1SQKA

Crystal structure of ciboulot in complex with skeletal actin
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
367
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The beta-Thymosin/WH2 Domain; Structural Basis for the Switch from Inhibition to Promotion of Actin Assembly
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
molecule tags Structural protein/protein binding
source organism Drosophila melanogaster
total genus 115
structure length 360
sequence length 367
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1sqkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1sqkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1sqkA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1sqkA04
4M7YA 3GE1A 4H5RA 4BVPA 3WT0A 4CBUA 4QS7A 1NGFA 4HTLA 1S22A 4M63C 4O8KA 2E20A 3UKRB 2DPNA 4YDUC 1DGKN 3A8YA 3O4WA 4RCHA 2NZTA 3HI0A 4CZJA 4H0PA 2OANA 3D2EB 3WQUA 5AZIB 1LCUA 1GLAG 2YJFA 3D2FA 4FOIA 3ZX3A 4IZ9A 4EIAA 2Q97A 4ISGA 4K41A 3WXKA 4FOEA 2D0PA 3O1WA 4JHDA 4BQZA 3O08A 5JLFA 5AFUH 4FWNA 1SZ2A 1GLJO 5BN8A 3QFUA 4IO8A 5AQMA 2GWKA 1TUYA 1RDWX 4HWIA 5LJVA 4BGAA 2Q36A 2GUPA 1WOQA 4QS9A 4PKHA 1D4XA 2V51B 3O80A 4K43A 5E84A 3DXMB 2E2NA 3H1VX 4WQ4C 3WXIA 2A3ZA 4DHYA 4EHUA 3I8BA 2PAVA 3O5BA 1HLUA 3IUCA 2CGLA 1BA0A 3SMPA 4GNIA 4BRLA 1BOTO 2CH5A 2VCPA 4NO7A 3EN9A 2YHXA 2IVOA 1CZAN 3ATUA 1XC3A 3VEVA 2F9TA 4BC2A 5AQNA 2HMPA 1MWMA 3GG4A 3L4IA 1GLEG 4FSVA 1JCFA 2P9SB 4XH1A 3UKRA 2F9WA 3QDKA 3MN9A 4CZKA 3OHRA 4CZGA 1GLLO 4H03B 2D0OA 1E4GT 5AZIA 5KPZA 3LDOA 3CERA 2CGKA 1J6ZA 5EOYA 4BC5A 4FWSA 2ASPA 2P9UB 1MWKA 2Q1NA 5AQJA 3CQXA 1KAXA 3QB0A 1H1VA 4H5WA 4AM7A 2I7NA 4FWLA 1E4FT 2FXUA 4IXCA 1WUAA 2VYPA 3H1QA 4A2BA 5ADXA 4I6MB 2HOEA 3ZETA 3LDLA 1K8KA 1NM1A 3VEYA 4ISEA 5JICA 1X9JA 4WQ5C 3AAPA 2QWPA 5F2RA 3L6QA 3CJBA 1EQYA 3H46O 4FO0A 3DXMA 1NGJA 3CI5A 5BRHA 4B1UB 4Y0WA 3CJ9A 5AQWA 4B1XB 1HJOA 1P8ZA 5KQ8A 3ID8A 2E2OA 1SQKA 3ENHA 4PKGA 4PL8A 3DJCA 2HF3A 4BRGA 1QQMA 2D1KA 5BRFA 3AARA 3ZEUB 5B8HA 1U2VB 1HX1A 3TPQA 4M7XA 1ESVA 1ZC6A 4BRMA 1HKBA 3H45C 1BU6O 5AQLA 4CZIA 