1MA9B

Crystal structure of the complex of human vitamin d binding protein and rabbit muscle actin
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
367
structure length
356
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Actin-DBP: the perfect structural fit?
pubmed doi rcsb
molecule keywords Vitamin D-binding protein
molecule tags Transport protein/contractile protein
total genus 114
structure length 356
sequence length 367
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1ma9B02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1ma9B04
3VENA 2PAVA 4NB4A 3DXKB 3VEZA 1RFQA 3KHYA 3L4IA 5AQPA 3GL1A 4BVOA 3QBWA 3U8XA 1WOQA 4FPAA 3AAQA 2YJEA 2VYPA 1E4FT 4WYBA 5EX5A 3HI0A 4CZKA 1BUPA 1TUUA 2P9NB 3ZX0A 3JS6A 2Q1NA 1GLEG 5KQDA 2NRHA 5AQFA 4CZLA 4AM6A 5ADXA 2A42A 2Q2RA 3LL3A 1V4TA 3QFUA 3QICA 1XC3A 3WXKA 3IMXA 5JMVA 2UYTA 3WUHA 1SAZA 1YVNA 4B1VA 3A5OC 3VF4A 5AQWA 2P9KB 4CD3A 4BR4A 1KAZA 3FZFA 3O08A 5BRHA 1NGGA 1NGBA 5AQKA 3GDQA 3ZETA 4H5VA 1QHAA 2VWBA 1NGAA 2CH6A 4BGBA 3O80A 4ISEA 4IWVA 1HX1A 2V52B 3C0BA 3DXKA 5E26A 4O5FA 1GLCG 1QZ5A 3CJ1A 4CI6A 3VPZA 1GLLO 4A2BA 4DQ8A 5FPMA 4BRGA 3DXMB 3DJCA 3M1FA 3D2FA 2CGKA 4M7YA 1BDGA 1NM1A 4BRNA 5AQNA 3KZBA 3MCPA 2FF3B 3FR0A 4BC3A 3CETA 2IVNA 4H5TA 4JAXA 4AM7A 4CZHA 1ZXOA 1H1VA 2IVOA 3SJHA 5BREA 2FSJA 2Q97A 5AQRA 4J8FA 4QS9A 3UKUB 1LCUA 4A61A 5AQZA 3IDHA 5EVZA 5TKYA 5AQSA 4CD1A 5B8HA 2V51B 5AQTA 1ZBSA 2KHOA 4H0VB 3G25A 4YDUC 3FGUA 3VEWA 4H0TB 2QM1A 4BR5A 4JD2A 3IUCA 3VOVA 1BOTO 1KXPA 1ATNA 3VETA 5E84A 1RGIA 2QW9A 2I7PA 5ADXH 3FLCO 4FWQA 1TYQA 4B1WB 2ITMA 3TPQA 2FF6A 2E1ZA 2Q31A 1K8KA 3WEEA 3WQUA 4CZJA 4WQ4C 3D2EA 2ZGYA 4PL8A 2V7YA 4H5WA 2P9IA 3M3ZA 5ELZA 1BA0A 3CIPA 2FSNA 3LDLA 5BN9A 4CZIA 2A6AA 1BU6O 4IXCA 2W40A 5AQXA 5FPDA 3MK6A 2D0PA 4NO7A 2HF4A 4BC2A 1BWFO 4QS8A 1NGCA 5AQVA 1TUYA 3EKUA 4BRMA 4EHTA 3ZETB 3H6EA 4BC4A 4DCHA 3VEXA 3BUZB 3VEVA 3MN5A 5EOYA 1BG3A 5AQUA 1JCGA 1LOTB 4FPBA 4H0YB 2F9WA 3H3NO 5F0XA 4PKGA 2E2NA 3U4LA 3CJAA 4XEIA 4FWOA 4DB3A 1DGKN 3D2FB 3OHRA 