1U2VB

Crystal structure of arp2/3 complex with bound adp and calcium
Total Genus 57

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
204
structure length
204
Chain Sequence
YAQGLLTGVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPRR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYS4 (180-182)S1 (154-159)TI2 (160-163)AH1 (186-199)TIV1 (169-172)TI3 (175-178)TI4 (176-179)S2 (164-170)S3 (173-174)TI1 (147-150)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein
publication title Crystal structures of actin-related protein 2/3 complex with bound ATP or ADP
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-Related Protein 3
total genus 57
structure length 204
sequence length 204
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1u2vB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1u2vB02
1BA0A 3FGUA 4BQLA 4H5TA 5AQTA 2J4RA 1DKGD 4FWQA 5EVZA 2P9NA 4BRMA 1GLEG 3FZMA 4H0OA 4L3QA 1HPMA 2CH5A 3D2FB 4FWPA 3KZBA 3R8EA 2ITMA 3WXLA 1Z05A 3M1FA 5EXWA 1U2VB 3BP8A 4JAXA 3VETA 3EL2A 3D2EA 5F2RA 5AQKA 1BUPA 3FZKA 4CJ7A 1BO5O 1MDUB 1ZC6A 4RCHA 2CGKA 3O4WA 4CI6A 1NGIA 2Q1NA 2A42A 3MN9A 4B1ZA 3A5OC 4BC2A 4ISFA 1KXPA 3EKSA 5AQQA 2A41A 5E84A 1IG8A 2FXUA 4CZGA 1NM1A 3O5BA 3SLCA 4A2BA 1T6DA 3H1VX 2YI1A 3CQXA 3ZX0A 2KHOA 4XH1A 3EKUA 4BRKA 2E20A 2I7NA 4JHDB 5F1XA 4PKHA 1NGBA 1NGEA 2E1ZA 3ZX3A 1NMDA 3UKRA 3VGKA 2H3GX 4GNIA 1C0GA 1GLDG 4O8KA 4BR9A 4M63C 3KHYA 1GLLO 5AFUA 3CIPA 4MLHA 1NGGA 3D2FA 4BRGA 2DPNA 3TU5A 3DXMB 4WYBA 5FPMA 3ULEB 5TKYA 2ASPA 1WUAA 5LJWA 1U2VA 3GOIA 4CZMA 1MWKA 4H5WA 3EZWA 1R59O 2QWQA 1TUUA 4RTFD 3LDPA 1YVNA 3A0IX 3CETA 4DHYA 5AQNA 1ZXOA 4FO0A 3MN7A 3GDQA 3VEZA 1HJOA 2D1KA 1GLAG 2FSJA 4Y0WA 5AQSA 3BUZB 4O5FA 4BC5A 2F9TA 2FSNA 1C0FA 3R9PA 1QQNA 4JD2B 3SMPA 1E4FT 1NGFA 4BRDA 1TUYA 3FLCO 4JHDA 3IMXA 3LM2A 3OHRA 5AQUA 4CZLA 4Z94A 3ENHA 5AQRA 4AM7A 2V7YA 5AQVA 4CZIA 