5SWMA

Bacillus halodurans rnase h mutant d132n in complex with 12-mer frna/dna hybrid
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
IIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Limits of RNA 2'-OH Mimicry by Fluorine: Crystal Structure of Bacillus halodurans RNase H Bound to a 2'-FRNA:DNA Hybrid.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2016-08-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5swmA00
4C8OA 4RW4A 1RT4A 1UAXA 1HNIA 3EY1A 1A5WA 3KD5E 1JL1A 1LWEA 1LAVA 3I0SA 3KLIA 4I9LA 3ZSYA 4FLUA 3SQ4A 2G8HA 3LP2A 3NGZA 1NOYA 1T8EA 2P5GA 1X1PA 1GOCA 2ZE2A 4RG8A 4G1QA 3RRHA 4RW9A 1LW0A 3AVNA 3VQCA 4CFBA 3CYMA 1DLOA 3L2VA 2PYLA 5I3UA 3MXIA 1SKSA 2QK9A 2D0CA 1QSYA 3MEDA 1ZBLA 1TKTA 3VA3A 4DFJA 4KAZA 4FZYA 3HPHA 4DFPA 3AO5A 1IKXA 1RT3A 1TL3A 1ZBFA 4KPYA 4HUGA 2Z1GA 1RNHA 1YTAA 4E1NA 3L2UA 3SQ0A 4ELVA 1IKYA 4BE1A 2XY6A 3SQ1A 4CF9A 4IG3A 5KRSA 3OJUA 4H4MA 3VQDA 4LH5A 4E7KA 3QNNA 3NGIA 1QS4A 3S3MA 4CGIA 1ASUA 1FK9A 4DQRA 1FKOA 2IDOA 2NUBA 4FJ5A 4E0DA 1L5UA 2G8WA 5T7BA 3PY8A 4QCLA 1B9FA 4CJWA 2DFHA 5I42A 5DK5A 3OYFA 1UOCA 4KRFA 3OYIA 1KLMA 2P51A 1JLCA 3QIPA 1QHTA 3SNNA 4HCCA 4DTPA 1BGXT 1RBUA 3LPUA 2FBTA 1U48A 1B92A 1RBVA 4B8AB 4FLWA 4ID5A 3SPZA 4B9UA 3ZCMA 4M42A 4BWMA 4M45A 3RTVA 1LV5A 1TGOA 3PO4A 2B4JA 3OS1A 5DMRA 1D5AA 3M8QA 1CZ9A 3HO1A 1QE1A 2E6LA 2EHGA 1WSEA 4FW1A 1XC9A 1U4BA 1D9DA 4DLEA 4BDPA 1VSHA 4QOZB 2QXFA 4KTWA 2F8SA 1O1WA 3AVHA 2OPRA 2OPSA 1S5JA 2YHAA 3ZSXA 3K57A 3SI6A 4DU4A 3SJJA 1HJRA 3HL8A 1RBRA 4CJEA 4IFYA 1CLQA 3NAEA 4M41A 4CJKA 4F3OA 4N76A 1SV5A 4Z4HA 1S1VA 4CF1A 1BISA 4KI4A 3HP6A 4DSJA 3I8DA 4LSLA 3I0RA 4OGEA 3JYTA 3OS2A 4W5OA 3MXMA 3LZIA 1ZBIA 2OPQA 3HXMA 3AVMA 1GOAA 2YNFA 