1Y64A

Bni1p formin homology 2 domain complexed with atp-actin
Total Genus 76
5010015020025030035001020304050607080
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
369
structure length
356
Chain Sequence
ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHR
5010015020025030035035030025020015010050
0204060Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS1 (8-11)TIV1 (13-16)AH2 (113-126)TVIII1 (69-72)S3 (30-32)TIV3 (27-30)TIV2 (21-24)TIV4 (37-52)S5 (53-54)S4 (35-38)S6 (65-68)AH4 (182-195)TII'1 (54-57)TIV21 (165-168)TIV6 (56-59)TIV14 (72-76)AH1 (79-90)TIV13 (71-75)TIV15 (90-93)TIV17 (92-95)TIV18 (98-101)TIV42 (349-352)AH11 (338-349)TIV40 (322-325)S8 (131-136)AH3 (137-143)AH8 (274-283)TIV19 (143-146)S9 (152-154)TIV20 (156-159)TIV36 (265-268)TIV35 (263-266)TI1 (171-174)TIV22 (166-169)TI2 (172-175)S11 (176-178)TIV31 (230-233)AH5 (203-206)S14 (298-300)TIV23 (214-217)TI5 (234-237)TIV24 (220-223)TI3 (222-225)TIV30 (229-232)TI4 (226-229)TIV25 (223-226)S12 (238-241)TI6 (242-245)S13 (247-250)AH7 (258-262)TIV37 (266-269)AH10 (309-320)AH9 (289-295)TIV38 (286-289)TII'2 (301-304)TI8 (302-305)3H2 (335-337)S2 (16-20)TIV8 (58-61)TIV9 (59-62)TIV10 (61-64)S7 (102-107)TII1 (108-111)S10 (160-163)3H1 (207-209)AH6 (210-214)TIV34 (255-258)TIV41 (332-335)3H3 (353-355)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structural basis of actin filament nucleation and processive capping by a formin homology 2 domain
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 76
structure length 356
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1y64A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1y64A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1y64A03
