1K8KB

Crystal structure of arp2/3 complex
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
190
structure length
190
Chain Sequence
GVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Arp2/3 Complex
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN 3
total genus 51
structure length 190
sequence length 190
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k8kB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1k8kB02
1BWFO 2YHYA 3A5LC 1ZXOA 1QQMA 5ELZA 1H1VA 1G99A 2FF3B 1GLCG 2V51B 4A2AA 1HKBA 4CZGA 3BF3A 5AQRA 4CD1A 4L3QA 4Y0WA 3WQUA 3LM2A 2Q97A 3HM8A 4CZJA 4PL8A 3DWLA 4FWLA 3SMSA 4K43A 5LJWA 3QDKA 2FSNA 2E1YA 4JAXA 2ASOA 3O4WA 4J8FA 3CQYA 2YJEA 5AQPA 2HF3A 3ULEA 3CJCA 4HWIA 1SAZA 1KAZA 2IIRA 4BRQA 3QBWA 4EAHD 1S22A 1ATSA 3WXIA 3GE1A 3MN7A 3OHRA 5CE3A 4H5NA 3ULEB 1MWKA 4WQ4A 3GBTA 3DXMA 5JLHA 4EHTA 1JCEA 1NWKA 3HTVA 5AFUA 4PKGA 3S41A 3WXJA 2E2OA 1NGBA 1DGKN 4H0XB 4PKHA 3VETA 3UKRA 3DXMB 2FXUA 1GLLO 1NGFA 1LOTB 4BC2A 2ITMA 4XH4A 3VEYA 3UKRB 1RFQA 4BRIA 2NZTA 1DKGD 5AQSA 5AQFA 3GDQA 1HPMA 2CH6A 5EX5A 5AQWA 2CH5A 3KVGA 3BEXA 4B1YB 2A5XA 4K42A 1QZ5A 1NGHA 4CD3A 1E4FT 4H0OA 4QS8A 3VGKA 3KZBA 5AQYA 3ATUA 5KPZA 5AQOA 4XH1A 2NLXA 2AP1A 1T44A 5BPLA 2E1ZA 4M7XA 4MO4A 4A62A 2P9LA 1RGIA 2ZF5O 3VPZA 2GEMA 2Q31A 2FF6A 4IJAA 3O1WA 2PAVA 1ZC6A 2VWBA 2P9LB 3R9PA 4CBWA 4MLEA 1DEJA 5FPNA 1SQKA 3CJ9A 3O6WA 4IXCA 3ENOA 3VERA 1MDUB 3A8YA 2V7ZA 1ATNA 3ATVA 4BGBA 3FZHA 3M3ZA 1MWMA 4HTLA 3QMLA 4WQ4C 5FPDA 3CJ1A 3B8AX 1V4SA 3BF1A 4F9OA 2CGKA 2ZGZA 4GY2B 3WEEA 4FWSA 4DB3A 3QB0A 3VF2A 4B1WB 4BR9A 3FLCO 4BRPA 1BOTO 2QM1A 2Q36A 3WEEB 1ESVA 3G25A 5F1XA 3SLCA 2HOEA 4FWKA 3VF6A 1HLUA 4H03B 3DAWA 2E20A 4RTFD 4BRHA 3HBTA 5AQUA 3VEWA 2IVOA 3H1VX 3MCPA 2A6AA 3CJAA 4H5TA 1NM1A 5KPRA 1NGIA 3H46O 4B9QA 2E2PA 3O80A 4BC5A 2D0PA 1HX1A 2IVNA 2E2QA 3KHYA 1T6DA 1ATRA 4BG8A 3H3NO 2QWOA 3H6EA 2QWQA 3UE5A 5BN8A 3LDPA 2P9NA 1D4XA 1KAYA 3AY9A 5AQZA 4FWPA 2NRHA 2GTDA 4BR7A 3O08A 4H0YB 2DPNA 2P9NB 1V4TA 4JNEA 1JCFA 