3VQ6A 4CEQA 3S3NA 2KW4A 3ZT3A 4M3YA 5FROA 4DTNA 4CK2A 2HHUA 4MQ3A 4J2DA 4EP4A 4CESA 3NH0A 3TAMA 4CF8A 4DSLA 4FXDA 3KKSA 2HW3A 2R7YA 4M3TA 3TANA 3DI6A 4DSFA 1N5YA 4IFVA 4OKJA 3S9HA 5J2MA 3NH1A 4CK1A 3PX6A 4J2AA 4N41A 4FLVA 1J5OA 4NCAA 3K5NA 4KHSA 1L3TA 5SWMA 1D8YA 4W5NA 1REVA 4DTSA 1X9SA 3O3FA 4KHUA 4B9NA 1U04A 4CEOA 4CHNA 4J2BA 1RCHA 1NK5A 3V1OA 1NJZA 3ZT1A 1HQUA 4KKOA 4FVMA 4CJUA 2JLEA 4EZ9A 3ASMA 3ZSRA 1TK8A 3VQ7A 4BACA 3CFOA 3PX0A 2P5OA 3BGRA 3HVTA 3L2RA 4FW2A 3M8RA 1QSLA 3AVLA 4CEDA 4CECA 1HYZA 3RRGA 4MFBA 1HRHA 1WSGA 3P83D 3AVBA 4E1MA 1KVAA 4NYFA 4FLZA 4I2PA 3TAEA 4F3TA 3C6UA 3LP1A 3LANA 1T03A 4KB0A 4Z4GA 3LP0A 1KRPA 1KFSA 5HP1A 4DF4A 1LW2A 3L2WA 4DTXA 1VRTA 2X78A 3HSTB 1MU2A 1QTMA 3OYDA 1RTJA 3NH2A 2OZMA 3P5JA 3OYKA 3HPGA 1S1XA 2A1SA 4AHSA 3OYAA 1NK8A 1WSJA 3ALYA 4Y1DA 4K8XA 2E6MA 3WNFA 5C42A 3QEXA 2D0BA 2D0AA 1C1AA 2HHSA 4OKEA 4ICLA 3KLGA 1JLBA 4Z4FA 3LAMA 4K8ZA 2OPPA 4CHPA 2IGIA 4KTQA 2YNGA 1JLEA 4OKKA 4B9VA 2Z1IA 1C1BA 3ZT4A 3TAQA 4CJQA 3L2QA 1FKPA 3CFRA 1VSJA 1WLJA 3U3YA 4KHQA 3WNEA 4DQPA 4HUFA 1NK0A 4C8KA 4B9TA 4M3WA 1FXXA 4OLAA 2ETJA 4AILC 3S3OA 1XI1A 4N56A 3VQQA 3F9KA 3KLHA 3DRPA 5EU7A 2IC3A 2WONA 3TAGA 1EX4A 1U45A 3LALA 5JS1A 1HMVA 1RTHA 3K5MA 1U47A 3CG7A 3K5OA 1UA1A 3LDSA 4M3XA 3RWUA 1BL3A 2HHWA 1SL1A 3NE6A 3LWLA 1BCOA 3IS9A 3OYNA 1TKDA 2G8VA 3NF8A 3UIQA 1ASWA 4Z4IA 3SCXA 2YKNA 5KTQA 1TAQA 4KO0A 5HRSA 3KTQA 1VK0A 4CIEA 4GW6A 4JLHA 5J2NA 4DS4A 5C25A 2VG6A 3HP9A 4AHUA 1IO2A 3LZJA 1QQCA 5CZ1A 3AVFA 1S9EA 3QIOA 1HYSA 1BQNA 1J53A 4F4KA 3K5LA 4CHZA 1RBSA 1RDDA 3LP3A 3NDKA 4CHOA 4KHNA 2HVHA 3ISNC 4CEBA 3QEPA 4WE1A 2D5RA 3PUFA 3OYMA 3AVGA 3CFPA 1NJWA 4OLBA 4DFKA 2OA8A 4JS5A 1JLQA 1I3AA 1J54A 3MXJA 3QINA 