The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
116
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sequence length |
367
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structure length |
363
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Chain Sequence |
GAFLDKPKMEKHNAQGQGNGLRYGLSSMQGWRVEMEDAHTAVIGLPSGLESWSFFAVYDGHAGSQVAKYCCEHLLDHITNNQDFKGSAGAPSVENVKNGIRTGFLEIDEHMRVMSEKKHGADRSGSTAVGVLISPQHTYFINCGDSRGLLCRNRKVHFFTQDHKPSNPLEKERIQNAGGSVMIQRVNGSLAVSRALGDFDYKCVHGKGPTEQLVSPEPEVHDIERSEEDDQFIILACDGIWDVMGNEELCDFVRSRLEVTDDLEKVCNEVVDTCLYKGSRDNMSVILICFPNAPKVSPEAVKKEAELDKYLECRVEEIIKGVPDLVHVMRTLASENIPSLPPGGELASKRNVIEAVYNRLNPY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for the Mn2+-dependent activation of human PPM1A
rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Protein phosphatase 1A
|
| total genus |
116
|
| structure length |
363
|
| sequence length |
367
|
| ec nomenclature |
ec
3.1.3.16: Protein-serine/threonine phosphatase. |
| pdb deposition date | 2009-01-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00481 | PP2C | Protein phosphatase 2C |
| A | PF07830 | PP2C_C | Protein serine/threonine phosphatase 2C, C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Phosphatase 2C, C-terminal domain suprefamily | ||
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Phosphatase 2c; domain 1 | PPM-type phosphatase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5ITI A; 4DS8 B; 2ISN A; 3ES2 A; 3UJG B; 2Y09 A; 2XZV A; 3NMN B; 4N0G A; 2IRM A; 3UJL B; 3PU9 A; 3KE6 A; 2JFS A; 2P8E A; 2IQ1 A; 2POP A; 4RAF A; 4LA7 B; 3F79 A; 5F1M A; 2JFT A; 3RT0 A; 2POM A; 4RA2 A; 1TXO A; 3FXJ A; 2V06 A; 3W42 A; 3FXM A; 4WVO B; 4OIC B; 3T91 A; 4YZH A; 3W43 A; 3D8K A; 2PK0 A; 4DA1 A; 5JO2 B; 2CM1 A; 3FXO A; 5JO1 B; 3ZT9 A; 4LG5 B; 3T9Q A; 3W40 A; 4YZG A; 2PNQ A; 3JRQ A; 2J82 A; 3MQ3 A; 2J4O A; 3W41 A; 4JND A; 2I44 A; 3FXK A; 1A6Q A; 4LGA B; 3KDJ B; 