5EU7A

Crystal structure of hiv-1 integrase catalytic core in complex with fab
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEFGVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Preserved HTH-Docking Cleft of HIV-1 Integrase Is Functionally Critical.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 48
structure length 143
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-11-18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5eu7A00
1J5OA 4FZZA 1I39A 1I3AA 2BANA 1MU2A 2JGUA 2NUBA 3LALA 5EU7A 4MFBA 4W5TA 3L8BA 3MXIA 5FROA 1HYSA 1NK8A 4IDKA 2ZE2A 1KVCA 3MXMA 3IAYA 1BCOA 5E41A 3ZSZA 4KHYA 1NJYA 1N5YA 4AHRA 1GOBA 3NAEA 4OJRA 2DFFA 3KK3A 4CGGA 3V9UA 3RMAA 3HT3A 4Y1CA 3HO1A 1Q8IA 4HUEA 2YNIA 1SKRA 3DMJA 4DQPA 1NOZA 4CGDA 4CHNA 3NH2A 4FM0A 3SZ2A 2O4IA 2YKNA 1TKXA 4W5RA 2XY6A 2HMIA 4HVJA 2OPSA 4IBNA 1TK5A 3SQ1A 4E7LA 4M45A 3C94A 2ATQA 3VQBA 4E7KA 4WE1A 1RBTA 3QESA 2G8HA 1RT5A 1ASUA 4M41A 1Z26A 4DWIA 4CGJA 3ZCMA 1UA0A 1KTQA 1TVRA 5FDLA 3LPTA 5CYMA 3OS2A 1WLJA 2OZMA 4I7FA 1IH7A 1RTHA 3TAMA 4CJEA 3OJUA 3NE6A 3OYEA 3K59A 3TARA 2E6LA 4CHOA 1HQEA 1NKBA 1HPZA 2Y1JA 1T03A 1KRPA 4IG0A 4CK1A 3AA2A 4EZ9A 3MECA 3ZSVA 1A5VA 3VQDA 2HW3A 4HTUA 1C1AA 3AVHA 1WSJA 1L5UA 3TABA 3AVMA 3VA0A 3QEVA 4OVLA 4ICLA 3SQ4A 4FJJA 3MEDA 4FCYA 1NJXA 2HVHA 3HPGA 3NF8A 1HRHA 3KK1A 4DU4A 1T7PA 4CE9A 1B9DA 3RMDA 1ZBFA 1RTDA 1J53A 1VSEA 3P5JA 4XIUA 3OYNA 3JYTA 1IKVA 3G10A 4KRFA 4FM2A 2QKBA 4KREA 3LWMA 4NYFA 2P5OA 4M42A 4C8MA 3OYBA 3S9HA 4DSKA 4M3UA 3NH0A 3HP6A 1RDBA 1YTUA 4HCBA 1RT2A 1HQUA 1KLNA 1C1BA 4B8CA 1UWBA 3TWHA 3DLEA 3TAQA 2QXFA 3S3OA 3DRSA 4GW6A 4DQQA 3WNFA 3V6DA 1BIZA 3NF6A 4CJPA 1RT6A 2W42A 3LP3A 4LSNA 3T3FA 5HP1A 3UIQA 4KAZA 1C0TA 