1NLVA

Crystal structure of dictyostelium discoideum actin complexed with ca atp and human gelsolin segment 1
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
372
structure length
364
Chain Sequence
DVQALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHTKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYMMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLAYVALDFEQEMATAASSSALEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESAGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYGNVVLSGGTTMFPGIADRMNKELTALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Structure of Non-Vertebrate Actin: Implications For The ATP Hydrolytic Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Actin
total genus 115
structure length 364
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1nlvA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1nlvA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1nlvA03
3FZMA 3QB0A 2ZGYA 3AARA 3EO3A 1GLEG 3VF4A 5I9EB 1X9JA 1NGCA 4IJNA 3BUZB 2E2QA 2GEMA 3ID8A 5JMVA 2ASOA 1BA1A 1YXQA 4YDUA 4BC3A 3A5MC 3WXIA 5AFUA 2YJFA 4MO4A 3CHWA 3ZETA 3FLCO 3CJ9A 3DXMA 1XC3A 2Q1NA 2DPNA 3ZEUA 3H1QA 3WXLA 1BA0A 4H0VB 5EY4A 1EQYA 3M3ZA 5AQPA 5AQUA 3J8AA 2V52B 2I7PA 2A3ZA 1G99A 3R8EA 2GTDA 4BRCA 3FZKA 3VEYA 4CD1A 2E2OA 1X3MA 4H5NA 4CZLA 3LM9A 2A5XA 2IIRA 3P4IA 1TUYA 2CH6A 3ATVA 1HKBA 3O1WA 3ZX2A 5AQWA 5BPNA 3HTVA 2E20A 3FGUA 4CZJA 2FSKA 4M7YA 3VETA 5KPZA 3KZBA 3QBXA 3RSEB 1DGKN 4BRMA 4HTLA 2YHYA 4C23A 1NGAA 1S3XA 3ENHA 3DJCA 4JHDA 5AQYA 4BGAA 4WQ5A 1BG3A 3WUHA 3A8YA 5AZIA 4RCHA 1NWKA 2YHXA 1NGDA 3QICA 1NGIA 3MCPA 2CGLA 1QQMA 1ZXOA 3O5BA 1ATSA 4FPBA 4PKHA 3JS6A 3O08A 3VESA 4H0YB 5AQFA 1E4FT 4E1JA 4BQZA 2HMPA 2YI1A 3U9ZA 3ULEB 1ZC6A 3FE1A 4BRGA 3H45C 3D7EO 2P9UA 3SMSA 4CZIA 2ZF5O 3KVGA 5AQMA 4BC4A 4BR7A 3VF6A 1RDWX 2IVPA 3FZLA 4FOIA 4BRLA 3MMVA 4BRHA 1BWFO 1X3NA 4BVOA 3WXKA 3AAQA 3DAWA 1ATNA 4JD2B 3H46O 2W41A 2UYTA 2F9TA 4DHYA 4L3QA 1IG8A 5AZJB 3R9PA 5JICA 5JLFA 3ZX3A 3SLCA 5AQXA 1GLBG 4FWLA 1OKJA 1Y64A 2OANA 3O6WA 4FWSA 2AP1A 4JNEA 1XQSC 5E26A 4IZ9A 1LOTB 4FSVA 4B1VA 3CETA 1BOTO 