1LCUA

Polylysine induces an antiparallel actin dimer that nucleates filament assembly: crystal structure at 3.5 a resolution
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
371
structure length
361
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Polylysine induces an antiparallel actin dimer that nucleates filament assembly: crystal structure at 3.5-A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Contractile protein
total genus 95
structure length 361
sequence length 371
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-04-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1lcuA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1lcuA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1lcuA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1lcuA04
3D2EB 4B1ZA 3A5NC 2CH5A 3QICA 2GTDA 3MK6A 3ZX0A 4GNIA 2ZF5O 2E8AA 4BR0A 3VOVA 3IUCA 4B1WB 3U9DA 4DB3A 3UE5A 4EHTA 2P9UB 1ZXOA 5AQTA 4DCHA 2P9KB 1C0GA 3EL2A 4WQ4C 3O1BA 1P8ZA 4BRGA 3F9MA 3HTVA 4MLHA 2V7YA 2Q97A 4PL7A 3BEXA 4BC5A 3FLCO 5FPMA 1QQOA 2I7NA 1ZC6A 5AQYA 3AAPA 4BROA 1GLLO 3D2EA 4CD3A 5FPDA 1HUXA 4CZKA 4BC3A 2IVNA 3CJCA 3VESA 4O8KA 3QBXA 2DPNA 3H1VX 2P9UA 2P9NB 3FZHA 3O1WA 3FZKA 1IJJA 1X3MA 3C7NA 1ATSA 3I8BA 1TUUA 3J8AA 1ZBSA 2VWBA 4BR4A 3FZFA 4L3QA 3HSCA 4B1VA 3CJAA 3GE1A 4WQ5C 4H03B 4H0PA 3UKRB 4CZMA 4CBWA 3SLCA 1ATRA 5AQOA 4JD2B 2EWSA 1QZ5A 5EX5A 2A42A 3IMXA 4IJAA 5AQPA 3KVGA 4CBUA 2A5XA 4BQZA 5JMVA 4C23A 1XC3A 3CJBA 1NBWA 2D0PA 2V51B 2E20A 3O80A 3WEEA 3IFRA 5KQ8A 4BRCA 4NO7A 2F9WA 4CBXA 2BUPA 1D4XA 4IJNA 1JCEA 4JAXA 3C0BA 3WXIA 2FF3B 3CETA 5BPLA 2A41A 5AQKA 3WT0A 2IVPA 3UKRA 2FXUA 3KZBA 1QQNA 1RFQA 3LL3A 1BG3A 3A8YA 4BVOA 4EFHA 5AZJA 1U2VA 2D0OA 1T6CA 4AM6A 3MMVA 2CGJA 1GLJO 2E1ZA 5F2RA 4B1UB 4BRHA 3LDPA 4JNEA 4BRMA 2QWMA 4H0VB 3GL1A 3AARA 2P9SA 4I6MA 3O6WA 4IWVA 1DEJA 2Q31A 5BR9A 2NRHA 5TKYA 1GLEG 3UKUB 5JICA 3S41A 3U8XA 1V4TA 1NGGA 4FWSA 2E2QA 4BRKA 3FGUA 1BUPA 3B8AX 4BR5A 5AQLA 3SJHA 1GLCG 3VEYA 3M3ZA 3VGMA 1SZ2A 1Z6RA 3ZEUA 4H5RA 2ZGYA 1WOQA 4BR2A 2P9LB 4PKHA 4CZFA 1BA0A 4BRAA 2Q36A 