1F21A 2HNDA 2RKIA 2YNHA 3LDSA 5HLFA 4OLAA 1S9GA 1YT3A 2RPIA 3KLIA 4DFJA 4UQGA 1RDAA 4J2AA 4CF9A 1L3UA 3AVAA 3OYIA 1U4BA 1CXUA 1IKYA 3V1OA 3RRHA 3NF7A 3K5NA 1SL2A 5D3GA 4F3TA 3QO9A 1GOAA 1DLOA 5J1EA 4M3WA 1HYZA 3RRGA 3D45A 5HRSA 4RG8A 4OLBA 2BE2A 1RTIA 4FLUA 5I3UA 3DRRA 4BWJA 1SKSA 4H4OA 1KCFA 1SKWA 4NCBA 4NYNA 4FLVA 4AH9A 2O4GA 4CF0A 1JXBA 1LAVA 4CHQA 1RDCA 1BI4B 3OYCA 3OYKA 4DFKA 5J2NA 3C6UA 4H8KA 4CFAA 1XI1A 5SWMA 4FZXC 2DY4A 4DTUA 2KW4A 4ZHRA 2QK9A 2E6MA 3U3YA 3VQQA 3AVLA 3PX0A 4BDPA 1IKXA 1Z25A 5C24A 2G8IA 2IS3A 3SV3A 4KO0A 1CZBA 2Y1IA 2OPRA 4FM1A 4CJ3A 4ZTFA 4AHSA 3NCIA 3KKSA 1BCMA 4LSLA 4J2BA 4J2DA 1K6YA 4FW2A 1R0AA 4B3OA 2OYQA 4CGIA 5J2MA 1RT1A 2GUIA 5K14A 2Z1HA 3EYZA 1KVAA 1X1PA 3VA3A 3SJJA 1XC9A 3AVJA 5KRTA 3T19A 1Q9XA 3HPHA 3KTQA 1TKZA 3NBPA 1JKHA 2DFHA 2XRIA 3CFPA 3LZJA 3RMCA 1TL3A 4GVMA 2B5JA 2KZMA 1X9SA 1KFSA 3L2WA 1S1WA 4CIEA 2G8VA 1WSIA 4CESA 3THVA 1U45A 4F2RA 4HUGA 4B9SA 3ISNC 1C0MA 4CJTA 2LSNA 1NOYA 1VSFA 2YHBA 2F96A 3KLGA 1UA1A 3VQPA 4DTSA 4MQ3A 2F8TA 3DLHA 1BIUA 4G1QA 3OY9A 3AVBA 4CIGA 3KLFA 1QHTA 3ZSYA 2OPQA 4DS4A 3RR7A 3VQ6A 1X9WA 3DLRA 4K8XA 4FLXA 5CY4A 5HRNA 4OGEA 3QEPA 2EHGA 4Z4IA 3TAEA 1NJZA 1EX4A 2IDOA 4YNQA 2VWJA 4AHTA 1L3SA 3CG7A 1NKEA 1Q9YA 3HK2A 3SCXA 4M3RA 5CZ2A 2YKMA 1UAXA 4DF8A 3AO4A 1RBUA 4C8KA 4B8AB 3AVGA 1L3VA 1WAFA 1RNHA 3QEIA 2B4JA 4DTXA 3OVNA 1D8YA 4CHZA 1RBRA 5FRMA 4DTRA 3M8SA 3QINA 5HRRA 3MEGA 2ZQBA 4K8ZA 2BDPA 4F8RA 1W9HA 4OGCA 4CJ5A 4CF2A 1O1WA 3EY1A 1REVA 3QEXA 3I8DA 4HCCA 1HYVA 2P5GA 4E0DA 3K5OA 3MXJA 4E1MA 4JS5A 4FLWA 4B9LA 4FJ7A 3SQ0A 4O44A 1VRTA 4Y1DA 3TAPA 1FK9A 1WSFA 3O4NA 3NFAA 1N6QA 2DFEA 3HYFA 4AILC 3AO2A 4I9LA 4FW1A 4M3TA 4JLHA 2DTUA 3CM5A 4NCAA 3AVCA 3DRPA 1JLEA 