1QZ6A

Structure of rabbit actin in complex with jaspisamide a
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Trisoxazole macrolide toxins mimic the binding of actin-capping proteins to actin
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Structural protein
total genus 123
structure length 359
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1qz6A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1qz6A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1qz6A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1qz6A04
4JAXA 2GWKA 4JHDA 2D1KA 2P9UA 1H1VA 3VEOA 5AQJA 2QXLA 3FFKB 2Q0RA 4FSVA 4I6MB 4IZ9A 5AQUA 5F2RA 4B1ZA 3MMVA 1GLEG 3C7NB 4CZMA 4FOEA 3L6QA 5FPNA 2DPNA 3VEVA 3R9PA 1YAGA 5TKYA 1HJOA 3EO3A 1NLVA 5AQWA 2AA4A 4FOIA 2F9TA 3HBTA 3QB0A 4E1JA 2E2QA 2HF3A 3ZX2A 3CI5A 3QBWA 1KAZA 3FE1A 4H0PA 5AQYA 3LDLA 4BC4A 1TYQB 2A6AA 4BGBA 1D4XA 2YCHA 3C0BA 2FSJA 4FWLA 1K8KA 2NRHA 2PBDA 2J4RA 2VWBA 5AQIA 3FZMA 3QDKA 1NGFA 5AFUH 3CQYA 2P9PB 1NGAA 2WUSA 2A40A 3M6GA 3S41A 2IVNA 3O4WA 1SAZA 3ZEUA 4H0TB 2ZGYA 4PKGA 5AQSA 1C0FA 3H46O 1ZC6A 3VF2A 2IVPA 3H45C 4BR2A 2IVOA 4WQ4C 3DWLA 3VEXA 3P4IA 2A41A 4AM7A 1E4GT 3CETA 3CIPA 1WUAA 1NGJA 4YDUC 2E2OA 2QWPA 4GY2B 4BR0A 5JLHA 3VF6A 4QS9A 2A3ZA 2QWOA 3DAWA 3DXKB 4BRPA 4B1XB 4XH5A 2V51B 1BOTO 4EHUA 3MN7A 3IMXA 3UKRA 2GUPA 3VENA 3LDNA 2QWNA 2YHYA 1HKCA 2ZWHA 2QWLA 3LDOA 4J8FA 1QQNA 2P9IA 2P9LA 2CGKA 4BROA 4JD2B 3ZETA 4A2AA 5KQDA 4H5VA 2Q31A 4BRAA 2H3GX 1GLAG 4KBOA 5CE3A 3CJAA 2ASMA 3FZHA 1MA9B 4FWOA 5AQFA 5EXWA 3L0QA 1NMDA 2V7YA 3TPQA 3U9ZA 1NM1A 3DXMA 1X3MA 3SLCA 1JCGA 3EZWA 1RGIA 3ULEB 4H0OA 4BR7A 3MN6A 2PAVA 2BTFA 5AQPA 4NB4A 5JMVA 5FPDA 3A5LC 3G25A 4WQ5C 4RCHA 4IJNA 4CD1A 1T44A 3A0IX 1MWMA 2E2PA 3QMLA 4LC9B 3R8EA 4BQLA 4RWTA 1U2VA 1QQOA 2CGJA 4JHDB 2FXUA 4CD3A 1P8ZA 4CZKA 4CJ7A 4EHTA 2P9UB 3KZBA 2V7ZA 4MO4A 4FPBA 3WUHA 2VCPA 4BC2A 1V4TA 4BR5A 1NGCA 4FWNA 4B9QA 3IUCA 1C0GA 3O1WA 5AQMA 2QW9A 4DB3A 1S22A 4H5NA 4BRGA 5KQ8A 1J6ZA 1KXPA 1TUUA 4JNEA 1BDGA 2E20A 2ASPA 