5KGWA

Hiv1 catalytic core domain in complex with inhibitor: (2~{s})-2-[3-(3,4-dihydro-2~{h}-chromen-6-yl)-1-methyl-indol-2-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
153
structure length
134
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Indole-based allosteric inhibitors of HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 44
structure length 134
sequence length 153
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5kgwA00
4K8XA 3AVCA 4BWMA 1VSIA 2F8SA 1QSYA 1EX4A 3ZSQA 2D0AA 4BDYA 3V4IA 3NGIA 4CJFA 3G10A 4DWIA 5J1EA 3TAPA 3C95A 3S3MA 1NKCA 4NYFA 1RTHA 1VRTA 3KKRA 2YNHA 3K59A 1S5JA 4FLVA 4E7LA 3SUNA 4RW4A 3DM2A 4F8RA 4OKEA 2VG7A 2PZSA 3QEWA 4NCGA 1S1XA 1VSJA 4GW6A 3V9XA 1S6QA 3I0SA 1XHZA 1NJYA 1C6VA 3SUOA 4EZ6A 4Z4CA 3LANA 4FJKA 3LALA 4DFMA 4KHYA 1S1TA 2KTQA 1BCMA 3RWUA 2Z1HA 1LWEA 5I42A 4OKKA 4Z0UA 2OZSA 4FJXA 1T05A 5HRNA 5HRSA 3O3HA 3HPOA 3OYNA 3OYCA 4M3YA 5D3GA 2FBVA 3QERA 4CFBA 3AVHA 3OYMA 2XRIA 4KTWA 3L2UA 1WNSA 3A2FA 3IAYA 3OYJA 4DS4A 5FRNA 2GUIA 4CESA 2EX3A 4BE1A 1KLMA 3DI6A 1NK5A 3KLEA 3JSMA 1JXBA 3NH0A 1RT3A 1S1VA 1Z26A 4M3ZA 3V9UA 3DLKA 2VWKA 4IFYA 3ZSRA 3ZT3A 4FK0A 3CFPA 4ELTA 1XI1A 1RTIA 3P1GA 1WSEA 3LP1A 4TSXA 3V81A 1TV6A 1T8EA 1FKPA 4C8KA 4CJKA 3LP0A 1RT4A 1Q9XA 1VSMA 3CM6A 4FM1A 1NKEA 1KFSA 4N5SA 4CIFA 1BQMA 2D0BA 3OS1A 1NJZA 1YT3A 3P5JA 1ITGA 2OZMA 4N47A 3VQQA 1SKWA 4NCAA 3HP9A 3AO4A 1ZBLA 2XY6A 1JLEA 4DU4A 3C6TA 3L3VA 4FK4A 4IFVA 2ZD1A 4N41A 4KHNA 1TAUA 4ELUA 3MAQA 2HNDA 4DQSA 4H8KA 3VN5A 4CGHA 3K58A 4L8RB 1KVAA 3HPHA 4C8OA 2XHBA 1WSJA 3QNNA 4CCHA 3O4NA 3DOKA 4CIEA 5KGWA 4CJ5A 3AO3A 4DMNA 5T7BA 3O3GA 4FLXA 4DFJA 3TANA 3AVJA 4MQ3A 4LD0A 1RBVA 4GVMA 3LWMA 4ID1A 1Q9YA 2P5GA 3NCIA 