1QZ6A

Structure of rabbit actin in complex with jaspisamide a
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Trisoxazole macrolide toxins mimic the binding of actin-capping proteins to actin
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Structural protein
total genus 123
structure length 359
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1qz6A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1qz6A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1qz6A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1qz6A04
4CBXA 2YJEA 4M7XA 4BRMA 1Z6RA 3GL1A 4H5WA 5BRHA 5E84A 1HPMA 2FLOA 1X9JA 3U8XA 3JXUA 4JHDB 3WEEB 4PKIA 2NRHA 4BRDA 5JMVA 3HTVA 1NWKA 2YHYA 2GELA 1MWKA 2P9PB 3FGUA 3GG4A 3MK6A 3OHRA 4JHDA 3WEEA 3VGMA 1HKGA 3MN6A 3QFUA 5AQTA 3SK3A 1BA1A 4FL9A 2P9PA 4BVOA 2YHXA 3S41A 5BN9A 3TU5A 2YHWA 4AM6A 1QZ5A 1GLAG 3GE1A 4IJNA 4BRQA 2HMPA 3EKUA 3O1WA 2E1ZA 4FWNA 4H0VB 2UYTA 4B1ZA 4L3QA 2HF3A 4CZEA 3CERA 4PKGA 1QHAA 4Z94A 4FWKA 4DQ8A 4BR7A 1E4GT 4H5NA 1H1VA 3BP8A 1XQSC 2IIRA 5AQHA 3VEVA 4XH5A 4BGBA 1BDGA 1HJOA 1T44A 2ASMA 1LCUA 3FFKB 2I7PA 5AQUA 5KQDA 3ATUA 3EKSA 5JLFA 3FZLA 5BN8A 3LM9A 3CI5A 4XEIA 3D2EB 1C0FA 2CH5A 1LOTB 4WYBA 2FXUA 3W3DA 4NB4A 5AQYA 2A41A 3GBTA 3D2EA 5AR0A 1BU6O 1NGEA 5FPMA 4MLHA 2YI1A 3LL3A 2QM1A 3A5LC 4A2AA 4FPBA 1NGAA 5AQOA 3WXLA 4RWTA 1BO5O 4CZJA 1GLDG 1T6CA 4BRAA 4K41A 4BRFA 2BUPA 1GLEG 2E8AA 2Q31A 3O8MA 5AQSA 4GNIA 3O5BA 2HF4A 4H5TA 5FPNA 2QWRA 3VPZA 3UKRB 3VF6A 4H5VA 3W0LA 2D0PA 3CQXA 5AZJB 3MCPA 4K25A 5AQWA 3LDPA 2WUSA 3UKRA 3O1BA 4H0XB 3R8EA 4EFHA 2IVOA 3FLCO 5AZJA 4PL7A 4RTFD 3H6EA 1G99A 1JCFA 4BR9A 4QS8A 5LJVA 1BUPA 2V7YA 3U4LA 4HWIA 4BC4A 3J8AA 4BR5A 3FZMA 4QS7A 1HLUA 3U9DA 5LY3A 3L0QA 4H0OA 4BGAA 5LJWA 1NLVA 4B1VA 1WOQA 4BC2A 3A5MC 4FWSA 2P9SB 5AQJA 1Z05A 4JD2B 4MO4A 3FZHA 5AQVA 2P9SA 2FSKA 3VGKA 4BR2A 2V7ZA 1XUPO 4FWOA 2E2QA 4JD2A 1ESVA 2FF3B 2A40A 1YUWA 3WXIA 4A62A 4CI6A 2YJFA 3QDKA 1K8KB 3VF4A 1QQOA 1YXQA 1QZ6A 5AQNA 2VWBA 2AP1A 3FR0A 5JLHA 4A2BA 5KPZA 5JICA 