1TYQA

Crystal structure of arp2/3 complex with bound atp and calcium
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
417
structure length
399
Chain Sequence
AGRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGVMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of actin-related protein 2/3 complex with bound ATP or ADP
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
molecule tags Structural protein
total genus 126
structure length 399
sequence length 417
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1tyqA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1tyqA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1tyqA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1tyqA04
2QM1A 3KZBA 3O1WA 1T6CA 4H5WA 3VPZA 2QWQA 4ISEA 3SMSA 1GLLO 4O5FA 4CZIA 3AARA 3SMPA 4EFHA 4RWTA 4DB3A 3GG4A 3U4LA 1DKGD 3BP8A 1GLDG 1MA9B 3MN7A 4BRGA 1GLCG 4BRFA 3H6EA 3VEOA 2E1ZA 4BC3A 1HJOA 2IVOA 2P9NB 4PKGA 2ZGYA 4PL8A 3CJ7A 4FPBA 3RSEB 4JHDB 2ZWHA 3ENHA 4IJNA 4FWOA 4BGAA 2ASPA 4CZHA 2E2PA 2YCHA 5LJWA 3OHRA 2IVPA 2P9LB 2YHYA 4BGBA 1HX1A 3MDQA 2GWJA 1NGCA 3MN9A 4A2BA 5AQNA 3R9PA 2FSNA 2A40A 3QFUA 3AAQA 4CZKA 4M7YA 2QWOA 3D7EO 3RSEA 1WOQA 1BWFO 3CETA 4JHDA 3LDLA 1YAGA 2P9SB 3HM8A 1E4GT 1NGEA 4BG8A 5FPDA 3CJ9A 1HKBA 2P9LA 3HTVA 4H0OA 4A61A 2GWKA 4B1YB 4A2AA 1QZ6A 2QWLA 2D4WA 2IIRA 5BRDA 1KAXA 4BVOA 5LY3A 3A0IX 1BDGA 2QWPA 3SJHA 4B9QA 1NLVA 5BR9A 2P9SA 2GELA 2Q0RA 3LM2A 4K43A 3CIPA 2E2OA 2KHOA 3FZMA 3J8AA 2W41A 5LJVA 4MO5A 4CZGA 3KHYA 5JICA 3IUCA 5KPTA 3QFPA 4QS7A 3GBTA 4BRLA 3D2FB 3VESA 4K41A 3FGUA 2P9IB 4IO8A 3H45C 3MN5A 1BA1A 4LC9B 1QZ5A 1KAZA 2YJFA 5AQHA 4K25A 1ZC6A 5AQMA 5B8HA 4ISGA 4PKIA 4FO0A 5AQOA 5BN9A 4BRQA 4H5RA 2E20A 4XEIA 1E4FT 5KPZA 4CBXA 2Q2RA 1KXPA 2P9PB 2F9TA 1X3NA 3VENA 2WUSA 3ZETB 5AQLA 3D2FA 2GTDA 3QDKA 4H0TB 2A42A 2P9IA 3DXKB 3EKUA 4QS8A 4EAHD 