1J6ZA

Uncomplexed actin
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
369
structure length
368
Chain Sequence
ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of uncomplexed actin in the ADP state.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN ALPHA 1
molecule tags Contractile protein
total genus 125
structure length 368
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1j6zA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1j6zA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1j6zA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1j6zA04
3EKSA 4IZ9A 3MMVA 1MA9B 5FPMA 1TUYA 4H0PA 4CZKA 4A62A 4FWRA 4AM7A 2A40A 3HM8A 3MN6A 1ZBSA 3G25A 3HI0A 4JD2A 3ZETA 4BC2A 4CD3A 4ISEA 4BRFA 2QWLA 5KPZA 3R9PA 1H1VA 3O1BA 2HMPA 2YHXA 4Y0WA 2EWSA 2GEMA 3DJCA 3RSEB 3DXKB 4M63C 4B9QA 2E2PA 4RWTA 3IMXA 4BR0A 1MWKA 4YDUC 2NRHA 4BQZA 1NWKA 4H0XB 5JICA 1NLVA 3KZBA 1GLJO 2UYTA 5AQNA 4KBOA 2ITMA 3WQTA 4FOEA 1OKJA 2CGKA 1KAYA 4MO5A 3U9DA 1YAGA 3GDQA 3W3DA 2F9TA 3LDLA 3VF6A 1BA0A 2CGLA 2IVPA 5AQMA 2D0PA 1X9JA 3SLCA 5JLFA 4JN4A 4WQ5A 1T6CA 3VEXA 3C7NB 4ISFA 2YJFA 5AFUA 2FF3B 3H3NO 4BG9A 5AQUA 2WUSA 1NGFA 3MN9A 3P4IA 1XC3A 2E1YA 3DWLA 4PKGA 1BUPA 4BGAA 3QB0A 3J8AA 2A5XA 1ZC6A 5EOYA 3VGKA 2P9SA 5AZJA 1TYQB 3WXIA 4BR2A 2YCHA 2FSJA 3HTVA 4BG8A 1KAZA 1QQNA 4DCHA 1NGDA 1Q18A 3U4LA 5KQDA 3TU5A 1KXPA 4BRMA 3TPQA 3VGLA 1JCFA 5AQFA 4XEIA 1BG3A 1GLEG 1NGIA 4B1YB 1RGIA 3FZHA 2QWRA 3ZX2A 1YXQA 2A6AA 4A61A 4BQLA 2I7PA 5BRDA 5JLHA 3WXKA 3DXMB 2ASMA 4F9OA 5FPEA 2HF3A 1NGBA 5AQZA 1LOTB 3KVGA 3JS6A 3VOVA 1NGJA 3U8XA 3UE5A 1NBWA 2GTDA 3O5BA 2P9UA 4FWQA 3UKUA 4QS7A 5AQWA 3LM9A 4FWNA 2NLXA 3VESA 4IXCA 5BPMA 4H0OA 1V4SA 1Z6RA 3VPZA 3CJ7A 4A2BA 1E4FT 5KQ8A 2Q0RA 5AZIB 3W0LA 3CERA 3CI5A 1QZ5A 2P9LA 5F2RA 3H6EA 2QWMA 3L6QA 5ADXA 3ULEA 2W40A 4DB3A 3WEEB 5LY3A 2P9IB 2GWJA 3CIPA 1G99A 3ID8A 3IDHA 3R6MA 4H0VB 4B1XB 5BN9A 2VWBA 3D2EA 4K42A 2ZWHA 2Q0UA 5I9EB 1LCUA 1KAXA 1QZ6A 2BTFA 2YHWA 3SMSA 3WUHA 3ATUA 3WXLA 5TKYA 4L3QA 4BR4A 3VENA 4H5NA 2VCPA 