1YAGA

Structure of the yeast actin-human gelsolin segment 1 complex
Total Genus 116
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
EVAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGIMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLRYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPMNPKSNREKMTQIMFETFNVPAFYVSIQAVLSLYSSGRTTGIVLDSGDGVTHVVPIYAGFSLPHAILRIDLAGRDLTDYLMKILSERGYSFSTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMQTAAQSSSIEKSYELPDGQVITIGNERFRAPEALFHPSVLGLESAGIDQTTYNSIMKCDVDVRKELYGNIVMSGGTTMFPGIAERMQKEITALAPSSMKVKIIAPPERKYSVWIGGSILASLTTFQQMWISKQEYDESGPSIVHHKCF
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS9 (103-107)S1 (8-12)S7 (71-72)TIV1 (13-16)TVIII1 (27-30)S2 (16-21)S3 (29-32)S6 (65-68)O1 (32-34)3H1 (62-64)TIV3 (76-79)AH1 (55-61)S4 (35-38)TII2 (44-47)TIV2 (71-74)S8 (75-76)3H2 (98-100)TVIII3 (129-132)S10 (131-136)TII3 (108-111)AH3 (113-127)AH13 (359-365)TIV7 (353-356)TI6 (352-355)AH4 (137-145)TI4 (332-335)AH10 (287-295)S12 (160-166)S11 (150-155)TIV4 (156-159)S14 (176-178)3H3 (172-174)TIV5 (165-168)S13 (169-170)AH9 (274-284)AH5 (182-195)AH6 (203-216)O2 (178-180)TIV6 (195-198)TI1 (234-237)S16 (247-250)AH7 (223-232)3H5 (302-304)TI2 (242-245)AH11 (309-320)AH8 (252-262)S17 (297-300)TII4 (306-309)S18 (329-330)AH12 (337-348)TI5 (334-337)3H6 (350-352)S19 (357-358)AH14 (369-374)TI7 (366-369)TVIII2 (38-41)AH2 (79-93)TVIII4 (220-223)TI3 (322-325)S5 (53-54)S15 (238-241)3H4 (264-267)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Contractile protein
source organism Homo sapiens
publication title The structure of nonvertebrate actin: Implications for the ATP hydrolytic mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (ACTIN)
total genus 116
structure length 372
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1yagA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yagA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yagA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1yagA04
