1YAGA

Structure of the yeast actin-human gelsolin segment 1 complex
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
EVAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGIMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLRYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPMNPKSNREKMTQIMFETFNVPAFYVSIQAVLSLYSSGRTTGIVLDSGDGVTHVVPIYAGFSLPHAILRIDLAGRDLTDYLMKILSERGYSFSTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMQTAAQSSSIEKSYELPDGQVITIGNERFRAPEALFHPSVLGLESAGIDQTTYNSIMKCDVDVRKELYGNIVMSGGTTMFPGIAERMQKEITALAPSSMKVKIIAPPERKYSVWIGGSILASLTTFQQMWISKQEYDESGPSIVHHKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of nonvertebrate actin: Implications for the ATP hydrolytic mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (ACTIN)
molecule tags Contractile protein
source organism Homo sapiens
total genus 116
structure length 372
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1yagA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yagA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yagA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1yagA04
2P9UA 3H46O 2NRHA 3W0LA 5F2RA 1BOTO 2KHOA 2P9SA 1BG3A 2F9TA 3ZETA 4H5WA 3MCPA 4A62A 4F9OA 2GTDA 5AQPA 1NMDA 5TKYA 2CGJA 3IFRA 4C23A 2E1YA 3GL1A 2PBDA 3BF3A 1MA9B 4MO5A 2E1ZA 2HOEA 3HI0A 1E4GT 4JN4A 3CJBA 1GLBG 3VGKA 4EIAA 1TUYA 3WQUA 4NO7A 3DJCA 3UKRA 3ENOA 1BA0A 1ZBSA 5BR9A 3ZX3A 3ZX2A 2A41A 1SZ2A 4B1ZA 1XQSC 1NLVA 1BDGA 1HPMA 1T6CA 3EKSA 3MMVA 4JD2B 3ZEUB 2NLXA 4H5VA 4BVPA 3KZBA 4RTFD 4CZIA 2Q2RA 1GLEG 4BC5A 3LDQA 3CERA 1QHAA 4BRDA 3U9DA 2VYPA 5BN9A 4PKHA 4J8FA 3WEEA 2QXLA 4GNIA 3D2FB 3KHYA 4YDUC 5KQDA 4FOIA 4FWOA 3O6WA 4RCHA 1YVNA 1BUPA 2P9IB 3H1QA 3RSEA 3QDKA 4FWLA 4BC3A 5JLHA 1DKGD 3QBWA 1NGCA 3A5MC 3FFKB 3EL2A 2CGLA 5AZIB 3AY9A 5CE3A 4GY2B 3VF6A 1IG8A 5ELZA 4IZ9A 3SMSA 2ASPA 4BR9A 1SQKA 4WQ5A 3UB5A 3ZX0A 1HUXA 4BG8A 4BC2A 4BR4A 1MWMA 3CJ9A 4IJNA 3CQYA 4HTLA 3DWLA 3VGMA 4M7XA 2ZGYA 5AQLA 2P9NB 3W3DA 3CQXA 3FZFA 2AP1A 4PL8A 2D1KA 3IDHA 3GDQA 1RDWX 3UE5A 1ESVA 2Q1NA 5EXWA 4WYBA 4E1JA 3WXLA 4BQZA 3LDPA 3QICA 2VCPA 2QW9A 3O08A 3O1WA 4JHDB 3WXIA 3OHRA 2D0PA 1Y64A 5FPNA 4BRFA 2QWPA 1YUWA 2V52B 4BGAA 3I8BA 3R9PA 2FLOA 3H3NO 3HBTA 4FWSA 3BP8A 4CZFA 1HKGA 3HM8A 3WT0A 3A8YA 2J4RA 2FXUA 