5HRSA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124n + t125a mutations complexed with gsk0002
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSNAVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrsA00
3ZT0A 4E19A 3T19A 3QNOA 4Q0BA 2E6MA 5JS1A 2OPQA 2HNYA 4RW7A 1QSLA 3OYMA 2OZMA 3RRHA 4FJMA 1CZBA 4B9NA 5CZ1A 2RPIA 1KVAA 4CFDA 2YHAA 1C1CA 1TKXA 1L5UA 1FXXA 4FJGA 1REVA 4DS4A 2HMIA 1IKWA 4QAGA 4ELTA 4DSFA 4F2SA 3SV4A 4DMNA 3QEVA 4KO0A 3PV8A 4J2EA 4FK4A 2HHUA 1WSHA 4CE9A 4Z4CA 4DLGA 2RKIA 3HVRA 2F8TA 3PY8A 3NGYA 5HRPA 3RMAA 1B9DA 3PUFA 3O3GA 3HYFA 1KLMA 4DU1A 1YT3A 2BE2A 1NK9A 1L3TA 3AO3A 3UIQA 3D0PA 3IS9A 1EETA 4OVLA 2W42A 1BQNA 4BDYA 4CEEA 3WNGA 4EZ6A 4HUEA 4Z0UA 3PX6A 3KK2A 4OJRA 2XY6A 1CLQA 2QXFA 1BI4B 4E7HA 2G8WA 4CK2A 3SUQA 3DLBA 3SJJA 4M45A 2B5JA 1CZ9A 3V9UA 4DF8A 3BDPA 1T05A 4KHQA 4FJJA 1VSLA 2DFFA 4FM1A 3NH2A 1S1VA 3I8DA 1YVUA 4DF4A 1LWCA 3BGRA 4KHNA 3JSMA 1C6VA 4EZ9A 4OGEA 2QK9A 4O55A 4FK0A 1W0HA 1QTMA 3LWMA 3V9SA 3M8RA 2VG6A 1VRTA 1J9AA 3K5MA 2EX3A 2DTUA 1KTQA 3VQPA 4Q5VA 4DTRA 3OS2A 5HLFA 2FC0A 4FZYA 4AHTA 1RDBA 1S9EA 3CG7A 5HRRA 1J54A 3OYLA 2XY7A 2G8UA 3C6UA 1KRPA 2O4IA 4OLAA 1S6PA 4DTUA 3MXIA 2R7YA 5CYQA 3OY9A 4FCYA 2Y1IA 4IFVA 4OKKA 5KTQA 4W5TA 5FROA 4FK2A 2FBXA 4LSNA 2KFNA 4AHSA 3VQBA 1HNIA 2BDPA 4DQQA 3U3YA 1Q9YA 1S6QA 4LSLA 1SKRA 2GUIA 1YTUA 1HMVA 2KTQA 1JLQA 1BIZA 2DFHA 4PWDA 3LZJA 2KZMA 3NCIA 4DLEA 1DTTA 1LV5A 3DOKA 2QKKA 1ASUA 1JLFA 3SPYA 2X6SA 3KKRA 3LDSA 1VSFA 2X74A 4AHRA 3RTVA 2OPRA 3TI0A 2YV0X 4MFBA 5E41A 4FZXC 4Z4FA 1A5VA 2YKMA 1RILA 4CHOA 1BHLA 1WN7A 3MXJA 2B4JA 2OPSA 4K8XA 4CJVA 3ZSOA 3L2VA 3TAFA 1T8EA 3SUNA 2O4GA 1RCHA 1FKOA 1D9DA 3ZT1A 4E0DA 1EKEA 4DSLA 1UAXA 2P1JA 3VA3A 3RMCA 4KRFA 3HT3A 3SQ2A 3CFPA 5FDLA 3QIPA 1EXQA 3DRRA 4O5BA 4CJ5A 4E1MA 4DFPA 4KTQA 2RF2A 2XHBA 3ZSWA 3VN5A 3SUOA 1ITGA 1IKVA 1NK5A 4CESA 4B9VA 4KHUA 3WNFA 4C8KA 3DMJA 3L2UA 2PZSA 3RMBA 1WAFA 4M3TA 3DOLA 3AA3A 4N47A 2Z1JA 3QLHA 4EP4A 1VSEA 3OS0A 3SI6A 4CEOA 3ASMA 4L8RB 3TAGA 5CY4A 1C1BA 3SQ1A 3O3HA 2HHVA 3VQ8A 1UA1A 4CEBA 3V4IA 4NYNA 1LAWA 1ZBUA 4KV8A 