2X78A 4DSKA 2ZQBA 3BGRA 3PX0A 1SKSA 4H4OA 2D5RA 3SQ4A 4DTUA 2HHQA 3ALYA 2Z1JA 3L8BA 3HL8A 4FW2A 4WE1A 3RRHA 2A1RA 4W5OA 3VQAA 3I8DA 2WOMA 3L2WA 1NK6A 1TVRA 5SWMA 1NOYA 4KHSA 2RF2A 2YHAA 3NGYA 2RKIA 1EETA 3IRXA 5C24A 4F2SA 3QESA 3LPTA 4E7JA 3KD1E 3ZSOA 2G8WA 1N6QA 2Z1IA 4HCBA 4CFCA 3DOLA 1J5OA 2LSNA 1ZBUA 1RBTA 4CEZA 1NK8A 4KI4A 1SUQA 3LZIA 1UA0A 1NK9A 4B9TA 1ZBIA 2YV0X 1SV5A 4HUEA 1TK8A 3S9HA 4F2RA 2W42A 3SI6A 2JGUA 3KJVA 4OGEA 1LAWA 4CJUA 4AILC 2KFZA 3LAKA 4R5PA 1EXQA 2A1SA 2G8VA 4KO0A 4BDPA 1UOCA 1HYVA 3TAGA 4E1NA 4DSJA 4IG0A 1X9SA 3CFOA 4KI6A 1SL1A 1BCOA 3K5LA 3RRGA 3ZSXA 3VQDA 1O1WA 1RT5A 1TKXA 1CLQA 3DLEA 4B9SA 4BE2A 2OPRA 3O4QA 3KTQA 3CFRA 1ZYQA 1RBSA 3KKSA 3WNHA 4O5BA 2XY7A 3RR7A 4FJ9A 1VSLA 4RW6A 3O3FA 1WAJA 1HYSA 4CEBA 4B8CA 4KREA 3S3NA 4FJNA 2E6LA 4OJRA 1Z25A 1KVBA 1X1PA 2IC3A 4W5QA 2YHBA 1G15A 3VA0A 4JLHA 3PO4A 2B5JA 2HVHA 1JXEA 4OGCA 1RTJA 1YVUA 5FROA 4CJTA 3OJSA 3NAEA 3QEIA 1L3VA 1QSLA 4J2DA 2O4GA 3I0RA 3QIPA 4HVJA 4B9MA 5K14A 3NGZA 4KB1A 3ITHA 4I2PA 2F8TA 1TAQA 3HPGA 1FKOA 2I5JA 4LH4A 4FM2A 4CK2A 4PA1A 4E3SA 3LDSA 2HMIA 1UA1A 2PY5A 4CHQA 3HP6A 2O4IA 4OLBA 1RDAA 3U3YA 4FCYA 4DSLA 3HT3A 2QKBA 2PYJA 2OPQA 1BQNA 3VQ5A 3F9KA 2XY5A 4KHQA 2G8HA 2E6MA 4FZZA 3KLIA 2YKNA 3OY9A 4Z4EA 3AVMA 3AO1A 4M45A 4B8AB 1NK0A 4O0IA 1KSPA 3H08A 1N5YA 2OYQA 2Q3SA 2FBXA 4JS4A 1QSSA 4ID5A 1JL2A 3OYLA 4DTMA 4Q5VA 1XC9A 1CZ9A 4I9LA 4FXDA 4OVLA 1RT2A 4AHUA 4ICLA 3RTVA 4O55A 1J54A 2DFFA 1IKYA 3ZSWA 1NKBA 3KK3A 2KQ2A 3THVA 4DG1A 4CJSA 3KLGA 4DQQA 2X6SA 3DRRA 3HM9A 3VQPA 3HVTA 2ZE2A 2HNYA 3CG7A 1BIUA 3M8SA 3MXMA 1EKEA 3OVNA 3S3OA 4CGFA 2ITGA 1BL3A 1HQUA 4M3WA 4DF4A 1CXQA 5HRRA 1NJWA 1S6PA 4EP5A 4CJ4A 2G8FA 3NF7A 3LWLA 2P5OA 4FVMA 3SQ0A 