2Q31A 5BRHA 3UKRA 4FWMA 3QICA 4H5RA 3LDPA 1RFQA 3WQUA 3QFPA 2ASOA 1HUXA 1YUWA 4CZIA 1BA1A 2YI1A 4BRAA 1JCGA 2E1ZA 3BF3A 1DEJA 4MLEA 4EIAA 4IWVA 4JHDB 3ENHA 2OANA 4CD1A 3BF1A 1C0FA 2FSKA 3H3OB 2E88A 2E2OA 5AQTA 4BRKA 1HLUA 2HOEA 4B1UB 5E26A 3O6WA 5KPRA 4J8FA 4C23A 3D2FB 1HJOA 3LM2A 5ADXH 3MN5A 2QWQA 3VEWA 2P9KA 4I6MB 4FO0A 5AQHA 2ZGYA 4JNEA 4IO8A 4H0YB 3MN7A 4O5FA 1K8KA 3FZKA 3O80A 2Q1NA 5EVZA 2CH6A 3M3ZA 3ZEUB 1HX1A 4O8KA 1C0GA 2W41A 3OHRA 3EZWA 1GLLO 3HZ6A 3EN9A 4YDUA 3FLCO 4H5TA 3D7EO 2V52B 3SJHA 4FPAA 5AQGA 3O1WA 1XUPO 1ATRA 3O8MA 2Q36A 1U2VB 3CJ9A 3FR0A 4M7YA 1J6ZA 3A5LC 4BRGA 4FOIA 4GY2B 2YHYA 2E2QA 3WXJA 4BRLA 3CJ1A 2P9NB 3A5OC 1WUAA 2GUPA 1NGCA 3O08A 4FSVA 4B1ZA 4CZMA 3CHWA 2E20A 3HSCA 4BRCA 3VEYA 3LDNA 3CJBA 2CGJA 3BEXA 1TUUA 3M1FA 2VYPA 3RSEA 4CZLA 4K25A 4CZJA 2F9WA 2V7ZA 3IUCA 4QS9A 1BU6O 2NZTA 2D0OA 4CJ7A 5B8HA 4CZHA 1X3NA 2KHOA 4NB4A 1YVNA 4BRNA 4BVPA 5AQXA 4M7XA 3MK6A 4B1WB 4JD2B 3ZETB 4H0TB 1WOQA 2E2NA 2FF6A 4AM6A 4EFHA 3VF2A 3SK3A 1HPMA 4WQ4C 4MO4A 5EY4A 2D1KA 4PL7A 1T44A 5AFUH 3AARA 1ATNA 4WYBA 3GOIA 4RCHA 5BPLA 4FWKA 4EAHD 2QW9A 2Q2RA 3C7NA 4CZGA 4NO7A 2QWPA 3ATVA 2PBDA 2HF4A 3EO3A 3VETA 1SZ2A 5AQPA 1U6ZA 3S41A 4RTFD 5BRFA 4PKIA 4EHUA 1ZXOA 3AAPA 1GLDG 1NGEA 1Y64A 2QM1A 2PAVA 1ESVA 3QMLA 4BGBA 1TYQA 4CBWA 2ASPA 3L4IA 5AQIA 4FPBA 3WT0A 3FFKB 3MCPA 2YJEA 4DQ8A 3A0IX 2D4WA 3BP8A 3C0BA 3L0QA 2FXUA 2V7YA 3EL2A 3JXUA 3CETA 3GG4A 3LDOA 1QQMA 1S22A 1D4XA 4HWIA 4DHYA 3DXMA 2IIRA 5F1XA 1V4TA 3ENOA 4JAXA 3CJCA 2P9SB 5AQOA 5AZJB 1BWFO 4BC3A 2QWNA 3M6GA 1HKBA 4PL8A 2IVNA 5FPDA 1R59O 4BREA 3VEOA 2AA4A 3CQYA 4BVOA 2GWKA 3SMPA 5AZIA 5AQLA 2IVOA 3DAWA 2P9PA 3FE1A 1GLBG 5JMVA 1QHAA 3ZX0A 1HKGA 3WEEA 5EX5A 4BRHA 1JCEA 2P9IA 5AQVA 3BUZB 1NGHA 4WQ5C 4CBUA 3A8YA 2FSNA 2P9UB 3UKUB 4BRDA 5EXWA 5CE3A 1NM1A 1DGKN 3FGUA 4H5VA 1T6DA 1IJJA 4XH5A 3GBTA 1S3XA 1RDWX 3ZX3A 2P9LB 4FL9A 2A41A 5E84A 4BR9A 4CZFA 4BR5A 1NMDA 4FWPA 3HBTA 1HKCA 4XH4A 3U9ZA 3ULEB 2H3GX 1IG8A 3CQXA 1BO5O 2I7NA 4FWSA 3GL1A 5ELZA 1QQOA 1MWMA 3D2EB 1E4GT 1SAZA 