5SWMA

Bacillus halodurans rnase h mutant d132n in complex with 12-mer frna/dna hybrid
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
IIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Limits of RNA 2'-OH Mimicry by Fluorine: Crystal Structure of Bacillus halodurans RNase H Bound to a 2'-FRNA:DNA Hybrid.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2016-08-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5swmA00
3AV9A 5CY4A 3SUQA 3OYKA 3OYIA 2EX3A 4DSJA 1BQMA 4QOZB 1RTIA 2HNZA 3VQCA 3O4QA 2E6MA 4NCGA 4Z4HA 3V81A 3BGRA 4B9NA 4M3YA 3DLKA 4E7JA 2XY6A 4CEDA 4CFCA 3OYFA 3TI0A 4QAGA 3LWMA 1S1XA 3KLIA 1X9WA 3IAYA 4FJXA 1S1UA 1A5WA 2XY8A 5J1EA 5CZ2A 1QHTA 2OPPA 4CEBA 4BE1A 4DSFA 2YKMA 4LSLA 2IDOA 3MECA 1VSKA 1DTTA 3S9HA 1BGXT 1QSLA 1BHLA 3L2VA 1VRUA 4LSNA 4DFMA 3AVHA 1DLOA 4DMNA 4OLBA 1TKZA 1RILA 2KQ2A 3NF7A 1CXUA 3HYFA 1FKOA 3C6TA 4OPJA 3RRGA 4KI4A 4NCBA 3AO5A 4KHSA 2P51A 1NJWA 5FROA 5KGXA 3VQAA 1TV6A 4E7LA 1RBRA 4KFBA 4AHSA 4DS5A 3ZSOA 3RMBA 3CG7A 1KLNA 2E4LA 2ZQBA 4BDYA 3AVJA 3V4IA 4CGDA 2VG6A 1RDAA 4C8LA 2IOCA 1HYZA 2HHTA 4FJ9A 1C0MA 3TWHA 1HQUA 3ZSYA 3DLGA 3KK1A 4DSKA 3NCIA 3KD5E 2HHQA 3D45A 4AILC 4K8XA 1T03A 4HVJA 5KRSA 1RTJA 2Z1HA 3EZ5A 4DFJA 3RMAA 1BL3A 2BE2A 4E89A 3IS9A 1QSSA 4KAZA 2HB5A 1ASVA 2YNIA 5KGWA 5T7BA 2A1RA 4F3OA 3T3FA 2P1JA 5C24A 1GOBA 3VQEA 2HHUA 1KVAA 1I39A 3AO4A 3HP9A 3QIOA 3KK2A 3NF6A 2RKIA 1BCOA 1TGOA 4DS4A 1B9FA 4N5SA 3QERA 2JGUA 3OJUA 3NAEA 3RRHA 4OGEA 5KI6A 1NK6A 3O3GA 1WAFA 3RWUA 2OYQA 2HNYA 1SKRA 2F8TA 4M3UA 4F3TA 1TVRA 3QLHA 5J2QA 1D9DA 4FJGA 4H4OA 3AA5X 4DLGA 4DU4A 4CJ3A 2E6LA 4CHNA 3AVFA 3NE6A 4DTMA 4FLZA 5HROA 1CZ9A 1NK7A 2O4IA 2A1SA 4KHUA 3KLFA 3TAFA 1TAUA 4OVLA 4FK2A 