1QZ6A

Structure of rabbit actin in complex with jaspisamide a
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Trisoxazole macrolide toxins mimic the binding of actin-capping proteins to actin
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Structural protein
total genus 123
structure length 359
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1qz6A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1qz6A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1qz6A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1qz6A04
4EHTA 3MCPA 3VF4A 4FPAA 2E8AA 1BWFO 2W41A 4BGAA 4BQLA 2D4WA 4H0TB 3TPQA 3W0LA 5EVZA 5BRDA 3UE5A 4PL8A 3F9MA 3QFPA 1EQYA 2IIRA 4MLHA 5LJVA 4WQ4A 4BC2A 3HI0A 4BRKA 3R9PA 3D2EB 3C7NA 4NB4A 1QZ5A 3LM2A 2P9KA 4Z94A 4FL9A 3FR0A 2NRHA 1NGBA 2P9IA 2YJFA 4IWVA 4BR0A 4XEIA 3ZETA 3HM8A 2D0PA 3CQXA 4B1WB 4BRPA 3LDQA 5KQ8A 4FSVA 1NGIA 1RGIA 1X3NA 4B1VA 3EN9A 4K42A 2IVNA 1YAGA 2QWMA 3CJ7A 3A5NC 2BUPA 3FZFA 2V7YA 3A8YA 1WOQA 1MWKA 4A61A 5BR9A 4LC9B 4XH1A 2WUSA 3QDKA 2YHWA 1NWKA 3QBXA 3UB5A 1Z6RA 4ISFA 3DXMA 4NO7A 5AQOA 5AQUA 2CGJA 3D2FA 4FPBA 3H1QA 3SK3A 4A2AA 3ZX2A 4BC4A 5AZIB 4E1JA 5ELZA 1NGHA 2AA4A 2ZGYA 3CJ1A 5ADXH 2P9PB 1G99A 1HKCA 2J4RA 3FE1A 4H0YB 5KPRA 3MN7A 1RDWX 4FOIA 3S41A 2HMPA 2E2PA 3FZLA 3AARA 1YUWA 4BRDA 2QM1A 3GBTA 1NBWA 2UYTA 5AQFA 4CZEA 4IXCA 3U9ZA 4QS9A 5AQNA 3QICA 3CIPA 4H5TA 3O1BA 5FPMA 5AFUH 5JICA 2PAVA 3VERA 1U2VA 3H1VX 3O6WA 4CD3A 4RWTA 2W40A 4BR9A 3DAWA 1T44A 4QS7A 2YI1A 3ULEA 2GELA 1ZC6A 3RSEB 5KQDA 2FSKA 4K25A 5FPDA 4BR2A 4BG8A 4CZMA 2Q31A 2QWQA 3O5BA 4JHDB 3BF1A 1LCUA 4JNEA 4EAHD 3BP8A 3VEZA 4FWPA 5EXWA 4BRCA 4CJ7A 1YXQA 1SZ2A 3ZEUA 4RTFD 2OANA 4HWIA 5EOYA 4B1UB 2HF3A 3O4WA 2A40A 1LOTB 3KHYA 4BC5A 4JN4A 4XH4A 1HJOA 4WQ4C 4FWMA 4AM7A 3WUHA 1HX1A 1NGGA 3DJCA 2I7PA 1NM1A 3D7EO 3LM9A 1QZ6A 