5SWMA

Bacillus halodurans rnase h mutant d132n in complex with 12-mer frna/dna hybrid
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
IIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Limits of RNA 2'-OH Mimicry by Fluorine: Crystal Structure of Bacillus halodurans RNase H Bound to a 2'-FRNA:DNA Hybrid.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2016-08-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5swmA00
3VA0A 3VQ8A 2OPQA 3DOKA 2YNIA 4CHOA 3SPZA 1NJYA 3PO5A 1TKTA 4E0DA 2KZMA 3K5MA 3LP1A 3ITHA 4FVMA 3T19A 3RR8A 1X1PA 4HVJA 3HVRA 5J2PA 4L8RB 1EETA 4FZZA 3P83D 4AHCA 4CF9A 1S6PA 1UA1A 4DQIA 4IDKA 5SZTA 2G8IA 4NCBA 4W5TA 3OJSA 4DF4A 1VSDA 2XY5A 3PX6A 2XO7A 3AVAA 3H08A 2I5JA 1I39A 4IG3A 5FRMA 4DQSA 3KKRA 3TAPA 2QXFA 1TKZA 3AVGA 4DQQA 4XIUA 4M41A 3HVTA 4OGCA 2XRIA 1S1TA 3VQBA 5K14A 4M3RA 1IKWA 3VQQA 3V4IA 3SQ1A 5D3GA 3ZSXA 3V9WA 3MXMA 3HM9A 3CFRA 4CJTA 4KRFA 4DU3A 5J2MA 4CFDA 3NDKA 3HPOA 4DQRA 4KB0A 2IS3A 1VSIA 4R5PA 3G10A 1KSPA 1ZBIA 4DLEA 2OYQA 4LD0A 3K58A 1FKPA 2HNZA 3OVNA 3TABA 1LWCA 4Y1DA 2P51A 1LWFA 3THVA 2OPSA 1REVA 3AVFA 4TSXA 3OYLA 1Q9YA 4B9NA 3NHGA 4K8ZA 3WNHA 1RTIA 4FW2A 3NF6A 4LH4A 1QSLA 4CHNA 3L2QA 4KHNA 4CHQA 3QNOA 3AO4A 1QSYA 2HNDA 1JLQA 4CERA 4FK0A 2BGGA 2KFNA 4DU1A 1TK5A 4CJPA 1U04A 1SKWA 3SNNA 2DFHA 3PUFA 3L2VA 1TK8A 1HJRA 1IKXA 5J1EA 3U3GA 4DG1A 4E7KA 1YTAA 1NJXA 4DS5A 3LZJA 2RKIA 2OPRA 4CGJA 1WNSA 4HUFA 3SV4A 2XY6A 2KQ2A 1S6QA 1JL2A 4M3XA 1WN7A 3OYFA 2O4IA 1RTJA 1GOBA 3HP6A 4CGIA 2E6LA 4DSIA 5CYQA 2GUIA 1NOYA 1RBVA 1ZBLA 5FDLA 3CG7A 5CY4A 2GBZA 3NFAA 4CIFA 2JGUA 2KW4A 3DLGA 5KGXA 1C1AA 3T1AA 4F4KA 3HK2A 1ASWA 3NF8A 3LALA 3ZCMA 3SPYA 4IFYA 1HNIA 1KFDA 4IFVA 3A2FA 4JRPA 1CXUA 