1MA9B

Crystal structure of the complex of human vitamin d binding protein and rabbit muscle actin
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
367
structure length
356
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Actin-DBP: the perfect structural fit?
pubmed doi rcsb
molecule keywords Vitamin D-binding protein
molecule tags Transport protein/contractile protein
total genus 114
structure length 356
sequence length 367
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1ma9B02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1ma9B04
2ZF5O 3VPZA 4CZKA 3L0QA 3LDQA 3BP8A 1CZAN 5AQFA 4HTLA 2IVOA 3A8YA 4Z94A 1NGFA 4FWMA 4BGBA 1BG3A 1YXQA 3CJ1A 1T44A 3O08A 3VF6A 3UB5A 4JN4A 3WT0A 1RFQA 2F9WA 2P9KB 3QBXA 4CBWA 4FSVA 3U4LA 4M7XA 3VETA 1NGGA 2W40A 4BC2A 5F2RA 5EOYA 3AARA 5LJWA 2BTFA 3ENOA 2YHWA 3IUCA 1X9JA 3F9MA 3HZ6A 3LDNA 4E1JA 1YUWA 4J8FA 1HKBA 4K43A 4JHDB 1BO5O 1GLFO 1T6CA 3HTVA 1BA0A 3JXUA 1H1VA 1IJJA 1C0FA 5FPNA 3CJCA 1E4FT 5EY4A 4CZJA 1NLVA 3A5OC 4BVOA 4EHTA 4F9OA 3WXJA 3IFRA 4CD1A 2E88A 1KXPA 3EL2A 4BRAA 2D0OA 4YDUC 3MN7A 3WUHA 1SAZA 2W41A 4FPBA 2P9SA 3U9ZA 4A61A 4XH1A 5AQGA 3QDKA 1HKCA 4IJAA 4FO0A 2P9UA 4JHDA 1NGCA 2V7ZA 4O5FA 4YDUA 5AQQA 5FPEA 4CZFA 3VOVA 3DXMB 5AFUA 3H3OB 4FWNA 1QZ6A 2A6AA 2QWLA 5FPDA 4H0XB 2HF4A 3M6GA 3QMLA 3VEYA 3AY9A 2H3GX 2P9NB 4H0TB 4BGAA 3CERA 4BRCA 3IDHA 1BA1A 4CD3A 4BQZA 1BDGA 3WXLA 1KAYA 4FWSA 1GLEG 3BF3A 1ZXOA 2CH5A 3L6QA 4BG9A 2Q0UA 4XEIA 5BPMA 4WQ5C 4ISGA 2A3ZA 5AR0A 3WXIA 3UKUB 5ADXH 2Q2RA 5BPNA 5BREA 5AQHA 1GLJO 3VERA 3QB0A 4PKIA 4FWKA 3QBWA 3UE5A 3D2EB 4B1ZA 3CI5A 3RSEB 5AQNA 1MDUB 5JLFA 4A2AA 2AA4A 5E84A 2CGJA 1HLUA 1NGBA 3FGUA 3LDLA 1X3NA 4I6MA 4ISFA 2J4RA 2E1YA 5AZIA 4BRHA 4EHUA 1GLDG 2GTDA 4BG8A 3SLCA 4C23A 3UKUA 5BRDA 5JMVA 1XUPO 4AM6A 3FR0A 4QS7A 2D0PA 4BRGA 5AQUA 1KAZA 2D4WA 5EX5A 4IXCA 3WEEB 3SJHA 2I7NA 2CH6A 3D2EA 4B1UB 5EXWA 1JCFA 3S41A 4B9QA 3ATVA 4BVPA 2Q0RA 2QWPA 5LJVA 2Q36A 3EZWA 3GDQA 5FPMA 3L4IA 3CJ7A 1QQNA 4BC4A 4K41A 4BRIA 4IZ9A 3UKRA 3A5NC 