1TYQB

Crystal structure of arp2/3 complex with bound atp and calcium
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
208
structure length
208
Chain Sequence
VLTLYAQGLLTGVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPRR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S2 (164-170)TIV1 (160-163)TIV2 (169-172)S3 (173-174)TI1 (175-178)TI2 (176-179)EMPTYAH2 (186-200)S4 (180-182)S1 (154-159)AH1 (143-149)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein
publication title Crystal structures of actin-related protein 2/3 complex with bound ATP or ADP
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
total genus 57
structure length 208
sequence length 208
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1tyqB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1tyqB02
4FPAA 1NGBA 3DWLA 2E1ZA 2GUPA 3L0QA 3HZ6A 3O4WA 3ID8A 2E20A 4BC3A 2ITMA 2Q1NA 3IUCA 5AQWA 4EHTA 2GWJA 4CZKA 4H03B 1BU6O 1EQYA 5ADXA 1H1VA 2GTDA 4IO8A 2V7ZA 3FZLA 3UKUB 3O1BA 2V51B 3FR0A 1KAXA 1QQNA 2HF3A 3GG4A 5AFUH 2YI1A 2KHOA 3VENA 2D0PA 3FZKA 2YHWA 4FWNA 3GDQA 2A40A 2OANA 3AAQA 3AARA 1Q18A 5LY3A 1P8ZA 4FWLA 3SK3A 1MWKA 4I6MA 4JD2A 1ATSA 5EX5A 2AP1A 5AQUA 3UE5A 3ULEA 5AQLA 4H5RA 3BF3A 1KXPA 2IVNA 2HOEA 4GNIA 4LC9B 4A2AA 1ESVA 3H45C 3O8MA 5BRFA 2P9SB 1SAZA 4BR9A 4AM7A 4BR7A 3G25A 1QZ5A 3QMLA 3A5LC 3LDOA 3D2EB 4XH5A 4H0YB 1CZAN 1MA9B 3I33A 1C0FA 1HKBA 1JCFA 3QB0A 2FXUA 1JCGA 2WUSA 4FWQA 4BRNA 4EFHA 4CZLA 3WUHA 3A5MC 2FF6A 4WQ5C 4E1JA 5BREA 3U4LA 4PL7A 4H0TB 2CGKA 2P9UA 4MLHA 1X9JA 1C0GA 4CZFA 5B8HA 1BA0A 2P9NB 4RTFD 4BRMA 3HM8A 5AZIA 4BC4A 5BPNA 4FWOA 3CQYA 2DPNA 2QWNA 3MN5A 3CJCA 4H5TA 4PKIA 2F9WA 3ATUA 5AQNA 2FF3B 1S3XA 5LJWA 3W0LA 2E8AA 2P9SA 3O08A 2Q97A 4JN4A 5I9EB 5E84A 4QS7A 4B1YB 4BRIA 3W3DA 5ADXH 2E2PA 4CD3A 1NGGA 5KPRA 5AZJB 4CBXA 3D2EA 2BTFA 3A0IX 3HI0A 3AY9A 1HUXA 3JS6A 4HWIA 3FE1A 4H0OA 1MDUB 5BPLA 5LJVA 1NGFA 4YDUA 1ATRA 1NBWA 2P9IB 3H3OB 2QWOA 3QDKA 3SLCA 4BR2A 1NGDA 3L4IA 2IVOA 1V4TA 3A5OC 4BRPA 3F9MA 4K42A 5AQRA 3WEEB 4EHUA 4FSVA 5TKYA 2NRHA 1NMDA 3QBWA 5BPMA 3O80A 3WXJA 