4W5RA 3SV4A 4EZ6A 1W0HA 3RMBA 3NCIA 4HVJA 2HHXA 4FJIA 2F8TA 1N6QA 1NKCA 2P1JA 4Z0UA 3T3FA 3L3UA 4I9QA 3OYGA 3JSMA 1S6QA 4FJMA 4LD0A 3OYHA 2HNDA 4DQSA 4HHTA 3AA4A 3V81A 4TSXA 1EP4A 3DOLA 5CZ2A 1NK6A 2YNIA 1Z26A 4IDKA 3C95A 4I2QA 3QO9A 4CJRA 1BI4A 2XO7A 3DRRA 3WNGA 3PV8A 1C1CA 4CJVA 2KZZA 4F8RA 4FJ9A 5HRPA 3KLEA 3TABA 4PY5A 5KGXA 1F21A 3V9UA 1BIZA 4GVMA 4M3UA 2BE2A 1SUQA 3CM5A 3TARA 3ITHA 3KIOA 4OGCA 4CJFA 1CZBA 3M8PA 3OYEA 4JRPA 3VA0A 3TI0A 4CHQA 4CGGA 3QESA 1JXEA 1TVRA 1S6PA 2O4GA 2YKMA 1NK4A 1UWBA 2B6AA 3VQ9A 1IG9A 3KD1E 5KGWA 4KI6A 1KVBA 2GUIA 4FLYA 4OPJA 4FM2A 3SUOA 5KI6A 2G8UA 3NBPA 1RTIA 3ZT0A 4FZZA 3HM9A 4BDYA 1T7PA 2PZSA 3AA5X 3RR7A 4CCHA 4DTRA 3DLKA 4CJPA 4CE9A 4FJ7A 1RDBA 2ZQBA 4BE2A 3VQPA 3SQ2A 4CFDA 1L3SA 4L8RB 4CF2A 1TV6A 3NGYA 4DU1A 3V1QA 4CEZA 4CHYA 1RBTA 4W5TA 4FZXC 3VQ8A 4JRQA 1IKWA 2XY7A 1DTTA 1NJYA 1KFDA 4RW8A 1NKBA 3PO5A 4CJLA 5K14A 1KTQA 3H08A 4DG1A 3RMAA 2FBVA 1YTUA 2ITGA 2RF2A 4GMJB 1KCFA 1SL0A 4IG0A 3KK2A 4CIFA 4B9SA 4ID1A 4PUOA 2VG7A 4OVLA 5C24A 4E3SA 1KSPA 1WAFA 4RW6A 3NF6A 4C8NA 5JS2A 1S1TA 2KFNA 3DMJA 3T1AA 4CGDA 3RMDA 1RTDA 4LSNA 1WSFA 2X6NA 3ZSWA 4YFUA 3D0PA 3OYJA 2GV9A 3AO3A 4O0JA 4O55A 3VN5A 1WNSA 3K2PA 3C94A 4E89A 3KJVA 4E7IA 4BDZA 2HVIA 3G0ZA 1LWFA 2HB5A 2XHBA 1X9WA 5FRMA 1C6VA 2EX3A 3NF9A 3VQ4A 1YVUA 3F73A 4FCYA 3VQAA 3DLHA 3EZ5A 4CIGA 4M3ZA 4LY7A 2DY4A 2Z1HA 1NK9A 5J2QA 1LWCA 1BHLA 3ZT2A 1VSDA 1VSLA 2OZSA 4Y1CA 4DTJA 5J1EA 2KFZA 3B6PA 2JGUA 3LAKA 3DLGA 1T05A 4DU3A 4IBNA 4F2SA 2DTUA 4AHTA 4CJ3A 3QERA 1ASVA 1WSHA 4PA1A 4CGJA 1IKVA 3V9XA 1XHZA 2Y1JA 1Y97A 4Q0BA 2G8KA 3BDPA 1WSIA 2XY5A 1ZBHA 1TKXA 3CM6A 3HYFA 2HHTA 4B08A 4FJXA 4AHRA 5SZTA 2HHQA 4I7FA 4HCBA 4FJKA 1C0MA 1X9MA 2PY5A 4DSEA 