1LOTB

Crystal structure of the complex of actin with vitamin d-binding protein
Total Genus 112

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
DETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRK
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYO11 (319-360)S1 (8-12)S2 (16-21)TIV4 (69-72)S3 (29-32)AH4 (137-144)S11 (169-170)TIV1 (13-16)TVIII1 (27-30)TII1 (21-24)S16 (329-330)O3 (13-59)TIV2 (37-51)O1 (32-34)S4 (35-38)S5 (53-54)TIV3 (38-52)3H1 (62-64)AH1 (56-61)S6 (65-68)TI1 (92-95)3H2 (98-100)S7 (103-107)TII2 (108-111)AH3 (113-127)AH12 (338-348)S17 (357-358)O10 (283-295)S8 (131-136)TIV6 (129-132)TIV7 (165-168)O5 (129-174)3H4 (264-267)S9 (150-155)TI2 (156-159)S10 (160-166)3H3 (172-174)O6 (173-182)TIV9 (242-245)O2 (178-180)S12 (176-178)AH5 (182-196)AH7 (223-232)S13 (238-241)AH10 (287-295)AH6 (203-216)S15 (297-300)TVIII2 (220-223)O7 (204-250)AH8 (252-262)O8 (249-257)O9 (270-284)AH11 (309-319)3H5 (302-304)TII3 (306-309)TI3 (322-325)3H6 (335-337)TI4 (332-335)TI5 (352-355)TIV5 (71-75)AH2 (79-92)TIV8 (234-237)S14 (247-250)AH9 (274-284)3H7 (350-352)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transport protein, structural protein
publication title Crystal structure of the complex between actin and human vitamin D-binding protein at 2.5 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Vitamin D-binding protein
total genus 112
structure length 359
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1lotB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1lotB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1lotB03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1lotB04
5JLFA 1J6ZA 3L0QA 3VESA 1GLDG 1HKGA 4B1WB 3AARA 4A61A 5AQWA 4BR7A 1NGJA 3FGUA 1XUPO 3CI5A 5KPZA 1QQMA 2FF3B 4FO0A 4DB3A 3MK6A 3QFPA 2E8AA 3D2EA 1YVNA 3R8EA 3QICA 3O5BA 2V7ZA 5E84A 4YDUC 3WQTA 1C0FA 3CIPA 4K42A 1LOTB 5AQZA 4PKIA 2W40A 1SZ2A 4IWVA 3AAPA 4JNEA 3LL3A 4BQLA 1NWKA 4IJAA 4YDUA 4I6MA 4QS7A 5AQRA 3M3ZA 3FZHA 2QWLA 3P4IA 4XEIA 5KPTA 4JHDA 3MN9A 3H45C 3VF4A 1HKBA 2Q36A 3G25A 1E4FT 4BRAA 1U2VA 1NBWA 4CZHA 3KVGA 4FWLA 4H0XB 2Q31A 4EFHA 3JXUA 2OANA 3ZEUA 2NZTA 2YI1A 3WXLA 2QWOA 4BGBA 1DGKN 4B1ZA 2P9IB 5BN9A 4A2AA 2GELA 4CZLA 3WUHA 4DHYA 3DXMA 4H03B 1MA9B 5AQOA 2CH6A 2VCPA 5FPDA 