4CEFA 4CF0A 3NE6A 4E7HA 4N41A 3AVKA 3L2WA 4RW7A 4FLZA 2Z1IA 3NH2A 4FJHA 4G1QA 4K8XA 3HPHA 2VWJA 3VQCA 4CIGA 3BDPA 1TKXA 3QNNA 1LAVA 1S9GA 1S1VA 1VK0A 3KIOA 4E19A 3O3FA 3M8SA 4FJLA 3NGZA 2B6AA 3F9KA 2OZSA 5CZ2A 3ZSYA 3DOLA 1IG9A 3KTQA 4DTUA 1TL3A 3AVIA 2HNYA 3K2PA 2G8UA 3ASMA 3AA4A 4FLXA 4FJIA 1VSHA 4B9VA 4M42A 1C0MA 3MAQA 4CK3A 3V9SA 4E7IA 3V9UA 2Z1HA 3AA2A 4KPYA 4GVMA 4C8MA 3OS1A 3HT3A 4ZTJA 2HHVA 3OJUA 1EP4A 1WLJA 1T8EA 1F21A 2B5JA 2LSNA 4CJQA 1C0TA 4PA1A 2PY5A 3C6TA 3P5JA 3SV3A 3AVNA 3HSTB 2FBYA 4CEZA 4N56A 4CF1A 3OYDA 4CGFA 3NGIA 3OYNA 4M3UA 3QINA 3SCXA 3DLEA 1RDAA 4F3OA 3AVMA 1RDBA 1GOCA 2QKKA 4FJGA 4QOZB 3U3YA 1RT4A 4CJ4A 3U6FA 4CJ5A 4CJWA 4J2BA 2F8SA 3QESA 3QEXA 1ZYQA 3HO1A 2YNGA 1LAWA 3KLEA 3AA5X 4ZTFA 3KK2A 4HHTA 3CM6A 5HROA 2YKNA 1MU2A 2QKBA 3ZT4A 4N5SA 2RN2A 1QTMA 1QHTA 4HCCA 3G0ZA 4C8OA 3V1RA 2KTQA 1S5JA 3LWLA 3JSMA 4RG8A 3OYCA 3S9HA 2VG6A 4FLYA 2P1JA 1U47A 1LV5A 1JL1A 4Q0BA 3OS2A 2BDPA 4B9UA 3LPTA 4FLWA 1RT7A 4CCHA 4CGGA 3I0RA 4EP5A 2HMIA 3AV9A 3VN5A 3V1OA 1VSLA 4FZYA 3PX0A 4EZ9A 1HYVA 3NCIA 3QEWA 4CEAA 1KLNA 2OZMA 3VQPA 4CJVA 1BI4A 1JKHA 1CLQA 1J54A 1VSJA 4BACA 1ZBHA 3KLIA 3V9ZA 4FM1A 4RW4A 1L3UA 3SZ2A 1T7PA 4BDZA 1HMVA 4FLUA 4OGEA 1A5VA 1WSIA 1Q9XA 1C0UA 1RT5A 3LAMA 1N5YA 4DTXA 2R7YA 2EHGA 1IKVA 1BGXT 1S1UA 3AVLA 3ISNC 1RBRA 3LP2A 3VQ7A 1XC9A 3DYAA 3DRSA 3CQ8A 5HRRA 1CZ9A 3TAMA 4ELVA 1C1CA 3OYEA 4BDPA 1XWLA 4OKJA 3ZSWA 4DFKA 4DSJA 4FZXC 4DTSA 5HRNA 2P5GA 4KHWA 1TAQA 4KTWA 3MECA 2W42A 2HHSA 5SWMA 4UQGA 2X6NA 2Y1IA 5HBMA 3AVCA 4LSLA 1X9MA 5KRSA 1NK0A 1JLAA 1EKEA 1FK9A 4AHSA 4RW6A 4DTMA 3SQ4A 1NKCA 4B08A 1HPZA 4E7JA 1D9FA 1A5XA 1FKOA 2XHBA 2HB5A 4OKEA 4PQUA 1EX4A 1RTHA 3HPGA 2G8WA 4F3TA 5HRSA 2WOMA 4O0IA 