1MA9B

Crystal structure of the complex of human vitamin d binding protein and rabbit muscle actin
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
367
structure length
356
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Actin-DBP: the perfect structural fit?
pubmed doi rcsb
molecule keywords Vitamin D-binding protein
molecule tags Transport protein/contractile protein
total genus 114
structure length 356
sequence length 367
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1ma9B02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1ma9B04
2QWNA 4WQ4C 1NGCA 4H03B 1QZ6A 1GLDG 1GLJO 3ATUA 4BR0A 1QQNA 1BO5O 2OANA 2ZF5O 5BN8A 1XQSC 2EWSA 1E4GT 5EX5A 4EHUA 1V4SA 4BRGA 3EL2A 3LL3A 3MN5A 3VENA 1HUXA 3SMSA 1XUPO 4WQ5A 3ZX3A 3MK6A 5KPTA 3GBTA 3DXMA 5JMVA 4BQLA 5AQPA 2FSKA 3CHWA 1QQMA 1MA9B 4KBOA 3QDKA 1R59O 2YJEA 1GLAG 3WQUA 5EXWA 4BRCA 3FZHA 1NLVA 2P9NA 3WEEB 3BUZB 3WXIA 4A2BA 3LDPA 4EIAA 4JNEA 4LC9B 1QHAA 2P9UA 3B8AX 1GLBG 2Q36A 2QWOA 2FXUA 3DWLA 3GL1A 4PKHA 3CJ7A 3QBWA 1NGDA 3WXJA 1IJJA 1Z05A 5AQYA 4FPBA 1NGHA 4BC5A 2HF4A 1NGIA 4JN4A 1YAGA 2YJFA 5BPNA 4A62A 3CJAA 4O8KA 4CI6A 3WXKA 4FOIA 4IJAA 1SQKA 3KVGA 3VPZA 3L6QA 1QQOA 4CZGA 5B8HA 3SK3A 4CD3A 2A42A 4JHDB 2F9TA 3CQXA 3C0BA 3ZETB 2GWKA 5JLFA 5TKYA 5KPRA 4CZKA 5KQ8A 4BR2A 5AZIA 2W41A 3ZX2A 5EY4A 4BRDA 3FGUA 4H5VA 3RSEB 5F1XA 5AQGA 3UE5A 4IXCA 3BF1A 3UB5A 5FPMA 3O1BA 5BPMA 5KPZA 1BOTO 3GOIA 2P9PB 2CGJA 5E26A 1EQYA 2E8AA 4B1UB 4O5FA 4DB3A 2A40A 1DEJA 2D4WA 1YVNA 3H3OB 3VESA 1LOTB 4IWVA 4C23A 4FL9A 3A8YA 4JHDA 1HKGA 3ZETA 4AM6A 4CBWA 2P9SB 2A41A 3O5BA 3HZ6A 4JAXA 1WOQA 4BRFA 1JCGA 5AQUA 1K8KA 1DKGD 2A6AA 3RSEA 2DPNA 3KZBA 2E2OA 3D2FB 3JS6A 3VF6A 3ZX0A 4PL8A 4QS8A 3HSCA 3H6EA 3FZLA 2J4RA 4FO0A 4BRAA 2VWBA 3A5LC 2P9LB 3FZMA 2Q31A 2HF3A 1GLFO 4WQ5C 3UKUA 3FR0A 3DXMB 4CD1A 1RGIA 3FE1A 5ADXH 5ADXA 4CZEA 3ATVA 1ZXOA 3MDQA 3AY9A 1IG8A 4BR5A 4RTFD 2D0OA 5AQOA 2CGLA 4FWNA 3QBXA 3VETA 2V7YA 4CJ7A 1GLCG 2E20A 2P9SA 2E2PA 3H1VX 3O1WA 3BEXA 3LDQA 2P9NB 2HOEA 4XH5A 4Y0WA 