2QXLA 1GLFO 5BN8A 4H5WA 1ATSA 2GELA 3FZFA 3VERA 3F9MA 4Z94A 3QDKA 3LL3A 4CZEA 2BUPA 3LDQA 4JHDA 1GLCG 1P8ZA 2E8AA 4EHTA 3VEZA 3VEVA 1NGAA 4HTLA 4BRIA 3H46O 3KHYA 3DXKA 5AR0A 5BREA 3UKRB 3I8BA 4BRPA 1MDUB 4LC9B 3D2FA 2FLOA 4H03B 4CI6A 3A5NC 3GE1A 4BRQA 4I6MA 4IJNA 3QBXA 1X3MA 3VGMA 4XH1A 4K43A 2A3ZA 4QS8A 3FZLA 3AAQA 3R8EA 4FWOA 1GLAG 5AQJA 3UB5A 3ZEUA 3MDQA 3VF4A 2ZF5O 4GNIA 3H1VX 2A42A 5LJVA 5AQSA 1Z05A 2V51B 2DPNA 1DKGD 1SQKA 2QWOA 1XQSC 5FPNA 1CZAN 2Q97A 4BC5A 4E1JA 4IJAA 1BOTO 5AQRA 1BDGA 4MLHA 2P9KB 1NGGA 5BR9A 3EKUA 1U2VA 4CBXA 2P9PB 5BPNA 3H1QA 4WQ4A 3QBWA 4FWLA 4B1VA 1K8KB 3O4WA 4PKHA 4K41A 3B8AX 2AP1A 2P9NA 3H45C 3IFRA 4BR7A 4A2AA 3I33A 5F0XA 3FZMA 2ZGZA 2CH5A 4BC4A 5AQYA 5KPTA 5LJWA 2J4RA 1EQYA 4BROA 5AQQA 3A5MC 3CJAA 3QFUA 4ISGA 3AY9A 5AQKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KFZA 1SKSA 1YITN 1D5AA 2HMIA 4PUOA 2HB5A 2VGNA 1MA9B 5IWAK 3HM8A 1ZBSA 4BC2A 3DLHA 1LWEA 4BRFA 1Z26A 4Z4IA 3THXB 3NCIA 3VQ4A 4ILHA 3O9RA 2W6KA 2E2PA 3J81O 5JVHL 4YOWA 3SUQA 5M1KA 3F2KA 2OYQA 5JICA 1NLVA 4CJQA 2UYTA 5AQNA 4OKKA 3B6PA 1KAYA 3U9DA 2GBZA 1YAGA 3GDQA 5BR8K 4TSXA 2CGLA 2IVPA 3SLCA 4GV6A 4M42A 2HVIA 3C7NB 3VN5A 4BACA 2EHGA 1NJWA 2E6MA 4NCGA 3VQPA 3SAFA 3VTIA 4Y1CA 2G8IA 3NF8A 1BUPA 4NXNK 3EE9A 5EOYA 1NJIO 3MWPA 1BI4A 3I0SA 1RTIA 4FLVA 4CEFA 3RWUA 4PQUA 1QQNA 2WC9A 1Q18A 3U4LA 3V9ZA 3TU5A 3KD5E 1LAVA 1RGIA 1VSJA 2QWRA 3FZHA 1TK5A 1NG9A 1YXQA 2A6AA 3L2VA 1E3MA 1XI1A 4CVNE 4CEOA 5FPEA 3NF7A 3KVGA 2OTJN 4JI5K 3VOVA 1NGJA 1ILYA 2P9UA 4CEAA 1VSKA 3DLBA 3G0ZA 3LM9A 3QEIA 4B9LA 4FWNA 2W42A 2NLXA 1K73O 3VESA 4IXCA 5BPMA 4H0OA 3KK2A 3VPZA 4O44A 4CGDA 1KLMA 4E89A 2Q0RA 4XIUA 4R5PA 3CERA 2P9LA 5F2RA 3RMAA 1QSSA 3AVNA 3L6QA 1T05A 5ADXA 4JKGB 1O1WA 3WEEB 4JKBA 4CE9A 4CHZA 2VWJA 1K6YA 4LSNA 3IDHA 4GV9A 4B1XB 4CK2A 2ITGA 3D2EA 4K42A 3HOSA 4KPYA 4JKEA 4FZZA 1JXEA 3G71N 4PHTX 5A2QO 3CC7N 3ATUA 1KRPA 4JK8A 2HHIA 2EX3A 1RTHA 3CCSN 4O0IA 4W5NA 4H5NA 4FWMA 1EETA 3LDPA 3QNOA 3QFPA 3VQ7A 4KTZA 2ZQBA 3OYAA 2VWKA 3K5LA 1BA1A 4XJXA 2YI1A 