1X3MA 3M1FA 4H0VB 4XH5A 4MO4A 4JHDA 4BRDA 3WXJA 1NWKA 4BRIA 2QW9A 1K8KB 4EIAA 4BC5A 3CJ7A 3MK6A 3EL2A 4CBXA 2P9IB 3O6WA 3EO3A 1BU6O 4M7YA 1NGCA 3DXKB 5ADXH 2HF4A 3MMVA 4FOEA 3DWLA 5LY3A 4CZMA 4BRAA 3QBXA 3D2EA 2YCHA 4H0YB 2E20A 5EY4A 4EAHD 3F9MA 4FWOA 2P9NA 4H0PA 4FWKA 1QZ6A 4RTFD 3UKUA 2EWSA 4CZJA 3CETA 1QQNA 3IUCA 1C0FA 2NRHA 3HZ6A 3QB0A 3JS6A 4XH4A 1U2VA 1Q18A 4PKGA 2QWRA 2P9SA 3IDHA 5BPLA 3ULEA 5AZIB 5AQHA 1S3XA 5BRFA 3FR0A 3DXMB 2GUPA 4O5FA 4CZGA 1BA0A 1MA9B 3P4IA 3LL3A 3CJCA 2VYPA 5KPRA 2P9LB 3OHRA 5AQVA 1ATRA 4DB3A 1JCEA 2E1ZA 3H1VX 3H1QA 2GTDA 1HLUA 1DKGD 5AQIA 4IJAA 5CE3A 4FWSA 4BR7A 1HUXA 4MO5A 5TKYA 4MLHA 2FSJA 5AQZA 3WUHA 5BPMA 4B1VA 3AY9A 3CQXA 5F0XA 2A3ZA 1U6ZA 1NGIA 5AQNA 1GLLO 4BRNA 1MDUB 3ID8A 3HBTA 3BEXA 2ASMA 4BQZA 3LDQA 4H5VA 4HTLA 3MDQA 1S22A 3LM9A 3FZFA 2VWBA 3R8EA 2IVNA 2Q0RA 3VEXA 4PL7A 1T6DA 4FWRA 3VESA 4PKIA 3QBWA 2QWPA 2P9KB 3CJAA 5AQTA 2V51B 3HI0A 2WUSA 1BG3A 3GE1A 4BROA 3VGMA 2D1KA 5AQQA 1ZBSA 5EXWA 5AQJA 4CZLA 1BUPA 3RSEB 3WXKA 4PKHA 3VEWA 4CZIA 5LJVA 3J8AA 1E4GT 4WQ4C 4CZEA 2F9WA 5LJWA 3CQYA 3VGKA 4ISEA 5AQKA 1QZ5A 3C7NA 3VOVA 4BC4A 3VEZA 4B9QA 5FPDA 3I8BA 1TYQA 5AQYA 1GLDG 3ZEUA 2A5XA 4A2BA 2E2OA 3MN9A 4A2AA 1GLFO 2ZWHA 4WQ5A 4F9OA 5AQGA 3VF2A 3ZETB 5BREA 2Q97A 3A0IX 3H45C 2P9UA 1HJOA 1SQKA 3ATVA 3MN5A 4BVOA 4K25A 2CGKA 5AFUA 1LOTB 1SZ2A 1BA1A 1QQMA 3FLCO 3W3DA 3AAQA 3SK3A 4Y0WA 3DJCA 3M3ZA 4A62A 4YDUA 3WEEB 4BR9A 2E1YA 3H6EA 3SJHA 3SMPA 1XQSC 3A5OC 1NGDA 2QWNA 4FO0A 1RGIA 4PL8A 3GBTA 2IVPA 2BTFA 2HMPA 1BWFO 3KZBA 4BRGA 4BR2A 4JHDB 4JNEA 1G99A 3R9PA 4AM6A 4ISFA 3QFPA 3MN7A 2YJEA 2P9PA 4BRLA 2V7YA 4GNIA 4AM7A 1HX1A 3GG4A 4E1JA 2D0OA 5FPMA 3U4LA 5EVZA 4FWNA 3S41A 4FSVA 1ESVA 3WXLA 2PBDA 2ZGYA 4DCHA 2A42A 4FWPA 1YVNA 1IG8A 2P9NB 4EHTA 3L0QA 2V7ZA 1XC3A 3UKRB 4BRQA 4FOIA 2CGLA 