2FF3B 5AQJA 4H03B 4O8KA 1WOQA 1Z05A 4ISGA 4QS7A 4LC9B 5LJWA 5JLFA 5ADXA 4BVOA 5AFUA 2GELA 2E8AA 4BRNA 4CZLA 1YAGA 3ATVA 3D2FA 4Z94A 4FL9A 1NGFA 1HX1A 1Z6RA 4K41A 1T6DA 5AQHA 1V4TA 1QZ6A 2P9IA 3MN6A 3I33A 1GLCG 3WUHA 1X3MA 3JXUA 4ISFA 1K8KA 3A5OC 3R6MA 2GWJA 3DXKA 1OKJA 3FZMA 2A3ZA 3KVGA 3TU5A 2GUPA 2IIRA 3CJCA 5AQZA 4BREA 3H3OB 3VERA 4QS9A 3VEVA 4CI6A 4CZMA 4BRPA 1D4XA 1ATNA 2YHYA 3TPQA 1DGKN 3HZ6A 1U6ZA 4MLHA 1GLFO 3GE1A 3ATUA 3A5LC 1NGDA 1KAXA 4CJ7A 1NGEA 4FWMA 2UYTA 2P9PB 4FWQA 5AQUA 5AZJB 3AAPA 2I7PA 4Y0WA 3VGLA 1JCFA 3LM2A 3G25A 5BPMA 4XEIA 1TYQB 3O8MA 5KQ8A 3L0QA 4NB4A 4CBUA 4A2AA 3BEXA 4HWIA 4JHDA 4BGBA 1E4FT 2YI1A 2P9KA 2ZWHA 1RFQA 4WQ4A 1NM1A 1HLUA 2D0OA 3C0BA 4BC4A 1HJOA 2P9LA 4PL7A 4WQ5C 5AR0A 1RGIA 5AQQA 4H5TA 1NWKA 3FZHA 1LOTB 3ULEB 2E2PA 5F0XA 2YCHA 5KPZA 2FSNA 3MN5A 1XUPO 4FWKA 3WXJA 5ADXH 2HF4A 4IXCA 4A2BA 3VESA 3CIPA 1ATSA 5KPRA 1U2VB 1GLJO 5F1XA 3F9MA 2Q36A 1NGGA 3EN9A 3U4LA 3M1FA 1GLDG 5AQNA 4BQLA 2A6AA 2OANA 1BO5O 4I6MB 5EY4A 3O1BA 2YHXA 3O5BA 2V7YA 4MLEA 3IMXA 1BWFO 2QWMA 3U9ZA 3C7NA 2HMPA 3R8EA 4BROA 3UKUB 2I7NA 3QFUA 4CZGA 4RWTA 3J8AA 1X3NA 2D4WA 3WQTA 2QM1A 2HF3A 5AQVA 4H5NA 3O80A 2V7ZA 5AQWA 3LDNA 3EZWA 4H0OA 4CBXA 2GEMA 2DPNA 1Q18A 4K42A 2Q31A 4MO4A 5BN8A 4IJAA 4B1UB 1NGHA 5FPDA 4FPBA 2P9PA 2P9UB 2CH5A 4K25A 4M63C 3P4IA 4DQ8A 2P9SB 5AQXA 3CJ1A 3ZETB 4FWRA 4IWVA 2QWQA 4BR5A 1X9JA 3FGUA 4H5RA 1GLAG 4DHYA 3ID8A 2YJFA 5I9EB 1S22A 4JD2A 1KAZA 3ZEUA 1NGIA 5AQSA 5E84A 1G99A 3LDOA 3QBXA 3UKRB 2YHWA 3VEXA 2ASOA 3MN7A 5AQOA 1QZ5A 4PKIA 3EO3A 4BR0A 1NBWA 1QQOA 4BG9A 2ZGZA 2YJEA 3ENHA 5AQFA 1HKCA 4BRLA 4B1XB 4EHUA 1KAYA 4CZJA 4EHTA 4CZEA 5B8HA 1DEJA 3WEEB 3B8AX 5AQKA 1NGJA 5AZIA 3VF2A 2H3GX 4CZKA 3LM9A 4H0PA 3CJAA 3VOVA 4B9QA 2BTFA 2ASMA 5BREA 2QWNA 3SJHA 3RSEB 1H1VA 4H0YB 5BRDA 1SAZA 1TUUA 5EOYA 4WQ4C 4CD3A 1C0GA 5FPEA 5EX5A 2P9NA 4B1WB 3JS6A 3VENA 5BPNA 2NZTA 4M7YA 3CHWA 4BR7A 2IVOA 3QMLA 2AA4A 3DXMB 3L4IA 4H0VB 1YXQA 1KXPA 2WUSA 3MN9A 3U8XA 3H6EA 3GG4A 4FO0A 2Q0RA 4O5FA 3GOIA 1QQNA 4AM7A 2QWLA 3FE1A 5LY3A 3EKUA 3QB0A 2QWOA 4FWPA 4BRAA 4BRQA 2BUPA 5JICA 5JMVA 5AFUH 2PAVA 2ZF5O 5EVZA 4FPAA 4ISEA 2E2QA 3H45C 1P8ZA 3CJ7A 4FSVA 3SK3A 4JNEA 1ATRA 3O4WA 5BPLA 1R59O 2A5XA 5E26A 3HSCA 3VEOA 4BRHA 3AARA 1HKBA 3VEWA 4XH5A 3MK6A 2IVNA 3D2EB 