3WNEA 3OA9A 2YHBA 4RW4A 2X6NA 1X9MA 4IWVA 1UA1A 3C94A 3ENHA 2OANA 2FBYA 2E2OA 3KJVA 3CCEN 3TABA 2LSNA 5KPRA 3PV8A 1RBSA 3VEWA 2P9KA 4F3TA 1HYSA 1K8KA 4O0JA 1Q9XA 1J5OA 3ZEUB 2HNDA 2WBNA 1GOAA 3PSIA 1KCFA 3IS9A 3FLCO 1KVBA 3D7EO 3CQ8A 3TANA 3OYIA 2VQFK 1UWBA 4JYAK 5AQGA 2E4LA 3O8MA 2ETJA 2HHQA 2IC3A 4BE0A 4B08A 4GY2B 3RVCA 3LPUA 4BRLA 1EWQA 1C6VA 2HW3A 3NH2A 3A5OC 3R3LA 3PX6A 3P31A 4CZMA 1W7AA 4OPJA 2UUAK 4FK0A 4L8RB 3AO1A 2CGJA 3BEXA 1TUUA 5GIOA 4E0DA 3M1FA 3MXIA 4K25A 2F9WA 3F9KA 3C6TA 2NZTA 3K59A 4CZHA 3AO5A 4NB4A 3AVBA 2QEXN 4DU1A 3TARA 1TK8A 4H0TB 1WOQA 3NH1A 4GW6A 3ZYYX 4AM6A 5C24A 1W9HA 3T1HK 3N4PA 2D1KA 5EY4A 4DFJA 1ATNA 3GOIA 2OZSA 4EAHD 1C0UA 3AVJA 3VETA 1Q9YA 2A1RA 4EHUA 3HP9A 3C65A 1Y64A 2QM1A 1WLJA 4CF2A 2HHVA 1L3SA 3ZSOA 2O4IA 4CBWA 4M41A 4JI4K 4X62K 3LP1A 4E72A 3WT0A 3MXMA 3RR8A 3QO9A 3HM9A 3CMAN 3DLLL 5HOOA 3MX5A 1GOBA 4JKAA 4RW7A 4FM2A 3QEWA 1BI4B 3K5OA 4JKFA 1TL1A 1BWFO 1HKBA 5GAEP 5FPDA 4BREA 2AA4A 2GWKA 2IS3A 1WSGA 4JK7A 5LMNK 4N5SA 2P1JA 4DLEA 4DR4K 5FLXO 4FJ8A 4CIEA 1JCEA 1HNXK 5CHIA 3BUZB 3QIPA 4JV5K 4CBUA 4ELTA 4CHNA 2FSNA 2P9UB 3KLHA 5EXWA 4YOYA 4JRQA 1NM1A 4CECA 2BE2A 3FGUA 4YORA 4M3WA 1T6DA 1BHLA 1XWLA 5M1NA 4DF4A 4M3YA 1S3XA 3OY9A 2P9LB 4FL9A 4WFAL 4XH4A 3HBTA 3E66A 1IG8A 5C10A 4FM1A 3I56N 2XY6A 1BO5O 2RHKA 3QERA 1RDBA 4FZXC 1QQOA 3D2EB 2O8EA 1E4GT 1QE1A 1O13A 3BDPA 3I8DA 1FJGK 2GELA 3F9MA 4Z94A 4CZEA 2Z1GA 1RBUA 4JHDA 1M90O 3OYEA 3H46O 5LL6Z 5C25A 2FBXA 3I8BA 1XNQK 4CF1A 4MFBA 1S6QA 1FKOA 3HJFA 3A5NC 3GE1A 4Q5VA 3HRGA 3ZSWA 2A3ZA 4QS8A 3FZLA 3VQ5A 1D9DA 3V1QA 4JI0K 3B6OA 3MDQA 3VF4A 4OKJA 1RBVA 1EXQA 2WONA 3O3FA 1OH7A 3HPGA 3HVTA 1RDCA 3K9KA 4YFUA 2G8KA 5AQRA 3NGIA 2P9KB 1RT5A 1C0TA 1U2VA 5M1FA 3CCQN 4A57A 4QCLA 4IFYA 2BGGA 4B9SA 1K8KB 3O4WA 4K41A 4CIGA 5GIPA 4AH9A 3H45C 1HNVA 4OO1J 3H08A 2A1SA 1RT4A 4E19A 1HQEA 3V81A 1BISA 3TAMA 3S3MA 5C2DA 1WNSA 4IDKA 3A5MC 1WSHA 4FJKA 3T19A 4N47A 1FKPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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