3GE1A 4DB3A 5BPLA 3B8AX 3VESA 2E88A 3WQUA 3J8AA 1P8ZA 1C0GA 3BEXA 1V4TA 2CGLA 5AQZA 1DEJA 3KZBA 5AQPA 1ZBSA 4MO4A 1QQOA 4EHUA 5JLHA 3M1FA 4CZGA 3BF3A 3WXIA 3ATVA 1NGEA 5LY3A 4M7YA 3FFKB 4F9OA 2AP1A 3MDQA 4QS8A 1TUUA 4MLEA 2ASMA 3C7NB 1TUYA 3CJCA 2P9KB 2P9IB 2EWSA 2FSJA 5BREA 2IVPA 4ISGA 4JD2B 5AQIA 2FF3B 3M3ZA 3ZETB 3SLCA 3FGUA 4EIAA 2FF6A 4H5VA 3H46O 4A62A 5B8HA 5KPTA 1Z05A 2P9SB 5F2RA 4YDUA 1DKGD 5E84A 4BROA 3UKUA 3CERA 5AQXA 2FXUA 3O1WA 4BR7A 4Y0WA 4PKGA 4GY2B 5FPNA 4WQ5A 3VEYA 2NLXA 3MMVA 2CH5A 3WXLA 2NZTA 1T6DA 4CBUA 1BOTO 4FWRA 2A6AA 3ENHA 3SMSA 5BPMA 1GLFO 4BREA 1S22A 1NGDA 4I6MA 4CZJA 1WUAA 3DXMB 1BO5O 3UKRA 2Q0RA 4WYBA 3TU5A 3D2FB 4H0PA 2CGKA 1ATNA 4BRAA 3WXJA 2HOEA 2FLOA 4ISEA 2QWRA 4CZLA 2H3GX 2VWBA 2I7NA 5ADXA 3VOVA 1BA0A 3QBWA 3EKUA 3ZX3A 2BTFA 1NGJA 3VEVA 5BN9A 1NGAA 3FZHA 4MO5A 1SAZA 2ITMA 2ASPA 4C23A 5BRHA 1IJJA 3MK6A 3VENA 4KBOA 3O80A 3H45C 3CJ9A 1MDUB 1K8KA 5EX5A 1NGCA 4B1XB 2P9LA 2A42A 4JAXA 2QXLA 4CI6A 4IJAA 4BRLA 3DXKA 3LDLA 1GLDG 4H5RA 1GLAG 1GLEG 1BG3A 2Q2RA 2QWPA 1MWMA 2V7ZA 3IDHA 3WXKA 1GLBG 1QQMA 1U2VB 2A3ZA 2HF4A 4BR5A 3WEEA 5AR0A 4HTLA 3C0BA 5BPNA 2E2OA 1TYQA 3MN9A 3U9DA 2P9UA 3ULEB 5AQGA 5AQVA 4H0XB 3WQTA 1XC3A 3G25A 3H3OB 4BRIA 4O8KA 2DPNA 2YCHA 2YHXA 4RCHA 5F0XA 3L0QA 1CZAN 3MN6A 3ZEUB 1Q18A 1R59O 3IMXA 2FSNA 1S3XA 1KXPA 1MA9B 4FWNA 4DQ8A 2QW9A 4M63C 4CZKA 2YHYA 2GTDA 3EO3A 2ASOA 4BG9A 5BN8A 2A41A 4PL7A 5AZJA 1BUPA 1Y64A 3ATUA 3ENOA 4BRQA 4DHYA 3ID8A 2P9NA 2F9WA 3GL1A 4CD1A 1T6CA 3H3NO 4H5WA 2Q0UA 1JCFA 1J6ZA 2GWKA 3BUZB 1V4SA 4PKIA 3GOIA 1HLUA 3FZKA 4BC3A 2E1ZA 1RFQA 3CJAA 1XQSC 1BU6O 4WQ5C 1ATRA 2CH6A 3HZ6A 2Q1NA 2Q97A 2YJEA 1ZXOA 4DCHA 3VF6A 5AQTA 2QWLA 4BVOA 4IZ9A 2PBDA 1XUPO 1X3MA 2ZWHA 1ATSA 2E2QA 3CETA 1IG8A 4M7XA 4CBWA 5JLFA 4B1ZA 3VGKA 2E20A 1X9JA 1D4XA 1HUXA 3CJBA 3D2EA 3VETA 4FWLA 1YVNA 