5ELZA 5AQTA 2P9UB 3CJBA 3D2FA 4DQ8A 2KHOA 1V4TA 3WT0A 5I9EB 2UYTA 1GLEG 4CZLA 3C7NB 1T44A 4CZMA 2ASOA 2P9LA 1NGEA 1ESVA 1ZBSA 2NZTA 4ISEA 2WUSA 5BPLA 4H0YB 1Y64A 3ULEB 2YHXA 1HLUA 1NGFA 4JD2B 5AQNA 5F0XA 3FFKB 3TU5A 2AP1A 2Q97A 4ISGA 5AQFA 2ZWHA 2NRHA 3MCPA 3S41A 3U9ZA 2W40A 2V7ZA 1BG3A 1C0GA 4H5NA 4XH1A 3ID8A 4YDUC 3SLCA 4BR4A 1X9JA 5AQSA 5LJVA 3IMXA 4RWTA 1HJOA 2YHWA 1JCEA 3ENHA 4F9OA 3L0QA 4BR7A 4H0XB 4BC4A 5AZIB 3LM2A 1S3XA 1C0FA 3C7NA 3O08A 1D4XA 3HBTA 1KAZA 2Q2RA 2I7NA 3IFRA 4CZIA 1LCUA 5AZJB 3SMPA 4CBXA 5BRDA 1ATNA 3WXLA 3CETA 2ZGYA 2IVNA 3ULEA 1BA0A 4ISFA 4JD2A 2FSNA 2QWPA 4K25A 5AQWA 1YUWA 3P4IA 2QW9A 1BUPA 3O6WA 1MWMA 1U6ZA 1J6ZA 2PAVA 1DGKN 4MLEA 4M7XA 3R6MA 5BN9A 2QXLA 4BGAA 5AQZA 5AQXA 4YDUA 3GG4A 3OHRA 4GNIA 4I6MB 3EZWA 1P8ZA 3AAPA 4HWIA 3MN7A 4QS7A 4FOEA 3LDOA 1K8KB 3MN6A 4K41A 1BA1A 3W0LA 5AZJA 3SJHA 4FWLA 3IUCA 5EVZA 2E1YA 4FWQA 4BC2A 1NBWA 2IVPA 2QWMA 2QWRA 1HX1A 3U8XA 1SAZA 3CQYA 3O80A 3HI0A 3UKUB 4BRKA 3CJCA 3QICA 5AR0A 5CE3A 3DAWA 2CH6A 5E84A 4I6MA 5AQKA 2NLXA 5AQLA 4CZHA 5AQRA 3TPQA 4MO4A 1RFQA 4B1VA 2H3GX 3R8EA 2FF6A 1X3NA 3VF4A 5AQIA 1HKCA 4B1ZA 3R9PA 1KXPA 1NWKA 1E4FT 4Z94A 4EAHD 1OKJA 3FZKA 4BG9A 3A5OC 3GE1A 4RCHA 2P9IA 3QFPA 3VEXA 4CBUA 2F9WA 4H5RA 3O8MA 4WYBA 1HPMA 4B1WB 2ASMA 3H45C 2GUPA 4BG8A 1RDWX 4BROA 4BR9A 1T6CA 3U9DA 1XC3A 3QB0A 4AM7A 2BUPA 4IJNA 1HKBA 1TUUA 5AFUA 3M6GA 1ATRA 1MWKA 3FLCO 3KHYA 4H0TB 2QWQA 2A3ZA 3VF2A 3EKSA 4BRPA 1WUAA 1JCFA 3L4IA 4FWKA 1SZ2A 2HMPA 4BRHA 2VYPA 2FLOA 2D1KA 3BP8A 4CZJA 4DCHA 4PKGA 2Q0UA 3UKRB 4K42A 3CJ1A 2Q1NA 2GWJA 4BGBA 2P9KB 4E1JA 4QS9A 3D2EA 1NGGA 3LDLA 5AQJA 4BQZA 3HM8A 3VERA 4EHTA 3H3NO 2I7PA 2BTFA 3LM9A 4FWRA 4NB4A 4H0OA 3MN9A 2AA4A 5FPNA 4FWSA 5AQVA 3DXKB 3VGLA 4BC3A 3M3ZA 2E1ZA 3U4LA 3FZFA 1Q18A 3VEVA 3QFUA 5LJWA 3G25A 2IVOA 2E2NA 3IDHA 3EKUA 3I33A 3A5MC 4EFHA 2YHYA 3H1QA 3UKRA 3DJCA 4M7YA 3VOVA 4WQ4A 5BR9A 1NGBA 3GDQA 2P9KA 2D0PA 3LDNA 4PL7A 5BRFA 2Q0RA 1KAXA 3O4WA 2CH5A 5JICA 2YCHA 4BVOA 2FSJA 4MO5A 5KQDA 4IO8A 5AQMA 3A5NC 1G99A 4NO7A 4A61A 