5HRRA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124n + t125s mutations complexed with gsk0002
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
154
structure length
140
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSNSVKAACWWAGIKQEGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 140
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrrA00
2HNYA 3OS2A 4FK2A 3DLGA 4E3SA 3KJVA 4FM1A 1SL0A 4DFPA 5CYMA 4HCCA 3VQAA 4ZTFA 4AHUA 3QETA 4FLVA 1C1BA 1TL1A 3AO1A 4Q5VA 3NBPA 1WSEA 3AO2A 1X9SA 5J2QA 1BIZA 3ZCMA 3ZT0A 3M8PA 3ZSRA 1N5YA 2LSNA 1NK4A 3AA4A 3HYFA 4FLUA 3IRXA 3LWMA 3NGIA 3CQ8A 4KTZA 4M3WA 3CFRA 1UA0A 4TSXA 4LSNA 4RG8A 1HRHA 1K6YA 4RW7A 1TVRA 5E41A 3P83D 1RBRA 1VSIA 4LH4A 4CGIA 1D5AA 3OYEA 3HPOA 4MFBA 3V9XA 1U4BA 4BACA 3HPHA 2F96A 3HPGA 2X6NA 1S1WA 2RN2A 4FJJA 3AO4A 2Z1HA 3L2WA 1UWBA 1KTQA 3G10A 4IBNA 4OJRA 5K14A 4AHVA 4CEBA 2DFEA 4FLTA 2PY5A 1NJXA 3IAYA 2JGUA 3HP6A 4CF9A 4M3RA 3O3GA 1WAFA 3VQEA 4FJLA 1WNSA 4C8LA 1LAVA 4PA1A 3TAFA 4I9QA 4CJVA 3KTQA 2HHVA 3NH2A 2RKIA 1KFSA 3ZT1A 2GV9A 3ZT4A 3AA5X 2IC3A 1BCOA 2E6LA 1BIUA 4DFKA 4CJUA 5C24A 3NF8A 3V9ZA 1WSFA 4W5RA 4E7IA 4KPYA 4FJKA 1ZBLA 3NGYA 1GOAA 3LWLA 3CM6A 1S9EA 2OPSA 5HRPA 3ZSVA 2D0AA 4EP5A 4I2PA 4KV8A 2G8UA 1JLAA 4KRFA 3ASMA 3OYNA 3K5NA 3IG1A 3OYKA 4CFBA 3VQQA 3LALA 4CHZA 1KSPA 3DLBA 4K8ZA 4E89A 2HHTA 2XY7A 2IS3A 3G0ZA 4OKEA 4KAZA 1LW2A 2AJQA 3MXJA 2XHBA 4B9SA 3F9KA 1UOCA 3RRHA 4CJFA 1LWFA 1Q9XA 4NYFA 2IOCA 3V1QA 1TK5A 3U3YA 4Q0BA 3NF9A 1VSKA 4HUGA 1NJZA 4M45A 3SNNA 2B4JA 3DM2A 1ZBIA 3CFOA 2OPRA 2B5JA 4FVMA 4DQQA 4DU1A 4PY5A 1XI1A 2ZE2A 1JLEA 3K2PA 4K8XA 4N76A 4KHNA 4FXDA 3L3VA 4BDYA 1RBVA 4PUOA 3U6FA 4CGGA 1DTQA 4Z4CA 3QEXA 