2ZGZA 1T6DA 4CBWA 4RTFD 3WT0A 5EXWA 2ITMA 4BROA 2A40A 1GLAG 3UB5A 5AQZA 4CI6A 4FOEA 3CJBA 4Z94A 3VERA 3GE1A 3LM2A 2PAVA 2E8AA 4XH1A 1U2VB 2IVOA 4K42A 2VCPA 1ESVA 3CI5A 2A42A 4BRKA 3ENOA 2P9SA 1E4GT 3AY9A 2P9IB 4A61A 4BRQA 2YCHA 4CZEA 4BRDA 1H1VA 4K41A 5AQRA 3GL1A 5F1XA 3O4WA 5AQSA 5AQIA 1C0FA 3BP8A 4FWMA 2FF6A 3MN7A 3D2FB 3EN9A 3IMXA 3VEOA 3WQUA 3VGLA 2QWNA 2A6AA 2QW9A 3GG4A 1SZ2A 3CJAA 4O8KA 4RWTA 2IVNA 4K25A 1NGBA 3QDKA 3HI0A 2FF3B 3HZ6A 4B1WB 3D2EB 4BRIA 3UKUB 3LDQA 2FLOA 2EWSA 4A2BA 4B1YB 4PL7A 1Q18A 1HX1A 2P9LB 1GLDG 4QS7A 4EHTA 5KPTA 4AM6A 5ADXA 5KPRA 3A0IX 4M63C 2ASPA 2J4RA 5BRDA 1YAGA 1TYQB 4H0OA 1U6ZA 4BRAA 4CZKA 3JXUA 3VOVA 2A41A 4JAXA 3I8BA 2F9WA 1RFQA 4MO5A 3G25A 2GWJA 1JCGA 4B1XB 3F9MA 5LJVA 2Q0RA 2QM1A 3L6QA 1NGGA 4I6MB 2I7NA 2W40A 4QS8A 3VENA 3O1BA 1NMDA 3LDLA 5KQDA 1C0GA 3H3NO 4ISGA 3EKSA 4Y0WA 4B1UB 4CZGA 5AZJA 1Z05A 5LY3A 1TUUA 2P9PB 1QHAA 1T6CA 1K8KB 4NO7A 1BUPA 2Q97A 5AQJA 5AFUH 3L4IA 3EZWA 3VPZA 4DQ8A 3VEXA 1GLLO 4A2AA 2FXUA 2P9KB 3I33A 3ATUA 1MWMA 2QWRA 2P9NB 1BDGA 4BG8A 4DCHA 4PKGA 5AQHA 1WUAA 4H5TA 4CZHA 5ELZA 3LL3A 1U2VA 2YJEA 4DB3A 2HF3A 3IDHA 4BR0A 4BREA 4B1ZA 5EVZA 4CZFA 4EAHD 2VWBA 1HPMA 2QWPA 1GLFO 1P8ZA 3CIPA 3CJ7A 2D1KA 2P9IA 5F2RA 5F0XA 1CZAN 4ISFA 2HF4A 5BRHA 1NM1A 4B9QA 2Q2RA 1D4XA 2QWLA 4MLEA 4BR4A 2Q31A 2Q36A 3FZHA 4IWVA 4BR5A 3S41A 5BN9A 2GWKA 1SAZA 1KAYA 3UKRB 1HKCA 3WXJA 3W0LA 4H5RA 1KXPA 2CH5A 3D2FA 3MN6A 4BC5A 1QQOA 3FR0A 1SQKA 2E1ZA 4WQ4C 1J6ZA 5KQ8A 4WYBA 1V4TA 3HM8A 2QWOA 1S22A 5E84A 5AQLA 1QZ6A 3D2EA 3QFUA 2QWMA 3UKUA 3VGKA 1BU6O 5FPNA 3C7NB 4BRNA 2VYPA 1NGHA 3GDQA 1QZ5A 2P9LA 3LDNA 2D0PA 1YUWA 3LDOA 5B8HA 5FPMA 1MDUB 4BQLA 1T44A 4M7XA 1WOQA 1XUPO 1BO5O 3FZFA 3BF3A 4IJAA 3U8XA 3O80A 3R6MA 3U9DA 3DXKB 3HBTA 4FWKA 4AM7A 2BUPA 2PBDA 2E2PA 5AQQA 2E88A 4FWRA 3A5LC 4GY2B 2NLXA 4O5FA 1NBWA 4I6MA 3VGMA 4H0PA 4KBOA 2V7ZA 3EKUA 3RSEA 4FPAA 3M1FA 4FWNA 2E1YA 2YHWA 3C0BA 2P9PA 5BPMA 1K8KA 4CBUA 1NGJA 3BF1A 4HWIA 4IO8A 3GBTA 5AQVA 1DEJA 5LJWA 3CQYA 2E2NA 1DKGD 2V7YA 5BR9A 2P9KA 3AAPA 2CGJA 5FPDA 3U4LA 5JLHA 2ZWHA 1HJOA 1NGEA 1V4SA 4H0XB 2P9NA 4IXCA 3MN9A 2FSJA 5BPLA 5BREA 1KAZA 2NRHA 3KHYA 1R59O 3FFKB 3ULEA 1QQNA 4FWPA 1YVNA 3O8MA 2AA4A 1ATRA 2ASMA 5AR0A 3WEEB 4EFHA 4BR9A 1Z6RA 3QMLA 4GNIA 4EHUA 4H0TB 5AQTA 3SMPA 2QWQA 2CGKA 2NZTA 1JCFA 4JD2A 2P9SB 3SJHA 2D0OA 4XEIA 3MK6A 3MN5A 3CJ1A 3IFRA 4ISEA 4JN4A 3VEVA 5BRFA 3UE5A 3UKRA 4FWQA 3L0QA 2H3GX 4BGBA 4CJ7A 1MWKA 4YDUC 5CE3A 4WQ4A 3WQTA 3ZETB 3TU5A 5AQGA 2GELA 3IUCA 3DXMB 3GOIA 2D4WA 4BC2A 4CZMA 3A5NC 4CD3A 3ZEUB 1HLUA 1NLVA 3HSCA 4H03B 4BVPA 4J8FA 5EOYA 2GUPA 4BG9A 4XH4A 1LCUA 3LDPA 3C7NA 1ZBSA 4FL9A 3H3OB 3BEXA 5BN8A 3M6GA 3VF2A 4LC9B 1RGIA 4F9OA 1HKGA 5ADXH 2KHOA 3TPQA 3CJCA 3VEZA 3A5OC 1KAXA 3DXKA 5AQOA 4NB4A 3W3DA 4A62A 3ZX0A 5TKYA 1MA9B 4MLHA 3H6EA 1JCEA 5AQKA 2HOEA 4BRPA 3DWLA 2Q0UA 3VEWA 2BTFA 2WUSA 3EL2A 4PL8A 4FO0A 5AQNA 4K43A 3MDQA 5FPEA 4H5VA 3CERA 3B8AX 4BR2A 2V51B 4JHDB 2QXLA 4H5WA 1GLCG 4XH5A 5AZIB 4WQ5C 1GLJO 4CBXA 1IJJA 3OHRA 4QS9A 1TYQA 3QBWA 3QFPA 3H1VX 1NGFA 4FWOA 2FSNA 3CQXA 4EIAA 4BRFA 5EX5A 3WEEA 4PKIA 1HUXA 3SK3A 2P9UB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZGYA 5J2QA 2X6NA 4FLTA 4OX9K 2NRXA 1ZBIA 2PYLA 3RR7A 1J54A 4JK9A 3MAQA 1LWFA 1YXQA 2IS3A 4CEEA 4FJNA 2E6LA 2ETJA 2RE2A 4J2DA 4E7LA 3K0SA 4B3RK 3CCLN 3S5TA 1IBKK 3S3MA 1XC3A 4KHPK 1ASUA 3NH2A 2O8EA 1WSJA 3ZEUA 2Y1IA 4DV3K 1LAWA 4MDBA 3M3ZA 5JENA 4CF8A 3VQEA 4L8RB 1G99A 4H4OA 3SPYA 5AJ3K 4BRCA 3G71N 3VEYA 1Y97A 4FVMA 4H5NA 4PUOA 2IIRA 3K5MA 3E01A 2KW4A 4J2BA 2YV0X 1NU0A 2A1SA 3AVHA 3ZX2A 4CE9A 3P38A 3LAMA 3G10A 3K9KA 1TAUA 3SUNA 3M5RA 2BGGA 4DV1K 2D0BA 1VQON 1RNHA 1S1TA 2YHYA 1SV5A 3KD5E 4WF9L 1YI2N 4CF1A 3I56N 3WUHA 2HHSA 4HTUA 3K58A 1W97L 3CFPA 4LF8K 1NWKA 3V9XA 1NGIA 2UU9K 5C15A 1ZXOA 4PKHA 2NRRA 3JS6A 3BZKA 3VESA 5AQFA 1NJXA 1X1PA 4X64K 2G8WA 1NJIO 3ULEB 3JAMO 1CLQA 1VHXA 4CZIA 4WFAL 2ZF5O 2YHBA 1JLCA 5LL6Z 2QI2A 1NKCA 1XI1A 3VF6A 2ZQBA 3NH1A 4DTJA 3FZLA 4WCEL 4CGDA 4CFBA 1BWFO 2O8DB 2XY7A 4NYFA 2XY5A 3ZSZA 3TARA 2QK9A 2EHGA 4DHYA 4DTOA 3R9PA 2HVHA 3CM5A 1RILA 5AQXA 2OANA 4FWSA 5E26A 3HOSA 5HRPA 4FSVA 1T6DA 2Z1JA 4RTFD 3AO5A 3L2RA 1GLAG 4BEBA 3PSIA 5J2NA 4CI6A 3VERA 4AF1A 3GE1A 2IVOA 2D5RA 1ESVA 3VQ5A 3S3OA 1KD1O 3OYAA 1EWQA 4A61A 1YJNN 