5HRPA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124t mutations complexed with gsk0002
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrpA00
1KVBA 2OPSA 2P51A 3AVFA 1CLQA 3V9SA 3AV9A 1KFSA 1UOCA 3SUQA 2KQ2A 3O3FA 4CECA 4CFAA 3HVRA 2QKKA 4B9TA 3PX6A 1JXEA 4O0IA 1D9DA 4BDZA 4W5QA 1NOYA 1BL3A 3K58A 4FJNA 4CIEA 3VQDA 4EP4A 4NCGA 1TKZA 2Z1GA 1RBUA 4E19A 3OYGA 1IH7A 2B4JA 3AVLA 4CFDA 4DMNA 4FJ9A 1X1PA 1S6QA 4HUGA 3QNNA 1HYZA 4RW4A 5CYMA 4CEQA 1TL3A 3OYEA 3L2QA 4CEDA 1B9DA 3ZSZA 1UAXA 4IFVA 3K5OA 1RT7A 2XRIA 2G8HA 3HJFA 2KFNA 1DTTA 4RW6A 3VA0A 1VRTA 4DSIA 1TAUA 4KHWA 3OYFA 5HBMA 2HNZA 1Q9YA 1XC9A 3KKSA 3ZT0A 1DTQA 3NH2A 3JSMA 1LAVA 3OYBA 1RTIA 3P5JA 1LW0A 4OPKA 1KTQA 1RT5A 4KTQA 3OYJA 4FXDA 1NK4A 1RBVA 5CYQA 4GMJB 4KB1A 4QCLA 4KAZA 3MEDA 3NGIA 4E7JA 1NJZA 3NFAA 1IKVA 2ZQBA 3IG1A 4KHQA 1QS4A 3HP9A 4FM0A 2B5JA 4BWJA 4C8OA 1TL1A 4W5TA 3VQ7A 3I8DA 2KFZA 1Z25A 2YNHA 1VSIA 4PUOA 1KCFA 4CHNA 3AA4A 1X9WA 1N5YA 1RT6A 4FYDA 1X9SA 2FBYA 5K14A 3RRGA 4FW1A 3ZSRA 3V9WA 4CJLA 2JGUA 1IG9A 3AO1A 3NH1A 1VSEA 4DFKA 1ZBLA 4M45A 2FBTA 1U04A 2IGIA 1HYVA 3CFOA 2ITGA 1EP4A 4CEAA 3O3GA 2G8VA 1FK9A 4EZ6A 1W0HA 3LDSA 2KTQA 3C6TA 3VQQA 4CJFA 3AA3A 3VQEA 3KD5E 1TKDA 2Y1IA 4IG0A 4H8KA 2F8SA 5J2QA 1TKTA 1O1WA 1BI4B 3KLHA 1WAFA 2HW3A 2KZMA 1K6YA 1GOBA 4OGCA 4K8XA 4DTRA 1BIUA 4E89A 5HROA 2P5GA 1VSLA 4CJ3A 4J2EA 1HPZA 3L8BA 2YV0X 3C6UA 2OPPA 3BGRA 1BHLA 3TANA 4CFBA 3VQBA 3MXJA 3U3YA 4DQSA 1LW2A 1NKBA 2HHVA 4FJMA 3DMJA 1QSYA 4ELTA 3HPOA 2EX3A 2BDPA 3LPUA 3U6FA 3L3VA 1A5WA 1JLBA 1TVRA 4G1QA 4CJ4A 2R7YA 3RMCA 2DTUA 4DLEA 1ZYQA 4DQRA 2HNDA 2AJQA 4FM1A 4FVMA 3DLKA 2BANA 2Z1IA 2XY7A 1TAQA 1VK0A 2F96A 3K59A 4HTUA 2FBXA 1JKHA 2ETJA 2YHBA 3AA2A 3SV4A 3TAEA 3TI0A 1SL0A 4M3WA 1RDBA 1WSJA 2P5OA 2WONA 4MFBA 3OYLA 3AO5A 3TR8A 4FLZA 1VSKA 2XO7A 1TK5A 2IC3A 1REVA 2OYQA 4DTXA 1NK0A 4O44A 4N76A 5FRNA 2Z1JA 4FLXA 2VG5A 1L5UA 1A5VA 3DM2A 2G8FA 3RR8A 3MEEA 3KKRA 3WNHA 2BGGA 4CGFA 1RBSA 3NDKA 4CGGA 4FJHA 4B8AB 1CXUA 1S1VA 4XIUA 3F73A 1HYSA 4DSEA 4AILC 2RN2A 3DLRA 3K57A 2X78A 4DTUA 1WSIA 3DRPA 3HL8A 