3AVJA 3NF7A 4BWJA 2D0CA 4GMJB 3MXIA 4FJMA 3CFPA 3K59A 1L3SA 3KKSA 3HXMA 1WSHA 4WE1A 4YNQA 2F8TA 4DF8A 4I2QA 3HYFA 2PYJA 4I7FA 4DLGA 3SQ0A 1QSSA 1D8YA 1JXBA 2B4JA 3I0SA 1VSMA 3OYAA 3TAQA 3K5OA 2ITGA 1HQEA 4NYFA 1WSGA 4B8AB 1NOZA 3C95A 3V6DA 4O0JA 4FK2A 4KI4A 4W5QA 2OA8A 1QQCA 1SV5A 4CJFA 4OPJA 5J2QA 3TI0A 4KHQA 1NJWA 3ULDA 4CJKA 3OYIA 3AO3A 3PV8A 1XHZA 1GOAA 5EU7A 2HW3A 2HVIA 4FM2A 5JS2A 3V81A 3TAEA 4J2AA 4CEOA 4KB1A 1KTQA 1RDDA 2FC0A 4Z0UA 3QEVA 2KFZA 3NBPA 1JLCA 3SUQA 4KREA 4KKOA 1LW2A 3DLBA 3O4QA 5CYMA 4OLBA 3L8BA 3VA3A 1NJZA 1BL3A 4CJRA 4Y1CA 4HUGA 3D45A 4CESA 5DMRA 1B92A 1BISA 1DTTA 2RPIA 4DFJA 1U4BA 1VSFA 3RMDA 4E1MA 1L3VA 3C6UA 3WNEA 1RTDA 3ZSQA 1ASVA 3SI6A 2ZQBA 1C6VA 2YNHA 2X6SA 3T3FA 2Y1JA 3LP3A 4DTPA 1BCMA 3OYHA 4Q5VA 4H4OA 2WONA 3EYZA 2FBTA 4M3YA 3FFIA 5KTQA 2IC3A 1VSEA 4KO0A 1SUQA 4AH9A 4J2DA 2FBXA 2BE2A 3B6PA 3S3MA 4I9QA 4Z4HA 4B9LA 3RTVA 4W5RA 4DTOA 1K6YA 4KTZA 4FJ5A 4CK1A 1RCHA 1VRTA 1X9SA 2Z1GA 1W9HA 2YNFA 3LWMA 4DSEA 3TANA 4Z4EA 2E6MA 4FJ8A 2HHXA 1BIUA 2FBVA 4CHPA 1O1WA 1TVRA 3MEEA 3OYJA 3AVBA 4ZHRA 5KRTA 1RT6A 4C8KA 1XHXA 2IOCA 3QEPA 1B9FA 4FYDA 3DLHA 3AO2A 3IAYA 4KAZA 3RMAA 1BQMA 4CJEA 1WAFA 3LPUA 4O5BA 3AA3A 3VQ9A 4DFPA 2X74A 4OKKA 3SUOA 4O4GA 1LW0A 4OPKA 4FLVA 5HLFA 4B3OA 4N47A 1G15A 4FJKA 1Q8IA 4AHUA 3TWHA 2NUBA 4E89A 1J9AA 3LAKA 3AO1A 3DM2A 1SL2A 4B9MA 3V9XA 1HQUA 4FJXA 1KVCA 4FJ7A 4NCGA 3K57A 4Z4GA 3VQ4A 4BDYA 3KLHA 4W5OA 3B6OA 4CFAA 4CGDA 4H8KA 3QERA 2A1RA 2HVHA 4I2PA 3WNFA 2DFEA 2O4GA 3CFOA 4CGHA 3SUPA 1S1WA 3OYMA 4CK2A 1Z25A 4DWIA 4PUOA 2AJQA 2G8VA 1Z26A 4ELTA 1JLEA 1I3AA 2YKMA 4CE9A 3ZSOA 4DU4A 5C25A 1KVBA 3ZT1A 4JRQA 3QO9A 4H4MA 1NKBA 1SKRA 3HJFA 4PY5A 2IAJA 2YHBA 4OVLA 3CYMA 3HL8A 