4BRQA 4CZEA 3OYFA 4BRDA 1H1VA 5AQRA 1NMNA 3GL1A 2HBMA 3BP8A 4O5BA 2YNHA 4CHPA 4NXMK 4CJ5A 4LF9K 2LSNA 3OVNA 3WQUA 2A6AA 2QW9A 3GG4A 1SZ2A 5KGXA 1FJGK 1KVCA 4O8KA 3TTCA 2IVNA 1NGBA 3HI0A 3HZ6A 4CF9A 4B1WB 4A2BA 4F2SA 4N56A 5IWAK 5KPTA 4CF0A 3A0IX 3OBYA 1C0UA 1YAGA 1U6ZA 4BWJA 1RDBA 1T05A 4YOVA 5JVGL 4MO5A 4M3TA 3FFIA 1TKXA 3ZSWA 2O8DA 2I7NA 1K8AO 4KHSA 1W9HA 2UUAK 3H3NO 1N8RO 1Z05A 3QIOA 4DR7K 1U45A 1QHAA 3QETA 1T6CA 4OVLA 5AFUH 3L4IA 3M8SA 3G6EN 3CYGA 4Z0UA 3WNEA 5KGWA 1M1KO 1MWMA 4IFEA 4Q5VA 1BDGA 4B9UA 1WUAA 3NVMA 1SUQA 2OZSA 3CD6N 4ICLA 5C0YA 3O9SA 2HF3A 3OS0A 4W5TA 1BISA 4BR0A 4BREA 4BY9C 3AO3A 4CIEA 2OCEA 4NCAA 4CEBA 3OYGA 2HHXA 1GLFO 3M8QA 4JI1K 4CF2A 4ISFA 4B3MK 1S5JA 3L2QA 4CFAA 1VQPN 2UXDK 1IBLK 4O0IA 2F4VK 4IWVA 4BR5A 5BN9A 1KC8O 3UKRB 1KAYA 3LP0A 3CXCM 4A5BA 3THYB 4ELVA 4CJLA 4ID1A 1QQOA 3HRGA 3F73A 1RT4A 4B9MA 1SQKA 2E1ZA 2Q3SA 1Q86O 4WQ4C 5KQ8A 3OYEA 3VQAA 4WYBA 2NNWA 3HM8A 4JI5K 4DKWA 1S22A 3MX2A 4DR5K 1C1CA 4FJKA 3J7AP 4MDAA 2VYPA 4DQQA 2IDOA 5SWMA 1NGHA 3AVGA 3LDSA 2FBYA 5M1FA 3ZYYX 1B9DA 3KK7A 1MDUB 3ZSQA 4M7XA 4CJFA 3AVBA 2HVIA 4NLBA 1NK9A 4FCYA 3QEPA 3O80A 3R6MA 4X65K 4AM7A 1IKWA 1DTTA 3K59A 1WN7A 5D3GA 2KLAA 1NBWA 2QA4N 3VGMA 1VSHA 4NCGA 3M1FA 2HHQA 4FWNA 3C0BA 4YHHK 4PQUA 2FC0A 3CQYA 3T1YK 1DKGD 4DV4K 5BR9A 3LZJA 4DU3A 1M90O 4A5AA 2CGJA 2NRWA 4H0XB 3HP6A 1HPZA 4AILC 2JGUA 5BREA 3OJSA 4OGEA 2OPSA 5C24A 4DG1A 1HQEA 2RF2A 2E5LK 3N4PA 3FFKB 3THVA 1I39A 4EP4A 1KFSA 4EFHA 1ATRA 1YITN 3WEEB 1IBMK 4HCCA 3QMLA 1BQMA 4RW6A 4H0TB 4F3OA 2AJQA 2O8BB 5DM7L 4JS4A 3AA4A 4IDKA 4JD2A 3MK6A 4K8ZA 2XRIA 2GUIA 1QQCA 1SS6A 3VEVA 4JN4A 3UKRA 3C95A 5KI6A 3THYA 5C10A 3CC7N 4CJ7A 1I94K 5CE3A 4LH4A 4WQ4A 3LP1A 3ZT2A 5AQGA 3DXMB 1IV0A 4ELUA 2D4WA 2B4JA 3J80O 1XMQK 4AH9A 1NLVA 4H03B 5EOYA 3OYMA 4XH4A 1LCUA 1N36K 2G8UA 4FJ8A 4M45A 4CGHA 1OVQA 1ZBSA 4YY3K 5BN8A 3LZIA 4FJ5A 3IAYA 1RGIA 4F9OA 4QCLA 2KHOA 4JI6K 4H8KA 4E1MA 3WXMB 3A5OC 4EZ9A 3DLHA 3U3GA 1A5VA 5HOOA 1IH7A 4MQ3A 3TI0A 3ZX0A 3DLRA 5TKYA 3AO4A 4B3SK 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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