3KB3 B; 3ZVU B; 4RAG A; 4LGB B; 3NMT B; 3FXL A; 3RNR A; 3W45 A; 3UJK A; 3QN1 B; 2J86 A; 3NMV B; 3N3C A; 2JFR A; 3EQ2 A; 5D2U A; 2I0O A; 3W44 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4A0Y A; 3CP8 A; 2EFN A; 3D5L A; 3G2B A; 3MCZ A; 1TP4 A; 4KIB A; 4AC0 A; 5DCM A; 3I4P A; 4IHS A; 2XAS A; 1AWC A; 3CMM A; 3BR2 A; 1NH3 A; 2LVS A; 5FKL A; 1X1B A; 3OYC A; 3H0D A; 3HOZ J; 5FO5 A; 3HRT A; 5HDK A; 1QU3 A; 1WQ2 A; 2MAB A; 3M1C A; 1VQ7 I; 2J5P A; 4J19 A; 4E4H A; 1O3S A; 2MYS A; 4M9S A; 3BZ6 A; 3TOA A; 5BPI A; 3GVA A; 4GYI A; 3GTO J; 2R7S A; 3LST A; 4IVN A; 3GTM J; 4HX8 A; 3MZ8 A; 5ILS A; 1SAU A; 2F5E A; 2MW8 A; 5F0H A; 1RIO H; 4KMF A; 1XPX A; 1XGN A; 1Y56 A; 1HOM A; 4XKC A; 4D5C A; 5M3M J; 2P0W A; 1P6R A; 1ETY A; 1TXO A; 3G1M A; 2ZNY A; 2P6S A; 4NUB A; 1E17 A; 1BI2 A; 3M07 A; 4ZYH A; 1XSX A; 4B3A A; 1OFC X; 1F5T A; 4ZDO A; 3S1Q J; 3K4C A; 4C2T A; 4J00 A; 2NYX A; 3L1P A; 3CP2 A; 2W57 A; 3RTR A; 5J3L A; 1BW5 A; 5DM6 F; 1WJC A; 4LG0 B; 5FB2 A; 2L9S A; 2EV5 A; 1MKM A; 2GWR A; 3TKY A; 4G6D A; 1KYW A; 2XSJ C; 5JO2 B; 2WA0 A; 3CME I; 1S3J A; 4HOB A; 2CV0 A; 3K4N A; 4RGR A; 2DLL A; 2I5U A; 2CO5 A; 2XF6 A; 2X85 A; 3E5U A; 2IT0 A; 2NRA C; 1S9H A; 4YZG A; 1IN7 A; 4KIC A; 5IOY A; 4WXH A; 2YS9 A; 3RKY A; 4BKX A; 4IZZ A; 4E7I A; 4BY1 J; 4C3H J; 2M3A A; 4XSZ F; 4I76 A; 5CPR B; 4UB8 C; 3RDI A; 4RMN A; 2YU9 J; 4IIK A; 1ETK A; 2IAI A; 2L01 A; 3E5X A; 2LDU A; 4UHT A; 3HTS B; 3ULQ B; 5K7Z A; 3KB3 B; 2JJ7 A; 1ZRD A; 4RGU A; 4W97 A; 4ZTF A; 1BIB A; 3I64 A; 2P7C B; 2JPC A; 2B0L A; 2JVH A; 2RGV A; 1LFP A; 3KP3 A; 2HGC A; 1PUE E; 2F5F A; 2PX9 A; 4ZTJ A; 2LBF B; 1BI3 A; 2R7R A; 2JFR A; 2LC2 A; 4JX6 A; 2DTR A; 2I0O A; 1XS9 A; 1I3Q J; 2XRO A; 3DEE A; 2O8X A; 3LWF A; 1P7J A; 3V8J A; 5IT3 A; 4ON0 A; 4M3G A; 3BWG A; 2Z1D A; 1Z6R A; 2TRT A; 2LP0 A; 1MDM A; 2LY1 A; 3TQN A; 2KZG A; 3BZC A; 3G1L A; 4ZJZ A; 1NG6 A; 3LMM A; 2NVT J; 3E5Q A; 4A93 J; 3H36 A; 3UJG B; 2EA2 A; 2HOE A; 2OF7 A; 1YJN I; 1DU6 