1LOTB

Crystal structure of the complex of actin with vitamin d-binding protein
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
DETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the complex between actin and human vitamin D-binding protein at 2.5 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Vitamin D-binding protein
molecule tags Transport protein, structural protein
total genus 112
structure length 359
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1lotB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1lotB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1lotB03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1lotB04
2P9NB 3IFRA 3LM9A 3VEXA 2FF3B 4IXCA 3MN9A 3VF6A 5ELZA 2IVPA 2GWJA 4AM7A 4CD3A 3ZETB 5AQUA 5FPEA 3RSEB 2QWMA 1RDWX 4E1JA 5EVZA 3FFKB 4PL7A 4L3QA 3O6WA 4RCHA 5BPLA 2I7PA 1GLDG 4BR0A 3ZEUA 4BR2A 3SK3A 2AA4A 2Q1NA 2YHXA 5LJVA 4CZJA 4XH1A 1RGIA 4HWIA 2W40A 1NGJA 3FGUA 1QQOA 3O08A 3FZHA 2ASOA 4H0TB 3CETA 3BP8A 5AQQA 4BQZA 5FPDA 4XEIA 5AFUH 1MWMA 4BROA 2FSKA 1ZXOA 2J4RA 2ZF5O 1LCUA 1BOTO 4PL8A 4BVOA 3UE5A 4BVPA 3GG4A 2P9SA 2QXLA 4I6MA 2VCPA 2D4WA 4FWMA 3D2FB 5BPMA 1MDUB 1T44A 1SZ2A 1TYQA 1X3MA 4WQ4A 4J8FA 3D2EA 1K8KA 4ISEA 2W41A 4O8KA 4EIAA 4CBXA 5F1XA 1RFQA 3LDLA 3B8AX 5JLHA 3U9DA 1LOTB 1QHAA 2P9KB 1NGBA 1GLAG 1J6ZA 3QICA 3C7NA 4BGAA 4BQLA 3FZLA 4K42A 2A41A 2YJFA 1NGHA 4DQ8A 2P9LA 1NGGA 4H0YB 3IUCA 2D0PA 2HMPA 5AQOA 2GWKA 3VEYA 5KPRA 5BN8A 3SJHA 2FF6A 3LDQA 3R9PA 2Q36A 3A5LC 4YDUA 3WEEA 1Z05A 2QWQA 4JHDA 3UKUA 3DAWA 3O1BA 3WUHA 2CH6A 4JD2B 5AR0A 4CJ7A 1XC3A 3CERA 4KBOA 3BF1A 2GUPA 3CJAA 4BR9A 2A3ZA 4EHUA 3KHYA 3H3OB 3L0QA 4QS7A 5BRDA 3ZX2A 3LM2A 4XH4A 1BUPA 4IO8A 2FSJA 3H45C 5AQNA 3TU5A 3U4LA 1NM1A 2KHOA 4BR4A 3BUZB 2Q2RA 3VEOA 3CJ9A 2IIRA 2IVOA 1V4TA 3SMPA 3MDQA 3GE1A 2V51B 5KPZA 2CGJA 2FSNA 3ENHA 4BC3A 