3CIPA 3BF1A 5EVZA 3VEWA 4FWPA 4FWMA 4IZ9A 3MCPA 4FO0A 2QWRA 1HKCA 4M63C 4WQ5A 1JCEA 3H3NO 3H46O 2NLXA 5AQTA 5AQJA 5AQSA 2D1KA 3DXKB 3WXIA 1DGKN 3EZWA 4H5NA 2W40A 1GLDG 3DXMA 2YJFA 4IJNA 3UKRB 5KPTA 3VGMA 1K8KA 3ZX2A 4M7YA 3CJ9A 2HMPA 5AR0A 3R8EA 4B1ZA 3AAPA 3SMSA 4J8FA 1U2VA 2PBDA 5AQMA 4K41A 4CZGA 5BN8A 4CBUA 1RFQA 2ZGZA 3B8AX 3LM2A 4BG8A 4BC5A 1SQKA 3CJ1A 4XH1A 2ASOA 3TPQA 3ENHA 1WUAA 2D4WA 3U9DA 2FSKA 4EIAA 3LM9A 5AQYA 3VESA 4K43A 3VERA 4AM6A 5JLHA 3VETA 4BREA 5KQ8A 3L6QA 4JNEA 4BROA 4BQLA 3C7NA 2P9KB 5F1XA 3VEZA 3LL3A 1NGCA 5AQVA 3WT0A 2VYPA 1GLBG 1E4FT 1BG3A 1WOQA 3HSCA 1DKGD 2P9PB 5CE3A 3GOIA 4Z94A 1XQSC 3FZFA 4BVPA 1GLJO 4DQ8A 3VOVA 3UKUA 2V52B 3CETA 5KPZA 1NM1A 3DJCA 3S41A 3SJHA 3IDHA 4WYBA 4FWSA 3ZETB 2GELA 4H0XB 4BRAA 1T6CA 1NGIA 3O6WA 2A42A 3J8AA 3KVGA 2QWLA 2E2OA 4MO4A 3VPZA 4B1VA 3HTVA 3ZEUB 5FPDA 3C0BA 4JAXA 3RSEB 3D7EO 3EKSA 1BOTO 4FL9A 2FLOA 3MK6A 2ZF5O 1MWMA 2PAVA 2P9LB 5JLFA 4JHDB 3BEXA 4F9OA 3R6MA 2CGLA 3VGKA 4XEIA 2BUPA 3FZMA 1KAYA 3M3ZA 4H5WA 4RWTA 5EY4A 3IFRA 4M7XA 3H1QA 4CD1A 2CGJA 3BP8A 4RCHA 2UYTA 1TUYA 2ASMA 4B9QA 4BVOA 1Z6RA 4H0PA 4PKHA 2EWSA 1ATNA 1NGAA 5AQXA 1QHAA 1GLEG 2P9NA 1IG8A 1ZC6A 3CI5A 3WXKA 4BRGA 3QBXA 1OKJA 2I7NA 1NWKA 2GEMA 1XUPO 4FWKA 4BRDA 2QWPA 2NZTA 2CH6A 3CJBA 3CJAA 2D0OA 5JICA 3MDQA 1YAGA 4GY2B 5AQQA 3GE1A 2YHXA 1SZ2A 5AZJA 4WQ4C 2GWKA 1YVNA 2FSNA 3LDLA 3VF4A 3FLCO 4BRHA 4H0VB 4QS8A 4IJAA 3CJ7A 4Y0WA 2V7YA 4EAHD 1TUUA 2P9IA 2Q31A 2A5XA 1S22A 4ISEA 3A5NC 4B1UB 4I6MB 4JD2B 3JXUA 3IMXA 3WEEA 3ULEB 3VEOA 1NGJA 1BWFO 3WQUA 1ZBSA 4DB3A 1NLVA 5BRHA 1RDWX 1T6DA 5FPMA 3EN9A 1NGHA 3OHRA 2ZGYA 3ATVA 4BQZA 4A2BA 4BRCA 4K25A 2W41A 2ASPA 2QWQA 4O8KA 1E4GT 1X3MA 5F0XA 3DXKA 2QW9A 2VCPA 4KBOA 1GLFO 4BR0A 2QXLA 2P9UB 3R9PA 4ISFA 4BRLA 3SMPA 5ELZA 4A61A 3UKRA 3U8XA 3VEXA 4CZIA 1ZXOA 3QFPA 4HTLA 2Q0UA 4CZEA 4FPBA 5E26A 3H1VX 3CERA 4YDUC 2Q0RA 5AQFA 5AZIB 2YJEA 5BR9A 3FFKB 4IWVA 4CZJA 4DHYA 4WQ4A 3GBTA 4NB4A 3LDNA 4XH4A 1LOTB 4L3QA 1T44A 3VEVA 2YCHA 4FOEA 4BGBA 3D2FB 1TYQB 4BGAA 3EO3A 4BRKA 3QICA 3H6EA 1G99A 2H3GX 5AQOA 2E1YA 5KQDA 4MO5A 1U6ZA 3FZHA 