1RFQA

Actin crystal dynamics: structural implications for f-actin nucleation, polymerization and branching mediated by the anti-parallel dimer
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
371
structure length
361
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Actin crystal dynamics: structural implications for F-actin nucleation, polymerization, and branching mediated by the anti-parallel dimer.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Structural protein
source organism Oryctolagus cuniculus
total genus 91
structure length 361
sequence length 371
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-11-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1rfqA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1rfqA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1rfqA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1rfqA04
3QB0A 4DCHA 2D0PA 4B1YB 5EX5A 4CJ7A 3LDOA 3FGUA 4FWOA 4BC4A 4DQ8A 3UB5A 5JMVA 2P9PB 2IVPA 3TU5A 4WQ4C 3WXJA 2YHYA 3AAQA 3M3ZA 4O5FA 3GOIA 4Z94A 2W41A 5AZIA 4BROA 2E2OA 1HUXA 4E1JA 2D1KA 5LJVA 4M7YA 2FSJA 3L0QA 3M1FA 3A5NC 1DEJA 4MLHA 3U8XA 4B1XB 4PL7A 1ATRA 1S22A 4BQZA 3WEEB 1QHAA 2IVNA 3RSEB 3ZX2A 2V52B 3LM2A 4CZLA 2E8AA 5FPDA 5KPTA 2P9KA 5ELZA 3W0LA 5E84A 5AQFA 3D2EB 1NMDA 2YI1A 1RFQA 3F9MA 1SQKA 1BUPA 3VEVA 3ZETB 4A62A 4BC3A 1BG3A 4FWMA 5BRDA 4BRFA 1NGBA 4BRQA 1X3MA 4FL9A 5BN8A 1JCFA 5TKYA 4KBOA 5AQQA 4PKGA 4M7XA 4H5VA 1YAGA 2P9LA 2P9SA 1T44A 4CBUA 1U2VB 4JD2B 2ZWHA 5I9EB 2W40A 4FWRA 2QW9A 4IO8A 4FPBA 3O5BA 4FSVA 4GY2B 2A5XA 2I7NA 4A2AA 3VF4A 3HTVA 3GDQA 5AQNA 5FPEA 4H0XB 4CBWA 4EHTA 3ULEA 3H6EA 3MCPA 2V7YA 3S41A 4BR2A 2QWMA 5BRFA 1K8KA 2VCPA 1H1VA 4J8FA 3H3OB 3JS6A 1GLBG 5AQKA 3H46O 3QICA 5AQSA 1MWKA 2FF6A 4BR0A 2CGLA 5KPRA 4IXCA 5JLFA 4QS7A 4H5WA 3CJ9A 1ESVA 3D2FA 4H0VB 2QXLA 1WUAA 4BREA 3FZLA 4BQLA 3O8MA 3FZMA 2E1ZA 3M6GA 4BVOA 3WUHA 1BA1A 1C0FA 5JICA 1TYQA 2FF3B 3EO3A 3WXKA 5BPLA 2V51B 3U9ZA 4BRDA 4CZFA 2P9IB 4H0PA 1V4TA 1KAYA 4JN4A 3CIPA 4ISGA 5EXWA 3LDQA 4CZJA 4IZ9A 2UYTA 2D4WA 3UKUB 4I6MB 2CH6A 3UKRA 3CQXA 1E4FT 4FO0A 5AQHA 