1ZBLA 3VQQA 2HHSA 3V9ZA 4DTPA 3QNOA 3TANA 1C6VA 4W5NA 2XY5A 1JLQA 1RT2A 1NJZA 4I9QA 2VWKA 3AVIA 2ZD1A 5HRRA 4I2PA 3QEWA 4F4KA 4M41A 2OA8A 1EETA 3H08A 4CK3A 4FM1A 2YNHA 4CK1A 3KKRA 4I7FA 1WSFA 1ZYQA 4FLVA 3P5JA 3I8DA 2IS3A 3MXIA 1J54A 1WSJA 3L2QA 4NCAA 4N47A 1JLAA 4JS5A 4FJHA 1TAQA 2IC3A 3C95A 4Z4FA 3QINA 3VQ7A 2G8FA 1UWBA 3THVA 1T7PA 4J2AA 4IFYA 3ULDA 2X78A 3L3UA 1D9FA 4FLXA 1RBUA 1D5AA 4JLHA 4FVMA 3HM9A 1NOZA 3HPGA 5C25A 3CFPA 2KW4A 4M3RA 3DLEA 1Y97A 3NBPA 4CFDA 3QEXA 1B92A 3RTVA 1VRTA 4WE1A 2DTUA 1A5XA 3NFAA 3HXMA 1QE1A 3A2FA 2F96A 1U45A 2G8UA 3KKSA 3HPHA 2OZSA 4FK4A 3ZSVA 4YNQA 4IG0A 3DYAA 4KO0A 5KRTA 1C1CA 3K5MA 1ITGA 2OPQA 1FKPA 4OKKA 1IKXA 4DTUA 2HMIA 4CECA 4EZ9A 2W42A 3AVKA 3DM2A 3AA3A 4KV8A 2IGIA 3NGIA 1GOCA 3OVNA 4CIGA 3F73A 3QO9A 3SJJA 1NKBA 4KREA 5I3UA 5SZTA 4KB0A 2ZE2A 1VSDA 5HBMA 3NGZA 2BDPA 4KRFA 4Q5VA 4C8MA 1IO2A 4E1NA 1N6QA 3VQ6A 3OYMA 3LAMA 4YFUA 5HP1A 2HVHA 3OS1A 4DU3A 2KTQA 2HHXA 3SZ2A 5E41A 4CHZA 2OPRA 1RT5A 3KLGA 1JLCA 4CE9A 2G8KA 3MEEA 4G1QA 2RF2A 2Q3SA 4O44A 3ZT1A 1YVUA 1T8EA 4CF9A 2IAJA 1J53A 1SL1A 3SCXA 2VG7A 4Y1CA 4HHTA 3HK2A 4I2QA 1U4BA 1IKVA 4FK0A 4W5RA 5J2NA 4F2SA 4CEFA 2G8IA 3SQ0A 4N41A 5KTQA 1JXEA 4B9SA 5J2MA 3M8SA 3RMCA 1L3VA 4E7KA 3JYTA 2G8WA 3JSMA 4KHNA 4HTUA 3ZSQA 4PY5A 5C42A 2YV0X 3KD1E 3K57A 1EP4A 3HJFA 4Q0BA 1Z26A 5DMRA 4JRPA 2VG5A 3ZCMA 3B6PA 5CYQA 2LSNA 4DTRA 3HVRA 3VQ8A 4CJQA 4M3XA 1IG9A 3V9SA 4HUEA 2X6SA 1RBTA 4H8KA 3LP3A 4GW6A 1HMVA 3OS2A 2R7YA 1JLBA 3SQ1A 4ELTA 2FBXA 1HQEA 3AVLA 3K2PA 4BWJA 3V9WA 4M3ZA 1RTDA 3SUPA 1ZBFA 4FJ7A 1ZBIA 1KTQA 3G0ZA 4ICLA 2P5OA 1FXXA 2F8SA 3RR7A 4KHQA 1BIUA 4CF8A 1VSJA 3DOKA 3KK3A 1LWFA 4DTOA 3DRRA 1UA1A 1NK4A 1KSPA 4MQ3A 4KHWA 3NH0A 4W5QA 1UAXA 