1LCUA

Polylysine induces an antiparallel actin dimer that nucleates filament assembly: crystal structure at 3.5 a resolution
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
371
structure length
361
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Polylysine induces an antiparallel actin dimer that nucleates filament assembly: crystal structure at 3.5-A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Contractile protein
total genus 95
structure length 361
sequence length 371
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-04-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1lcuA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1lcuA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1lcuA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1lcuA04
3O8MA 5F0XA 2FLOA 5BREA 4M7YA 1NGJA 3O5BA 5AQIA 2D0PA 4BR4A 4CZMA 3CJCA 2P9KA 3GOIA 3H1VX 1HX1A 3CERA 4BRNA 1U2VA 3VOVA 1C0GA 4A2BA 4PKGA 4DHYA 3VEVA 1ATRA 1WOQA 5KPZA 3WXIA 3SJHA 1NGEA 5I9EB 3VF4A 4EFHA 2P9SB 4FO0A 3GBTA 5CE3A 1ATNA 3A5LC 5BN9A 4B1XB 1NGCA 5BR9A 1C0FA 2P9LB 4FSVA 3UKUB 4KBOA 1ZBSA 3FZKA 3CJ7A 3WQUA 1X3MA 3FFKB 4B1ZA 3H1QA 3BP8A 2CGJA 2OANA 2F9TA 4QS8A 3LDLA 1Z6RA 4H0TB 3SK3A 4IZ9A 1D4XA 4PL7A 3ATVA 5E26A 3RSEA 3F9MA 2YHYA 3CQXA 3WEEA 1T6DA 4LC9B 3CIPA 4K41A 4HTLA 4BGBA 4BR0A 3O6WA 1HUXA 2P9PA 3WXJA 3M6GA 4JD2B 2E2PA 1XQSC 4FWRA 3U8XA 5AFUH 3SLCA 3D7EO 1V4SA 3DAWA 1S3XA 5AQQA 3CI5A 3GG4A 3HI0A 1HKCA 3VEYA 3M1FA 4CZGA 1MWKA 5JLFA 2E1YA 3H6EA 3UKRA 3FZFA 1BO5O 5AQRA 1KXPA 1Y64A 2BUPA 2QWOA 3BEXA 5TKYA 4PKIA 2CGLA 4MLEA 3MCPA 4MO5A 3MMVA 3ZEUB 2Q36A 3TPQA 3MN5A 2H3GX 3CJ1A 3I33A 5FPDA 2A40A 4DCHA 2ASOA 1ESVA 5AQHA 1KAYA 1NWKA 3AARA 4BQZA 1H1VA 5EXWA 4GY2B 4BREA 4CD3A 4H5WA 2Q0UA 3MN9A 4A62A 2HF4A 5BPMA 5AQYA 2ZGZA 2D1KA 4CI6A 1U6ZA 1GLBG 4BC5A 5KQ8A 4H0YB 1TYQB 2YCHA 3ZEUA 3ZETA 3O1BA 2NRHA 1HLUA 3HM8A 2P9NA 3FGUA 5JMVA 2QWMA 4CBUA 1NGIA 1R59O 4IJNA 3QICA 4FWKA 4I6MB 3D2FA 5AQTA 5AQPA 4O8KA 3ZX0A 1BA0A 3QFPA 4BC3A 4QS7A 4BRIA 2QWLA 1WUAA 4AM7A 2FSNA 4F9OA 2YHWA 4B9QA 4YDUC 2W40A 3GL1A 