1NGAA 3D2FA 4A61A 3CI5A 1QQNA 3FE1A 2PBDA 1BA0A 5AFUH 3IDHA 5AQNA 3D2FB 2YJFA 1YVNA 3DJCA 1TUYA 1GLAG 5E84A 1K8KA 3WXLA 2HMPA 4MLHA 2D1KA 3FR0A 2GUPA 2A3ZA 3EKSA 1HUXA 5BRDA 1K8KB 3H1QA 3MN9A 5BRFA 5AQVA 3U9ZA 1NGJA 2F9WA 5BREA 1QHAA 4M63C 3A5NC 1HKGA 2Q2RA 3C7NA 2QWLA 1QZ6A 3P4IA 3EL2A 3ZX3A 3C7NB 3VF4A 4BREA 4A2BA 3M6GA 2P9IA 2P9KA 3A0IX 1NGDA 1WUAA 3TPQA 3VEOA 2YCHA 1BA1A 2V7YA 3BP8A 2P9IB 1GLFO 1CZAN 2P9KB 3LM9A 4K25A 5AR0A 3A5MC 3EKUA 1WOQA 3L0QA 3R6MA 3D2EA 4JHDA 5F2RA 2IVPA 4PL7A 2FSJA 3ID8A 3D2EB 1T6CA 4JHDB 3ZEUA 4EHUA 2W40A 5B8HA 4BRLA 4H5WA 1X3NA 1GLEG 5BR9A 1NGGA 2QWPA 3I33A 4BQLA 3ZEUB 4B1VA 2ASPA 2EWSA 2P9SA 3U4LA 1QQOA 3CJ7A 5FPMA 4B1XB 4C23A 3IMXA 3AAQA 3C0BA 2E88A 4ISFA 1BU6O 2UYTA 2P9SB 5AQHA 5AQGA 2H3GX 5BRHA 1BDGA 4DCHA 3VEVA 3CHWA 4FWRA 2A40A 3GOIA 5AQLA 5ADXA 4M7YA 1GLDG 4NO7A 1J6ZA 3D7EO 4XEIA 1RDWX 2FSKA 1XC3A 2Q0UA 2J4RA 3QBXA 5EXWA 3ENHA 2BTFA 1KXPA 2FLOA 3H3OB 4AM7A 1GLBG 4BGAA 2OANA 5AQJA 3MK6A 4DHYA 2HF4A 4RCHA 5KQ8A 3JS6A 2AA4A 4E1JA 1NBWA 1C0GA 2Q0RA 3RSEA 2E8AA 1ZBSA 5EY4A 4H5RA 5EVZA 5AQQA 5JICA 4JD2A 3RSEB 1Y64A 4O8KA 3FGUA 3FZFA 4BG9A 3LDNA 3FFKB 4FPBA 5FPEA 4JD2B 5KQDA 4QS7A 3MMVA 1U6ZA 1OKJA 5AQIA 1NGEA 1NLVA 3HI0A 5BPMA 4K41A 3WT0A 4BRNA 5AQXA 4CZIA 2P9PB 4BQZA 2Q1NA 5F0XA 1IG8A 2A42A 4O5FA 1S3XA 2V52B 3FZMA 5E26A 4BR5A 3SJHA 4BVPA 1Q18A 3VESA 4FOIA 3L6QA 1C0FA 2ZGYA 5AQMA 4H0VB 4BRAA 5TKYA 3W3DA 3ZETA 1YUWA 4ISGA 3GG4A 3CETA 5BN9A 3IFRA 4H5VA 1XQSC 3CERA 3BUZB 3ZETB 3AARA 4CBUA 1YXQA 4WQ5C 4BRKA 2F9TA 4FWNA 3LDOA 2YHWA 3MN6A 4CJ7A 3FZKA 2A41A 4BVOA 1NMDA 3H45C 1R59O 4BC3A 4WYBA 2ZWHA 3EO3A 4RWTA 1Z05A 4CZEA 2GWJA 4FOEA 3ZX2A 4BRMA 4ISEA 3CQXA 4H0TB 3U9DA 4FL9A 1LCUA 4YDUC 3VGMA 4H0PA 3IUCA 5EOYA 4BRGA 1HJOA 3R8EA 3SMPA 2QWRA 3WUHA 3MDQA 3UKUA 3WQTA 1MA9B 2QXLA 5BPNA 1P8ZA 3LDLA 3L4IA 3UKUB 3GL1A 4B1ZA 3VGLA 3EN9A 4BRFA 4EIAA 3VENA 2P9UA 3F9MA 4QS9A 4CZHA 4CI6A 4FWOA 5AZJA 4BR4A 2ASMA 2P9UB 4BRCA 3QICA 3SK3A 4CBXA 4LC9B 1TYQA 2BUPA 5AZJB 5ADXH 3HSCA 