A; 2Y09 A; 3OYD A; 2OCC H; 4Y4R A; 3LSM A; 1I6X A; 3UJL B; 1IV6 A; 2QKL B; 2WY7 Q; 1N75 A; 2K85 A; 1WSU A; 2M5W A; 4B43 A; 3QPS A; 2JA7 J; 2RQP A; 3A4C A; 2WV0 A; 5F6F A; 2EZK A; 3BP8 A; 2XRN A; 5LRR A; 3WTU C; 5K5O A; 2W7N A; 2IQ1 A; 3K70 C; 4L9J A; 2R4G A; 5EJC A; 3MFK A; 3CJQ B; 1KON A; 2IS4 A; 1MNE A; 2M8E A; 5F1R A; 4LLN A; 3PSF A; 4XON A; 5E3O A; 2KIM A; 3FMR A; 2TDX A; 4Q48 A; 2VKE A; 5DUK A; 3TO7 A; 2R7X A; 3DTI A; 1V4R A; 4C30 A; 3J7Z I; 4II2 A; 2DJN A; 5J8F A; 4E7L A; 3S93 A; 2KJC A; 4R1H A; 4DA1 A; 2Z9O A; 3KX2 A; 1V5F A; 4M3F A; 3T8R A; 1PUF B; 2EIN H; 3F6O A; 4RM2 A; 4CYC A; 3RPQ A; 1IRG A; 3ZT9 A; 4MQV A; 3CQZ J; 3PQJ A; 4ABZ A; 4Q4Z F; 1WJB A; 4E7Z A; 1HCR A; 2AS5 F; 1LE8 B; 2HYF A; 2XAF A; 2O03 A; 2FD5 A; 2L9N A; 1YHQ I; 1D8K A; 3F72 A; 5FFZ A; 3HHG A; 2HVQ A; 5EDN A; 2OZU A; 3U1D A; 5J4V A; 2I8D A; 2JA5 J; 3R60 A; 3IAM 2; 1TTY A; 3ABT A; 5KAI C; 3F8C A; 3HEF A; 1V54 H; 3IP4 B; 2DMQ A; 5CVR A; 3SDB A; 4E7S A; 3LAJ A; 2R5Y A; 2LNB A; 1OCP A; 4NHJ A; 2LKS A; 2WAE A; 1LFU P; 3HRM A; 2A6H F; 2HTS A; 1FX7 A; 2R7D A; 5FD6 A; 4IL6 C; 2RN7 A; 1U5T B; 2PN6 A; 4EJV A; 4BBR J; 3CCV I; 3RQI A; 2CG4 A; 1KYZ A; 3IL2 A; 4DW6 A; 4XRS A; 5EEH A; 3TGN A; 1S6L A; 3KPH A; 3F8B A; 1B1B A; 1R4M B; 2M45 A; 1RKW A; 3GEZ A; 5FKN A; 5ED4 A; 4GYG A; 2EB7 A; 3OYB A; 1O3Q A; 1A5J A; 1G3Y A; 4P96 A; 2Y30 A; 2VJI A; 4YIR X; 1QNT A; 2X48 A; 3H9Q A; 2NVU B; 1W5T A; 5LHG A; 2YUS A; 1JT0 A; 3DTE A; 3GYH X; 3SFI A; 5DDG A; 3ESW B; 4BNC A; 3OYK A; 3BDD A; 2L02 A; 2FBH A; 2LLK A; 3OYM A; 2DXI A; 3VEP A; 3M8E A; 4G94 A; 4QTR A; 3IWF A; 1XMX A; 3QYB A; 4MLO A; 4RLF A; 4RB3 C; 3E0J B; 4M6V A; 2ECB A; 3BZK A; 3JAM K; 3VYR B; 1KQ9 A; 2POM A; 3JRD A; 2AQF A; 4HRI A; 2WB1 N; 2DTZ A; 1SVO A; 4P5O A; 2F6C A; 3OYG A; 3RYP A; 2D1V A; 2X51 A; 1JJ8 C; 4RS8 A; 2Q2E A; 1W1W E; 1S5L C; 3HJE A; 2JMW A; 4ZYA A; 3J80 Z; 2K3P A; 4N4N B; 4ASN A; 4AIJ A; 4L0Y B; 5DM7 F; 3GME A; 4F3Q A; 2LTP A; 2ME0 A; 2LY2 