1NWKA

Crystal structure of monomeric actin in the atp state
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
366
structure length
353
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of monomeric actin in the ATP state. Structural basis of nucleotide-dependent actin dynamics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Contractile protein
total genus 118
structure length 353
sequence length 366
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1nwkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1nwkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1nwkA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1nwkA04
1HKGA 4FSVA 3CETA 3MMVA 1QQNA 3M1FA 4I6MA 1NGHA 3DXKA 1K8KA 1BDGA 2PAVA 3FR0A 3LL3A 3VETA 4PL7A 1JCEA 4QS7A 3FLCO 3VESA 4BR5A 2CH6A 4EHUA 3QICA 3I8BA 5BPLA 2I7NA 4L3QA 3FZHA 4NO7A 4JAXA 4H5NA 5E84A 4J8FA 1MA9B 3RSEA 3VF2A 2WUSA 2NRHA 5AQTA 3A5OC 2ITMA 1X3MA 2E8AA 1V4SA 3IFRA 4A2BA 2UYTA 3JXUA 3FZLA 3DXMA 4BRHA 1CZAN 1NGIA 2P9LB 3BUZB 3GBTA 1BUPA 3CHWA 3D2FA 5AQPA 3DJCA 5AZIA 5AQKA 2YHXA 3A0IX 3D2EB 4CD1A 1NM1A 1YUWA 2A5XA 5AQJA 3O08A 4JNEA 3HBTA 3QBWA 4CI6A 3EN9A 5AFUA 4BRMA 4RCHA 3CQYA 5AQXA 3SJHA 1BA0A 5BN9A 3VEOA 3TU5A 3MN7A 4BGAA 2QWQA 1X3NA 2FSJA 3L0QA 4BRGA 4CZFA 4WQ5A 3U4LA 3O80A 1QZ6A 2GWKA 1HLUA 4K25A 4BQZA 4K41A 3ZX0A 4CBUA 3GG4A 1MWKA 5AQVA 4K42A 1MWMA 5TKYA 4PKIA 4ISEA 3S41A 4EAHD 2YHWA 4O8KA 4WQ5C 3H45C 3C7NA 3SMSA 1WUAA 3UKRA 1U6ZA 4BQLA 4JN4A 3SMPA 1DGKN 2P9KB 2YJFA 4IWVA 4GY2B 3WXJA 4BVPA 3CJ9A 3VEZA 4FPBA 1T44A 3AAPA 3GE1A 5AQIA 3VEYA 2P9UB 1KXPA 1XQSC 3VGMA 3J8AA 3VOVA 1V4TA 1KAZA 4FOEA 2IVPA 4XH4A 3IUCA 1Z6RA 2I7PA 2A41A 5AQLA 2IVNA 4A62A 2P9NA 3O1BA 1GLEG 1NMDA 1RDWX 4FWQA 3LM2A 4M63C 4MO4A 2P9IB 2VYPA 4BRFA 5JLFA 4GNIA 3MDQA 1GLBG 4CD3A 4CZLA 3FFKB 3EL2A 3MK6A 2D0PA 3H3NO 4B1UB 4BR0A 2HMPA 4B1XB 