IDOA 3IG1A 4DQSA 1RTIA 4FJMA 3SNNA 1X9WA 3OYHA 3MXIA 4ELTA 1VRUA 2G8VA 2KZMA 3ASMA 1LWCA 4FJHA 4FZZA 3QNOA 4CGHA 3V9UA 2X6NA 2WOMA 1NKCA 4K8ZA 3V4IA 3CFRA 2JGUA 5CZ2A 4CK1A 1QHTA 4BACA 4LH4A 3SUPA 4PY5A 1FK9A 1I39A 1RT6A 4O55A 2G8IA 2Q3SA 4ID1A 3VQBA 1YVUA 3MXMA 4PA1A 4ZHRA 2FBVA 3K5NA 4FCYA 4CJKA 3O3FA 4CECA 3V81A 3V1QA 1S6PA 3NH1A 1BCMA 1CXQA 3AVLA 4B9NA 4AHVA 4UQGA 1BI4B 2OPRA 1SL0A 3OYIA 3KJVA 4ELUA 1CLQA 1GOCA 1ZBUA 3ALYA 1BIUA 4B9UA 3VQEA 4DS5A 2QXFA 4OLAA 4C8LA 3HSTB 1S1UA 4QAGA 3TWHA 1HQUA 2B6AA 2YNHA 1S9EA 1UA0A 4DTSA 1VSEA 1T03A 3HPGA 3E01A 3QINA 4RW4A 3OS0A 1SUQA 5J1EA 3NGIA 4CJSA 3MEDA 4J2DA 4CE9A 4CHOA 4ICLA 2P51A 4IKFA 3K5MA 4FK2A 3OYKA 3VQ8A 4BE2A 4E7IA 5KRTA 5HRPA 4FM1A 3I8DA 1LW2A 4E7KA 4L8RB 4CIEA 2QKKA 4NCAA 3AA5X 4OGEA 4B08A 4M3TA 4C8MA 2Z1GA 4OKEA 3JSMA 4E1MA 4DTMA 1WSJA 3U3YA 3C6UA 2FBXA 1S9GA 1S5JA 2G8UA 4Z4EA 1LAWA 4Y1DA 4CCHA 3AO3A 4GMJB 2D5RA 2E6LA 4CJTA 3LP1A 1DTQA 1O1WA 3AVKA 3I0RA 3CYMA 4IBNA 3LZIA 3QETA 3TARA 4DTPA 1J5OA 3QEIA 2P1JA 1Y97A 3LP0A 3HVRA 4GW6A 1JXBA 2E6MA 2EX3A 2Z1HA 1NK6A 3G0ZA 1TVRA 4C8OA 3K5OA 3ZSRA 3OYEA 4FLZA 3AVFA 3RRHA 2RF2A 3OYFA 4PQUA 1D9FA 3DRSA 1SV5A 3WNHA 4KB0A 5JS1A 3OYNA 4LH5A 3RMCA 1JXEA 4RW6A 5D3GA 3QO9A 4F3TA 3ZT3A 4EP5A 1RNHA 2BE2A 4BE1A 5HP1A 5HLFA 3BDPA 3LPUA 2D0BA 2HHXA 2HMIA 3LP3A 1U49A 2P5GA 4DTUA 1TKTA 5E41A 4FLYA 3SI6A 1IG9A 2HNYA 2NUBA 4Q0BA 3ZSQA 1B92A 2HNDA 3ZT1A 2A1RA 1KTQA 2O4GA 3ZSYA 4B9LA 1DTTA 1WN7A 4I2PA 3LAKA 3C6TA 1XI1A 4F3OA 4OLBA 5HRRA 4R5PA 4CJLA 4CJVA 3TAMA 4IFVA 4DSEA 1RT3A 4KHUA 2JLEA 4LD0A 1ZYQA 3OS1A 2P5OA 1NOYA 1EETA 4KHSA 3PX4A 4DTJA 3AVMA 4CIFA 2YHBA 1TL3A 4CEBA 4FK4A 1JL1A 3CM6A 4AH9A 4E7JA 2F8SA 3OYCA 4O44A 1I3AA 3V9ZA 3L8BA 4KI6A 2XY8A 4M3UA 3AVAA 4FJKA 2OPQA 5HROA 3FFIA 3TAQA 3RRGA 3QESA 3P83D 3V1RA 3SUQA 2IS3A 4CHYA 2G8FA 3DI6A 3DOLA 3NF8A 5I3UA 1VSJA 1JLCA 4FK0A 2DY4A 4KV8A 4HHTA 3QIOA 3NE6A 1UA1A 2YNGA 3KK2A 2B4JA 5HRNA 1NOZA 1JLQA 3AVJA 2RKIA 3G10A 3KTQA 4B3OA 3JYTA 3ZSOA 4CIGA 4TSXA 1HQEA 2GV9A 1TKXA 3M8RA 3WNGA 1KVAA 4JRPA 3AO5A 4BDYA 4KTZA 1YTUA 3L2UA 1JLFA 2YNIA 4FLUA 1ZBFA 3SQ2A 3SCXA 3RR7A 3AVCA 4DSKA 3L2RA 1L5UA 3L2VA 3DLKA 1BIZA 2O4IA 