2WOMA 1WN7A 3LAKA 4PY5A 4E7IA 3NGZA 1JLGA 4KHSA 4DTNA 3QLHA 2HHUA 4AHCA 3M8PA 3VQ7A 1NK4A 4PWDA 3T1AA 3K5MA 1Y97A 3SI6A 3F73A 1EP4A 2RF2A 4O5BA 1RCHA 4B08A 3ZSWA 1TGOA 4Z0UA 3SYZA 3SUNA 3MEEA 4YFUA 4CEFA 5JS1A 5C42A 4DTMA 3ASMA 3AV9A 4CEQA 4CJSA 1JLCA 4CHPA 2OPPA 4Z4EA 2F8SA 3OYAA 1A5XA 2FBXA 3U6FA 1ZBIA 2FC0A 3CFRA 1VSKA 1U48A 3ZSXA 1VSLA 1ASWA 2P1JA 4KPYA 4J2EA 4Z4FA 1X9MA 4FJXA 4QOZB 4CF1A 1QSSA 1ITGA 2FBVA 3AO3A 3KIOA 3LP1A 5DMRA 3ZT4A 4HUFA 3V9XA 3AVFA 4FXDA 2HHWA 4FJ9A 3O3HA 3TI0A 1JLBA 4RW4A 4I9QA 4FYDA 3SUPA 3O3FA 4DMNA 4CHYA 1UOCA 4FJLA 3AA3A 2FBTA 1JLQA 4DG1A 3QETA 3SPZA 2WONA 3S3MA 2RN2A 1RBSA 3ITHA 3KD1E 1CLQA 2X74A 3K5LA 4CFCA 3NDKA 5C25A 3PY8A 3O3GA 3O4QA 2PYLA 2PY5A 4FJNA 4EP5A 4DQRA 1LWEA 1TL1A 4CEDA 4DTJA 1BGXT 4FJMA 1NK5A 2HHVA 1EXQA 3AVIA 3VQ8A 3KLEA 3V9WA 1U49A 1ASVA 4ELTA 5FRNA 2KFNA 2PZSA 1LV5A 2X78A 4CECA 1VRUA 2HHSA 4L8RB 1QSLA 1YTAA 3IS9A 1XHXA 2D0AA 4GMJB 4CIFA 1S6QA 4CJKA 3OS0A 4O4GA 3HPOA 4FJGA 3QIPA 4RW6A 4KTWA 2OZSA 3MAQA 2HHTA 2GBZA 3KJVA 3TAGA 3P83D 1RTJA 3NH1A 4F3OA 1VSMA 3TAFA 3SUQA 1JXEA 5KRSA 3L2UA 4BDYA 4FVMA 3PX6A 1QSYA 3S3NA 2HB5A 4FJ5A 1EKEA 4H4MA 2HNZA 3D0PA 1SL1A 1BQMA 4DSFA 1TK0A 4DFMA 3DI6A 3AVNA 3BGRA 3WNHA 4FK4A 1BHLA 1C1CA 2D5RA 1ZBUA 1C0UA 2IAJA 4LH4A 3IG1A 1RT3A 3PUFA 1BQNA 3OJSA 3QIOA 3ZSQA 3HXMA 2HHQA 4CEBA 4IG3A 2VG6A 3LPUA 3E01A 3VQ4A 5J2QA 1LWCA 1T8EA 1LAWA 2I5JA 1BISA 3LZIA 2ZD1A 4O0JA 4I2PA 1KFDA 1LWFA 4CFBA 2FBYA 3HL8A 3LWLA 4CGHA 2G8WA 3QERA 1ZYQA 3RMBA 4PQUA 3SNNA 3DOKA 2XY7A 1XHZA 2XY8A 3AA5X 4KHQA 2KZZA 1C6VA 3ZT0A 1VSIA 4C8LA 4TSXA 4KTQA 3TR8A 3OYGA 1D9DA 2ETJA 4OKJA 3V1RA 1NK6A 3L3VA 2GV9A 1TKTA 2IC3A 4E7HA 4EZ6A 3ALYA 4LY7A 1FKOA 4AHVA 3ZT2A 4AHUA 4FJ8A 1S5JA 