4CZEA 2ZF5O 4NB4A 2D4WA 2GEMA 1NGAA 1Z6RA 5AQFA 3MDQA 4FPAA 3EO3A 3FZHA 5BR9A 1R59O 3WUHA 1BDGA 2P9PA 2YI1A 3B8AX 3SLCA 3MCPA 4CBWA 2Q31A 3VERA 4BQLA 4Z94A 3CQYA 4I6MA 1TYQB 4JD2B 4BR2A 5BREA 4BRPA 4O5FA 5FPMA 4CZMA 3HTVA 5KQDA 3R8EA 3MN6A 1KAYA 4BC4A 4H5TA 1ATSA 3ZX2A 1X3MA 2P9NB 1GLFO 4BRQA 3VEWA 3U9DA 1Z05A 3FZFA 4BRNA 5KPTA 1GLDG 2ASOA 2ZGYA 3CIPA 2UYTA 5KPRA 5LY3A 1Q18A 4BR0A 5JLHA 3BP8A 2A40A 4EFHA 3LDNA 1OKJA 3H3NO 2P9IB 3FZMA 1RFQA 3C7NB 2ZGZA 5AQXA 1BO5O 2KHOA 1LOTB 3HZ6A 2Q2RA 2AP1A 1KAZA 5AQPA 2QW9A 1MDUB 4FWRA 3D7EO 4WQ4A 1U2VA 4QS8A 3QBWA 5ELZA 2AA4A 2E1YA 3S41A 1ATRA 3GOIA 5BRDA 1ATNA 1HPMA 5AQVA 1T6CA 4DB3A 2FF6A 3LM2A 2V7ZA 3R6MA 3I33A 5AQYA 3FFKB 3D2EA 4A2AA 4BG8A 3SMSA 3BEXA 1S3XA 3W3DA 4B1VA 3UE5A 1T6DA 4C23A 2WUSA 4EAHD 3TU5A 3IMXA 4CBXA 4IJAA 3DAWA 3GDQA 1QZ5A 3HBTA 1YUWA 3JS6A 5BN9A 3UB5A 1HKGA 3VF4A 2P9LB 3DXKB 4BG9A 4CZFA 3M3ZA 1TYQA 4JD2A 3ZX0A 3MMVA 3MN5A 3J8AA 2GELA 1TUUA 2J4RA 3CJ1A 1GLBG 5EXWA 2P9NA 3F9MA 4B9QA 3CHWA 2NRHA 2Q0UA 4MO5A 3D2FB 3HM8A 4FWKA 4JN4A 3VGKA 1QQOA 4BR4A 1GLCG 3VETA 1C0FA 3DWLA 3O6WA 5AQTA 4PL7A 2P9IA 2E2PA 4BRIA 3RSEB 3O8MA 4ISFA 3CJ7A 4XH5A 2IIRA 4H0XB 3QMLA 2Q0RA 4CZLA 3QFPA 1JCEA 4L3QA 4WQ5A 1MA9B 4BR7A 4CZHA 4LC9B 2E2QA 1BG3A 5E26A 3KHYA 1ZXOA 1NGDA 2A41A 1DEJA 4E1JA 3CETA 3WXJA 5FPDA 2V7YA 2FF3B 4XH4A 3EKUA 3LDQA 4B1YB 4A61A 3WEEB 5AR0A 3U8XA 1SAZA 2P9SA 1G99A 1HKCA 2QWNA 4H5NA 3BF1A 2FSNA 3VPZA 2GTDA 3MK6A 3GL1A 4FWOA 3AY9A 1JCGA 2PBDA 3IFRA 2EWSA 1DKGD 3VEXA 2P9UA 2VWBA 3CJCA 2H3GX 3JXUA 3SK3A 3P4IA 4YDUA 2QXLA 1NGIA 4CD1A 4B1ZA 4GY2B 2P9LA 3DXKA 4FWPA 2YJEA 4H5VA 1BA1A 3KZBA 1YAGA 2YCHA 4BC3A 2W40A 5AQQA 3H6EA 2YHYA 3UKUB 2QWMA 4BRAA 1U6ZA 1NGGA 2YHWA 3FZLA 3M1FA 4MLHA 4FWMA 5AQRA 3W0LA 5AZJB 4MO4A 2GWJA 4JNEA 4CI6A 3VOVA 1C0GA 5ADXH 3VENA 4AM6A 5AQSA 4FPBA 3FZKA 4F9OA 2HF4A 2E1ZA 3RSEA 1QQNA 2W41A 5AQHA 3EL2A 3QICA 4H0OA 4IJNA 1YXQA 4A62A 3U9ZA 4DCHA 4B1WB 1QZ6A 4RWTA 4WYBA 1RGIA 3ATVA 3ZETB 3BF3A 4FWQA 4BRKA 3ZEUA 1K8KB 2A5XA 1ZBSA 3FLCO 4H0YB 5TKYA 4BR5A 3A5LC 1QHAA 2FSJA 3WEEA 4BRDA 4CJ7A 