1MDUB

Crystal structure of the chicken actin trimer complexed with human gelsolin segment 1 (gs-1)
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
369
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of an F-actin trimer disrupted by gelsolin and implications for the mechanism of severing
pubmed doi rcsb
molecule keywords gelsolin precursor
molecule tags Structural protein
source organism Homo sapiens
total genus 113
structure length 360
sequence length 369
chains with identical sequence E
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1mduB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1mduB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1mduB03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1mduB04
4H0XB 4BC5A 5BR9A 5EVZA 2QWNA 3DXKB 2VCPA 3H45C 1HKGA 2VWBA 4BRMA 2QWLA 1Q18A 5AQOA 2YHXA 3O4WA 5AQTA 1MDUB 2F9WA 3AARA 2Q0UA 3GL1A 5AQZA 3UKUA 2F9TA 3VGLA 3CJBA 3QICA 2P9LA 4B1VA 4EAHD 3C7NB 4O5FA 3ZEUA 4PL7A 1C0GA 4PKIA 1K8KB 3CIPA 1HJOA 2QWMA 3LDOA 3KZBA 1EQYA 2IIRA 4YDUC 2AA4A 4XEIA 3IUCA 4CJ7A 4A2AA 4H0YB 3L6QA 5AFUH 3A8YA 3FE1A 3VOVA 3AAQA 5BRDA 1C0FA 3SK3A 1BU6O 2Q36A 3FZFA 2CH5A 5AR0A 3VEYA 4BRQA 3DXKA 3CJCA 4NB4A 4M7XA 1NGHA 1NWKA 1GLCG 3EKSA 3VEOA 4JNEA 1TYQB 1RGIA 1Y64A 3VEVA 3HM8A 1QZ5A 5ADXH 3DXMA 2AP1A 3IMXA 3VEXA 2QM1A 5AQVA 1SZ2A 3L4IA 4IO8A 4K25A 4CZMA 5AFUA 4BVOA 3H3OB 4PKHA 4XH4A 5BPLA 5BN9A 1NGCA 2E2NA 2YCHA 1Z05A 5BRFA 3CHWA 3CETA 2YI1A 3C7NA 1V4TA 2P9NB 2E2PA 3D2EB 3BP8A 3P4IA 1BOTO 2QWOA 5BPNA 4BROA 3LM9A 4CZIA 3O08A 3O8MA 4GY2B 4EIAA 4RWTA 5ADXA 3WEEA 2NRHA 3U9ZA 2ZWHA 2ASMA 2CGJA 3FZHA 1X3MA 3VESA 3UKRB 3O80A 2QWRA 1TYQA 4BC3A 4A2BA 2P9PB 3HI0A 2YHYA 2KHOA 2FLOA 3QFPA 3M3ZA 4ISFA 2QXLA 3LDPA 4Y0WA 4CBWA 2A42A 3LDQA 4PKGA 3QB0A 4BGAA 1U6ZA 2I7PA 3FZMA 1BO5O 3VERA 4FOIA 3VF4A 5AQRA 3GOIA 4IJNA 4BQLA 3D2EA 3EZWA 4IXCA 3LDLA 