3WT0A 4B1XB 1K8KA 1HKBA 1ATRA 4CZKA 1QQNA 2ITMA 2Q0RA 3O4WA 3VGLA 2QXLA 2IVPA 3QMLA 3KVGA 4BVPA 4Y0WA 3A0IX 2ZGYA 4YDUA 4BG8A 4FWRA 1DKGD 1RDWX 1ATNA 1GLCG 4H5RA 5ADXA 3FZFA 2GEMA 4FOIA 4WQ4C 3EN9A 3SLCA 3ZEUB 4BC5A 3BEXA 4BREA 4CZHA 1NGBA 1TYQB 3L6QA 3VENA 2OANA 2A5XA 4DB3A 3ZEUA 4M63C 4BQLA 2D1KA 2ZF5O 2D0OA 5AQMA 1YAGA 1TYQA 4CD3A 4BROA 1MA9B 1QQMA 3G25A 5KPRA 5AQKA 1IJJA 5AQXA 1S3XA 4F9OA 2IVNA 1GLJO 3U9ZA 2GUPA 2QWLA 5EVZA 3DJCA 4HTLA 3QBWA 2PBDA 4BRPA 3IDHA 4H0YB 2CGKA 2I7NA 3H3OB 4CZMA 3WUHA 3IMXA 4BRHA 3VEOA 4BRLA 3KZBA 1NGJA 4H0PA 3O80A 2CH6A 4ISEA 3LDQA 3UE5A 2ASOA 5ELZA 5F2RA 3H1VX 3GDQA 1U2VB 3FZKA 5EXWA 5TKYA 5AQGA 5CE3A 3HI0A 4FWQA 1U2VA 1Q18A 1ZXOA 4EIAA 3MN5A 3CJAA 1JCGA 2W40A 3CIPA 5F0XA 2CGJA 2ZGZA 2NZTA 3SJHA 1U6ZA 1WUAA 3F9MA 4CZLA 2NLXA 4K42A 2QWMA 2V51B 3QB0A 3EL2A 4MO5A 2P9KB 3O6WA 4FOEA 2P9NB 1X3MA 4FWPA 1NGIA 3VEZA 3C0BA 2QWQA 1KAZA 2P9KA 2FSNA 2A6AA 2P9NA 3DXMB 4K43A 3H1QA 5BRDA 1KAYA 4A61A 3O08A 4IXCA 3DXMA 4M7YA 1S22A 2P9LB 4XH1A 4B1YB 2V52B 3C7NB 1C0GA 2ASPA 3HSCA 3CJ1A 4J8FA 4CD1A 3MMVA 5KPTA 2P9LA 3DWLA 2DPNA 3FE1A 3C7NA 2BTFA 3ZX3A 5ADXH 3VF2A 2E1YA 3DAWA 2QW9A 2HOEA 2QWOA 3QBXA 3QICA 5F1XA 3VEWA 4DCHA 1P8ZA 1RGIA 3VEYA 3WQTA 4FSVA 4WQ4A 1HUXA 3AAPA 3R9PA 2CGLA 3MDQA 1J6ZA 4CBUA 3ENHA 4FWLA 1MWMA 3VERA 1YVNA 1BWFO 3ZETB 4B9QA 4FPAA 4CZGA 1ATSA 3DXKB 4PL8A 3EZWA 2E88A 4DHYA 4O8KA 3SMSA 5AQLA 3M3ZA 3ZETA 3AAQA 3A5OC 3DXKA 1NGDA 1V4TA 1GLFO 2Q1NA 3KHYA 4C23A 1HX1A 3QFPA 1XC3A 2FF6A 4IO8A 5BPMA 2GWKA 3BUZB 3CJCA 3LDLA 4MLEA 4H03B 1V4SA 3LDOA 3H45C 5EOYA 2P9IB 4WQ5C 4CBWA 5AQPA 2EWSA 2A3ZA 2YCHA 4BRNA 2Q36A 1NGFA 2P9IA 4PKHA 1HKCA 4BR4A 4IJAA 2Q0UA 2FSJA 3VETA 3D2FB 3VEXA 4BRCA 4CZFA 2PAVA 3IFRA 3D2FA 5AFUA 1ZC6A 1X3NA 3IUCA 1NGHA 4B1WB 4BRGA 4CJ7A 4ISGA 2GTDA 3M1FA 1MDUB 3H3NO 4JN4A 4BR0A 3P4IA 1T6DA 3I33A 5AZIB 1Y64A 2GWJA 3WXJA 3SMPA 4RCHA 5AZIA 2Q97A 1R59O 1JCEA 3D7EO 2A42A 2D4WA 1EQYA 3GOIA 1TUYA 5BPLA 1KAXA 5FPEA 3BF3A 4QS9A 3AY9A 2KHOA 3ZX2A 4JNEA 2QWNA 4YDUC 4BRKA 1ZBSA 2F9TA 