4HWIA 2P9PA 4CZGA 4MLEA 3ZX2A 3TU5A 4K41A 1GLJO 5AQIA 3S41A 4FWSA 5AZJA 4BR0A 4CJ7A 3EL2A 4MO4A 3LDOA 4WQ5A 5AQHA 3LDPA 3CQYA 3A8YA 3B8AX 3A5MC 4PKIA 3GBTA 3VGLA 3HTVA 3FZLA 5AFUH 5LY3A 5BPNA 3FFKB 2AA4A 2IVPA 3QMLA 3H46O 1NGDA 1NGEA 3UE5A 3AARA 1HKBA 2I7NA 4FO0A 4JD2B 1MWKA 3I33A 4BR2A 3HZ6A 2YCHA 4BRFA 2CH5A 1TYQB 2QWOA 3CJCA 3W3DA 4M63C 1K8KB 3WEEB 1JCEA 3BF3A 3RSEA 4GNIA 3D2EB 3SMPA 2P9IB 5BR9A 4EIAA 1NMDA 3H45C 4B1YB 1NGJA 4L3QA 1GLAG 3CHWA 1HUXA 1EQYA 4BRAA 4BRIA 1QQOA 4ISGA 3FE1A 2IIRA 1ESVA 5AQQA 3QFPA 3GE1A 1RDWX 3ULEA 2HOEA 2E20A 2Q0UA 3I8BA 4BRKA 5BPMA 2AP1A 4K43A 2P9SA 4H5RA 3WXIA 3ZEUA 2BUPA 3H1VX 3J8AA 1QQNA 3QDKA 4FWKA 4Y0WA 5KPZA 2E2QA 1KAXA 1T6DA 1JCFA 4XH4A 2QXLA 3CJ7A 4A62A 4BRLA 2A40A 3O1BA 5AFUA 4CBUA 1IG8A 1T44A 1ZC6A 1R59O 3O5BA 2P9PB 1NGHA 2A41A 1DEJA 4A2AA 3QBXA 4Z94A 4FWMA 3W0LA 3VEYA 1DKGD 1E4GT 5AZJB 3ATVA 4IJAA 3R8EA 5F1XA 4GY2B 2ASOA 4EFHA 2YI1A 4H5NA 3EN9A 1QZ6A 3KVGA 4JNEA 2CGJA 4BQZA 1BA1A 4MO5A 4CZFA 1T6CA 4IO8A 1SQKA 3CJBA 1IJJA 4B9QA 1X3MA 3CQXA 5BN8A 4K42A 2CGLA 2D0OA 5KPTA 4HTLA 2ASPA 2VCPA 3HM8A 4IJNA 3ENHA 3WT0A 3DWLA 2W41A 4PKHA 5FPNA 3ZX3A 1XQSC 1XUPO 1ATSA 2OANA 3SLCA 4B1XB 3ID8A 3EO3A 3MDQA 5EXWA 2Q36A 5AQOA 2P9UB 4FL9A 3RSEB 5KPRA 4BREA 3AY9A 3VGMA 2V7ZA 1GLFO 3ENOA 2HMPA 2ASMA 3U9ZA 3WXLA 2F9TA 2E1YA 5EY4A 3MN9A 4BR9A 4BRQA 3L6QA 4H0PA 1MA9B 3SK3A 4BGAA 2GELA 2EWSA 2QWRA 2E8AA 3L0QA 4BROA 2WUSA 4B1ZA 1X9JA 1Z6RA 4O8KA 1S22A 2YHWA 4IZ9A 5AZIA 4I6MA 1YUWA 2YJFA 4M7XA 4CBXA 2NLXA 3R9PA 3ULEB 4FWNA 3QB0A 3HSCA 3CJ9A 2QWPA 1MDUB 2P9LA 4XH1A 3SMSA 4PL7A 5LJVA 2E88A 3VF2A 2D4WA 2P9SB 3ZEUB 4YDUA 5JLHA 3LDNA 4FWRA 3GOIA 4BG8A 1SZ2A 1X3NA 5AQYA 1HKCA 4JN4A 1V4SA 3EKSA 5BRDA 4EAHD 3MN6A 3UKRA 4ISFA 4RCHA 3U9DA 4FWLA 2NZTA 4BRPA 3UB5A 4WQ4A 4JHDA 3C7NA 4QS7A 2Q0RA 3FZKA 3H3OB 1NWKA 2P9UA 5BPLA 3O4WA 3IFRA 2QWQA 4H03B 1U6ZA 1Z05A 2QWNA 5FPEA 3FZMA 5CE3A 1WUAA 3BEXA 3LDQA 2GEMA 4CZMA 1Y64A 2ZWHA 3BP8A 3D7EO 4XH5A 2J4RA 4CBWA 3MN7A 1YXQA 5AQGA 5AQJA 2FXUA 3A0IX 2A3ZA 5BRFA 2FLOA 1HLUA 