4CZMA 3ZEUB 4HWIA 5JLHA 3UKUB 1XC3A 3B8AX 2QWLA 5AZJA 5ADXA 1U2VA 2KHOA 1BO5O 3W0LA 1NGJA 1E4GT 1XUPO 1X9JA 1OKJA 3WQTA 2Q1NA 3BF3A 2QWRA 5JICA 2GTDA 3KHYA 4BG8A 1G99A 4H5TA 4BVOA 4WQ4A 4BRIA 1HKBA 3U8XA 1NGEA 3OHRA 5FPMA 4ISFA 4RWTA 4B9QA 2FXUA 2CGJA 1DKGD 4H0TB 2H3GX 4BRCA 4B1WB 3ATVA 4WQ4C 2HOEA 3A5NC 3I33A 1WOQA 3EKSA 1GLLO 3A5LC 3HM8A 2V51B 4H5WA 4H0XB 1GLFO 5BPNA 2BTFA 4FOIA 3WEEA 3QFPA 5BRHA 1S22A 5AR0A 3DWLA 2CH5A 2GEMA 3H1QA 1BU6O 1Q18A 4BG9A 2ASOA 1KAXA 3EO3A 3BP8A 4CZHA 3CJ1A 2HF4A 4I6MB 5I9EB 4BROA 3DXKB 1K8KB 3R8EA 1HPMA 3WQUA 5FPDA 1GLJO 3QBXA 2P9SA 2Q36A 1LOTB 2E1YA 3HI0A 4XH1A 5AQUA 1D4XA 1QQOA 4CJ7A 1RGIA 4K43A 4BREA 5AQNA 3BEXA 1KAYA 2YCHA 3RSEB 5ELZA 1IG8A 4HTLA 4IJAA 4JHDA 5LJWA 1TYQA 3ENOA 3DXMB 2A40A 4MO5A 2V52B 3QDKA 3H6EA 5AFUH 3D2FB 2QW9A 5AZIB 5LJVA 4DHYA 4YDUA 2OANA 4A61A 1YAGA 2FF6A 4FWMA 1HX1A 2P9PA 3MN9A 2V7ZA 5BN8A 3FE1A 3LDPA 3VF4A 4BRNA 4FWPA 4YDUC 3VERA 3FZMA 2E20A 4A2AA 2YI1A 1HKCA 3ID8A 3ENHA 3LDLA 1BA1A 4FWKA 4MLEA 3GL1A 4CBXA 3M6GA 4FPAA 4IXCA 3C7NB 3MCPA 4H03B 3MN6A 2J4RA 4IZ9A 3UKRB 5EY4A 3WUHA 2E2NA 1IJJA 4JD2A 2QM1A 5LY3A 2FSKA 3AAQA 4XEIA 4O5FA 2Q2RA 3DAWA 2QWNA 1SAZA 2A42A 3EZWA 4BRDA 2ZF5O 3UB5A 5F0XA 2GUPA 4PKGA 3L6QA 2E2PA 2IIRA 4AM6A 3ZX2A 3U9DA 4FO0A 3O6WA 3W3DA 2P9NB 3VEWA 1Y64A 2Q97A 5ADXH 2GWJA 5BPMA 4Y0WA 1QQMA 5AZJB 1U2VB 4FWLA 3VGLA 5F1XA 3CJBA 5EOYA 2BUPA 4H0PA 2V7YA 3QMLA 4H5VA 4NB4A 3CI5A 3LDQA 1HJOA 1NGCA 1QZ5A 4EIAA 4CZGA 1T6DA 3CJCA 3VENA 2VWBA 2VCPA 4QS9A 3H3OB 2F9TA 2ZWHA 1P8ZA 1ATSA 3WXIA 5AQMA 4DQ8A 3R9PA 4B1VA 3GOIA 5JMVA 3JS6A 3EKUA 4KBOA 1NGDA 4BRKA 4BRLA 5BRDA 1RFQA 4E1JA 3ZETA 3O1WA 4BC3A 2E2OA 4FWRA 1NGFA 3ULEA 3G25A 3F9MA 3SLCA 2CGLA 2FF3B 1YVNA 2PBDA 1NWKA 1S3XA 2YJEA 4BGBA 1GLDG 1NGBA 1DEJA 3WEEB 2A6AA 5BR9A 4EHTA 1JCGA 4CZIA 2ZGZA 3ZETB 2ASMA 2QWOA 3VF6A 3O8MA 3U9ZA 3QFUA 