3IDHA 3ZEUA 5AZJB 2IVOA 4NO7A 5E26A 5AQTA 4BRHA 3H1VX 2QM1A 3AARA 2E2QA 2P9NB 1NLVA 2HOEA 3U9DA 3L4IA 1LOTB 2V7ZA 3CI5A 1BU6O 4FPAA 3W3DA 1IJJA 4MO4A 3JXUA 3VEWA 2Q1NA 1IG8A 2E2NA 4ISEA 5B8HA 1TUYA 2A3ZA 3IUCA 4DHYA 4FOEA 1BWFO 4BGAA 3CJ1A 3O80A 2Q0UA 4BRMA 1NM1A 4HWIA 3VF6A 2E20A 1DGKN 4JNEA 4CZGA 1MDUB 1NGFA 2GUPA 4FWQA 2E2PA 5LY3A 1GLAG 2YJEA 3FZFA 4IJAA 3AAPA 1HLUA 4BC2A 2AA4A 1Q18A 1T6CA 2PAVA 5KQ8A 5KPZA 4H5NA 3ENHA 3C0BA 4RWTA 3DXKA 4H5RA 3VEOA 2P9UA 5AR0A 4JHDB 5BN9A 4PKIA 2CGJA 2ZF5O 1X9JA 1KXPA 2IIRA 2OANA 3CQYA 3EZWA 2F9TA 1ZXOA 3CERA 2A41A 4K42A 4BRKA 4M63C 1GLEG 3CJCA 5CE3A 4BRGA 2PBDA 4EFHA 4BG9A 3R8EA 4WQ5C 4C23A 2CH5A 4WQ4A 4AM7A 2GEMA 2FXUA 5LJWA 1NGEA 3H45C 4H03B 1GLJO 1ZC6A 3G25A 3VESA 1ZBSA 5AZIB 1NGAA 1XQSC 4Y0WA 4L3QA 1HX1A 2EWSA 3QBXA 1HKGA 2YJFA 1GLLO 2HMPA 3EL2A 4FWSA 3GL1A 1P8ZA 2FLOA 5AQIA 3VF2A 2F9WA 3DJCA 3WT0A 4BR5A 4B1WB 3VEXA 3DXMA 4F9OA 1SAZA 2P9KB 1C0GA 3VGKA 2Q2RA 4BRNA 2VYPA 3R6MA 3VGLA 3VEZA 4K41A 3VETA 4CD3A 3MN9A 3LM9A 2GWJA 5AQWA 2NRHA 3O08A 5AFUH 4NB4A 4XH5A 4JAXA 4B1VA 2QWRA 4K43A 4K25A 5BRHA 4RTFD 4H0YB 1NBWA 1T6DA 1XUPO 4BR4A 4PKHA 3QFPA 4BR7A 5BPMA 3U4LA 3VOVA 3OHRA 3L6QA 3GE1A 4BC5A 1R59O 2P9LB 2P9SB 4CZEA 3TPQA 2YHWA 3B8AX 4EIAA 2YCHA 3HSCA 3H1QA 1Y64A 5BREA 1BA0A 1NGDA 2A40A 4BRIA 3CJBA 5F2RA 4YDUC 5EOYA 4BG8A 4FWNA 3LDNA 5KQDA 2P9PA 5EY4A 3A5MC 3WXIA 1CZAN 2CGKA 1BO5O 3LL3A 3UE5A 1HPMA 3ULEB 3MMVA 4XH4A 1K8KB 3MDQA 1XC3A 2ITMA 2WUSA 3MN6A 3DAWA 4CZMA 2A6AA 2A42A 3FFKB 3WEEA 3RSEA 4ISFA 2FSNA 1WOQA 3D2EA 3D2FB 3SLCA 3FE1A 5EVZA 3O4WA 1QZ6A 3BEXA 4EAHD 3ZETA 2AP1A 1SZ2A 4H0TB 4CZKA 1TYQB 4BVPA 1E4GT 2GTDA 4CD1A 3HZ6A 4GNIA 2BTFA 1HJOA 3KZBA 5AQZA 4HTLA 1TUUA 2E88A 1QQOA 3QDKA 2GWKA 3UKRB 1U2VA 4JD2A 3LDPA 4YDUA 3I33A 2QWPA 3MN7A 4H0OA 4QS9A 3EN9A 3IMXA 3LDLA 4IWVA 2I7PA 3SJHA 1MWMA 3ZEUB 1NGGA 3ZX3A 1HKBA 2Q0RA 5AFUA 3I8BA 3VENA 2YHXA 3O6WA 3BF3A 1V4SA 2ZGYA 3CJ7A 5AQLA 3FZKA 3FLCO 2ASMA 4CZHA 1KAXA 3BP8A 4FWKA 2DPNA 1U6ZA 1RDWX 5AQJA 2BUPA 3ENOA 1NGHA 1RGIA 1MA9B 5ADXH 4CI6A 4B1ZA 2NZTA 1GLFO 1G99A 2Q36A 3R9PA 1NWKA 2NLXA 2VWBA 3HI0A 3CJAA 2ZGZA 