A; 1LEA A; 4UY8 I; 2VUM J; 4A3I J; 5CQE A; 3CJN A; 4M3E A; 3HSF A; 3KEQ A; 4BQQ A; 2QLZ A; 3KP2 A; 3Q3S A; 5ICC A; 3ROU A; 1SEU A; 2DMP A; 1MMD A; 4ZYE A; 4DJA A; 2K02 A; 2DMN A; 1BI0 A; 4BEH A; 4IHY A; 2COM A; 2P7V B; 3PQK A; 3ZMT A; 1BOA A; 2AXL A; 4BAC A; 4HDU A; 2QUF A; 5ILU A; 5K5Q A; 4X1E A; 2B9S A; 1B4A A; 4C2U A; 3CC7 I; 4WWC A; 2JUC A; 1MGT A; 1MMN A; 1MMG A; 3LA2 A; 4IRI A; 4OMZ A; 5LGU A; 4JND A; 1YX3 A; 3LOC A; 2M7A A; 4I6Z A; 1SVL A; 1Z91 A; 2EIL H; 2XV4 S; 1YRN B; 4P9F A; 2GOX B; 2MH9 A; 1UEL B; 4XOP A; 4PJN A; 5D4R A; 3DCF A; 1Y1V J; 5H20 A; 2XPU A; 3ZQF A; 1HDD C; 3EPZ A; 3L2V A; 4O6J A; 1YW9 A; 2VOP A; 3OR2 C; 4L0Z B; 4ESB A; 3BQY A; 3K9T A; 5EZH A; 2P5L C; 5HDG A; 3GFI A; 2VT3 A; 4B47 A; 4CCL A; 2HKO A; 3AFH A; 1XGS A; 1R5H A; 2DOA A; 3V42 A; 5EF6 A; 1LDJ A; 1FEX A; 3AG1 H; 2BXY A; 3RJP A; 1XDU A; 1SVM A; 2ADU A; 3ZR8 X; 5HOD A; 3EYY A; 1R1U A; 1D1A A; 1JHF A; 3GBG A; 4K2E A; 2GOM A; 3HOX J; 3S2D J; 4AYB N; 1H9G A; 3WTW C; 5GAH J; 1G8X A; 2PEX A; 1IN4 A; 1XDS A; 3QPH A; 1YQA A; 4YFX F; 3QAH A; 3P9C A; 1CF7 B; 1GVD A; 2ECC A; 1IZ1 A; 2BVM A; 1JTY A; 1AOY A; 3CC4 I; 4OIP F; 4BQO A; 1MJ9 A; 4ZZL A; 2GA1 A; 3F0C A; 4U7D A; 2VLA A; 1HKS A; 2IRM A; 3BT9 A; 3S15 J; 3F22 A; 5B1B H; 3FXR A; 3TL4 X; 3F6V A; 4EM1 A; 2V9P A; 4YG2 F; 2CS3 A; 4B48 A; 1YJ9 I; 1X3W B; 4N9H A; 4FCY A; 1KQ0 A; 5CVV A; 2POP A; 1T6S A; 2OPT A; 2MGQ A; 3HUG A; 3CO6 C; 5EGO A; 2IBD A; 2IGM A; 1W7P A; 1QVT A; 3PNV A; 2V26 A; 1B72 A; 2A3S A; 4IKF A; 3K4B A; 2VIX A; 1LVK A; 2FQ4 A; 3P5J A; 4RDU A; 4EGZ A; 4AVZ A; 1HBX G; 1YS6 A; 2FEZ A; 5IT9 K; 2GQQ A; 1R00 A; 1T56 A; 2JA8 J; 1UAA A; 4FAS D; 4CCO A; 1HF0 A; 3I3L A; 2V1D A; 1GT0 C; 2GXA A; 2Y9Z A; 4IQJ A; 1I1S A; 4OAY A; 1BC8 C; 1Z0X A; 1MBG A; 2F4O B; 4G9Y A; 3WOD F; 5IP9 J; 4DBR A; 3GTP J; 4L9N A; 2K4B A; 3KP5 A; 2B7E A; 2JT1 A; 4UV8 A; 2QEX I; 2RNG A; 4CZC A; 2F4M B; 3HPG A; 2ZXJ A; 3NRV A; 2QSH X; 2ZO4 A; 1WRJ A; 2IS6 A; 3F8F A; 1IDY