2E1YA 3DXKA 4CZGA 3VF4A 2P9IA 1GLFO 3ENOA 2IVNA 4K43A 4WYBA 1WOQA 2QWNA 3EZWA 1MWKA 2P9NA 4B9QA 4BRDA 2QWRA 1E4GT 4H5NA 4PKHA 4BRHA 1R59O 3CI5A 4DB3A 1C0GA 1T6DA 3M3ZA 5AQXA 3LDPA 4BR7A 4BC5A 1GLJO 4FWPA 4IZ9A 1BDGA 3QMLA 3ZETA 4FOIA 3RSEA 3J8AA 4JAXA 2E2QA 2ASPA 5AQYA 3A8YA 3FE1A 3WXIA 1NGDA 5AZIB 5BREA 2F9WA 1KAYA 4ISFA 5EXWA 1H1VA 4IJNA 5LY3A 4FWSA 3FZKA 1U2VB 1HKGA 1QZ6A 2QWOA 3LDOA 1ATNA 3SMSA 2QWLA 2VWBA 4CI6A 5KPTA 3ZEUB 5BR9A 3ATUA 3FLCO 5CE3A 1SAZA 4CZHA 1BO5O 2D1KA 2P9PB 3EN9A 3HZ6A 3I33A 3R8EA 4PKIA 3AY9A 4B1UB 5AQPA 3DXMB 4CZFA 4BRCA 1P8ZA 3P4IA 2QW9A 3CQYA 4PKGA 3HTVA 2I7NA 2ZWHA 3QB0A 1T6CA 3A0IX 4MLEA 4MO5A 4M63C 5AQWA 3ZX3A 3H46O 4BG9A 4EAHD 5AQMA 3D7EO 5E84A 1YUWA 3HI0A 1V4SA 3W3DA 3CJCA 3D2FA 3VEVA 3VETA 5AQZA 4AM6A 1KAZA 1KXPA 4LC9B 3U8XA 4FWOA 3EKSA 5TKYA 3OHRA 4BRFA 2UYTA 3MMVA 3UKRB 3FR0A 1HKBA 4ISGA 4B1WB 4CZIA 4EFHA 4MO4A 1X3NA 1TYQB 5JICA 3GDQA 1Z6RA 4H5RA 3A5MC 3CJBA 1C0FA 3G25A 4WQ4C 5AQHA 4A2AA 2P9UA 3SLCA 4BRKA 3KZBA 4BR5A 5ADXA 4EHTA 1K8KB 2P9KA 3IMXA 3TPQA 2FXUA 2Q31A 4MLHA 2A42A 4BRPA 2A40A 2Q97A 4CZMA 4FL9A 2V7ZA 3DWLA 3O80A 4F9OA 4H5VA 5E26A 4FSVA 2YJEA 3MCPA 1NMDA 5EOYA 4JN4A 1NGEA 3VGLA 4IWVA 4FO0A 5BN9A 1ESVA 5AQGA 3ULEA 3H1VX 2HOEA 4XH5A 3CJ1A 4WQ5C 2EWSA 1BA1A 4K25A 2V52B 3GL1A 3EL2A 4JNEA 2P9LB 3W0LA 5AZJA 3R6MA 3MK6A 5AQFA 1BA0A 3VF2A 4BRGA 2F9TA 2GEMA 3QBXA 2HF3A 4B1YB 4JHDB 4RTFD 1HKCA 2YHWA 3WXJA 4BG8A 1ATSA 3QDKA 1YVNA 2BTFA 4Y0WA 2Q0UA 4BRMA 1GLEG 2YI1A 3L6QA 5EY4A 3M1FA 4BRAA 5KQDA 5ADXH 2E1ZA 3L4IA 4CBUA 4B1XB 5KQ8A 2NRHA 4H5WA 5AQKA 1ZC6A 1JCGA 2V7YA 3ID8A 2D0OA 3JS6A 1DGKN 3BF3A 5AQJA 1TUYA 3O1WA 3C0BA 1G99A 2ITMA 1NGCA 1BG3A 4FOEA 4H0OA 5LJWA 1TUUA 4M7XA 4BRLA 4FPBA 1HUXA 2WUSA 3MN6A 2ZGYA 3HM8A 3HSCA 3MN7A 2E2PA 3EKUA 2NLXA 3VGMA 4FWKA 2E2NA 4M7YA 4NB4A 2ASMA 4BRIA 3O8MA 3H3NO 4DHYA 1QQMA 1QZ5A 2HF4A 4H5TA 