4H5NA 5AQRA 4BR0A 2VCPA 2GEMA 3FGUA 1GLCG 2YHYA 1U2VB 5AQXA 3DXMA 5F1XA 2P9SB 4RCHA 3ULEB 3VENA 3QDKA 3TPQA 2D0PA 2P9LA 2Q1NA 3WQUA 4H5TA 3BP8A 4H0TB 4BR4A 3VEVA 4CBUA 4O8KA 4K42A 1V4TA 3IMXA 3VERA 1X3NA 1V4SA 1T44A 1NMDA 1TUYA 1NGGA 1NM1A 5ADXA 3CJ9A 5FPNA 5FPEA 1RDWX 4XH1A 4I6MA 1Y64A 4BGAA 3VETA 4L3QA 2Q31A 1Z05A 3LDNA 2GWJA 2QWLA 5AQMA 5BN8A 2FSKA 3A5MC 5AQWA 2GELA 2KHOA 4IO8A 2A40A 4BC2A 2QWMA 1NGEA 3D2FB 3HM8A 3JXUA 3LM2A 4CBWA 3D7EO 2E2PA 4WYBA 3EZWA 3O4WA 2FF3B 1SAZA 2P9KA 1LCUA 4DQ8A 3B8AX 3LDOA 1E4FT 4FPBA 4BG8A 2FLOA 4BR5A 3IFRA 3BF3A 1NGJA 3VEYA 3CJ1A 5ELZA 3RSEA 4H03B 4FPAA 2AP1A 1D4XA 3EN9A 4IWVA 3FE1A 1P8ZA 4JD2A 4IZ9A 4QS8A 4C23A 3L4IA 2A41A 1ATNA 5KQDA 4BC3A 3QICA 1OKJA 2DPNA 5AQOA 5E84A 3DAWA 3CIPA 3AARA 2ITMA 3LDLA 3ZX3A 2FF6A 1YUWA 3C7NB 3O1BA 2OANA 4FWMA 1HKGA 3O8MA 5BPNA 3KHYA 5KQ8A 4QS7A 1TYQB 4Z94A 1KAZA 4BRHA 4GY2B 2YJFA 3GDQA 4WQ4A 3U8XA 1KAYA 5AZJA 3MCPA 1WUAA 4BREA 4EFHA 2I7NA 4B1YB 1NGBA 2E2QA 3AAPA 5AQPA 3WXIA 4B1WB 5I9EB 2P9UB 5F2RA 2ZF5O 3I33A 2UYTA 1BDGA 3FZLA 4B1XB 3L6QA 3CJBA 1K8KA 5AQFA 1MWMA 3QFUA 4DHYA 2P9IA 4B1UB 3R6MA 5E26A 4MLEA 3DXKA 3WT0A 2CH5A 4H5RA 5JICA 1Z6RA 3GOIA 5BRHA 3EKSA 1KAXA 3O5BA 2GWKA 4CD3A 5AQUA 1GLBG 3VEOA 2J4RA 4EHUA 1KXPA 4FWQA 5AR0A 4CZHA 2IVOA 4LC9B 4H0OA 3D2EB 3H46O 2P9PB 3W0LA 2FSNA 4BGBA 1WOQA 4M63C 3UKUB 2ASPA 2Q0UA 4FL9A 5B8HA 3WQTA 1YXQA 3A5NC 1NBWA 2W41A 3VF4A 4CZFA 2YHXA 4BG9A 5AZIA 3UKRA 1HKBA 1YAGA 1GLEG 4RWTA 4HWIA 5EX5A 3SLCA 1XUPO 2E8AA 3FZKA 3GL1A 1ZC6A 4B1ZA 4CJ7A 2E88A 3ZX0A 3ENHA 4J8FA 4K43A 1BOTO 2YHWA 2A6AA 3ENOA 1RFQA 3LDPA 1JCFA 1NGAA 3CHWA 1DEJA 2Q36A 3HSCA 1MWKA 2CH6A 2IIRA 3A5LC 3EKUA 1ATSA 3O1WA 1NGFA 1NGHA 2E2NA 3H3NO 3KVGA 4ISGA 4I6MB 2QWOA 3ATUA 2CGJA 3VPZA 2I7PA 4XEIA 2V52B 4NB4A 1C0GA 4H5WA 2HOEA 4M7XA 5EOYA 1NLVA 4BRCA 1J6ZA 4KBOA 1H1VA 1T6CA 2H3GX 3D2FA 3FZHA 5AFUH 2QWQA 1GLJO 1QQOA 4QS9A 3HTVA 1IJJA 1EQYA 2AA4A 3BF1A 2ASOA 2W40A 