1WN7A 4FCYA 4FW1A 3K59A 3SUOA 3NFAA 3DOKA 3WNFA 4G1QA 4E1MA 3BDPA 3C6UA 4CGDA 1C0MA 1QS4A 3B6OA 3FFIA 1BGXT 5J1EA 3KLHA 4KKOA 1SL2A 4FLWA 3OYCA 2P5OA 1S1VA 4KTWA 3DLEA 3SV3A 2FBYA 4ELVA 5FROA 1TKZA 4E1NA 2PYLA 4N41A 3OYJA 4DF4A 4ELUA 1FK9A 4KHSA 1WAJA 3QLHA 4B9VA 1HYVA 4DSEA 3QIPA 2G8HA 4CJ3A 5C25A 3DLRA 4M3XA 4EP4A 3JSMA 4FJIA 3NHGA 3DRSA 4M41A 2HHSA 5HLFA 4F4KA 2BGGA 4R5PA 3QO9A 5CZ2A 3QESA 4CECA 2W42A 3SQ2A 4IFYA 3MEGA 4NCBA 2OYQA 4CF8A 3LDSA 2P51A 4H8KA 4CERA 4CHQA 3CFPA 4C8OA 1Q8IA 1RBUA 5FDLA 1WLJA 1L3TA 5I3UA 3VQCA 1S9GA 4DWIA 3AVCA 4DTSA 1EX4A 3SJJA 1HYZA 3HVTA 3MEEA 3TABA 4F2SA 3RMDA 3SI6A 3C94A 2FC0A 3O4QA 4GVMA 3SPYA 3AVNA 4KHUA 4Z4IA 3QINA 5J2NA 5HRSA 2HNZA 3WNEA 1ZBFA 1D9DA 3NF6A 4DQPA 1BHLA 3RR8A 4B3OA 3EY1A 3T3FA 1YTAA 4IDKA 5HROA 3NE6A 3HVRA 4O5BA 1DTTA 2ZD1A 1KFDA 3MXMA 3QIOA 4HUEA 1TL3A 4CJPA 4DU4A 1LV5A 1A5WA 1BQMA 3VQ8A 3IS9A 3ZSYA 2VG6A 1TK0A 3M8RA 3ITHA 1ASVA 5KGWA 1QQCA 4LH5A 2HVIA 4W5QA 4ZHRA 3LPUA 4DG1A 2KZZA 2FBXA 4RW9A 1RTJA 4CEQA 3V81A 4CJSA 4CF2A 1O1WA 3LP3A 5J2PA 4CJTA 3AVAA 1RDAA 3PO5A 3A2FA 4B8CA 1EKEA 4DMNA 3O3FA 1L5UA 4BDPA 3S3NA 2OPPA 4I7FA 4FJNA 2F8TA 2HHUA 4FK4A 1ZBUA 4OVLA 5KRTA 1JL2A 5SZTA 4OPKA 4IG3A 2HHWA 3AV9A 1JLFA 3K5MA 2GBZA 2YHAA 1T03A 1BI4B 1VSMA 2G8VA 4F8RA 2KQ2A 1HNVA 4DSJA 1RTDA 2IDOA 3ZSXA 4Z4EA 3JYTA 3PX6A 1QSLA 3VA0A 4DTOA 5HBMA 3WNHA 1W9HA 4JRPA 3LAMA 4CJKA 4KI6A 3TR8A 4C8KA 1C0UA 1RTIA 2B6AA 1ASWA 3D0PA 2R7YA 5KI6A 1UA1A 1VSDA 3K58A 1QTMA 2BE2A 3V9UA 4E0DA 4CF0A 2Z1GA 3HT3A 2I5JA 5FRNA 3OYHA 2XO7A 1BI4A 5KRSA 4CJLA 1XHZA 1QSSA 1RT7A 2BDPA 1GOCA 4C8NA 4O0IA 4CCHA 3UIQA 4DS4A 4CGFA 4KB0A 3EZ5A 4L8RB 4AH9A 1CXQA 3L2VA 4B9UA 2F8SA 2G8KA 4FJ9A 2HMIA 