5HRRA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124n + t125s mutations complexed with gsk0002
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
154
structure length
140
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSNSVKAACWWAGIKQEGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 140
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrrA00
3NDKA 4B9UA 2XY6A 4EZ9A 2HHWA 1RT2A 4CK2A 1RTHA 1BCOA 2FC0A 4CEBA 3VA0A 4PA1A 4O5BA 3VQBA 4C8NA 3VN5A 3KLEA 1RDBA 4DTMA 3ZSZA 3V9UA 1HMVA 2BANA 2P51A 1C0UA 1F21A 3VQQA 4CEEA 3TARA 1TKTA 3TAMA 3O3FA 4FZZA 4Z4GA 4KB1A 4KHNA 3HT3A 1ASVA 2G8UA 3VQ6A 2QKBA 3QIPA 3G0ZA 3IG1A 5HBMA 1WAJA 1LWEA 4W5OA 2QKKA 3LPTA 4ZHRA 2W42A 1NJZA 4M42A 1Y97A 3HPOA 4AILC 3HP6A 5I3UA 5J2NA 1BIUA 1UAXA 3KKSA 3U3YA 2PZSA 2F8TA 2HHUA 3AA2A 3T3FA 3DLKA 4CHPA 3NGYA 4BE1A 2OZMA 4KREA 2IC3A 3TABA 4N56A 4DU1A 3SUPA 4DQPA 3O4NA 3HYFA 4CFCA 3B6OA 4CJ3A 3HM9A 1NK9A 1YVUA 1NKBA 4CERA 2IDOA 1J54A 2YKMA 3MEEA 4DFPA 1C0TA 3VQAA 2XRIA 4OPJA 3MECA 1IKVA 1C0MA 3WNGA 1MU2A 4CJVA 4FM2A 1QSYA 2GBZA 4B9LA 2Y1IA 1RTDA 1S1UA 1GOAA 4K8XA 4OLAA 1FKPA 1LW2A 2F8SA 4OVLA 1WSGA 3IS9A 4W5QA 2IAJA 3AO2A 4FJ8A 3ASMA 1LAVA 4OJRA 4F3OA 2B4JA 4KV8A 4KTWA 3VQ5A 4CGHA 4KO0A 3AO1A 1FK9A 1RNHA 3NGZA 3QERA 1NOZA 2OPPA 3CYMA 1BI4A 4CF9A 3AA3A 4ELUA 4FJLA 1XHZA 1JLFA 1EX4A 2YNFA 2YNHA 4N47A 4ZTFA 3AVBA 1B9FA 4DU3A 1HYVA 4CECA 2A1RA 4CJWA 1QE1A 4RW9A 3OYMA 3L2RA 2DFHA 2WOMA 3K2PA 3L3UA 2DTUA 4DTUA 4M41A 4H8KA 1KVCA 3KIOA 4FLTA 3K5NA 3SI6A 1WAFA 1EETA 2PY5A 4BDPA 1JXEA 4AHTA 4HUGA 2D0CA 4M3XA 1QSSA 4CJFA 5K14A 1RT7A 4B9NA 3DOKA 1J53A 3KJVA 4E7KA 1U49A 4E7JA 4ID1A 2HNDA 1LV5A 3O4QA 1WSEA 1ZBHA 3V9XA 1ZYQA 2HHTA 