1TAUA 4H8KA 2E4LA 4DMNA 4PQUA 1EETA 2YNHA 4CJ4A 4FM0A 1WAJA 3PX4A 2YHBA 4FM1A 3K58A 4FJ8A 3KK1A 4KREA 3DLRA 3DLEA 3MECA 4CFCA 1IH7A 4XIUA 1BI4B 1VSFA 2Z1JA 3IAYA 3NFAA 4C8LA 3ZSOA 3OY9A 2QKKA 4FYDA 1VSIA 2W42A 1D9FA 1SL2A 2FBXA 3QEIA 4FK4A 1NJXA 3MEGA 3MEEA 2ATQA 4O4GA 5J2PA 4B9MA 4IKFA 4FJHA 4NCGA 3K59A 3QEWA 1Q9YA 2KZMA 1UA0A 4DSIA 4FJNA 3HT3A 3AO1A 5FDLA 4DLGA 2BDPA 1VSMA 3NHGA 3RR8A 4R5PA 1A5VA 4Z4CA 1J9AA 4OPKA 5HROA 3SUNA 1JLGA 2VWJA 1I39A 1LAWA 4H4OA 3O4NA 3ZSVA 4EP5A 3V9WA 4DTUA 4W5QA 2X6SA 4N5SA 3KLFA 2LSNA 4FK2A 1EKEA 3KKRA 4CGHA 1RT5A 4KHWA 4DFMA 3QETA 3VQEA 1WN7A 4RW7A 4DWIA 1L3UA 3HK2A 1A5XA 3O3GA 1R0AA 4AH9A 2VG5A 4KV8A 4B3OA 3HJFA 3DLBA 4CGFA 1TK5A 1RDCA 3V9SA 1S9GA 2HMIA 5FRNA 3V1RA 1KLNA 2QKBA 3AVIA 3AV9A 4KFBA 2FC0A 1ZBUA 5E41A 2ZD1A 3THVA 2IAJA 3SZ2A 2GBZA 2X74A 2IS3A 1JKHA 1RT2A 2XRIA 3V9ZA 3AA3A 3SV3A 3KK3A 1CXQA 1HQEA 1S1WA 1BQMA 2WOMA 3TAFA 2F96A 4E7JA 2PYJA 1JLAA 3C6TA 1K6YA 3L3VA 3U3GA 3WNHA 4DF8A 1ZYQA 1RT1A 4O44A 1C0UA 4C8MA 4CEFA 3TAPA 5HBMA 3NF7A 1EXQA 1YT3A 1NK7A 1QSSA 1HNVA 2KQ2A 4B8CA 4CEAA 3HPOA 4CK3A 2G8FA 2RN2A 4CJSA 4DTMA 1HYVA 3AO4A 3G10A 2YV0X 3EYZA 4DTOA 3LWMA 3VQ5A 4F2RA 4PWDA 4O0IA 3DYAA 5HRNA 1S1UA 3IRXA 1TK0A 4ZTFA 2A1RA 4J2EA 4KHYA 1XWLA 3AVCA 4CJ5A 1XHXA 5KRTA 3B6OA 3IG1A 3RMCA 4FK0A 2G8IA 4FJJA 3OJSA 3OVNA 1JL2A 4DSKA 3SUQA 4UQGA 1Q9XA 4Q5VA 4Z4EA 3V4IA 3SYZA 4FJGA 3P1GA 3OS0A 3SPYA 4E7LA 4DQIA 1VSKA 2B5JA 1G15A 3DOKA 3O3HA 2DFEA 2HNZA 1NKEA 2BGGA 4CFAA 4FLXA 4HUEA 4BE0A 3AVKA 2RPIA 4HTUA 5D3GA 3LPTA 4LH4A 4AHCA 3D45A 4ZHRA 4DS5A 1C0TA 3AO2A 2OYQA 1RILA 2O4IA 1RT7A 4O5BA 5CYQA 4NYNA 4CF0A 3QNOA 2XY8A 4YNQA 5HRRA 3A2FA 1U49A 4CERA 2Y1IA 2BANA 3OYBA 4FJLA 5HLFA 4ELTA 4FLTA 