The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
127
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structure length |
127
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Chain Sequence |
SQVFGVARIFASFNDTFVHVTDLSGRETIARVTGGMKVKADRDESSPYAAMLAAQDVAAKCKEVGITAVHIKIRATGGTRSKTPGPGGQAALRALARSGLRIGRIEDVTPVPSDSTRKKGGRRGRRL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
Ribosomal protein uS2
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| publication title |
Structural characterization of ribosome recruitment and translocation by type IV IRES.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Cricket paralysis virus
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| total genus |
25
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| structure length |
127
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| sequence length |
127
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-03-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4KHP K; 2E5L K; 4JI8 K; 3J81 O; 4JI7 K; 5LL6 Z; 2ZM6 K; 2VQF K; 4LF8 K; 5FLX O; 4DR2 K; 2F4V K; 4X64 K; 2UU9 K; 2UXB K; 3OTO K; 4B3S K; 4DV5 K; 3J7A P; 1XNQ K; 4JV5 K; 4JI3 K; 4DR6 K; 4K0K K; 1N33 K; 4B3R K; 5IT9 O; 4DR7 K; 5LMN K; 1IBK K; 1N36 K; 4JI5 K; 3T1Y K; 2UUB K; 5AJ3 K; 4B3T K; 4LF4 K; 5BR8 K; 4CW7 B; 2UXC K; 1N34 K; 4LF5 K; 1N32 K; 1HNZ K; 4JI2 K; 4DR5 K; 4YHH K; 4JYA K; 4DV7 K; 1HNW K; 1J5E K; 4JI6 K; 4DV3 K; 4LF7 K; 2VQE K; 4X66 K; 2HHH K; 3JAM O; 4LFC K; 5A2Q O; 4B3M K; 4X62 K; 4YY3 K; 4JI1 K; 4DV2 K; 1XNR K; 1HNX K; 1IBL K; 4LF6 K; 5IWA K; 5LMU K; 4DR4 K; 4JI4 K; 4DR3 K; 4DR1 K; 4AQY K; 4DUZ K; 4NXM K; 4LFA K; 4DUY K; 3T1H K; 2UUC K; 1IBM K; 4DV0 K; 1FJG K; 3J80 O; 4DV6 K; 4JI0 K; 1XMQ K; 4DV1 K; 4CVN E; 4V19 S; 3J7Y P; 2UUA K; 4LFB K; 4X65 K; 4OX9 K; 4GKK K; 1HR0 K; 2UXD K; 4LF9 K; 4GKJ K; 4NXN K; 1XMO K; 1I94 K; 4DV4 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 5GIO A; 3AVC A; 4GW6 A; 2HBL A; 2A1S A; 3N4P A; 1RBU A; 5AQP A; 3DLG A; 4F4K A; 3CM5 A; 2UXB K; 2KFZ A; 4HUF A; 2PZS A; 1QQN