5JMVA

Crystal structure of mjkae1-pfupcc1 complex
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
328
structure length
323
Chain Sequence
MDPMICLGLEGTAEKTGVGIVTSDGEVLFNKTIMYKPNPREAADHHAETFPKLIKEAFEVVDKNEIDLIAFSQGPGLGPSLRVTATVARTLSLTLKKPIIGVNHCIAHIEIGKLTTEAEDPLTLYVSGGNTQVIAYVSKKYRVFGETLDIAVGNCLDQFARYVNLPHPGGPYIEELARKGKKLVDLPYTVKGMDIAFSGLLTAAMRAYDAGERLEDICYSLQEYAFSMLTEITERALAHTNKGEVMLVGGVAANNRLREMLKAMCEGQNVDFYVPPKEFCGDNGAMIAWLGLLMHKNGRWMSLDETKIIPNYRTDMVEVNWIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and functional characterization of KEOPS dimerization by Pcc1 and its role in t6A biosynthesis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Methanocaldococcus jannaschii (strain atcc 43067 / dsm 2661 / jal-1 / jcm 10045
molecule keywords Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosyn
total genus 105
structure length 323
sequence length 328
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2016-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jmvA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jmvA01
4F9OA 3EO3A 4H5VA 2P9UB 4FWNA 3FGUA 1NGCA 2CH5A 4H0XB 3VGLA 3CJ7A 2FSNA 4AM7A 2Q1NA 4CBWA 3OHRA 2Q36A 1IG8A 3HM8A 3A5MC 4WQ5C 4BR4A 2A41A 3QFPA 4BRAA 3MN7A 1KAYA 3ZETB 3UE5A 1MWKA 2A40A 5AQOA 2W40A 2HMPA 2QWPA 1NGJA 3DWLA 5AQPA 3CIPA 4CZEA 3MDQA 4BREA 5BN9A 5BREA 4BVPA 1NGHA 3KHYA 4BRQA 5JICA 2Q0RA 3UKRA 3MN9A 2CGKA 3A8YA 1HKGA 2YHXA 5KPZA 1TUUA 4MLEA 5I9EB 1JCFA 5AZIB 1QQMA 1OKJA 4A62A 4QS9A 4WQ4C 5AZIA 3U4LA 1S3XA 2YJFA 3SJHA 4BR0A 4CD1A 3JXUA 3GG4A 2P9NB 1NMDA 1QQOA 1HKCA 3TPQA 3D2FB 2FLOA 2QWOA 3O1WA 2P9NA 5F1XA 1IJJA 1BWFO 5JLFA 4BG9A 3CJCA 3CJ1A 3LDLA 5CE3A 1BDGA 1GLEG 1U2VB 3ZX2A 3EKSA 3FZLA 5FPMA 2FSKA 1WOQA 4XH4A 5EY4A 1XC3A 1U2VA 3VEWA 3DJCA 3EKUA 3ID8A 1ATNA 4YDUC 3MN5A 1NLVA 5BPMA 5AQHA 2J4RA 3H6EA 2CGJA 1LOTB 3W0LA 1T6DA 4BRMA 4CBXA 5JMVA 5TKYA 3MCPA 2E2NA 2IVOA 3FR0A 2IVNA 2GUPA 4IZ9A 4JD2B 2EWSA 2ZGZA 4IJNA 5F0XA 3CI5A 4JD2A 4BROA 4BGBA 3SMPA 1WUAA 3ULEA 2GELA 4MO5A 3CQXA 3AARA 4A2BA 1P8ZA 3U9ZA 4EIAA 2QXLA 3CETA 2P9KB 3QBXA 2BUPA 4Z94A 4MO4A 4JNEA 4I6MB 4ISFA 1K8KA 3GDQA 3WUHA 4I6MA 