2JLEA 2YNFA 3KIOA 3PUFA 5DMRA 3L2UA 3VQPA 3NH1A 4CJQA 3MAQA 1XC9A 4FLXA 4DQRA 4GW6A 5DK5A 4FJ7A 2QKKA 3QNNA 4UQGA 3HO1A 1BISA 4FLZA 3NGZA 4CGJA 1XWLA 2ATQA 3HJFA 1CLQA 3L3UA 3AA2A 3C6TA 3CM5A 1KVAA 2Y1JA 1WSHA 1NKCA 1RDCA 4CHNA 3AO5A 3O4NA 3OYLA 5KGXA 2YNGA 4BWJA 4ID5A 3B6PA 4JS5A 3LZIA 1YTUA 1SKWA 4DQIA 2KZMA 4CE9A 4NCAA 1TK8A 1VSEA 1F21A 2VG7A 2NUBA 3HL8A 3TAGA 4KHQA 1RT2A 3AVJA 4KO0A 4O4GA 4DSFA 1VRTA 3SZ2A 4W5OA 5FRMA 5KTQA 2XY5A 3OY9A 3NCIA 3BGRA 3ZSQA 1RBSA 1RT3A 1FXXA 2ZQBA 4NCGA 1X1PA 4ICLA 3RTVA 5SWMA 4DSIA 3TAPA 2RPIA 3V6DA 3S3MA 3DOLA 4FM0A 2GUIA 3QERA 1NKEA 1C1AA 1HMVA 1KRPA 4FZZA 4PWDA 1KLNA 4OPJA 1X9MA 2OZMA 2OPQA 5D3GA 1RDDA 3LP2A 4LD0A 3OYBA 4E19A 2DFHA 3RMBA 1JLGA 4C8MA 1I39A 4E7HA 4XIUA 1MU2A 3TWHA 4DTRA 3SYZA 2VG5A 3WNGA 1WSJA 4FLYA 1RBTA 4CIFA 4J2BA 1TAUA 3AVKA 1EETA 2D5RA 1NK9A 1REVA 1RT6A 3OYAA 4CK2A 4FJGA 4F2RA 1L3VA 4CJ5A 4B9LA 4E7JA 2E4LA 1JLCA 4H4MA 3VQ9A 2FBVA 4BDZA 2EX3A 4CJ4A 3LP1A 1S1UA 4H4OA 3OYGA 4AHTA 3OJSA 4DLEA 1VSFA 2XRIA 4N5SA 4JS4A 4MQ3A 3LPTA 3DYAA 1HJRA 3VA3A 3KLEA 3AVFA 4JRQA 1BCMA 1VRUA 3OS1A 4OLBA 1NKBA 3LZJA 1RT4A 1QHTA 3TI0A 1NK0A 4N56A 1KVCA 1B9DA 2XY6A 1NJYA 4O44A 4QAGA 4I2QA 4B8AB 4RW8A 1L3SA 3KD1E 4IKFA 4KI4A 1IKXA 1Q9YA 4J2DA 5HRRA 3NDKA 2IAJA 4AHRA 3V9WA 2X78A 4Z0UA 4DTNA 4OGEA 4OGCA 1J9AA 3H08A 1RNHA 2KTQA 4KREA 1RILA 1BQNA 1EXQA 1S6QA 1WSIA 3VQBA 3KK3A 4EZ9A 1SV5A 3S9HA 1SKSA 4M3ZA 1VSJA 1SUQA 4B9TA 2VWKA 3TARA 3SCXA 1JLQA 4CHYA 3T19A 1A5XA 1WSGA 2ETJA 1C6VA 2YNIA 1YT3A 2Q3SA 2Z1IA 3AVLA 4KTQA 4J2AA 2HHQA 1JKHA 3RMCA 4N47A 1ITGA 5CZ1A 4CEOA 3MXIA 3D45A 4FK0A 3OYMA 2YNHA 2Z1JA 4CJEA 1T8EA 1VSHA 1CZBA 1SL1A 4CEFA 1U48A 1T05A 3ALYA 4Z4FA 3SUPA 4CIEA 3ZT3A 