4JAXA 3U9ZA 5KPZA 1ZXOA 3H3OB 2Q2RA 3MN6A 5AQSA 5BRDA 1HPMA 5JLFA 5AQLA 4WQ5C 4BRFA 3BUZB 3VF6A 3O08A 1R59O 3C0BA 2NLXA 3VGLA 5BN9A 2PAVA 4IJNA 1X9JA 3M6GA 2ZGZA 4JD2B 4BVPA 1TUUA 3A8YA 3QMLA 5KPTA 1GLAG 2QM1A 3UE5A 4BRKA 3U9DA 4K41A 4YDUC 4A61A 3ZEUB 5BR9A 4BRMA 1DGKN 3SMSA 3ZX2A 2HF3A 4JN4A 3FZMA 2QXLA 3ZETA 2F9TA 1QHAA 2FXUA 4CI6A 4CZKA 2BUPA 4FWLA 1BO5O 1HKCA 5JLHA 3TU5A 1JCGA 2NZTA 2YI1A 3O80A 3CERA 5JMVA 5AZJB 1CZAN 3WEEA 2D4WA 3CI5A 3FFKB 4BRPA 4IXCA 4CD1A 4BQLA 4H0XB 3G25A 3UB5A 4NO7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LF8K 1HNWK 4KI6A 1NWKA 1ASUA 2QW9A 4JKBA 4C8OA 5IWAK 4FYDA 3KK3A 4A59A 3O6WA 3EO3A 1NGCA 3NHGA 3I0RA 5LY3A 3DWLA 4CEFA 4FJ7A 1KCFA 2E20A 3BZKA 1FKPA 3CM5A 5EY4A 2PY5A 1OVQA 4FWOA 5CY4A 3PSIA 1L5UA 4DR4K 5JS2A 2KKZA 1QZ6A 4FWKA 4RTFD 4HVJA 4FZXC 1DLOA 1C0UA 2GUIA 3QEIA 1YI2N 2NRHA 1XHZA 3WNHA 4KTZA 4B08A 1U2VA 1VQ9N 3V9XA 1Q18A 4DR7K 1WAJA 2HHQA 3PSFA 1SS6A 5BPLA 3I56N 3CQ8A 4DSIA 4JRQA 5BRFA 1YF5L 1FXXA 2GUPA 3MEGA 4CZGA 2D5RA 3VA0A 1MA9B 4AF1A 3NH2A 3DRPA 5KPRA 2VWKA 4CHQA 3OYBA 1ATRA 3H1QA 1U45A 2GTDA 2NRXA 3S9HA 2KZMA 5CE3A 3AO1A 1U48A 4BR7A 5M1OA 1X9MA 3ZT1A 4Z4IA 1HUXA 3SI6A 3PX0A 4KPYA 3OYAA 4QCLA 4B1VA 2A3ZA 1SUQA 1YT3A 1NGIA 5AQNA 2FBXA 1QHTA 1MDUB 3CPEA 3ID8A 3HBTA 1D8YA 1TKTA 4BY9C 2DTUA 1IKVA 1GOAA 4X64K 3C6UA 4LSNA 3NE6A 1LW0A 3MDQA 1YHQN 2HBJA 2VWBA 4DF4A 3R8EA 3V1QA 2IVNA 4KHYA 2Q0RA 4PKIA 1J54A 3P5JA 5HL7L 4OGCA 2E5LK 3HSTB 1KD1O 3O9QA 4KHSA 2D1KA 4CZLA 3K57A 3K9JA 4KFBA 3WXKA 3NF8A 4PKHA 3VEWA 4CZIA 3K58A 1CZBA 1XC9A 1BQMA 3J8AA 1E4GT 5CZ2A 2F9WA 5LJWA 3OYEA 4ISEA 4CECA 4XJXA 1UA1A 1GLDG 1RBRA 1W9HA 4A2AA 4JYAK 3SAHA 4CF1A 2F7TA 4CF8A 3ENBA 1P90A 4ZHRA 2Q97A 3ID6A 1JLQA 5LL6Z 2P9UA 1NKEA 4DQRA 3MXJA 1LOTB 3Q7CA 4LF6K 4JI6K 3AAQA 1RT3A 4Y0WA 4LD0A 3DJCA 3G71N 4YDUA 4YNQA 3SMPA 4BE0A 4FO0A 5M1NA 3OYNA 4DUYK 1VQ7N 3DRRA 3GBTA 4CCHA 4B9VA 3A2FA 4DTNA 3QFPA 3M8SA 2YJEA 