3VPZA 2Q31A 5F2RA 2HF3A 4H0VB 3P4IA 1T6CA 3H46O 3WXKA 4AM7A 3MN5A 1MDUB 4WYBA 2P9SB 5FPEA 2P9LA 1C0FA 4H5RA 2D1KA 4M7XA 3HTVA 3CERA 4FWSA 3GDQA 2FLOA 3D2EA 4JHDB 1HUXA 4BC5A 1TYQB 4PL8A 1SZ2A 4BR9A 1TUYA 1SQKA 4FWNA 5BRFA 1GLAG 1JCFA 3ZX3A 1ATNA 4C23A 1H1VA 3O5BA 3VEVA 3WXLA 3AY9A 5CE3A 2P9PB 2ASPA 3O4WA 1ATRA 2D4WA 5AQZA 1BWFO 3VEXA 5KPZA 1BOTO 3CJ7A 1NGAA 1NGGA 2AA4A 2YHYA 4QS8A 4RTFD 1NBWA 2A3ZA 1NLVA 3L4IA 4ISGA 5EX5A 1LCUA 2P9KA 1ZC6A 5FPNA 4BRQA 5AQGA 3M3ZA 4CZJA 4CZEA 3A8YA 4PKHA 5AQRA 2P9UA 1ZXOA 1QHAA 4CZKA 3C0BA 3FZFA 3IMXA 2IVOA 3LDNA 4JD2B 4BR7A 2F9WA 2W40A 3FZKA 3FGUA 2CGKA 3CQXA 4M7YA 5E26A 4DB3A 2QXLA 3VGKA 2NLXA 3CIPA 3R6MA 4BRAA 2P9IA 4H0OA 4XH5A 5EXWA 2FSNA 3H1VX 3HSCA 3UE5A 2D0OA 2E1ZA 4LC9B 5AQSA 3ZEUA 3LDOA 3UKUA 4BRPA 5EVZA 4EFHA 4FL9A 2ZGYA 3KVGA 2Q0UA 4B1YB 4CBWA 2NZTA 5AQHA 3D7EO 2E88A 1Z05A 1R59O 2QWMA 4IO8A 3KZBA 3TPQA 2E2QA 1J6ZA 3AARA 4Z94A 5AQQA 4F9OA 5KQ8A 3SK3A 2AP1A 1GLCG 5B8HA 1ZBSA 5KPRA 1TUUA 5KPTA 4IJNA 5BREA 1YXQA 4MLHA 3IDHA 2EWSA 2QWPA 5AQFA 4BC4A 3ATUA 3BF1A 1EQYA 2Q0RA 5AQYA 2DPNA 5AQOA 1E4FT 3CJAA 4H0YB 2GELA 5KQDA 1ESVA 1C0GA 2W41A 4DCHA 3HZ6A 5AQWA 3A5MC 4B1ZA 3QB0A 1BG3A 3WT0A 4FWOA 3LM9A 3ULEB 4BR4A 4BC2A 4BR2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VMFB 4FSVA 2NRTA 1N36K 5MLCQ 4F4KA 4QS7A 4BR5A 3I8BA 4B08A 3FZHA 4JKGA 3AVNA 2WUSA 4UQGA 5AQTA 3A5OC 1VSMA 1X3MA 4LFCK 1V4SA 1CXQA 3CFOA 3V9SA 3JXUA 3HVRA 3J7YP 4DSIA 1TL3A 1NGIA 3V9WA 4DR4K 1FKPA 4CJSA 1BUPA 3D2FA 5AZIA 1S1UA 4Y1DA 1BISA 5AQKA 4CJVA 3TI0A 3CCSN 3C65A 4CD1A 4F2RA 3O08A 2FC0A 3HBTA 3TTFA 2VWKA 3CQYA 3SJHA 1BA0A 1Z25A 5BN9A 4BGAA 3HVTA 3SUQA 4B3MK 2X78A 4I9LA 1HLUA 3NF6A 3JSMA 3LWLA 4CBUA 1L3SA 4J2BA 3KK7A 4RW9A 1RT1A 1RILA 3H45C 1W2BM 3SMSA 4C1NK 1TK8A 4M45A 1U6ZA 4HTUA 3ISNC 4BQLA 3MEGA 4JN4A 1DGKN 1TKTA 5GADP 1BL3A 4FLZA 3L8BA 