1K8KB

Crystal structure of arp2/3 complex
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
190
structure length
190
Chain Sequence
GVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Arp2/3 Complex
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN 3
total genus 51
structure length 190
sequence length 190
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k8kB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1k8kB02
2IIRA 4BREA 5LJVA 1NGBA 1V4TA 2FSKA 1KAYA 2Q0RA 2FF6A 3FE1A 5AZIB 3IUCA 2I7NA 4Y0WA 1EQYA 2D0PA 4ISEA 5KPZA 4QS7A 3TPQA 4ISGA 3HBTA 3CHWA 2VYPA 2ASPA 3D7EO 4BRHA 1QQMA 3VESA 1SQKA 3DWLA 3FZMA 3ZETA 3DXKB 4WYBA 1RDWX 5BREA 5AR0A 2P9IB 4JD2B 1DEJA 4BRLA 2FSJA 4BRQA 5AQKA 1NGDA 2CGKA 3IFRA 3U8XA 2I7PA 1CZAN 2FF3B 3C7NA 2UYTA 4PL7A 1TUUA 2GWKA 1NGJA 2NZTA 4H5NA 4EFHA 3SLCA 1LCUA 5EVZA 2A40A 3QMLA 5EY4A 3ENOA 3M6GA 4BVOA 3D2EA 3BF3A 1WUAA 1JCFA 1QQNA 3QFPA 5AQGA 1K8KB 4GNIA 3WXIA 2ASMA 4BROA 3H1VX 2NRHA 4CD3A 4FL9A 3MN9A 5BRFA 2F9WA 1WOQA 2YHWA 5F2RA 2FLOA 3C0BA 3H46O 1JCGA 4CZMA 4JAXA 4A62A 5FPMA 2A3ZA 1U2VB 5E26A 1ESVA 2V51B 4Z94A 1NGHA 1GLBG 2FSNA 3CJAA 4XH1A 3MN7A 5AQTA 4B1YB 4DCHA 2J4RA 2OANA 2ITMA 1GLDG 4I6MA 1C0FA 3BF1A 5AQFA 4H5WA 3VEXA 5ADXA 2YHYA 1NGIA 4WQ5C 3ZEUB 4CZLA 1BDGA 1GLLO 4BRCA 4CZGA 1E4FT 3LDQA 4I6MB 3U9DA 2ASOA 4H0VB 1D4XA 2P9SA 1HX1A 4BVPA 3BEXA 4FWQA 5LY3A 2P9UA 5AQOA 1GLJO 4A61A 3A0IX 3DAWA 1OKJA 3WXJA 4BRNA 4BC3A 5F0XA 3J8AA 1TYQA 2YHXA 2CGJA 3VEVA 2P9SB 3GOIA 1J6ZA 3A5LC 1XUPO 2VWBA 3EO3A 1H1VA 4BRFA 3RSEA 4BRMA 1X3NA 2GTDA 5KQ8A 3AY9A 3O1WA 4BR4A 4BR0A 4K42A 4CD1A 1TUYA 1LOTB 4H5RA 4CZKA 2QW9A 3D2FB 2F9TA 3KHYA 1QZ6A 3A8YA 3VGKA 4EAHD 3VF2A 3A5MC 1MWMA 3WT0A 3VERA 4CZHA 1T6CA 4FWLA 2BUPA 1E4GT 5ELZA 4EHTA 4O8KA 2QWOA 4DHYA 3LDPA 1ATNA 1BWFO 3DJCA 4PL8A 3CERA 1ZBSA 2Q36A 3LDLA 3O5BA 3EL2A 3UKRB 2E2QA 5AZJA 5LJWA 2HOEA 3UKUB 2IVOA 2P9NB 4NB4A 2FXUA 5AQSA 4H5VA 4H0XB 2D0OA 5AQXA 4BC5A 1ATRA 3MN5A 4BRGA 2E88A 5AQUA 2D4WA 1X3MA 3LM2A 