3VGLA 4IJNA 3UKUB 4H0VB 4XH5A 2F9TA 5AQLA 3W3DA 4BRHA 1QHAA 3SMPA 2D0OA 3EL2A 1HKGA 3GDQA 4JD2A 3LDPA 3A5OC 4EFHA 3HSCA 2IVOA 4FO0A 4BR4A 3IUCA 4BRFA 1BA1A 3EKSA 5AQMA 2VCPA 3L6QA 3U8XA 2P9SA 4BRMA 4I6MB 3O08A 3UKRB 2QWOA 4A2BA 4FOEA 3A0IX 3CI5A 3I33A 4K41A 3SJHA 4CZIA 3AY9A 3WT0A 4BRNA 4CZFA 3FZMA 4B1YB 3VF2A 4CBXA 5AQSA 1HKBA 3CQYA 3AAQA 1KAYA 3JS6A 4CZHA 5E26A 4BVPA 1KAZA 3AAPA 3VEWA 2GUPA 1KAXA 3HBTA 5AZIA 1K8KB 5AQRA 2P9LB 3LDOA 3LDNA 4BRGA 5KPZA 5AFUA 2P9PA 1E4GT 4K43A 4BGBA 3DXKB 3CHWA 1NMDA 3QB0A 5FPEA 5TKYA 4J8FA 3A5MC 5EY4A 4PKHA 3WEEB 3M6GA 5AQKA 3QFUA 4FWQA 3VPZA 1TYQB 2ZF5O 3FLCO 4BQZA 4IO8A 2P9UB 2QWNA 1SQKA 2E1YA 3H6EA 3JXUA 5AQJA 5BRFA 2E2NA 1E4FT 1JCEA 1JCGA 2GEMA 3DWLA 4B9QA 5CE3A 3I8BA 2GWJA 3R6MA 3GG4A 3P4IA 2VYPA 4H03B 4H0OA 3ZX0A 3QMLA 1NGFA 1GLCG 2Q36A 3RSEA 3U4LA 5AQQA 1GLJO 1NLVA 5I9EB 4JHDA 4H5NA 1BDGA 1GLLO 4FWOA 5F1XA 3O8MA 3OHRA 5AQYA 5JMVA 1C0FA 1DGKN 1OKJA 2V52B 2V51B 3MN5A 5AZJB 2A5XA 1U6ZA 2P9NB 3A5LC 4FWKA 3R8EA 5AQHA 4FWSA 4AM6A 3EZWA 1QQNA 4GNIA 1H1VA 2D1KA 3IFRA 3VEOA 3HTVA 3LL3A 4L3QA 4O5FA 5AQWA 3VGMA 5LJWA 3VEXA 2ZGZA 4YDUC 2KHOA 1HPMA 3L4IA 3KVGA 1ESVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BGAA 2F96A 5EVZA 4IKFA 4PL8A 4JK9A 5J1EA 5C15A 4Q5VA 1JLGA 1KFSA 5JS1A 1EQYA 4MLHA 5LJVA 4G9ZA 1K8AO 2O8DB 3R9PA 1YF5L 4CHNA 4FLVA 1QZ5A 2DY4A 1SKSA 3FR0A 3CC7N 2NRHA 2KZZA 3PO4A 4IWVA 3V6DA 4GKJK 2R7YA 1DLOA 4PWDA 1QHTA 3KJVA 2B5JA 3NE6A 3LDQA 1NGIA 4LF4K 3K5LA 4B1VA 4GV9A 3QEXA 3EN9A 2O8CA 4K42A 2IVNA 1RILA 2RPIA 3A5NC 4CGFA 3OS1A 3HP6A 4BWJA 1HNZK 3OW2M 3A8YA 3SUNA 2FBYA 2PZSA 1C0UA 1MWKA 4XH1A 1QSSA 2WUSA 3QDKA 1HPZA 2YHWA 3L4QA 5KGWA 5AQOA 4DFKA 3LDSA 3AVCA 4F2SA 1RDDA 2UU9K 1WSIA 4BC4A 4NLBA 3DM2A 2AA4A 4C1NI 2P9PB 5I42A 4WF9L 3FE1A 4H0YB 3MN7A 4Z0UA 3PX0A 2HMPA 2G8UA 3KD5E 3AARA 3OYBA 