3KLGA 1JKHA 3V9ZA 4C8KA 2FBTA 3ZT3A 2ZQBA 3DLGA 4CJSA 3M8RA 1CLQA 1RTJA 3PUFA 3C95A 3I0SA 3RWUA 1JLCA 4FJ9A 3TAFA 3ULDA 2KZMA 1VSKA 3AO4A 4KHQA 1SKSA 4DSIA 1T7PA 3BGRA 1KCFA 5JS2A 1HPZA 1CZBA 1EKEA 4DWIA 2DY4A 4OGEA 2LSNA 3LZJA 4CHZA 2BE2A 3CFOA 1WSJA 2XO7A 1U47A 2QK9A 2FBVA 3P83D 2HB5A 3U6FA 1XI1A 3OYDA 1RDCA 4B9MA 2HNYA 3DI6A 3AVMA 1CXUA 4OKKA 3WNHA 3HPHA 4NCAA 3OS2A 4B9SA 1WSHA 5KGWA 4E7IA 5CZ1A 4CGDA 4DSJA 4O55A 1NJYA 3ZT1A 4DSEA 4W5TA 4JS5A 4GVMA 1Z26A 4DQQA 4FJIA 1JLQA 4CF2A 5KRSA 3RTVA 2RF2A 2NUBA 4W5RA 4FLXA 4PY5A 3PX6A 4CJTA 2YV0X 4O0IA 1JXBA 4HTUA 4DS4A 4ZTJA 4W5NA 3ZSWA 3DRPA 4DFMA 1O1WA 1L3UA 4KHSA 4KI4A 1WSIA 3A2FA 1GOCA 4KFBA 2FBYA 5HP1A 3L8BA 4OLBA 3QEPA 1KVAA 4CE9A 4Q5VA 4Q0BA 4FLVA 1JLEA 1UWBA 3NE6A 4LY7A 1S1WA 4DF8A 1L3SA 3QETA 1KFSA 2B5JA 4EP5A 1A5WA 3VQEA 3F73A 1BQMA 1KRPA 2HVIA 4C8OA 4IG3A 1C1BA 4C8MA 1ZBUA 1IKXA 1LW0A 3LP3A 2IOCA 4JRQA 1A5XA 4RW4A 3HXMA 4CHYA 1LAWA 3CG7A 3L2WA 1DLOA 1S6PA 4LSLA 4JS4A 4FW2A 1HRHA 4CF0A 5HRPA 3QINA 2OPSA 4CFBA 1ITGA 1JL1A 4TSXA 3MEGA 3QO9A 3QEVA 3L2QA 3DLHA 3VQ7A 1Q9YA 1S9EA 4M3YA 3O3HA 3G10A 1S5JA 5D3GA 3ZT4A 4BE0A 4MQ3A 2YHAA 3NH1A 2KQ2A 4BDYA 2G8HA 4DTNA 2P5OA 5EU7A 2I5JA 1TKZA 1WLJA 3TR8A 4YFUA 1UOCA 3SPZA 2X6SA 4YNQA 1TKDA 2G8FA 3RMCA 2Z1IA 1ASWA 2JGUA 3AVIA 3SQ1A 1RT1A 2DFEA 1QSLA 4L8RB 2VG7A 2HW3A 4IG0A 3AVHA 3KLIA 3K5OA 3OYLA 3EZ5A 4DSKA 3RR7A 4KHUA 2IS3A 3C6TA 4FCYA 1SL0A 2KFZA 3SPYA 4CESA 4E1MA 5DMRA 3L2VA 5SWMA 3HK2A 4J2AA 4QOZB 4DFJA 5SZTA 4BACA 4F2RA 4FXDA 1TKXA 4DTJA 2E6MA 2Z1GA 5CZ2A 3SNNA 4RW6A 3EYZA 5HRNA 4Y1CA 1YTUA 3NHGA 4LSNA 1VSJA 1QQCA 4CJPA 3S9HA 1T03A 3LZIA 4E19A 4AHUA 4AHVA 2XHBA 4FJGA 3AVLA 2GV9A 3LP0A 1KFDA 3OS1A 1I39A 