1NBWA 3CIPA 2W40A 3R6MA 4CZEA 4BC4A 3WXKA 3U9ZA 4AM7A 3VOVA 4FWRA 1U6ZA 3LDNA 1R59O 5FPDA 4BR5A 5EOYA 4FPAA 2GELA 3ZETB 5AQRA 4FSVA 4BRPA 3IDHA 3EZWA 2YJEA 2HF3A 1BO5O 2YCHA 3MDQA 5BN9A 2HMPA 3BUZB 4B1ZA 4M63C 3WQTA 1GLCG 5AQHA 2E2PA 5AFUA 3KZBA 3C7NB 3CJ9A 3TU5A 3ID8A 2V7YA 5KPRA 3AARA 3QBWA 4IZ9A 4BRKA 3H3OB 1Z05A 1ZXOA 4QS8A 5ADXH 2QWMA 2Q31A 2QWPA 3D2EB 4B1XB 1HKBA 2ZGYA 3VF4A 2D1KA 5AQVA 4BG9A 4K43A 5CE3A 1GLFO 4PKGA 2YI1A 2Q1NA 1GLEG 5JMVA 5BPLA 3VEOA 3QB0A 1HJOA 3U4LA 5BRDA 4JN4A 5BPNA 2ZGZA 2E1ZA 3QDKA 3CJ1A 5AQZA 3G25A 4CBWA 3VF6A 1BOTO 3L0QA 3UB5A 1Y64A 3FZFA 3VEYA 3CI5A 4WQ4C 4H0PA 4PKHA 2E2OA 1S22A 2CGLA 3IMXA 2A5XA 4IO8A 3ZX2A 1ATSA 4CJ7A 1NGEA 4MO4A 3O6WA 3FZLA 1G99A 3FFKB 4FOIA 3WUHA 3GG4A 4RCHA 4ISFA 3A5OC 3ULEA 4WQ5A 4BRDA 3OHRA 2P9UB 5JLHA 4IWVA 1YAGA 4FWNA 1GLAG 2E20A 1NGCA 1HLUA 1TYQB 3ULEB 3M1FA 2GEMA 2DPNA 3JS6A 4HTLA 3FZKA 3RSEB 2BTFA 4EIAA 4K25A 2P9PA 5AQQA 3VGLA 1T44A 4IXCA 4H0OA 4LC9B 4EHUA 4M7YA 4B1WB 1HKGA 1Q18A 3B8AX 4FOEA 2V7ZA 4KBOA 4BGBA 1BG3A 1NLVA 3O4WA 3L4IA 3ZX0A 1KXPA 2E8AA 2AP1A 1BA0A 3EKUA 4B1UB 2GWJA 4YDUC 2QWLA 2QWQA 4FWKA 3W0LA 3VEZA 5FPNA 4HWIA 1T6DA 3W3DA 4DQ8A 4RTFD 2CH5A 3FGUA 4BRAA 5AZJB 4CBUA 1MDUB 4BR9A 4JHDA 1JCEA 4CZFA 5EX5A 2IVPA 3GE1A 3QFUA 4FWPA 4H5TA 5AFUH 5AQYA 3MCPA 5TKYA 5AQMA 5BN8A 3H6EA 2Q97A 2V52B 4B1VA 3GL1A 4MLEA 5AZIA 4XH5A 4E1JA 3SMSA 1DGKN 3HI0A 1QHAA 3CETA 3LM9A 2IVNA 3O08A 1BA1A 3DXKA 2QWNA 2P9IA 4JD2A 3I8BA 4PKIA 3SK3A 1X9JA 3HM8A 3O80A 4XH4A 2ZWHA 3FR0A 4GY2B 3FZHA 2AA4A 3MN6A 5AQLA 4NO7A 1NMDA 3GDQA 3M3ZA 3CJCA 1XC3A 3DXMA 4H0TB 3FLCO 3VPZA 1HPMA 3I33A 5EXWA 4O5FA 3EN9A 2H3GX 2W41A 3LDOA 1C0GA 2KHOA 3WEEA 3L6QA 3ATUA 4K41A 3DXMB 2ZF5O 4H03B 1HKCA 3O8MA 5JLFA 1K8KA 3WEEB 3CQYA 4J8FA 1P8ZA 3QICA 1YVNA 3EKSA 1IG8A 4CBXA 3ENHA 4DB3A 1YUWA 2GUPA 1NGGA 1NWKA 1ZC6A 4BQLA 1KAZA 3HZ6A 3ATVA 1Z6RA 2WUSA 1IJJA 3JXUA 4CZIA 5AQWA 3AAPA 5AQNA 2A6AA 1U2VA 2VCPA 4BC2A 3GBTA 5AQJA 3S41A 4BR7A 4FWMA 2PBDA 4IJAA 5B8HA 1BU6O 1BUPA 4F9OA 