2QM1A 4JI7K 2HVHA 4CZEA 3U9ZA 4YOXA 1KVAA 2VGMA 4W5RA 2HHQA 3JAMO 3O1BA 5AFUH 3VQEA 4DTSA 1RBSA 3I0RA 4HUFA 3H1VX 4FJHA 2IC3A 2D0CA 2FBXA 3DAWA 2XRIA 4KHNA 5C24A 4AHSA 4CJVA 3RSEB 4BR2A 4BG8A 4CZMA 5MLCQ 2DTUA 3O5BA 3BF1A 1LCUA 4QCLA 4EAHD 2HB5A 3ASMA 3LP2A 1LV5A 1YXQA 1QVGM 4CEZA 1NKBA 2OANA 4WCEL 4B1UB 4FLUA 1L3TA 5DK5A 4N47A 3WUHA 3DJCA 2HBJA 2WC9A 3NF7A 4O8UA 3PX6A 5KTQA 3D7EO 2HMIA 3THWA 4DV6K 3CCQN 4DQQA 1WAJA 2CGLA 4CJLA 3VQ8A 4CEQA 4FK4A 4FW1A 2OPRA 3AA4A 4CZGA 3I8DA 3S3OA 3FFKB 1Q9YA 3C6AA 2AP1A 3MDQA 3OA9A 1QVFM 2ASMA 1CLQA 5HL7L 3SUOA 4JI5K 2KTQA 1KLMA 3UIQA 5BREA 1BQNA 4JKFA 4WFAL 2FF3B 4HCBA 4WFBL 3KD1E 5KRTA 3KK3A 1Z05A 4LSLA 5F2RA 1DKGD 3NF9A 3SAGA 3CCUN 3CERA 2O8CB 3MAQA 1T6DA 4A5BA 1BOTO 4CBUA 1J53A 4BDZA 1QSYA 3HM9A 3I55N 4CHOA 1NK8A 4DUYK 3DOLA 1S22A 1Q8IA 4I6MA 1BO5O 3ULDA 3P38A 2YNIA 2CGKA 4BRAA 3V4IA 2FLOA 2W42A 4CZLA 2H3GX 2VWBA 4FLYA 1VSLA 2I7NA 5ADXA 1VQ7N 4NCAA 1BA0A 3QBWA 3QIOA 4E7IA 2UUBK 3VEVA 4HHTA 4DS4A 3VQ6A 1SAZA 5CYQA 4C23A 2NRTA 3AVBA 3MK6A 3VENA 1S1XA 4E7LA 4YORA 3DLEA 1NGCA 5EX5A 2QXLA 4C8MA 4IJAA 4DQPA 3KKSA 3O3GA 3TAGA 3SJJA 1N33K 2Q2RA 2QWPA 1MWMA 1JLCA 3WXKA 4DV3K 1N8RO 1GLBG 3H08A 3M8PA 2ZJRL 2A3ZA 3SPZA 1VQNN 1S9EA 3B6OA 4HTLA 3V9UA 3C0BA 2E2OA 5AQGA 3HO1A 1BIZA 1W2BM 4JI3K 4BRIA 2DPNA 2JLEA 5GAEP 2EX3A 5F0XA 5J2PA 1KRPA 1Q18A 1TV6A 4KHQA 2QEXN 3IMXA 5KRSA 1YI2N 1HMVA 4FWNA 4M3UA 1ZBHA 4CZKA 1ILYA 3EO3A 1W7AA 2P5GA 1X1PA 4PL7A 1LW0A 3P1GA 1Y64A 3TI0A 4J2EA 3QINA 4DTMA 2P9NA 2F9WA 2F7TA 1KD1O 3NAEA 1WLJA 4N56A 3THWB 2NRRA 4CD1A 1JCFA 2KQ2A 1J6ZA 4F8RA 4JS4A 4PKIA 1HQUA 1HLUA 4X62K 3HK2A 4NYFA 1RFQA 3I56N 2KLAA 1XHZA 3PY8A 2CH6A 2XHBA 4JKAA 2Q97A 4DLEA 1U49A 4DCHA 1J54A 3S3MA 2RN2A 2QWLA 1VQMN 4JS5A 1XUPO 1ATSA 3CETA 4FLXA 5JLFA 3EYZA 4IFEA 3KKRA 3VETA 1XC9A 2G8FA 4A57A 2PYJA 2F9TA 1TK8A 