5HRSA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124n + t125a mutations complexed with gsk0002
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSNAVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrsA00
5FDLA 4KKOA 4JS5A 1QHTA 2FBYA 3ZT2A 3KK2A 1VSFA 2OZMA 4DSEA 4HTUA 1KVAA 1WN7A 4W5QA 3I0SA 3DLEA 4CIGA 1SKWA 4HCBA 3NGZA 3CFPA 3DRPA 2G8WA 3SQ0A 4ID5A 2VWKA 4AHUA 2HMIA 3DLBA 4MFBA 1TKTA 3OYMA 3TAPA 4F2SA 1JLEA 2YNIA 3OYLA 1KVCA 3CFRA 1DTTA 4RG8A 1KCFA 4E7LA 3ZT4A 1LV5A 4B9UA 5SWMA 1FKPA 3L2WA 3LAMA 5JS2A 3AA4A 1TK5A 4O5BA 1JXBA 3THVA 1BIUA 4OGEA 3NAEA 4O44A 3V6DA 4IFVA 1TK0A 3K5NA 3HP9A 3DLHA 2KFNA 3I8DA 4ZHRA 4B9MA 4O55A 3RTVA 4J2EA 2D0BA 5HRPA 4W5RA 4CK1A 4FW1A 5CZ1A 3SQ1A 4B9SA 5FROA 1C6VA 1C1CA 1FK9A 1S1UA 4CJWA 2W42A 4F8RA 1L3SA 4FM2A 1JLCA 1RT3A 2XY8A 3L3UA 4CECA 4E7KA 5J2MA 2BDPA 1TAUA 2Z1HA 4LH4A 4KRFA 1HJRA 4E1MA 5HRSA 1YT3A 3VQ9A 3SQ4A 3HM9A 1W9HA 3ZSWA 1RTDA 2P1JA 3P83D 4O0IA 3AVGA 4KB1A 1JLFA 1IH7A 4E0DA 4OLBA 1G15A 1KVBA 3OJUA 3LWLA 3HK2A 3AA3A 3MEDA 1KFSA 1SKSA 3KTQA 1RTHA 3VA0A 5FRMA 1UOCA 4C8MA 4CJTA 3PO5A 4F4KA 1EP4A 2D0CA 2X6SA 2YHBA 4FJHA 2RKIA 4KAZA 2GV9A 4LSNA 4FCYA 3PX4A 3DOKA 2ETJA 2HHSA 1RBUA 1VSIA 2G8UA 4FZZA 2FBXA 2E6MA 2B6AA 4I9LA 4IDKA 5CYQA 4HVJA 5C42A 2G8FA 4FVMA 1Q9XA 2NUBA 4FJKA 4DTJA 2O4IA 4EP4A 4TSXA 4BE0A 4CJLA 3SUNA 2VG6A 4C8LA 2DTUA 4ICLA 1NK7A 1JLQA 4KTQA 3DLGA 1LWFA 1NK0A 2QXFA 4FW2A 3HPOA 4Z4FA 2HHVA 1HNIA 4ELTA 1WNSA 3K5LA 2VG7A 4KHNA 3IAYA 4IFYA 3ZSOA 4N56A 3PO4A 1S9EA 3HJFA 4DG1A 3UIQA 4M41A 4CERA 1U49A 1CLQA 4PQUA 2HW3A 1KTQA 5CYMA 4CHNA 3VQBA 3O4NA 4E7HA 4H8KA 3RRGA 3T19A 3G0ZA 3V9WA 3RRHA 1B92A 2QK9A 1XHXA 4CEDA 3MECA 1XHZA 4J2AA 2IAJA 3KLHA 3KLFA 1SL2A 1HNVA 1S1XA 5KI6A 3ZT0A 1ZBIA 4DS5A 3ZSYA 3AVBA 1C0MA 4Y1DA 4OKEA 2ZE2A 1ZBHA 4CGFA 3KJVA 4I2QA 1BIZA 1LAVA 4O0JA 1X9MA 1XWLA 4FK0A 4DSKA 3QEXA 3SUPA 1NK6A 4F3TA 4HHTA 3MEEA 3VQQA 3ZSRA 3V9XA 2P51A 4DTOA 3HSTB 2ZQBA 3LWMA 3TABA 2WONA 1J5OA 3SUOA 4KB0A 3NF9A 1HQEA 4AHTA 4OGCA 3RMAA 3VQ5A 3VQEA 5J2QA 2PY5A 2ATQA 4FJ7A 3SQ2A 2OPRA 3QLHA 3NH1A 4FK2A 4CGJA 