5AQTA 1ZBSA 5AZIA 2VYPA 5AQSA 3HBTA 1EQYA 5BRFA 2GTDA 4H0VB 3IDHA 4DCHA 1U2VA 2CGLA 3VENA 1BWFO 4RWTA 4GNIA 1Q18A 3WXLA 3DJCA 5BPNA 3UB5A 3F9MA 1GLCG 1BU6O 1OKJA 1IJJA 3FZMA 1U6ZA 4HTLA 2E88A 1JCFA 2QWPA 2H3GX 2PAVA 3CHWA 2BUPA 2P9PA 5B8HA 3AARA 5F2RA 3DXMA 3H6EA 5F0XA 1DKGD 4FPAA 4BGBA 1YAGA 4C23A 1NGIA 2P9SB 3VEWA 4I6MB 3CJ7A 3QFUA 4BREA 1HPMA 3QFPA 4QS8A 3S41A 2DPNA 1HLUA 4GY2B 4CZKA 1HJOA 3VPZA 1QQNA 5AQLA 2GELA 3M6GA 2Q0RA 3UKRA 2QM1A 4H03B 3H1QA 1NLVA 3D2EB 3CIPA 5AQIA 3LDNA 3A5OC 1CZAN 5EX5A 5FPMA 3MN5A 4BC2A 1S22A 3U9ZA 2ZGZA 5AQVA 1S3XA 2P9UB 1JCEA 3C7NB 4H0PA 4CZEA 4K41A 4B1ZA 1GLBG 4NO7A 5JMVA 4A2BA 3VGKA 1WUAA 2OANA 4WQ5A 4B1VA 4Z94A 2CGKA 2E20A 3I8BA 3ATVA 3WXKA 2AP1A 3LL3A 5JLFA 3ULEB 1MA9B 4BRQA 1GLLO 1NGFA 3GBTA 3VESA 3VOVA 4YDUC 4JD2A 3WEEB 3WQUA 3UKUB 5AZJB 3VEZA 1IG8A 3ZX0A 3A5NC 1E4FT 4FWNA 1ATRA 1XQSC 1DEJA 4FWRA 1XUPO 4IJAA 4FWLA 4BC4A 1KAXA 1Y64A 4QS9A 2PBDA 3O5BA 2CH5A 4CBWA 5FPNA 3BEXA 3JXUA 4BRNA 3EO3A 3AAQA 2A5XA 1D4XA 1YXQA 2A6AA 3FZFA 4O5FA 2E8AA 4CD1A 1NWKA 4CZLA 3AAPA 2NZTA 1SQKA 4A61A 5AFUA 2YCHA 3WQTA 5AQRA 1HX1A 3KVGA 3O4WA 4H0XB 2FLOA 1NGAA 1NBWA 3DXKB 3QBWA 4FWQA 5I9EB 3VERA 1X9JA 2E2OA 2P9IB 3GOIA 3WT0A 4A62A 2YHYA 5BRHA 3CQXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDCA 5GIOA 4F4KA 1VSFA 3LAKA 4IO9L 1JXBA 3TAGA 1IKVA 3AV9A 5M1QA 4DSIA 3AVMA 4B3RK 3ZETB 3QIOA 1BHLA 3KKSA 4WFBL 2ZE2A 5KTQA 3K58A 2F8SA 3MWPA 3VQEA 1FKOA 2NRVA 3EEQA 4CEDA 3O6WA 4RCHA 5BPLA 4F2RA 4CIEA 1GLDG 3SJJA 3K5OA 1RBRA 2AA4A 2Q1NA 1ZBHA 5J2QA 4XH1A 1T7PA 4EP5A 3IRXA 4GKJK 3PY8A 1UOCA 1NGJA 3NAEA 2OPQA 2ASOA 4H0TB 4HUFA 1Q8IA 4XEIA 5CR4A 4O8UA 2HB5A 1MWMA 1BCMA 2J4RA 4RW7A 4A57A 3UE5A 2O8CB 2P9SA 1VRUA 2QXLA 2VCPA 5C2FA 4XIUA 3NHGA 1MDUB 1T44A 1S72N 1QSSA 4LF7K 4OVLA 3TAMA 4JLHA 1L3SA 4ISEA 3NF9A 5F1XA 3LDLA 2P9KB 3NH2A 2UXDK 1B92A 3NGZA 