3CFPA 4F3OA 1I39A 4DWIA 3L2VA 2FC0A 1IO2A 5SZTA 3PY8A 1JLAA 3IAYA 3ALYA 1T05A 3AVAA 5J2PA 1KRPA 5D3GA 1KLMA 1S9GA 4F2SA 3MAQA 2VWJA 1IKYA 1I3AA 2O4GA 2RF2A 4DTSA 3AVJA 1LWCA 2X6SA 3OVNA 4ICLA 4CJTA 2DY4A 3AO2A 4TSXA 4CHOA 4HUEA 1L3UA 3LP2A 3PUFA 5J1EA 3SYZA 1T8EA 1JLFA 1WSHA 4Y1DA 1NKEA 4E7HA 3S3OA 3P1GA 2Z1HA 3H08A 2DFHA 4CF2A 1BQNA 1C1CA 3DLBA 3LANA 1RTDA 1BISA 1MU2A 1G15A 3ZSXA 3AO3A 1DLOA 1TK0A 1J53A 3KTQA 5KRSA 1YTUA 4B9MA 4CEBA 3L2UA 4BACA 3S3NA 2D0BA 4FCYA 4B3OA 3O3HA 3O4QA 4FJXA 4DTOA 4BWMA 4B9SA 3B6PA 2XHBA 3QIPA 3RMDA 3TABA 4CK1A 4FLUA 1ITGA 4M3TA 3AVKA 2IS3A 3DOLA 4PQUA 3I0RA 3ZSWA 1TKXA 4CF1A 2HHTA 4QAGA 5KTQA 5FRMA 1SKSA 3KLEA 3DLEA 5FDLA 3OYNA 4DG1A 3V9UA 4B9NA 3A2FA 4AHRA 4KREA 3SPZA 3ZT4A 4CHQA 3NBPA 1WSEA 1NK8A 4CGIA 1NK6A 4CJVA 3AVIA 4E7LA 1NK9A 1J5OA 4FJLA 3T3FA 4DS4A 2XY8A 4FJ8A 1GOAA 2NUBA 3JYTA 4B8CA 3THVA 2HMIA 4DQPA 4DFJA 2QXFA 2VWKA 1VSDA 1ZBUA 2IOCA 1LAWA 4H4OA 3TAGA 1C0TA 3QLHA 1YTAA 5HRRA 5KGWA 3CFRA 2JLEA 3SJJA 4M3ZA 4I2QA 4RW9A 4FK4A 1SL2A 4C8LA 2X74A 4NCAA 4DLGA 2ZD1A 2VG7A 3C94A 4DSJA 4I7FA 4AHUA 1EX4A 2ATQA 2OPQA 1RBTA 3KLGA 4Y1CA 3EY1A 4FM2A 1EKEA 4K8ZA 2OZMA 4LSNA 4DQQA 4N56A 3DOKA 4B9UA 4Z4GA 5C42A 3V4IA 3K2PA 3LZIA 4ID1A 1U45A 1IKWA 5DMRA 3VQ8A 3D45A 4OGEA 1YT3A 4H4MA 1UA0A 1NK7A 1ASVA 1RBRA 4CERA 3KLFA 2OZSA 5CZ2A 2BE2A 2IDOA 3PO5A 2E6LA 2OPRA 3ZT1A 4HVJA 3TAFA 3VQ4A 2HVHA 3MXIA 1JLGA 4ID5A 1ZBHA 4AHCA 3L2RA 1RT3A 3MECA 4CJRA 3VA3A 1LWFA 3K5NA 5HRSA 3AVBA 4E3SA 3OS2A 5SWMA 3V9XA 1C0UA 2E6MA 4CHZA 4KHSA 1W9HA 3M8RA 4C8KA 3TAMA 3T19A 1KVCA 4DS5A 5J2MA 3LAKA 1XI1A 2D5RA 3OYCA 1NK5A 1L3VA 4LD0A 4HCBA 3SV3A 3M8QA 3V6DA 1S1TA 4N47A 4QOZB 3NF6A 3LALA 1WAJA 2A1SA 4OKKA 3NHGA 4E1MA 3L3UA 3OS1A 1T7PA 4DTJA 1EXQA 4DF4A 4Q0BA 1A5XA 3HM9A 4DU3A 2XY6A 4Z4FA 2HHSA 4CJWA 1SUQA 4FJIA 3QEIA 2QKBA 2PYLA 1RTJA 1WSGA 1GOCA 3HPGA 4CF9A 4FJKA 2W42A 4CJSA 4AHTA 1TV6A 1ASUA 3HVTA 4GW6A 4NYNA 3OYDA 3MXMA 1U49A 4AH9A 2G8IA 3F9KA 3AVCA 2P1JA 3QNOA 2E4LA 1RT1A 4BDPA 3NCIA 4M3RA 3NF8A 4CE9A 3QO9A 3OY9A 3EYZA 3LZJA 3TARA 1D9FA 2PYJA 4CESA 