3I8BA 2P9KA 3GL1A 2YHYA 5FPEA 1D4XA 1BO5O 3MMVA 2HF4A 3UB5A 3EKUA 2A6AA 2IIRA 2E2QA 2Q2RA 2CH5A 5BN9A 4H5VA 2F9TA 4BR4A 4B1WB 4O5FA 4B1XB 1GLLO 3A8YA 1DEJA 2E88A 4FOIA 2P9PA 5BRDA 2A3ZA 2I7PA 5AQKA 1QQMA 3CQXA 4BRFA 3CHWA 5F2RA 1Y64A 3O1WA 1LCUA 2AA4A 3ENOA 2ZWHA 3U9ZA 3VEYA 4DCHA 5AQPA 5AFUA 1XC3A 3VF6A 1X3NA 3HBTA 3MN9A 3ZETA 2QWMA 3EL2A 4BR5A 3FGUA 1HPMA 2A41A 1RGIA 3WQTA 3BUZB 4ISGA 3ZEUA 3D2FA 1TYQA 5EOYA 2E2NA 3RSEA 1NGEA 5AQHA 2IVPA 4PL8A 3WXLA 1BA1A 3DXMB 3M1FA 5FPNA 3ZX3A 4A62A 4CZHA 1HJOA 2VWBA 2P9LA 4CBWA 3DAWA 4JHDA 5JMVA 1HLUA 5AQGA 1K8KB 4BC2A 3QFUA 4PKGA 1HX1A 1J6ZA 1IJJA 1HKGA 3TU5A 1BDGA 1U2VB 3MN6A 5AQZA 3LDPA 1QZ6A 3KHYA 3VGLA 1KAZA 1Z05A 3P4IA 4NO7A 1BUPA 1GLCG 3MN7A 5EXWA 2FSJA 4BRQA 4MLEA 3LDQA 2J4RA 4C23A 4CI6A 1V4SA 3KZBA 4IXCA 1GLAG 3M6GA 5AQIA 3O5BA 1R59O 2Q36A 1YUWA 3ZX0A 4CJ7A 2QM1A 4CZMA 3VF2A 1YXQA 4QS9A 1QQOA 3C7NB 4FWRA 4BG9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KKZA 3O9TA 1BGXT 2QA4N 3L0QA 4KH5A 3HZ6A 5DK5A 2E20A 2ITMA 3HK2A 4K8XA 3CMAN 3S9HA 4CZKA 4M45A 1BU6O 1EQYA 1CXUA 2ZJQL 2OTLN 4CHYA 2GTDA 3EEQA 3P31A 3VTHA 3LAKA 3K9KA 2V51B 2KZZA 4FK0A 4OLBA 3GG4A 2YI1A 2KHOA 4JEPA 4PHTX 4FWNA 1CZBA 3OTOK 4FWLA 1MWKA 5EX5A 5AQUA 5AQLA 3SAGA 2XY8A 3AVGA 3BF3A 4GNIA 4LC9B 1C0UA 2WC9A 1ESVA 3PY8A 3SQ1A 4KFBA 2HNZA 3CM5A 2A1SA 3QMLA 3A5LC 3OYDA 4XH5A 1L3UA 1JL1A 2FXUA 4JKDA 1LAVA 4BRNA 3FFIA 4EFHA 4GMJB 4CZLA 2FF6A 4CEAA 4YOXA 4PL7A 4MQ3A 3U4LA 3AA2A 3NGYA 1WB9A 2P9UA 5C24A 1SL0A 4H4MA 4NXMK 5B8HA 4KHSA 3DI6A 3MEDA 1S1XA 1S5JA 3MX2A 1MU2A 1D9FA 4O44A 4RTFD 4B3SK 3QETA 4TSXA 4FWOA 3CQYA 5AJ3K 4J2DA 3ATUA 4C1NI 4GVMA 3W0LA 3CCMN 4EP5A 1RT5A 3U6FA 3QINA 4CD3A 1KVCA 4FJ7A 4OKKA 3D2EA 3SV4A 4DR4K 5JS1A 3K2PA 2BTFA 3A0IX 3PIPL 3AY9A 3KK2A 4WFNL 1JKHA 2OPSA 1WSGA 5C15A 4CEFA 3OYAA 5H1SQ 4CHZA 3HPOA 4KI4A 3L4IA 2IVOA 4O4GA 3CCLN 4OPHA 4ZTJA 1HQEA 3THWB 3WEEB 2G8IA 4EHUA 5FRNA 4L8RB 4KHQA 5J2PA 3O80A 5GAGP 1WSIA 3AVIA 2YNGA 4FWPA 4DQSA 2OYQA 4WQ5A 3KTQA 2W6KA 1OH6A 2NLXA 5AQSA 1HRHA 1C1CA 1DGKN 3EZWA 2KQ2A 4IEEA 5HBMA 4H5NA 2W6LA 2W40A 3AVKA 3HVRA 