2YJEA 3O08A 3HSCA 4FWOA 2A3ZA 3BF3A 1XQSC 1QZ6A 4M7YA 1XC3A 4BRQA 1GLBG 1EQYA 4H0OA 3ZX2A 4JD2B 1E4GT 4BROA 4EIAA 3UE5A 3FE1A 5AQXA 3ZETA 3DXKA 4C23A 1RGIA 2D4WA 4H5VA 5BREA 2F9WA 4CZGA 3WEEB 3IMXA 4Z94A 2H3GX 4M63C 2AA4A 1HPMA 2FXUA 3ULEA 3UKUA 4O8KA 3M6GA 2A41A 4B1XB 3IUCA 3UB5A 4B1YB 1QZ5A 1LCUA 3FZMA 1JCEA 2YHXA 5AZIA 1ATRA 3VGLA 5AQIA 1TUYA 2P9LB 3VF2A 5BRFA 5AQNA 5EX5A 5AQHA 5JICA 4J8FA 3CERA 1YXQA 2QWPA 1T6CA 2GUPA 1NGCA 1NGIA 2BUPA 3VPZA 2FF6A 1BU6O 4L3QA 4IJNA 1TUUA 5AQGA 4XH4A 2Q0RA 3HI0A 3WQUA 2P9KB 4PL7A 1K8KB 3UKRA 5F2RA 3GG4A 3OHRA 3AAQA 1S22A 3A5MC 4CBWA 4IZ9A 3VEVA 3QDKA 2FLOA 5AQVA 2NLXA 1Z6RA 4H0PA 1HUXA 3L6QA 3I33A 1KAZA 3I8BA 2HMPA 4CBXA 2P9PA 3BUZB 1DKGD 4CD1A 2E88A 3VEZA 1BA1A 5LJVA 1GLCG 5BPLA 1TYQB 3O1WA 2P9NB 5AQKA 1R59O 3C0BA 3W0LA 3FFKB 3LDPA 5AQLA 5EXWA 4H0TB 4MLEA 4FSVA 2P9SA 4XH1A 3EKUA 4BC2A 3VERA 3GE1A 1X3NA 3TPQA 2ASMA 4EHTA 1ZXOA 4RCHA 4WQ4C 3SK3A 4BREA 2V51B 3FZKA 5FPEA 3CJAA 3HZ6A 5AQSA 5AR0A 2QW9A 2E2NA 3EKSA 2D1KA 1KAXA 2W41A 5AQPA 1NMDA 3MN6A 3GDQA 1D4XA 1MWMA 2CGJA 2D0OA 4WQ4A 2Q1NA 3C7NB 4FWPA 1Z05A 4EHUA 4BR2A 3CJ9A 2IIRA 3QB0A 5ADXH 1IJJA 4BRMA 5AQMA 4BC5A 3BF1A 3D7EO 3O80A 3CQXA 3D2FA 4FWKA 3WXJA 5AQJA 4BR9A 4BRLA 5BRHA 4HTLA 4WYBA 4RTFD 3W3DA 1K8KA 3BEXA 1C0GA 2E1YA 2CGKA 4PKGA 4XH5A 2HOEA 4FWMA 3WT0A 2A5XA 1GLJO 3LDQA 1BWFO 5I9EB 4DQ8A 3VEWA 4RWTA 4MO5A 4NO7A 3VEOA 5AQFA 3MMVA 2YCHA 1NGFA 2FSKA 3FR0A 5LJWA 3CQYA 5AQUA 5TKYA 3DWLA 4PL8A 3EL2A 1NGHA 3O8MA 3VF6A 4BC4A 2A6AA 2IVNA 2P9NA 4B9QA 3EN9A 4CI6A 3S41A 3BP8A 2P9UB 4LC9B 1JCFA 1GLEG 2DPNA 2WUSA 1NGBA 4FWRA 2ITMA 3L4IA 3A0IX 5AQTA 1V4SA 2BTFA 3CETA 3H6EA 4CD3A 5ADXA 4DCHA 3A5OC 3U9DA 5BPMA 3MDQA 4MO4A 1ESVA 3U4LA 2GEMA 2Q0UA 3WXIA 3C7NA 2ZGYA 3U8XA 1NGGA 3WXKA 2IVOA 2QXLA 4A62A 3SMSA 2E1ZA 4BQZA 3LM9A 4MLHA 1KAYA 3LDOA 3A5LC 1ZBSA 4BRFA 4CZEA 2E20A 4PKHA 3VGMA 1S3XA 4BRCA 2QWNA 2ASOA 3VENA 2E2OA 4CZMA 4O5FA 2GWJA 5AFUH 4WQ5C 3B8AX 4EAHD 2P9IA 3H1VX 5JMVA 4H5WA 5CE3A 1WOQA 4NB4A 5AZJB 3SJHA 3GOIA 4CBUA 3O1BA 3M1FA 1ATSA 5KQ8A 4I6MB 3O4WA 1BOTO 5ELZA 4H5NA 4WQ5A 4BGAA 4BR5A 4JHDB 5F0XA 1Y64A 1G99A 5KQDA 1GLLO 3VOVA 3LDLA 4BR0A 1JCGA 3RSEB 5JLHA 4CZKA 1IG8A 5EOYA 4BR4A 3CJ1A 4B1UB 3H46O 1HJOA 4JD2A 2ZWHA 2V52B 3QMLA 3EZWA 3ZEUB 3FLCO 2Q2RA 3ENHA 1MWKA 4ISEA 3VEYA 2KHOA 2UYTA 4AM6A 3CJBA 