5C24A 3ZT0A 3KLFA 4O55A 5HP1A 4OLAA 1BI4B 3ZSZA 1NK8A 3O3GA 3EY1A 1ASUA 2DTUA 3IS9A 3SYZA 1LWEA 3NH1A 1RBTA 3NF9A 1WSJA 3DLRA 4ELUA 1SKSA 1IO2A 4JS5A 2HHQA 1IKYA 3OYGA 4PWDA 1EXQA 3M8QA 4B8CA 4RW9A 4ID1A 1RBSA 1ITGA 1JXEA 2ATQA 2IGIA 3IRXA 4KV8A 4CHYA 1XI1A 3RWUA 4EP4A 4J2EA 3KK3A 2HHWA 5DK5A 1VSKA 2BANA 4CEQA 1KFSA 3KD1E 5CZ1A 3DLKA 4KI6A 2YV0X 1JLGA 1HYZA 4Z4FA 1Y97A 1HNVA 4GW6A 2G8KA 1UAXA 4CJ3A 3NGYA 4DSFA 2VG7A 1DLOA 3OS0A 3WNGA 4IG0A 2E4LA 1T03A 1DTQA 4CJSA 1D5AA 4KHUA 3S3NA 4CFBA 3F73A 3RRGA 1T05A 1WSEA 3UIQA 4BWMA 1FXXA 3LANA 3LZIA 3SJJA 4B9TA 1W0HA 4CFCA 1KVAA 3L2RA 4DS4A 3RMBA 4ICLA 4CF2A 3QETA 3BGRA 4HTUA 4DTRA 5J2NA 3L3UA 1YVUA 3V1QA 4YFUA 3M8PA 5KI6A 3M8RA 1U45A 2G8FA 4FK4A 2ZD1A 3PY8A 1JLFA 3KJVA 4CJLA 2PYLA 4FJ9A 1UOCA 3S3OA 1BIZA 3L3VA 4I9LA 3RMCA 3NAEA 4RW8A 3AVHA 4AHTA 3JYTA 4C8NA 3OYBA 3IG1A 2F96A 3MEDA 1R0AA 4F2SA 4HCBA 1VRUA 3VQEA 4CEBA 3QEIA 3ZSVA 1HRHA 1RT3A 3E01A 5I3UA 5I42A 2ETJA 4Z4CA 3RR7A 2PZSA 1RT2A 4NYNA 3PO4A 1TGOA 4DTNA 4MQ3A 3LDSA 4JS4A 3VQ6A 4FJJA 4N76A 3TAGA 1C1BA 3SQ2A 5C42A 1CXQA 4DTJA 4KFBA 4MFBA 4E7LA 2XY7A 2D5RA 4DSLA 3QIPA 1TAUA 2D0BA 1BQNA 1TV6A 1KRPA 1X9WA 1BHLA 3AO5A 2RF2A 3OY9A 3RRHA 4LH5A 4E3SA 4BE2A 4FLTA 1WAJA 3O4NA 3KK1A 3TAFA 5E41A 4CJUA 3ALYA 4EZ6A 1SL0A 4CHZA 3EZ5A 4F8RA 1NK5A 2HHUA 4AHVA 1S9EA 1ZBUA 3KLGA 3I8DA 4HUEA 1RBUA 1ZBFA 4KHYA 4QCLA 2QK9A 2D0AA 5FROA 4AHRA 1UA0A 4CF8A 4BE0A 4IBNA 5JS1A 3LP0A 1BCOA 4FW1A 1U48A 3VQDA 2A1SA 4JLHA 2HHTA 4DSKA 4DFMA 1J53A 3DI6A 2DY4A 3SUNA 4B9SA 4M3TA 1U49A 1RDCA 4FXDA 2Z1JA 3DMJA 1RILA 3ZT3A 4CEEA 1QE1A 1N6QA 3MXJA 4ID5A 4QAGA 1B9DA 1RNHA 3ZSRA 2KZZA 2VG5A 4FM0A 3VQAA 1HYSA 1A5WA 1S1XA 4DMNA 5T7BA 1NK7A 1KLMA 4LSNA 3QLHA 4W5NA 