1NK6A 3ZSVA 1VK0A 2D5RA 3CFPA 2D0BA 3NH0A 3OYIA 3SV3A 1YT3A 1L5UA 1RBRA 3S3NA 3D45A 3OY9A 4UQGA 4KTZA 4I7FA 3OYBA 3QESA 3VA3A 3V1RA 1KLMA 1VSIA 1VSFA 3SUNA 4DTXA 3LP1A 3KK3A 2WONA 1X9WA 1VSEA 3OYFA 1IG9A 3C6UA 3AA4A 1XWLA 2JLEA 3MEDA 1VSLA 1VSMA 4IDKA 3ZSXA 2Y1JA 1RBUA 3AV9A 3D0PA 4R5PA 3T19A 3QNNA 3PX4A 1RDDA 1X1PA 3V1OA 1IH7A 4E3SA 3AVGA 3KLHA 3KLFA 3WNEA 4CFDA 3TAEA 4M3TA 3AVFA 4CHQA 4DLEA 2F96A 4AH9A 3DLBA 3HVRA 4CFAA 3CM6A 4FK0A 1L3TA 2YHBA 5KGXA 1HQEA 1G15A 1XHXA 4KKOA 1JLBA 5CYQA 3SYZA 2G8KA 2KW4A 4HUEA 3S3OA 1WSFA 2RKIA 5J2PA 3OYHA 3OJSA 1RBVA 1HNIA 4IFVA 4OKJA 1S1XA 2HHSA 3L2UA 4LD0A 3LDSA 3HPGA 2KTQA 4DTOA 1C1CA 4H4OA 1T05A 4DQSA 3AVAA 3RMBA 1TL1A 1SV5A 3QEXA 4CJQA 4FVMA 3CFRA 3PY8A 4M3WA 4FLWA 2RPIA 4GMJB 4CIGA 3NFAA 3TAPA 2YNIA 4CJ5A 1J5OA 3PO5A 4HCBA 4BE2A 4B8CA 5C42A 1BGXT 3HVTA 3MXJA 4CK1A 5FDLA 4DF4A 3SQ2A 3OYCA 4HHTA 4Z4CA 4DQRA 4Y1DA 3SUOA 3RRHA 4BDZA 4E7LA 2XY5A 2RN2A 4KI6A 1TAQA 2D0AA 4DSLA 3VQ8A 4E7HA 3KK1A 4KHYA 3ITHA 3NH2A 4DS5A 3OYEA 2EX3A 1DTQA 3VQ9A 4CEZA 5FROA 4ELTA 3QEIA 4FLYA 1YTAA 3F9KA 2X6NA 4CF1A 3AA5X 4FJMA 2KFNA 4IKFA 1RT6A 3HJFA 3CQ8A 3LWMA 2KZZA 1NJWA 1NK7A 1NOYA 4FM1A 1NK8A 2GUIA 1Z25A 4ICLA 3AVNA 1NKCA 3KKRA 2PYJA 3KTQA 1CXQA 4CF8A 1VSDA 4CEFA 4M3ZA 2VWJA 3NBPA 3WNFA 1S1VA 1RILA 2IGIA 4J2DA 2Q3SA 4CEAA 1JL2A 3DMJA 5T7BA 3OS0A 1BISA 3I8DA 3LAMA 2OZSA 3V9WA 3NAEA 2A1SA 5KTQA 4DTRA 4F2SA 3THVA 4O4GA 4Z0UA 1RBTA 5KRTA 4EZ6A 4KPYA 1U45A 1TK0A 1NK0A 4C8LA 3IRXA 2ZD1A 5J2QA 1FXXA 2HMIA 4KB0A 2G8WA 4CHOA 1X9SA 1IO2A 3LPUA 3ZSYA 4NYNA 3ZT2A 3MAQA 4FJ7A 4B8AB 2X78A 4CJRA 3OYKA 4KRFA 3KD5E 1BIZA 1KSPA 4AHCA 1TK8A 3LALA 4DQIA 1HYSA 2ZE2A 1SL1A 4HVJA 1XC9A 4QAGA 4DG1A 4CJKA 4FYDA 