1Q8IA 3RR8A 1BGXT 3TI0A 2HHXA 4ELVA 4I2QA 2RN2A 4LSNA 4CEFA 3EY1A 4CEOA 1RDCA 4LH5A 2YNFA 2Y1JA 1RNHA 4FLUA 3SCXA 3WNGA 1JLCA 3KK1A 3ULDA 1U48A 4LY7A 1HQEA 3K5NA 1RBUA 4KHWA 3V9SA 1LWCA 4CK1A 2FBYA 4FJLA 1S9GA 4BDZA 4J2AA 3SUQA 1A5XA 4DTNA 4CJWA 4Z4FA 2KZMA 3ASMA 3OYBA 3SV4A 1IH7A 3AA3A 1WAFA 3OYEA 3L2VA 3QNOA 4PY5A 3AVLA 3TAFA 2AJQA 4QAGA 2KW4A 3QLHA 3TAQA 3UIQA 3T1AA 1L3SA 1U49A 4M42A 4QOZB 3KD5E 4CJPA 1S1WA 1U04A 2HHTA 4Z4HA 1B9FA 2X74A 4UQGA 4FZXC 3HK2A 3AVKA 4FJIA 4CEEA 2WONA 3NHGA 3OYGA 5HLFA 1C0UA 2BANA 4O44A 1LV5A 2YNIA 3LP3A 3LP2A 2DFEA 4BWJA 3SPZA 4FZYA 4O4GA 4Z4GA 2BGGA 5DK5A 2Z1GA 3V9ZA 4AHCA 3NE6A 3AVGA 1LWFA 1B9DA 3V9WA 4DFPA 2JLEA 3T19A 1BI4A 2OPPA 4DU1A 2HNZA 2D0CA 1U4BA 3SPYA 1BIZA 1KCFA 2YNGA 1EP4A 3ZT2A 3CQ8A 1KTQA 1IO2A 4MFBA 4IBNA 2G8KA 4DU3A 3DLRA 3QEXA 4BE0A 1U45A 4M3TA 1BI4B 1VK0A 1ASWA 4M3UA 3NFAA 4B08A 2PYLA 4QCLA 2G8UA 4CJEA 3VQ6A 1RCHA 2P1JA 4Z4IA 3SV3A 4KFBA 3NH2A 5HP1A 3QO9A 4FYDA 1S1UA 5CZ2A 3U6FA 2IAJA 1QE1A 1VSDA 1FK9A 3KLHA 4CGGA 1QQCA 5CYQA 2IS3A 4CHOA 3HYFA 3ISNC 4CEQA 2QK9A 4HUGA 3D0PA 4B9NA 4CJVA 2G8IA 3DLHA 4CHYA 1S9EA 3RMAA 4PWDA 4IG3A 3K5OA 1NJXA 1DTQA 4RW8A 3SUPA 4F4KA 1NOZA 4DFKA 3DLBA 3OS2A 3MXIA 3AVAA 3DLGA 5J2QA 1HMVA 3RMDA 4I9QA 1C1CA 3VQ9A 4CFAA 1T03A 2QXFA 5HROA 4E7HA 4KHUA 5CY4A 4DS5A 3AO2A 4FK2A 2HHVA 1YTAA 3VQBA 4YFUA 3PY8A 2HB5A 1WLJA 3L2RA 3K57A 1D9FA 1JLBA 1HNVA 4CIGA 3OYDA 4FJHA 2GBZA 5E41A 4FW1A 3DRPA 3DYAA 1CZBA 4JS5A 3AVBA 3IS9A 3QEVA 2B6AA 4J2BA 2HHUA 1TL1A 4KTZA 5CZ1A 4ZHRA 4DTOA 3L2QA 1KLNA 4B9VA 1W0HA 3LPUA 4JRQA 4JRPA 1UAXA 5J2MA 4DQIA 3AVNA 3M8QA 1RT6A 4NCBA 3EYZA 1VRUA 4XIUA 4IDKA 3CM5A 3PX6A 2E4LA 3KK2A 2EHGA 3IG1A 4ZTFA 4KTQA 4J2EA 1C1AA 3OYIA 4DSIA 