5KI6A 3L2VA 2AJQA 1G15A 5SZTA 2VWKA 4DF4A 4M3XA 1L3TA 3RR8A 3ZSOA 4ELUA 1QQCA 3VQAA 3OYMA 4CJ4A 4JRPA 3IRXA 5HBMA 4CEOA 4KHWA 1D5AA 4KFBA 1S6PA 4ELVA 4C8OA 3NF9A 4DU1A 4Z4CA 1XWLA 4QAGA 5KGWA 3QEWA 3M8RA 4JRQA 4FK0A 4Z4HA 4E3SA 3PV8A 3CM6A 4DQIA 1S1XA 3AO5A 3V1QA 3B6OA 4HHTA 1EETA 1DTQA 3HVTA 4O55A 4CF8A 4R5PA 4NCGA 4KV8A 4ID1A 4OKEA 1ZBLA 1QE1A 1WAJA 3DLBA 3HM9A 1IG9A 5DK5A 2HNYA 5T7BA 1KLMA 4N5SA 3RWUA 2D0CA 3PX4A 1NKCA 3WNGA 2OA8A 2BGGA 4CEEA 4LD0A 1VSDA 4CJUA 3B6PA 2KTQA 4B9TA 3ZT1A 3V4IA 4W5OA 2Z1GA 3HVRA 4Q5VA 1S1TA 2KFZA 3OYLA 1JLAA 4KB1A 4IKFA 2YHAA 1KSPA 4F2SA 3I0RA 2YNGA 3K57A 4OPKA 4DS5A 2Q3SA 1HNIA 2IGIA 2Z1JA 4KTZA 1HMVA 4CJRA 4KI6A 4PUOA 1VSJA 4CFDA 2A1SA 1S1VA 1JL1A 2Z1IA 4CJLA 1FXXA 1WSHA 1WNSA 2XO7A 1RILA 2EX3A 1YVUA 3KKRA 4EP4A 2R7YA 4O0IA 4DLGA 3SPYA 1U04A 4B9UA 1TAUA 3CFOA 4CJVA 2G8FA 3DLGA 1WSGA 4RW7A 3DM2A 4KI4A 2KQ2A 4FJKA 4C8NA 3ZT3A 3VQEA 3NHGA 2PYJA 4B9VA 1RT7A 2E4LA 1WSEA 3DLKA 1LW0A 5HRPA 4M3YA 4CEAA 4N41A 3LANA 2ITGA 3C6TA 4B9NA 3OYJA 3ZSRA 3EZ5A 2G8KA 2VG7A 3FFIA 3OYDA 4IFYA 2QKKA 3HSTB 3VN5A 4E1NA 3V9ZA 4DLEA 1RBVA 3M8QA 3CQ8A 4N76A 3AO1A 3C95A 1IO2A 4Q0BA 3AVKA 4BACA 4DQSA 4KHNA 1VK0A 4CJQA 3JSMA 4BE2A 2JLEA 1FKPA 4DSEA 1VSHA 4CERA 3HJFA 4DU3A 2A1RA 4PA1A 4CJWA 1QTMA 1JL2A 3DOLA 4ID5A 4LH5A 1BL3A 3SUOA 2XHBA 4FLYA 3SQ2A 3V9SA 1TKDA 1TV6A 2YNFA 4W5QA 5CZ1A 3NGIA 3HP9A 4DTOA 5HROA 4QCLA 5KGXA 4KB0A 1JLFA 3PO5A 1A5WA 3U3GA 3RTVA 2D0BA 1J54A 1DTTA 4BDZA 3QNNA 1HJRA 3VQ9A 1GOCA 3WNEA 1BI4A 4N56A 3KD5E 4DSJA 2X6NA 4FLZA 3AA4A 1W0HA 3P1GA 3PO4A 4CGFA 3TANA 3L2RA 4FJHA 2X6SA 1B9FA 1CXQA 3V81A 3VQ5A 4BE0A 4E19A 4ZTJA 4W5NA 3OYHA 5J2PA 1CZ9A 3OS1A 3I0SA 4FJIA 1S1UA 1SUQA 3VQCA 3K58A 3DYAA 4F4KA 