2NLXA 1RGIA 2QM1A 2Q0UA 1NM1A 5BRHA 2HF4A 3ZEUA 3ZX3A 2P9KA 1SZ2A 4BQZA 4MLHA 2EWSA 1SAZA 3HTVA 3QBXA 4AM6A 4QS9A 4WQ4A 1NGAA 3MK6A 4BR2A 3VENA 4BGAA 2E2NA 1MA9B 2P9KB 3H1QA 1QQOA 4FWSA 4H0YB 3CJBA 4L3QA 3F9MA 3VETA 3MMVA 4FO0A 4B9QA 2Q2RA 2E1YA 4BG8A 2CH6A 4JNEA 2QXLA 3P4IA 4A2AA 2PAVA 3CJ7A 3WQUA 5AQPA 5BR9A 3BP8A 3O1BA 1QZ5A 5E84A 3D2FA 5F1XA 4IJNA 1KAXA 2P9PB 4CI6A 1YXQA 3SMPA 5KPTA 4FWOA 3LL3A 2A42A 3UE5A 3A5NC 1NGFA 3HSCA 5AQIA 2QWRA 4M7XA 4C23A 3R8EA 4CZJA 2YJFA 3R9PA 5I9EB 1MWKA 1HUXA 5JICA 4RWTA 3VGMA 3H3NO 3UKRA 5BPMA 1S3XA 3AAQA 4FPBA 2P9LA 3UKUA 3H45C 2P9NA 5FPEA 1V4SA 3KVGA 1RFQA 3VEWA 5KQDA 4A2BA 4BRIA 3WXLA 2A41A 4JHDB 4YDUA 3SJHA 1DKGD 4XEIA 4MO5A 3CQXA 2P9LB 1XQSC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IIRA 5IT9O 3CC4N 1V4TA 2ZJQL 4FM2A 3IUCA 1N8RO 4Y0WA 2D0PA 1RNHA 3TPQA 4DS4A 2VYPA 4UQGA 4BRHA 1SQKA 3ZETA 1YTAA 3DXKB 1RDWX 2RHKA 5AQKA 2G8KA 4M3ZA 2I7PA 1CZAN 2NRVA 2GWKA 2NZTA 4YOTA 3HP6A 3TAGA 4CESA 3SLCA 4CK1A 3CCSN 3K2PA 3LP3A 1M1KO 3HM9A 3QMLA 4CEFA 3TSPA 3M6GA 4BVOA 1TL1A 1A5XA 3BF3A 1WUAA 4O0JA 1JCFA 3QFPA 4AHVA 4CF8A 5I3UA 1VSMA 3K9JA 4CFBA 1NKBA 3SUPA 2AJQA 3WXIA 1CLQA 4Z4IA 4BROA 3AVBA 3P83D 5I42A 3NH2A 3V9XA 4IOAL 3S9HA 5J2MA 2FLOA 3C0BA 1U49A 2HHIA 1YJNN 2KLAA 3SUQA 4A62A 4E1MA 5E26A 3TI0A 4OO1J 1ESVA 2KTQA 3MXMA 4FZZA 1GLBG 1YJWN 3D0PA 5KRSA 5HL7L 4E7HA 1GLDG 3RRHA 1C0FA 3VEXA 2R7YA 4HTUA 1TGOA 2QK9A 3ZEUB 4HCBA 1Q9XA 4FZXC 3ITHA 5FRMA 3LDQA 4I6MB 4JS4A 3U9DA 3OBWA 4RW8A 3SQ1A 3VQQA 2P9SA 5LY3A 2P9UA 3AVKA 4M3XA 4BRNA 4CCHA 4F2RA 4C8NA 5SWMA 4JYAK 1XUPO 1FKPA 1H1VA 4FW1A 4BRFA 3NGZA 4F4KA 3AA4A 4K42A 1TUYA 4BWMA 1LOTB 2QW9A 4J2AA 1QZ6A 1RBVA 2E6MA 3VF2A 4DV1K 4FLZA 3A5MC 3SAHA 2KFZA 3M5RA 3J7ZO 1T6CA 4Z0UA 3NH1A 1E4GT 1RBTA 4KPYA 4NXMK 4IFVA 4IFEA 3WNHA 1T03A 1ATNA 4DQIA 1S1UA 1K9MO 3UKUB 2IVOA 2P9NB 4BDZA 3ZSWA 4K8XA 1NJWA 4MDBA 1ATRA 2D4WA 5GIPA 1KTQA 4XIUA 3DYAA 2GBZA 3OA9A 3ASMA 3C6HA 3PO4A 4DV7K 5FPDA 4DSJA 4FJ7A 3MXJA 3I56N 1BCMA 4CJTA 