4L3QA 2IVPA 3LDNA 2FXUA 4BR7A 3VGKA 2Q0RA 3RSEB 4E1JA 2A3ZA 5B8HA 4BVOA 2Q2RA 1YAGA 1OKJA 3LDOA 3QDKA 3AY9A 5BRDA 4H5VA 2W41A 3CI5A 2ZWHA 1WOQA 4YDUC 5LJWA 1R59O 3MK6A 1BG3A 2D0OA 3VENA 5BN8A 5FPDA 1NGEA 3MMVA 1ESVA 5KPZA 3HTVA 2Q36A 1C0GA 5AQMA 4FWSA 4FL9A 2PAVA 3DWLA 4K41A 1V4TA 3H45C 5AQKA 2P9IA 3DXMB 3WXLA 5BRFA 5E26A 4BR2A 3M1FA 2DPNA 3VEXA 3R9PA 2QWRA 2FF3B 1IJJA 4JAXA 3FE1A 3A0IX 4H0TB 4BRNA 2UYTA 2BTFA 4BC4A 3W3DA 2QWPA 1K8KB 1ZC6A 2QW9A 3EKSA 5AQYA 1P8ZA 5BPLA 3O5BA 4RCHA 3O6WA 3TPQA 3VEVA 2QWQA 1XQSC 2AP1A 4NO7A 2ZGYA 1MA9B 1S3XA 2VYPA 3MN7A 4CBUA 3ZX0A 2GWJA 4AM7A 2I7NA 4DB3A 3WXJA 4C23A 4CJ7A 3GE1A 3WEEA 3UKUA 4DQ8A 4H5RA 1TYQB 1Y64A 1ZBSA 3FZMA 3AAPA 3DAWA 4BREA 3J8AA 5JLFA 1ZXOA 2YCHA 3CIPA 4IZ9A 4B1VA 2IVOA 1X9JA 3O1WA 2P9LB 3QMLA 1X3MA 1MDUB 3O08A 2D4WA 3ID8A 3UE5A 4CZEA 1BUPA 4F9OA 4EAHD 1TUUA 1BA0A 2ITMA 4LC9B 2YJFA 3IDHA 2F9TA 3UKRA 4BR5A 4PKIA 3VESA 1D4XA 4YDUA 2FSKA 3FZLA 2QWNA 2YJEA 3ZX3A 4BRHA 2FSJA 1HLUA 1V4SA 3QICA 2QWOA 5AZIA 4BQZA 3VOVA 5AQFA 4BR0A 5AQVA 1NGGA 3QBXA 5JICA 3MN9A 3FZHA 4HTLA 3GG4A 1GLCG 4BRDA 3A5OC 4BGBA 2P9UB 1J6ZA 1NGHA 4FWMA 4DCHA 5EXWA 1HJOA 4M63C 4BVPA 1JCEA 4J8FA 1BU6O 5AFUA 1HPMA 4CZHA 4PL8A 2P9KB 3ULEA 5LY3A 3I8BA 4JN4A 2FLOA 4RTFD 3VGMA 3VEOA 1Z6RA 5AZJA 3D7EO 3CJAA 4BRAA 5AQRA 3EZWA 3FFKB 3IUCA 4FWNA 5EX5A 4PL7A 3WEEB 3CJ9A 3VEYA 3UKUB 3SJHA 3TU5A 3ZEUA 4WQ5A 3ENOA 3L0QA 4CZJA 4IO8A 4CBXA 2Q1NA 4MO4A 4MLEA 3HSCA 5AFUH 4WYBA 3H46O 2YHYA 3C7NB 3AAQA 5AQNA 1HKBA 1XUPO 3U8XA 2ZGZA 3DJCA 4BRQA 3GBTA 1T44A 4ISGA 4B1YB 4H03B 4BRMA 3UKRB 4BC3A 2E2OA 4H5NA 1KAZA 1NGCA 3BP8A 4JNEA 1KAYA 1HKGA 2A5XA 5EVZA 3HBTA 2Q0UA 4IJNA 1NGBA 4A61A 4A2BA 1HX1A 5I9EB 3WQTA 3BUZB 1BO5O 4B1ZA 4K42A 3LDPA 3G25A 3SLCA 3GDQA 3MN5A 2PBDA 2CGLA 5FPEA 4BG8A 2A6AA 5LJVA 1RDWX 2HOEA 1X3NA 4BRIA 4H0YB 1ATSA 3H3NO 5BPNA 3MDQA 2E2NA 5E84A 4K43A 2FSNA 4CBWA 4CZKA 3D2EA 2IIRA 3O4WA 4A2AA 5BR9A 1QQMA 4IJAA 3IMXA 1NWKA 4WQ5C 3JXUA 4BR9A 1NGAA 4XH4A 5AQSA 3DXKA 3KVGA 