1NGJA 2QWLA 4H5WA 1U2VB 4HTLA 1QZ5A 3CI5A 3DXKA 3ENOA 3WUHA 4B1XB 4BRNA 4L3QA 3EO3A 4BRLA 1TUYA 3BF3A 3JXUA 2GEMA 5AQHA 2GTDA 2V52B 3H46O 4BREA 2GELA 4DHYA 2E2QA 3F9MA 2ASPA 2P9IB 4FWMA 5EOYA 3WEEA 2VCPA 4BRMA 3MMVA 2CGKA 4PKIA 4FWOA 3D7EO 3VEOA 3CERA 4CZFA 1U2VA 2PBDA 2QM1A 3ZEUB 3VGMA 1T6DA 3AAQA 1ATSA 4M63C 1KAYA 4MLHA 1ZC6A 4BRIA 3EN9A 2IIRA 3A0IX 3WQTA 2FF3B 4FSVA 1X3MA 3I8BA 1Z6RA 3VEYA 4K43A 2YI1A 1GLLO 5LY3A 1TYQB 4J8FA 3CJ9A 3QMLA 4B9QA 4IZ9A 4B1YB 1CZAN 1BWFO 2A5XA 2E88A 5BREA 2V51B 3D2EB 1H1VA 1YXQA 3AARA 4XH4A 3M1FA 5FPEA 3ZEUA 4H0PA 5JLHA 4H0VB 5FPDA 5AFUH 4XEIA 2ITMA 3HTVA 1NGAA 4GY2B 1MDUB 3VEWA 1S22A 2ZGZA 1NMDA 4FWPA 5BRHA 1NM1A 3J8AA 2P9PA 4BRQA 4H5TA 3VGKA 4A2AA 4BVPA 3W3DA 3VEZA 5AQQA 1TYQA 5F2RA 3CIPA 1BDGA 1BU6O 4FPAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZYQA 1XNQK 5DM7L 2WTUA 4DUZK 1REVA 4M3RA 4DS5A 1YJNN 3SQ4A 2EWSA 2XRIA 3M8SA 1IKWA 4GVEA 4CEDA 3CMEN 3VENA 3SMSA 2O4GA 2KW4A 3ZX3A 3TSPA 5CHIA 3PX6A 2O8CA 4BQLA 4K8XA 1U45A 2O8DB 1NK4A 2UXCK 3C95A 3ZSRA 2IS3A 5M1OA 4JS5A 1GLAG 3WQUA 3MWTA 1J53A 2NRRA 5M1QA 1KFDA 2RPIA 1EP4A 3VQDA 3LDPA 4EIAA 4JNEA 4C8LA 3B8AX 4IBNA 4CJWA 3OYEA 4KPYA 2O8BB 2VQFK 4DTXA 2HHQA 5EU7A 4Z4EA 1NGHA 2HF4A 1NGIA 4BDYA 3OYBA 3NGIA 2Z1HA 1VQKN 3PSFA 4EP4A 2YJFA 2ZE2A 4HUFA 5HRSA 4A62A 1VQON 5H1SQ 3MEGA 3L6QA 5B8HA 5CYMA 4DSLA 4DR1K 1WSFA 2IC3A 3CQXA 3C0BA 4FCYA 4FZYA 1M1KO 4CZKA 4JEPA 4B9MA 3ZX2A 1WAFA 3RSEB 1JL2A 3HPGA 1KFSA 2UXDK 4DSJA 4CECA 1D9FA 4FLWA 1N6QA 4CEFA 1U47A 1L5UA 5FPMA 1HNZK 1B92A 1CXUA 2CGJA 3HO1A 1KLMA 3L4QA 4BDPA 4DB3A 2A40A 2D4WA 1WAJA 4NYNA 4IWVA 5C2DA 1CZBA 1NJZA 1MU2A 2QA4N 2A41A 1ZBFA 4CJPA 5AQUA 3RR8A 4PQUA 3AO3A 3ZX0A 3QEPA 1UOCA 3NMUA 3K0SA 2J4RA 2W42A 2VWBA 3A5LC 1TK0A 3FZMA 5AJ3K 3LP1A 1EWQA 3DMJA 1FW6A 1GOBA 1LW0A 1ZXOA 4WE1A 1NJWA 2ZJRL 2OCEA 3ISNC 3QBXA 3VETA 2V7YA 2P9SA 3DOLA 5C24A 3SYZA 4JRQA 3BEXA 1VSJA 3P39A 2XY5A 2HOEA 4DMNA 3V9XA 1RBVA 4DF4A 4NCGA 3D2FA 4DQ8A 4DKWA 5I9EB 4CZLA 3AVMA 2P9LA 1ESVA 3T1HK 3QIPA 5BPLA 3V9UA 