3MN6A 3L0QA 4FL9A 3JS6A 4HWIA 1KAZA 3SLCA 2E88A 2GWKA 1NBWA 5EVZA 4H0PA 3CQYA 2ZWHA 2HF3A 2Q0UA 4K42A 4FO0A 3VEOA 3VETA 4FPAA 4C23A 4BR9A 1QQNA 4FWQA 4CZFA 5AQMA 1NM1A 4EFHA 3FLCO 4RWTA 2YHYA 4BVOA 4BRGA 5BRFA 5FPEA 2CGLA 5EXWA 5AQQA 4IWVA 1E4FT 4WYBA 1S22A 1GLDG 4CZLA 3GE1A 4BRPA 4BC3A 3B8AX 2P9UA 2KHOA 4IJAA 4JN4A 4H5NA 1RFQA 4H0VB 1CZAN 1QZ6A 1ZXOA 2V7YA 3GOIA 3P4IA 3H3NO 3A5NC 2ASMA 2GEMA 2IVPA 3IMXA 5JLHA 2E2QA 2I7NA 2QWRA 2W41A 3A5LC 3DAWA 4M7YA 3ZETA 1BG3A 1BU6O 4PKIA 2I7PA 4BR2A 4A2AA 1NGGA 5AQRA 4AM6A 4BRIA 3EN9A 5KQDA 5ADXA 1X9JA 5AQVA 3FZFA 5FPDA 4XEIA 5BPNA 1ZBSA 4BRNA 4BC5A 1DKGD 1NGBA 2PBDA 4L3QA 4BRKA 2VWBA 1QZ5A 3ZX0A 5KPTA 4RTFD 2ASOA 3FFKB 5AQGA 5E26A 4PKGA 3F9MA 1BO5O 3C7NB 1NGAA 3BUZB 4H0TB 3I33A 4FWLA 3C7NA 2ITMA 4PL8A 3J8AA 2AA4A 2Q2RA 3D2FA 4RCHA 3VOVA 2E2OA 3U9DA 1HLUA 2V52B 2IIRA 3HBTA 3S41A 4BG8A 3AAPA 4IO8A 5B8HA 1H1VA 3O8MA 1T44A 5AFUA 3O80A 1GLBG 1TYQB 2WUSA 2P9IB 5EOYA 1TYQA 3UKUB 1T6CA 1DEJA 3M6GA 4K25A 4LC9B 4FWSA 2VYPA 1E4GT 4PL7A 3LL3A 2GWJA 5F2RA 4BC4A 3UKUA 1C0FA 4FWMA 5AZJB 3C0BA 4B1YB 3FE1A 3QFUA 1ATRA 4FSVA 2YI1A 1NGDA 3O1BA 4A61A 2FF6A 3QBWA 3IUCA 2D4WA 4H0YB 4H5WA 2YCHA 3I8BA 5AQYA 1NWKA 5KPRA 5EX5A 2GTDA 2OANA 2QW9A 5ELZA 2P9KA 1GLFO 4JHDB 1U6ZA 5AQUA 3VGKA 4CD3A 3CJBA 4K41A 5BR9A 4BRLA 3WQUA 1Z05A 2YHWA 4H03B 5AR0A 3VGMA 1DGKN 3BP8A 2P9PB 3DXMB 1JCGA 3IDHA 1NGIA 4M7XA 3VEXA 3DXMA 2P9PA 3D2EB 1HUXA 5BRHA 3VEZA 2P9SB 3ENHA 3WEEB 1MDUB 2Q97A 2A42A 3G25A 1RGIA 3H3OB 2QWNA 2P9SA 3D7EO 4FPBA 3ZEUB 3WEEA 3QB0A 4CZHA 4WQ5A 3H45C 5BPLA 2FF3B 2D0PA 3VF6A 1ATSA 1X3NA 4FOEA 2FXUA 3MMVA 4FOIA 1JCEA 3VEVA 1BUPA 3HI0A 2ZGYA 2E1ZA 3W3DA 3WXJA 4DQ8A 1HX1A 3UB5A 3QDKA 1YXQA 4DHYA 4H5TA 2E8AA 3O08A 3LDPA 4E1JA 3LM9A 2D0OA 2UYTA 3BF1A 3LDNA 4JAXA 4Y0WA 1NGEA 5AQIA 2F9WA 1EQYA 3VENA 4WQ4A 2D1KA 4FWKA 3VEYA 3KZBA 3VF2A 4O8KA 3U8XA 3WXIA 5FPNA 4NB4A 3VPZA 5BRDA 3O5BA 4IXCA 4ISEA 2NZTA 4ISGA 5LJWA 4M63C 4BRHA 3AAQA 2QWQA 2A3ZA 3EL2A 3O6WA 4BR7A 1C0GA 1BOTO 1Q18A 1XUPO 2A5XA 2QM1A 4J8FA 3HZ6A 5LY3A 4YDUA 4NO7A 4DCHA 3HTVA 4FWRA 1GLCG 1KAXA 3BF3A 4B9QA 3DXKB 3UKRB 4HTLA 1J6ZA 1SZ2A 2V51B 3H1VX 5AQXA 1BA0A 3DXKA 5BN8A 4BRFA 