4CZGA 1LCUA 3QFUA 3L6QA 4BC5A 2P9SA 3ZEUB 3GOIA 1GLDG 3SMPA 4BRKA 2P9PA 5JLHA 2D0PA 4PKHA 1HUXA 3QBWA 1C0FA 1U2VA 3BF1A 5KQ8A 2E1YA 3P4IA 3BEXA 3RSEA 4BG9A 2GUPA 4H5WA 2E20A 1QZ6A 4M7XA 5AQOA 2QWLA 1MWKA 4XEIA 4BQLA 2P9IB 3EO3A 1YVNA 3R6MA 3B8AX 4FPAA 4BRLA 3A5NC 5KPRA 3C0BA 4BRPA 1GLLO 2I7PA 4FSVA 3VETA 2P9NA 2NZTA 1DEJA 4H5TA 2CH6A 4FWRA 2QM1A 3LDQA 4ISEA 4FWKA 3DXMA 4QS7A 4MLHA 1QHAA 2V7YA 3CJCA 4FO0A 3FR0A 4O8KA 5CE3A 4JD2A 3A8YA 5AQHA 3WXIA 1EQYA 4HWIA 5BREA 3FGUA 1KAXA 5AQIA 4AM6A 5AQWA 4CD1A 4GNIA 4CZLA 4QS9A 2QWMA 2CH5A 4FWPA 1K8KA 3LM2A 5EY4A 3WXKA 4K25A 3HZ6A 3FLCO 2A42A 2HF4A 3EN9A 1NGDA 3IFRA 1QZ5A 4EFHA 4FWLA 4B1UB 3VF6A 4CZFA 2FF6A 5BN9A 3CETA 3MN6A 1NGFA 1NGIA 2GTDA 1SAZA 4B1XB 5AQPA 2ASOA 1Z05A 3LM9A 2YI1A 2D1KA 2P9PB 4FOEA 4NB4A 3CJ7A 4BGAA 4I6MA 3VF4A 2AA4A 3JS6A 2E8AA 4FWOA 1SZ2A 1NMDA 3KHYA 2H3GX 5AQXA 1WUAA 3D2FA 3ZX2A 3VEZA 2BUPA 2ASMA 3FZFA 1ATNA 4JHDA 3U4LA 5AZIB 4A62A 4XH1A 3I33A 2V52B 1E4GT 4FOIA 2E2QA 3AARA 3SK3A 1YXQA 3H1QA 2NLXA 5TKYA 2VWBA 5AQJA 4CZIA 1YUWA 4WQ4A 3MCPA 3KZBA 4CI6A 2P9NB 3CHWA 5FPMA 3WUHA 3U9DA 1NLVA 3HI0A 3VPZA 4BROA 3CQYA 4ISFA 2A40A 4EIAA 4Y0WA 4CZMA 4EHTA 3ZETA 2A41A 2GELA 2ZF5O 4JD2B 4Z94A 1H1VA 3VGLA 1NGJA 3WQUA 1BWFO 3WT0A 5AQLA 2E88A 1IG8A 2P9UA 5BPMA 3ULEB 2E2PA 1BA1A 4H0VB 5BRHA 1DKGD 1GLAG 1QQNA 2YHXA 5FPNA 1RGIA 1RFQA 5AZJB 5EOYA 4DHYA 3ENHA 3H1VX 1GLJO 2NRHA 1HKCA 2Q97A 4CD3A 4RWTA 1KXPA 2P9KA 1GLEG 4FWQA 3CJ1A 2J4RA 3A5MC 5AQTA 5F1XA 3QFPA 1DGKN 3HM8A 4FPBA 1E4FT 1BOTO 2CGKA 2HF3A 4BR4A 2QXLA 2W40A 5AQQA 2GEMA 3F9MA 1JCGA 3EL2A 2OANA 3W0LA 4BRCA 3GL1A 3CERA 2YHWA 5F0XA 4I6MB 4GY2B 3QB0A 4M7YA 3SMSA 3CQXA 3LL3A 2F9WA 3C7NA 5AQGA 1ATRA 2EWSA 4BRGA 1CZAN 2IVNA 3D2FB 5KQDA 1T6CA 1GLBG 3H3OB 3O8MA 4JHDB 5ADXA 4XH5A 4H0XB 4WQ4C 1NM1A 3ATVA 1JCFA 3VERA 1S22A 1U6ZA 1XC3A 1LOTB 4BRFA 3OHRA 4BC2A 2ASPA 4H0PA 3UB5A 