5BRDA 1T44A 1QZ5A 3IUCA 1TYQB 1RGIA 2QWPA 2E1YA 4PKGA 2NZTA 3LDLA 4BREA 3EO3A 4H0YB 5AQOA 3DXMA 1E4GT 3AARA 4BRAA 2FF6A 1GLBG 3U4LA 3FE1A 3TPQA 3ULEA 3WQTA 4C23A 3WXKA 1JCEA 3H6EA 2E8AA 3ATVA 4A61A 3UB5A 2PBDA 1YUWA 2HOEA 2ZF5O 2HF4A 1KAXA 1Q18A 1GLFO 2IIRA 4WQ4A 4XEIA 5AQMA 4BRCA 1GLJO 2Q31A 1QHAA 3CJ1A 4FWLA 1BOTO 5AQPA 2FSKA 2VYPA 1SQKA 3VF4A 1DGKN 3A8YA 3SK3A 4CD1A 4JD2A 2GELA 3O08A 4H5NA 3VPZA 3VGMA 4I6MA 1HKGA 1QZ6A 1SAZA 3CHWA 4WQ5C 4AM6A 1GLCG 1ATNA 4FOIA 4BRQA 2NRHA 3J8AA 4IJNA 3U9ZA 5FPNA 3LM9A 1HX1A 5FPEA 3ATUA 1U6ZA 4H0XB 1BA1A 4IO8A 3C0BA 3O80A 1HUXA 3MDQA 1RDWX 3VGLA 3DJCA 3VENA 1BU6O 2V7ZA 1BWFO 2P9LB 2FLOA 3CJCA 5AQWA 3I33A 1NGDA 3VEOA 2QWLA 3QB0A 3WEEB 3FZFA 1S22A 3IFRA 2P9PB 2Q36A 5ADXA 1DEJA 3WXJA 2P9KB 3SMSA 1ATRA 1V4SA 5BPLA 1XQSC 5AQHA 5KPRA 4BR0A 1JCFA 3W0LA 3ZETB 1D4XA 2A5XA 2NLXA 3U8XA 4IWVA 2P9IB 4MLEA 4BR4A 4BQZA 3BEXA 4YDUA 4RWTA 2AA4A 4FOEA 3RSEB 1ATSA 5KPTA 4EHUA 2IVNA 4K25A 3DXKB 4K43A 5AQJA 4FWOA 4B1VA 3SJHA 1NGAA 3CJ9A 3LDNA 2GWKA 2YJEA 1HLUA 3U9DA 3H46O 5BN8A 4ISEA 3DAWA 4HWIA 1HKBA 3CERA 1X9JA 5FPDA 3A5NC 4E1JA 3S41A 2Q0RA 3O1WA 1EQYA 3AAQA 3CI5A 1MWMA 3VEXA 3QBXA 4BVPA 1WOQA 3GG4A 3LDOA 5BN9A 3VEWA 5EOYA 4MO4A 4M7XA 2QM1A 3JS6A 4BRFA 1K8KB 1NGJA 2A6AA 2P9LA 4FPBA 3VERA 5AQIA 5BREA 5I9EB 3DWLA 4DCHA 4LC9B 4A62A 3QBWA 2D0OA 3WT0A 3O1BA 1XUPO 2P9KA 3HSCA 5AZJB 4GY2B 3QFUA 3VF6A 3I8BA 4NO7A 4QS7A 4BGBA 2E88A 3CJBA 2CGJA 5AQGA 3AY9A 3ZETA 3FR0A 4BR2A 5F0XA 3MMVA 4BRLA 4BROA 2P9IA 1RFQA 2F9WA 3RSEA 1YXQA 3QICA 4CZJA 1CZAN 3ID8A 1LOTB 1ZBSA 2AP1A 3H45C 3MN5A 4IXCA 3ZEUB 4DQ8A 5AQZA 2ASMA 2QWMA 3GE1A 3L4IA 4K41A 4BRNA 2E2QA 5AR0A 4CZKA 2A3ZA 2A40A 4BRIA 5B8HA 2ZWHA 2GTDA 4PKIA 5AQXA 4CBXA 3ENOA 4CBWA 1KAYA 4FWSA 3CJAA 1JCGA 5AQLA 5AFUH 1ESVA 3VF2A 5AQYA 5AZIB 1NWKA 4BC4A 2D4WA 2VCPA 4J8FA 4FWMA 2YHYA 3C7NB 3LDQA 4BRPA 3JXUA 2WUSA 4BRHA 4B1WB 3BF1A 2E2PA 3UKUB 