5E84A 4BRKA 5ELZA 1GLDG 2D0PA 1K8KB 2I7PA 5F1XA 5AQTA 5AFUA 2KHOA 4ISGA 2YJEA 4WQ4A 2AP1A 5ADXH 3DJCA 3FZFA 1KAYA 5BN9A 3FGUA 1LCUA 2E88A 1BA1A 4K25A 3M1FA 4IO8A 2P9KA 3SMSA 2QM1A 3WXKA 4BC5A 1ATNA 3ZEUB 1RFQA 5AQRA 4A62A 2HMPA 1BO5O 4XEIA 2VYPA 2YI1A 3F9MA 3A5MC 3HSCA 4BRQA 3C7NA 5BRHA 3CJBA 3MN9A 3VEYA 1HUXA 5KPZA 5EVZA 2HOEA 2E8AA 3BF1A 1YVNA 3D2EA 4ISFA 5AZJB 4MO5A 3QICA 2ITMA 3O08A 1NWKA 4EIAA 3ATVA 3GOIA 2V52B 3EN9A 4BRFA 4CZLA 3FZKA 1TYQA 2BUPA 5LJWA 4CBXA 2HF4A 1ZBSA 4Y0WA 5AQHA 3W0LA 2W40A 1BU6O 1NBWA 3UKRB 3KVGA 2P9PA 3QFUA 3LM9A 4K41A 3WXLA 5I9EB 1QQMA 4MLHA 4A61A 2GEMA 3JXUA 3CHWA 1DKGD 3LM2A 4CZGA 4M7XA 3SJHA 1MWKA 2P9IB 3MK6A 4BREA 1EQYA 2D4WA 4H5WA 3WEEA 3ZETB 5AQOA 3TU5A 1S3XA 5AQZA 4H0VB 4WYBA 1Z05A 4H0XB 3WT0A 4A2BA 2Q0UA 4BVPA 3A8YA 4B1WB 5JICA 1HPMA 4PL8A 2ZF5O 2GELA 1ZXOA 2F9WA 3DXMB 3HZ6A 4BC3A 3O1BA 4F9OA 3SMPA 1TUYA 2EWSA 5KPTA 3CQXA 3U4LA 2Q2RA 4FWMA 2A42A 3D2FA 3H1VX 3I8BA 3VGKA 4CZFA 1GLBG 4BG8A 3AAPA 3ENOA 3RSEA 1NGIA 2ASOA 5BPNA 3MCPA 2CH6A 1T6CA 2YHWA 5AZIB 3B8AX 4JN4A 1ESVA 1V4SA 1LOTB 3VETA 3ZX0A 5EOYA 3VEZA 5F0XA 2P9SB 1KAXA 1WOQA 3EKSA 3JS6A 4BRHA 3VGLA 2E1ZA 4DQ8A 4XH4A 4CZJA 2OANA 4EFHA 4EAHD 4H5RA 1SQKA 1JCFA 5BPLA 4BR9A 3O8MA 3CJ1A 5BN8A 2D0OA 4MLEA 4BGAA 2ZGZA 3HTVA 4BG9A 4HTLA 3GG4A 5E26A 1QHAA 1HKGA 3OHRA 4BRNA 5KPRA 4IJAA 1NGGA 3FR0A 1OKJA 4NO7A 4CZIA 2GWJA 4CBWA 3GE1A 4B1UB 5ADXA 2P9NA 5BR9A 1SZ2A 3IDHA 3SK3A 3VGMA 4PKHA 5AQXA 1ATRA 3UKUA 4BVOA 2P9KB 4FWPA 1HX1A 3QFPA 4IXCA 1XC3A 4BRMA 3ENHA 4QS7A 3VF4A 4FWKA 4YDUA 3EKUA 3VERA 2FF3B 3D2EB 3H1QA 1QZ6A 2YJFA 4GNIA 4I6MA 3BP8A 4FO0A 4IWVA 5AQGA 4BR4A 3AAQA 3CJ7A 3FLCO 4L3QA 5LJVA 3GL1A 4QS8A 1T6DA 1MDUB 3HM8A 3O80A 5BRFA 4CBUA 2A5XA 3LDQA 3CERA 1R59O 1Z6RA 4B1YB 5BPMA 5LY3A 1NGDA 4M63C 4PL7A 5AR0A 5EX5A 2QWRA 3J8AA 3GDQA 2Q97A 4RTFD 3WEEB 3UE5A 2CGLA 5AQNA 5EY4A 1BUPA 1ATSA 1JCEA 4B1VA 4C23A 3UB5A 1BWFO 5AQVA 2P9LB 3W3DA 1GLCG 5FPEA 1BA0A 3L4IA 4M7YA 5AZJA 2I7NA 4FWSA 4O8KA 4WQ5A 1GLLO 3LL3A 3WQUA 4Z94A 5AQKA 2IIRA 3D2FB 