4FLVA 1XC9A 3ZETB 5AQRA 4FSVA 5HBMA 3ZLJA 4JV5K 2O8FB 3MDQA 2RPIA 1HPZA 3K5OA 5AQHA 3ID8A 2V7YA 4LY7A 5M1QA 3J80O 4A57A 1K6YA 1KVAA 1J54A 3H3OB 4HUFA 4QS8A 2QWMA 3CFOA 3SBGA 4GKJK 3KJVA 1W97L 4QOZB 3KKRA 2UXBK 5FROA 3QINA 3TSUA 1L3SA 4M3UA 3AVNA 4OGCA 3PSFA 5JMVA 3NBPA 3M8QA 4CGGA 3V9ZA 5BRDA 4CF1A 1N32K 3HOSA 4NCAA 3QDKA 3CJ1A 4Z4CA 3KD5E 4CBWA 4BE1A 1BI4A 4X66K 4WQ4C 1VQON 4A59A 4CGJA 4H0PA 4UY8O 4O44A 4CGDA 5LL6Z 1S22A 4OKKA 3C6TA 1WNSA 3FZLA 4GV9A 3FFKB 5C2DA 2OZSA 4FLWA 1TK5A 1N5YA 1JXEA 2HBLA 4CEQA 4BRDA 2P9UB 4JKEA 4IWVA 1YAGA 4DFKA 3PUFA 1NGCA 4OPAA 4BWJA 3ULEB 3NE6A 1FKOA 2NRRA 2UXDK 4O55A 3KK2A 4FW2A 3VGLA 1VHXA 4LC9B 4B1WB 4FOEA 3AO3A 4E7KA 4BGBA 5M1KA 3OYGA 2P5OA 1KXPA 5TKWA 2E8AA 1IKWA 2AP1A 2B5JA 1XHXA 4DFPA 2X6NA 1SUQA 4B3MK 3V4IA 1T6DA 2IOCA 4DQ8A 3Q7CA 4CJLA 1HNIA 4RTFD 3FGUA 3QO9A 2O4IA 5C0YA 2XY6A 1TV6A 2IVPA 3SPYA 5AFUH 5AQYA 3LZIA 3ZT2A 4AH9A 2Q97A 1IKYA 2QKBA 5AZIA 3NAEA 1VSEA 4DQPA 3SMSA 3NCIA 1Z25A 3JYTA 3OYMA 4KHSA 1S72N 4XJXA 3DM2A 3UIQA 5CYQA 1VQ9N 1ASVA 1TAQA 2KZMA 4C8MA 4YOVA 4KB1A 3NDKA 3NGYA 1OH8A 3RMBA 4W5TA 2UUBK 1WSHA 2ZWHA 3SQ4A 2AA4A 2DFEA 3M3ZA 3PV8A 4H0TB 2W6KA 4JKAA 3VA3A 3SAGA 1C0GA 2RE2A 2B4JA 3L6QA 4N41A 1NK6A 4JK7A 3DXMB 4CK2A 1KCFA 4KB0A 3CPWM 4C8LA 1K8KA 3THVA 1P8ZA 3QICA 3EKSA 4CBXA 1B9DA 1YUWA 2GUPA 1NGGA 4LSLA 1NWKA 3F73A 1ZC6A 5M1PA 1T05A 4BQLA 1KAZA 3KLIA 3JXUA 4CZIA 2BGGA 3L2WA 3MECA 2HNZA 2VCPA 3RTVA 4BR7A 4B3RK 3R1XA 3B6PA 1FXXA 4Z4EA 4JKDA 4Q5VA 2HHXA 3AVFA 2NLXA 1BI4B 2VGNA 1RGIA 5C24A 3ZX3A 1UA0A 1KLMA 3L2QA 2KW4A 3HTVA 3QBXA 1TVRA 3OYBA 3E9PA 2E2NA 2P9KB 1QQOA 3KWGA 3F9MA 4CJ3A 1C1BA 3DLBA 4YOYA 4FO0A 4LSNA 4B9QA 2XY8A 3TR8A 2CH6A 2QXLA 3P4IA 4A2AA 3OS1A 3CJ7A 4KH5A 1GOCA 4I9LA 2QTDA 3AVIA 4B9VA 1L3TA 1YXQA 1YJ9N 4FWOA 3QEPA 4FLXA 3UE5A 3DLGA 3A2FA 3PIOL 4DTXA 4FJKA 2QWRA 3DMJA 3SI6A 3NF6A 2E4LA 4OVLA 3R9PA 1MWKA 5EU7A 4N47A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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