2UYTA 1NGFA 4IWVA 2FXUA 3FR0A 4GNIA 3FLCO 2GUPA 1QHAA 4BR2A 2ASOA 2P9PA 3ZETA 2ZGZA 3EZWA 4E1JA 2HMPA 3M6GA 1LOTB 4AM6A 4BR4A 5CE3A 3DXKA 4Z94A 4PL7A 4CBUA 2Q0UA 5AQTA 1NGDA 4FWLA 4IJAA 3WEEB 2A41A 5EX5A 2A5XA 1C0FA 3LM9A 5AQYA 4RTFD 4DQ8A 1XC3A 2D0OA 2NLXA 5AQSA 1GLJO 2QW9A 2Q36A 4WYBA 3QBWA 3R6MA 1EQYA 1CZAN 4BR7A 3U9DA 1ZXOA 3WEEA 3G25A 1ATSA 3L4IA 2A3ZA 4FPAA 4BRKA 1S3XA 2PBDA 4K42A 3FZFA 3UE5A 2PAVA 4FWNA 3TU5A 2F9WA 4BVPA 3CERA 3SK3A 4H0PA 2D0PA 2YHXA 2QWMA 5AQJA 3CQYA 1T6DA 3M1FA 5BRHA 5EY4A 5F1XA 3O6WA 1NGAA 1MWMA 3DAWA 3H3OB 2YJEA 1YUWA 3LDQA 3JS6A 4WQ5C 4BR5A 5I9EB 2CGKA 4L3QA 4YDUC 3UB5A 3VGLA 2CH5A 2BUPA 5BPNA 5BPLA 5EVZA 3WT0A 3A5NC 4BQZA 4WQ4C 3VGMA 3M3ZA 3LDPA 3WQTA 1JCFA 2ZF5O 3GL1A 5BRFA 1U2VA 2V51B 4H5NA 5AQQA 2Q1NA 5AZIB 4BRDA 2QWNA 5E84A 3EKSA 2E88A 3ULEA 2VWBA 1TUYA 4BR9A 1TYQB 2GEMA 5AR0A 3DXMB 3FFKB 5AQWA 3D2EB 4I6MB 1XUPO 4FWRA 4JN4A 5AQGA 4CZJA 1SQKA 1NM1A 3C7NB 3I8BA 4EIAA 3IFRA 1Q18A 2V7YA 3VEXA 4BR0A 5AZIA 2Q97A 3ID8A 3O8MA 3VOVA 2P9KB 1TYQA 2P9UB 2E2NA 5EXWA 3UKRB 5BPMA 3DXMA 4H0YB 3D2EA 4I6MA 3HI0A 3ZX3A 1HKGA 5JLHA 3C7NA 3IDHA 4DHYA 3CJBA 4CI6A 1QQNA 4FWPA 5JMVA 2ITMA 4BROA 4J8FA 1BUPA 4QS9A 1YVNA 3ZEUB 3GOIA 3AY9A 4FL9A 4XH4A 5AQVA 3O80A 2P9KA 5ADXH 3ZX0A 2P9UA 5AFUA 3UKRA 4WQ5A 3H1QA 2BTFA 4CZEA 1T44A 2FF3B 2EWSA 1H1VA 3QMLA 4FOEA 3KVGA 3VF2A 2Q31A 1HPMA 3CHWA 3WQUA 3I33A 4B1ZA 4WQ4A 2CH6A 4CZLA 3ZEUA 5FPEA 1NGGA 3EL2A 4PKHA 1QQOA 1NGBA 2FSJA 3W0LA 3F9MA 1WUAA 3TPQA 4RCHA 1MDUB 2CGLA 3ATUA 1TUUA 3CJCA 3CQXA 1DGKN 3SLCA 4AM7A 3VEYA 3L6QA 3VEZA 4HWIA 3VGKA 1YXQA 1X9JA 4FSVA 5AQXA 3QICA 3UKUB 1ZBSA 2J4RA 1Z05A 4FWKA 3P4IA 4O8KA 3WXIA 4BRMA 4B1XB 1LCUA 4EHUA 3QB0A 3GE1A 5AQUA 3C0BA 4EHTA 4BC5A 3ENOA 4NB4A 2YHWA 5KQDA 1GLEG 2HOEA 3L0QA 4GY2B 3UKUA 3R8EA 1ESVA 2FF6A 1NBWA 5AQKA 1KAYA 1Y64A 4BQLA 3S41A 4FOIA 1JCGA 2HF3A 4JD2B 2E8AA 2AP1A 