2P51A 2P5OA 5HRNA 3KTQA 1VRUA 3ISNC 4OGCA 4LH4A 3S3OA 1VSHA 1RT5A 2OZSA 2VG5A 4NYFA 2HVHA 2XRIA 1RBSA 3TAPA 1WSEA 4OKEA 3QEXA 1NK7A 4OLBA 4H8KA 5D3GA 4FJHA 4BACA 1FK9A 1HJRA 3ZT4A 3OYHA 4PQUA 1WSJA 5T7BA 1S1UA 4KHYA 4FVMA 1RDDA 4Z4HA 1BQMA 1KFSA 1KCFA 3FFIA 2F8SA 2B6AA 3VA0A 4B3OA 1VSIA 4AH9A 5C42A 3OVNA 4CJ3A 3K5NA 4FJ8A 2OPPA 1X9MA 1NOZA 1JLBA 1S5JA 4FLWA 3HK2A 3THVA 3V9WA 3ZSZA 3L8BA 3F9KA 4EP5A 3AVNA 4CGGA 4UQGA 2JLEA 3HJFA 1EX4A 5HRSA 4O0IA 5J2MA 1NJXA 5K14A 3KLIA 3B6PA 4KI6A 2IGIA 4E7KA 3OYGA 4FJNA 4M3XA 1I3AA 1TKTA 3M8QA 1UOCA 4CFBA 4CK1A 2QKBA 3AO1A 4CGFA 3V9ZA 2GBZA 3ZCMA 1TKDA 1XHZA 1QQCA 3NE6A 1DLOA 1RDAA 1Z25A 3I0SA 1C0MA 4F3OA 3OJUA 4J2BA 2D0AA 1RT1A 4QCLA 4KB1A 3L2WA 1RBTA 1QE1A 1JLEA 3AVHA 3KLGA 3AVLA 4B08A 4O4GA 4HUGA 4GMJB 3SPZA 4CFCA 3U6FA 1NKEA 3AO2A 4KPYA 3SNNA 4KREA 3KIOA 4HCCA 2I5JA 4N5SA 2DFEA 5C24A 2AJQA 3KLEA 2A1SA 1U04A 1WSIA 3ALYA 4DWIA 4J2AA 4IFYA 3C95A 2KQ2A 3P83D 5KRSA 4HUFA 4KHWA 2IDOA 3O4NA 3TARA 4CJTA 4RW4A 1ASWA 3AVCA 5J2QA 4CECA 4DSIA 4KI4A 3AA4A 1C0UA 4FXDA 4JLHA 2E4LA 3VQ9A 4PUOA 4I9LA 3OYNA 2F96A 3LAMA 4DU3A 1IKYA 4DFKA 4CGJA 3HSTB 4DTJA 4YFUA 2HW3A 4ZHRA 3HP6A 4JS4A 4BE2A 4ZTJA 1HYVA 2DY4A 2ZD1A 4BDPA 4FM2A 3NF7A 3ZSRA 1C0TA 3O3FA 1D9FA 4DQRA 4DQPA 3E01A 4HHTA 4I9QA 1JKHA 2D5RA 3LP2A 4M3UA 1NK4A 1NJZA 3CFOA 4JRQA 1B9FA 3SZ2A 3NF6A 4CJFA 2IS3A 4CERA 5I3UA 4IG0A 4FJ5A 1VSKA 2ZE2A 4FLVA 4CHYA 2P5GA 4CIGA 1TL1A 3AO4A 3AVBA 4RW9A 3RMDA 2G8VA 4Y1DA 1RT3A 3TABA 1WAJA 4E1NA 3SQ0A 4DSKA 1W9HA 2LSNA 1SUQA 4H4MA 3K5LA 4I2QA 2Y1JA 4N56A 1D5AA 3MEDA 3F73A 4DQIA 1QSYA 3RWUA 1S1TA 2WONA 4E7JA 2HB5A 3TAEA 1BISA 1D8YA 5C25A 1TK5A 3PO4A 4DS5A 3ZSQA 4CEDA 4K8ZA 3DRPA 5KGWA 4HCBA 2JGUA 1HPZA 2PYJA 3SCXA 4JRPA 2Z1IA 3IRXA 2IC3A 3L3UA 3SUPA 3LALA 3ZSXA 4I2PA 3QNNA 4E89A 1SKWA 4NCBA 4G1QA 4F2RA 3S3NA 3AVKA 4CEFA 3KLHA 2HHSA 4CJKA 3AVIA 1WSFA 4KHSA 1XWLA 1BCOA 2Q3SA 3NF9A 4FM0A 2VWJA 1X9WA 4E7IA 3JYTA 5DMRA 3VQAA 1YTAA 4I7FA 2RN2A 4CJSA 4CIFA 4C8MA 4E3SA 1IG9A 5FRMA 3DLEA 3VQ5A 4DTSA 3CM5A 3L2QA 1XHXA 2VG7A 3VQDA 2XO7A 1TAUA 1BCMA 2HVIA 3I0RA 3IAYA 4M3ZA 