4B1UB 3JS6A 4FWMA 3MDQA 1TUUA 2I7PA 5KPTA 1TYQA 3C7NA 2W41A 3U9DA 4BG9A 3DWLA 2P9UA 1OKJA 4EAHD 3ULEA 4CJ7A 5BRFA 2FSKA 4WQ5C 4BRHA 3KZBA 3VENA 3AAPA 4M63C 2IIRA 3W3DA 1EQYA 1QZ5A 2DPNA 3KVGA 1GLAG 2AP1A 2I7NA 3EKSA 3EKUA 3A0IX 3BF1A 5AQUA 5AQOA 4BR5A 4CZEA 2FF3B 5EOYA 3GDQA 5AQFA 3R9PA 4XH5A 4EHTA 3QMLA 1YVNA 3A5OC 4XH1A 4BRGA 4BRCA 5FPMA 4DQ8A 4B1YB 1BUPA 1NGHA 5F2RA 3H46O 4CBWA 3BUZB 3HBTA 2D4WA 1ZC6A 2NZTA 2ASPA 1YAGA 1QHAA 1XUPO 2Q1NA 2E1ZA 1Q18A 1RGIA 3P4IA 4Z94A 1NGGA 1CZAN 1X9JA 4IO8A 3M3ZA 4FWOA 4PKHA 2P9SA 2Q31A 5AQSA 3HZ6A 5F1XA 3SMSA 1SAZA 3VERA 3G25A 2UYTA 5ADXA 2ZF5O 2P9LA 4BG8A 3WXKA 5AZIB 1NMDA 3FLCO 4C23A 3I8BA 2E8AA 3UKUA 4E1JA 1BWFO 5AQWA 2E2QA 1NM1A 3EN9A 3VEWA 3LDPA 1T44A 3CQYA 4BRKA 3IUCA 3DXKB 4BROA 2GWKA 4YDUA 3H45C 4BRLA 2A6AA 1RFQA 4HWIA 4H0XB 3EO3A 4EIAA 3ENHA 3L0QA 1YXQA 2HOEA 2QW9A 3JXUA 3VEOA 2ZGYA 1IG8A 2E88A 2E20A 4WQ5A 5AQMA 4CZIA 1LOTB 1NGBA 4JD2A 4BR9A 3U9ZA 5BPNA 4BRAA 3LM9A 1GLJO 2VYPA 2ASMA 4CZHA 4J8FA 5LJVA 3ZX2A 3O08A 2YJFA 2KHOA 3H3NO 3FZLA 3VF2A 5LY3A 3A8YA 4MLHA 4H03B 2VCPA 1DEJA 2D0OA 2WUSA 3ATUA 3CJBA 3CHWA 2PBDA 5EVZA 5AZJB 4WQ4C 4CZKA 4H0OA 2QWPA 3CJAA 3HTVA 5B8HA 2QWRA 4BRQA 4ISEA 5AQGA 1SQKA 5BRDA 2A42A 5AQKA 4IJAA 2YI1A 4AM6A 4XEIA 1MDUB 3ZX3A 2A41A 1Z05A 4BR7A 4BR2A 4QS9A 2VWBA 1P8ZA 5AQXA 2YHXA 4JHDB 4IXCA 2CH6A 4CZJA 1GLDG 5LJWA 1QQNA 1BU6O 3B8AX 4H5RA 4A61A 3O80A 3R6MA 5AFUA 3AY9A 1QQMA 3D2EB 3FE1A 1JCFA 5EX5A 5BRHA 3TU5A 3LL3A 3HSCA 2A3ZA 4H0VB 3WT0A 1J6ZA 4FWLA 3MN7A 2F9WA 2IVOA 3EL2A 4RWTA 2ZWHA 1TUYA 2P9KB 4I6MA 1BA1A 4CBXA 1KAXA 4XH4A 4H0PA 3FZHA 1U2VB 2GWJA 3GE1A 5KQDA 5AQJA 2Q97A 3ID8A 1GLEG 3IDHA 1QZ6A 2FSJA 1RDWX 3LDNA 2Q0RA 4NB4A 3KHYA 2V7ZA 3WQTA 4FPBA 1HPMA 4RCHA 5AR0A 1XC3A 2QWQA 3CJ9A 3UB5A 5E84A 3QBXA 2FF6A 4WYBA 4BRFA 4JNEA 5AQZA 1MWMA 2E2NA 3UE5A 1IJJA 3BF3A 4BVOA 3R8EA 3S41A 4BRDA 2CGKA 3VGMA 2QM1A 4BQLA 3C0BA 4WQ4A 1BOTO 1JCEA 3MK6A 5EY4A 3RSEB 2A5XA 4A2AA 3WEEB 1G99A 1GLLO 5AQNA 2GTDA 3QBWA 4BRPA 2P9PB 4FOEA 5KPRA 2QXLA 4BGAA 4DB3A 1LCUA 4CZLA 4B1WB 5AQVA 4IWVA 3VETA 3O1WA 2AA4A 1DKGD 1GLFO 3LDOA 