3OYLA 4FW1A 1XC9A 1WSIA 3QESA 3PO5A 4FJLA 4DTNA 3IRXA 4FM2A 1CXQA 3CYMA 4EP4A 1HNIA 3LPTA 3TR8A 4AHCA 3LWLA 1XWLA 3QEVA 3P83D 3VQ4A 1KVCA 1WSGA 4OPKA 4KTQA 2X6NA 4AHTA 2YHBA 4BDPA 1C0TA 1SV5A 2ATQA 4CGFA 2PZSA 1LAWA 1XI1A 5D3GA 3OYBA 1LW0A 1W9HA 2PY5A 1VSIA 1HPZA 1RCHA 3ASMA 4CJ5A 4IKFA 4OLAA 4RW8A 4CF0A 3PY8A 2ETJA 3OYDA 3HP6A 4IG3A 3OS0A 1KLMA 1Z25A 4B9MA 4CJFA 3G10A 3SNNA 3DI6A 4W5TA 2VWJA 4DSIA 1L3SA 4FJMA 4ELUA 1X1PA 4DQIA 4E7HA 3CFOA 4CJPA 1KRPA 3OYNA 4RW4A 3PX4A 4B9TA 3VA0A 2YNGA 3O4NA 3ALYA 4CHQA 4FJKA 2D0CA 3M8RA 1VK0A 4CHPA 2KZZA 1IH7A 1ZBUA 4ZTJA 3MAQA 4CCHA 3U3GA 3SV4A 4DTJA 4KB1A 5CYMA 2XO7A 4F8RA 2FBVA 4CIFA 1W0HA 4DF4A 1RBSA 1EKEA 3DMJA 4CGJA 5HRPA 1LAVA 2DFFA 1ASWA 3B6OA 4C8OA 4OKEA 2ITGA 3LP1A 3HL8A 3KLEA 4KTWA 4Z4GA 4F2RA 2AJQA 4DFPA 1NK8A 4PWDA 2B4JA 4QCLA 1RT6A 4DG1A 3VN5A 3ZT4A 2O4GA 4AHRA 1REVA 3SQ4A 4RW6A 1EX4A 4O0JA 4DLEA 3VQ5A 4CJUA 4O5BA 4DTXA 5I42A 2XRIA 1S6QA 2JLEA 4PQUA 1BISA 4CHOA 3LP0A 3MEGA 3OYEA 1TL1A 4BWMA 5J2PA 3TAEA 1TKDA 4CFAA 3DLHA 1X9SA 3VQ9A 1RNHA 3EY1A 3QNNA 1SKWA 4E19A 2Y1IA 2KFNA 3QEPA 4J2EA 1LWEA 3M8QA 4IDKA 4KKOA 2HHWA 3O3FA 4FW2A 1VSLA 1J9AA 3SUNA 3L2WA 3T19A 1L3TA 1WN7A 4B8CA 1J5OA 2GBZA 1QS4A 3TAQA 1NKEA 2BGGA 4N76A 1JL2A 2X74A 4B9VA 2WOMA 4CEOA 1S6PA 5FDLA 4CJWA 4OJRA 1CZBA 1HJRA 1QQCA 1EXQA 4CF2A 5HRNA 3V1RA 2XHBA 4DFKA 3HO1A 4FXDA 4E1MA 3QETA 4OGCA 3UIQA 3ISNC 4Z0UA 2RN2A 4IBNA 4DU1A 4N56A 3ZSWA 4KPYA 1R0AA 4AH9A 4EP5A 4IFVA 4M3WA 3NF8A 1NOYA 3V9UA 1HYVA 1UOCA 4CEEA 4FLTA 2FC0A 4RG8A 3TAGA 4E0DA 3SI6A 4OKJA 1U49A 4M42A 2WONA 1GOAA 1O1WA 4CGGA 1JL1A 4FZZA 3L2UA 2QKBA 1LV5A 3AA4A 2HHVA 2KFZA 1YTAA 2DY4A 4NYFA 1A5VA 4I9LA 4HUGA 4TSXA 4DQPA 4JS4A 3PX6A 4ELVA 1C0UA 