1U47A 3IS9A 1BCOA 4KKOA 4DSEA 4CJKA 5D3GA 1T3VA 1RTIA 3NH1A 3NVMA 2RHKA 2OPRA 3C6AA 5AQMA 4K41A 5BN8A 3LM2A 3MXMA 4FVMA 1WUAA 3T3FA 4BWJA 4EIAA 4B08A 3OS0A 1RT6A 2HHQA 1TV6A 2ATQA 4E7HA 1UAXA 4AM6A 3WNGA 2HB5A 4BDPA 3DLKA 3VETA 4BREA 5KQ8A 3O3GA 2UU9K 1RILA 1WAJA 4B9SA 2D0AA 3C7NA 4E0DA 2P9KB 3G6EN 5GIPA 4KRFA 5LMUK 3QIPA 3VEZA 4G9ZA 1VQNN 1LWCA 1NKEA 5AQVA 1WOQA 4K0KK 3UIQA 3C95A 5CE3A 3MXIA 4DR1K 2QKBA 3IKMA 1GLJO 4DQ8A 3OBYA 4WFAL 3CETA 4KTWA 2PYJA 5JS2A 3S41A 3SJHA 3KLEA 4KB0A 2GELA 4H0XB 4ILJA 2UUBK 4BRAA 4E7JA 4LFCK 1HNVA 2IS3A 2E2OA 2ZQBA 3VPZA 3AA4A 3U3GA 5FPDA 4CECA 3F2KA 4FL9A 4X66K 3MK6A 2PAVA 2P9LB 2KW4A 4JKFA 3M8SA 4AQYK 4I9QA 3FZMA 1KAYA 2YNHA 1SV5A 3OYNA 1S6PA 1YHQN 2VGNA 1RDAA 3O9SA 3L2RA 4RW8A 3IFRA 4NLCA 2O8EA 4CD1A 1RDDA 2UYTA 4JK8A 3DLBA 2ASMA 3QEVA 3K5MA 4PKHA 3KWGA 1SKWA 4C8MA 3LANA 4LH5A 2P9NA 4BRGA 3HT3A 2E5LK 4FZXC 2F4VK 5M1QA 1QS4A 4CGDA 3M5RA 4BE1A 2VWJA 3NGIA 3THVA 1QSSA 2ZJRL 3TWHA 2WONA 1SL1A 4CEDA 4JKHA 4O8UA 3P83D 1YAGA 3KD5E 5AZJA 3OYHA 4QS8A 3KLGA 3CJ7A 1HJRA 3VQPA 3MXJA 3SCXA 3NMUA 5J1EA 1B92A 1TUUA 3C6HA 3F5TA 1L3TA 4ISEA 3A5NC 3JXUA 3IMXA 1WNSA 4DR6K 3HRGA 1X9WA 3CPWM 3AVAA 4KH6A 3HYFA 1N36K 1C1AA 4YOUA 3NF7A 2F8TA 4NCGA 3KD1E 4K25A 4CESA 2W41A 4BDYA 1XNRK 3I0RA 4N76A 1E4GT 3SNNA 4JYAK 3LPTA 1GLFO 2QXLA 2P9UB 4HVJA 2HHXA 1RT4A 3SMPA 3OJUA 1WSFA 3TI0A 3S3NA 2GV9A 4CF0A 1WBBA 5C12A 4IFVA 5E26A 4FLZA 4YDUC 2YJEA 5CYMA 1RBTA 1FJGK 4CZJA 4DHYA 4WQ4A 3BGRA 1LOTB 2DFHA 4FK2A 1EXQA 3ULDA 4DR3K 1ZBUA 4PY5A 1RT2A 1TYQB 1JXBA 1U04A 4CEBA 2H3GX 2YHYA 3KJVA 4GKKK 5BN9A 4YOTA 1ZBLA 3SBTA 1DEJA 5HP1A 1TKXA 1UA0A 1JLEA 1K6YA 2XRIA 2P9PA 3SUPA 2P51A 5AQKA 5M1KA 1N8RO 4M3XA 1FK9A 2YHAA 3B6OA 4BRFA 1RT1A 3U9ZA 3VEYA 1IO2A 5AQPA 4M3ZA 1XC3A 3VF6A 2NUBA 2QWMA 3KIOA 1EWQA 1YITN 3NDKA 5FROA 1BIUA 1YF5L 4FJLA 1EWRA 3BUZB 3WQTA 5EOYA 2E2NA 1NGEA 5AQHA 3L8BA 2X74A 5LL6Z 3E66A 4CZHA 1J54A 4EP4A 4CBWA 1VSIA 3T1HK 1YI2N 5C42A 5I3UA 5M1NA 1HX1A 4DSLA 3TU5A 1BDGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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