4JD2B 5AQNA 4AH9A 1SUQA 2W6LA 4ISGA 2ZWHA 2RE2A 1G15A 3S41A 3U9ZA 4CJLA 1FKOA 1JKHA 1I39A 2VG5A 3AA4A 4XH1A 1L3SA 3M8QA 4BR4A 3MEEA 3IMXA 5I3UA 2OZSA 1RBUA 1VSKA 1JCEA 4F9OA 1S1UA 3TAEA 4BC4A 3PSIA 1S3XA 1C0FA 3HBTA 1KAZA 4DF8A 4CZIA 5AZJB 3SAGA 1RT7A 3ULEA 1YF5L 1Z25A 4M3ZA 4LFBK 2HVHA 3C6AA 2DFHA 2F4VK 3P4IA 3T7ZA 1BUPA 1XNRK 1DGKN 3U3YA 5BN9A 4B8CA 4JI2K 5M1PA 3TABA 4BEBA 4YDUA 3J7ZO 4NXNK 4OO1J 1YHQN 3WNGA 5DK5A 4QS7A 4KHWA 3LDOA 4YOVA 1ZBHA 2HBKA 1NJIO 1OH8A 1A5WA 3SJHA 4WF9L 4HUEA 4BC2A 5JVHL 1LAWA 1A5XA 3ZSVA 4C8OA 4OPJA 1ASVA 3LAKA 3CMAN 5DM6L 4XIUA 4CJ5A 3TSQA 3KK2A 3QICA 2UUBK 5E84A 4JI4K 3OYNA 2GX9A 4QCLA 5AQRA 4MO4A 1RFQA 3PLAA 1BCMA 1HKCA 4B1ZA 1TKTA 1TKZA 3AA3A 1EO1A 1NWKA 2KLAA 4Z94A 1OKJA 3AVNA 3FZKA 4JS4A 4AHUA 4CIEA 3QLHA 3VA0A 2W6KA 3LP0A 3OYMA 1ILYA 2GUPA 4CHQA 1VQ9N 1T6CA 1XC3A 3DRSA 1NJYA 1RNHA 3DLKA 1MWKA 4CHOA 4OGEA 4CGDA 3VQ7A 1IV0A 1BGXT 4BRPA 3S5TA 1U48A 3A2FA 1QSLA 1SZ2A 3G10A 2BDPA 4CZJA 3VTIA 2FBTA 2FBVA 2Q0UA 3UKRB 4JI8K 3AVLA 2GWJA 4BGBA 2GV9A 3P38A 4AILC 5HLFA 3LDLA 5AQJA 4EHTA 3VERA 4DTPA 4FJIA 3AGRA 4NB4A 4RW9A 4CK3A 4E0DA 3NH2A 1YVUA 3G25A 1VQ6N 3IDHA 4EFHA 4M3UA 2YHYA 4B9LA 3OYJA 4M7YA 3WXMB 4U7BA 4CJQA 4DFJA 4IFVA 3NHGA 4PL7A 5BRFA 4LH5A 1KAXA 3MX2A 2YNIA 4MO5A 5KQDA 5AQMA 4NLCA 3SPZA 3A5NC 1G99A 1O1WA 4NO7A 4DTJA 4CJTA 5FLXO 4CK1A 2E6LA 3OJUA 2F8TA 3LANA 3NE6A 4B1XB 4JKGA 4L3QA 4RW8A 2HHXA 3OBYA 1TUYA 2WONA 3I0RA 1FKPA 3CCSN 2GTDA 2V52B 3H46O 4IEIA 4W5RA 3EZ5A 4JI6K 1WNSA 3DRPA 2WFBA 4FWMA 1KRPA 2EX3A 3WEEA 4OPKA 5TKWA 1LWFA 3VQ9A 1T7PA 3F9KA 2Z1GA 3AVHA 3ULDA 2BGGA 3NVKA 4IEEA 3S3OA 4CJ4A 1HMVA 4O44A 4JI7K 1N32K 5J2PA 1W7AA 4YFUA 3L2RA 5HRNA 5E41A 2IIRA 3A0IX 3TTFA 1BI4B 3I8BA 3AVIA 1K73O 3KLEA 4FVMA 4R79A 4Q5VA 4HTUA 2XY6A 4ZHRA 5J1EA 1EX4A 2NRZA 1QVFM 1CZAN 5BREA 4FJ5A 3L2VA 1Q86O 1H1VA 2QKBA 4JK9A 5FPDA 4KAZA 1VSIA 4HVJA 2HBLA 1S22A 5FRMA 1K8AO 4GMJB 2PFUA 3O4NA 3KD1E 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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