4BE1A 4FZYA 3L2RA 4BDPA 2RF2A 4CK2A 1C1BA 2BANA 3HVTA 4DTNA 2ZD1A 1WSFA 3CG7A 4CFDA 4XIUA 2HNDA 4CJVA 1ASVA 3O3FA 3NHGA 3SUQA 1SV5A 3VQ4A 2Z1GA 4CE9A 1Q8IA 4DFKA 3T1AA 4CIFA 1D5AA 1CZ9A 1VRTA 3LPTA 4ZTJA 3LP3A 3QO9A 3SNNA 1X1PA 4QAGA 4PWDA 3ISNC 4RW8A 1NK5A 5T7BA 3OYIA 3QERA 4CJ5A 1IG9A 4DWIA 4CHZA 2YKMA 4DSIA 2B5JA 3PV8A 1EX4A 4FLWA 3VQDA 4E7JA 1NK8A 1KRPA 1C0TA 1Q9YA 4FLYA 3U3YA 4CJEA 1TVRA 1R0AA 1JLBA 4B9TA 4H4OA 3MXJA 2Q3SA 2RN2A 3VQCA 4OKKA 3ZCMA 1VSEA 3LPUA 3ULDA 1NJYA 2OA8A 4LD0A 4NCAA 1RDCA 4BWMA 5JS1A 5HP1A 3SV4A 3KD5E 4CF1A 1TGOA 4DLGA 2WOMA 3RMCA 4E7IA 4B9VA 1LWCA 2X74A 2Z1IA 4GW6A 4YFUA 2KQ2A 3L3VA 4CHQA 4CJ4A 2OYQA 4KI6A 4KI4A 4Y1CA 3S9HA 1VSMA 3PY8A 2R7YA 1QSLA 3OYDA 2LSNA 4EZ6A 1RBTA 1RT1A 1IKYA 4DMNA 4DU1A 1UA1A 2G8KA 2HHTA 3VQPA 2HNYA 3OYJA 3RMBA 4CK3A 3CM5A 1I3AA 1RDAA 1SUQA 3ZSZA 3NGYA 4FYDA 1VSHA 1BCMA 3QIOA 3AVFA 1CZBA 4FLUA 2E4LA 4UQGA 2YNFA 1NJXA 4DTXA 4AHCA 4Z4IA 4EP5A 3CQ8A 1D8YA 4OLAA 1S1TA 3MXIA 3QEIA 1RT6A 4E3SA 3QEWA 3U6FA 4KO0A 2BGGA 3NCIA 2DY4A 1HYVA 3AVLA 2IDOA 4CEQA 3NF8A 3K5MA 1T7PA 5D3GA 4DTSA 1RTIA 1CXUA 4CGGA 1BL3A 3T3FA 3OYNA 1KSPA 2OZSA 1S6QA 5KGWA 4Z4GA 1ZYQA 3OVNA 4CIEA 4DQIA 3LAKA 2KTQA 3KLIA 4FJ9A 1S5JA 4OVLA 1HMVA 4FLVA 4LY7A 3K57A 3VQAA 2B4JA 4DSFA 3TAFA 1NJZA 2KZZA 4CHYA 4M3YA 3QIPA 3L2QA 4BE2A 3QEPA 4FJNA 4HUFA 1W0HA 2X78A 3QINA 3VQ7A 3VQ8A 4CF8A 4CJQA 4BACA 4DQSA 3SPZA 4NCBA 3OYFA 3SYZA 1EETA 4CJKA 4QCLA 4PA1A 1QTMA 3OYBA 1KLMA 3AO1A 1D9DA 2P5GA 3SCXA 3NF7A 5I42A 2YHAA 4FLZA 1JLGA 2OPSA 3AO2A 2IS3A 1C0UA 1LW0A 5FRNA 1J9AA 3LP1A 4B8AB 1A5XA 2DFHA 4I7FA 4IBNA 4K8XA 4O4GA 2F8TA 3V4IA 3U3GA 4N41A 3C6UA 4DQQA 5HRNA 4FJIA 4CGDA 4L8RB 3HYFA 3MXMA 4FM0A 4FJGA 3DM2A 3MEGA 3WNHA 2FBTA 2JGUA 3B6OA 4CEEA 4DTMA 4FM1A 4LSLA 1TV6A 1XI1A 1JLAA 1HYZA 1YTUA 4BWJA 3KKSA 1Y97A 3WNEA 4GVMA 5E41A 3K59A 1L3TA 3OYCA 1BHLA 4DLEA 4E89A 2HHUA 3K5OA 1YVUA 2AJQA 1HYSA 3OY9A 1VRUA 3RMDA 4DSLA 1S1VA 1NOYA 1A5VA 4FJ8A 3PUFA 4B8CA 4Z4HA 3C94A 1O1WA 3BGRA 4WE1A 3KK3A 1BI4B 4E1NA 4N47A 3TAMA 4IKFA 1B9DA 1RTJA 4C8NA 4JS4A 4DFJA 3RWUA 4KHWA 1T03A 3HT3A 1QSYA 