3K59A 4NCBA 1S1TA 1K6YA 1B9DA 4FK4A 3QEWA 1BI4B 2AJQA 4I2PA 1IKWA 2HVHA 5CY4A 1RCHA 4BWMA 4CGJA 4CCHA 1BCMA 1DTTA 3BDPA 4LH4A 3EY1A 1UA0A 2VWKA 3K58A 1GOBA 3OYGA 3QLHA 4GW6A 3O3GA 3K57A 3MXMA 5JS1A 1JLGA 4ELVA 3RMAA 1FKOA 1VSHA 1S9GA 1NJXA 3RR8A 2ETJA 2OA8A 3AO5A 3K5LA 1WNSA 4M3UA 3ZSQA 4NYFA 3DLRA 3QIOA 3U3GA 3H08A 1CZ9A 3LAKA 4JLHA 1U04A 4F4KA 3VQPA 4EP4A 4DSFA 3B6PA 3E01A 3P1GA 4B08A 4CJEA 1R0AA 4CIFA 3P5JA 2P5GA 1ZBIA 3SQ0A 3SUQA 4M3RA 2P1JA 4CJUA 5HRSA 4FM0A 1ZBLA 4FK2A 5C24A 3IAYA 3NF6A 2G8IA 1ASUA 4E1NA 2B6AA 4OKEA 2BDPA 5HLFA 5CYMA 2O4GA 2X74A 2Z1HA 4OPKA 3C94A 3NF7A 3RMDA 4B9VA 3NGIA 4JRPA 2ITGA 3HP9A 1C1AA 1D9DA 2ATQA 4ID5A 4PUOA 3DYAA 4QCLA 3AVKA 3DRSA 4FLZA 1KTQA 1KVBA 2YKNA 1SUQA 3DLEA 4CEDA 2VG5A 3JYTA 4KTQA 4N41A 1SKRA 1W0HA 3SV4A 1TL3A 1VRUA 1QTMA 1IKYA 4N5SA 4J2BA 3LWLA 1JLAA 1NK4A 5J2MA 1NKEA 4CK3A 1Q9XA 2DFFA 4CJLA 4E89A 1EXQA 4CGFA 4PWDA 3NCIA 4RW8A 3NF9A 1D8YA 1HNVA 3V81A 1J9AA 2PYLA 1QHTA 4DLGA 4FJNA 3MXIA 3HL8A 1BHLA 1BQNA 3FFIA 4IFYA 4I9LA 3ZSOA 4CGGA 1X9MA 4E0DA 1W9HA 1RT3A 4MFBA 1EP4A 4FZYA 4FJKA 1TGOA 2E4LA 4OGCA 1SL2A 4K8ZA 5KI6A 4HUFA 4CJ4A 3K5MA 3ZCMA 3SJJA 1N6QA 3OVNA 4NCGA 3I0RA 3ZT0A 5HROA 1RT5A 4O0JA 4O44A 4AHSA 4BWJA 4J2EA 4RG8A 3RRGA 3UIQA 4Z4HA 2O4IA 1LWFA 5C25A 4PQUA 1L3VA 3V6DA 4FW1A 1UA1A 1BL3A 5J1EA 2OPRA 2R7YA 1NK5A 4DFKA 4KHWA 4I2QA 1RT4A 4DU4A 2OYQA 4CHNA 1ZBFA 2VG6A 3VQ4A 1KLNA 4M45A 2YNGA 3OYAA 4IBNA 5E41A 4AHRA 4FZXC 1D5AA 3TAQA 5HRRA 4DTPA 3KK2A 1WN7A 3LP2A 2HNZA 3TWHA 4RW7A 1RDAA 4CGIA 1N5YA 4F3TA 1I3AA 1RBSA 3PX0A 3VQDA 3ZSRA 1A5VA 1RTIA 1TV6A 3NF8A 5I42A 3DOLA 3M8SA 3V9SA 3TI0A 2G8VA 4I9QA 4B3OA 3L3VA 2HHVA 3TAGA 4FJHA 3SZ2A 2QXFA 2OPQA 3DRRA 3PO4A 