2V7YA 1ZC6A 3W0LA 3ZX0A 4FO0A 1NM1A 2D4WA 5FPNA 1YXQA 3VF6A 1KXPA 1ZBSA 3CI5A 3A5NC 3VEWA 3UKRA 2Q2RA 2V7ZA 4B1ZA 1X3NA 3B8AX 5B8HA 5LJWA 2P9PA 3O6WA 3H46O 4CBXA 4L3QA 4IJAA 4PL8A 3WXKA 4B1YB 3ATUA 5AQIA 4BC4A 4FPBA 1ATSA 4BQZA 2ITMA 1NGFA 4DHYA 3RSEB 2PAVA 4BREA 4H5NA 1E4FT 5KPTA 3MDQA 3O5BA 1X9JA 2P9KB 4MO5A 4CBUA 1GLAG 1WOQA 3ULEA 1YUWA 4A61A 2A41A 1IJJA 4KBOA 1YVNA 3H6EA 5FPEA 4FWMA 1BWFO 3H1QA 1BA0A 3MN6A 4WQ5A 1S22A 4BRLA 2HOEA 5AZJB 2GEMA 1DKGD 4BG9A 3EN9A 3W3DA 3FR0A 2ASPA 1R59O 4CZJA 5AQHA 3F9MA 1GLJO 5KPRA 4BRCA 2CGKA 3CJ1A 4IWVA 4LC9B 1GLLO 2GUPA 3VGMA 3MMVA 3CJ9A 1U2VB 4JN4A 3QMLA 5AQQA 3A5OC 5LY3A 4BG8A 5TKYA 3RSEA 3D7EO 4B1WB 1LOTB 5AQWA 2HMPA 4CZKA 1NGJA 1RFQA 3DJCA 1QQNA 3CJ7A 2P9KA 2QW9A 1GLEG 2BUPA 3MCPA 3VPZA 3QBXA 3LM2A 3VETA 4MO4A 4FPAA 4I6MB 4BRHA 4H5VA 3ATVA 3WQUA 4MLEA 2E8AA 3MN5A 4BRGA 3VEZA 4WQ4C 3G25A 3VF2A 2E1YA 1GLBG 1WUAA 1T44A 1QHAA 4H5TA 2E2QA 2QWQA 4YDUA 1NGDA 4NO7A 4BC2A 4JD2B 3VENA 4FWQA 1K8KA 5JLHA 4BGBA 5JICA 4DQ8A 4HTLA 2A6AA 4BRDA 3J8AA 2P9UB 1U2VA 1NGBA 4XH1A 1QQOA 4CD3A 5AQXA 1E4GT 2IVPA 3H3NO 5BRHA 4O8KA 1HUXA 5I9EB 2ZGZA 4CD1A 4GNIA 2OANA 4H0TB 4M63C 1J6ZA 1XC3A 1NGGA 2P9SB 4I6MA 3KVGA 2Q31A 4CZLA 3L0QA 4E1JA 1P8ZA 1SQKA 3MN9A 3TU5A 2GTDA 1XQSC 2QWPA 1NBWA 1XUPO 2YJEA 1JCEA 5AZIB 2Q0RA 4XH5A 5KPZA 2PBDA 4JD2A 2P9NA 2W41A 4A62A 5F1XA 2A3ZA 3ZETB 2GELA 5AQLA 2A5XA 2ASOA 4QS9A 3BUZB 1T6DA 4BR5A 4EFHA 5AQFA 4BR7A 2IVNA 2NLXA 4BRFA 4FWKA 5EX5A 2D0OA 3WQTA 4BRPA 4K42A 3SMSA 2IVOA 3M6GA 3GBTA 2NZTA 3ENOA 2P9SA 1GLFO 4FSVA 1Z6RA 3UB5A 3M1FA 1MA9B 1ESVA 3BEXA 4CZGA 4WYBA 4EHUA 3O1WA 4F9OA 3QBWA 1NGEA 3UE5A 3WT0A 5AZIA 2HF4A 1S3XA 2P9LB 3A5MC 1QQMA 5EXWA 3FZKA 3OHRA 3ZEUB 5FPDA 1ATNA 3VGKA 2FSNA 5JMVA 2P9IB 3GE1A 3I8BA 2HF3A 3R9PA 3ENHA 3FGUA 1KAYA 3IDHA 1BUPA 1NGIA 2FF3B 3JS6A 3KHYA 1ZXOA 3R8EA 4BRKA 4RCHA 1RDWX 4JAXA 2D0PA 1HKBA 1TUUA 2FXUA 