1LOTB

Crystal structure of the complex of actin with vitamin d-binding protein
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
DETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the complex between actin and human vitamin D-binding protein at 2.5 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein, structural protein
molecule keywords Vitamin D-binding protein
total genus 112
structure length 359
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1lotB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1lotB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1lotB03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1lotB04
3BP8A 2F9WA 5ELZA 3ZX2A 2YCHA 4CI6A 4WYBA 4FSVA 1RDWX 3ATVA 4B1VA 2Q2RA 5AQTA 3H1QA 2GEMA 4BR9A 5AQKA 5EXWA 2ASPA 1ZXOA 2QWMA 4B1ZA 3SK3A 4CZFA 4FWLA 1LCUA 4BC5A 1S3XA 2H3GX 2Q0UA 5BPMA 4PKIA 5E84A 3UKUA 3LM9A 4JNEA 3R6MA 2CGLA 1KXPA 4B1XB 4H0YB 4ISEA 3VF6A 3VETA 3UB5A 3DXKB 4BVPA 5JLFA 1QQMA 2E88A 1WOQA 1TYQB 3MK6A 2ASOA 3QICA 4MO4A 3ULEA 2IIRA 2A41A 3ZETA 5LJVA 4PKHA 3D2FA 3CJCA 2QM1A 3WEEB 3O80A 3HSCA 3C0BA 5AQQA 2CGKA 2F9TA 2FXUA 3AAQA 4BGAA 2VYPA 3MMVA 5BPNA 1TUUA 4BRNA 4BR7A 1HUXA 5KPZA 3M6GA 3ENOA 4AM6A 1Z6RA 3FZLA 2I7PA 3DWLA 3MN7A 3A8YA 4GY2B 4IJNA 4BRGA 1MWKA 3EL2A 4K41A 5JMVA 2P9SB 4EFHA 2FSKA 5I9EB 2EWSA 3D7EO 5CE3A 3AARA 3IMXA 4JN4A 3U9DA 2ZWHA 4FL9A 1X9JA 3MDQA 2VWBA 1H1VA 3FZKA 4BROA 2E2NA 1U2VB 3MCPA 1MDUB 3F9MA 1BA1A 2QXLA 3J8AA 4PKGA 3BF3A 2GWKA 5LY3A 2KHOA 4FWNA 3ZEUA 5AZIA 2Q31A 3HTVA 3O6WA 1YUWA 2ZGZA 4JD2A 4B1UB 2OANA 1NMDA 1R59O 1GLLO 2P9UA 2E2OA 3GOIA 1KAXA 3OHRA 3A5OC 3D2EA 4FOIA 1QZ5A 4H5VA 2QW9A 3FE1A 4BVOA 3CJ1A 1T44A 3IUCA 1QHAA 3C7NB 5AQYA 4RWTA 4BG9A 4MO5A 3DXKA 2YHWA 4EIAA 3QB0A 4BC3A 5AQJA 4GNIA 2BTFA 3LDOA 1DKGD 4IZ9A 5EVZA 3LDNA 4JHDB 3VGLA 4IO8A 3VEYA 5AQVA 4BR4A 3WEEA 3VEOA 3KZBA 4ISFA 2A3ZA 3CJBA 4XH4A 3WUHA 2DPNA 3WXLA 3EKUA 5AQUA 4RTFD 1BU6O 1K8KB 1NLVA 2CGJA 5BR9A 3FZMA 5EOYA 1S22A 3GDQA 4BRIA 3CJ9A 4CBUA 3VERA 2FSNA 4I6MB 5EX5A 5AQRA 3KHYA 3O08A 1ZC6A 