4CCHA 4DSLA 4FJGA 3HSTB 4L8RB 4NYFA 3ZSOA 1ZBIA 2PZSA 4ELUA 1J54A 1UA1A 3B6OA 1BIZA 5DK5A 1QSLA 4M42A 3VQ6A 2B6AA 2KZZA 3AO4A 3LP0A 4DF8A 3PX4A 5HLFA 1SKRA 1ZBFA 5HRNA 3LWLA 4BE1A 2A1RA 3SQ2A 1S6PA 1QTMA 1NOZA 4DFMA 4Z4HA 2D0CA 2G8KA 1S1XA 4FLYA 3SUNA 3O4NA 4KHUA 2FBVA 4W5OA 1JLQA 2YKMA 3PX0A 4KRFA 4OLAA 4FK0A 4O5BA 1XWLA 4CF0A 1CZBA 3TWHA 1T03A 3QESA 4ELVA 3ZT2A 3QERA 1NJYA 4BE2A 1HMVA 4KB0A 4NCBA 1JXBA 3ZCMA 4N5SA 1C1BA 3KLIA 3VN5A 1HQEA 5I42A 4M3YA 3KK3A 2YNIA 4WE1A 4DQIA 4I9QA 2HHQA 4HUFA 1Q9XA 2YNFA 4I2PA 3SQ0A 3NGYA 2DFEA 3V9ZA 3V81A 3NF7A 3I0SA 4F2RA 4C8NA 2DFFA 4LY7A 1VSFA 3HK2A 4CF8A 3WNFA 4F4KA 2X6NA 3SPYA 5C24A 5KRTA 1R0AA 4ZTFA 4N41A 2HB5A 4IKFA 4KI4A 4R5PA 4F8RA 4RW7A 4YNQA 4LH5A 4FJ7A 3KJVA 3MEGA 5E41A 3LWMA 1VRUA 1SKWA 1QSSA 2YHAA 5I3UA 1F21A 4DSKA 1JLCA 4GVMA 4DFPA 1UWBA 3OYIA 3NE6A 3HYFA 3RRHA 4O4GA 1D5AA 1WN7A 4FW2A 3WNEA 4HHTA 4Z4IA 1FXXA 3ZSYA 4M3XA 4M41A 1RTHA 3IS9A 2Y1JA 1TK8A 3G0ZA 3G10A 4JRQA 2XY5A 1U4BA 1HNVA 1RDDA 4PA1A 2HHWA 2RKIA 3M8PA 3S3MA 3AA5X 3KK1A 3IRXA 3PV8A 4AHVA 3E01A 2O4IA 4ZHRA 3DYAA 4FJ5A 4IBNA 3VQCA 4KO0A 3LP3A 4KTWA 2Q3SA 4M3UA 1XHZA 1HJRA 4IFYA 3U3GA 1ASWA 4JRPA 4DU4A 2ZE2A 5HP1A 4CEZA 2G8UA 3ZSQA 1WLJA 4CJEA 4CEOA 4LH4A 4CGHA 3SI6A 3CM6A 3L2WA 4E7KA 3SQ1A 4OKJA 1C6VA 5JS2A 1RDCA 4CJ5A 4C8MA 3RTVA 5EU7A 3RMAA 1Y97A 3QEXA 1TGOA 4W5NA 1J9AA 3SCXA 4J2AA 4JLHA 1JL1A 4YFUA 4LSLA 3AVNA 2YNGA 3ISNC 4CEEA 4EP5A 3PO4A 3VQAA 2EHGA 4FK2A 3NAEA 2YKNA 1QHTA 4CIGA 3ZSVA 2OA8A 1S1UA 3KIOA 4O0JA 4ZTJA 2GBZA 2IAJA 5KI6A 1WNSA 4E0DA 2HNYA 3V1QA 5KGXA 3KD1E 4KFBA 4I9LA 1VSMA 4RG8A 4E1NA 4FLWA 1X9MA 3CG7A 4CIFA 3QIOA 3QINA 1JLEA 5CZ1A 4O55A 1FKOA 4CJKA 3KK2A 4CJPA 4KKOA 2I5JA 3LPTA 4CK3A 2D0AA 4FZZA 4KV8A 2KW4A 4B08A 3LAMA 1RDAA 3OYMA 3TAPA 3UIQA 4OPJA 1FKPA 4CHPA 4HCCA 3K5MA 4F3TA 1LV5A 4CFCA 3SQ4A 3HT3A 1HNIA 4JS5A 1C1AA 3VQ5A 1S1WA 1Q8IA 2GUIA 4CK2A 3T1AA 3QETA 1BCMA 3OS0A 1KVAA 1RT2A 3OYAA 3QEWA 4IG3A 1RCHA 1NJXA 3P83D 3OJSA 1KFDA 3CM5A 1HRHA 3AVGA 4Q5VA 3DRSA 2HVIA 3ITHA 4Z4CA 3SNNA 1U47A 4BDYA 3SUPA 1KLNA 3S9HA 4DSFA 4JS4A 