1NGHA 1Y64A 3RSEB 2E2NA 4CZHA 4PKIA 4BQZA 4ISEA 4CI6A 3U9DA 5FPMA 3ATUA 1CZAN 3FZLA 5BRDA 3CJ9A 3CJCA 2E1YA 2GTDA 3BUZB 1GLJO 5BREA 2FSNA 2FLOA 2W41A 1RDWX 4FWRA 2FF6A 3HI0A 3ZX3A 1YXQA 4AM6A 3D7EO 3DXKA 2Q36A 3ID8A 1NGEA 1X9JA 3BEXA 2FSKA 1QZ5A 5B8HA 4H0YB 3VEWA 3WQTA 3H3NO 3LDPA 3R6MA 1U2VB 1DEJA 3M3ZA 3O5BA 2NLXA 4CZEA 3VOVA 1X3NA 4BRIA 4H03B 3A5NC 3BF3A 4JD2A 3MN5A 2CH5A 1YUWA 3KHYA 3AY9A 2QWMA 2YHXA 3WXJA 4BRCA 1HLUA 1DGKN 4DCHA 2QWQA 2NZTA 1E4FT 1NGBA 3I33A 4K43A 2UYTA 3VPZA 1IG8A 1IJJA 3EL2A 3A5OC 1HKBA 3WXIA 2P9NB 3U8XA 1U6ZA 1BG3A 1G99A 3AARA 3ULEA 5JLFA 3O6WA 3H6EA 4K42A 4FPAA 1Q18A 5AQLA 4HWIA 2Q1NA 3VESA 3UKUB 3GBTA 5AZIA 4O5FA 3MDQA 1XUPO 4BRLA 4FWQA 3H3OB 5AQQA 2P9SA 4DHYA 1XQSC 1GLFO 4H5TA 3QBXA 4XH1A 3IFRA 4BRDA 4FL9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JAXA 3NHGA 3DLHA 4JI3K 2P51A 2D1KA 3K9KA 4DG1A 3T1YK 2QXLA 2Q0RA 5F2RA 4CGFA 3C7NB 4BY9C 2DPNA 4LY7A 4FOIA 3IKMA 3QB0A 1IKVA 1RDBA 3HBTA 4LD0A 2E2QA 2HF3A 3FE1A 4E7HA 1HYVA 4FJMA 5SWMA 4O0JA 3LDLA 4BC4A 4YOXA 2YKNA 4B9LA 4PY5A 3C0BA 3HP6A 3SQ1A 3CG7A 5AQIA 4CJVA 4JI7K 3QDKA 1NGFA 3CQYA 4WCEL 2P9PB 4KTZA 4E7JA 2ZJRL 3HXMA 4MFBA 3PO5A 3SAHA 4DS4A 1SL1A 3OW2M 4OPAA 2Y1JA 1B9DA 4DUZK 4V19S 3S41A 3O4WA 1SAZA 1QS4A 2IC3A 2JWLA 3SUQA 4I7FA 4CHOA 4IFVA 5AQSA 2BDPA 3WNFA 3RTVA 1ZC6A 3VF2A 3ZSWA 4AHVA 1NK6A 4BR2A 2YX6A 5A2QO 3DWLA 4OVLA 3VEXA 5C10A 2O8EB 4LH4A 1E4GT 1ZBFA 2E2OA 2BANA 4M3ZA 3CFRA 4I9LA 4B3OA 3L2WA 3THWA 2E6LA 4PQUA 3DAWA 3L2VA 3ULDA 2WFBA 2V51B 3MN7A 4BWMA 1FKOA 3VENA 2X78A 2YNIA 1XI1A 2QWLA 3LDOA 5M1KA 4J8FA 1QHTA 4Z4IA 3QEPA 4YOWA 2Q31A 4BRAA 1VSDA 3CJAA 5KGXA 5AQFA 3L0QA 1RTHA 1NMDA 3U9ZA 4OPJA 3DXMA 4C1NI 1X3MA 3IAYA 1YJNN 3SLCA 3KWIA 1NJWA 3EZWA 5C12A 3ZT1A 3VQPA 2QA4N 4FJ9A 4CFDA 3AO2A 2KFZA 3IRXA 5FROA 4BR7A 4DQIA 4KV8A 1A5XA 2PAVA 3CC4N 2BTFA 1O13A 3LAKA 1NJIO 5GAEP 4LSLA 4WQ5C 4JLHA 1JL2A 3SCXA 2ITGA 4CD1A 3KK1A 3A0IX 3R8EA 1LV5A 1U2VA 1QQOA 4CZKA 2OPQA 1P8ZA 4EHTA 3OYEA 4KB1A 2P9UB 2NRRA 2VCPA 1V4TA 1NGCA 3P31A 4JKAA 