3ID8A 3LL3A 2V51B 1NMDA 4QS7A 3HSCA 4BRAA 2CGLA 1H1VA 1HPMA 2EWSA 3DXMB 4M7YA 2GWKA 3AAPA 2CH6A 2Q97A 1LCUA 4FWNA 4B1UB 4BRNA 4B9QA 1T6CA 2I7NA 4Z94A 2VYPA 3D2FB 4H0PA 3HBTA 4BR2A 3ZX3A 1HLUA 4K43A 2J4RA 3CJAA 2D1KA 5LJVA 3JXUA 2P9IA 3IFRA 1BG3A 1MWMA 4IZ9A 4JHDB 4ISEA 4K41A 2DPNA 4RTFD 4ISGA 4CZFA 3WEEB 4B1XB 3H1VX 1DEJA 1GLDG 3HTVA 5AZJA 1BDGA 3A5LC 1JCGA 4CI6A 3S41A 5E84A 1ATRA 4DB3A 5AQJA 2FSKA 4BR4A 5BPMA 5AQGA 3LDNA 4FWOA 4H03B 5KQ8A 2E2OA 3CQXA 3GDQA 4J8FA 1BA1A 2ZGYA 3EO3A 3EL2A 3GG4A 4AM7A 4EHTA 2FSJA 4H5WA 5F0XA 5KQDA 1IG8A 1KAZA 1KAXA 3BF1A 5ELZA 3D2FA 2GWJA 2E1ZA 5BREA 2E88A 3MN7A 4BRIA 2A40A 4WQ4A 3WXIA 2H3GX 4BVPA 3FLCO 4JHDA 3U8XA 1SAZA 5EOYA 2V52B 5JLFA 3EKUA 5AQNA 3MK6A 4FOEA 3SMPA 1MWKA 3TPQA 4HWIA 2WUSA 3A0IX 4FWSA 1CZAN 3DAWA 1NGAA 3R6MA 3CQYA 4CZHA 3ZX2A 1OKJA 2YHWA 4MLHA 1G99A 3FZLA 1NLVA 2P9UA 5AQMA 1YAGA 4BR9A 1DGKN 1TUYA 3CERA 5E26A 4H0VB 3HZ6A 4BR0A 5AQPA 5AQKA 5EY4A 3O1BA 4AM6A 3C0BA 2UYTA 4DCHA 2BTFA 4H5RA 3WUHA 3WXLA 4C23A 4H0OA 3WXJA 4FWLA 3ULEB 2ZF5O 3SJHA 3QFUA 3FFKB 5CE3A 5FPMA 3UKUB 5AQSA 2FF6A 4FWRA 4CZEA 1HKCA 2W40A 2YJFA 3U9DA 1V4SA 4QS8A 1D4XA 4WQ5C 3I33A 5F2RA 5BN8A 3AY9A 3QDKA 5AQUA 3U4LA 1HX1A 3ZETA 2E20A 3BF3A 2Q1NA 5AQYA 1QZ6A 1JCFA 3SLCA 4FL9A 3DWLA 4FWPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H0XB 4M3WA 5BR9A 4CFDA 2OYQA 4CCHA 3AO1A 2EX3A 4IOAL 4DFPA 1X9MA 1VQLN 1FW6A 4CJRA 4KV8A 3ZT0A 4CESA 2F9WA 4CJVA 4YOVA 5AJ3K 4JK7A 4HCCA 4DR6K 3TAQA 2B6AA 3MXMA 4EAHD 3C7NB 5J1EA 1ZBLA 1IBKK 4K8ZA 2YHAA 2IIRA 4XEIA 2KFZA 3T3FA 1A5WA 3VQ4A 3VOVA 5HLFA 2YNHA 3AAQA 1BU6O 1CXQA 1K8AO 3AVCA 2CH5A 4IOXA 3VEYA 2XY5A 4BRQA 4R5PA 3DLEA 2VQFK 1ZBUA 1NGHA 1N8RO 3CCEN 4JI7K 4FM2A 3SUNA 3DRPA 4JNEA 1Y64A 3KLEA 1ZBFA 3VEVA 4EP4A 1S72N 2AP1A 3IMXA 1TL1A 2FC0A 4ZTJA 5AQVA 1SZ2A 3I0RA 3NF9A 2NRXA 3H3OB 4XH4A 3IS9A 4CEAA 1ASUA 1Y97A 4NYFA 3D2EB 5KI6A 