5AZJB 4BRLA 1ATRA 3MN5A 2Q36A 3RSEA 3FFKB 4J8FA 3DXMA 3GBTA 4WQ5A 1Y64A 3CJAA 4Y0WA 5E26A 1E4FT 3FLCO 5KPRA 1U2VA 3HZ6A 1HKCA 4IJAA 4M7XA 4BRDA 3VF4A 1HPMA 3DAWA 2A40A 4O5FA 4AM7A 5AQHA 1BG3A 3WQTA 4CD3A 1GLBG 3O4WA 4H5TA 2D4WA 2P9NB 1YXQA 4BR5A 4IXCA 3GE1A 1NGIA 4FWMA 3BUZB 2A6AA 4H0XB 3QFPA 4QS9A 4EHUA 3B8AX 1IJJA 5FPEA 3L0QA 2FSJA 1KAYA 3H3OB 4HTLA 3UE5A 3W3DA 4NB4A 1NGAA 3R8EA 3TPQA 4XEIA 2GWJA 4FOEA 2GUPA 1RFQA 2AP1A 3CQXA 1SZ2A 3ZX0A 2GTDA 5AQIA 3IFRA 3DJCA 2I7NA 1U6ZA 4WQ4A 3R9PA 1ATSA 2A5XA 3JS6A 3H6EA 5EY4A 1X3MA 4BRCA 5AQSA 3S41A 3A5NC 3FZHA 1GLDG 3GG4A 4WQ5C 1BDGA 4CZKA 4Z94A 2V7YA 2P9KA 1NWKA 2NRHA 3H1VX 3AAPA 1GLCG 2P9LB 4H0TB 3MN6A 2P9IB 4BC4A 3UKRB 4A2AA 4K25A 1XC3A 3U8XA 3FZFA 3QBXA 5AQNA 5AQXA 3G25A 4BR2A 1E4GT 3VF2A 5KQDA 3WQUA 1IG8A 5F2RA 4K43A 3AY9A 1MA9B 1GLAG 2J4RA 1OKJA 1WUAA 1NGBA 5AQOA 3L4IA 3M3ZA 1BOTO 1D4XA 1GLJO 2BUPA 3SLCA 2P9PB 1NM1A 1XQSC 4RCHA 2E2QA 4CBXA 1NGFA 4EHTA 5BPLA 3FR0A 2P9NA 1LOTB 3VEXA 1HX1A 4WQ4C 2GELA 2IVNA 3FGUA 2IVPA 4JAXA 4BRHA 3H45C 4CZHA 1GLEG 3LDLA 2HMPA 2V7ZA 3O8MA 4LC9B 2E2PA 5BRDA 1JCGA 1HJOA 2IVOA 2PBDA 4FWQA 4NO7A 2WUSA 1G99A 2Q0RA 1ATNA 1TYQA 3CI5A 4B9QA 3SMSA 3UKUB 2D0OA 5AQZA 3EN9A 4A62A 1GLFO 3QBWA 4BRQA 1T6DA 4PL8A 2YJEA 1BA0A 3QMLA 3EO3A 3VENA 3L6QA 5FPNA 2FF6A 3BEXA 4XH5A 4MLHA 1C0GA 3ZETB 1RGIA 2AA4A 1ESVA 5AFUA 3D2FB 5ADXA 4FWSA 4CZGA 4DCHA 2P9IA 2P9SA 3CJ7A 3CIPA 1TUYA 5AQGA 5AR0A 4E1JA 2E1YA 5AQFA 1X3NA 3JXUA 4H0OA 5AQPA 2V51B 3A5LC 5BRFA 5AQMA 3WXJA 4F9OA 3BF1A 4K42A 4B1YB 3ZX3A 4BQLA 2Q97A 2V52B 3CETA 2CH5A 3W0LA 1BO5O 2QWOA 3M1FA 3CQYA 4FWOA 4FPBA 4BQZA 4A61A 1QQNA 1NGJA 2D1KA 2NLXA 1BUPA 3TU5A 4CJ7A 2CH6A 5KQ8A 2YJFA 3ZEUB 5AZIB 4C23A 3C7NA 2E8AA 1BWFO 4JD2B 4CZIA 2ASMA 2P9UB 3D2EB 4DQ8A 5B8HA 3SJHA 4H5WA 3CERA 3O1BA 4JHDA 3VGMA 1ZBSA 3LDQA 3VESA 4FWPA 2QWQA 2E20A 4CBWA 2E1ZA 5FPMA 2W40A 3IDHA 3VEVA 3WXIA 3VGKA 2W41A 3A0IX 1NGDA 5AFUH 1K8KA 2HF4A 1HLUA 3ID8A 3WT0A 4BR0A 4DHYA 5ADXH 1HKGA 1QZ6A 3I33A 4BRKA 3VEWA 1DEJA 3VOVA 4H0VB 3QDKA 4M7YA 5LJWA 3HBTA 3LDPA 4I6MA 5BREA 