4OKEA 2RPIA 4OJRA 3EZ5A 1S9EA 4KPYA 5C25A 2QK9A 1IKXA 5T7BA 3OYHA 2HHXA 2GV9A 1QE1A 2WOMA 1XHXA 3V1RA 3ASMA 3VQ9A 1SL1A 3AVMA 1L3TA 3LP1A 1CZ9A 4CJUA 3C95A 3DLHA 1L3SA 1YVUA 4Z0UA 1NKCA 4W5RA 4PWDA 1U48A 3SUOA 3QEPA 4OVLA 1EETA 4PY5A 4KHYA 5JS1A 5FROA 3OJUA 1D8YA 1S5JA 2HHUA 1RILA 3NH0A 4DTNA 4B9VA 4J2BA 4J2DA 3D0PA 3NF9A 4UQGA 3HXMA 1BQMA 4MQ3A 1VSHA 4KTZA 2G8WA 2PY5A 1BI4A 1B9FA 1RNHA 3OYKA 3FFIA 4FLTA 4KI6A 1RT4A 5HRPA 3HP6A 4FZYA 3ZT3A 3HO1A 3DI6A 4KHNA 4AHSA 1LWEA 3WNGA 3RMBA 1QQCA 3QEVA 4DTMA 5J2NA 4E7IA 1HQUA 4CGJA 1JL2A 3K5LA 3V1OA 3CQ8A 1WSFA 4FZXC 4FJJA 1SV5A 1Z26A 3DRRA 4CJQA 3VQPA 3TAQA 4Z4EA 1BGXT 3ULDA 3HPHA 4CEFA 4BE0A 2VG6A 5CY4A 4OLBA 4CGDA 3DLGA 1VSJA 1C0MA 4EZ9A 4DTPA 4B9LA 2LSNA 3RWUA 1N6QA 3RR7A 1KSPA 4RW8A 3M8SA 4CHYA 3NGZA 3SZ2A 3CYMA 1BCOA 1CXQA 4DU1A 1NJWA 2F8TA 4IDKA 4FLVA 3AVHA 3BDPA 1B92A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P51A 3AVFA 4BRHA 4DUYK 3SUQA 2QKKA 3O3FA 4CECA 3HVRA 3PX6A 4O0IA 5AQNA 4BDZA 4W5QA 3A5MC 3A5LC 4CBUA 4BRNA 4FWLA 3L0QA 1RBUA 1IH7A 2B4JA 4DMNA 4BG8A 1NGEA 4QS9A 2P9KA 1S6QA 3QNNA 1HYZA 5TKYA 1UAXA 4UY8O 2G8HA 4BC5A 1TAUA 4KHWA 5HBMA 1XC9A 3LL3A 1NJIO 4U67L 1RTIA 3OBYA 1LW0A 4OPKA 4IJAA 1RT5A 4KTQA 3LM2A 1RBVA 5CYQA 3AARA 4QCLA 3MEDA 3CJCA 3CJAA 3ZEUA 1Z25A 2YNHA 1VSIA 3AA4A 5LY3A 4WQ4C 5CR4A 1C0GA 2P9LA 4PKIA 1M90O 1VSEA 1ZBLA 2VYPA 4M45A 5E26A 4OX9K 4DKWA 1FK9A 1GLBG 2YJFA 2KTQA 4EIAA 3CPWM 2GTDA 4CBXA 1TKDA 3KD5E 2F8SA 4H8KA 5FPEA 2HW3A 3G71N 1GOBA 2ITMA 2CGKA 1VSLA 1QHAA 2QWOA 1NWKA 1VHXA 4RTFD 4CFBA 1NKBA 3C6HA 3AY9A 3HPOA 3FE1A 3U6FA 1NMDA 2E88A 2UXBK 4FM1A 4FVMA 4O8UA 3HM8A 2XY7A 2F96A 3THYA 4H5VA 2FBXA 2ETJA 2QXLA 3T1YK 3AA2A 4M3WA 1SL0A 4BGAA 3CCJN 2P5OA 4MFBA 4FLZA 1VSKA 3BP8A 4N76A 4FLXA 3MEEA 3KKRA 3S41A 1JCGA 1S1VA 2HF4A 4DSEA 3DLRA 3K57A 5JLHA 1NGJA 1V4SA 4EAHD 3CFPA 4CBWA 3WQUA 1Q18A 5SZTA 3ALYA 1T05A 1BA0A 1S9GA 1I3AA 3O9SA 4DTSA 3AVJA 1LWCA 4E1JA 3OVNA 2E2NA 5A2QO 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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