1Y64A

Bni1p formin homology 2 domain complexed with atp-actin
Total Genus 76
5010015020025030035001020304050607080
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
369
structure length
356
Chain Sequence
ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHR
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structural basis of actin filament nucleation and processive capping by a formin homology 2 domain
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 76
structure length 356
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1y64A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1y64A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1y64A03
4FWRA 3UKUB 3MCPA 4A2BA 3S41A 1ATSA 3HI0A 4F9OA 5EXWA 2A42A 3VEXA 4PKGA 4ISEA 1GLLO 4JD2B 2ASOA 3EKUA 3IDHA 3JXUA 4CZHA 4BRCA 2D0OA 4MO4A 3TU5A 3DXMA 5AQZA 5TKYA 3QFUA 1XC3A 3FFKB 4BVPA 5AQHA 1NGFA 3WQUA 1HJOA 2YHXA 1CZAN 3QB0A 1QQOA 3M3ZA 4A61A 2P9NA 4H0VB 4BG8A 4QS9A 3ID8A 2Q0RA 5BPNA 3DXKB 3HBTA 4CI6A 4BRPA 1DKGD 2Q97A 2E2NA 1BUPA 3QMLA 4ISGA 4IO8A 1NM1A 4BRKA 4CBWA 3J8AA 4B1UB 3ZX0A 3WXLA 4FOIA 5EOYA 4WQ5C 1SQKA 3G25A 1BA1A 4EFHA 1NGJA 1SAZA 5AQSA 3R8EA 1TYQA 2VWBA 4B1WB 1IJJA 5FPNA 2ZWHA 4GNIA 4BR4A 3UKUA 2QWQA 3L6QA 3HZ6A 4FO0A 4PL7A 3O4WA 1P8ZA 4GY2B 2QWRA 1NLVA 1NGEA 1HKCA 2EWSA 2YCHA 3EKSA 3CI5A 1ATRA 2V51B 2P9UB 2ZGYA 2IVPA 3JS6A 3VEYA 4H5WA 3ZX2A 3CJCA 1HPMA 2E1ZA 3MN6A 3GG4A 3VEWA 5AQRA 1SZ2A 2BTFA 2WUSA 3BF1A 4H0XB 2PBDA 3CJ9A 4NB4A 4BRGA 3EN9A 2Q31A 4RTFD 1KXPA 2YHYA 2E1YA 3HM8A 3DXKA 4HWIA 4O5FA 4B1YB 4JAXA 4B1ZA 2GTDA 4BROA 1X3NA 5JLFA 4RWTA 4FWNA 3M6GA 4HTLA 3ULEB 2CH6A 3MMVA 5ADXA 1KAZA 2P9SB 4XH5A 1HLUA 2VCPA 4E1JA 4FSVA 4CD1A 1NGCA 3A8YA 4RCHA 4BQZA 4M63C 1BA0A 2HF3A 3FE1A 4H03B 4FOEA 2A41A 3VENA 3CJ7A 4H5NA 2D1KA 4BGAA 3CHWA 5AQVA 2H3GX 2BUPA 5BRHA 4XH1A 1V4TA 2P9UA 5JMVA 3I8BA 3FGUA 4PL8A 5AFUH 4B1VA 3SMPA 3A5OC 1K8KB 3ZX3A 4FWSA 2W41A 2YJFA 1RFQA 1GLAG 3CQXA 3KZBA 1J6ZA 4A2AA 4B1XB 3QBXA 2D4WA 2HOEA 5EY4A 4QS8A 3WQTA 3WEEB 3FLCO 1T6CA 3H46O 1T44A 2QM1A 1Y64A 