4BG8A 5AFUH 4PKGA 4H0XB 1NMDA 1SQKA 2BTFA 4ISFA 4FWPA 3DXMB 5CE3A 2ZWHA 2GWJA 1Z05A 1IG8A 4HWIA 1QQMA 3ATVA 1KAXA 1YVNA 3UKUA 3QMLA 1NGBA 1K8KB 3WXLA 4CI6A 2PBDA 5EY4A 5BN8A 2HF3A 2P9PA 3UB5A 2YHWA 4RCHA 4BC4A 1RDWX 3BF1A 4CZJA 3FZMA 1NGAA 3RSEA 3H3NO 1MA9B 4FWNA 3W0LA 3G25A 4BRDA 2YCHA 3FZLA 3BUZB 5E84A 4FWRA 5BRFA 3VGKA 3SMPA 4CZEA 4DHYA 3H46O 3DXMA 3JXUA 5BN9A 4B1YB 2HMPA 2FLOA 1GLBG 3H3OB 4YDUC 4RWTA 1NGCA 1BU6O 4AM7A 4A2AA 3LM2A 4HTLA 4M7YA 5EOYA 5AR0A 1NGHA 3EKSA 2QXLA 2E1YA 4J8FA 5AQFA 3WXJA 3VEXA 3DXKB 3LDOA 3GDQA 4FWKA 1YUWA 4EHUA 3ID8A 4WYBA 3AAQA 1NGDA 3ENHA 1BWFO 5AQUA 4FL9A 4EIAA 2ZGZA 2VCPA 4BG9A 2Q0UA 4WQ4A 4O5FA 3M6GA 2P9KA 5F1XA 2FSKA 3CERA 3FE1A 4FSVA 3TU5A 3VETA 5AQZA 3EO3A 4B1XB 3I33A 3U4LA 2ASOA 2CH6A 3VF2A 3L0QA 2IVOA 2ASMA 2D1KA 3DWLA 1NWKA 2V52B 2ITMA 2A3ZA 2HOEA 3BP8A 5AQNA 2UYTA 3ATUA 4FWOA 3DXKA 2D4WA 4MO5A 4XH1A 3SK3A 2FSNA 2AA4A 2HF4A 4BREA 2ASPA 3CIPA 1WUAA 2P9NA 4QS9A 3MCPA 3H6EA 4MLEA 4H5VA 1NGIA 1HKCA 1NM1A 1DKGD 1BDGA 4WQ5A 2OANA 1H1VA 3WQTA 3GG4A 2FSJA 4BGAA 5EXWA 4BQLA 1XQSC 4CZGA 4KBOA 3AY9A 4JD2A 3O4WA 5AFUA 1ESVA 5ADXH 2NZTA 4CZHA 4QS8A 1NLVA 3IDHA 5BPNA 4H5TA 5AQIA 1HPMA 1Y64A 2QWPA 3VEVA 1S22A 1MDUB 4K42A 4A62A 3ZX2A 1T44A 1G99A 4GY2B 3MN5A 4BRIA 3JS6A 4JHDB 1TUYA 5AQXA 4BRPA 5AQHA 1GLFO 4Z94A 2F9TA 2QWLA 1NGJA 4FOEA 5AQJA 5AQVA 2QWRA 4FO0A 3CHWA 4H0OA 3ZETB 1BO5O 2FF6A 2GEMA 4DQ8A 4E1JA 4LC9B 4XH5A 5JLHA 3KHYA 1HKGA 2H3GX 3CJ1A 4BRFA 2IIRA 1JCFA 1U6ZA 1J6ZA 1LOTB 2CGKA 3A5OC 4FWQA 4M63C 5AQMA 3HBTA 2QWNA 4NB4A 3M1FA 3VPZA 1XUPO 4FOIA 5BREA 2Q2RA 2YJFA 3L4IA 5AQWA 2QW9A 3VGLA 4IXCA 1BA1A 1SAZA 3TPQA 5B8HA 5BRDA 5KPZA 4JN4A 1C0FA 3SMSA 3QFPA 4ISGA 1E4FT 3U9ZA 3VF6A 5KPTA 3VERA 1YXQA 5LY3A 2YJEA 3R8EA 2P9LA 2E2PA 3R9PA 1HKBA 3MDQA 1V4SA 5AQSA 3QDKA 2A6AA 1NGFA 5AQQA 2E2NA 1E4GT 3A5LC 3W3DA 1MWMA 3DJCA 4F9OA 1K8KA 1HLUA 1LCUA 2P9IB 1ATNA 4H0YB 2YI1A 3QB0A 1S3XA 3VEZA 1KAZA 3HI0A 3C7NB 2WUSA 1DGKN 2W40A 1EQYA 4CZIA 4CZLA 1GLDG 3QBWA 5JLFA 3VF4A 3GOIA 4YDUA 3GBTA 5ELZA 2QWOA 3QFUA 3WXKA 5ADXA 2QWQA 3BF3A 1GLAG 3D2FB 2GELA 5BPMA 3EN9A 