4KTQA 1CZBA 3TR8A 1YT3A 4OJRA 4CEDA 3CM5A 1NK4A 4C8LA 3MEGA 3KD5E 1J5OA 4Z4IA 4FJNA 1WSFA 1UWBA 4DQPA 5FRNA 4NCAA 2GV9A 3HP9A 1TL1A 2EX3A 3C94A 2G8HA 3QIOA 4IKFA 3DRRA 5HRPA 1TKDA 2XY8A 1JLBA 2IDOA 1NK9A 3ZT2A 4M45A 1NKEA 4O44A 1SL1A 2P5OA 1KCFA 3DRPA 1L5UA 2YHAA 2X78A 4LY7A 1NK6A 2VWKA 5KGWA 2DFFA 3L2UA 3K5NA 2JLEA 4E1NA 4M3ZA 1QS4A 2Q3SA 4CECA 1L3TA 3NH0A 1IH7A 1TK0A 4M3WA 3P1GA 3TARA 1D9DA 3K5LA 2ZE2A 3OYKA 4KHSA 2OPPA 4AILC 4FCYA 4CIEA 3PX4A 3D0PA 1YTUA 1RT1A 3O3HA 4BE1A 3VQ5A 4F2RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SPZA 3B8AX 1NJYA 4RCHA 4FVMA 3T19A 5LJVA 4L8RB 5KQ8A 1EETA 3P83D 3O5BA 5SZTA 4JI3K 1VSDA 2XY5A 4DQ8A 2NNWA 4IG3A 5FRMA 2QXFA 3AVGA 5M1FA 4DQQA 3HVTA 2CGLA 5HL7L 3THYA 5JLFA 3SQ1A 5M1OA 2I7NA 3J7AP 4V19S 3V9WA 4BVPA 3CFRA 3DAWA 4CFDA 3NDKA 1VSIA 4R5PA 3G10A 1ZBIA 4B9QA 4LD0A 3K58A 1FKPA 3ZLJA 3G25A 3WXMB 4Y1DA 2W41A 3OYLA 4K8ZA 3NHGA 4BR5A 2VWBA 3VEWA 1YI2N 4CHQA 3QNOA 2H3GX 3VPZA 4XH4A 4MDBA 1SKWA 4YOTA 1HJRA 1IKXA 2E88A 4DS5A 3SV4A 3CJAA 3WT0A 2O4IA 3HP6A 1ZC6A 2E6LA 3D2FA 1NOYA 5C0YA 2ITMA 5EVZA 2D0PA 5C2FA 2JGUA 3T1AA 4DR1K 3NF8A 1DEJA 4UY8O 1CXUA 4CEFA 3NE6A 4CI6A 4A62A 4E7HA 3AVKA 3SBGA 3L2WA 4N41A 4FLZA 4LF5K 3HPHA 1LAVA 1S9GA 3NGZA 3ZYYX 3EN9A 1XQSC 3DOLA 1VQ8N 1TL3A 3HZ6A 3ASMA 1C0MA 3AAPA 4CZLA 4CK3A 2Z1HA 3AA2A 3C7NB 3CC7N 2IVNA 3KVGA 1WLJA 1OVYA 3CXCM 2E2PA 3AVNA 4IO8A 1HLUA 4MO5A 2NZTA 4JKGA 4N56A 2A42A 4CGFA 3JXUA 5GIPA 1IBKK 1NGBA 1BA1A 2IIRA 4YORA 4DR5K 3U3YA 1RT4A 4CJ5A 3QEXA 3HO1A 2YNGA 3KLEA 3AA5X 4HHTA 2YKNA 2QKBA 4X62K 2YCHA 4RG8A 1S3XA 2A41A 2VG6A 4FWQA 4DV1K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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