A; 1FBQ A; 2Z3Y A; 3D0S A; 3ZCO A; 1QPI A; 1JHH A; 1FMW A; 4RAZ A; 3D5R C; 2PJR B; 3FK6 A; 1TBX A; 2O6G E; 3LSR A; 1T98 A; 1OYY A; 2XAJ A; 2CW7 A; 2NS8 A; 2OV7 A; 2UV1 A; 4HW0 A; 5JR3 A; 1TT5 B; 2O0Y A; 1SFK A; 1FNN A; 3BCB A; 1VQ5 I; 1YOV B; 4XN0 A; 2GXG A; 4LIT A; 2EIK H; 1XB4 A; 3HOV J; 3HRU A; 3W45 A; 4DGW B; 3O3K A; 1ZAR A; 1WZ2 A; 1JE8 A; 1ACI A; 3H35 A; 3QOD A; 2KHM A; 3CF2 A; 5AIQ A; 2GZW A; 3K1M A; 4E7K A; 1ZR4 A; 3JRF A; 2X6Y A; 1ZRE A; 3L2Q A; 1TT0 A; 4LB6 B; 2EFQ A; 1MJB A; 2WB1 A; 4KIG A; 3W44 A; 4IEJ A; 4CSW A; 2V1X A; 2WAQ N; 5KNL A; 3PM1 A; 1JKO C; 1IN6 A; 3FBN B; 2ISZ A; 5ITI A; 2DPU A; 3BTJ A; 1VQM I; 3CCY A; 3WE2 A; 3WTS C; 2W82 A; 3R0A A; 2UXN A; 4E7H A; 1SMT A; 3MWM A; 1HW1 A; 2L0K A; 3JR9 A; 3A01 A; 1TWC J; 2JVG A; 1ETW A; 3FIS A; 1SD7 A; 2RKH A; 2QKM B; 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1LJ9 A; 1B8I B; 3OIO A; 1P2F A; 2R5Z A; 2HEO A; 1YS7 A; 2HTJ A; 4LFU A; 1FTT A; 5EZG A; 2ICW G; 1T2K A; 4GCV A; 2CUF A; 2HQ5 A; 3LSH A; 4Y7N J; 3HOY J; 4ENK A; 2OD5 A; 3U1K A; 3L2C A; 3B02 A; 3QN1 B; 4WK8 F; 2A61 A; 3W3C A; 3EQ2 A; 1O3T A; 3ASN H; 1I5Z A; 5GAD J; 1FOW A; 1Z3X A; 4C9Y A; 3OOU A; 4ZC3 A; 1IO2 A; 1TW2 A; 1DUX C; 4HPQ A; 3VDX A; 3VOD A; 3F8M A; 4DYR A; 2K3F A; 2EZL A; 3IKV A; 3EYI A; 1FYL A; 5J1Y A; 2DT5 A; 4M3D A; 5DUI A; 4R8H A; 2P6T A; 2QBY B; 4A5N A; 4AVP A; 3COA C; 1RZ4 A; 2LSO A; 1FP2 A; 1XX5 A; 1ZQ3 P; 2W4S A; 2Y9Y A; 3ELK A; 2F4I A; 3PFI A; 1GXP A; 4NC8 A; 2XRL A; 3LSK A; 2K7L A; 5DCM B; 2RC4 A; 2DBB A; 3WGG A; 2JFS A; 5ILV A; 3I9V 2; 1SD5 A; 5FRM A; 4NBQ A; 1BC7 C; 1XSD A; 3DEW A; 2KIS A; 5A2Q K; 5F27 A; 3OS2 A; 4XMY A; 1OR7 A; 4XNF A; 1AKH A; 1XC5 A; 3ZXS A; 3HDD A; 2JPB A; 3FBI B; 1FOK A; 3K4J A; 5E3M A; 2H1K A; 4XK4 A; 3F8N A; 2LF8 A; 3A0B C; 1UHM A; 5BOX A; 4F7Z A; 4FQG A; 4WXC A; 1LQ1 A; 3K1P A; 1FLI A; 2DDB A; 1BIA A; 3EET A; 2MSY A; 2CSO A; 3RSN A; 4ENJ A; 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