2P9IA 5KQDA 3WEEB 4BR7A 4BR9A 3FR0A 4K25A 3CQXA 4CD1A 3WUHA 2NLXA 3H45C 2Q1NA 3MN7A 5AZIB 4XH4A 3OHRA 2CGLA 4BRQA 4FWLA 4QS7A 2A40A 3P4IA 2AP1A 5AZJB 1U2VB 4MO4A 4BRLA 3ULEB 1QHAA 1NGEA 1KXPA 1YAGA 3HM8A 3D2FA 1OKJA 2VYPA 3LDLA 4B9QA 4IZ9A 3L6QA 4K43A 2P9SB 3A0IX 4I6MB 4FWMA 1X3NA 5EVZA 3O8MA 4BRNA 3FFKB 5LJVA 1HJOA 2KHOA 1T6DA 3H1QA 5E26A 3D7EO 2E2OA 5AZIA 1KAYA 3O08A 3HZ6A 4PL8A 4FPAA 1RGIA 2GWKA 3ZEUB 4M7XA 2V7ZA 1TYQB 2YHXA 3ULEA 4FPBA 4RTFD 5LJWA 2QM1A 3LDNA 4K41A 4PKIA 1QZ6A 5I9EB 5KPRA 3VEOA 4EAHD 3WQUA 2GUPA 3ENOA 3LDQA 2I7PA 4CJ7A 2YHYA 1CZAN 4A61A 1Q18A 1MWKA 4Y0WA 2PAVA 2W41A 4BVPA 2J4RA 4H5WA 3DAWA 4JHDA 4A2BA 3CI5A 1HX1A 5BRHA 4H5NA 1BOTO 3CJ7A 2P9PB 3VENA 4XEIA 5F0XA 3CQYA 3O5BA 3LM9A 3R6MA 1TYQA 3RSEB 1X9JA 3ZETA 4BGBA 5AQRA 4H0TB 3ZX3A 3VEWA 3MN6A 4ISEA 1JCGA 1R59O 3EKUA 5FPEA 3A5MC 5AQGA 5FPNA 3MN9A 2Q0RA 4IO8A 2E88A 4BC2A 3CJ9A 3EZWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XHBA 4CJFA 4B1ZA 4CHPA 3NE6A 2CH5A 3RMAA 4JKAA 1HNWK 2E8AA 4IO9L 3U9DA 4EHTA 1BHLA 3EEQA 1C0GA 3EL2A 3SV3A 4AILC 1U4BA 3O1BA 4FZXC 4BRGA 5A2QO 2IC3A 1XI1A 4LSNA 2D0CA 2Q97A 1WBBA 1KCFA 3V1RA 3FLCO 2A1RA 4IKFA 1QQOA 2I7NA 3G10A 4YOWA 3L2RA 1GLLO 3QNNA 5FPDA 4CZKA 1NK4A 1IKVA 4JI6K 3QBXA 5C0YA 4X64K 4KTWA 1YJWN 2HNYA 3H1VX 2P9NB 4FJJA 1BQMA 5AJ3K 4WFNL 1IJJA 1X3MA 2KZZA 1ATSA 1TUUA 3J8AA 4BR4A 3FZFA 4L3QA 4B1VA 3SQ0A 3LPUA 4A5BA 2OPQA 1ZBLA 4BEBA 1RCHA 3CCEN 3CYGA 5EX5A 2A42A 1HYVA 4C8NA 3O9TA 1WB9A 4JI4K 3KVGA 4E7JA 3OYKA 3KK1A 4WFBL 2V51B 2E20A 1IG9A 5KQ8A 4BRCA 4DV3K 4M45A 1LV5A 3TAPA 4FZYA 1T05A 3D6RA 1TK5A 1JLQA 2FF3B 3CETA 3D45A 5AQKA 3AVFA 2FXUA 4C1NK 4FLXA 3ZSWA 4EFHA 3DLBA 1U2VA 3RWUA 4OLBA 5F2RA 4B1UB 3LDPA 4E19A 4MFBA 4GKJK 5GADP 4C8LA 1RT7A 3LZIA 3RMBA 4DTNA 2P9SA 3O6WA 1DEJA 1VRTA 4KH6A 3UKUB 3S41A 1V4TA 1NGGA 5C10A 1QVGM 2HW3A 4BACA 4KREA 2HHWA 3HP6A 3VGMA 4I2PA 4JLHA 4F2SA 3QEIA 4BG8A 4OPKA 2YHAA 3C6HA 4FJNA 3F9KA 1SQKA 2BTFA 4AF1A 3J7YP 4DR7K 4JKGB 3K2PA 1Z05A 3L2QA 5KRTA 5D3GA 4DF8A 2GX9A 2VQEK 3PV8A 2YX6A 3KJVA 4CI6A 5EY4A 4BDYA 5BN8A 2OTJN 1SKWA 2YHWA 