5EX5A 2ITMA 5F1XA 1X3NA 2BUPA 4MLEA 4PKIA 1NLVA 2P9KB 1V4SA 3SJHA 4BREA 3ULEB 3VGMA 3CJAA 4BRCA 2I7PA 4BRHA 3O1BA 4H0TB 3VEZA 3LL3A 3A5MC 1T44A 2ZWHA 4J8FA 5EVZA 3FGUA 3M6GA 3IDHA 4FL9A 3VEOA 5LJWA 5AQZA 1IJJA 4XEIA 1V4TA 2ASMA 5AQIA 3VF6A 1NGBA 5AQOA 4K25A 1Y64A 2A6AA 3WQTA 3LM9A 1NGHA 3UKUA 3EKSA 4IWVA 2QWQA 2QWRA 3A5NC 5AZJA 1KXPA 1YVNA 3VGLA 4H0VB 5BPMA 3BUZB 2CGJA 5AFUA 3AAQA 4BVOA 2FLOA 2QM1A 3H3OB 3FE1A 3U4LA 5BPLA 5I9EB 4KBOA 3ENOA 5FPEA 4EHTA 3HSCA 5F0XA 3VESA 2P9PB 4K42A 3WXLA 4JHDB 3EZWA 3C7NA 1NGEA 3MN7A 2E8AA 2NLXA 3R9PA 1HUXA 2E88A 2QWOA 4BROA 3G25A 3VF2A 2CH6A 1XUPO 1BWFO 3A0IX 4RTFD 3L0QA 3FR0A 1IG8A 2BTFA 2QWLA 4CD3A 3GBTA 1NWKA 4BR9A 2IVPA 3KVGA 5AQKA 1NGCA 5AQGA 3LDPA 3QBXA 2V52B 4JAXA 5BPNA 2P9KA 4BGBA 1NBWA 5EY4A 5FPNA 5JMVA 3ULEA 4BRFA 1NMDA 2IVNA 3A5OC 3C0BA 1XQSC 1BUPA 2FSKA 2A42A 5AQUA 4DQ8A 5CE3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G8FA 4H5RA 5KRSA 3AO3A 3CPWM 4B9UA 1IKYA 2JWLA 5J2QA 1NGFA 5LMNK 1S22A 4M63C 3F9KA 4DFKA 4N47A 1DGKN 3O4WA 3PIPL 5HL7L 1D9FA 4CZJA 4H0PA 5M1FA 2R7YA 1GLAG 2YJFA 4FOIA 4B9NA 4N76A 1HNIA 1VQLN 4EIAA 2Q97A 1RT1A 1O13A 5FROA 4FOEA 2D0PA 4JRPA 4JI0K 1LV5A 3L2QA 4JHDA 3D0PA 3MXJA 1YI2N 4IEEA 5AFUH 3KD1E 1BI4A 4ID1A 1GLJO 4DTMA 2HBLA 1N5YA 3TTCA 4HWIA 1WSGA 1RDWX 1OVQA 2GUPA 1EETA 2O8DB 1WOQA 1J9AA 4JI7K 4DV1K 3VTHA 2HNYA 1TKZA 1D4XA 3ZSRA 4NYNA 4WQ4C 3C6TA 2KW4A 2A3ZA 4MDBA 3ZSXA 4DHYA 3VQPA 4ELVA 4CEEA 2ETJA 3SQ2A 4OPHA 4FJHA 4FJNA 2PAVA 3O5BA 1LAWA 1HMVA 3IUCA 4RG8A 3NH2A 1RILA 4E19A 3HJFA 1BA0A 4BRLA 2VCPA 1D9DA 2YHXA 2IVOA 3VEVA 1XC3A 1NK9A 2F9TA 1C0MA 4Z4CA 5AQNA 2HMPA 4OKJA 4DLGA 1GLEG 1HJRA 5JS1A 3LALA 1JLBA 4CZKA 4HUGA 4H03B 1RT3A 1WNSA 1HYZA 1XHXA 2I5JA 4BDPA 3M5RA 4FWSA 3OYCA 3P38A 2P9UB 1VSLA 5AQJA 4O5BA 1KAXA 5C2DA 1C1BA 3OYFA 2I7NA 1NG9A 1HNWK 3V1QA 4IBNA 1ZYQA 2FXUA 4KB0A 4X65K 1WUAA 2O8BA 5ADXA 1YIJN 4KI4A 2DTUA 3LDLA 2ZJPL 2YNFA 3BY5A 3AAPA 2QWPA 4DG1A 3CJBA 4DR3K 1NK0A 4CIGA 4FO0A 5JENA 4DSJA 1TKDA 4W5TA 2A1SA 3T1AA 4Y0WA 4JI2K 4HUEA 4JKGA 1HJOA 4B1XB 5KQ8A 2UU9K 3ID8A 3DOLA 