3VGKA 3H3OB 3UKRB 1K8KB 3W0LA 4ISFA 3VPZA 2GELA 1MA9B 1NGAA 5JLHA 3FR0A 3O4WA 1ATSA 1E4GT 2GUPA 4JN4A 4K43A 5AZIA 4L3QA 3VEXA 2HMPA 3MN6A 1E4FT 1NGFA 4FOIA 1BDGA 3QDKA 4K25A 1YUWA 4RTFD 3VGLA 3AAQA 3FZMA 5FPNA 3DXKA 3WXLA 2QWNA 4H5VA 4M7XA 3A5MC 2V7YA 1K8KA 4FWSA 4FWNA 3WUHA 1HKGA 2FXUA 5FPEA 4PL8A 1S22A 3VESA 1JCGA 2V52B 3ZETB 5BPLA 2IVPA 2P9NB 1DGKN 2CH5A 1HJOA 2GEMA 4FPAA 5AQLA 1SZ2A 3DXMB 5ELZA 4CD1A 2PAVA 3U4LA 3L4IA 1T6CA 3D2FB 2HF3A 3IMXA 3QFUA 4BVPA 2NLXA 4H5TA 4ISGA 1GLCG 2YJEA 3A5NC 4H5NA 4GNIA 3OHRA 1BG3A 3CETA 1NLVA 3J8AA 1NBWA 3ENOA 4BRMA 5AZJA 5JICA 3C7NB 1V4TA 2EWSA 1X3NA 2P9UB 4FWQA 3ULEB 4K42A 3DJCA 2P9IB 2E2OA 3VEZA 3LM2A 3DXMA 4FWPA 4MO4A 2IVNA 4BC2A 3IFRA 4Y0WA 1ZXOA 4B1VA 4JAXA 2ITMA 4JHDA 1QQOA 4EHUA 4CZFA 3L6QA 5BN8A 5ADXH 4O5FA 1NGDA 1KAZA 4NO7A 3D2EA 4BC4A 2Q2RA 2J4RA 3VF6A 2V51B 3EZWA 3LDQA 3QB0A 3SMPA 2P9IA 1HKBA 2BTFA 4FL9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HOSA 4LFBK 4JI6K 2FLOA 2F4VK 2P9KA 3V9WA 2KTQA 1J5EK 3VOVA 4CHOA 3L3VA 3OYBA 4E3SA 2HBMA 2YKNA 3VEVA 1ATRA 3M8RA 1ASUA 3F2KA 4B9TA 2YKMA 3WXIA 1YT3A 5KRTA 2HHHK 4R79A 1YI2N 1FK9A 3KLGA 3JAMO 3GBTA 1ATNA 4DUZK 1ASVA 5C10A 1WSEA 1C0UA 3RMBA 3OBYA 1XMOK 3AA5X 1C1BA 4FSVA 3QEPA 1XC9A 4IFVA 3MXMA 3V9ZA 1X3MA 4B1ZA 4E7KA 4NXNK 4QS8A 1VK0A 1QSSA 4CESA 5E26A 5HRNA 4CJFA 3SUNA 2YHYA 4CFBA 4X66K 3CQ8A 2E6MA 2B6AA 4HTLA 3OYMA 4BR0A 3PX0A 2P9PA 5CR4A 4L8RB 3PLAA 4Q5VA 4FYDA 4IO9L 1NG9A 3SLCA 4JEPA 5GAHP 5AQQA 2W42A 2W6LA 1YJ9N 4CZGA 1MWKA 1K8AO 2HVIA 5DMRA 2VQEK 3SAGA 3T1AA 3DRSA 4DV0K 3P39A 3BEXA 4MLEA 3PX6A 3MCPA 4B9LA 4MO5A 2O8EA 1KQSM 3TPQA 3CJ1A 3I33A 2KFNA 4E0DA 1EWRA 1A5WA 4C1NI 1HNXK 4NLBA 1VQ5N 4NYNA 4FK0A 1KAYA 1NWKA 2OCEA 2G8KA 4BREA 1HYSA 4B9SA 4A62A 2F8TA 4E19A 2ZGZA 2D1KA 2OZSA 2HHWA 1U6ZA 3I55N 2OTJN 5KQ8A 1TYQB 2YCHA 1VSKA 3ZETA 1B9FA 2NRHA 3V1OA 3QNOA 1ZBHA 4PY5A 1NGIA 1LWEA 3QICA 1VAZA 2IDOA 3D2FA 5AQTA 4CK3A 3QFPA 4BC3A 3C6HA 1WUAA 2FSNA 3EY1A 4RW6A 1S1WA 4B9QA 4PUOA 2RHKA 2W40A 3GL1A 4CEFA 1VSIA 2DFHA 4FWMA 4DR1K 4BACA 5KPTA 3ZSZA 3OS2A 1TYQA 2NRRA 3HYFA 3SPYA 