3O80A 3H45C 1NGIA 2ZGZA 3MN5A 3J8AA 5AQKA 4BRPA 3CJAA 2OANA 2Q1NA 1YVNA 4NB4A 4PL7A 1ZC6A 1MWKA 3ATUA 3WEEA 1ATSA 3QICA 3SK3A 4BR2A 2P9SB 3DAWA 3P4IA 2Q97A 1X3MA 1SQKA 2DPNA 4MLEA 1BWFO 4Y0WA 1LOTB 3DXKA 5CE3A 2P9UB 2A5XA 2FLOA 1GLLO 2PAVA 3OHRA 1KAXA 4H5WA 5AQXA 1Y64A 4AM7A 3WQUA 3AAPA 4RCHA 5F1XA 3HBTA 4JNEA 1GLBG 4WYBA 1NMDA 4FWPA 1QQOA 3R8EA 2YCHA 4FWOA 3C7NA 3ULEA 4B1WB 2FF3B 1NGJA 3LM2A 4L3QA 5F0XA 1J6ZA 2D1KA 1TUYA 3KVGA 4H5NA 4DB3A 2E8AA 4JD2A 3D2FA 1JCGA 3ZETB 2VYPA 5AQMA 2A42A 1IG8A 3VESA 4CZGA 4FWRA 2YJFA 3WXKA 5AQIA 3VGLA 4PKHA 1V4TA 3H3NO 3M1FA 4BR4A 5KPRA 3B8AX 3MDQA 3SMPA 1HPMA 4BC5A 4QS8A 4H0YB 3BEXA 2E2OA 5EVZA 4BR5A 1EQYA 4H5VA 3EN9A 2Q31A 3ZETA 1DEJA 3HSCA 3MN9A 3ZX0A 4I6MB 5AZIB 5E26A 5AQYA 3O1WA 3MMVA 1MWMA 1MA9B 4H5RA 3EO3A 2GWKA 2E2NA 2ITMA 3SMSA 2FSJA 2P9LB 4WQ5A 3WQTA 4A2BA 2GUPA 4BRQA 3TU5A 3IMXA 3MK6A 3VEXA 1RDWX 2NRHA 2QWRA 5AQSA 3CQXA 1SZ2A 1T6DA 5AQZA 4MLHA 3VF2A 1DKGD 4CJ7A 2QWMA 3UKRB 4HWIA 2A41A 4FWQA 3U8XA 5KQ8A 3LDPA 1XC3A 4PL8A 2E2QA 2HMPA 2E1ZA 2AP1A 5ADXA 3VF4A 2P9LA 3A5MC 4BR0A 2VWBA 4BRKA 3H6EA 2UYTA 2VCPA 3HI0A 3VEVA 1XQSC 5AQRA 2QWQA 1NBWA 4BR7A 1K8KA 2EWSA 3O8MA 2F9TA 3VEWA 2YHYA 1NM1A 5ELZA 3O6WA 3DXKB 4BRLA 2NZTA 1ZBSA 2ZWHA 2HOEA 2QM1A 1S22A 4FOIA 1TYQB 1RGIA 2QWNA 2NLXA 3BUZB 3DWLA 3CQYA 3CHWA 1QHAA 2FSNA 5AQJA 3C7NB 3ULEB 2ASOA 2E2PA 5AQOA 4EAHD 1HUXA 1OKJA 3W0LA 3EKSA 4JD2B 3D2FB 4BC3A 4FPAA 4RTFD 1Z05A 4FWLA 4PKGA 1ATRA 4NO7A 3FE1A 3R6MA 4QS9A 1D4XA 1NGEA 3H46O 2QWOA 1U2VA 3KHYA 1TYQA 3O5BA 4BRMA 2GWJA 5BR9A 2BUPA 1NGDA 3ENHA 4M7YA 3TPQA 3D7EO 3I33A 3GG4A 5JLHA 1NGAA 2GEMA 4JAXA 1GLAG 4MO5A 3VEOA 1V4SA 5BN8A 2CGKA 4BRDA 2P9PB 4IWVA 5BRHA 4B1XB 4H5TA 3FZLA 1QZ5A 5AFUH 1GLCG 4A62A 1LCUA 3M3ZA 1ATNA 3FLCO 1E4GT 5B8HA 1DGKN 2V52B 5KPZA 2FF6A 2P9KA 2ZGYA 4K25A 1Q18A 5KQDA 3LL3A 4XH4A 1C0GA 2WUSA 2YHXA 4CZMA 2HF3A 4EFHA 1ESVA 3FFKB 5BPLA 5AQLA 4DHYA 2GELA 3VGKA 3BF1A 4H0OA 3LDOA 5AQVA 4MO4A 3A0IX 4CZEA 3MCPA 2P9PA 4BR9A 2CGLA 4O8KA 3FZKA 5AQTA 3EKUA 2I7PA 1QQMA 3O4WA 4ISEA 