1TV6A 4HVJA 4DLGA 4GMJB 4CEDA 1RT5A 3AVHA 4NYNA 4W5TA 3SUQA 3QEIA 2IGIA 2BANA 3HSTB 3U3GA 4HHTA 1I3AA 1U49A 4CJWA 1KVBA 1UAXA 2FBTA 4DSLA 3OYDA 4M3UA 1TKDA 4B9MA 2A1SA 3L2QA 4Y1DA 5I42A 1Z26A 1B9FA 3LAKA 3ULDA 1IO2A 2KFZA 1NK7A 4Z4HA 1S1TA 3DLKA 4HUFA 3C95A 5HP1A 2KW4A 5EU7A 2WOMA 4WE1A 4CEEA 3HXMA 3PV8A 3KLFA 2QXFA 1CZ9A 1JLBA 4IFVA 3TAMA 3F73A 1JXEA 4CFAA 4EZ6A 3SUNA 1GOBA 3S3OA 4CK3A 3I0SA 1NOZA 4Z4GA 2EHGA 1TAQA 3L8BA 3I0RA 4AILC 4RW4A 1RTHA 3SV4A 4BE0A 1J5OA 4O0JA 2HW3A 3AVGA 4OKJA 4DU3A 1LW0A 1C1CA 2Y1IA 3RMAA 1L3UA 4CEAA 3AVBA 2YKNA 4M42A 4QOZB 3VQ4A 3KK1A 3DLHA 3VQ7A 1YVUA 3KLIA 5T7BA 2YHBA 3DRPA 1QE1A 1Z25A 3CYMA 3AA3A 1U04A 3M8QA 4DS5A 2OA8A 4DTPA 2XY8A 4E7KA 3TAEA 1NK6A 4BE1A 2A1RA 1HNIA 1HPZA 4KHWA 4JLHA 2D0BA 4LY7A 4B08A 3K5LA 1X9WA 1N6QA 3ZT2A 5C42A 1HQEA 1J54A 1RCHA 4DFJA 1XHXA 4ID1A 1CXUA 1IKWA 3K57A 1S5JA 1ZYQA 2HNDA 4FZYA 4E7LA 4FYDA 1FKPA 4OLAA 2PZSA 1RDBA 2HB5A 4YFUA 3V1OA 3OYIA 3PX4A 4M3YA 4DTJA 3AO3A 3ZSZA 1VK0A 1A5VA 3KKSA 1D9FA 5JS1A 3QNOA 2PYJA 2WONA 4FM2A 4CHOA 4KB1A 4CEZA 4FJ5A 2YKMA 1BL3A 3VN5A 3OYFA 3HP9A 4CHPA 2P5GA 3OJUA 3OVNA 3RWUA 4W5NA 4CF1A 3PY8A 3KD5E 3P5JA 5J2MA 1IKYA 3V1RA 4DTUA 4Y1CA 1KCFA 3TAQA 2QK9A 3VQ6A 3SQ1A 3SPZA 3EYZA 4HCBA 4F3TA 4FJ8A 1G15A 1D8YA 1HYSA 1LAWA 1SKRA 4FJMA 3DI6A 2DTUA 2G8IA 4LSLA 2O4IA 3SQ0A 3QEWA 2HVHA 4I9LA 2E6MA 4CFCA 3DMJA 3VQ5A 3OS0A 3M8SA 3QEVA 4BWMA 4M3TA 4PQUA 1TKXA 3NAEA 1J53A 3THVA 2P1JA 4CJRA 3RR7A 3LANA 1RT1A 1ASUA 4CFDA 2X74A 4AHCA 1QSYA 4J2EA 4DTMA 3T1AA 2D0CA 2DFFA 3E01A 5CYQA 3KK2A 2VWJA 1C0TA 1EP4A 2G8FA 2DY4A 1IH7A 4AHSA 2YV0X 3KLGA 2ITGA 3VQDA 1LWCA 1S1XA 3KKRA 4CGHA 1T7PA 3V9SA 3AVMA 3PO4A 4DF8A 1NK5A 4QCLA 4BE2A 1R0AA 