1J6ZA 3QICA 3C7NA 1JLBA 1TL3A 3RRHA 2NNWA 3FZLA 4K42A 5C42A 2O8EB 3K5LA 3CQ8A 4DU4A 4DQ8A 2P9LA 4ICLA 3IUCA 2HMPA 3TTCA 1YI2N 4DV7K 3OYHA 1XHZA 5KPRA 5BN8A 2E6MA 3R9PA 1FJGK 2WFBA 1I94K 3O1BA 2XY8A 3L2UA 3D6RA 4CJ7A 1XC3A 4KBOA 1B9DA 4FJ8A 2KZZA 4KTZA 3L0QA 5A2QO 4XH4A 4Y1CA 4IO8A 2QXFA 2ZJPL 1VQ8N 4ILHA 3PO5A 3RRGA 5FRMA 1W0HA 3VEOA 4KHUA 3HM9A 3L3VA 3SMPA 3E1YA 1EKEA 3MDQA 3GE1A 2V51B 1RDUA 3ENHA 3NH0A 4ZHRA 1GLFO 4K43A 3L4QA 1RT5A 4IEIA 3I56N 4AILC 2RN2A 4KH6A 4B9QA 4BDYA 3SV3A 3T1AA 3CI5A 4DB3A 1C0GA 1T6DA 5AQXA 3ZYYX 4GVEA 2E2QA 3A8YA 3FE1A 1NGDA 3J7AP 3PIPL 1OH6A 1GOCA 4DTNA 4DFPA 3VQBA 3CD6N 1RT7A 5EXWA 3QEIA 4KH4A 2VGMA 5LY3A 4FWSA 1HKGA 1LWEA 4KRFA 1B9FA 2QWLA 1VQ5N 3I55N 3T69A 3T7ZA 4CZHA 5C0YA 3WNHA 4OPAA 2XY6A 3KLHA 1TKZA 2YV0X 4CHZA 3DXMB 4CZFA 4CEBA 1XHXA 4AHTA 3SCXA 2I7NA 1YJNN 4MLEA 2X74A 4LF4K 5J2PA 1JLQA 1HNZK 1KRPA 4Q0BA 1IKYA 5E84A 4WFNL 4NYFA 4MQ3A 4ELUA 3VETA 3CG7A 4PUOA 3DI6A 4HCCA 4AM6A 3VQDA 2XHBA 1KFDA 1C0UA 3V9SA 1RDAA 4PY5A 3FR0A 1IV0A 1HKBA 4ISGA 4B1WB 4W5RA 4MO4A 1WSGA 1RDBA 3A5MC 3CJBA 4XJXA 3SNNA 5AQHA 4I7FA 4A2AA 3ZSQA 1QVFM 1EWRA 5ADXA 1YT3A 1XMOK 4I9QA 4Z4GA 1VQPN 3IMXA 4CJVA 2FXUA 4PQUA 5JENA 4FJLA 4DR4K 3VMFB 3C6HA 4CZMA 2QEXN 4FL9A 1M1KO 3QNNA 2WTUA 4H5VA 4OLBA 4YNQA 4V19S 4FSVA 4DTUA 3VGLA 1GOAA 5AQGA 1U4BA 2HOEA 4XH5A 3BZCA 5JVHL 2V52B 3GL1A 3EL2A 3W0LA 4ELTA 3R6MA 4X62K 4CEQA 1RT3A 3THWB 5AQFA 4DQIA 1Q82O 2OYQA 3B6PA 2F9TA 3MXMA 4FJNA 4JKAA 2HVHA 3TAPA 2ZJRL 4JHDB 3MWTA 1LW0A 3AVNA 2YHWA 5J2NA 2BTFA 4BRMA 3L6QA 4BRAA 3HXMA 4IEEA 5KQ8A 1NK0A 2NRHA 1VQMN 4H5WA 4FK0A 4YFUA 1JCGA 5SWMA 3VTHA 1W97L 3CFRA 1FKPA 4FYDA 1JLEA 3OYJA 4CJTA 4WE1A 5C25A 3NF8A 1NGCA 3THYA 4B9TA 1N32K 3RVCA 1TUUA 1T3VA 3VQ5A 2ZGYA 3OY9A 2O8BB 2E2PA 3IS9A 3OYAA 1OH7A 4A5AA 4B9UA 2E2NA 4M7YA 4F2SA 4JS5A 4BRIA 2WC9A 4LSLA 3ZSOA 1QQMA 1EXQA 3SUNA 