2BTFA 1X3MA 4B1VA 1HJOA 4XH5A 3M3ZA 4MLHA 4FWPA 3FZMA 2DPNA 4BRDA 4B1UB 3ZX3A 4BGAA 4KBOA 4GNIA 4PKHA 1MWMA 5AQWA 3IFRA 1YAGA 1XQSC 2F9TA 1HPMA 2NRHA 1V4TA 2HF4A 1ESVA 2HOEA 1GLJO 3EZWA 3LDQA 3O4WA 4GY2B 2P9IA 2Q31A 2E1YA 1QHAA 5E84A 3R6MA 3QMLA 4B1ZA 4CZIA 5AQKA 2AP1A 5AZJA 1Y64A 1YVNA 2A6AA 3LDOA 1G99A 4DB3A 1ZC6A 2V7ZA 1MA9B 3CJAA 2NLXA 5AQFA 3AY9A 1GLLO 2PAVA 4BC2A 3M1FA 2QWMA 3LM2A 3BEXA 3R8EA 3A5OC 4CJ7A 4BRCA 4EHTA 1RDWX 1V4SA 3ATUA 3CJ9A 4EAHD 3A0IX 4JHDA 1LCUA 3WQTA 5KQ8A 3ULEB 1BA1A 3VERA 3ENOA 4K43A 2VCPA 4CI6A 5AQJA 3R9PA 5ADXH 2ASPA 4EHUA 4QS7A 4O5FA 3WT0A 5AQLA 2QWLA 3SK3A 3L6QA 3QICA 3WXLA 3D2EA 3HSCA 1K8KB 1YUWA 1SQKA 1KXPA 5AQTA 4BQZA 4CZMA 2H3GX 3SMSA 2CH6A 2ZF5O 3L4IA 1TUYA 4XH1A 3CHWA 4CZJA 3ZEUA 3RSEB 1SAZA 3WXKA 2P9LB 3MK6A 5AQNA 2FSJA 3KVGA 4CZKA 3RSEA 3VESA 3H46O 3TU5A 4BQLA 5LJVA 2P9LA 3VF4A 4B1WB 3ATVA 1NGFA 1HKBA 2E2PA 4H5RA 4BR5A 5AQSA 4B1XB 4CBUA 3GBTA 4CZGA 3H1QA 3CERA 1Z6RA 3FZHA 2E20A 4QS8A 4H0OA 2YJEA 1GLAG 1D4XA 3FZKA 1R59O 5AFUH 3GL1A 5AQZA 4FWOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EO3A 4DV5K 1T8EA 4B9VA 2HHXA 1N33K 2CH5A 3VGLA 4FJGA 4IO9L 3CJ7A 2FSNA 2Q1NA 3C6TA 3OHRA 2O8DB 1WB9A 2QKBA 4IDHA 3MWPA 3OW2M 1B9DA 4QOZB 3QEWA 4I2PA 4B9MA 3KJVA 4WQ5C 4E89A 2G8UA 2A41A 3QFPA 4BRAA 2HHHK 5SWMA 2A40A 4M3UA 1HJRA 5AQPA 1NGJA 4CESA 4DR6K 5BN9A 5LL6Z 4E1NA 5BREA 3O9UA 2IS3A 4RW7A 5M1FA 3SUQA 5KI6A 3DOLA 3E9PA 4G1QA 4RW8A 3PIPL 4HUEA 4JK9A 2YHXA 5KPZA 4BACA 1FW6A 1IO2A 2YNGA 4F3OA 4M41A 3KIOA 4OVLA 3KK2A 5AZIA 4IEEA 2HBKA 3DLGA 3V81A 1S3XA 1VQ9N 3MAQA 4CD1A 3JXUA 3GG4A 1Q86O 2GX9A 2QWOA 1XNQK 4CJLA 3J80O 1BWFO 2KZZA 4PQUA 3TAEA 3SI6A 1IBMK 1FXXA 2AJQA 3J7ZO 3FZLA 5FPMA 3SUOA 1VRUA 3MN5A 4CJ5A 4WCEL 2J4RA 2BH1A 1RTDA 3W0LA 1IKYA 4C1NI 4KHQA 1RT5A 3IS9A 4IZ9A 3C65A 2BDPA 3VQ4A 5HL7L 1QSYA 1QE1A 4WE1A 2VWKA 2YX6A 2GELA 4A2BA 4JS5A 1P8ZA 1JJ2M 4DQPA 3CETA 4DLEA 4IOXA 1HNZK 4DTRA 4MO4A 1NKCA 4DUZK 4I6MB 2O4IA 1OH5A 2O8CB 1RBRA 3GDQA 3K5OA 4HUGA 3L0QA 4FL9A 3DLRA 1QQCA 1KAZA 3SLCA 4CECA 1B92A 4DFPA 2GWKA 4O0IA 1VSJA 3LAMA 4NCGA 3S3NA 2ZWHA 2HF3A 1VQ7N 2Q0UA 2LSNA 4K42A 3VEOA 1QQNA 1GOBA 4EFHA 4RWTA 