2CGLA 1QQNA 3EO3A 1EQYA 4K25A 4BC3A 3FZHA 3HSCA 4BR2A 1NGIA 3IUCA 4JNEA 2ASPA 5AQLA 2V7ZA 1S22A 5AR0A 2P9PB 3CIPA 4AM6A 3FR0A 3H6EA 2P9SA 3D2EB 2GWKA 3C7NB 1BDGA 2QWOA 2FF3B 1QHAA 5AQQA 4A62A 5BPMA 1Q18A 4H5TA 3TPQA 2ASMA 3DJCA 5AQMA 3ZEUB 4CJ7A 5LJVA 2E20A 5AQOA 4CZIA 5AQJA 4CZKA 4WQ5A 1K8KA 3WXJA 1IG8A 2Q36A 1QZ6A 1XUPO 3CJAA 5AZJA 1QQMA 1HKBA 2QWPA 1C0FA 1MDUB 2I7PA 4DQ8A 3U4LA 5EVZA 5LJWA 2A6AA 2V52B 2FLOA 3WEEA 1E4FT 2UYTA 2CGJA 3A0IX 2QXLA 4JD2A 4XEIA 4FWLA 5BRFA 3O08A 1D4XA 2P9IB 4BR5A 5KQDA 4LC9B 2GELA 1DGKN 5F2RA 3U8XA 3O1BA 4JHDB 5F0XA 3A5NC 2E2OA 4H5RA 5BR9A 2QWMA 5LY3A 3SLCA 1KAXA 4CBXA 4H0YB 4J8FA 5AQPA 3CJ1A 4CZLA 3D2EA 4BGBA 4BR7A 1G99A 3C7NA 3AAQA 4XH4A 1NMDA 3U9DA 3VESA 2E2PA 4BC2A 4FWQA 3LL3A 2NRHA 1YAGA 2E8AA 2CH5A 3UKRB 2GUPA 3H1VX 1GLCG 2A3ZA 1NGBA 2DPNA 4FWKA 4BRQA 3ZEUA 2QWNA 3L0QA 3SMSA 3R9PA 5E26A 1U2VB 3GOIA 2Q1NA 2ITMA 3GBTA 2I7NA 3WXKA 3W3DA 2W40A 1JCFA 3LM9A 2A5XA 5AQTA 3MK6A 5KPZA 2IIRA 2ZF5O 3U9ZA 1BG3A 3QICA 2P9LB 3F9MA 2J4RA 3BUZB 3ATUA 3L4IA 4WYBA 3A5LC 4YDUC 4EIAA 3LDPA 4CZJA 3OHRA 1NWKA 2FF6A 3MDQA 3DXMB 2V7YA 3BEXA 4PKHA 4FPAA 2P9IA 1BO5O 1TUUA 1DEJA 2Q2RA 3O5BA 4BRIA 1ZXOA 4JHDA 2NLXA 4CZFA 5AFUA 4FWPA 2D0PA 1LOTB 5AQIA 5KQ8A 4EAHD 4O8KA 1LCUA 5AQFA 4EHTA 4BRNA 1ESVA 4DB3A 5EX5A 3EZWA 5F1XA 3D2FB 5AQGA 1YXQA 4FWOA 2P9KB 4EHUA 3UKRA 1E4GT 1KAYA 2FXUA 1GLEG 1WUAA 3QDKA 4IJNA 4WQ4C 5BRDA 3SJHA 2F9WA 1MWKA 4BC5A 3VF4A 4BR9A 4BRDA 2PAVA 2YHWA 1ZC6A 1TYQB 3MN7A 1RDWX 2YJEA 5AZIB 3ULEA 1U2VA 1V4SA 4H5VA 3VOVA 4H0OA 4H0PA 1U6ZA 2E88A 4KBOA 1NGHA 4IWVA 4CZEA 4B9QA 2QWLA 2P9LA 3LDQA 3KHYA 1YVNA 5BPLA 3C0BA 1JCGA 3LDNA 1BWFO 5KPRA 3AY9A 3B8AX 3VF2A 4BQLA 1HKGA 4BRHA 1QZ5A 1HUXA 3VF6A 4I6MB 4ISFA 3UE5A 4MLHA 2A40A 2VYPA 3GDQA 1GLJO 1R59O 3VGLA 4AM7A 3ZETB 3DWLA 1HX1A 1TUYA 3VPZA 1BOTO 3FZFA 3LDLA 2IVOA 1GLFO 1ZBSA 4BC4A 3EL2A 3VGMA 5E84A 3RSEB 2ZGZA 1X3MA 3WT0A 3GL1A 1WOQA 4L3QA 4K41A 3WXIA 3MN9A 3CETA 4CD3A 1NGAA 5I9EB 2F9TA 1MWMA 3D2FA 1ATNA 2P9KA 4BRAA 4FWMA 4Y0WA 4JN4A 3UB5A 3AARA 4M7XA 4DCHA 3FZKA 5ELZA 2E2QA 