2E2QA 1RGIA 1G99A 3AAPA 1XQSC 5BREA 5TKYA 1R59O 4CD3A 1NMDA 2AA4A 4IXCA 4C23A 3VETA 2VCPA 5F0XA 4F9OA 4H0VB 1U2VB 2I7NA 3H46O 5KPRA 1SAZA 1C0GA 4JD2A 3IMXA 5AQIA 2VYPA 1BOTO 3CJAA 3ULEB 4CJ7A 1QQMA 4FWQA 2E1YA 4XH5A 4BRPA 4B1VA 4CD1A 3H1VX 5ELZA 3BEXA 1GLBG 3LDNA 3VF4A 4FWMA 4HTLA 3A8YA 2FSKA 5E26A 3HSCA 4CBWA 3FE1A 4MLEA 3DWLA 2OANA 2W40A 1OKJA 1NGJA 5AQPA 1D4XA 1NGHA 4H5TA 5AFUH 4A62A 4BREA 5AQRA 3VERA 1ATNA 1RDWX 3HBTA 5ADXA 5FPNA 3O08A 4FWSA 3LL3A 3JXUA 2P9NA 1HLUA 3U8XA 5JLFA 2QXLA 1IJJA 1DEJA 4B1WB 3VF6A 1JCEA 4MLHA 3QBXA 3MMVA 1SZ2A 4BRHA 3FZKA 2FLOA 5AZJB 3O5BA 4MO4A 4CZFA 4BRAA 2V7ZA 2D1KA 3WXKA 1BA0A 1IG8A 3A5OC 3O1BA 4Y0WA 4B1UB 1MWKA 1GLAG 4JAXA 5AZJA 3B8AX 1RFQA 2H3GX 5KQ8A 3GDQA 1V4SA 3VEWA 5FPMA 4DCHA 2ASMA 4YDUA 1NGIA 2YI1A 3O4WA 2A6AA 1J6ZA 4M63C 1BG3A 4JNEA 3EO3A 3MCPA 1X3MA 3BF3A 3BUZB 1K8KB 3A5MC 3FZHA 4ISFA 2HF4A 2DPNA 3WUHA 1U6ZA 4NO7A 1GLFO 1HKCA 5BN8A 3CJ1A 4BC4A 1S22A 4BC2A 1HUXA 3HZ6A 1BO5O 4BRNA 3A5LC 3BF1A 3ZX2A 1V4TA 2V52B 3VEVA 5AQFA 1K8KA 3LDOA 5EOYA 3WXJA 4BRIA 3MK6A 2NRHA 4H03B 4H5VA 1BU6O 3CI5A 2NZTA 1ATRA 4BRCA 3W3DA 4IZ9A 4M7XA 1NWKA 5F2RA 5AQZA 1Z6RA 3MN6A 2I7PA 3H3NO 3DJCA 4KBOA 4BG9A 2IVNA 4H0XB 3ATVA 3U9ZA 3WXLA 4CZMA 3FZLA 2QWRA 2CGJA 1P8ZA 3EN9A 4XH1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RBUA 5JS1A 1T6CA 3EE8A 1C1BA 4AHSA 3VPZA 4DSJA 1IBMK 1GLLO 3DRSA 4O5FA 3TSUA 4XIUA 3CFOA 4H4OA 1G15A 4KH6A 4DB3A 2VG6A 4FJGA 3GG4A 1IKXA 4JK7A 1DKGD 4YOVA 4MDAA 2GBZA 1HQUA 1GLCG 4CFDA 3PSIA 5HRSA 4BDPA 2IAJA 3TARA 1NOZA 1HNZK 3VEOA 2JWLA 4R5PA 2E1ZA 3C6AA 4JI7K 3EEQA 4DQQA 1CLQA 4KB0A 2ZGYA 4DV3K 4B3RK 4PL8A 5C25A 4FPBA 2XHBA 4JHDB 4IJNA 2QXFA 5MLCQ 4O0JA 1HMVA 4FW1A 1GOAA 3OHRA 1W0HA 2HNDA 3OS1A 3RMAA 4HHTA 4CE9A 3QERA 3C6UA 4RW9A 4CZKA 4IFVA 4DTJA 2P5GA 4DFKA 4DS4A 4W5OA 1Q82O 3V1OA 1VQLN 1BWFO 1FKPA 1UA1A 4FK0A 2P9SB 