1N32K 3TAFA 4FW1A 1NJYA 4JS5A 3MAQA 1C0GA 4DSJA 3CMAN 5KQ8A 1J6ZA 4PWDA 1N6QA 4JNEA 2IOCA 4BRKA 5ELZA 1JLBA 3M8RA 4O0IA 4OGEA 1K8KB 4JKBA 4AHUA 4ISGA 4FXDA 3H08A 2GX9A 2HNZA 3DJCA 5ADXH 1VSFA 4G1QA 3VQ5A 1T7PA 2RHKA 2XY7A 5GINA 1BGXT 1ZBIA 3SMSA 4PHTX 3ZEUB 5AQRA 3C6HA 5D3GA 3F9MA 1Z26A 4DV2K 3A5MC 4B08A 4JKFA 5BRHA 3MN9A 3CYMA 3P39A 4IDKA 4CVNE 2BE2A 4B9MA 3D2EA 5K14A 1L3UA 5AZJB 4MO5A 1NWKA 3RMCA 3GOIA 2Z1JA 4C8KA 2O8FB 1QTMA 3F5TA 1U49A 3HOSA 1XHZA 5CZ2A 2BUPA 1SKRA 1RBRA 4Y0WA 1YT3A 2ETJA 3OYKA 2O8DA 3ZSRA 2GEMA 2KQ2A 3TARA 4IG3A 4XJXA 3TI0A 1J9AA 1DLOA 3VQ9A 1EQYA 2HHHK 1GOCA 1RNHA 5HROA 3SUPA 4JKGA 4DTOA 4WYBA 3WT0A 4BVPA 4B1WB 5HL7L 4DFJA 2WTUA 4ID1A 3SUOA 1LAVA 4N41A 1S1VA 3M8PA 4F9OA 3AA3A 3NAEA 3AA5X 3CQXA 2ZJPL 2Q2RA 3KLFA 4DR1K 3E9LA 3I8BA 2YNGA 5I3UA 3AAPA 3ENOA 5LL6Z 1TKDA 4AILC 1NGIA 1S6PA 4OKKA 2OCEA 4E1MA 2A1RA 2UXBK 2YHWA 3B8AX 1T03A 1ESVA 1LOTB 3VETA 1W97L 3THXB 3U6FA 1G15A 3IS9A 4ILHA 2F7TA 3VGLA 3BGRA 4XH4A 4EFHA 4C8LA 4FJ8A 4H5RA 1WN7A 4BR9A 3U3YA 4DTNA 3QERA 2KW4A 5GAHP 1HMVA 4QAGA 3QETA 2Z1HA 1QHAA 3E9OA 3OJSA 4DTMA 1HRHA 4IJAA 1NGGA 3NE6A 4Z4CA 4N76A 3ZT0A 4B1UB 5BR9A 1EO1A 4JK8A 4DUYK 3ZSOA 3TAMA 4PKHA 5AQXA 4CIEA 4DR6K 3MWTA 5C0YA 1KVBA 2VWJA 4OKEA 1U4BA 2FBVA 3G71N 3V9UA 2HBJA 4B9VA 2NNWA 3QNNA 3ENHA 4YDUA 3EKUA 2XY5A 3RRHA 2B4JA 4B9TA 1C0MA 5FRNA 1RT6A 4FO0A 2Z1IA 4IWVA 3AAQA 3WNGA 1U04A 1FKPA 1RDUA 1VQ9N 2D0CA 2XY6A 5BRFA 3ALYA 4CESA 1R59O 2HBLA 3THWB 4B1YB 4EP5A 5LY3A 4M63C 3PY8A 3QEWA 2OZSA 2Q97A 4F3TA 4HVJA 4FJHA 3UE5A 4JYAK 3CM5A 4RW8A 1ASWA 2D0AA 1YI2N 1BUPA 1WAJA 1ATSA 1JCEA 4B1VA 4OX9K 3S3OA 5AQVA 5JENA 3W3DA 1GLCG 4M3XA 5FPEA 1BA0A 1RT4A 1HJRA 4JS4A 2DY4A 1VSKA 2WOMA 4JI2K 1XWLA 3AVFA 4ICLA 3VQ8A 3THVA 4KFBA 4O8KA 1ASVA 3SPZA 1GLLO 1W9HA 3M8QA 4A5BA 1IG9A 4FJLA 3D2FB 1CLQA 4DF8A 1NGHA 3N4QA 2O8EA 2E2NA 2E4LA 4LF7K 1C0TA 4ISEA 4CI6A 4DV3K 3U9DA 1LWEA 1CZAN 5FRMA 1U47A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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