4IXCA 2HF4A 2NZTA 3VETA 3O1WA 4CZMA 2P9PA 1GLDG 5AQXA 5AQWA 5AZIA 1C0GA 4BREA 1X9JA 5B8HA 2AP1A 3H3NO 3VEOA 2CGKA 4QS7A 3MN5A 3AAPA 4FL9A 3GE1A 1H1VA 2GWJA 4BVOA 2YI1A 4H0TB 4BR0A 1YUWA 4BG9A 1S3XA 2AA4A 1BU6O 3CJBA 2GEMA 4I6MA 4BRMA 4BRFA 5KPTA 4M7YA 2FSNA 4CBUA 4IZ9A 5AQKA 3ZETA 2Q0UA 1NBWA 5AQYA 1Z6RA 2FSJA 3ATVA 3H3OB 4FPBA 1NGGA 3HTVA 4IJAA 5BN9A 3H45C 3A5MC 2KHOA 3VGKA 3DAWA 3SK3A 5BREA 3VEZA 3RSEA 3P4IA 3IFRA 3KVGA 3ENHA 3FZLA 5CE3A 4C23A 1RGIA 4DHYA 1T6DA 1GLBG 1Z05A 3I33A 3CERA 4PKIA 3H1QA 1XQSC 3LDOA 4YDUA 5FPEA 3ENOA 4K43A 4NO7A 5JLHA 2OANA 5FPMA 5ADXH 4CZGA 3IMXA 3O8MA 5AQNA 4Z94A 2P9NB 3VEVA 3W0LA 5AQUA 1JCEA 3LM2A 3BF3A 3QBWA 1OKJA 5FPDA 3D7EO 4MLEA 4MO5A 3FZMA 4BRLA 2QW9A 3CQYA 2HMPA 3BP8A 3QFPA 5BN8A 4K42A 1MA9B 3O6WA 2IVNA 3VERA 3R6MA 3WUHA 4WQ4A 3M1FA 1NGDA 3O80A 5AZJB 5JICA 2FSKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FZZA 4IEEA 3TAMA 2KW4A 3HI0A 3AA5X 3E66A 5LL6Z 4ISEA 2YNIA 4JKHA 3AO4A 2DY4A 1Q7YO 4CGJA 3ID6A 4CZHA 5I3UA 2D0OA 3AGKA 3DXMA 1VQ5N 3TABA 2O4GA 1C1BA 2YHXA 3QB0A 1B92A 4A61A 2P9NA 2NRXA 1Q86O 1HR0K 3NAEA 4H0VB 4BG8A 4C8MA 4N56A 3MX2A 4LF8K 5J2MA 1I3AA 5EU7A 4BRKA 1HPZA 1VQPN 4NCAA 1RBSA 2ZD1A 4CGFA 1KCFA 3G10A 3QETA 1E3MA 5AQSA 4JKGA 3R8EA 1ILYA 5M1PA 1CZBA 3KWIA 3ALYA 3T19A 4BR4A 3HZ6A 4Z4EA 4FO0A 4DS5A 2GV9A 4PY5A 3O4WA 3L2VA 3OYNA 1TKTA 3O9TA 3K59A 1YITN 1NLVA 5HRRA 2D0CA 2YCHA 1RBRA 2V51B 2E4LA 3T3FA 2P9UB 1VQ6N 3JS6A 1WAJA 2E1ZA 2JGUA 1U48A 1KFDA 3LALA 5AQRA 4F8RA 1SV5A 1SZ2A 3CMEN 3DLGA 1RT6A 3K9JA 5GINA 1S5JA 2KFZA 3HPHA 3O9QA 3B6OA 4CIGA 4FJ7A 1JLFA 3EN9A 3NF9A 1W2BM 4B1YB 3NF8A 4JAXA 1DTQA 3ZSRA 3SV3A 4WFBL 4UQGA 5JLFA 4CEDA 1OH7A 4FLXA 4FWNA 2OPPA 3M6GA 3WXMB 3MMVA 1KAZA 1HLUA 2VCPA 3TR8A 3EE9A 4RCHA 1Q82O 3T7ZA 4W5QA 1XC9A 4J2EA 3VQEA 2A41A 3O9UA 1D9DA 3C6UA 4YOUA 4LF6K 4MFBA 3CJ7A 4O0JA 2P1JA 1QSSA 3V9UA 4BGAA 4KHQA 4B3RK 2XY7A 2BUPA 2P9UA 5JMVA 3PLAA 3HYFA 1EETA 3V81A 4B1VA 5AFUH 1JXEA 4KB0A 3A5OC 3CCSN 3ZX3A 3L2WA 2W41A 1RT5A 3K5NA 1CZ9A 3KZBA 3RRHA 1T05A 3THWA 1XHZA 3OYJA 3S3NA 3OYBA 