3LP0A 4Z4GA 2P51A 4CJFA 3K2PA 3KK2A 1SL0A 4JS4A 1ZBHA 1B92A 4KHUA 4E7JA 3H08A 3QNOA 5CYQA 3LAMA 3ULDA 3BDPA 3L2QA 3SV4A 1NJWA 1IKWA 1KVBA 1RT4A 4M3ZA 5JS2A 2B6AA 4RW8A 4CEZA 3LP2A 2HVIA 1NK7A 3CYMA 4BE1A 1QS4A 3L3UA 2XY5A 1SV5A 4DFPA 1T05A 3G0ZA 1NK9A 4FLTA 4DTPA 5KTQA 4CK3A 2IOCA 3F9KA 1S9EA 4RW9A 4CK2A 4IFVA 3A2FA 3OYFA 1NK0A 4B9MA 4DSIA 1TAQA 4KKOA 4N47A 4FK2A 3NGYA 4FZYA 2HHXA 4OKKA 4BWMA 1RDDA 1U47A 2G8UA 2YV0X 5I42A 3KLHA 4DSLA 1LW2A 4E89A 4OPJA 1D9FA 1J9AA 4CCHA 1HNVA 4I2QA 2VG5A 1TK8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WBNA 2Q36A 1HYSA 2P9UA 3J7AP 3IAYA 1KVCA 5E41A 4K42A 1NJYA 1GOBA 4OJRA 4IZ9A 3KK3A 3RMAA 3VF2A 5MLCQ 3U8XA 2YNIA 1SKRA 4DR2K 5BPLA 2Q31A 2UUAK 4W5RA 4JI4K 4IBNA 3AAPA 2ATQA 2G8HA 2UXBK 4CGJA 3GE1A 1KTQA 3FLCO 3OS2A 4I7FA 1OVYA 2W6KA 3MN9A 3TAMA 2E6LA 4CZLA 4IG0A 3ENHA 4EZ9A 2OANA 3BP8A 4HTUA 3AVHA 3HRGA 3TABA 3VA0A 4FJJA 2HVHA 3WXIA 3DWLA 3KK1A 1W2BM 2F4VK 5EX5A 1Q86O 1T44A 4FM2A 2QKBA 4KREA 3G6EN 3NH0A 1RDBA 4HCBA 1RT2A 1HQUA 5DM6L 1UWBA 4ISGA 4OPHA 3R9PA 3CF5L 1GLAG 4A2BA 3TWHA 3DLEA 3TAQA 4NLBA 1JCFA 3WNFA 1T6DA 1BIZA 3NF6A 4OLAA 4H5VA 1NLVA 2YNHA 4UQGA 4AM6A 3JS6A 2GX9A 3MDQA 3OYIA 2BTFA 3RRHA 2ZJQL 3NF7A 5D3GA 1Q82O 3TTDA 3QO9A 3H6EA 4DQ8A 4B1WB 1HYZA 5M1KA 3CXCM 4RG8A 3VF6A 1SKWA 1BOTO 1KCFA 4NYNA 2UXCK 4ISEA 1VQLN 1RDCA 1QZ5A 1XI1A 5CHIA 3NVMA 4IEIA 1GLJO 4ZHRA 1IKXA 2IS3A 3SV3A 4KO0A 1CZBA 2Y1IA 2Q0UA 4FW2A 1RT1A 1YJNN 3SJJA 4MO5A 1JKHA 2XRIA 3LZJA 1TL3A 2YI1A 2IVNA 2UYTA 3VEWA 2G8VA 4CESA 2P9LA 3P38A 1X3MA 4HUGA 5LMNK 4CZKA 3DLHA 4BC4A 4DV7K 3ZSYA 4DS4A 3RR7A 3VQ6A 2AP1A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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