3S3MA 3AV9A 3D45A 1NK0A 3VQ6A 3OYJA 2EHGA 1WLJA 2YNFA 1T03A 1NOYA 1N6QA 1TVRA 1GOAA 3AVAA 4DQSA 4KFBA 3V81A 4FJ7A 4KTZA 4MQ3A 2D0BA 3HXMA 3CQ8A 4JS5A 1U45A 1KLNA 2HHQA 4FJXA 4OKJA 1VSDA 3HL8A 4FJKA 3RR8A 4W5NA 4AHUA 3VQQA 1JL1A 3HP9A 2XY5A 1A5WA 3HO1A 1HQUA 4RW8A 4OPJA 3DRSA 1KFDA 1Q9XA 4GW6A 3KD1E 4NCAA 2YKNA 4CGDA 3AVJA 2ATQA 4M41A 3EZ5A 3VQCA 2IAJA 4DSJA 4CHPA 1RBVA 4WE1A 4FLYA 4DTOA 1S1XA 1S1WA 3AVMA 3NDKA 1NK6A 3G10A 3KLFA 1RNHA 2G8FA 4M3YA 5SZTA 3OYCA 4F3TA 4O44A 4OPKA 3MEEA 1Y97A 1HQEA 1X1PA 3AA5X 2YNGA 3NF8A 4CJRA 1HRHA 1RT2A 3OJSA 3TWHA 4CEAA 4FLTA 2G8KA 1LWEA 4DSEA 4FW2A 4RG8A 1J5OA 1RBRA 2YNHA 5EU7A 4CF1A 4Z4EA 2KFZA 4FYDA 3T1AA 5KGXA 1QSSA 1RT7A 4HTUA 4CHQA 5SWMA 3P1GA 4ICLA 5KRTA 3OS1A 1GOBA 1RDCA 4DTXA 1F21A 4IG3A 1Q8IA 2HNDA 3NH0A 3KK1A 2YNIA 4FLUA 3QIOA 4DFJA 3QEWA 5HP1A 1N5YA 4IKFA 2HNZA 4CGHA 4W5OA 3OYDA 3K57A 3MEGA 1LAVA 3K2PA 1JXEA 1RTHA 4CF2A 1T7PA 1ZBHA 3QESA 3DYAA 2HHWA 4BWJA 3S9HA 4ID1A 3KK3A 4CJWA 4M42A 5HBMA 1HYSA 4CCHA 4CFAA 1TL3A 4RW6A 4E7LA 4AHCA 4Z4GA 3OYAA 3ZSVA 4LD0A 3HVTA 1CXUA 1R0AA 3QO9A 2BANA 3OYIA 4CEZA 3AO5A 1RTJA 4AHVA 2ITGA 4CJEA 1LW0A 4FJ9A 2FBYA 1IKXA 3MXMA 5DK5A 1RTDA 2WOMA 1U47A 4CJQA 3NGIA 4Z4IA 4W5RA 3WNEA 3OYEA 4ELVA 3TAQA 1TK0A 2YHBA 3O4QA 2HHTA 1TAQA 3K58A 4H4OA 1HNVA 3NGZA 1TKZA 3NAEA 4DTNA 3LP0A 1JL2A 4FLXA 3MAQA 3QEIA 2ZQBA 4R5PA 4C8OA 2PY5A 1SL2A 4B9TA 1FKPA 1L3UA 4FW1A 1LWFA 4DU4A 1XI1A 1GOCA 3DLGA 4DTMA 1JXBA 4IDKA 4YNQA 4C8NA 3WNHA 1ZBIA 4B9SA 3DLHA 3KD5E 3U3GA 3C6TA 4KTWA 3HPHA 1UA0A 1NJWA 2X78A 4FLZA 1O1WA 1BL3A 3OYKA 5JS2A 3ZSYA 3SYZA 5J1EA 3RR7A 3TAMA 1LW2A 4N41A 3OYBA 1BI4A 3VQ7A 4BE0A 2KZZA 4ZTFA 1UWBA 1XC9A 1NK8A 3AVFA 1IH7A 1G15A 4M3WA 4CF0A 1NJYA 3LPTA 4M3RA 3LP1A 2XY8A 3P5JA 3M8PA 1IO2A 4W5QA 4CHZA 1A5XA 4PY5A 3V1QA 5HROA 1S9GA 4FZZA 5J2PA 4ELUA 3CFRA 3TANA 1SKSA 2ETJA 1BGXT 4HVJA 4O0JA 4J2DA 4B9UA 4FJIA 5FRNA 4ID5A 4B8CA 3SV3A 3LAKA 1I39A 3KKSA 1X9SA 4CEQA 3CM6A 3IG1A 1VSMA 1SL1A 3M8SA 3TR8A 1L3VA 1NKBA 3KJVA 3B6OA 3T3FA 4DTPA 3QEPA 2A1RA 1JLGA 4IBNA 4F4KA 3LANA 4B9LA 3HPOA 1KSPA 4B8AB 1K6YA 1JLCA 