4JAXA 5B8HA 5KQ8A 5FPDA 1KXPA 2E2NA 3I8BA 4KBOA 1IG8A 2H3GX 3HBTA 5BPNA 5BRFA 1OKJA 4EHTA 2P9UB 4IWVA 2P9UA 3R6MA 4FO0A 3A8YA 1BA0A 3CQYA 4XH4A 4O5FA 1CZAN 4H0TB 1NGGA 5AQZA 4LC9B 2F9WA 1SQKA 3JS6A 4B1UB 3UB5A 3UKUB 5AQFA 2W41A 3LM2A 5E26A 3RSEB 3EO3A 1SZ2A 3UKUA 3CJ9A 1D4XA 4EAHD 3B8AX 4E1JA 1E4FT 4CZIA 3RSEA 3L4IA 2QWPA 1DGKN 4BC3A 3VESA 3CJ7A 2AA4A 3HM8A 5EY4A 3CJBA 2J4RA 1SAZA 3WXKA 1NM1A 1BG3A 3WQUA 2ZWHA 2VCPA 4GY2B 5BR9A 2E2PA 1NBWA 1DEJA 3BF1A 3ENOA 3H46O 3HZ6A 4EHUA 3CETA 2Q2RA 2E20A 4BQZA 4IZ9A 3ID8A 5AQQA 1BOTO 3TPQA 5I9EB 5EX5A 4WQ5A 5AQIA 4FWMA 1RFQA 5BREA 4I6MB 3ULEB 3M6GA 5AFUH 2E2OA 1NMDA 3CHWA 4NO7A 3ZX0A 1GLBG 3LDNA 3A5NC 4AM7A 4BRIA 3ULEA 4I6MA 1TUUA 3MN9A 3VOVA 3ATVA 4BG9A 1GLLO 3MN7A 4ISFA 2VYPA 5AQRA 3AARA 1NGCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UIQA 4FM1A 4BRMA 1Z6RA 2HHSA 4H5WA 5BRHA 2HHTA 5IT9O 4IEEA 3NH1A 1S9GA 3JAMO 3K5OA 2YNIA 3U8XA 3JXUA 4JHDB 5M1OA 4BRDA 1UOCA 4BY9C 5M1NA 3HO1A 4DV5K 3WEEA 1TAQA 2XY5A 5KTQA 2QXFA 3OS1A 4AM6A 1KVBA 2O8EB 2IS3A 1O13A 1FKPA 4BRQA 2W6LA 3EKUA 3LP2A 3OBWA 1N34K 1TKTA 2UYTA 2OCEA 4CZEA 4Z94A 3WNFA 4BE1A 3IS9A 1J54A 2AJQA 1E4GT 5CYQA 4KH4A 4DV7K 3S5TA 3CCUN 2G8VA 4BGBA 1BDGA 1HJOA 3V6DA 1C0MA 3MEGA 2I7PA 3ATUA 1EX4A 4CJUA 5BN8A 1S1TA 2O8BB 4DR5K 3AA5X 2XRIA 3W3DA 2LSNA 5JS2A 1Y97A 3CM5A 3OYNA 2RKIA 4HUFA 1NOYA 1NGEA 1RT4A 3IRXA 4MLHA 3LPTA 3LL3A 2FBYA 4DTRA 2QM1A 4M42A 1NGAA 5AQOA 3C65A 3KD5E 1LAWA 4CZJA 3DI6A 1DLOA 5FLXO 3SQ1A 3E9OA 2Q31A 3O8MA 2EX3A 2ITGA 4GNIA 1BQNA 2QWRA 3VPZA 3OYFA 4KHSA 1JXEA 1I94K 1VSEA 3CFOA 2ZJPL 3O1BA 3R8EA 4H0XB 3WNGA 1KQSM 3DRPA 3V4IA 1LAVA 1KC8O 4PL7A 4DV0K 3H6EA 2UUBK 1G99A 3KTQA 1JCFA 1FKOA 1BUPA 4HWIA 1TKDA 3NH0A 2D0BA 4QAGA 4CJFA 4DLGA 4A59A 4BR5A 4UY8O 2NRWA 3S3OA 1SL0A 1NJXA 5CY4A 2GV9A 4CJEA 3K5MA 1Q7YO 4H0OA 5LJWA 4BC2A 1L3TA 4IOCL 2P9SB 1DTTA 1KTQA 3OTOK 1RBTA 4JD2B 4DQQA 5AQVA 4JK9A 4BR2A 2V7ZA 3G0ZA 1KLNA 1ESVA 4E7LA 4Z4FA 1OH6A 4FJNA 5LL6Z 4CI6A 1A5WA 3CCQN 2YJFA 1VRUA 4FCYA 4KB0A 3NHGA 3MXIA 1QZ6A 