5FRMA 1Q8IA 1T8EA 1LWCA 3QNOA 4Z4IA 2E6LA 3AVCA 4LH5A 4FJJA 3CM5A 3HSTB 3S3MA 4Z4FA 2BGGA 1C6VA 4CEQA 3OYJA 2XY7A 3VQCA 1S6QA 4G1QA 3TANA 1REVA 1U48A 5DK5A 3V1QA 3HO1A 4CEOA 3V4IA 4DMNA 3OJUA 4KAZA 1TAUA 1QS4A 4FJ5A 2EHGA 3SCXA 2HHXA 1HYZA 3AVJA 1B92A 3JSMA 4DTSA 4B9TA 4F8RA 5FRNA 1U4BA 1TK5A 1VRTA 4WE1A 1D9FA 2FBXA 3ISNC 4Z4EA 3M8QA 4FJXA 3AO3A 4N76A 1HJRA 2Z1JA 1SKWA 1TVRA 3SQ4A 2HHQA 4CIEA 3OYNA 4HCCA 1HQUA 3M8PA 3T1AA 3PV8A 3DM2A 3LANA 4XIUA 3ALYA 3KD1E 4FLUA 4H4MA 2XY8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F9TA 2HHWA 1RTHA 2FC0A 3VF4A 4PA1A 3VQBA 3WXMB 2BANA 2P51A 1F21A 3TARA 3O3FA 5E84A 1YJ9N 2WFBA 2E2NA 4W5OA 1GLFO 2QKKA 1NJZA 4M42A 1BIUA 3UB5A 3ZX3A 4MO4A 4N56A 3HYFA 4BY9C 3D2EB 1NKBA 4DV1K 2IDOA 2YKMA 1N8RO 4MLEA 3RSEA 4FM2A 1QSYA 4BVPA 4B9LA 3CCEN 4K8XA 3VEZA 1X9JA 2PBDA 3C0BA 3VEXA 4W5QA 4OJRA 4H5WA 1N34K 1JJ2M 4F3OA 3CCQN 5AQOA 3CYMA 3ZLJA 1EX4A 4N47A 3ZETB 1B9FA 1HYVA 3VTIA 4B1VA 4CJWA 3GL1A 4IZ9A 3N4PA 4FLTA 3KIOA 2PY5A 5I9EB 2UXDK 1JXEA 4HUGA 4IO9L 4M3XA 1QSSA 3TSPA 4IOXA 4E7KA 3KJVA 1LV5A 2HNDA 2HHTA 1JKHA 5M1FA 3DLGA 5F1XA 3I0SA 3MN9A 2KZMA 1SKSA 2J4RA 4DSIA 1XNQK 3BGRA 1KCFA 3N4QA 5AQKA 4CHZA 2BE2A 1U47A 4LC9B 2HB5A 3D2FA 1XI1A 3OYDA 1RDCA 2A3ZA 4BRGA 3DI6A 3AVMA 4OKKA 3WNHA 1HNWK 4B9SA 3NMUA 5KGWA 4DSJA 1EQYA 4DSEA 4W5TA 4JS5A 4YHHK 3BF3A 3P38A 3CQYA 3R1XA 2E5LK 4O0IA 3FGUA 3QICA 1WBDA 3SAFA 1KVAA 4CE9A 4Q5VA 4Q0BA 1JLEA 3T7ZA 2P9PB 4DF8A 5TKYA 3ZX2A 1BQMA 2YHXA 3T1YK 4ILHA 5FPMA 3EL2A 3LP3A 4JRQA 5ADXH 3HXMA 1DLOA 4LSLA 5HRPA 4WCEL 3SLCA 3UKUB 4BR9A 3ZYYX 1S9EA 4CI6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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