4KI6A 2PYJA 3RR8A 1NJXA 3D0PA 5FRNA 1NK0A 1U47A 4HCBA 1HYSA 3T1AA 4ZTFA 2QXFA 2D0AA 1S5JA 3ZSRA 4CK2A 3PV8A 2G8VA 4DSLA 1KCFA 1WLJA 4GVMA 4B08A 4FZXC 1TK8A 3AVCA 4CFBA 1S1TA 3E01A 3OYAA 4PUOA 4ZHRA 1SUQA 1X9MA 1NK9A 1MU2A 1RT7A 3ZSXA 3OYJA 4DQSA 4DQRA 1DTQA 3MXMA 4BACA 3C6UA 1KVBA 4AHVA 4CHYA 1HRHA 3AO3A 1RT4A 3HT3A 4CEZA 3NH1A 4KHYA 3V1OA 1BIZA 1S9EA 3VQDA 3OYGA 4FYDA 1T05A 2GUIA 4DQQA 1ASUA 3NGYA 4FZYA 1C1AA 4CIEA 5JS1A 3TAPA 1Q8IA 3TAMA 1TKTA 4B9UA 2OZMA 3K5LA 4LH5A 1D8YA 4DF8A 2DFEA 4CJEA 3NHGA 3SQ2A 3MXJA 3DRPA 1KFSA 4FJJA 1U04A 1RTHA 1K6YA 3SV3A 1WSEA 1ZBHA 2HW3A 2YHAA 2Z1IA 3KLHA 4FCYA 1NK5A 1QTMA 2RPIA 1TKXA 1RT3A 3M8PA 3ZT3A 4Y1DA 4FJIA 2EHGA 2YNFA 4R5PA 5HLFA 1NKCA 3P1GA 3AO1A 3QIPA 3I0RA 4CGIA 3L2RA 3ZSZA 1JLGA 1SL2A 3U6FA 3VQPA 4H4MA 1TL3A 3HSTB 4O4GA 1LW2A 4CEQA 1RDDA 3V9XA 1B9DA 3KTQA 3HVTA 3SPZA 3K5NA 3SYZA 2PYLA 3O3HA 3CQ8A 5HRSA 4W5OA 1G15A 3QEIA 4M45A 1SKSA 2KZMA 5CZ1A 1RDBA 1TK5A 3F9KA 2QKKA 2D5RA 3PUFA 1BI4B 4UQGA 1BCMA 1UA0A 2D0BA 2I5JA 3AO2A 5DK5A 3AVGA 3S3NA 2QK9A 3VA3A 4DSEA 3U3YA 3C94A 2YKNA 1I3AA 2Z1GA 1YT3A 4KTZA 4CJVA 3OYCA 4AHUA 3DLBA 4L8RB 5JS2A 1VSHA 5EU7A 1HNVA 2HVIA 3CM6A 3PO4A 2OPSA 1WSHA 3V1QA 1QSYA 1IKYA 3FFIA 4Z4IA 4CJRA 1BQNA 4K8ZA 4GMJB 4CF1A 3I0SA 4NYNA 3VQBA 3L3VA 1LWCA 4XIUA 3HPOA 2B6AA 3AVNA 3LDSA 3TABA 1N5YA 5K14A 3ZT2A 3K59A 1KFDA 2Z1JA 3AVMA 4E3SA 1RT1A 3K5OA 3AA2A 4FM0A 3NF9A 2NUBA 1XHXA 3K58A 4JRQA 1C1BA 4DWIA 3PX0A 1SL0A 4HUFA 4O55A 4CESA 3WNGA 4ID5A 2HNDA 1F21A 1RDCA 1S1VA 3IG1A 2BANA 4LY7A 4LH4A 2DFHA 3S3MA 1NJYA 1BI4A 4CJ4A 4E7IA 4J2DA 4CERA 1JXBA 3LANA 4B3OA 3ZT0A 5SWMA 4FJ5A 3KJVA 1L5UA 4PA1A 4RW9A 4C8KA 1VSEA 4Z4EA 4CJLA 3OJSA 1VSMA 3OYHA 3OY9A 3NDKA 4BE2A 4EZ6A 