4DG1A 2UUBK 1ASUA 2GTDA 3PSIA 2E6LA 4H0VB 1UA0A 4NLBA 3CF5L 3IDHA 4DCHA 2BGGA 1U2VA 3CCMN 4JI6K 1BWFO 4GNIA 3SAFA 3WXLA 3DJCA 4KHWA 3UB5A 4O0JA 5C15A 1HR0K 2YNFA 3RMBA 1NJZA 1S1VA 3O4QA 1EO1A 1WB9A 4BECA 2O8DA 4MDBA 1VRTA 1ITGA 4C23A 4DR3K 1NGIA 1YJWN 1RT2A 4W5NA 1JJ2M 3CJ7A 4B3SK 3CMEN 4QS8A 4FJHA 1YF5L 2YHBA 3D0PA 1JLFA 5HRNA 3QLHA 3VPZA 1D9DA 4JKHA 1QQNA 5AQLA 4H03B 3H08A 4CECA 3K5MA 3N4QA 5AQIA 3NF6A 4KTWA 1C1CA 4CJUA 4CVNE 1U47A 3MN5A 4RW6A 5HL7L 3ENBA 3CCSN 4JI8K 4E1NA 4RG8A 5GAEP 1S22A 3U9ZA 5AQVA 2XY7A 1O13A 1C1AA 1DLOA 4CCHA 2OZMA 2FBTA 5JMVA 2GX9A 1SKWA 3TWHA 4JKGB 1YHQN 1K8AO 3NVMA 4FZYA 2AP1A 2HHIA 3LL3A 4M45A 5IWAK 2FBVA 2VQEK 3CCUN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4BWM A;  1NK7 A;  4IFY A;  2XRI A;  2OTJ N;  4YOV A;  1TKX A;  3OYM A;  3A5O C;  1S6P A;  4NCB A;  3HYF A;  4JRP A;  1ZYQ A;  3CCJ N;  1NK8 A;  3QNO A;  4LD0 A;  1SUQ A;  1JCE A;  3F73 A;  4OGE A;  1GLB G;  4NO7 A;  2P1J A;  1SS6 A;  4FZX C;  3VGK A;  3OBY A;  3MXI A;  1S1T A;  1S9E A;  4B1V A;  4Z94 A;  2E20 A;  3E9O A;  1K73 O;  4YOU A;  4OO1 J;  5JLF A;  1T05 A;  1A5V A;  3VQP A;  4BRQ A;  1NGF A;  3UKU B;  3OYL A;  3HL8 A;  2HNY A;  4AHC A;  4J2A A;  3A5N C;  1E4F T;  4CHQ A;  1JKH A;  1XWL A;  4R79 A;  3U3G A;  2KFN A;  4AQY K;  1XUP O;  4IJA A;  3OYK A;  2HBM A;  1KAX A;  4AF1 A;  2OPR A;  4QS9 A;  1CLQ A;  2A5X A;  1YXQ A;  3AGK A;  4M41 A;  4OPK A;  3E66 A;  3TAQ A;  2E8A A;  4B9S A;  3DLR A;  1IBK K;  3G6E N;  1NWK A;  2RE2 A;  4NXM K;  4M3T A;  1KD1 O;  1SQK A;  5HRO A;  4N41 A;  1HQU A;  5AQR A;  1HX1 A;  3KVG A;  3O4W A;  4N76 A;  4K0K K;  1Q9Y A;  3VQA A;  1NBW A;  2Y1J A;  5GAD P;  1X9J A;  1BI4 A;  3GOI A;  2X78 A;  3J81 O;  4JAX A;  3QEP A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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