4RW6A 4F3OA 1TGOA 3HM9A 4FZXC 2QKBA 3MECA 5CY4A 4DFMA 3I8DA 4FJHA 3K5OA 1JL1A 1S6PA 1B92A 4HTUA 3ISNC 4ELTA 1KLMA 1IG9A 4OKKA 3QEPA 2OZSA 3PX0A 1NK8A 1NJWA 4FJXA 1HQUA 2KFNA 3O3HA 3L2RA 4CK1A 5JS2A 5HRNA 1U45A 4YNQA 3RRGA 4ZTJA 1JXBA 1IKVA 3ZSOA 3CG7A 4KFBA 4CIGA 1LWEA 3LP0A 2HHXA 4KHYA 1FKOA 3TANA 2RF2A 3P1GA 3MEDA 3ZSWA 4DQSA 3V4IA 1VSLA 3SQ4A 4DSKA 4O55A 1DLOA 4B9NA 2G8WA 1ZBHA 1TKTA 3AVIA 2X6SA 1NOYA 4CESA 3HK2A 3DRRA 4FW2A 1W0HA 4IG0A 4DTXA 1U47A 3NH0A 1Y97A 3NF7A 2O4GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FK2A 3MWTA 3DLGA 3KJVA 3HSCA 4LF8K 4DFPA 1HLUA 1BUPA 3VQAA 4BC5A 3QETA 3CPWM 3AO1A 2HBMA 3TTCA 3ZCMA 3ZT0A 1YJWN 2LSNA 3IKMA 1NK4A 4FLUA 2JWLA 3DXMA 2O8BB 4M3WA 1GLCG 4TSXA 1YI2N 1HRHA 2A6AA 5E41A 3ZETA 1RBRA 1D5AA 1U4BA 2F96A 1S1WA 1UWBA 3O9QA 4BRLA 3HP6A 3KZBA 4M3RA 2HF3A 3F5TA 3HTVA 3VQEA 3CC4N 3TAFA 2RKIA 1KFSA 3ZT1A 1VHXA 3AA5X 3RSEB 5GAGP 3NF8A 3V9ZA 5BR8K 4KPYA 4H5WA 3CM6A 5HRPA 4KRFA 3ASMA 3OYNA 3DLBA 2Q31A 2IS3A 3G0ZA 1BU6O 1GLBG 2AJQA 4B9SA 1I94K 3RRHA 1NGFA 4CJFA 4B1WB 3CCUN 3G6EN 4Q0BA 3VPZA 1K73O 3GOIA 3SNNA 2B4JA 1ZBIA 3T69A 4DV6K 4WCEL 4PY5A 2ZE2A 3DJCA 4BY9C 4BDYA 1RBVA 4ILJA 3QEXA 3THXB 4WFBL 2E2PA 2DPNA 4E1MA 1HX1A 3BDPA 4CGDA 1BGXT 1KAYA 4KKOA 2QXLA 4N41A 4ELUA 1FK9A 2P9KA 2IVOA 4KHSA 3SAFA 1Y64A 4CJ3A 5B8HA 4FJIA 4YORA 3O9RA 2HHSA 4R5PA 3QO9A 3QESA 3CCRN 4IFYA 3W3DA 3MEGA 2OYQA 4OPHA 4CERA 4CHQA 4H0TB 2P9IA 1WLJA 4ILGB 2V7ZA 3MN6A 1HYZA 2O8CA 3ENHA 3QINA 3NVKA 1D9DA 1EWQA 5C2FA 3RR8A 1HPMA 2P9NB 4IOAL 4B3OA 3EY1A 2NRVA 1YTAA 3T3FA 4BRDA 3HVRA 4DR2K 3DXKA 1KFDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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