3RR7A 3BY5A 1E4GT 5JVGL 2LSNA 3MWTA 5CR4A 1NJWA 1LAWA 3AVCA 3LP3A 5C2FA 3SUPA 2QWLA 4G9ZA 2IIRA 2YHBA 3TTFA 2W00A 1KAXA 4BVOA 3HPGA 2C1IA 3RRGA 3SBGA 1BDGA 1CZBA 3V1QA 1N5YA 3SJHA 4DQPA 3OW2M 1NLVA 5BR9A 2GELA 1DTTA 2XRIA 3LM2A 4K43A 2DY4A 3I55N 3FZMA 3NCIA 3J8AA 4N56A 1DTQA 4CZGA 5JICA 4GVMA 3GBTA 4BRLA 4CF1A 4K41A 1S72N 2P9IB 2KFZA 3AA5X 3JAMO 1Z25A 4BRQA 3G71N 3CFRA 1E4FT 4OLBA 4CFBA 1JL1A 2Q2RA 1KXPA 2P9PB 2F9TA 2RPIA 3ZETB 4AILC 5BR8K 3D2FA 3MWPA 4IDHA 5H1SQ 3L3VA 1HYZA 2NRXA 3PY8A 4HUFA 1NK5A 1TV6A 5M1OA 2WBNA 4YFUA 1O13A 3FLCO 2W6LA 4C8LA 1ZBUA 2ZGZA 4E1JA 3CPEA 4LSLA 3TAQA 4B9UA 3BZKA 2Q0UA 4LH5A 2IS3A 4FWLA 3CF5L 5CY4A 1C0FA 3WXMB 2WTUA 4IEIA 3LM9A 1N34K 4Z4CA 4U7BA 1TKDA 1WLJA 4JEPA 1NK0A 4QCLA 4NYNA 1OVYA 2NLXA 1VQPN 1GLJO 2NRWA 2O8FA 1CZAN 4BR7A 2W42A 4OGCA 4BRKA 1VQON 2PZSA 3ZSXA 3FZFA 3UE5A 1BIZA 3A2FA 4FWNA 3C95A 1NK4A 2UUAK 2QWMA 5AQJA 4YY3K 4FVMA 5EY4A 1LV5A 1Z26A 4RW7A 4JI2K 4O5BA 3LDQA 4WQ5C 3E66A 1JJ2M 3IS9A 4CF0A 4L3QA 1A5WA 2CH5A 1QSSA 4BQZA 3O3FA 4Z4HA 5FRNA 3M3ZA 3LDPA 3WQTA 2HHVA 3CC4N 5BRFA 3SUQA 3C65A 4FW2A 5FRMA 5FLXO 1U49A 1X9MA 4H5NA 2VG5A 3LALA 1NJZA 4W5TA 3PX4A 5KRTA 4FM1A 5SZTA 4WCEL 4JI1K 4CK1A 2BDPA 3FFKB 1TL1A 4CJFA 3D2EB 3V9SA 2D0BA 1W2BM 4FJHA 4CZJA 1NM1A 3C7NB 5M1KA 4OO1J 3B6PA 4QAGA 4KAZA 3IFRA 3ASMA 2V7YA 3CXCM 3OVNA 5AZIA 3E9PA 2F8TA 1ASVA 4IFEA 2R7YA 3O8MA 3VOVA 1D8YA 1TYQA 2P9UB 3HRGA 2IOCA 1A5XA 3ZT4A 4CECA 3V9XA 2HHTA 1IKYA 2HSTA 4DF8A 3HI0A 4OKJA 1HKGA 3IDHA 1U45A 1RT1A 1JLCA 4J8FA 1BQMA 4QS9A 2GUIA 3V4IA 2HW3A 5AQVA 1VQ7N 3MX2A 4OKKA 2P9KA 3THYA 4WQ5A 4CZEA 1T44A 1KTQA 4DG1A 4FOEA 1EETA 3VF2A 2PYLA 4M3TA 2NRTA 4LFBK 4BE1A 4F8RA 4DFPA 3J7YP 1WBBA 4U67L 3I0RA 2CH6A 3NMUA 3B6OA 1NGGA 1NGBA 4KHYA 3SUNA 1EKEA 3ATUA 2WFBA 4FLUA 3L6QA 3VGKA 2JLEA 4FJ8A 1DT9A 1X9JA 4IOCL 3UKUB 3HOTA 2QK9A 4IFYA 2ZJQL 4FLXA 2J4RA 3ZT2A 1M90O 