4BRCA 3FR0A 3ID8A 4A2BA 3KHYA 4RCHA 4PL8A 3VPZA 5AQOA 4BR9A 3BUZB 5AQVA 1HKCA 5JLHA 3EKUA 2HF4A 2P9IA 1Z6RA 2Q97A 2QWLA 3CHWA 3QFUA 1D4XA 4AM6A 1NGIA 3UKUA 1DKGD 3AY9A 4I6MA 3QBWA 5AQPA 3HM8A 3O1BA 3DWLA 1ATNA 3DXKB 3VERA 3A8YA 2P9UB 5AZJA 1Z05A 4BRAA 3CETA 3SK3A 4EHUA 3C7NA 2QWOA 4CZIA 3FZHA 2P9NA 4XEIA 1ATSA 5F1XA 3A0IX 5BPNA 2GELA 5BR9A 4H5TA 4O8KA 4BGBA 1QQNA 1YXQA 4MLEA 5AQXA 1YUWA 4LC9B 5AQMA 5FPMA 3VEYA 3GBTA 4WQ5A 2H3GX 3H3NO 4FWPA 1NGCA 1J6ZA 4MO5A 2J4RA 2FSKA 3A5OC 2E1YA 3SMPA 3J8AA 3BF1A 2D0OA 4FWLA 4B9QA 1KAZA 4A61A 3P4IA 3D7EO 3GG4A 4QS8A 2ASPA 1S3XA 5FPNA 4BRPA 1OKJA 1EQYA 1QQMA 2HF3A 4CBXA 3DXMB 4XH1A 4BRLA 3WQUA 5ADXA 2QWQA 3MN5A 1JCEA 1BDGA 4B1UB 3ZX0A 3IFRA 3MK6A 3QMLA 2Q31A 1X3NA 4WYBA 3ATUA 1GLCG 4FOIA 3WXLA 3EKSA 1GLDG 4DB3A 3C7NB 4JHDA 3KVGA 1BOTO 2KHOA 5F0XA 1YVNA 3WQTA 1LCUA 3HBTA 5AQRA 1NGJA 3A5LC 1QZ5A 2QWNA 2ASOA 5AQGA 3VGMA 5AQYA 3ATVA 5AQUA 4IJNA 3O1WA 3SMSA 1JCGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OH5A 4DCHA 4JI5K 5EX5A 3LDOA 3UB5A 4JYAK 5JMVA 1TL3A 1TVRA 4DTNA 1VQPN 3CC4N 3ZT3A 3WXJA 1T05A 4Z94A 1OVYA 2W41A 5AZIA 4E7IA 2UUCK 2E2OA 2D1KA 3L0QA 3M1FA 4IFYA 4AILC 4IG0A 1DEJA 4MLHA 3THXA 3LPTA 1S22A 3WNEA 4BQZA 3CC2N 3LM2A 3KK3A 4FM0A 3RMDA 5ELZA 2G8IA 3AO5A 3MXIA 2YI1A 3CMAN 1SQKA 3VEVA 1IO2A 1GOBA 4HUEA 4JI7K 3NHGA 5MLCQ 1BIZA 4BRQA 1X3MA 4FM1A 5BN8A 5HOOA 4U67L 2Z1IA 4DTXA 1HNVA 1BGXT 5KRTA 1XWLA 2BDPA 4KHPK 5M1QA 4AHUA 4CBUA 1U2VB 4DS5A 4C8KA 2VG6A 1NKBA 2QW9A 3QESA 4FZYA 4FPBA 4FSVA 2I7NA 5M1FA 4A2AA 3VF4A 2E4LA 3CCQN 5AQNA 5C12A 4JEPA 2G8VA 2UXBK 3S41A 5BRFA 1T03A 2VCPA 1H1VA 3AA2A 1N34K 3T19A 1YJWN 2FF6A 1KVAA 1NJWA 4QS7A 4CK1A 3CJ9A 3RRHA 4JI6K 1WUAA 3ZSWA 3ENBA 4NCGA 4E7HA 1LAWA 3VQ8A 1NJXA 2QKKA 1S1WA 4BQLA 1Q86O 3O8MA 2IGIA 2E1ZA 4IOAL 4NXMK 1RT1A 5JICA 1TYQA 4BDZA 2O8DB 2OZMA 4LH4A 2JGUA 1KAYA 1GOCA 3AVBA 3LDQA 3UKUB 2UYTA 5SZTA 4FJJA 1XMOK 4O5BA 4NCBA 3ZSYA 3NF7A 3MXJA 5AQHA 3ZEUA 1BHLA 5AZJB 3THYA 4LFBK 1TKZA 1KSPA 4M3RA 4KH5A 4BRHA 5CY4A 4O4GA 3JAMO 3AARA 4DF8A 4CJ5A 4Z4GA 1NLVA 3VQ7A 2ITGA 3L4IA 1LOTB 1LV5A 1UA1A 4KPYA 4KRFA 3CI5A 