3GOIA 2QXLA 1Z6RA 3H1QA 2ASMA 3KZBA 3C0BA 3DJCA 4K42A 4EIAA 4CBUA 5AZJB 3CETA 1BOTO 1G99A 5AQPA 1HJOA 3I8BA 3A5LC 2P9IB 3GBTA 2YI1A 1NGHA 4GNIA 4WQ4C 3VENA 5JICA 2KHOA 2QW9A 3R9PA 4FOEA 2V7YA 5AQWA 4CI6A 2FSKA 1K8KB 3FZFA 4WQ4A 2V51B 3ID8A 2A40A 1JCEA 4BREA 3ZEUB 5LY3A 2ASPA 4H0PA 3HM8A 3MN6A 4DQ8A 1R59O 4CZLA 3DXMA 2IIRA 2PBDA 5KPTA 3LM9A 4CBXA 3GE1A 3JS6A 1WUAA 4FL9A 3ZX2A 5AZJA 1S3XA 5TKYA 2FXUA 3VEZA 2P9IA 4B1YB 5BRFA 3CIPA 2IVPA 2P9NA 1TUUA 4XH5A 1HKGA 3CJBA 3GL1A 3QFUA 4RWTA 3CJ9A 3VGMA 4IJNA 3U9DA 4CZHA 4GY2B 3ZX3A 4DCHA 1U6ZA 2IVNA 3FZMA 3AAQA 3FZHA 4H03B 3ZEUA 1HX1A 4LC9B 1P8ZA 4B1VA 4BROA 1BUPA 4M63C 2E20A 3W3DA 3O1BA 3QFPA 5I9EB 1U2VB 1WOQA 4BRNA 1BU6O 2YJEA 3H1VX 1YAGA 4H0VB 4IO8A 4CZIA 4BQLA 4KBOA 5BN9A 3G25A 3RSEA 4BRFA 1NWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BANA 3VPZA 4Y1DA 4CZKA 3BP8A 1T03A 5AQFA 1RT7A 3HPOA 1R0AA 1F21A 1RT4A 3C6AA 1DTQA 3VF6A 4FYDA 3V1RA 4JN4A 4Z0UA 2F9WA 1J9AA 4LFBK 4M7XA 2D5RA 3VETA 1NGGA 1RBRA 4BC2A 1ZBUA 2QXFA 3AARA 5FDLA 4CJFA 5LJWA 3SUNA 3ENOA 3U3YA 2OPRA 1VSHA 1X9JA 4JKFA 3F9MA 3LDNA 1YUWA 3S3MA 4N5SA 1BO5O 1VQPN 2HNDA 1IJJA 5LMNK 1E4FT 5EY4A 3A5OC 4ID1A 3I8DA 2Z1JA 1HYVA 1TKZA 4BRAA 3ZT2A 4YDUC 1FJGK 3EEQA 1SAZA 4FPBA 5FLXO 4XH1A 2XY8A 5AQGA 4CEEA 4KTZA 4YDUA 4O5FA 3PUFA 2UUBK 1C6VA 1X1PA 5FPEA 2X6SA 4CGHA 4IOAL 3H3OB 3SPZA 5HBMA 3TTFA 4DTXA 3VEYA 4CIEA 4H0TB 2P9NB 3QNNA 3IDHA 1BA1A 5A2QO 4CD3A 3ZT1A 4RW7A 1BDGA 5M1QA 4R5PA 3WXLA 3CQ8A 1GLEG 2CH5A 4BG9A 3S3NA 4W5RA 1HRHA 4K0KK 2P5GA 5AR0A 2KZMA 1W97L 3TWHA 5ADXH 2Q2RA 1HR0K 4A59A 4CJ4A 1XNQK 1U48A 1OH7A 3DLEA 1A5WA 5DM6L 2Y1JA 3ISNC 3UE5A 3OA9A 4CHOA 4B9MA 5AQNA 4DSIA 2W6KA 4M3TA 3NVKA 3E66A 1HLUA 2UUAK 3QIPA 3AV9A 4YOVA 4E7JA 3VQDA 4EHUA 2GTDA 4CEOA 4BG8A 1RTDA 5BRDA 3MXIA 1XUPO 5D3GA 5JENA 3K5LA 4BRGA 4GMJB 5AQUA 2E6LA 2I7NA 5JS1A 4G1QA 1JCFA 5GAEP 4Z4CA 3PV8A 4BVPA 2QWPA 1KVBA 4JI2K 3EZWA 3THXA 4DSKA 4CEZA 1OH8A 2IOCA 4BRIA 1NGIA 3LP1A 4FZYA 1N32K 1W7AA 3J8AA 5AQKA 4IOCL 1KTQA 2OANA 2Q1NA 3DMJA 4PL7A 