3H08A 3AO5A 2AP1A 3HM9A 5JLHA 4A2BA 4O44A 4FVMA 5JICA 4OPJA 3HK2A 1HKBA 4CHQA 4EP4A 2OTLN 2ITMA 4CFAA 3O4WA 3DRSA 2IVPA 4LF9K 4JI4K 5HROA 3DLGA 1VQON 4JKFA 5GAEP 3OYMA 3MCAB 4JKAA 3L3UA 1DKGD 1K9MO 1RDWX 1ATNA 4C8OA 4H5RA 1WLJA 2O8FB 2I5JA 3VQ6A 3BEXA 4CJWA 2GUIA 3NGIA 2G8IA 3ZT2A 1SL2A 3QLHA 4DB3A 4Q0BA 3HYFA 2D0OA 1QE1A 1ZBUA 4BROA 3R3LA 1QQMA 3HT3A 3G25A 4EZ9A 2VWJA 4LF7K 2IVNA 4WCEL 4E7JA 4CFBA 5HL7L 2E5LK 1WNSA 2VGMA 2P5OA 1EETA 2P5GA 5I3UA 2HW3A 3TTDA 2PBDA 3LDSA 1TAUA 3HVTA 2I7NA 3N4QA 4CZMA 3WUHA 4CHYA 4OLBA 1ZBHA 1SUQA 3I0RA 4FM2A 4FM0A 2YHBA 3O80A 3CC7N 4ISEA 4GKJK 3LDQA 1VQ7N 3QNNA 5ELZA 3GDQA 5EXWA 5TKYA 5AQGA 5H1SQ 4NXMK 4K8ZA 1ASVA 1Q18A 3KIOA 4EIAA 3CPEA 3U3YA 2W40A 1XHZA 4KTWA 3SJHA 4YOTA 4CZLA 4MO5A 4ZTFA 2P9NB 3C0BA 1KAZA 3V1RA 4OPHA 3AA4A 1N36K 5BRDA 1KAYA 1YI2N 3DXMA 4XH1A 1S22A 2P9LB 4DQSA 1IKWA 2X6SA 1KVCA 4CF9A 3P39A 4J2DA 2BTFA 1NMNA 1LW2A 3RMBA 2E1YA 2YKNA 3DAWA 5FRMA 3AVBA 2HOEA 3J7YP 3NBPA 3QICA 2VG6A 3VEWA 1VQKN 4CESA 3VEYA 5J1EA 3QEXA 1HUXA 1YF5L 2CGLA 4CJPA 3RMCA 1J6ZA 1YT3A 4M3YA 3ENHA 1RT2A 4FWLA 4C1NK 4CEAA 3OYCA 4IO9L 3VERA 4Y1CA 1BWFO 1WN7A 4FPAA 3TSPA 3HOTA 4PL8A 1IKXA 3EZWA 4DHYA 3SMSA 4CIFA 3ZT0A 1V4TA 1GOCA 3KHYA 1CXQA 3ZSRA 4FJ5A 1FJGK 1XMOK 3TI0A 1XC3A 3SJJA 2F4VK 2GWKA 1VSMA 3Q7CA 3O4NA 3CJCA 3MEDA 5GIOA 3TAEA 4MLEA 3O3GA 1S72N 1NK5A 1B9DA 4JV5K 1D5AA 4YHHK 3OS2A 3AV9A 5JENA 3PX6A 3NCIA 1HKCA 1S5JA 4X65K 3VETA 4MDBA 1RDBA 1KVAA 4CK3A 4Z4GA 4DTNA 3VQ5A 3CMEN 4FYDA 4ISGA 3RMDA 3MAQA 4CFDA 2XY8A 4JN4A 4YOXA 3K5LA 3K58A 3P4IA 1T6DA 4FVUA 3I33A 1C0UA 2Z1HA 2OZMA 4CEBA 1R59O 1JCEA 3D7EO 2D4WA 1EQYA 3I55N 3SV3A 4N41A 3GOIA 1RNHA 5BPLA 5FPEA 2KHOA 4DR1K 1A5XA 5I42A 4YDUC 5DK5A 4BRKA 3N4PA 1WSJA 3PSFA 2F9TA 5LMNK 2O8CA 2KKZA 5BPNA 1OKJA 4EHTA 4CHNA 3THVA 3L2VA 1F21A 4IWVA 1YJ9N 1K6YA 4FO0A 3A8YA 1BA0A 2B5JA 4O5FA 1CZAN 4M41A 2DY4A 2F8SA 3AA2A 2A1SA 1SKWA 4CGHA 3NGYA 1SQKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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