2HSTA 4ZHRA 4DS4A 1S9GA 3DJCA 4JI4K 1W97L 4L8RB 1KCFA 3M8RA 3J7AP 1U2VB 5A2QO 4JEPA 2KTQA 3BZKA 2VWJA 4BEBA 3ENBA 1HKBA 4HHTA 1LWEA 5AQLA 5KI6A 1U49A 4LY7A 2XY6A 1Q82O 4MDAA 3THXB 2IS3A 3CXCM 4KI6A 4X66K 2ITGA 2GEMA 1NGAA 3NAEA 5M1QA 2LSNA 2AJQA 3I0SA 1ASVA 3HM9A 3M8QA 4DFPA 3WNHA 2OZSA 4TSXA 3AVAA 2Q31A 3QERA 4FK4A 4Z94A 4B3RK 4HVJA 4J2DA 4CJTA 5CY4A 1C1CA 3CQYA 4I6MA 3QO9A 4JD2B 5JS2A 3CCVN 1L3VA 3N4PA 3G4SN 2O4GA 4BR2A 3ZT0A 3QNOA 3OYIA 2NRVA 3HTVA 2G8WA 3MN6A 4H5TA 1ATSA 3SBTA 4E7JA 1Z05A 3LP1A 3NVKA 5KPTA 1WBDA 2HHVA 3OTOK 1KQSM 3CIPA 4OKKA 4IFYA 4IDHA 4Z4IA 5JLHA 4E3SA 3CC4N 1RFQA 4DR7K 1JLEA 1JLFA 2W6KA 4U67L 1HQEA 4FWRA 1KRPA 3QBWA 2YNHA 2AA4A 1M90O 3S41A 1ATRA 4G1QA 4IOCL 2NRRA 4FM0A 4OLBA 3LM2A 2Y1IA 5AQYA 3D2EA 4CEFA 4A2AA 1VQ5N 3SMSA 1QSSA 4CVNE 2G8UA 5FDLA 4YNQA 1KFDA 1T6DA 4C23A 4EAHD 1OH5A 4C8LA 3ZT3A 4CBXA 2RE2A 1HNZK 2F7TA 3MEDA 3O4QA 1OH7A 4BE2A 4M41A 3O3FA 3UB5A 4CZFA 4BG9A 5GAGP 1TYQA 3ZX0A 4CGDA 3O3HA 3N4QA 4DQSA 1TUUA 1NU0A 2J4RA 1C0UA 3DMJA 3AV9A 3QEIA 3ZSVA 5EXWA 3F9MA 1RBSA 3CHWA 4Z4FA 2Q0UA 4MO5A 3KK2A 3QNNA 4DTNA 5H1SQ 3THWA 4FWKA 1QQOA 4KV8A 4OGCA 1XNRK 4E72A 1LAVA 4DV4K 1C0FA 5AQTA 3TABA 2E2PA 3CCLN 3O8MA 4DQPA 4ISFA 4CZLA 4WQ5A 2HHIA 3VQEA 1MA9B 3OJSA 2E2QA 3L3UA 5E26A 1IKWA 4IG0A 1NJWA 3OYHA 4DQIA 4YHHK 2VGNA 4YOWA 3WEEB 1JL1A 3MXIA 2P9SA 4H5NA 4JK9A 4F8RA 1VSHA 1WBBA 3VPZA 3QEWA 3GL1A 4DF8A 4LF6K 1JL2A 1JCGA 1KVCA 4JLHA 1DKGD 3VEXA 3T1YK 4NCGA 1EWRA 5J2NA 2QTDA 3HSTB 4BE7B 2ZE2A 3F73A 3KK1A 3JYTA 1TL3A 4CD1A 4V19S 4GY2B 3DXKA 2YKNA 3EEQA 4CGFA 4RW6A 3SQ0A 4OGEA 3AO1A 4M42A 1S1UA 2YNGA 5AQQA 2QWMA 4Q5VA 3MX2A 3QESA 3M1FA 3RMBA 4CJWA 5AZJB 3CF5L 3KKRA 4IKFA 2JWKA 3RR7A 1C0GA 4AM6A 1TKXA 4DR4K 4E0DA 3HP6A 4H0OA 4AH9A 2BDPA 1JLAA 5T7BA 4CE9A 3U9ZA 2HHQA 3NVMA 2O8BB 1QZ6A 3VQQA 4NCBA 3FLCO 5MLCQ 4I9QA 4H0YB 3VQBA 3T7ZA 4BR5A 4OX9K 1NNEA 3F2KA 3S5TA 1RT4A 4JV5K 4PWDA 2HBMA 3K5MA 4ELTA 3L4QA 4GW6A 2C1IA 2P5OA 4FZYA 3S3NA 4JI5K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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