4DTRA 3CC2N 1RTJA 1HPZA 3DLKA 5M1KA 4IG0A 3CFRA 3T3FA 4HUEA 1WAJA 2I7NA 1LV5A 3EZ5A 3TAPA 4Z0UA 2KQ2A 1TKTA 2NRTA 5TKWA 3M8PA 1A5VA 4IEEA 3PY8A 5AQFA 3R9PA 3PUFA 4KRFA 1YVNA 4XH1A 4X65K 3NH0A 3QEXA 4B8AB 2YNGA 4CJUA 4JI1K 2HHVA 4CBWA 1K73O 3BUZB 3CMEN 4CHPA 3C95A 3T7ZA 2ZQBA 4F8RA 1YJWN 4CIEA 1JKHA 4CF8A 1TL1A 4W5NA 4Z94A 1EX4A 4Z4HA 4IO8A 3CYGA 3NVKA 1Z26A 3HZ6A 3SMSA 3V9XA 3SAFA 1WNSA 3AVLA 4CEBA 3WXKA 5AZIB 1WSJA 2E8AA 3VA0A 3UKUA 4KO0A 2E2QA 3VEWA 3LP3A 3P38A 4FLXA 3OYEA 5C12A 2QKKA 1Q8IA 4BROA 4DU3A 4EZ6A 2A6AA 3TAQA 4YOTA 2HOEA 1S5JA 1IG9A 2ZGYA 3MECA 2YHBA 4Y1DA 3THYB 2E20A 2RN2A 5AQMA 1YTAA 1W2BM 4JI5K 1LOTB 3E9PA 3TSQA 1RBRA 3OYLA 4DQSA 3CCLN 1KVBA 4FVMA 4J8FA 3ZX2A 2YJFA 2QA4N 4CE9A 1Q86O 2D5RA 4IFEA 2JLEA 2HHUA 1BIUA 3CJBA 3SPZA 3F5TA 5AZJB 4JKEA 4PA1A 4CZKA 2O8DB 4C8MA 3HTVA 3KKRA 4CJ3A 2QWRA 3C6AA 1E3MA 4B3OA 5BRDA 4IJAA 1TK5A 4ID5A 4OGCA 4CJ4A 3ZX3A 5C25A 4O8UA 4E7LA 3QEVA 2VWBA 3MX2A 5AQXA 3AGKA 3U6FA 2YHXA 3KKSA 4IXCA 2D0BA 2WTUA 5LJWA 5HOOA 4GKJK 4IG3A 1BU6O 4ZTFA 4CHNA 1HMVA 1TL3A 4HVJA 4A5AA 4NLCA 1O13A 3OYJA 5HBMA 3TU5A 1WAFA 2X6NA 3HSCA 5BRHA 3CFOA 3I0RA 1TKDA 1UWBA 4DR7K 3L8BA 3MN7A 3NBPA 2OZMA 2F9WA 3EL2A 4DTUA 1RTDA 4I6MA 4ELUA 3NAEA 4F4KA 4R5PA 5A2QO 3FZHA 1U2VB 2DY4A 4DR2K 2FSJA 3K2PA 1RDWX 4NB4A 3P5JA 1HNVA 2FBTA 3ZLJA 4LF8K 1I94K 5KI6A 2VWJA 1KLNA 3O4QA 3QBXA 4JRPA 4JNEA 1NKCA 4KV8A 4IDHA 2E2NA 3UE5A 4EP5A 1LAWA 1NKBA 3R8EA 4BRDA 4F2SA 5GADP 3SQ0A 4UY8O 3VGMA 4RG8A 1C1AA 4DR5K 1WB9A 3RSEB 2A5XA 2HHSA 4J2EA 1G99A 3AA4A 3RR8A 2NRVA 1YJNN 1N33K 5GINA 3O9SA 2QXLA 4FLWA 1OH8A 1LCUA 4CZLA 3J7ZO 2HHTA 5AQVA 1LWCA 4WCEL 3O1WA 3PSFA 1GLFO 3VGKA 3UKRB 3ZSRA 3EYZA 4BDZA 1MA9B 1NGAA 3BDPA 1S6PA 1VQ7N 3G10A 4JN4A 4L3QA 3DMJA 5CYQA 3SYZA 4FOIA 4LSLA 1OH5A 3D0PA 3SQ4A 3FZMA 4LF5K 3PV8A 4FM2A 5JENA 4M7XA 3KK7A 3WUHA 1HKGA 3IAYA 4IKFA 4JK9A 4JI0K 3D6RA 2FXUA 4LFAK 3THXB 1S22A 1S9EA 3BGRA 3DLHA 4AQYK 1IBLK 2P9NB 3TAFA 2CH5A 1HJOA 4CHQA 1SZ2A 5ELZA 1U4BA 4OVLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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