4HCBA 3NDKA 3P4IA 5E41A 4LF4K 1SV5A 4B1XB 4EHUA 3QB0A 3LWMA 4IG3A 1IKWA 3N4QA 4FM0A 2HVIA 1GLEG 3Q7BA 3L0QA 4ILHA 1NBWA 5AQKA 1KAYA 3RMCA 2O8BB 3QETA 3NHGA 1OH5A 3ZSQA 4YOYA 3HVRA 1HNWK 4KI6A 5TKYA 2VQEK 4CD3A 1F21A 4AHRA 4OPKA 1BI4A 1HNIA 4IXCA 3VA3A 4C23A 3NF7A 2VCPA 3VQDA 2I7NA 4OVLA 5EU7A 3DI6A 3NBPA 4BEBA 3NH1A 1YJNN 1XI1A 4JD2A 3LAMA 3C6HA 1BOTO 3ULEB 1ASWA 1QQMA 2FC0A 4CD1A 3HM9A 4JYAK 4DUYK 4BY9C 4HTLA 1XNRK 3WNEA 2FSKA 5E26A 4LH4A 3FE1A 4MLEA 3DWLA 4W5NA 1EXQA 1OKJA 2O8DB 3O9UA 4EP4A 1J5OA 4CCHA 4E7LA 2HVHA 3VERA 1C0TA 2PYJA 5FPNA 3CFPA 3O08A 3VQBA 1K8AO 4CK3A 2HB5A 3OYKA 1DEJA 4B1WB 5C10A 1JCEA 4MLHA 3MMVA 2FLOA 1ZBHA 4DQSA 3M5RA 1RT4A 4LF6K 4MDBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1VSL A;  4FWS A;  3TTC A;  5GAG P;  3E01 A;  3U8X A;  1HYS A;  3CCU N;  5JLF A;  1RT6 A;  2YKM A;  4KPY A;  1SZ2 A;  5J1E A;  2YNG A;  1NJX A;  3L8B A;  4MO4 A;  5T7B A;  3RWU A;  4BRA A;  2V7Z A;  3O3G A;  3AV9 A;  1IG8 A;  2JWK A;  4I2Q A;  2UUC K;  3A5O C;  3DRR A;  3T1H K;  2UU9 K;  4ELU A;  4Y0W A;  4B1U B;  2KLA A;  4CEA A;  1GLA G;  3U3Y A;  3J7Z O;  1D9F A;  5AZJ A;  4YOX A;  4C8N A;  2F4V K;  2HHI A;  3AGR A;  4LSN A;  3PO5 A;  4CER A;  1FKO A;  5C12 A;  3O4W A;  4JNE A;  5C0Y A;  3BF3 A;  2OPP A;  3BUZ B;  3FZH A;  3ZSW A;  1NU0 A;  5J2Q A;  3WUH A;  1U6Z A;  1GLF O;  3ZYY X;  3AO4 A;  3CJ1 A;  4CGF A;  5CYM A;  2QEX N;  1BO5 O;  1TK0 A;  3TAG A;  3V9W A;  3MCA B;  1K8K A;  1RTJ A;  3WXJ A;  4BRI A;  1CXQ A;  4KTQ A;  4E1M A;  4X62 K;  2NZT A;  4G1Q A;  4FJM A;  3HL8 A;  4ELT A;  1VQM N;  3K57 A;  4IZ9 A;  4M7X A;  4CIG A;  1HPZ A;  5AQZ A;  1Z6R A;  3MN6 A;  2I7P A;  3H3N O;  3DJC A;  4KBO A;  3ATV A;  3U9Z A;  3WXL A;  3S3O A;  2X6S A;  4B3M K; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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