3ZSZA 3TR8A 4N47A 4BWJA 1JXBA 1ITGA 3DRSA 3SUPA 3HVRA 3FFIA 3TWHA 3U6FA 1L3VA 4ELUA 4ZTJA 1RT6A 1TL1A 3AVAA 3VQBA 3CQ8A 3QEVA 3V6DA 4KB1A 1KVCA 4NCBA 3ULDA 1CXUA 1Q8IA 1VRUA 4QAGA 4CJTA 1B9DA 1GOBA 2VWKA 3AVJA 4JS4A 4B9LA 1DTQA 4E7HA 4OJRA 2Q3SA 1Z25A 3DM2A 5CYMA 1HPZA 2FBYA 1BIUA 2HHVA 2HNYA 1W9HA 3OYLA 2KTQA 3QLHA 4KTZA 1VSEA 3L8BA 5CY4A 1SKRA 2IOCA 3MAQA 3ZSQA 4AHVA 3AA2A 3O4QA 3T19A 4CEEA 3OYCA 4M3RA 4DQQA 3E01A 1NOZA 3M8SA 2I5JA 1RDAA 2DFFA 2RKIA 1JLFA 2AJQA 4E19A 1SKWA 1BCMA 1TKZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RT4A 5AQPA 4I9LA 3SQ4A 2Q31A 4MDBA 4LF5K 1NGAA 1T8EA 2P5GA 2ZE2A 4CZJA 3CYMA 2PYLA 3FFKB 5AJ3K 2VGMA 4XH1A 1QSYA 1TKTA 4DR5K 1GLFO 1RT3A 3B8AX 2Z1GA 3L2UA 3SQ0A 4E1NA 2OTJN 4BRNA 3MN5A 4CF9A 4CZIA 4IG3A 4H4MA 3NGIA 3H1QA 3GE1A 4YY3K 4E0DA 2G8WA 5T7BA 1EWQA 2QWRA 5I42A 2DFHA 5DK5A 4K43A 3QIPA 2P9NA 3KZBA 3NMUA 1RBUA 2E2PA 2FBTA 4H0YB 1RBVA 4FLWA 4B9UA 4DR6K 4BWMA 3RTVA 1TGOA 1CZ9A 3HO1A 3I55N 1VSHA 3CQYA 3QDKA 4KTWA 1WBDA 3CCEN 2F8SA 1YJ9N 3GL1A 1HLUA 2RHKA 3HL8A 5AR0A 4EAHD 4DV1K 4CF1A 1BISA 3OS2A 3MXMA 3VQ6A 3S3NA 3U4LA 5FROA 4DTNA 2QWNA 1YVNA 2HHUA 1JCFA 1IG8A 4EP4A 5CR4A 2Q36A 1K73O 1Q81O 2HW3A 1N5YA 3TTCA 2UXBK 4FLVA 1BA0A 2Q1NA 4A57A 2E88A 4CHNA 4MLEA 4KKOA 4FVMA 4A5AA 5AQXA 1Y64A 4BC5A 1M90O 4BACA 3CFOA 3HVTA 4DV4K 1OH7A 4MFBA 1HRHA 1X3NA 3LANA 1T03A 4Z4GA 1KXPA 1KFSA 5AQZA 3SBTA 3UKRA 4CZHA 1NWKA 3BY5A 3HSTB 3O1BA 1MU2A 4DQ8A 4H5NA 3NH2A 3HPGA 1S1XA 3O4WA 4XH4A 2ZGYA 4AHSA 3ATVA 3ALYA 4Y1DA 4DHYA 2E6MA 3WNFA 1Z6RA 1C1AA 4BR9A 2P9NB 1JLBA 4K8ZA 4FWNA 4CVNE 4IO9L 3S41A 3HI0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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