4RCHA 4CZJA 3IG1A 1NGAA 3RSEA 3TR8A 3NGYA 4DSIA 3W0LA 2YCHA 4WE1A 2RPIA 1RTHA 3SMPA 4ZHRA 2I5JA 1JLCA 3DXMA 3NFAA 1S1XA 4CJLA 4CEDA 1BU6O 4HTLA 5EOYA 1NGHA 2HHSA 1HMVA 4J8FA 3AVAA 5AQFA 3WXJA 5KTQA 5SZTA 3AVNA 3GDQA 3N4PA 1ITGA 4FWKA 3NGIA 1RTJA 4Z4FA 1K9MO 5AQUA 3P39A 4FL9A 4EIAA 4O5FA 4I7FA 2P9KA 4DS4A 2FSKA 4Z0UA 3C6TA 4FLVA 2CH6A 3VF2A 1JXBA 3I0RA 3OVNA 2ASMA 1EX4A 3K0SA 4HCBA 1NWKA 4DQQA 2A3ZA 2IOCA 5AQNA 4M3XA 3ATUA 4FWOA 3DXKA 3KKSA 2Q3SA 4CGGA 3SK3A 3RR8A 3QEPA 4BREA 4JK7A 3CD6N 3CIPA 2Z1GA 2ZM6K 4KI6A 3DOKA 3DYAA 3H6EA 1W2BM 4MLEA 5GAEP 1NGIA 3VQPA 1R0AA 2YKMA 2G8VA 2F8SA 2IS3A 4BGAA 5EXWA 3VQBA 1XQSC 1OVQA 2X6NA 1QE1A 3HVRA 2NZTA 3IDHA 2O8EB 2NRXA 1QHTA 5CZ1A 4NCBA 3VEVA 1TL3A 1MDUB 4DV7K 1YI2N 2KKZA 3K58A 5IT9O 1T44A 1G99A 2OCEA 1KTQA 3ZSQA 4BRIA 4Z94A 4FVMA 2EX3A 4KO0A 3MXJA 4M42A 4DV1K 4H0OA 1X9WA 4BDPA 1BO5O 4DQ8A 4DR6K 1RDCA 3G0ZA 4KTZA 2W00A 2X6SA 3OYBA 5JLHA 3KHYA 3U6FA 3CJ1A 2HBLA 4GKKK 1U6ZA 4JEPA 4FWQA 1J6ZA 4IEIA 4ICLA 3VQ5A 3HBTA 2KFZA 4MDBA 3DOLA 4NB4A 3V1OA 2B5JA 2D0AA 3M1FA 3VPZA 1X9MA 4ELTA 4LF6K 5HRRA 5LMNK 2Q2RA 2YJFA 3L4IA 1XHXA 1UA0A 4CJEA 3VGLA 4E7LA 1BA1A 1SAZA 4FJ9A 3QEWA 5JVGL 1KFSA 4DU4A 1RT4A 4F3OA 3VF6A 3ENBA 1YXQA 5LY3A 2YJEA 3CQ8A 4KH4A 2FBTA 3R9PA 3HVTA 4DG1A 3QESA 2EHGA 2HNZA 3QEVA 1V4SA 3SJJA 4KHWA 1S1UA 2WOMA 4OO1J 3VA0A 3ZSZA 5AQSA 3QDKA 2A6AA 4I2QA 5AQQA 1E4GT 4FW2A 3QLHA 3V9ZA 4OPHA 4OGCA 3DM2A 5JS2A 3IKMA 1HLUA 3NF9A 3J7AP 1EWRA 4LF5K 4H0YB 3M8RA 2O8BB 1YIJN 1ASUA 3HP9A 1S3XA 4FZZA 4FM0A 2KLAA 3DRRA 4YORA 1QTMA 3THWA 2WUSA 1DGKN 2NRZA 4KPYA 1U47A 4AH9A 3QBWA 1BISA 1WNSA 3TSQA 1VK0A 3TAQA 4KI4A 4F8RA 5ELZA 5ADXA 3SUPA 3BF3A 1U04A 4G9ZA 4EP5A 3MEEA 5BPMA 3ITHA 2P9IA 3WEEB 1SKSA 1RT3A 1RBVA 2WFBA 2NRTA 3J80O 4DV2K 5FDLA 4JK9A 1LAVA 2BDPA 2G8HA 4K0KK 2NLXA 3H45C 2Q1NA 2VG5A 3R3LA 4NCGA 1NOZA 4QS7A 4UQGA 2A40A 4M3WA 3IS9A 2A1SA 3NHGA 3UIQA 2WC9A 5DM7L 4ILGB 3LDLA 1TKZA 4B9QA 2G8UA 3T1YK 1VSFA 4OPAA 5EVZA 2RN2A 4BRNA 5LJVA 2NUBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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