1B92A 3NF8A 3L3UA 1GOCA 1WSFA 4DTXA 5CYMA 3SQ2A 2BDPA 1WN7A 1JLFA 3PX4A 1JLQA 1LAVA 3NH1A 5C25A 1HRHA 3PUFA 1VSKA 4DF8A 4ZTJA 1WSGA 4AHVA 1REVA 1TKZA 4OKJA 4DLEA 3P83D 2OA8A 3OJUA 1VSEA 3SQ1A 1JLAA 5KRTA 2ATQA 4C8LA 3AVFA 1QHTA 4CE9A 5HRPA 3T3FA 1X9WA 1XHXA 3KLFA 4N56A 4YNQA 2BE2A 4W5RA 1F21A 3DMJA 2RPIA 3C6UA 2Y1IA 4CF2A 4FLYA 4KAZA 1CXUA 3WNFA 3OYHA 1UWBA 2FC0A 3E01A 3QINA 3MXJA 3WNEA 4FM0A 4I7FA 4OLAA 4DQRA 3SNNA 4CK3A 4BACA 1GOAA 4IKFA 4HHTA 4M3XA 3OS0A 3QETA 4FJGA 1WSHA 5KTQA 3LAMA 1W9HA 4DTRA 1C0TA 3ZT4A 3ZSZA 1ZBFA 4E7IA 1KFDA 3HJFA 2IOCA 4CHNA 3CYMA 4NYNA 3AV9A 1TKTA 2P51A 3ZSYA 4KPYA 1RT7A 2DY4A 5J2NA 3D45A 3RMBA 1Y97A 5SZTA 1L3TA 1L5UA 1ZBHA 2FBTA 3AA4A 5C42A 4F3OA 2YKMA 1GOBA 3B6OA 5FRMA 3ZSVA 1RTDA 1RT1A 1J9AA 3U3GA 4AHSA 2VG5A 3AA5X 1HJRA 1RILA 3AA2A 1BHLA 1KVCA 4FJ5A 4W5TA 1LW2A 3FFIA 4KKOA 3V1RA 4CJ3A 3NBPA 3PV8A 1NK7A 2VG6A 3HXMA 3SZ2A 1DLOA 4DSEA 1JLGA 4OPJA 1FXXA 4CGJA 4CECA 1MU2A 3ZT1A 5HBMA 1DTTA 3V1QA 5I3UA 3ZT0A 3LZJA 1TKDA 3TWHA 4RG8A 4DLGA 3SYZA 1NK4A 4HUFA 1RBRA 3QIOA 4FLTA 1TK0A 4K8ZA 4RW9A 3K2PA 3NDKA 5DMRA 4G1QA 3VQ4A 5JS2A 2F96A 1TL3A 3HO1A 4KRFA 2DTUA 3SJJA 4AHRA 4CF1A 4CGDA 3VQCA 3HVRA 3RMCA 3TAMA 4KB0A 3PO5A 2GV9A 2HHWA 4Y1DA 3MEDA 1SL0A 1XWLA 3NF9A 2DFHA 3JYTA 1IKWA 1I39A 1JKHA 4CF0A 1HPZA 2QKKA 3V6DA 4B3OA 4CGIA 4E19A 3F73A 2XY8A 1C1BA 3MECA 4DTSA 4EZ9A 3G0ZA 4E0DA 4PQUA 3DRSA 3V1OA 2XO7A 5JS1A 4FJ7A 4EP4A 1KRPA 1C0MA 4CHPA 1JL1A 1T7PA 2HHSA 4F3TA 5KRSA 3AVIA 4CJLA 2VWJA 1I3AA 3M8PA 3B6PA 4FLWA 1HNIA 4PUOA 3HSTB 1SKRA 3OYKA 4CERA 3AO5A 1BISA 1QS4A 3OYAA 1IG9A 4W5NA 4GMJB 2OPSA 2B4JA 5EU7A 4DTPA 4O0JA 4C8MA 1VSFA 1IKVA 3MEGA 4AHTA 4CHZA 3K5MA 1D8YA 4RW7A 3BDPA 1VSHA 3VQ8A 2KFNA 3TR8A 4KV8A 