4N47A 3AVHA 4OKKA 3TAQA 3T3FA 4N56A 3AAPA 3GE1A 5AQIA 5M1QA 1LWFA 1XQSC 4FJXA 1NJZA 2OYQA 1KFSA 3P5JA 3HOTA 3M8PA 3THVA 3N4QA 4A62A 3E9LA 3V4IA 5LL6Z 1RDWX 2HNDA 1U45A 4MO4A 4BRFA 2GX9A 2F4VK 5J2QA 1YTUA 4CZLA 3FFKB 1ILYA 3EL2A 4E72A 3DRPA 3MK6A 1R0AA 4B1XB 3B8AX 1VRUA 3SCXA 1VQON 4E0DA 5AZJA 2KHOA 3T1HK 4NLBA 3W0LA 3OJUA 2QWRA 4DWIA 4OPKA 3KJVA 1KFDA 4H5TA 3ZSRA 3KLIA 3J81O 1HKBA 4F8RA 1NGEA 5FPMA 4ISFA 2H3GX 2W00A 1TAQA 5KRTA 1U04A 4WF9L 3DYAA 3THXA 2X6NA 3OYCA 3OYEA 1U47A 3VQ4A 4BEBA 3RMDA 4H0XB 1GLFO 3MXJA 3EZ5A 3CF5L 3ZT4A 4BWMA 3OYAA 5BRHA 3DWLA 3CCEN 3LP2A 1Q18A 4JI7K 3LAMA 1UOCA 3KK3A 3ALYA 3E9OA 3AA4A 4AH9A 4DV1K 4BROA 1REVA 4IOAL 1K8KB 4KV8A 1HRHA 3OYHA 2Q36A 4N76A 3CC7N 3OS1A 1VSHA 3AVLA 1D4XA 1QQOA 4A5AA 1Q7YO 4K43A 1KAYA 2YCHA 3RSEB 1VQNN 1IG8A 4IJAA 3ZT3A 4KI4A 5LJWA 3TAPA 3ENOA 2D0BA 4CEBA 1RTDA 1W0HA 2O8CB 3DXMB 2G8IA 4KHSA 1GOAA 3H6EA 4OKJA 5AFUH 1VSDA 4K8XA 5LJVA 3K9JA 4YDUA 2OANA 2XY6A 1BGXT 1NNEA 4DS5A 1YAGA 4E89A 3LDPA 4NCGA 1S6PA 4YOVA 1TV6A 4YDUC 4KH4A 3V9XA 1FK9A 3FZMA 5IWAK 4A2AA 5HLFA 1HKCA 4DKWA 3K2PA 3AO3A 1BA1A 4N41A 3CM5A 4FW1A 4R5PA 3G4SN 4FPAA 5BR8K 5EY4A 2E2NA 4JI5K 3P1GA 1HQEA 4AHTA 4JD2A 2QM1A 2FSKA 5CZ2A 2I5JA 2JLEA 3PY8A 2QA4N 5JS2A 3DAWA 3CC2N 3AVIA 3OS0A 1VQKN 4BRDA 3I55N 2UUAK 4DR7K 3U9DA 4YOTA 1RDUA 2P9NB 2KLAA 3SAHA 2P51A 3QEIA 4WE1A 3HJFA 1EKEA 1JJ2M 1VAZA 4V19S 4YOYA 3RMBA 4FWLA 1KD1O 4F3OA 1KVBA 1LW0A 1NK7A 4FM2A 4CHPA 2O8BB 2V7YA 3CI5A 2QKBA 3LDQA 1NGCA 4E7IA 4DQRA 4CZGA 1RT2A 1NK9A 2DFFA 3CQ8A 2VWBA 1L3VA 2VCPA 3ZCMA 2ZWHA 2WTUA 1ATSA 3NFAA 3WXIA 5FRMA 4DQ8A 3R9PA 3NAEA 1OVQA 3NGIA 4JEPA 1C0TA 4BRLA 4KB1A 1VSIA 1A5WA 4CHZA 3ULEA 3G25A 3F9MA 3SLCA 3AO4A 2PBDA 1NWKA 2YJEA 4FJ8A 1TAUA 1RTHA 4CK1A 1HNVA 1GLDG 1DEJA 5HRRA 4DTXA 1JCGA 4CZIA 1TK5A 3VF6A 3O8MA 4C8NA 3U9ZA 3ZSXA 4CE9A 2VWJA 2Q31A 5F2RA 1IKWA 1NK5A 