1GLAG 4BRDA 3R6MA 3WEEA 1SQKA 4FWNA 2GTDA 3DXMB 3MN5A 4KBOA 3FZLA 1YAGA 1CZAN 4BRGA 2ASPA 2EWSA 4FPBA 1ATNA 5B8HA 2YHYA 4H0YB 3ATUA 3ATVA 2E2QA 4BRIA 2Q97A 1WUAA 3LDNA 2P9LA 5AFUA 4BRKA 1MDUB 1P8ZA 2V7YA 3ZETB 1V4TA 4CJ7A 1NGAA 3DXKB 4ISFA 1SAZA 2YHWA 3QBWA 4BRNA 1HLUA 4AM7A 5BN8A 4IO8A 2E2PA 3ZX3A 3UKUB 3ULEB 1QQOA 2P9KA 4FWQA 4K41A 5AZJA 2I7NA 2A40A 4QS8A 3MN7A 2F9TA 2QM1A 2HF3A 4FPAA 4H5TA 4FOIA 4JN4A 3VEXA 2J4RA 4F9OA 2PBDA 3AY9A 1T6DA 5AZIB 4M7XA 1DEJA 4QS9A 1GLFO 1RDWX 3RSEA 4JAXA 4BVPA 3HBTA 5EY4A 1X3MA 4H5RA 2VWBA 1TYQA 3HTVA 5EVZA 3EO3A 4A2BA 4E1JA 3FZFA 5LY3A 5AQYA 5F1XA 1X9JA 2IVPA 4HWIA 3DJCA 3UKRB 3HM8A 4BRPA 1T44A 3DAWA 3VGKA 1ZC6A 3J8AA 1U6ZA 3ENOA 1H1VA 2A42A 4ISGA 1BDGA 3TU5A 2P9PB 1QQNA 1HKCA 5KPRA 3CHWA 3F9MA 3KHYA 3IDHA 1BG3A 2QWQA 4GY2B 2ZGZA 3CJ7A 3VETA 5FPMA 3H3NO 4FOEA 5BPNA 1NGEA 3GL1A 3ID8A 4GNIA 4FWSA 3LM2A 4K25A 1QHAA 3ZX0A 2FSJA 4BG9A 5AQQA 3SMPA 3O6WA 1NGDA 3U9ZA 3D2EB 2P9SB 1Q18A 4Y0WA 4K43A 2ZF5O 4FL9A 4BRHA 3A5NC 2QWMA 3IFRA 1RFQA 1YUWA 2D0PA 5BR9A 4BG8A 2GWKA 3H1QA 2AP1A 5BRDA 2HF4A 3R9PA 2CH5A 3QFUA 1OKJA 3CJCA 3JS6A 4B1VA 3SLCA 1U2VB 3GBTA 4H0VB 2VYPA 3D2FB 1HX1A 2P9UA 3KZBA 4BC3A 2PAVA 5FPNA 5E26A 2NRHA 2YJFA 3MCPA 4CZJA 2FSNA 1BA0A 3QBXA 3H3OB 1BUPA 4IXCA 4CZFA 1BO5O 1NLVA 4BVOA 3A8YA 4CZIA 2QWRA 2I7PA 1KXPA 2CGLA 1NM1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JLFA 1GLDG 3LWMA 1HKGA 3PSIA 2G8WA 1VQKN 1NGJA 3KLGA 3FGUA 3SJJA 1XUPO 3CI5A 3J81O 1J9AA 4CJQA 4FO0A 4LH5A 3QFPA 2G8HA 3HSTB 3OYMA 3R8EA 3QICA 4B3MK 3O5BA 4HTUA 3RTVA 3CMEN 4Z0UA 1S1UA 3NAEA 4K42A 4PKIA 1VQNN 3MX2A 4IWVA 3NH1A 4LFAK 3LL3A 1K8AO 1JLGA 4YDUA 4QS7A 4DR6K 5AQRA 5AJ3K 4DS4A 1L3TA 2KFZA 4GVMA 3QEWA 3MN9A 3H45C 3V81A 3NF6A 1JKHA 1IKYA 1NBWA 3T1YK 4CZHA 3KVGA 5JVHL 2Q31A 2G8FA 2OANA 3ZEUA 2JWLA 4OLAA 2UU9K 3WXLA 1DGKN 4B1ZA 4A2AA 1VQ9N 2GELA 3TSPA 4FZZA 4DHYA 4W5OA 4RW7A 4M3ZA 1IO2A 1Z25A 1YJ9N 4MQ3A 4JKAA 2YNIA 4MFBA 4E19A 4LD0A 2G8KA 4LF9K 3SUOA 4LFCK 1QVFM 3G6EN 3M5RA 1VSDA 5BREA 1XHZA 2ZJQL 3CXCM 4M63C 3ULEA 2A41A 4R79A 4E1MA 2HVIA 1S1WA 4JK9A 3VQCA 3VGLA 3HM9A 2P9LB 5BRFA 3NVKA 1RDUA 3ZSYA 4FW2A 4J8FA 2AJQA 1YXQA 2QWPA 3ZT3A 2ZD1A 3VPZA 4DSFA 2FF6A 4L3QA 1TUUA 3OYNA 3AVMA 3ZSRA 3HI0A 2XY5A 2P9KB 3UKRA 1HR0K 5F2RA 1OH8A 4CBWA 2Z1JA 4IZ9A 5CYQA 3ALYA 2FLOA 1RTHA 