2P9PA 3JSMA 4BRLA 2OCEA 2VG6A 4MFBA 3GG4A 2G8WA 3PO4A 3DI6A 4FLVA 3LPUA 4IBNA 3CC7N 1IV0A 2D0OA 4PUOA 4IDKA 3ZSZA 1N33K 2O8EA 1ESVA 2ZGYA 4FJMA 4E19A 3ZYYX 3VQ9A 4QOZB 4AHVA 1Q9YA 2KLAA 4FWPA 2OPQA 5GIPA 4KV8A 2QKBA 4CJUA 2IAJA 3JYTA 4N76A 5IT9O 4FK2A 1WSFA 2GEMA 3G10A 3FGUA 4N56A 1U2VB 3DXMA 4DU3A 4RCHA 2HHHK 3QDKA 4IDHA 3J7AP 2P9LA 1NK8A 4O5BA 1WN7A 3BP8A 1TK5A 4DR3K 2JLEA 3DLRA 4O8KA 4K42A 3IMXA 5K14A 1V4SA 1TUYA 1NM1A 3O9RA 3L3UA 4DS4A 3CJ9A 3ZT3A 4CFCA 1ZBUA 3ZSRA 1C0TA 3CMEN 4JI3K 5KTQA 5BN8A 3TAEA 3RVCA 1HQUA 3THXA 4FZZA 3EYZA 2A40A 1MU2A 3NDKA 2QWMA 1NGEA 1FW6A 3KIOA 1NK9A 4CBWA 2E2PA 3AVJA 3O4WA 2FF3B 1SAZA 1LCUA 3LDOA 3SV3A 4W5NA 4BR5A 3LAKA 3ZSWA 1TAUA 4HCCA 4X65K 4DV5K 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LF8 K;  1HNW K;  4KI6 A;  1NWK A;  1ASU A;  2QW9 A;  4JKB A;  4C8O A;  5IWA K;  4FYD A;  3KK3 A;  4A59 A;  3O6W A;  3EO3 A;  1NGC A;  3NHG A;  3I0R A;  5LY3 A;  3DWL A;  4CEF A;  4FJ7 A;  1KCF A;  2E20 A;  3BZK A;  1FKP A;  3CM5 A;  5EY4 A;  2PY5 A;  1OVQ A;  4FWO A;  5CY4 A;  3PSI A;  1L5U A;  4DR4 K;  5JS2 A;  2KKZ A;  1QZ6 A;  4FWK A;  4RTF D;  4HVJ A;  4FZX C;  1DLO A;  1C0U A;  2GUI A;  3QEI A;  1YI2 N;  2NRH A;  1XHZ A;  3WNH A;  4KTZ A;  4B08 A;  1U2V A;  1VQ9 N;  3V9X A;  1Q18 A;  4DR7 K;  1WAJ A;  2HHQ A;  3PSF A;  1SS6 A;  5BPL A;  3I56 N;  3CQ8 A;  4DSI A;  4JRQ A;  5BRF A;  1YF5 L;  1FXX A;  2GUP A;  3MEG A;  4CZG A;  2D5R A;  3VA0 A;  1MA9 B;  4AF1 A;  3NH2 A;  3DRP A;  5KPR A;  2VWK A;  4CHQ A;  3OYB A;  1ATR A;  3H1Q A;  1U45 A;  2GTD A;  2NRX A;  3S9H A;  2KZM A;  5CE3 A;  3AO1 A;  1U48 A;  4BR7 A;  5M1O A;  1X9M A;  3ZT1 A;  4Z4I A;  1HUX A;  3SI6 A;  3PX0 A;  4KPY A;  3OYA A;  4QCL A;  4B1V A;  2A3Z A;  1SUQ A;  1YT3 A;  1NGI A;  5AQN A;  2FBX A;  1QHT A;  1MDU B;  3CPE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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