4BE0A 3KLGA 3DLEA 1B9DA 1NK7A 3MXJA 4FXDA 1RDAA 1XC9A 4RW9A 1Z26A 3ZSZA 4EZ9A 2HVIA 5FROA 2XO7A 3SYZA 3BGRA 4IG0A 1XHXA 4W5NA 1RT1A 2VWKA 1WLJA 1X1PA 3CM5A 1WNSA 1RDBA 3M8SA 2RPIA 3OYBA 1D5AA 2BANA 4KTQA 2X74A 3QEWA 3NGZA 5HRSA 4CJPA 1WSHA 2HVHA 3CFPA 4M42A 1L3TA 4CJFA 1TKDA 4E1NA 4E89A 1DLOA 1BHLA 1KVCA 3NF7A 3DYAA 4HCBA 2DFFA 4H4MA 3AVBA 3SPYA 2XY5A 4RG8A 4B8CA 4LSNA 1W9HA 2IGIA 3D45A 4Z4CA 1WSFA 3KK1A 3OY9A 3L2WA 4DSLA 4FM0A 1X9MA 3DLGA 3HJFA 4CJUA 4CEZA 4DF8A 4OPKA 1CZBA 2YKNA 4CJEA 2IOCA 1NK9A 4B9TA 1A5VA 4FJ7A 3AVIA 4FJLA 4O0IA 1NJZA 4DSIA 5KGXA 1RBSA 1HMVA 1IKVA 1GOBA 3V9SA 4AHCA 5CZ1A 4K8XA 1FKOA 3QIPA 1LAVA 3LP2A 4OJRA 3IRXA 4DSFA 1SL1A 4B9SA 4DQQA 3TI0A 1ASWA 2E4LA 3ZT2A 5KRSA 3AO2A 4C8NA 4FJJA 3L2QA 1RTHA 2VG5A 2KFZA 1ITGA 4I9QA 1BGXT 4CFBA 1C0UA 3LZJA 3TAFA 2F8TA 2KZZA 3C95A 3PX0A 1RTJA 3P5JA 4J2BA 4LY7A 4F2SA 4CEEA 4IDKA 4HUEA 4FJ8A 1YT3A 3MECA 4HTUA 3ISNC 3NGYA 1U47A 1KRPA 1Z25A 2F96A 2XRIA 4EP4A 4RW7A 3WNEA 3ZSWA 3HVTA 1KFDA 1QQCA 1JL2A 5FDLA 4CHPA 3OS2A 1UWBA 3EYZA 1C0TA 2D0CA 3VA0A 4XIUA 3LAMA 1U48A 3KLHA 1FKPA 1TGOA 4CK3A 4ELVA 1HJRA 4NYNA 3WNFA 2I5JA 4B8AB 4CF2A 4DSJA 4H8KA 3ZT4A 1NK8A 3SPZA 2YV0X 2HNZA 1T8EA 1BL3A 4KO0A 1RILA 3O4QA 1KSPA 4KHNA 3SQ1A 4GVMA 3IS9A 1QE1A 2FBTA 1S1WA 1VSKA 4DTRA 4DQPA 2OZMA 4AILC 3C94A 3K59A 1C1CA 3K5LA 4FJNA 4DQIA 4OGCA 4M41A 3HP9A 1C1AA 1IKWA 1C0MA 4MFBA 3ULDA 4J2EA 2X6SA 2A1SA 1NJYA 1S1TA 1QSYA 3IAYA 4Z4FA 3I0SA 4KFBA 4PWDA 4CHQA 1SL2A 3RMDA 4CESA 5JS2A 3NHGA 3AO1A 4DU4A 1WAFA 1NKBA 5SZTA 3PX6A 5CY4A 4DQRA 1ASVA 3PV8A 2W42A 1BQNA 3DLRA 3MAQA 1T05A 1SKRA 4N5SA 4KKOA 1A5WA 4E3SA 4DFMA 1D9DA 1KLMA 1BCOA 4FJGA 3RMBA 3HYFA 1TK8A 3F9KA 4CF9A 4E19A 3QEVA 1TAQA 4CJWA 1W0HA 1QTMA 2OPPA 2ZQBA 2Y1JA 4Z4HA 2YKMA 2ETJA 4JLHA 5KTQA 3OYJA 4JS4A 3S3NA 3SUNA 2KQ2A 2OZSA 4OKJA 1JLAA 3HO1A 1S6QA 3QLHA 4NYFA 3SV4A 1VSDA 2VG6A 3TAPA 1WAJA 5SWMA 2YNFA 1SKSA 1EX4A 1IKXA 3NFAA 4CHNA 1HYVA 1U4BA 4HCCA 3L3UA 4CERA 4CF1A 3OVNA 5DMRA 1JLEA 2IC3A 3K58A 1EXQA 3LDSA 3TABA 2DTUA 4FJ9A 1YTAA 1TKZA 4O0JA 3T19A 4LSLA 1L3UA 5J2NA 1RDDA 2OA8A 3MEEA 3TAEA 4Y1CA 4N56A 3EY1A 1GOAA 1RBTA 4DS4A 1F21A 2HHSA 4N76A 2KW4A 1VSFA 2X78A 3VQ4A 