3AVJA 1WSGA 1BCOA 3LZJA 4CGIA 2VG5A 3BDPA 3NDKA 3O3GA 1IKVA 4KREA 3D45A 4OJRA 1ITGA 3E01A 1L3UA 3L2UA 4HUGA 3HO1A 3KLGA 4RW9A 4DF8A 1TKXA 1U04A 1GOAA 4B08A 5C25A 2YNGA 2IC3A 4C8OA 3ITHA 3AVKA 2XO7A 3LP0A 1RT2A 3P5JA 4IG0A 4KTWA 4JRQA 4W5OA 4Z4EA 4CESA 4R5PA 2A1SA 3M8SA 3QNNA 1ZBFA 2HNZA 4IG3A 3OS2A 3QESA 1Z26A 4M42A 2KZMA 1LWEA 5K14A 3DRRA 4EZ9A 2IGIA 3KKRA 5KGXA 2JLEA 3DLKA 1U45A 3DLRA 4CF2A 4NYFA 4E19A 2FC0A 2YNHA 2BE2A 4ELVA 1S9GA 1HPZA 1T05A 1REVA 1WSHA 4ELUA 4M3WA 1BQMA 1MU2A 3IRXA 2HHWA 3OS0A 3AO4A 4CFAA 3AVAA 1EKEA 2EX3A 5J1EA 1IKWA 2PZSA 4B3OA 3LZIA 1VSDA 1VSKA 1RBRA 1IO2A 2D5RA 2GBZA 4CJUA 1ZBLA 3AO5A 1X9WA 1NK9A 4KHYA 3QETA 3HL8A 5KTQA 3SJJA 2Y1IA 1HRHA 4CCHA 1DLOA 4PY5A 2IOCA 3SZ2A 3AVNA 3DI6A 4AHVA 4AHSA 4KHQA 3AVMA 4M3TA 3V1QA 4CHPA 4YNQA 1U48A 4K8ZA 3TR8A 5HROA 3L2VA 4AILC 2Y1JA 1NOZA 3SI6A 5CY4A 1RILA 1WSJA 1WLJA 3RR7A 2P5OA 2HVHA 1WSIA 1J53A 1SL0A 4DTPA 3NFAA 2O4GA 3NBPA 4FLTA 3I0RA 3A2FA 1X9SA 1XC9A 1NKEA 1SKRA 1UWBA 1BQNA 2FBVA 5EU7A 3TI0A 3AVHA 1SL1A 4FJLA 1A5WA 4OPJA 4B9NA 4FJMA 1LW2A 3O4QA 3G10A 3M8QA 3KK1A 1RT4A 4CJFA 3AV9A 1NJWA 3F73A 4FK4A 4FLXA 4CFCA 4M3ZA 3EZ5A 1TAQA 2YV0X 3S3MA 3O3HA 2XY7A 4DTUA 4KHUA 3AVIA 3F9KA 1WSEA 4N5SA 1ZBUA 3WNFA 5J2NA 3SPYA 4KPYA 4HUEA 4FZXC 1RBVA 3AO3A 3ZSQA 3JYTA 3HPHA 4M45A 3TAEA 1JXEA 1JL2A 1RNHA 3OYKA 4DF4A 1L3VA 4DQPA 2KW4A 1DTQA 3DRSA 2HHXA 4LH5A 3IG1A 4CF9A 1QS4A 2EHGA 2A1RA 3CFOA 3V9ZA 4CFBA 3DYAA 2I5JA 5HLFA 4ID1A 2DFEA 4CEAA 1JL1A 4JRPA 4ZTFA 1N5YA 3K58A 3V81A 3OYEA 1VK0A 4CEZA 4DS4A 3QNOA 4B9LA 3DOLA 2KFZA 1KLNA 4Q0BA 1FXXA 3JSMA 3EYZA 2G8VA 3OS1A 4OKJA 1BI4A 4CGHA 3OYHA 1LAWA 1S1WA 3V1RA 3KLEA 1QQCA 5SZTA 3V9UA 2X6NA 3KD1E 4FJ5A 5KRSA 3ZSVA 4W5TA 4DQRA 4GMJB 1T8EA 1I39A 2ITGA 4CJSA 3TAQA 4KTZA 4FXDA 4QOZB 4CEFA 3RR8A 2HVIA 3M8RA 1KFDA 2G8IA 1JKHA 2DFFA 5C24A 4OPKA 4NCGA 1S6PA 1CXQA 1D9FA 4F3OA 2HHQA 4Q5VA 2PYJA 4G1QA 1HQUA 4CEOA 2OPQA 1EXQA 3LP2A 1U4BA 1L5UA 4NYNA 2XY6A 4J2DA 2G8HA 1GOCA 3FFIA 4M3RA 3V9SA 5DMRA 1NKCA 3HVRA 1J54A 3L8BA 1TKZA 3TAGA 2Z1JA 3AVCA 4N76A 4BDYA 2F96A 5DK5A 4CHOA 4CJRA 3NE6A 