5JICA 1HKBA 3H46O 4A2BA 1XUPO 2FF3B 5AZJA 4FO0A 5TKYA 1NGCA 3O1WA 2ZF5O 4FWKA 1Q18A 1NGHA 4H03B 4H5RA 4BREA 2VCPA 1T6CA 4IWVA 2QWLA 3U4LA 4BRAA 4QS7A 5AQLA 3MN9A 4CZEA 3RSEB 4FWRA 4YDUA 4CD1A 4CZLA 4CZMA 3DXMB 5F0XA 2HF3A 5BN9A 1QQOA 2FLOA 4BGBA 4XH1A 1V4TA 4DB3A 5FPDA 3H3NO 1SQKA 3HI0A 1YAGA 2YI1A 3U9ZA 5KPTA 1DGKN 2NZTA 2HOEA 4BG8A 2A42A 1C0FA 2QWRA 3VPZA 1KAZA 4M63C 4O8KA 1J6ZA 3CHWA 4PL7A 5BRHA 4KBOA 2ITMA 4BRPA 1SAZA 4L3QA 4BRFA 3WXKA 4B1WB 1NGEA 3EZWA 1P8ZA 2PAVA 1CZAN 4ISGA 3ULEB 2P9LA 1NBWA 4QS8A 1NGGA 3VEZA 5AQWA 3UKRA 5JLHA 3P4IA 2ZGYA 3LM2A 1EQYA 3GL1A 2YHYA 5F1XA 4YDUC 2Q1NA 4HWIA 1JCEA 4FPAA 2P9KB 4H5NA 3I8BA 3KVGA 4BC2A 2QWNA 3O5BA 1MWMA 3ATUA 3A5MC 4BRMA 1V4SA 5BN8A 2QWPA 2YHXA 1JCFA 4CZJA 3ENHA 2P9PA 1Z05A 2D0PA 3LL3A 3HM8A 3EKSA 4H0PA 3QFUA 3SMPA 2UYTA 4MLEA 4EAHD 1YVNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I7FA 3ZX2A 3T19A 4CI6A 3RTVA 4U67L 2W00A 1L3TA 3NH0A 3ATVA 1RDUA 5SWMA 1TK0A 1NJXA 1YTUA 5EXWA 3TANA 2ASPA 4B1ZA 3VA3A 4Z4CA 1Q9YA 3VQDA 4BC5A 5BPMA 4KPYA 2O8FB 1L5UA 3D0PA 3DLBA 3UKUA 4EZ6A 3LM9A 2CGLA 2E6MA 4OPKA 3BDPA 1KXPA 4MDAA 4JKEA 3VETA 3AVGA 3DXKB 4WE1A 5JLFA 1QQMA 4KI6A 1WOQA 1VRTA 1N33K 1QVGM 2ASOA 3O4QA 3QICA 3ZETA 3KIOA 4DQSA 2XY5A 4A57A 3CJCA 4IO9L 4YHHK 2WBNA 3KD1E 5CYMA 4CHZA 4YFUA 3MEEA 1JLGA 3H08A 1JKHA 4FZXC 1S1XA 4BRNA 4O0IA 3WNFA 5KPZA 4DF8A 4IEEA 4AHTA 2BH1A 4BACA 3O9TA 3K59A 3NE6A 2I7PA 1Q7YO 1L3UA 3MN7A 5JMVA 4IJNA 1XHXA 1MWKA 1ZBUA 5BR8K 5FRMA 2P9SB 2RPIA 5HOOA 4KAZA 2GBZA 4E72A 3R3LA 2GV9A 3IAYA 3AARA 5FRNA 1VQKN 4JI3K 3N4QA 1C1AA 2ZWHA 3MDQA 4BROA 4JI1K 1MDUB 1BI4B 2O8CB 2QXLA 4PKGA 3BF3A 2GWKA 3K0SA 1HMVA 1YI2N 1C1CA 3ZEUA 4BEBA 3HTVA 3O6WA 4B1UB 4IKFA 4B3RK 2OANA 4CJLA 3GOIA 4Y1DA 1GLLO 2P9UA 3C6HA 1KAXA 1LWFA 1LAWA 3A5OC 1QZ5A 3K9JA 1IKXA 1VSDA 1QHAA 1TAQA 3C7NB 2HHVA 3DXKA 1ASWA 3LAMA 3C65A 4DV4K 2BTFA 3LDOA 1K6YA 3VGLA 3VEYA 3K58A 4BR4A 2HNDA 1BCMA 4E7JA 3KZBA 3NGIA 2A3ZA 3CJBA 3CD6N 2DPNA 3G0ZA 2IC3A 1BU6O 1UOCA 1WNSA 1O1WA 3S3NA 3FZMA 4DSKA 1M1KO 5K14A 4BRIA 1OVYA 4DLEA 