3M6GA 1G99A 3H6EA 4O5FA 3EKUA 2GWKA 3O80A 1TUYA 1MWMA 4EHUA 3R8EA 3ZETB 1BDGA 3ATUA 4PKGA 5JMVA 1SQKA 5ADXH 1GLFO 1Q18A 3D2EB 5AQZA 3A5LC 3VEWA 2HMPA 4B1WB 1T6DA 4IWVA 5AQUA 3FZKA 3VF2A 4KBOA 5ELZA 4B9QA 1QQOA 3BF3A 2E1ZA 3S41A 3M3ZA 3DXKB 2V7ZA 2Q31A 3CJBA 3U9ZA 4H0OA 3L4IA 2P9SB 5F2RA 5AR0A 1TYQA 2VCPA 2V51B 2WUSA 4MO5A 3LDLA 3O1BA 1U2VB 4IXCA 1NBWA 5KPTA 2CGJA 2KHOA 4QS8A 2P9LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VSKA 4E1NA 3VGKA 3RSEB 4JLHA 3PIPL 5J2QA 2Q2RA 1OKJA 3J7ZO 4DU4A 2W41A 3AVNA 4N41A 4XJXA 1BG3A 2D0OA 5C15A 5BR8K 3O4NA 1RT2A 4M3XA 4AF1A 1JXBA 4FM1A 4IFVA 3RR7A 4CGFA 3SJJA 3PIOL 4K41A 2NRXA 4JI8K 1V4TA 2G8IA 4K8XA 2E6LA 4B3MK 2X6SA 4CEOA 2Z1GA 2ZE2A 4DV2K 4LH4A 2FF3B 2UXBK 1GOCA 5FLXO 3TARA 3A0IX 4BRNA 5M1NA 2BTFA 4H4OA 3NGZA 4AHCA 1K8KB 3EKSA 4B9SA 1RTHA 5BPLA 4IO9L 3SNNA 3IAYA 4WE1A 4DR2K 3S3NA 1C6VA 1VSIA 3O6WA 2RF2A 4C1NI 4KI4A 1MA9B 2JLEA 1M1KO 4CBUA 3ZX0A 3AVIA 4AM7A 3WXJA 4E3SA 4OPJA 2O8FB 3GE1A 2HHWA 3PY8A 1Z26A 3FZMA 1Y64A 4DG1A 5DMRA 4DQRA 4E0DA 5JLFA 1RT4A 3CIPA 5HL7L 2WC9A 1QHTA 4KHYA 1X9JA 3O1WA 2E5LK 1Q9XA 4E7JA 4F9OA 1SUQA 1WBBA 1BA0A 5M1OA 5C12A 4BDZA 4AHSA 4YDUA 1NK6A 3FZLA 4KRFA 3ZX3A 4DV4K 2UU9K 3U3GA 3DLLL 1HLUA 4I9LA 3TAQA 2KW4A 3VMFB 2HBJA 1EX4A 5HRSA 4MDAA 1NGGA 3E9LA 4O8UA 3QBXA 4CIGA 3NE6A 3O9RA 3FZHA 3DLKA 3S3OA 2O4IA 2AJQA 1IO2A 3GG4A 4DR3K 1GLCG 4BRDA 3A5OC 2DFFA 3THXB 4M3UA 2O8BB 4CJSA 1U48A 4J8FA 2P5OA 4PL8A 1X1PA 1TK8A 1RT5A 1T3VA 3ULEA 1FK9A 3I8BA 4DTJA 1E3MA 2XY6A 4O44A 4NCAA 1RDUA 3SUQA 3WNGA 4CF0A 5EX5A 3OYBA 1EKEA 4WQ5A 1KD1O 4IO8A 4ICLA 1GOBA 2Q1NA 5AFUH 1IKWA 4CHNA 4WYBA 3H46O 5LMNK 2HNDA 2HBLA 1QS4A 3DJCA 1YTAA 4CCHA 1BQNA 1QE1A 4AHVA 5J2PA 4DSEA 4GMJB 3E9OA 4H5NA 1TK5A 3KLGA 4KTZA 3SCXA 1KAZA 3ZSXA 4DU3A 1D5AA 4KFBA 2A5XA 1UAXA 1NK7A 4KH4A 1J5OA 3EE9A 2OTLN 2KQ2A 4A61A 4F3TA 1HX1A 1RT7A 3OYCA 