5AQLA 4FK0A 3K0SA 3E66A 4OPJA 1TKTA 5GINA 3LZJA 1HKGA 3VQPA 4BE0A 1VQLN 3LDPA 3A5OC 3HPGA 4FO0A 1VHXA 4AHTA 1Z26A 1RDUA 2KFNA 1J5EK 1KVCA 3L6QA 2YKMA 2P9SA 4BRMA 4I6MB 4ILHA 4OO1J 1BGXT 5LMNK 4CF9A 1RTHA 3CI5A 4OJRA 4W5TA 3E9PA 1SKRA 2GV9A 3SYZA 4BRNA 4CZFA 3FZMA 4JKCA 3G6EN 3VF2A 1KSPA 4EZ6A 1QS4A 2PYLA 3AAQA 1KAYA 3SI6A 4CZHA 1VQON 3AO4A 2WFBA 3AAPA 3VEWA 1TAUA 3HBTA 3SQ0A 1S5JA 4KHWA 4BRGA 3MWTA 4E1MA 5AFUA 4O44A 3CHWA 3A5MC 4YHHK 3AA5X 4DR1K 4DSFA 3O9RA 2VWKA 3OBYA 4WFNL 4PKHA 3M6GA 3PO5A 2VGNA 1T03A 2UXDK 3FLCO 1YHQN 2O4GA 4BQZA 2QWNA 3HL8A 5FROA 3OYDA 2E1YA 1HQEA 5BRFA 4JI0K 4CGJA 4JKHA 4CJ5A 3KLFA 4JI1K 2OCEA 3HSTB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LAL A;  4K41 A;  1S1U A;  3JYT A;  4DQR A;  3AY9 A;  3V1R A;  4B1Y B;  4I9L A;  1NJZ A;  3JS6 A;  1FJG K;  3OJS A;  4XIU A;  3OYI A;  3LDN A;  3HP9 A;  4C8L A;  2P9P A;  4K43 A;  2KZM A;  1TKZ A;  1RDA A;  5TKY A;  4J8F A;  5FPE A;  3THX B;  3O9U A;  4B8C A;  3KWI A;  3WEE B;  5AQK A;  3QFU A;  4FJI A;  3N4P A;  3VPZ A;  1TYQ B;  3A2F A;  2A1S A;  1JLB A;  4CF8 A;  3OYC A;  1NU0 A;  1KVB A;  2IGI A;  1L3U A;  4KRF A;  4IO8 A;  3VQ4 A;  3CQ8 A;  1L5U A;  3FFI A;  2JGU A;  5AQJ A;  3H6E A;  3MXM A;  2VG5 A;  2GEM A;  3DWL A;  4B9Q A;  3DRR A;  1U04 A;  3R6M A;  2BDP A;  2UUA K;  3RSE A;  4LFA K;  3U4L A;  5CYM A;  3TSU A;  4JYA K;  3J7A P;  4E7J A;  3LZI A;  5GAD P;  4DV4 K;  3MN5 A;  5AZJ B;  4M3T A;  3MCA B;  1U6Z A;  5J2N A;  1IBM K;  4AM6 A;  2RKI A;  4FWS A;  1QQC A;  4AQY K;  3CCS N;  4FJG A;  2ZJP L;  2HHI A;  4GNI A;  1D5A A;  1W97 L;  4W5O A;  2XY8 A;  4L3Q A;  4O5F A;  4NXN K;  4YOT A;  3VEX A;  1LWE A;  4KHY A;  5HBM A;  3PSI A;  4CER A;  4DSI A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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