4I6MB 4DU1A 1C1BA 3MN5A 3D45A 4KKOA 3GBTA 2Z1GA 4NXNK 5E26A 3LPUA 1MU2A 1HKCA 1NKBA 4BRDA 4DTXA 4BE1A 4QOZB 1HPMA 2O8CA 4O5FA 3LWLA 1BG3A 1NG9A 1GLBG 4CJFA 4J2DA 2P9NB 4ILHA 3GE1A 4M3ZA 1SKRA 1ASUA 1XNQK 1ZBLA 5C15A 4KRFA 4KREA 3B8AX 5FPEA 1EP4A 3L0QA 2FSJA 3H3OB 2P1JA 1Z25A 2FBXA 4GMJB 4C8KA 4CJTA 1RFQA 1EWRA 2PZSA 4HCCA 2AP1A 4DSIA 1NMNA 3ZX0A 1UWBA 4JS4A 1ATSA 4B9LA 1EO1A 4DQRA 3H6EA 2C1IA 3S41A 3A5NC 3GG4A 2YNGA 3VQPA 2PFUA 1NWKA 4DFKA 2YKMA 1DTQA 3EZ5A 3DLHA 3MN6A 4IFYA 4BE0A 3CFOA 3PIPL 4E19A 4CFBA 1UA1A 4JRQA 4OPAA 1OH8A 1WSGA 3MCAB 4NLCA 1SL1A 3ZSZA 3FZFA 3I56N 3THXA 5AQNA 5AQXA 5T7BA 3ALYA 2O4IA 1I3AA 3M8RA 3VF2A 3WQUA 1IG8A 4OGEA 3V6DA 1J5EK 1NGBA 2KZZA 4DF4A 4NCGA 3AA4A 3TWHA 5M1QA 3AVAA 4KHNA 2OPRA 4EZ9A 2E6LA 4DS5A 1NGFA 4KB0A 3ASMA 1WSFA 4BDPA 4ID1A 2P9NA 1LOTB 3OYEA 4WQ4C 1HNXK 3FGUA 4BRHA 3H45C 4CZHA 1TKXA 4RW8A 3F9KA 3O8MA 2I5JA 2XY7A 4CE9A 4JI6K 3VN5A 2Q0RA 4QAGA 5KRTA 1ATNA 3CMAN 3M5RA 2YNHA 4E7HA 2OPPA 3SMSA 3OTOK 4N5SA 2KZMA 1GLFO 3QBWA 4BRQA 1X9MA 2ZJRL 3U3GA 3OYKA 3HRGA 4DWIA 3V9SA 4JKAA 4NYNA 5KGWA 1RGIA 4CJSA 4CF2A 4HUFA 2BE2A 4CZGA 4DCHA 2IOCA 3SQ1A 3T1YK 1S9GA 3OYGA 1KLMA 5AR0A 3NVMA 4O55A 5D3GA 3VQQA 1UAXA 3T3FA 2V51B 3DLLL 5JENA 4CEEA 5BRFA 3WXJA 4DTMA 3SV3A 3BF1A 4K42A 3ZX3A 3KLHA 3L2RA 2NRVA 2QKKA 3S9HA 3M1FA 4N56A 1TK8A 5DM6L 1X1PA 3CQYA 3SQ4A 4DU3A 2HB5A 4A61A 2D1KA 3CXCM 1VQLN 3THYA 1TL3A 3TTDA 3CPWM 2CH6A 3JYTA 1SKWA 5GIOA 1R0AA 2WOMA 4IG0A 4C23A 4DFPA 4ILGB 3QEIA 4LFCK 5FLXO 4CZIA 4U7BA 4X64K 3KJVA 3VQAA 2ETJA 3D2EB 4DQ8A 1HQEA 3CERA 3O1BA 4JHDA 3VGMA 3RWUA 3VESA 4JKFA 4KI4A 2QXFA 2W40A 3VEVA 3VGKA 1TGOA 4BR0A 4FXDA 2HF4A 1CZBA 4DHYA 2OYQA 5E41A 3VOVA 3QDKA 3LDPA 5BREA 5JICA 1HKBA 3NH1A 3RRHA 4C8MA 1NJWA 5EU7A 3P38A 2ZF5O 4FWKA 1Z26A 3RRGA 4H5RA 3HVTA 4Q0BA 2Q3SA 3KD5E 4O4GA 3U4LA 4BRAA 4JK9A 3MN9A 3DOLA 1VQ6N 4FWRA 4YDUA 1U49A 4CD1A 4X65K 5LMUK 3DXMB 1B92A 4LD0A 2FLOA 4XH1A 3BGRA 2O8EB 3OS2A 4ID5A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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