1U2VB 3O1WA 5KQ8A 5AQLA 5JICA 3JXUA 4H0XB 4F9OA 3DAWA 1GLDG 3CI5A 3GG4A 3O8MA 3P4IA 2H3GX 1KAYA 1G99A 3H1QA 1ATRA 2GWJA 4KBOA 3MMVA 1QQMA 2YHXA 3BF1A 5LJWA 1YAGA 1NGIA 5AR0A 5JLFA 4K25A 2P9NA 3R6MA 4BRDA 2GWKA 1BO5O 1OKJA 4LC9B 1C0FA 4C23A 1Q18A 5AZIB 4I6MB 4WQ5C 3VGKA 1NGFA 2YHYA 3VERA 3WQTA 1S3XA 4FSVA 1HJOA 4H0OA 3LM2A 3VESA 2P9LB 3WXJA 1MWMA 4RWTA 3EZWA 4BRCA 2BTFA 2P9KA 5I9EB 3ATUA 3LM9A 2FSKA 4FWPA 3F9MA 1NBWA 2QWMA 4DHYA 4B1UB 3VF6A 4BQLA 3HBTA 2E2PA 3UKRB 1P8ZA 1D4XA 1U2VA 4BR7A 2ZF5O 3VEOA 5F2RA 2DPNA 1NLVA 1HPMA 4JHDB 3C7NB 2E2OA 4RTFD 3A5NC 4CZEA 4FOIA 4BVPA 3O6WA 4BG9A 1CZAN 3DXMA 1J6ZA 1C0GA 2D1KA 3FZHA 3AAPA 4MLHA 2GTDA 4BC5A 3A5LC 2QWLA 4EHUA 2ZGZA 2GUPA 1GLBG 2A5XA 3CERA 4BRHA 3UKUA 3M6GA 4E1JA 2PBDA 1HKGA 4FOEA 2HF3A 5AQMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VENA 1REVA 4NCAA 4NB4A 3DXKB 1TVRA 3VEZA 4DU3A 1U48A 1RFQA 4RG8A 3K2PA 4BVOA 4DQPA 3U8XA 4DTOA 3P5JA 4E19A 1KD1O 3AAQA 1JXEA 1NJZA 4CJFA 3HT3A 5EX5A 4DSEA 4CZKA 1BUPA 3JS6A 2Q1NA 1GLEG 4AF1A 2O8DA 5KQDA 4JK7A 1Q8IA 4CZLA 3VA0A 3DLKA 4Z4HA 4QCLA 2YKNA 4WE1A 4LH4A 3THWA 3P39A 3LP3A 4FJ7A 1YVNA 1VSKA 5LL6Z 1TK5A 4GMJB 2IDOA 4BWMA 3KLGA 1KAZA 1YT3A 3V9XA 4M3WA 3HM9A 1NGBA 4I7FA 3GDQA 2YNIA 1QHAA 2W00A 4CFCA 4C1NI 1NGAA 3SZ2A 2DFFA 5KI6A 1NJYA 2V52B 4FZZA 5E26A 4WCEL 2Q3SA 4E1NA 3CM5A 3M1FA 4CJWA 2CGKA 1VQNN 1TKXA 2O8CB 1BDGA 5AQNA 3KZBA 4BC3A 1RT7A 3ZT0A 3HL8A 4JAXA 4CHYA 1EX4A 3WNFA 2FSJA 4KTZA 4C8LA 3CPWM 1RT6A 4A61A 5EVZA 1J9AA 3NVMA 3L3VA 4DSKA 3AA5X 4N47A 3WNEA 4CEAA 2IS3A 3ZLJA 3KKRA 5J2MA 3VEWA 1IKVA 4JD2A 3IUCA 3VOVA 3SQ4A 4KHYA 1XHXA 1SL0A 5E84A 4CERA 2QW9A 2KZZA 4FWQA 4B1WB 4B9MA 3K5MA 3V1RA 2XY5A 4OGEA 2Q31A 2O8DB 3D2EA 3HJFA 4I2PA 4FZYA 4ELUA 3SQ1A 4C8KA 3CIPA 3LANA 2FSNA 3THWB 3LP2A 2NRVA 1EKEA 4CZIA 4I2QA 2F8TA 4IXCA 1JL2A 4K0KK 4LSNA 5FPDA 3VTHA 2OYQA 4BEBA 4NO7A 1TUYA 4FVUA 4BRMA 1LW0A 1NK8A 2GBZA 4BC4A 4DCHA 2KLAA 2WC9A 3VEVA 3MN5A 1LOTB 2D5RA 4FPBA 5F0XA 1QVGM 4PKGA 2E2NA 1VSDA 2RE2A 2HBMA 5HROA 1SL2A 4Z4EA 3C6AA 