4UQGA 1QSYA 4OGEA 3V9XA 1J53A 1ATSA 5JVGL 3SK3A 4BR2A 4CEDA 4FLYA 4O8UA 1BHLA 3DAWA 3VQEA 3QERA 4RW4A 1VQMN 1SQKA 1UWBA 2DPNA 3DI6A 1BWFO 3L3VA 3DXKA 2QI2A 3IG1A 4OVLA 4Y0WA 1UA0A 1KC8O 1HYSA 2B6AA 2PAVA 3OHRA 4AM7A 1LAWA 1Y64A 3WQUA 3KWIA 5HRNA 4E89A 5CZ2A 1WB9A 4IEEA 3SI6A 3P31A 1Y97A 3R8EA 3WNFA 5GAGP 5CYMA 3LM2A 4DV5K 2D1KA 4HUGA 1BCMA 1YJ9N 3D2FA 2VG7A 3OVNA 3EE9A 1JLGA 4KH4A 1A5XA 5BR8K 4A5AA 2UU9K 3NF8A 4IBNA 5AQIA 3LPUA 4IFEA 4DSEA 2PY5A 4WF9L 1V4TA 4BR4A 3RRGA 1QSSA 2A1RA 4OLBA 3V9SA 1I94K 4JI7K 3THYA 3HPGA 4BC5A 4H0YB 4BDPA 5C10A 3JYTA 1JLBA 4B3SK 4V19S 3AVMA 4QAGA 3ZETA 1BIZA 1JLAA 4FJXA 1A5VA 5KI6A 2O8EA 4N76A 5HLFA 4H5RA 1GOAA 3AA5X 1VSKA 3K59A 2GWKA 3ZT4A 4DR3K 4CK2A 1SL1A 4GV6A 4IG3A 2VGNA 3WNGA 1O1WA 2VGMA 3TU5A 3MK6A 3VEXA 4KB0A 5GINA 4WFAL 4FK0A 1XHZA 4JI0K 4CJVA 1SZ2A 4KPYA 3Q7CA 1T6DA 3MWPA 3QEVA 2KLAA 2YHAA 3TAPA 2QWMA 4F3OA 1MU2A 2A41A 3U8XA 2NRVA 3SUOA 2AP1A 3E9PA 3OJSA 3ZSZA 1VSLA 1HPZA 3CCUN 1TL3A 4BR0A 4BRKA 2KFNA 2UYTA 3G4SN 3VEVA 1N6QA 1XQSC 3N4QA 3T69A 1NBWA 3KK7A 1W0HA 2YKMA 3O8MA 4N56A 3PX6A 2YHYA 1NM1A 3O6WA 3DXKB 1KFDA 2HBKA 1ZBSA 1L5UA 2Z1GA 2QM1A 2WTUA 3K9KA 4DU1A 3DRSA 2QWNA 3HP6A 3SAGA 2RE2A 2O8BA 3CFRA 3F2KA 1X9SA 4L8RB 2HHSA 5C24A 5HRPA 1XMQK 3KLIA 5AQOA 1HUXA 2ZQBA 3NF7A 3D2FB 4FPAA 4FLWA 4FWLA 1WNSA 5J2MA 1ATRA 4NO7A 1NNEA 2WOMA 3ZLJA 1D4XA 1NGEA 3V6DA 4DFKA 2ZJQL 2IGIA 2G8WA 1ASUA 5BR9A 2BUPA 1NGDA 2D0CA 3AVBA 4M7YA 5CY4A 3PIOL 3D7EO 1VQ9N 3THYB 2XY5A 1LW0A 1GLAG 4CK3A 3K9JA 1VSIA 3VEOA 1V4SA 2GX9A 5BN8A 4B9NA 4LSNA 2HHXA 1QZ5A 4DFPA 2WC9A 5GADP 1YIJN 3ZSRA 3FLCO 3HK2A 5B8HA 2UXDK 2V52B 5KPZA 1T7PA 2O8EB 1C0UA 2P9KA 4YNQA 2NRWA 1SUQA 3F73A 4K8ZA 4KI6A 3CMAN 1S1TA 3FFKB 5BPLA 4DHYA 1G15A 2QK9A 3LDOA 3CYGA 5AQVA 4CFBA 1JLFA 2P9PA 4FJKA 2CGLA 3Q7BA 4DSJA 4O8KA 3O4WA 5HRSA 2QXLA 4DV2K 1QS4A 1RTJA 3PSFA 4M3WA 2OCEA 5AZJB 3TSPA 3T1HK 2OTJN 3A5LC 2XRIA 3O9UA 3NGIA 2E4LA 1VSDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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