2Q2RA 5JICA 1K8KA 1NGHA 2QWOA 4H03B 1IJJA 4K42A 4FWRA 2VWBA 4KBOA 2QW9A 3FZLA 5EY4A 5AQFA 5AZJA 3VESA 4CD3A 3EN9A 2P9UB 1TYQA 3GBTA 5LY3A 5BPNA 2CH6A 2ASOA 4XH5A 1X3NA 4BVOA 1X3MA 2E2NA 1T6CA 2PAVA 3VEYA 3ZX2A 1OKJA 3VEVA 4FL9A 4B1XB 2GEMA 3R6MA 2P9SB 2IVPA 1SZ2A 1P8ZA 3ZEUA 5BRFA 5E26A 3MK6A 4QS8A 3CJ7A 3H1QA 3HM8A 2GWJA 3M3ZA 4BR7A 4BR5A 2QXLA 3O6WA 4IZ9A 1MA9B 4FSVA 2YHXA 3LL3A 3B8AX 2D0PA 3MN6A 2I7PA 3P4IA 2YJFA 4WQ5A 1YAGA 5AZIA 3WXIA 4B1YB 1Y64A 4DB3A 3C7NA 2FF3B 2EWSA 2OANA 4MO5A 2Q0UA 2W40A 2ZGYA 3QFPA 2CGLA 4BG9A 3UKUA 5JLHA 1NGCA 3HBTA 4CBUA 2W41A 4A2AA 3UE5A 3FZHA 4B1UB 4BG8A 5CE3A 3M6GA 1XC3A 2QWRA 4NB4A 2GUPA 3H3OB 3CQYA 4CZFA 3HTVA 1NBWA 4FWKA 4M7YA 4FWNA 1BDGA 2P9UA 3WUHA 3D7EO 4CZEA 2P9NB 1S3XA 4H5RA 4JNEA 5BPMA 5JMVA 1G99A 4H0TB 4PL7A 3WEEA 1NLVA 2UYTA 4H5VA 2P9PA 3KVGA 2P9SA 3AAPA 4PL8A 1BG3A 3GL1A 5ELZA 4B9QA 4YDUC 3BF3A 5KQ8A 4XH4A 1QQMA 5LJVA 4H0PA 1LCUA 5JLFA 3D2EB 5KPZA 4EHTA 5BRHA 2BUPA 3O8MA 2IVOA 3HZ6A 4WQ4C 4QS9A 4EAHD 3VOVA 4JN4A 4BGAA 4CZHA 4F9OA 2HF3A 3L6QA 3DXKA 2YHWA 4I6MB 1J6ZA 2QWNA 2HMPA 2ZGZA 1Z6RA 5BR9A 3IDHA 4BC3A 4FPAA 5ADXH 4HTLA 5KQDA 3F9MA 1KAZA 3WQUA 2YCHA 4IJAA 4EIAA 1QQOA 2V51B 3G25A 4EFHA 2V52B 1HKCA 1H1VA 3H3NO 3W3DA 3A5MC 2BTFA 1V4TA 3FFKB 3HI0A 4H0VB 3A5LC 4ISGA 5EX5A 3L0QA 2Q97A 3QMLA 3MCPA 3QDKA 2E2OA 3UKRB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AQYK 4DS4A 2F96A 4YOVA 4FWQA 3MX5A 5EVZA 3RTVA 2P9NA 5FRMA 4H0OA 4L3QA 2CH5A 2HBMA 3D2FB 4ZTFA 1T7PA 3KZBA 1EP4A 5EXWA 1JLGA 3BP8A 1B9DA 5J2PA 1Q9XA 4RCHA 1MDUB 3AO5A 2CGKA 3SQ0A 4Q5VA 1QE1A 5KRSA 1NGIA 1T05A 4KV8A 2A42A 4B1ZA 3A5OC 1IBKK 2KW4A 4LF7K 2QKKA 3EKSA 4IG0A 3LANA 4CF0A 4IEIA 5E84A 3G4SN 3MWTA 1YT3A 4CGIA 1N36K 1K8AO 4N56A 5JS1A 3KLHA 1T6DA 3H1VX 2YI1A 4KFBA 4XH1A 2OPPA 2I7NA 1NGEA 3UKRA 3VMFB 1HNWK 3VA3A 3OYDA 4GNIA 2OPSA 3QIPA 2O8CA 4BR9A 4M63C 1OH7A 3CIPA 4MLHA 4FVMA 