4FJNA 1IKWA 3CFRA 3MEDA 4DTSA 3BDPA 1VSFA 3CM5A 3WNHA 1WAJA 1JLEA 2B5JA 3WNFA 1S9GA 3DOLA 3LP2A 3WNEA 1JKHA 4O0IA 4BDZA 4BE0A 1S1WA 4FLWA 3TARA 3S3OA 1L3UA 4HCCA 1CLQA 4B8AB 3EYZA 4CGHA 4CJKA 2XY7A 2Y1JA 1JLFA 3LAKA 3DLRA 3SUOA 1Q9XA 3KIOA 3LZJA 2GV9A 1U48A 2G8HA 1TK0A 2FBYA 1WNSA 4CJSA 3AVBA 3DRSA 4MFBA 4M3TA 2P5GA 4ID1A 3ITHA 4CEAA 4FJ8A 1FK9A 5FRMA 4FLYA 4J2BA 3V6DA 1YTUA 3NH2A 1XHZA 3RMDA 1Q9YA 4FLUA 4C8NA 3L8BA 4CJTA 3LZIA 3AVAA 4RW7A 1RBVA 4LD0A 4Z4CA 2FBTA 3SPYA 3LALA 4B9LA 3LPUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1W2BM 3VEVA 4B9NA 3O4QA 2E6MA 4NCGA 3V81A 4M3YA 3BGRA 3DLKA 4E7JA 1J6ZA 4CFCA 3OYFA 3TI0A 3LWMA 2XY8A 2Q31A 1QHTA 2Q2RA 3MK6A 5CZ2A 3EKUA 5AQLA 4CEBA 4DSFA 3CJ7A 3MECA 3OHRA 4AF1A 1BGXT 4CBUA 2OCEA 3CD6N 1DLOA 3HOTA 3HYFA 3C6TA 4HTLA 2E8AA 3ZEUB 4KHSA 2P51A 1NNEA 2CGLA 2Q0RA 5TKWA 4AHSA 4DS5A 3RMBA 3J7YP 5C0YA 4FJ9A 1C0MA 4BRKA 3DLGA 2HHQA 3NCIA 3DXMB 3KD5E 3VEXA 3CCSN 5AZJB 4JKAA 1RTJA 3DLLL 3EZ5A 4DFJA 1YXQA 5LY3A 4E89A 3IS9A 2HB5A 4BG8A 5KGWA 4CBXA 3HSCA 3ENHA 3BP8A 1YI2N 2RKIA 4DS4A 4FSVA 1B9FA 3QERA 2O8EB 2JGUA 1K8KA 3QLHA 5AZIB 2VQFK 4FJGA 3AA5X 1NGEA 4H5RA 2O8DB 3MMVA 2E6LA 2HSTA 4WQ5A 3NE6A 1CZ9A 2CGJA 3KHYA 2HHSA 3V9ZA 3TANA 2XY5A 3Q7BA 2J4RA 4CZGA 2A42A 4F4KA 4B3MK 1KAXA 4IJAA 4CK1A 3KKRA 3WXMB 1WSFA 1ZYQA 3GOIA 1J54A 4BRHA 1TAQA 2IC3A 2FSJA 1V4TA 5JMVA 4YOTA 4IFYA 3ULDA 2HBJA 3AAPA 2FSKA 1RBUA 1D5AA 1VHXA 2KW4A 4M3RA 3DLEA 4CFDA 2YHWA 3RTVA 4JI4K 3I8BA 1QE1A 1U45A 2G8UA 3WXLA 3KKSA 4IG0A 1GLLO 4KO0A 5KRTA 2QM1A 1ITGA 1IKXA 4BRCA 1N32K 4PKGA 4CECA 3AVKA 3NGIA 3F73A 4CIGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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