3LANA 1T44A 4O55A 2CGLA 3CFPA 3P83D 3MX5A 1X1PA 3MEGA 3M8RA 2HHXA 3KIOA 1NKBA 1X9SA 1RNHA 3MEEA 3PSIA 3HSCA 1NGIA 2ASPA 4DV0K 3E1YA 4CERA 4E72A 3CC7N 1N8RO 3FR0A 1VRTA 5FRNA 4FW2A 2GWKA 2NRVA 3C7NB 3Q7BA 1GOAA 2FF3B 1C0MA 3PX4A 1YVUA 4U7BA 4Y1DA 4MQ3A 2YNGA 5BPMA 3VN5A 3TPQA 4LFCK 4CJSA 3U3GA 5C25A 1LWFA 1BIUA 5AQOA 4A5BA 5LJVA 4WQ5A 2OTJN 4K8ZA 2VGNA 3J7AP 4DTRA 1RT2A 1XUPO 1FKOA 1JLQA 4ILJA 1KC8O 1MDUB 2I7PA 3BZCA 2OCEA 4QAGA 2A6AA 3VQQA 4IFYA 4FJGA 3CG7A 2BE2A 4CEBA 2CGJA 4CEQA 4XEIA 5BRFA 2O8DB 3AVNA 1D4XA 1MU2A 4BR5A 4M3YA 5M1QA 1NMNA 1OVYA 4B9VA 5F0XA 1FK9A 3K2PA 3ZSYA 3KK1A 3HO1A 4M41A 2KQ2A 2YNHA 2IOCA 3SUOA 4H0YB 4J8FA 5AQPA 3CJ1A 3KKSA 1BQNA 3C7NA 3TAEA 3AAQA 1KD1O 3U9DA 3AVFA 3KLGA 4BC2A 2NRHA 1YAGA 2E8AA 4DR7K 1DLOA 3EE8A 4ID1A 4CW7B 4Z4GA 2DPNA 4CF9A 3D6RA 4FWKA 4CK1A 4GW6A 2ETJA 2QWNA 2UUAK 4OLBA 3L0QA 3R9PA 3J81O 5JS2A 4R79A 4DSIA 3AVLA 4CGGA 3LM9A 2XY6A 2A5XA 5AQTA 1KTQA 5KPZA 2IIRA 2QI2A 3QICA 4AHUA 3CMAN 3L4IA 4RW4A 4KTQA 5C15A 4YDUC 4EIAA 1W97L 3LWMA 1Q8IA 3LDPA 4AQYK 4DTOA 3MDQA 1LAWA 4BE1A 3BEXA 4DSJA 4H8KA 4KB1A 4DQPA 4JKCA 2NLXA 5AFUA 3L2RA 2QK9A 1LOTB 1VQLN 4O8KA 1VQ9N 1WSJA 2HHWA 3VTIA 4Z4CA 4CHNA 5KGXA 1TL1A 3O4QA 1L3SA 2YKMA 1TVRA 1KAYA 4PA1A 5BRDA 3SJHA 1MWKA 4BC5A 1EWQA 1KQSM 3PX0A 3MN7A 3WNGA 4DUZK 1S1WA 4FCYA 4KRFA 4KH4A 3AO2A 4H5VA 1YJNN 3M8PA 3HXMA 1RDDA 4DQRA 4F3TA 1A5XA 2QWLA 1BCOA 3Q7CA 4RW9A 3TWHA 2NNWA 3VF2A 4MDBA 4BRHA 4BDZA 3OYKA 1RT3A 3VF6A 1LW0A 2A40A 3GDQA 4KH5A 3NCIA 1VQKN 3VQ6A 1HNWK 2P51A 4AM7A 2HNZA 4EZ6A 3SQ2A 3CD6N 5GAGP 2WOMA 3LDLA 3RWUA 3DOLA 1L3UA 1J5EK 1J5OA 3ISNC 1FXXA 3VGMA 3HRGA 2ZGZA 3FFIA 1QVFM 1WOQA 3WXIA 4CD3A 3CETA 3MXMA 4O4GA 5A2QO 2HHIA 1NGAA 4DR4K 1HQUA 1MWMA 1FW6A 1RDCA 1ATNA 2UU9K 4CF8A 4BRAA 3UB5A 3AARA 4M7XA 4ILHA 5ELZA 4DUYK 1K8AO 4B08A 3OY9A 3THXB 1GLDG 5AQXA 4MDAA 1C0GA 3VTHA 1EO1A 3V1QA 5B8HA 3NF6A 1ZBLA 2IGIA 3DRPA 5I42A 5D3GA 3CCVN 1XNQK 3S9HA 1ITGA 3TSPA 3S3OA 1K6YA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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