1ASUA 3M8PA 4DFMA 4F2RA 5HBMA 3HPGA 1RT7A 1F21A 2OPPA 4DFPA 4I2PA 4DTRA 1UAXA 4KV8A 4BDZA 1Z25A 1VSLA 4FJJA 1TKDA 3ZT3A 4RW6A 4KHSA 5I3UA 1RCHA 3VN5A 2D0AA 4AH9A 4C8KA 3WNGA 4CJPA 4AHRA 5HRRA 1N6QA 4DU3A 3NF6A 3C6TA 4CEBA 2VWJA 1BISA 3K2PA 3LALA 1ASWA 2QKBA 3V1OA 4I9QA 3HP6A 3NH0A 3QEVA 1K6YA 4M3XA 3DMJA 1RDDA 2GUIA 4J2BA 3ALYA 2RPIA 1NK4A 1BGXT 3ZSXA 3NH2A 3VA3A 3ASMA 3S3OA 4JLHA 1U47A 3H08A 3HXMA 3PX6A 4PUOA 1UA0A 3NGIA 3CYMA 3IS9A 5J2PA 2HB5A 1IKXA 1RBSA 2XRIA 4RW7A 3VQ6A 3KIOA 3P1GA 4Z0UA 1YTAA 2XHBA 1NKBA 3TANA 2F8SA 4FJXA 4Z4CA 3CM6A 2PYLA 4KFBA 4RW4A 3PX0A 1GOBA 3LDSA 3AA5X 3OYGA 4CJ3A 4CF0A 3TWHA 3C95A 1TL1A 1FKOA 4MQ3A 1WAJA 1C1AA 1QSSA 1QE1A 1VSJA 3ZT1A 1WAFA 2XY5A 1B9FA 3TARA 3B6PA 1TK8A 3OYAA 2QKKA 4H4MA 1RT5A 3LANA 3OJSA 2YKNA 5KRTA 3MAQA 4HCCA 3SV3A 4DSJA 2E6LA 4W5NA 3AA2A 4DU4A 3S3NA 4M3UA 3EY1A 1TL3A 3D0PA 5CZ2A 1RDBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ULEA 1TUYA 4KKOA 2NLXA 1NGAA 1QHTA 3ID6A 2OZMA 4HTUA 1SKWA 2GTDA 3I0SA 4GY2B 4BRGA 3HOSA 4MLEA 3DLBA 4KH6A 4JI3K 4MFBA 4JI1K 5AQTA 2YNIA 1VHXA 3VENA 1KCFA 1LV5A 2A5XA 1HPMA 1ATNA 3AA4A 4CZHA 4YY3K 4OGEA 4IJAA 4E1JA 1W2BM 4LFCK 2P9KA 3L6QA 1QVFM 5BPLA 4ZHRA 3RTVA 1YVNA 2D0BA 2I7NA 5HRPA 4FW1A 3W3DA 3W0LA 3SQ1A 3EKUA 2W42A 5C12A 3L3UA 3R6MA 4E7KA 4LH4A 2FLOA 1S72N 2HBLA 3SQ4A 1X3MA 3TSUA 3K9KA 2P1JA 4O0IA 4KB1A 4OLBA 4LFBK 4E0DA 1IH7A 1G15A 1ESVA 1KFSA 1SKSA 3KTQA 5FRMA 3PO5A 2RKIA 4FCYA 3DOKA 2W6LA 5F0XA 4FZZA 3J7ZO 4BVOA 2FBXA 2E6MA 5CE3A 4GV3A 2NUBA 3DXMA 3G25A 4BC5A 4TSXA 4DTJA 3SUNA 2VG6A 4C8LA 4GV9A 4WCEL 2DTUA 4ICLA 1NK7A 4KTQA 1XNRK 1NWKA 4DR5K 4A2AA 2QEXN 3O80A 4H5NA 1E4FT 2HHVA 5AQQA 4UY8O 3CI5A 1VQ9N 2VG7A 4KBOA 3IAYA 3ZSOA 1NGDA 3E9LA 2GUPA 4M41A 2Q2RA 3QBXA 3THWB 1HKBA 1KTQA 5CYMA 2A6AA 5GINA 3J80O 4E7HA 3IDHA 4H8KA 3T19A 3V9WA 2QK9A 4G9ZA 5EX5A 1T6DA 4J2AA 2IAJA 1BA1A 1HNVA 1ZBIA 2E1YA 3CHWA 3KJVA 2VQEK 4CVNE 4KH5A 1BIZA 3ZETB 1XWLA 4DSKA 4F3TA 3MEEA 3ZSRA 1L3SA 3CXCM 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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