1KCFA 4WYBA 1G15A 5FPMA 4J2BA 1IH7A 3HPOA 5TKYA 4LF8K 3CD6N 4CZMA 4XJXA 1YJWN 1NK0A 4JKCA 3NGYA 4Z0UA 1R59O 1TUUA 4EZ6A 3L2WA 1IV0A 1ZYQA 1GOAA 3CETA 4DHYA 3KK2A 1HRHA 5HLFA 1KD1O 1X9WA 3ITHA 2P1JA 3NGZA 4DKWA 3GDQA 2D1KA 1GLAG 1WAFA 5AQSA 3BUZB 4O5FA 3TTFA 4KHQA 2A1SA 3SMPA 3SUPA 2DY4A 1NGFA 4BRDA 5J2MA 2E5LK 1W7AA 4JHDA 1NU0A 4DR7K 4CZLA 1N32K 1N6QA 4DSJA 5HRRA 4AM7A 2A1RA 2R7YA 4DF8A 1ASUA 1TYQB 2I5JA 3KD5E 2QWPA 2E1YA 3K5OA 3TAEA 1NNEA 3FFIA 3EO3A 4H0YB 2G8IA 2YKMA 3DXMA 1E4GT 1C1BA 2FF6A 3FE1A 3F9KA 4C23A 1RTDA 1JCEA 4OO1J 3SBGA 2PBDA 4M3TA 1YUWA 4ICLA 2HHUA 1TK0A 3UIQA 2ZF5O 2HF4A 3RMCA 4BRCA 3LPUA 1GLJO 2QEXN 1JLCA 4KHSA 1YITN 1VSIA 1QHAA 4CJUA 2VWKA 4B9UA 5MLCQ 5HL7L 4CE9A 4CJRA 2FSKA 1YIJN 2LSNA 4DV5K 4X65K 1TV6A 1JLFA 1RT6A 4Z4GA 4CD1A 4FJIA 4JRPA 3CC7N 3R1XA 1QZ6A 1SAZA 4YOUA 1RBUA 4NYFA 1UWBA 1NOYA 2Z1IA 5KI6A 4BRQA 4FXDA 1NOZA 4IJNA 3K5MA 5HRSA 1RDCA 3SZ2A 3MEDA 3K9KA 4DV3K 3DJCA 3K5NA 3CJCA 1U48A 1RDDA 4CESA 1LW2A 3QB0A 3WEEB 3CM5A 3IFRA 2P9PB 2W6LA 4DV2K 1HNIA 2P9KB 1C1CA 5M1OA 1J5OA 3DLEA 4B9SA 2X74A 4WE1A 5GAEP 3SQ1A 3TABA 4BR0A 5I42A 1JCFA 3ZETB 3TSUA 4FCYA 3CC2N 4R79A 1VK0A 4CJVA 1YTAA 4FJMA 4OPAA 1DTQA 4RWTA 2AA4A 4W5TA 1ATSA 2ETJA 4M41A 1JLQA 5T7BA 4BWMA 2BH1A 1S9EA 4O0IA 3MX2A 2YJEA 3U9DA 1HLUA 3SQ4A 4KAZA 5BN8A 3DAWA 4KB1A 3SUNA 1E3MA 3NVKA 4OJRA 1FKPA 2NRZA 3O3GA 2WTUA 3QBXA 4BVPA 4CFDA 5GIOA 4GW6A 4NYNA 4B8CA 4MO4A 4M7XA 2QM1A 2ZM6K 5BREA 1K8KB 1NGJA 2A6AA 4FPBA 4DFPA 1QTMA 5DK5A 4DCHA 4A62A 1RBVA 3HSCA 3G6EN 3I8BA 3OS2A 4B3SK 2E88A 3CJBA 2CGJA 3HT3A 4CECA 2HBLA 4BR2A 4YNQA 4DS5A 3OYKA 1YJNN 3AGKA 1C0MA 4JKHA 4DWIA 3OYLA 5GIPA 3QEVA 4FJGA 3K57A 4YOYA 1XWLA 1ASWA 3OVNA 3T1HK 3Q7CA 2XRIA 5HRPA 5C0YA 3T1YK 1YHQN 2QWMA 3GE1A 4DSEA 2E2QA 5CZ1A 2NRVA 4BRIA 4LH4A 4FW2A 3DLBA 5B8HA 2ZWHA 4PKIA 4CBXA 1TVRA 4FWSA 3CCUN 1ESVA 3ZSWA 3TI0A 3OY9A 1NG9A 4DR3K 3SJJA 3B6PA 