3WQTA 3BUZB 1BO5O 3HSTB 4C1NK 1XHXA 4K42A 5C0YA 3SLCA 3GDQA 3MN5A 3PX0A 1YHQN 3PV8A 3M8RA 3SPZA 2CGLA 4ZHRA 1L3SA 1KRPA 3N4QA 1TV6A 1HYSA 3CCVN 1VSJA 1X3NA 4WCEL 2IOCA 3JAMO 3QESA 1RDBA 4K43A 2FSNA 4BWJA 4CFAA 3OY9A 3F73A 4OPKA 4CZKA 4DR7K 1QQMA 4DTUA 4IJAA 1NWKA 3JXUA 5FROA 5CYMA 1NGAA 4XH4A 4FVUA 3KVGA 3ZEUB 3WXMB 3RTVA 5KTQA 4KHUA 1GLDG 3V1RA 4BRKA 1O13A 5JLHA 1JL1A 2X6NA 2E1YA 3AVJA 4DTSA 4M3RA 3AVHA 3DOKA 4BG9A 1ZYQA 4DUZK 4LF5K 5AQOA 1YVUA 1RDDA 2QWLA 4CEZA 3I0SA 3EO3A 3F5TA 3B8AX 1TAQA 4FPAA 2ZQBA 4BRLA 3A5NC 3OYAA 5KPRA 3KK7A 2NZTA 2HNYA 4H5TA 2CH6A 3F2KA 4A59A 2FBYA 3AO2A 4FWKA 2V7YA 3CJCA 5CE3A 3ISNC 2GV9A 4JD2A 4A5BA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VSK A;  4E1N A;  3VGK A;  3RSE B;  4JLH A;  3PIP L;  5J2Q A;  2Q2R A;  1OKJ A;  3J7Z O;  4DU4 A;  2W41 A;  3AVN A;  4N41 A;  4XJX A;  1BG3 A;  2D0O A;  5C15 A;  5BR8 K;  3O4N A;  1RT2 A;  4M3X A;  4AF1 A;  1JXB A;  4FM1 A;  4IFV A;  3RR7 A;  4CGF A;  3SJJ A;  3PIO L;  4K41 A;  2NRX A;  4JI8 K;  1V4T A;  2G8I A;  4K8X A;  2E6L A;  4B3M K;  2X6S A;  4CEO A;  2Z1G A;  2ZE2 A;  4DV2 K;  4LH4 A;  2FF3 B;  2UXB K;  1GOC A;  5FLX O;  3TAR A;  3A0I X;  4BRN A;  5M1N A;  2BTF A;  4H4O A;  3NGZ A;  4AHC A;  1K8K B;  3EKS A;  4B9S A;  1RTH A;  5BPL A;  4IO9 L;  3SNN A;  3IAY A;  4WE1 A;  4DR2 K;  3S3N A;  1C6V A;  1VSI A;  3O6W A;  2RF2 A;  4C1N I;  4KI4 A;  1MA9 B;  2JLE A;  1M1K O;  4CBU A;  3ZX0 A;  3AVI A;  4AM7 A;  3WXJ A;  4E3S A;  4OPJ A;  2O8F B;  3GE1 A;  2HHW A;  3PY8 A;  1Z26 A;  3FZM A;  1Y64 A;  4DG1 A;  5DMR A;  4DQR A;  4E0D A;  5JLF A;  1RT4 A;  3CIP A;  5HL7 L;  2WC9 A;  1QHT A;  4KHY A;  1X9J A;  3O1W A;  2E5L K;  1Q9X A;  4E7J A;  4F9O A;  1SUQ A;  1WBB A;  1BA0 A;  5M1O A;  5C12 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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