1U45A 1L3UA 1BQMA 5BPNA 4YOYA 3LM9A 3O08A 4OLAA 4LH5A 1L3SA 2C1IA 2CGJA 4DF4A 4JKDA 5IT9O 1OH7A 1TYQA 2HW3A 3HI0A 3QFPA 2KHOA 3M3ZA 2RHKA 2QXLA 5JS1A 2OTJN 3L4QA 3QB0A 3KK1A 1U6ZA 1XMOK 2I7PA 4C8OA 3FZMA 3AO4A 1VRUA 4A5BA 1A5XA 3THYA 4IJNA 3EZWA 2GV9A 5K14A 1OH8A 3LDLA 4FLVA 3W0LA 3WNHA 3TR8A 2YV0X 5FPNA 4OJRA 2HB5A 3UKRA 2IDOA 4FLXA 1X3NA 3B8AX 2X6SA 1VSFA 3VN5A 4CBXA 4M3YA 2HHUA 1YITN 4PL8A 3KK2A 3MEDA 2A1SA 3ATUA 4BC4A 1ATSA 3C94A 2ITMA 4BQZA 4CJKA 4WFNL 4J2EA 3F2KA 3RSEB 1VSHA 4B9LA 3MDQA 2G8VA 3O5BA 3AVMA 3B6OA 2DFFA 4CBUA 1GLAG 1IBMK 3ULEA 3S3OA 3LAKA 4A61A 4KPYA 2R7YA 4LY7A 3ENBA 1YVNA 1JL1A 4DSLA 4CJPA 4BRLA 4W5OA 2GEMA 4IBNA 1DKGD 1SL0A 4BG9A 5CZ2A 4AH9A 3ZSOA 4GV9A 3SBTA 3QERA 3OYKA 1S1UA 1O13A 4FYDA 1KRPA 4F2SA 2CGKA 1GLLO 3WXMB 1U2VB 1KFDA 3QMLA 1HNXK 1ILYA 3KD1E 4JYAK 2WBNA 3D7EO 4B1WB 4OGCA 3DMJA 4KH6A 3NVMA 4V19S 3CCRN 3QIPA 1SKSA 2QW9A 1GLEG 3VPZA 3QBXA 3LM2A 1KVAA 3ZSQA 4E7HA 3WQUA 1A5VA 4BRGA 3LP1A 1KFSA 3HM9A 3ZT1A 1VQON 1WUAA 3CCMN 4JI6K 4NO7A 2PFUA 4FWQA 1K8KA 1U4BA 2I5JA 2O8EB 2KTQA 3C6HA 3NH0A 3QNNA 4DQ8A 4M3XA 3D6RA 4FJ7A 2A6AA 3K0SA 3RR7A 4XH1A 3WNGA 5BRHA 4O8KA 3S5TA 4CD1A 4KTQA 4GNIA 4H0TB 1WSHA 2D0AA 3QETA 3NMUA 4LF9K 2DFEA 3DLRA 1P8ZA 4DV7K 4KTWA 1SQKA 2GTDA 3NF7A 1YHQN 2FBYA 1UOCA 2QWPA 4DR4K 4QOZB 1TAQA 3V81A 3R1XA 4LF5K 1FJGK 4XH5A 3OYLA 1OH5A 1JL2A 1W0HA 4A62A 5F1XA 1TK0A 4GMJB 5J2NA 1N36K 5CR4A 3ZETB 5AQLA 4BR5A 1REVA 4BR7A 3ZCMA 4RG8A 3O3HA 2OTLN 2NLXA 4KB0A 5EX5A 4CIEA 4ILGB 4B3RK 3PX6A 3NBPA 2F4VK 3M6GA 5M1KA 4AILC 3PX0A 4FJ8A 4CJFA 1GLFO 3UB5A 4CFBA 1MA9B 4DTXA 1LWEA 4ZTFA 4F9OA 3UE5A 4KI4A 4FW2A 2HF4A 4DFKA 3A5MC 4J2DA 3FZKA 4YY3K 3ZEUB 1ATNA 4X62K 4BWMA 1VQPN 4CEOA 4DWIA 3DM2A 3GE1A 4CIGA 4Z4IA 4AHCA 4C8KA 2HF3A 4DR1K 3R9PA 2ZJRL 4LF6K 3ENHA 3FGUA 2XO7A 3IDHA 3V9SA 4CFAA 1X9WA 1HYVA 4PUOA 3R8EA 3V1QA 4DFJA 2OZSA 4RCHA 1RDWX 4YNQA 5SZTA 