2PYJA 4DR5K 1FXXA 4YNQA 3W3DA 4I9LA 4DV7K 4DWIA 4MO4A 4CGDA 3BDPA 3L4QA 4JKEA 1TUYA 3ZSXA 3IUCA 2QI2A 3RVCA 2IAJA 1YTAA 3ZT0A 1WSHA 4A59A 1XHXA 3OW2M 1HMVA 1N8RO 4IG3A 3VF6A 3KD5E 5LMUK 1EETA 3OYAA 4CZGA 3JYTA 1Q8IA 3C6HA 3AVLA 3DOLA 3AO4A 2GUPA 4FVMA 2E2PA 3TR8A 4IJAA 4CW7B 3QEPA 2P51A 4E1NA 1HYSA 1Q18A 2PAVA 4PUOA 5GAEP 4CEEA 3K5LA 1S5JA 4RWTA 3LP1A 4H5RA 3VEOA 4JHDB 5BN9A 4O0IA 3J80O 5C42A 4FLXA 3OS2A 3T3FA 1JLFA 2RE2A 1EWRA 4YOYA 2F96A 2IIRA 2NNWA 2OANA 5FROA 3SQ1A 2F9TA 1O13A 2B6AA 4CGGA 4M63C 4LF9K 3CJCA 2UUBK 2PBDA 4B9MA 3KD1E 3ZCMA 4EFHA 4BG9A 3OVNA 3NGIA 4E0DA 4WQ5C 2IDOA 1J54A 3K5MA 3TAEA 3K57A 3F73A 4EZ9A 4H03B 3VESA 4OVLA 1NGAA 4Y0WA 4L3QA 1HX1A 2EWSA 5AQIA 4CJRA 4DR4K 4KI4A 3VF2A 2F9WA 4BR5A 4DQPA 1X9SA 4U7BA 4JKHA 4C8MA 3VEXA 2P5GA 4FJ5A 3VGKA 1OH8A 4FLTA 3VETA 4CD3A 4C1NK 4E7KA 1GOAA 3T69A 2A1SA 5AFUH 3D0PA 4FK2A 1JKHA 4JAXA 3O9UA 5BRHA 3R1XA 4H0YB 1T6DA 4FLVA 5BPMA 4LF5K 3VOVA 4O55A 2HHXA 5SWMA 4B3MK 3L6QA 3U3YA 4KHNA 3GE1A 4BC5A 5LL6Z 1R59O 4JS4A 1EXQA 2YHWA 4DQSA 1BA0A 1CZ9A 1RNHA 4BRIA 5FLXO 4FZXC 3CJBA 1N6QA 4YDUC 1RT5A 5EOYA 5KQDA 4AHCA 2P9PA 1RT3A 1JLQA 1CZAN 3PO5A 1QSLA 3SV4A 3ULEB 3MMVA 2QXFA 4CGIA 4GMJB 2ITMA 4FK4A 3CPEA 3MN6A 1JL1A 4CZMA 2QKBA 2NRVA 3ISNC 1B92A 4B3OA 3HPGA 3D2FB 3SLCA 3FE1A 1QZ6A 3BEXA 3OYNA 4EAHD 3OYDA 3CCJN 2AP1A 4H0TB 1LWCA 4GW6A 4CZKA 1T8EA 1DLOA 4A57A 2OPQA 4BVPA 4CF0A 4DSKA 4CD1A 4FJ8A 1JLAA 3HZ6A 1QSSA 4OJRA 3V9UA 4CJSA 3KZBA 5AQZA 1S1UA 2E88A 1S1XA 1Q7YO 3QINA 3O3GA 4HCBA 2D0BA 4DUZK 2QWPA 3MN7A 4H0OA 1OH7A 1SKRA 4FK0A 3SJHA 2I7PA 1NGGA 2Q0RA 1SV5A 3RR8A 1V4SA 3HVRA 3FZKA 3KWGA 4LSLA 1ASWA 4O44A 3V1RA 4CZHA 2HHSA 3G6EN 4FJHA 4MQ3A 1D9FA 2DPNA 4L8RB 1U6ZA 5C2DA 2BE2A 3DLEA 2HBKA 2QK9A 5FDLA 4CF1A 1D8YA 3NMUA 3BGRA 4ICLA 3M8RA 2Q36A 3TTDA 4CHNA 2O8FA 3NF6A 4CFDA 4DTMA 3FR0A 3HVTA 4WFBL 3ID8A 1NKEA 1DT9A 4IDKA 4PL8A 5AQOA 3EKUA 4LD0A 3KK2A 1Z6RA 3O4NA 1YJNN 1HQUA 2EHGA 3QFUA 4KHSA 1ZBUA 2RN2A 4RW8A 5FRMA 3T7ZA 3HM8A 2XRIA 3O1BA 3DWLA 3VQ9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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