4HCCA 1A5WA 1LW0A 3VA3A 1D9DA 5FDLA 4CF9A 4B9LA 1X9MA 2HW3A 1K6YA 3VQ7A 3OYFA 4DQPA 1D5AA 4LSLA 2NUBA 4CJRA 4E7KA 1YTUA 1TGOA 3EZ5A 3QEPA 3C94A 4DTJA 4FJMA 3NF6A 5KI6A 1SL2A 1U47A 1L3UA 4E89A 1IKXA 2R7YA 3TAEA 4CF8A 3VQEA 4E1MA 4M3RA 4OPKA 4HTUA 1TK5A 4CJQA 2IGIA 4B9UA 4H4MA 4DSFA 5J2PA 4Y1CA 3TABA 3ZCMA 4Q0BA 1R0AA 4N76A 1WSIA 2KZZA 4FJ8A 1RDDA 1RDBA 1HYZA 3KIOA 1J53A 4CEAA 3TARA 2X6NA 1A5VA 5KGXA 4AH9A 4CFDA 4FLZA 1ASUA 4CEDA 4FJJA 2HVIA 3M8RA 4C8NA 3MEEA 1QTMA 2IDOA 4M41A 1ASVA 2ETJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4K8XA 5CE3A 1XNQK 1EX4A 4BDYA 3BZKA 4XEIA 3C95A 1ATRA 3KKRA 4RW4A 2HVIA 2Q0RA 3FFKB 1S6QA 1C6VA 1LOTB 3FZKA 3CJCA 4JKGA 4FJKA 1S1TA 4KHYA 3FLCO 4NXNK 3L4QA 4Z0UA 2FBVA 3QERA 4BR7A 2FF3B 2NRVA 3OYJA 5FRNA 4CD1A 3EKSA 5AZIA 4BE1A 1KLMA 4IJNA 1JXBA 2ZM6K 1S1VA 3CC4N 3DLKA 3ZSRA 4IFYA 4FK0A 4ELTA 3LP1A 1BO5O 2UU9K 3V81A 3QDKA 1RT4A 2E5LK 2FXUA 2A40A 2I7NA 3KK7A 1BQMA 3OS1A 1YT3A 4H5VA 1X9JA 1JCEA 1XQSC 1ITGA 3P5JA 1SKWA 3SK3A 4NXMK 4CJ7A 3AO4A 1ZBLA 1ATSA 3L3VA 1YIJN 4FK4A 4IFVA 2ZD1A 4N41A 1K8KB 4BC4A 4ELUA 2HNDA 3VN5A 4I6MA 1NGIA 4L8RB 3HPHA 3A5OC 4CCHA 3WQUA 3AO3A 4DMNA 4LF9K 4GVMA 2AP1A 4J8FA 3IMXA 4B1XB 4FWMA 3PX0A 4BGAA 3SQ4A 2F7TA 5CHIA 4W5OA 3VQAA 3I8DA 2I7PA 1TVRA 4CZKA 1NOYA 1BDGA 3ID6A 2YHAA 2RKIA 3IRXA 3QESA 3VGKA 4HCBA 3KWIA 2WUSA 4CFCA 1RBTA 3GBTA 1ZBIA 1SV5A 3RSEA 4CJUA 5FPNA 4AILC 2GUPA 3MX5A 3TAGA 4IG0A 1X9SA 2E20A 3O9QA 1OH5A 1CLQA 3DLEA 4B9SA 3MCPA 2VQEK 3CFRA 1VSLA 4H0TB 3D2FA 3EKUA 3O3FA 2FSNA 4H5WA 4GKJK 5TKWA 4FJNA 2IC3A 4BRIA 4W5QA 1G15A 1V4TA 4JLHA 4LF8K 3CD6N 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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