A; 3AVI A; 5JS2 A; 3ULE A; 4WFN L; 4J2D A; 3OBY A; 4QCL A; 4JNE A; 2G8V A; 4CJV A; 3EZW A; 3VEY A; 1N36 K; 3O9U A; 3JYT A; 1GLF O; 5AJ3 K; 4CF9 A; 3SJJ A; 4MLH A; 2XHB A; 4KH4 A; 3MX2 A; 4B3T K; 2A5X A; 4LF4 K; 4E7H A; 4AF1 A; 1NGA A; 2YHA A; 4BRE A; 3CME N; 3AAQ A; 4CEA A; 3TAB A; 3L2U A; 4HCC A; 4C8M A; 3WEE B; 1RDU A; 3JXU A; 2NRW A; 4CI6 A; 4DQQ A; 4EAH D; 3SAF A; 1WOQ A; 4XIU A; 3MEE A; 4BRL A; 1VSL A; 1A5V A; 4CD1 A; 1VSF A; 4CJK A; 5JVH L; 5AQV A; 5FDL A; 4LSL A; 3HBT A; 1TGO A; 4FW1 A; 4QS9 A; 4AHT A; 1SAZ A; 2W41 A; 1QSY A; 4E3S A; 4YOT A; 4CFD A; 1WBD A; 3NGI A; 3RRH A; 1UAX A; 1VSJ A; 1HYV A; 1KFS A; 2RKI A; 1BL3 A; 1S6Q A; 2YHY A; 4Y1C A; 5M1F A; 5AZI A; 1ASW A; 1JKH A; 2IGI A; 1QHA A; 3O4W A; 3DOL A; 1J6Z A; 3QIP A; 3C0B A; 4DB3 A; 3J80 O; 3AAP A; 1OH8 A; 4KB0 A; 1NM1 A; 4JI0 K; 1CZ9 A; 1XMQ K; 2V52 B; 3PO5 A; 2HHT A; 2YX6 A; 3O5B A; 1HR0 K; 3CPW M; 4OPH A; 2E1Z A; 4AM6 A; 1GOB A; 4CK3 A; 2IVO A; 3PUF A; 1KSP A; 1VSE A; 4CJ5 A; 1NK9 A; 2V7Z A; 5C0Y A; 4JKD A; 4CIG A; 3I33 A; 3DXM B; 3J81 O; 1SZ2 A; 1NMN A; 2D5R A; 5FLX O; 4KHU A; 4K41 A; 3ZEU B; 4GMJ B; 1ZBI A; 3O8M A; 5J2N A; 1BO5 O; 1QVF M; 1QZ5 A; 5F0X A; 4DU1 A; 4DTP A; 4CHO A; 4H5W A; 5TKY A; 2R7Y A; 4IWV A; 1D4X A; 4B3R K; 3K5L A; 4KTZ A; 1BGX T; 3KKS A; 5CYM A; 3VQE A; 1XHZ A; 3VN5 A; 4Q0B A; 3OYH A; 2A41 A; 4BDY A; 2F96 A; 3O80 A; 5KGW A; 2CGL A; 1KVC A; 3KZB A; 2V51 B; 1WLJ A; 1GLL O; 1HNZ K; 2FBV A; 2GEL A; 3AVA A; 3P31 A; 3EE9 A; 4JYA K; 1QZ6 A; 4NCG A; 1SL2 A; 3VQ6 A; 2ASM A; 3RWU A; 1JCG A; 4LF7 K; 1RT5 A; 4MFB A; 4YDU A; 5EY4 A; 4JKG A; 1ATS A; 4FZX C; 4C8N A; 2JLE A; 2G8K A; 1HQU A; 4FLV A; 1YVU A; 3V81 A; 4YY3 K; 3RVC A; 1X9J A; 1J5O A; 3QB0 A; 3VEO A; 1RTI A; 3HJF A; 3OBW A; 3AA3 A; 3FZF A; 3TAM A; 3UKU B; 1BDG A; 3VEW A; 3AO2 A; 1Q18 A; 5KGX A; 2ITG A; 3DJC A; 5AR0 A; 1XC9 A; 3H3O B; 3T7Z A; 4JK9 A; 4XH5 A; 4FJH A; 1RCH A; 5JLH A; 4FWP A; 3T1H K; 3CG7 A; 4E1M A; 3KWG A; 3LDN A; 4K8X A; 2DFH A; 1SL1 A; 1HPM A; 5J1E A; 4NCB A; 4PQU A; 1RDA A; 4DSI A; 3C7N B; 3PIP L; 2HMP A; 3IDH A; 1TAQ A; 2OTJ N; 1MU2 A; 1VHX A; 5JMV A; 4IOC L; 3LAM A; 3MMV A; 3QIC A; 1Z05 A; 3TSP A; 4M7Y A; 3V6D A; 3QFP A; 3LAK A; 4M45 A; 2B6A A; 4CK1 A; 1NJW A; 1KFD A; 3NFA A; 1REV A; 4MLE A; 2A1R A; 4X64 K; 4BVO A; 4KHY A; 4MDA A; 4CJW A; 2NRH A; 3CCE N; 4CZE A; 3J7A P; 3IMX A; 3NGZ A; 1RT3 A; 3KJV A; 4TSX A; 5AQS A; 2WBN A; 1XC3 A; 4CEE A; 3THX A; 3P5J A; 3H3N O; 4N41 A; 5LMN K; 3I8D A; 3BGR A; 3TAG A; 3VPZ A; 1L3T A; 4M3T A; 1TYQ B; 1VQO N; 1NJX A; 4H5V A; 4CF0 A; 2O8C A; 3AA5 X; 3FE1 A; 2FBT A; 5BPL A; 1BA1 A; 4H0V B; 1IJJ A; 2HBK A; 2QWN A; 5DK5 A; 4DR5 K; 3EEQ A; 4KV8 A; 3A5L C; 2P9I A; 3A0I X; 1M90 O; 1J5E K; 4FM2 A; 1KLN A; 2Z1J A; 3O4Q A; 5AQJ A; 4YOY A; 4NYN A; 2XY5 A; 1VQK N; 4DLE A; 3LDQ A; 4B9U A; 3BZK A; 3T69 A; 1NGD A; 1R59 O; 1IG9 A; 1Z6R A; 1QS4 A; 4ILH A; 3QEP A; 3LL3 A; 3MWP A; 3AV9 A; 3GL1 A; 3L2W A; 2HW3 A; 4CD3 A; 3VQ5 A; 4FLT A; 2XY6 A; 4FWS A; 4ZTJ A; 4OKJ A; 3U4L A; 3NCI A; 3QO9 A; 4CZH A; 3ENH A; 4N76 A; 1SQK A; 4DR4 K; 3VQB A; 2ZGY A; 2E20 A; 3S3N A; 4AH9 A; 4CFB A; 4B9T A; 3SQ0 A; 4J2B A; 4DWI A; 1S1W A; 4DMN A; 4R5P A; 3L2R A; 3I8B A; 3HVR A; 4BR9 A; 3ZLJ A; 3C6A A; 3KKR A; 3MEC A; 5HRR A; 4KI4 A; 2YHX A; 2OPR A; 3KVG A; 4F9O A; 5HRO A; 1QHT A; 4LD0 A; 4RCH A; 3SAG A; 4FJJ A; 5AZJ B; 2HF4 A; 1G99 A; 4FLY A; 4DFP A; 1FXX A; 3ZX0 A; 2A40 A; 4DV1 K; 2QWP A; 3S9H A; 3C65 A; 4CGJ A; 3ZT4 A; 3DLE A; 4IJA A; 4JKH A; 3MXM A; 3WNE A; 2QXF A; 2JWL A; 3NMU A; 5C42 A; 3K9K A; 1CXQ A; 3WXI A; 4H8K A; 1MA9 B; 3VTI A; 3DAW A; 4DTU A; 4B3S K; 1K9M O; 2XY7 A; 1C1B A; 1NK7 A; 3MN5 A; 2FBY A; 2YNG A; 4E7J A; 3A2F A; 3KLG A; 5J2P A; 4FJ8 A; 3WEE A; 1KD1 O; 2Q97 A; 2FF3 B; 3VF4 A; 1ZXO A; 3T1Y K; 4ELV A; 1LAW A; 3AA2 A; 2NRT A; 5ELZ A; 4BC4 A; 3VGK A; 5EU7 A; 3DRS A; 1JLA A; 2GX9 A; 3VQ8 A; 5KTQ A; 4JI2 K; 3LDO A; 5KQD A; 3HOS A; 1FK9 A; 1HJO A; 2I7N A; 1T7P A; 3O9Q A; 2NRX A; 2VQE K; 4UQG A; 4M3U A; 5E41 A; 5DMR A; 1HMV A; 3K5N A; 1C0G A; 3WXM B; 2NRV A; 3ATU A; 4B9Q A; 1Q7Y O; 4FW2 A; 5LJW A; 3N4Q A; 4C8K A; 3WT0 A; 3MCA B; 4ILJ A; 4M3Z A; 2D1K A; 1L5U A; 4BC3 A; 3HTV A; 1KLM A; 4E7I