3WXKA 2WUSA 1GLJO 3LDQA 3DXKA 3CIPA 3CJBA 1TYQB 4PKIA 4XH5A 3O5BA 2QWMA 3VEZA 1TUUA 2I7PA 3DXKB 3HZ6A 4BROA 4BC4A 2KHOA 4WQ5A 3MN5A 4IZ9A 2W41A 2CGJA 4KBOA 2CGLA 4IJNA 2VYPA 3ZX0A 4AM6A 1YAGA 4BR0A 1IJJA 3U8XA 3AAPA 2GELA 5AZIA 4MO5A 3JXUA 5I9EB 1EQYA 1U2VA 5LY3A 2E2NA 3UB5A 3VEXA 3M1FA 4CZKA 5AZIB 1X9JA 4YDUA 2D4WA 4NB4A 2YI1A 1U2VB 2D0OA 5AQTA 2GWKA 4IO8A 4DQ8A 1XUPO 2QW9A 1HKCA 2VCPA 3FZLA 4Z94A 1Z6RA 4GNIA 4I6MA 4CZMA 1JCGA 5JLFA 4CZLA 3O8MA 4I6MB 1KAXA 1BG3A 5JMVA 4BR2A 3O1BA 4B1UB 4EFHA 1SZ2A 2P9PA 3QFUA 3J8AA 5AQKA 3LL3A 2YHXA 4JN4A 4BRDA 3QFPA 2I7NA 4FPAA 1NGCA 4CZFA 1X3MA 4FSVA 4IWVA 1BO5O 1E4GT 1BUPA 2QWNA 3A5OC 3TU5A 3W0LA 5KPTA 3I8BA 4FWMA 3EZWA 5LJVA 4FWQA 3VOVA 4FO0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BWFO 3PY8A 3A5LC 1ZXOA 4CJQA 4Z4GA 1GLCG 1Y97A 2QEXN 5C0YA 4KAZA 4CEZA 2G8KA 4CZGA 3LWMA 5AQRA 2G8IA 1NU0A 4FLTA 3DLBA 4Y0WA 3WQUA 3TABA 3LM2A 2Q97A 3KLFA 1U48A 4OKEA 3AV9A 1C1AA 3AVGA 3OVNA 4M3UA 4JI6K 5FDLA 3OYAA 4OKKA 4JAXA 2ASOA 2QTDA 3O4WA 3G4SN 2YJEA 4DQQA 1N36K 1VAZA 4DU4A 3THYA 1KAZA 3QBWA 4KFBA 4FLXA 4CHQA 3WXIA 2WC9A 1HRHA 3MN7A 3TAMA 2HMIA 4CF9A 4H5NA 2UUCK 3QIPA 3THYB 1TKDA 4FJHA 1VRTA 2IGIA 4ELTA 4PKHA 1HJRA 4EZ6A 3KWIA 2FXUA 3KKSA 1GLLO 4DTRA 4J2DA 1LOTB 2ITMA 2Z1JA 4FJNA 1JLGA 3VEYA 1YJWN 2DY4A 1RFQA 4OPAA 4JK8A 2NZTA 3CCRN 5AQFA 1S6PA 3G10A 1NKCA 5AQWA 3KVGA 5DMRA 3WNHA 3CCLN 1NGHA 4KO0A 4JRPA 3H08A 1NK8A 4CD3A 4H0OA 4CJTA 5C2FA 1IKVA 4NCGA 3NGIA 4KRFA 5AQYA 3DLLL 4H4OA 1VQ9N 3ATUA 3HRGA 5KPZA 1WSJA 2E5LK 2PYLA 4E7KA 2FC0A 4DUYK 2E1ZA 4M7XA 5M1PA 3PIPL 1RGIA 1A5WA 1S1UA 3C6AA 1KVCA 3DOLA 2ZM6K 1YF5L 2VWBA 1ZC6A 4CBWA 3R9PA 5IT9O 1EO1A 4MLEA 1DEJA 5FPNA 3IKMA 3LPTA 3O9UA 4JI4K 1SQKA 3CJ9A 3O6WA 1JLEA 1MDUB 3A8YA 4FW2A 1IH7A 4CIGA 3FZHA 3LWLA 3M3ZA 4CEAA 1MWMA 2HHTA 3CCJN 3CJ1A 5KGWA 4F9OA 2ZGZA 4E7JA 3AA2A 4AILC 4BR9A 1C0UA 1X9WA 3FLCO 4QCLA 1VSEA 2UUBK 3AA4A 1VQKN 1BOTO 2HB5A 2QM1A 4FLYA 4AHTA 1YIJN 2G8VA 3CCSN 1A5VA 3SLCA 3VF6A 2E20A 4RTFD 