2XRIA 1HUXA 3I56N 3QEIA 1KAZA 3VQAA 3C6HA 4CD1A 4JKFA 3VEZA 1BA1A 2W6KA 5LJVA 2HHXA 1GLCG 4BDZA 5GIPA 2P9NB 1P90A 1R59O 3C0BA 3E01A 4J2AA 3LDPA 4DG1A 4E1NA 5EXWA 2Z1GA 4FSVA 2HHQA 3EKUA 4JKHA 3I55N 1KSPA 2ETJA 1HQUA 4DLGA 1HNIA 2ASMA 4EHTA 1RT3A 4RCHA 1K73O 1BCMA 5AQSA 3SAFA 2QW9A 1VSIA 1KVCA 2D1KA 2ZE2A 4Y1CA 5AQPA 1VQ5N 2OZMA 1I39A 4B9MA 1EWRA 4DSJA 3MN6A 1VHXA 3QNNA 1RT6A 3Q7BA 2Q1NA 4FWPA 2ATQA 1SV5A 2JGUA 2O8BB 1RILA 4EHUA 4JS4A 2IIRA 5ADXH 1IJJA 1WLJA 4KHUA 4BE7B 1HJRA 4C1NK 3O80A 2NNWA 3PUFA 4CK3A 5AQJA 4BRLA 3L2WA 3O3HA 4RTFD 1K8KA 1O13A 2D0AA 3OYIA 3CCEN 2HVHA 4JI4K 3KWIA 4XH5A 2QTDA 3TAMA 2HOEA 4AHTA 2A1RA 4LF5K 4TSXA 5D3GA 2A5XA 3AVIA 4FCYA 5I9EB 1QTMA 3VEWA 4AHSA 4HCCA 3L3UA 3LP1A 4CK2A 2FSKA 3VQPA 3DWLA 4DSEA 2DFHA 3EL2A 2UUBK 2A6AA 5DM6L 1RBRA 2IVNA 4AHVA 3HVTA 4DMNA 4DKWA 3KLFA 1EWQA 3S41A 4Q5VA 1EXQA 3TSUA 2GBZA 4IOAL 3HYFA 2ITMA 4DR4K 5GAHP 4CD3A 4DV4K 2PYLA 4DCHA 3A5OC 3CPEA 3VQ9A 4FJ8A 1OH5A 1Q9XA 2G8IA 3V1OA 2GEMA 2Q0UA 3IKMA 2ZGYA 3OYCA 4BECA 4J2DA 3U8XA 1FKOA 4A62A 3CCJN 4KB0A 3E9LA 3LM9A 3E9PA 4BRFA 1RT5A 1NJWA 1N33K 4FJJA 4RW6A 3VGMA 1M1KO 3HP9A 4FJ7A 4PA1A 3KLIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5JLF A;  1GLD G;  3LWM A;  1HKG A;  3PSI A;  2G8W A;  1VQK N;  1NGJ A;  3KLG A;  3FGU A;  3SJJ A;  1XUP O;  3CI5 A;  3J81 O;  1J9A A;  4CJQ A;  4FO0 A;  4LH5 A;  3QFP A;  2G8H A;  3HST B;  3OYM A;  3R8E A;  3QIC A;  4B3M K;  3O5B A;  4HTU A;  3RTV A;  3CME N;  4Z0U A;  1S1U A;  3NAE A;  4K42 A;  4PKI A;  1VQN N;  3MX2 A;  4IWV A;  3NH1 A;  4LFA K;  3LL3 A;  1K8A O;  1JLG A;  4YDU A;  4QS7 A;  4DR6 K;  5AQR A;  5AJ3 K;  4DS4 A;  1L3T A;  2KFZ A;  4GVM A;  3QEW A;  3MN9 A;  3H45 C;  3V81 A;  3NF6 A;  1JKH A;  1IKY A;  1NBW A;  3T1Y K;  4CZH A;  3KVG A;  5JVH L;  2Q31 A;  2G8F A;  2OAN A;  3ZEU A;  2JWL A;  4OLA A;  2UU9 K;  3WXL A;  1DGK N;  4B1Z A;  4A2A A;  1VQ9 N;  2GEL A;  3TSP A;  4FZZ A;  4DHY A;  4W5O A;  4RW7 A;  4M3Z A;  1IO2 A;  1Z25 A;  1YJ9 N;  4MQ3 A;  4JKA A;  2YNI A;  4MFB A;  4E19 A;  4LD0 A;  2G8K A;  4LF9 K;  3SUO A;  4LFC K;  1QVF M;  3G6E N;  3M5R A;  1VSD A;  5BRE A;  1XHZ A;  2ZJQ L;  3CXC M;  4M63 C;  3ULE A;  2A41 A;  4R79 A;  4E1M A;  2HVI A;  1S1W A;  4JK9 A;  3VQC A; 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