2F8SA 1TKTA 4AILC 3NHGA 3HPOA 2NRRA 3ZT3A 3SPYA 4ELVA 4LY7A 4KRFA 5GAEP 4DTJA 1KLMA 3LZJA 1GLDG 3SCXA 3AGKA 3B8AX 1OH6A 4O8UA 5GINA 1X9MA 4FZYA 4IJAA 4JN4A 3V1OA 2W6LA 4H5NA 1QZ6A 2V7YA 3GOIA 1VQ8N 2X6SA 2RE2A 4KAZA 3M8SA 3QEPA 3AA5X 3KKSA 4YFUA 1VQ5N 4RG8A 4CEBA 2G8HA 3D45A 3C6HA 1BU6O 2GUIA 3T1HK 3IG1A 3QNNA 4A2AA 4KHPK 5C42A 5AQRA 3EN9A 1S9GA 4XIUA 1J54A 5FPDA 3OY9A 1VQMN 1ZBSA 4AHTA 3IRXA 2NUBA 1KCFA 4BC5A 1W7AA 1VHXA 3MX5A 1JL2A 1XNRK 4C8OA 5AQGA 5E26A 4A5BA 4DTMA 3ZT1A 1NGAA 3C95A 5GADP 2ITMA 3J8AA 5C15A 2NRTA 3CMAN 4RCHA 2BE2A 2E2OA 3U9DA 3LPTA 3ZCMA 2IIRA 3DYAA 4LF9K 5B8HA 3O8MA 3O9QA 1VAZA 1OH8A 4F2RA 4FJMA 1TYQB 3KK3A 4CHQA 1T6CA 3CCEN 4FWSA 2VYPA 4DKWA 1RTJA 3LL3A 2R7YA 3UKUA 1C0FA 1WSFA 4FWMA 4I7FA 3D0PA 3C0BA 4BDZA 2YI1A 1NGDA 1VSMA 1EX4A 3OYEA 3O1BA 4C8MA 3J7YP 1NKBA 4C1NK 4AF1A 2OZSA 4H0YB 1ASUA 3VN5A 3I8BA 2XY5A 2ATQA 3SUPA 1NWKA 3S3MA 3HL8A 4IBNA 1P90A 1RTIA 1U6ZA 3RR8A 4FJ8A 3CJBA 3KLFA 5BR9A 3CD6N 4CEOA 1WAJA 3NF6A 2PFUA 2IDOA 3OYKA 3VTIA 4G9ZA 1VK0A 2HSTA 3CF5L 1JCGA 3IDHA 2P9PA 3O3FA 2P9SB 1C1BA 2NRZA 1RGIA 1W9HA 4DTOA 3MXMA 1IKVA 3CM5A 3ZEUB 4CZHA 3KK7A 1SV5A 2FF3B 3KLGA 1ATSA 3K2PA 3L8BA 1C6VA 1JCEA 4PHTX 2ZGYA 2UU9K 3OYDA 3WXJA 3C6UA 3NBPA 4E1MA 5HROA 4W5NA 3QDKA 3V9SA 5M1QA 3AVMA 4DV4K 3BF1A 4JAXA 3LDNA 4DWIA 4WFNL 2KTQA 1NGEA 1EQYA 4JI0K 3O4NA 4FJJA 2RN2A 3DMJA 3LANA 4GKKK 4DTPA 1IBKK 2RF2A 4ID5A 3AO2A 1UA0A 3ENBA 2HHWA 5FPNA 4FW1A 3DM2A 3VPZA 4CEZA 4ISEA 1SKWA 5IWAK 3MECA 1GOCA 1BOTO 4DU4A 3V4IA 3R1XA 4FJKA 1HYVA 2WOMA 4YDUA 1NNEA 4W5QA 4CIEA 2D0BA 1RT7A 1BCMA 4FWRA 4N5SA 4CEQA 4B9QA 4JS4A 4CEDA 4DLGA 2V51B 4DF8A 3H1VX 5AQXA 3V1QA 1BA0A 2HHVA 2E6MA 4FVMA 5CZ1A 1HQEA 3CC7N 4M3WA 4JI3K 2Y1IA 4BRDA 1KC8O 1MWMA 3K9KA 4FYDA 3TARA 4CHPA 2O8EB 1ESVA 2KW4A 3NDKA 3QETA 1K9MO 4GY2B 2HNYA 4I2QA 5E84A 3ZSQA 2OYQA 4PUOA 4DR4K 5J2MA 2JWKA 2AP1A 5GAGP 1Y64A 3QIPA 1RBTA 1KLNA 3KLEA 2FC0A 2ETJA 4FK2A 3AY9A 3LM2A 3BEXA 3DI6A 3ZSXA 3P31A 4E7HA 3HVRA 3AA2A 2P5OA 3CJ9A 3F9KA 3OYMA 4FM1A 3C6AA 1N36K 1R0AA 1LCUA 3TAGA 5HLFA 4DR1K 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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