A; 4L8R B; 4NXM K; 2E8A A; 1X3M A; 1S1T A; 2WUS A; 3ZSZ A; 1OVY A; 4DUY K; 2YV0 X; 4KB1 A; 2D0O A; 3CCR N; 4FLW A; 4FJI A; 3OS1 A; 2FSK A; 4IJN A; 2IVN A; 4N56 A; 1YUW A; 4LSN A; 2HOE A; 4CFA A; 4GV9 A; 3AO3 A; 3ZCM A; 4FOE A; 3DXM A; 4DV6 K; 3BUZ B; 3ZEU A; 1HKC A; 1X9W A; 3ASM A; 3ZT1 A; 1S22 A; 5HOO A; 3UB5 A; 2O8B A; 5FRO A; 1NGB A; 4C1N I; 4JK7 A; 4IEE A; 3NDK A; 1EET A; 3QET A; 4R79 A; 4KBO A; 3CCU N; 1S1X A; 3OYD A; 2E2P A; 2F9W A; 3CM6 A; 1NKC A; 3K5M A; 4FK2 A; 2V7Y A; 3OYA A; 4FJ9 A; 4E19 A; 3NE6 A; 1S9E A; 5T7B A; 4I2P A; 1ZBF A; 3G10 A; 4O4G A; 1VSH A; 4JS4 A; 1VQ9 N; 2E2N A; 4HUE A; 1JXB A; 1S6P A; 3E01 A; 1VRT A; 3WNH A; 4H0O A; 4DLG A; 3SMS A; 2UUB K; 3CJ7 A; 2GV9 A; 4CZJ A; 4EZ9 A; 4CZI A; 1DEJ A; 4GVM A; 3E66 A; 4AIL C; 1N34 K; 4A5B A; 3TAN A; 4GV3 A; 3ENO A; 1EWQ A; 1HJR A; 1NGF A; 1TUU A; 4WQ4 C; 3UKU A; 3UIQ A; 4JI6 K; 1IKV A; 2XRI A; 3P4I A; 4BRG A; 4IOA L; 4CEF A; 2QW9 A; 2PAV A; 3PO4 A; 3A5N C; 3HST B; 4KKO A; 2D0C A; 1U45 A; 1FKO A; 3S41 A; 4JLH A; 2OZS A; 3WXJ A; 4A2A A; 3ZSO A; 4NYF A; 3SQ2 A; 2OA8 A; 3HP9 A; 2QKB A; 3B6O A; 3HXM A; 5AQW A; 3C7N A; 3VQP A; 3KLH A; 1ESV A; 3DLK A; 4CGF A; 3OVN A; 1WSF A; 4JKF A; 2DY4 A; 3SK3 A; 4F3O A; 1DTQ A; 1NMD A; 1FJG K; 2IS3 A; 1ZC6 A; 3K2P A; 4YFU A; 1UWB A; 3SUO A; 3WUH A; 4E89 A; 5HRS A; 2YCH A; 3AGK A; 4H0X B; 4EFH A; 5C24 A; 3NF9 A; 4XH1 A; 4EP5 A; 2BGG A; 2UUA K; 5EVZ A; 5GIP A; 1K8A O; 2KW4 A; 4EHU A; 4DS5 A; 3DLH A; 4PY5 A; 1U4B A; 5KQ8 A; 4JKB A; 4ISE A; 4PKG A; 3SUQ A; 4KHN A; 3HO1 A; 1CZA N; 1TYQ A; 1FW6 A; 5LL6 Z; 1QVG M; 3O1W A; 4IZ9 A; 1P8Z A; 3KLF A; 4RG8 A; 2F4V K; 3R6M A; 4DV5 K; 4CBU A; 2ZJR L; 1WSH A; 3I56 N; 5FPM A; 4JI3 K; 1NGG A; 4DR6 K; 1RT2 A; 3CF5 L; 4FPB A; 1RGI A; 1RDW X; 4W5Q A; 2GTD A; 2P9S A; 1Q86 O; 3NF8 A; 1QQC A; 3SUN A; 1HQE A; 4JAX A; 1BQM A; 1S1V A; 1BWF O; 4BRO A; 4FWQ A; 1RBV A; 2WOM A; 3E9O A; 1D9D A; 4WCE L; 1N32 K; 3MN9 A; 1IKX A; 1U04 A; 2GBZ A; 2VGM A; 4DFK A; 4DSK A; 4B1Y B; 5D3G A; 3VEN A; 3RRG A; 3OYL A; 5SWM A; 4PKI A; 3P39 A; 4KHQ A; 4X66 K; 1NKB A; 1X1P A; 