1KD1O 2FXUA 3ID8A 4BRAA 5HRPA 1P90A 1HPMA 3P38A 2YNFA 3DXMB 5DK5A 2CH6A 4B1UB 4KREA 4M41A 4KHNA 3OYIA 4BE7B 2WTUA 1OVQA 3RMBA 1VQ9N 3IKMA 4K43A 5T7BA 1LAVA 2P9IA 3IFRA 3HK2A 4IZ9A 4JHDB 1S1TA 3QEPA 3HT3A 4JKFA 4K41A 2DPNA 4ISGA 4B1XB 4Z4HA 3H1VX 3J7ZO 2UUAK 1DEJA 1GLDG 3HTVA 4X66K 2VWJA 4DSKA 4CF1A 3S41A 2KKZA 1DTQA 1RDCA 3O3FA 5AQJA 3L2QA 2X78A 4BR4A 4OKJA 4DQPA 3K57A 3NE6A 2E2OA 2XHBA 1XHXA 4E0DA 3EL2A 4EHTA 2DY4A 2FSJA 4C1NK 2NRTA 4H5WA 5F0XA 4DTJA 4B3TK 3EY1A 5KQDA 5ELZA 1TKDA 3D2FA 3MN7A 4OVLA 4CHYA 3OVNA 2A40A 4WQ4A 3U8XA 2AJQA 2IAJA 5EOYA 4IDHA 4N41A 3MK6A 1BI4A 3LAMA 3SMPA 3E01A 1FKOA 3L2VA 3HPGA 4RW4A 3VQ6A 3L3UA 3TPQA 4ZHRA 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 4KB1 A;  2D0B A;  1TV6 A;  4NXN K;  4FJK A;  3M8R A;  3WQT A;  4BRP A;  4DV5 K;  1NKE A;  4K42 A;  2IVO A;  3GBT A;  3ENO A;  2P9S A;  1EWR A;  4JKB A;  3M1F A;  1ESV A;  3O9U A;  3P1G A;  3QBW A;  1NGE A;  3G71 N;  4PHT X;  4MDB A;  5AZI A;  3DOK A;  1S3X A;  2FBX A;  2P9L B;  3LPT A;  3ZSY A;  3K59 A;  3HP6 A;  4FLW A;  2GUI A;  4CK2 A;  3P5J A;  1HQE A;  2P9I B;  4CF2 A;  2O8F A;  3I8B A;  4DSE A;  1S1X A;  3SPZ A;  1L3V A;  4GVE A;  3KHY A;  1HYS A;  3CXC M;  3ITH A;  1BIU A;  3K5O A;  3LL3 A;  1NMD A;  2CGL A;  1H1V A;  3AVN A;  2EWS A;  4M7Y A;  3G0Z A;  3AAP A;  1LCU A;  1SV5 A;  4CEZ A;  5C24 A;  3D2F B;  4H0P A;  3HBT A;  1FXX A;  4BR2 A;  1YTA A;  3CYM A;  3BY5 A;  4N47 A;  4E1N A;  3TAE A;  1ZBI A;  2W6K A;  3AO2 A;  4ISE A;  1K9M O;  4RTF D;  3G10 A;  1C6V A;  5AZJ A;  1BI4 B;  1CLQ A;  3LWL A;  5KGW A;  3DLL L;  1VSD A;  2RN2 A;  3A5L C;  2BDP A;  1WSF A;  4OX9 K;  3OYC A;  1WAJ A;  1I94 K;  3TTD A;  4YFU A;  5E84 A;  5FRM A;  1OVY A;  1ATR A;  1IV0 A;  2KLA A;  3M8Q A;  4IFE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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