3AA2A 3H08A 1ASVA 3ITHA 3LPUA 4CK3A 1SV5A 3RRGA 5CYMA 3NHGA 3DI6A 3LZIA 2G8HA 4CJPA 3PX4A 4KB0A 4LY7A 2IOCA 3A2FA 3HPGA 4DFMA 1DTQA 4FJLA 2X6NA 4KAZA 4B9MA 1BIUA 1SL0A 1ZYQA 2D0CA 1ZBFA 1WSGA 4KKOA 3ZT2A 1QHTA 1RT4A 3K5OA 3ZT3A 4CHNA 3LWLA 3V9XA 1TK8A 3CYMA 2HHXA 1QS4A 4CF9A 4GVMA 1KVBA 2OYQA 4N76A 1KVCA 2FBVA 4AILC 3QETA 3PX0A 3EYZA 3NFAA 4CF8A 1TGOA 3AVGA 3MECA 1EP4A 4C8LA 3QERA 3V6DA 3K59A 4QOZB 4CJ4A 1L3SA 5KI6A 1CXQA 2Z1GA 3DLRA 2BGGA 1VSJA 4PA1A 1WNSA 4CJLA 2PYLA 5J2NA 1U48A 3C94A 4LH5A 5I42A 1Z26A 4BE1A 1RT6A 1U49A 2OA8A 3DM2A 4CGIA 1JLAA 1TV6A 3NBPA 1HYZA 4XIUA 3SQ4A 1VK0A 2GV9A 5CZ2A 3V1OA 4CJUA 1C1AA 2KW4A 1RBUA 3DLKA 4BWMA 1J53A 1NKCA 2VWKA 3LP3A 3ULDA 4BDZA 3L3VA 4DG1A 1U4BA 3VQEA 4F8RA 3QINA 1MU2A 2NUBA 3HM9A 3NH1A 2FBTA 3EY1A 1ZBLA 3VQ4A 2E6LA 3G0ZA 4Y1CA 3PO5A 2G8IA 3V1RA 1B92A 4NCGA 2Z1HA 4TSXA 1RTIA 3OYFA 4CIEA 3L2RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EOYA 2HNYA 1O13A 3R3LA 4B9NA 2RPIA 5GIOA 1IJJA 3CD6N 1C1CA 5AQRA 3TSQA 1FXXA 4IXCA 1REVA 2FSNA 2CH6A 4QAGA 3SV4A 3QEVA 4FK4A 2P9SA 1WSHA 4Z4CA 4DLGA 2RKIA 3HVRA 3PUFA 4M7XA 2UUAK 3THXA 2W40A 3UIQA 4JI6K 3IS9A 4DV5K 2VGNA 3CXCM 4HUEA 3D6RA 1CLQA 3VERA 5BRHA 1CZ9A 4BR4A 2VQEK 1T05A 1WBBA 3I8DA 4BQZA 2QK9A 2UXBK 4FK0A 4WCEL 3LWMA 3V9SA 3ENBA 4YOVA 4DTRA 4BQLA 5HLFA 4FZYA 5HRRA 1J54A 4OLAA 2OCEA 3OY9A 3CC2N 4AQYK 5KTQA 5FROA 4LSNA 3VQBA 4L3QA 4DQQA 3A0IX 3ATUA 1YTUA 1HMVA 4JKGA 1BIZA 4C23A 4DLEA 3P4IA 1LV5A 2QKKA 1T6DA 3SPYA 3CCMN 2NRRA 2CH5A 4DUYK 3PIOL 1U2VA 3VTIA 5E41A 3SBGA 4F9OA 4LF7K 1A5VA 1Z6RA 3MXJA 2B4JA 5M1FA 2PAVA 3L2VA 4PKHA 3TAFA 1T8EA 3IMXA 3O6WA 4MLHA 4MO4A 1UAXA 1DKGD 4KHPK 3CF5L 3DWLA 3SMPA 3SQ2A 3CFPA 4DFPA 4H5NA 4KH5A 2XHBA 3ZSWA 3VN5A 4B9VA 3WNFA 2KKZA 3L2UA 4M3TA 2O8CB 3SI6A 4FWSA 3SQ1A 5HRNA 1VRUA 4OGCA 3E1YA 1EQYA 1N33K 4YY3K 2XRIA 1HNXK 3WUHA 1HNWK 1WSJA 2F9WA 2O8CA 2BH1A 4MDAA 1RDDA 1Q81O 1KFSA 1OH7A 4H0YB 5LMUK 4FSVA 1G99A 1QVGM 3K5NA 1X9MA 3THVA 3ZSZA 1NBWA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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