1WBB A; 4OPJ A; 4CED A; 1EX4 A; 4B3M K; 1BIZ A; 5AQN A; 5FPE A; 4DV2 K; 2KZZ A; 4FPA A; 3IUC A; 2PYL A; 1KCF A; 5AQX A; 1BQN A; 1E4G T; 3IS9 A; 4E1N A; 4AQY K; 3B8A X; 4PHT X; 5AZJ A; 4LFA K; 4FK0 A; 5C15 A; 2E6M A; 5SZT A; 4CK2 A; 2X74 A; 2KKZ A; 2D0A A; 1IBM K; 3ZX3 A; 3OYB A; 3VQC A; 1TAU A; 4K43 A; 2W40 A; 2ZD1 A; 3ZT3 A; 1UA0 A; 2X6S A; 1XQS C; 1B9D A; 4RW9 A; 3S3O A; 3T1A A; 4BRC A; 3HL8 A; 4CVN E; 3NH2 A; 3AO1 A; 3TTC A; 3J7Y P; 3EO3 A; 1S72 N; 4B1X B; 3L3V A; 2RHK A; 1VK0 A; 4GKJ K; 1GLB G; 3LP3 A; 4DSF A; 1NG9 A; 5I3U A; 4H5N A; 1RTJ A; 1WNS A; 1LWF A; 3C94 A; 1RFQ A; 2BUP A; 2VCP A; 4LF8 K; 1XHX A; 3R8E A; 1QSS A; 3EY1 A; 1NJI O; 4KH6 A; 2KHO A; 4WQ4 A; 3LM9 A; 1ILY A; 4J2A A; 2BAN A; 2E88 A; 1BCO A; 5C2D A; 4FVM A; 3AVK A; 2OZM A; 2HF3 A; 1LW0 A; 5GAH P; 2Z1G A; 4DSJ A; 3O1B A; 5HRP A; 4CJT A; 3T3F A; 1KTQ A; 2WFB A; 3AVG A; 1TL3 A; 3HT3 A; 1OH6 A; 4FWO A; 2I7P A; 3A8Y A; 4RW8 A; 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1IKY A; 4CF1 A; 1CZB A; 1MWM A; 4BRK A; 5GAE P; 2OPS A; 3P1G A; 4LF5 K; 3CYM A; 3CXC M; 4YHH K; 2QXL A; 1QSL A; 3CCM N; 2Q0R A; 3ULD A; 2ZJP L; 3UKR A; 4DV7 K; 5AQG A; 2NLX A; 4NB4 A; 1NKE A; 1EKE A; 4DV3 K; 3MAQ A; 3AVJ A; 2HHH K; 4LFC K; 3MEG A; 4XEI A; 3O3G A; 3VQQ A; 3VQ7 A; 4FWN A; 4G9Z A; 2ATQ A; 3GG4 A; 4CBW A; 2FLO A; 3OS2 A; 5ADX H; 1QQO A; 3R9P A; 1R0A A; 2XO7 A; 4DTS A; 1NBW A; 4H4O A; 5HBM A; 3MN6 A; 5GAG P; 1VQ6 N; 1GLJ O; 2BTF A; 2FF6 A; 3M3Z A; 1CXU A; 4O8U A; 1RDD A; 3CC4 N; 3U3G A; 4F3T A; 3DXK B; 1K73 O; 2P9K B; 3NAE A; 4OKK A; 4W5N A; 4DF8 A; 1SV5 A; 4IO8 A; 1VSK A; 1T3V A; 4BR4 A; 4Z4G A; 4I9Q A; 3A5M C; 4PL8 A; 4WFB L; 3AY9 A; 3PX4 A; 3RMA A; 4DCH A; 3L6Q A; 2F8T A; 3FZK A; 3C6H A; 1I39 A; 1W97 L; 3E9L A; 3MX5 A; 3VQ9 A; 2BH1 A; 4A5A A; 1SKS A; 4AHR A; 3IRX A; 1BOT O; 4OGC A; 2VG7 A; 4PA1 A; 4CEZ A; 2E4L A; 2B4J A; 3V9W A; 1KRP A; 4BRA A; 5M1K A; 1YJN N; 2EHG A; 2VQF K; 4HUG A; 5BRD A; 1C0M A; 4OVL A; 4I6M B; 4B08 A; 4ELT A; 1C0T A; 3LWM A; 4BRN A; 5C10 A; 4E1J A; 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