3HPOA 3H08A 3KKSA 3QEPA 3NF6A 1Q9YA 3AO4A 3S3OA 4CEOA 1QS4A 3THVA 4E7HA 2D0AA 1VSMA 3A2FA 4CJ4A 1VK0A 1KFSA 4NCBA 1N6QA 4B9MA 2BDPA 3B6OA 4YFUA 1LWEA 3RMAA 1HYZA 1SKWA 1HPZA 4FW2A 5FRMA 1RT2A 4M45A 5FRNA 4FZYA 1CZ9A 3AVGA 3OYDA 1BISA 4I2QA 3VQAA 1EP4A 1EKEA 3KKRA 3T1AA 1WSIA 3KLEA 3S3MA 4F8RA 4Z4IA 1RTDA 3M8QA 5EU7A 3VQCA 4HUFA 4W5OA 1ZBIA 1HYSA 3S9HA 4CEQA 3DM2A 3HPHA 3ZT0A 3HT3A 4N41A 1RBUA 3KD1E 5C25A 3U3GA 1RT7A 4CGFA 3MEGA 5CYQA 4O4GA 1IH7A 3K2PA 3VN5A 5J2PA 4RW8A 1XHZA 3VQ6A 1RDCA 4JS5A 4CJ3A 4DFKA 4KI4A 4DMNA 3SQ0A 1RBRA 3LANA 3D0PA 3RWUA 3TANA 3LWLA 4M3RA 2HW3A 1ASUA 1J54A 4O5BA 3VQ9A 3NAEA 1XWLA 3AV9A 5C24A 4DU3A 4KB1A 1JLBA 1REVA 4B9VA 1IKYA 1J53A 1RT4A 3EZ5A 3HP6A 1NK5A 4CGIA 1NKEA 4KHYA 3O3GA 4F2RA 2FBYA 5DK5A 4HUGA 2Y1IA 4FLTA 4BWMA 4CJ5A 1LW0A 5C42A 2ZD1A 3U6FA 1N5YA 4FJIA 3PUFA 4ZTFA 4CGGA 3TR8A 4CEDA 2ITGA 1TAUA 3PY8A 1S1VA 4CJQA 3K57A 4DTXA 1LWFA 1WSGA 2GBZA 2VG7A 4I9LA 1UAXA 4ZTJA 2ATQA 2QKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BI4A 2G8KA 4HVJA 4BRCA 4FYDA 3CIPA 3ENBA 4H0VB 4FLVA 4DG1A 1M90O 4DV3K 4DFPA 4KH6A 2QWRA 4YOXA 2PYLA 3L6QA 3CMAN 4JI0K 1QSLA 2VYPA 1WSEA 3LDOA 1K9MO 3SUOA 3ZSVA 4W5RA 4LF4K 3P38A 1KD1O 4KRFA 4M3YA 5BPNA 3GOIA 1OVQA 2WUSA 5FPNA 1E4FT 3O4WA 3J7AP 3UKUA 4NCGA 1VRTA 3T3FA 2KTQA 5LJWA 5C12A 4WCEL 3F5TA 3DRPA 4IFYA 2ZJPL 3SJJA 2WFBA 4M3XA 1L3SA 1VSIA 1FXXA 2Q97A 1HPMA 4CFAA 4GV6A 1RBVA 1QSSA 1W2BM 1W7AA 4M3ZA 3O4NA 4CEFA 2BUPA 3MX5A 1RT5A 4M3WA 1WUAA 1BOTO 2IAJA 4FWOA 3HL8A 4HTLA 3KK3A 3QBXA 1IO2A 2XY6A 3P1GA 4CBXA 3HK2A 3NF9A 4JI1K 3VQDA 2YJEA 3WQTA 4FLWA 3PO5A 3G71N 3I55N 4CJRA 1XNQK 4IWVA 1XUPO 2ZGZA 4J2AA 4DR7K 4FLXA 1CXUA 4NLBA 1DEJA 1KC8O 3VENA 1NK4A 5J2QA 1YHQN 1MA9B 4N47A 1U6ZA 5I9EB 2NRVA 3I56N 4IJNA 5AQZA 4OX9K 2QTDA 3U4LA 3I8BA 1KCFA 4JRQA 5T7BA 2LSNA 5M1NA 4DQSA 3SNNA 1X9WA 4LF5K 3OYHA 4ELTA 3QNOA 3V9UA 4K8ZA 1NBWA 3FGUA 1QHTA 4CK1A 1FK9A 3PSIA 1R59O 4O55A 2G8IA 3CJ7A 2Q3SA 3VQBA 4PA1A 3C6HA 3IFRA 1YJ9N 4BRKA 4A5BA 3O3FA 4CECA 2Q2RA 1BDGA 3O9QA 5AQIA 4B9NA 4AHVA 1SL0A 5AZIB 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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