3MXIA 3QNNA 3THWB 1N33K 3ZSYA 1T8EA 4FJMA 3DI6A 3F5TA 4X62K 1T7PA 2D1KA 4B9VA 2LSNA 5C0YA 1RT6A 1TYQB 4PL8A 1SZ2A 4BE2A 1TUYA 1SQKA 5BRFA 3VA3A 4B3RK 4FJIA 3PX6A 3WXLA 1YF5L 3VA0A 3QERA 3M8QA 3QEPA 4DR6K 3NH1A 2A1RA 4HHTA 4FK2A 3OYFA 3O4WA 3P38A 1XHZA 2E4LA 1BWFO 3VEXA 1UA0A 2AA4A 4B3OA 1NBWA 2DTUA 4ISGA 5EX5A 1N34K 4I9QA 1LCUA 5AQGA 4CZJA 4CZEA 3A8YA 4DSKA 2OPRA 4CJ5A 5C42A 4CEEA 2KZMA 3J80O 4PUOA 1QHAA 1CLQA 4W5RA 4YHHK 2IVOA 1QHTA 4BR7A 5GIOA 2CGKA 3CQXA 3CIPA 1T3VA 2E6MA 3NGZA 3CMEN 1XC9A 3R1XA 5EVZA 4EFHA 2ZGYA 2Q0UA 2NZTA 5AQHA 3SAFA 1JL2A 4Z4GA 1R59O 4CVNE 3FFIA 3TPQA 2KW4A 4CEAA 5FLXO 1VRTA 2BANA 4F9OA 3HP9A 5HROA 1HR0K 1RDCA 3DLHA 4DF4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4BRQ A;  4U7B A;  3O3H A;  1I94 K;  4DV3 K;  1ASV A;  3J7A P;  3C0B A;  4HVJ A;  5M1P A;  1S9G A;  2UUC K;  4JD2 B;  2F9W A;  3RVC A;  2W40 A;  5K14 A;  4DUY K;  4DB3 A;  5E26 A;  1WSE A;  5GAG P;  1RT4 A;  1Q8I A;  4BRA A;  4CFB A;  4O0I A;  1CZ9 A;  4KTQ A;  5EXW A;  1VSK A;  3VQ7 A;  3HSC A;  2FBX A;  1L3T A;  2D0O A;  4AHS A;  2E1Z A;  5LMN K;  5AQS A;  3ZEU A;  3LDO A;  4BRP A;  4JKE A;  1QSS A;  4B1Y B;  4BE1 A;  2E88 A;  4LF7 K;  2F8S A;  1QVG M;  3V6D A;  3VTI A;  3LDS A;  3O9S A;  3O4Q A;  3SK3 A;  4LF9 K;  5B8H A;  4YOW A;  5JVG L;  4FVM A;  3Q7B A;  1D8Y A;  4C8M A;  4K8Z A;  4FZZ A;  5KPR A;  1HNZ K;  3OYL A;  2P5G A;  4MDB A;  1YIJ N;  4DSL A;  4AHU A;  3DLE A;  5HRN A;  2OPQ A;  1VQP N;  1FW6 A;  1NU0 A;  2QWP A;  4JK7 A;  3F73 A;  5H1S Q;  3ATU A;  3BF1 A;  4DFP A;  1EQY A;  2D0C A;  4H0Y B;  3VQ9 A;  3LWM A;  4DCH A;  3C6U A;  4FJK A;  4H4O A;  4KTW A;  4B1Z A;  2C1I A;  3SI6 A;  5HOO A;  3HST B;  3ULE B;  4CFA A;  4BC2 A;  4YNQ A;  4ZTF A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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