5SZTA 3DOLA 4DTXA 3THYA 5C25A 3LP3A 3C7NB 1S1XA 2HHIA 3LDQA 4JKFA 3JXUA 5J1EA 5GADP 2NUBA 2E2PA 2QWOA 1X9SA 4AHTA 4EZ9A 4K42A 3TANA 4KBOA 2QW9A 3O9SA 5EY4A 5AQFA 4J2AA 3OJUA 2UXDK 5AZJA 2XY5A 3TARA 2P9UB 4LD0A 5LY3A 1VSJA 4YOWA 2CH6A 4JKGB 4XH5A 1XI1A 2E2NA 4BY9C 3R6MA 2IVPA 3THWA 4OLAA 4V19S 4N41A 4DV6K 5CHIA 1P8ZA 1JL1A 5E26A 3MK6A 4QS8A 4KB0A 3SPZA 3H1QA 4BR7A 2GWJA 1BIZA 1MA9B 3LAKA 3DRSA 1M90O 4DQQA 3C65A 3MN6A 2EX3A 3LAMA 4ILGB 4KPYA 4WQ5A 1YAGA 3WXIA 4B1YB 1GOCA 1Y64A 2FF3B 3OBYA 2NRWA 2Q0UA 2W40A 1UA0A 4BG9A 3VTHA 1S1WA 3UKUA 5JLHA 3ZYYX 2DTUA 3HBTA 3P39A 4NLCA 3LWLA 2B5JA 2W41A 3IRXA 4A2AA 5CE3A 3S3NA 4Y1DA 3E1YA 3MEEA 1UA1A 2RF2A 4CIGA 4X62K 3H3OB 4CZFA 2HBJA 4CK2A 1U04A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3VQP A;  3SUO A;  1DT9 A;  4IO9 L;  3N4P A;  4B1U B;  4BG8 A;  3P31 A;  4N76 A;  3NF9 A;  1OVQ A;  1S5J A;  4NB4 A;  4M3Z A;  3C94 A;  1CZ9 A;  3WUH A;  3S5T A;  3TAF A;  4RG8 A;  2YNF A;  2X6S A;  4PWD A;  3KK7 A;  5KRT A;  4E7H A;  4H5R A;  5JMV A;  4KTZ A;  4JKB A;  3AVL A;  3WEE A;  4AHS A;  2O8F B;  2P9P A;  3AAP A;  3GL1 A;  3J7Y P;  4CHY A;  3CXC M;  1VRU A;  4XH4 A;  3WXM B;  1SL1 A;  1BCO A;  1L5U A;  2IC3 A;  3PLA A;  3HZ6 A;  4WQ4 C;  3PX4 A;  1RNH A;  3AO2 A;  4JS4 A;  5LMU K;  4BGA A;  4E1N A;  4CZH A;  3V9U A;  4F9O A;  3M8S A;  3ZT2 A;  4DV1 K;  3L6Q A;  2F8T A;  4KRF A;  1TL1 A;  2QWN A;  3AO1 A;  3DMJ A;  3LZJ A;  4FJJ A;  4KTW A;  2HMP A;  4F3T A;  2O8D B;  2KQ2 A;  3JYT A;  5J2N A;  4HTL A;  3VQB A;  3KD1 E;  3WQU A;  1IKV A;  4PQU A;  1HR0 K;  4CEE A;  4AHV A;  1BQM A;  3SAF A;  3HYF A;  3H3N O;  3T1A A;  4ISG A;  3DYA A;  3HI0 A;  2XHB A;  1WBB A;  4H0V B;  3A5L C;  1BI4 A;  1U45 A;  4JI1 K;  4A5A A;  4IOX A;  4YDU A;  3DLH A;  4YHH K; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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