4CZGA 3KLHA 4MLEA 4J2EA 2QI2A 5AQIA 3HO1A 3ZT4A 1NKCA 4CJ7A 3EL2A 3CG7A 3PIPL 5AQHA 1VHXA 3TAGA 3DRPA 5HLFA 3A5MC 4PKIA 4BACA 3GBTA 3VGLA 2ZD1A 1WSIA 3AV9A 3HTVA 5AFUH 5LY3A 3QNOA 1NJWA 5BPNA 4GKJK 3FFKB 4YOVA 3OY9A 2IVPA 4B3TK 4IFVA 4BDZA 4AH9A 3QMLA 1SKRA 4ID1A 2BH1A 3UE5A 1NGDA 2OTLN 3AARA 4JD2B 5LMNK 3L3UA 5A2QO 4CGDA 2YHBA 3MWPA 4DWIA 2CH5A 3UIQA 1DLOA 2DFHA 3CYGA 4Z4CA 3W3DA 1B9DA 3D2EB 3DRSA 1N8RO 2OZSA 1N6QA 4EIAA 4CGFA 1VSMA 4JLHA 3EYZA 4BRAA 1CXUA 3CCMN 4ISGA 1L5UA 2IIRA 3KK3A 1RDCA 2YHAA 5C0YA 4DTMA 3GE1A 1OVQA 2D0CA 4DTRA 1K73O 3WXIA 5HL7L 1L3UA 2BUPA 4CK1A 1QQNA 2JGUA 2VWJA 3TABA 4PQUA 2OCEA 3QIPA 4DFMA 5KTQA 1T6DA 2E5LK 4DR3K 1YIJN 4OLAA 3NGZA 1W9HA 3CJ7A 4IBNA 1NKBA 4CBUA 1IG8A 4AHRA 4DSJA 1R59O 1C0MA 1ASVA 1BCMA 4ZHRA 2A41A 1DEJA 2ATQA 3W0LA 1VSIA 1HQUA 3M8PA 1KC8O 1BI4A 1HYZA 4GY2B 5F1XA 1D8YA 4EFHA 2Z1JA 1A5VA 3EN9A 4ILGB 4JNEA 2G8UA 3G71N 4JKFA 1Y97A 4CZFA 3I8DA 4B9VA 1VQPN 5I3UA 3CJBA 4R79A 1BCOA 1X3MA 3CQXA 5BN8A 4K42A 4KHPK 4Q0BA 4OGCA 3O9TA 5KPTA 4HTLA 2ASPA 3MXMA 3RRGA 3WT0A 1WN7A 3DWLA 3OJUA 5FPNA 4BE0A 3E9LA 4IKFA 4CJPA 2EHGA 2HHVA 1KVAA 3MX2A 4U67L 3RR7A 4AHUA 3SCXA 2P9UB 4FL9A 4Z4FA 5KPRA 4B9LA 3VGMA 1GLFO 3U9ZA 2HMPA 3WXLA 3EY1A 1M1KO 1EO1A 2E1YA 2G8IA 5EY4A 1T8EA 4KHUA 4DUYK 3MN9A 4BR9A 1VSJA 4N5SA 3O9SA 2HBLA 3SUOA 3V6DA 2UUAK 3OA9A 4BROA 1WSFA 1Z6RA 4PHTX 4HHTA 2YKMA 1QVFM 5AZIA 5HRPA 1YUWA 2I5JA 2YJFA 4GV3A 4FJMA 4CBXA 5MLCQ 1LWEA 4W5NA 3QB0A 4FW1A 4FK0A 2QWPA 4XH1A 3OJSA 4PL7A 5LJVA 2E88A 2D4WA 3KD1E 1CZ9A 4CGIA 4FWRA 4BG8A 2HHHK 1SZ2A 4DTNA 4W5RA 1RTJA 3HP9A 1BHLA 3CFRA 3QNNA 4X65K 4CFAA 3TI0A 4FWLA 1S5JA 2NZTA 3L2WA 4JHDA 1BI4B 3T1HK 1TKTA 5FLXO 2Q0RA 5BPLA 4DTSA 1HNWK 3O4WA 4DFPA 1EWRA 3J81O 4DKWA 3SI6A 1RBSA 4OO1J 1U6ZA 3AVIA 1Z05A 5KRTA 1JLCA 5FPEA 3FZMA 2YX6A 1I94K 3LDQA 4M3YA 2O4IA 4CECA 2ZWHA 3THXA 3D7EO 3MN7A 1YXQA 2XY7A 2FXUA 1HYVA 3CFOA 4GKKK 5BRFA 2VQFK 2FLOA 1HLUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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