3HBTA 3RRHA 4A57A 1HPZA 3IG1A 3CJAA 3V9ZA 3OYBA 4BEBA 4H5TA 1KLMA 1NM1A 4KPYA 2G8WA 4B9TA 3CPEA 2QA4N 3O80A 4XJXA 3NF9A 2D0PA 4WFNL 5AJ3K 3MCAB 4HCBA 1OH7A 3H3NO 1BCOA 3RMAA 1KAYA 3AY9A 4M3ZA 4FWPA 1VK0A 4BDZA 4N76A 2QI2A 2PZSA 1NGAA 3D2FA 3QEWA 4A61A 2DFEA 4JI7K 1BA0A 3IDHA 4Z4HA 4E72A 3OYEA 2VWJA 3D2FB 3AGRA 5FRNA 3SJJA 4OLBA 1TUYA 1L5UA 4AHVA 2HMPA 1VQON 1JKHA 1CXQA 2KQ2A 2HW3A 3RR7A 3MXJA 4I2PA 3H1QA 3U9ZA 2OPPA 2XY7A 2F9WA 4RW9A 5BREA 1HYVA 1HKGA 1C6VA 4ILHA 3MEDA 2XY8A 3EL2A 4KH5A 4C8KA 4LF8K 4M3XA 2E6LA 3KIOA 5FLXO 3ZX3A 3K57A 4CERA 4A2BA 1IG9A 2JLEA 5C2DA 2P9KA 3NHGA 3OA9A 4MQ3A 3VEOA 2YCHA 3MXIA 1X1PA 4W5NA 2P9KB 1J54A 3A5MC 1I94K 3PSIA 4KV8A 1VQNN 1ZBUA 2IVPA 3QEXA 2FSJA 2W42A 3ID8A 1KSPA 1TK0A 5KRTA 1T6CA 2W40A 3CC7N 4CK3A 5HLFA 4H5WA 1X3NA 2UU9K 2QWPA 2I5JA 1D9FA 2ASPA 3AO2A 3V9SA 3SCXA 4DV1K 4JS5A 3U4LA 4BE1A 3E9OA 4B1XB 4C23A 3IMXA 4FJMA 4E7HA 4B3RK 3LAKA 1NKEA 5AQGA 1BGXT 2H3GX 4DFMA 1BDGA 3VEVA 2A40A 3S5TA 4JKEA 4AH9A 4BE2A 4GV9A 5HRRA 5HBMA 1NK6A 4RG8A 4WFBL 3ENHA 5KI6A 2FLOA 1GLBG 3N4PA 2OANA 3JSMA 4CJKA 1QQCA 3OJSA 4FLZA 3ZT3A 3CMEN 2NUBA 1HNIA 2AA4A 4FLUA 4CEEA 2D0CA 2Q0RA 1RBUA 4GMJB 1XWLA 4DFJA 1P90A 4CGHA 4JKBA 2OCEA 3ALYA 3FGUA 4O8UA 3AO5A 4O8KA 4A59A 4BG9A 4GV6A 4OPKA 5FPEA 1TK5A 4QS7A 3M8SA 4LF7K 3WT0A 5AQXA 2Q1NA 4DTSA 4Q5VA 2IS3A 4FZYA 3HYFA 5C12A 1VSKA 4CGFA 2BH1A 5KTQA 3KWGA 4BR5A 1VSJA 3J81O 3VESA 4FOIA 4FVUA 4H0VB 5TKYA 3DI6A 1VQ5N 5BN9A 4B8CA 3IFRA 4OPJA 3ZT1A 3BUZB 1T05A 4CBUA 2A1SA 4FJLA 4BRKA 3AVBA 3ZSYA 1W97L 2YHWA 2HNZA 4CJ7A 4H8KA 3NF7A 4JKCA 4K8ZA 1R59O 4LH5A 4GKJK 3VQ7A 2RN2A 1Z05A 4B9LA 4ISEA 1JXEA 2W6KA 4FL9A 4CJVA 5SWMA 3C6UA 2XY5A 3AVHA 3PIOL 1SL2A 3RR8A 1WSGA 3B6PA 3SZ2A 1HJOA 3O4QA 3MDQA 3Q7CA 4CEFA 4X65K 3CCMN 1MA9B 5HROA 1LWEA 4CF0A 4CJ4A 2JWLA 4JV5K 2P9UA 2P5OA 3HSTB 3V6DA 1SV5A 4FWOA 2YHBA 4BR4A 2P9UB 3DLEA 1SKRA 4O0JA 5GINA 3L8BA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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