5AQGA 3L6QA 1BU6O 3BUZB 1GLLO 1MDUB 3CI5A 1EQYA 4BRCA 1K8KB 3VF4A 3M3ZA 3DXKB 1NGAA 2W41A 5AQMA 2A42A 4JAXA 4DCHA 1QQMA 4H0XB 2A40A 4IO8A 4BRIA 2Q0UA 5AZJA 1WUAA 2Q97A 3VEYA 2W40A 3IUCA 3CETA 4YDUA 1C0FA 5AQTA 1TYQA 3SLCA 4A61A 2GWKA 4CZHA 3DXMA 3A0IX 4BRKA 2E88A 4EAHD 3AAQA 1JCGA 2FSKA 3FLCO 5AQYA 3VETA 5FPMA 1MWKA 4QS8A 4CBWA 2EWSA 2FF6A 4BRGA 4CD1A 4AM6A 3HTVA 4FWNA 4L3QA 1T44A 3FZKA 2P9KB 1LCUA 3ULEA 3M6GA 2VWBA 5LJVA 4B1VA 1S3XA 2E20A 4H0TB 2ITMA 3A5NC 2P9LB 3D7EO 3SMPA 4BR2A 1U2VA 2F9WA 4FOEA 1J6ZA 1NGBA 1IJJA 4EFHA 2IVPA 3S41A 4BRMA 3H1VX 2CGKA 4I6MA 3BF1A 5KPTA 3LDLA 3QFPA 1ZXOA 5BRFA 2CH6A 4B1YB 1JCEA 1CZAN 4DB3A 5AQIA 3UKUA 2FSJA 3D2EA 4K43A 2E2OA 2E2NA 4XH1A 3DAWA 5AQRA 3C7NB 3GBTA 3LL3A 3MDQA 2V51B 4XH4A 1XC3A 1ZC6A 1V4SA 3FR0A 3VPZA 3WXKA 4KBOA 1BA1A 2QWRA 4PKGA 3FZLA 5BRHA 3VEZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9UA 2DFEA 3OYAA 3LP3A 4H5WA 2GTDA 3ISNC 1VQ7N 5AQPA 5TKYA 2CGJA 3IFRA 2KW4A 4Z4CA 4FLXA 3BF3A 4CJ5A 3RMDA 4MO5A 3QEPA 4IOXA 1TL1A 3CMEN 5HBMA 4NO7A 3TAQA 3DJCA 3L2QA 3KTQA 1BA0A 3SBGA 4DF8A 2A41A 1NLVA 3MMVA 3J7ZO 4QOZB 4JLHA 3ZEUB 4DTMA 4YHHK 4CF9A 3AVJA 3HPGA 4H5VA 4DTSA 4DLEA 4BC5A 3LDQA 2O8FB 1OH7A 1IBKK 3NCIA 5BN9A 1RT5A 4CHZA 3WEEA 2QXLA 3C65A 3AGKA 4BE2A 3AO5A 5CYQA 3DYAA 3OYFA 4DFPA 5KQDA 2R7YA 3OYDA 3H1QA 3RSEA 3QDKA 1ZBIA 4FZXC 5JLHA 1NK5A 1NGCA 3A5MC 4I9QA 3FFKB 1QHTA 3PV8A 5AZIB 5CE3A 3AO3A 1M90O 3NH0A 1X9MA 4CHNA 3SMSA 3T1YK 4WQ5A 3I55N 3KLFA 4B3RK 3QLHA 4W5RA 4MDBA 3ENBA 4DSIA 4JI1K 2RPIA 3VQCA 4BC2A 1VSKA 4HTLA 2G8FA 3CM6A 3VGMA 4M7XA 3DM2A 2ZGYA 3W3DA 1XHXA 2AP1A 4F3TA 1NK4A 2D1KA 3T7ZA 3OA9A 1EO1A 4BE7B 3QESA 1ESVA 2Q1NA 1BIZA 4JI2K 4WYBA 4RG8A 1S9GA 4BQZA 3QICA 3LZIA 3O08A 4JHDB 2BANA 2D0PA 4CGHA 3THWB 4FJ9A 4CEBA 3DRPA 2YNHA 2FLOA 4WFNL 3NH1A 3H3NO 4FWSA 1J53A 3BP8A 3WT0A 2O4IA 4H03B 2A1SA 4O8KA 1WOQA 4JI5K 4LSNA 3RTVA 1LW0A 3OS0A 5C0YA 4CJLA 3G10A 4Q0BA 3KWIA 1IG9A 1ITGA 2NRXA 1IBLK 4DSFA 1QZ6A 1RTIA 3I33A 1KC8O 3WUHA 3VQPA 3OYIA 4ISFA 1K8KA 3A5OC 4PA1A 4X64K 2GWJA 2HHVA 4CJSA 1TL3A 5AQZA 3VERA 4NCBA 4CZMA 1YJWN 4BRPA 1D4XA 1ATNA 1IV0A 1DGKN 2JGUA 3PX4A 3H08A 4CJ7A 3AO1A 4CF1A 4NCGA 3NFAA 4MQ3A 3A2FA 1JCFA 3G25A 1SKWA 4N41A 1VQMN 3O8MA 4H4MA 2QEXN 4EP5A 4A2AA 3DLEA 4YOYA 4JHDA 1E4FT 4FM0A 1NJZA 1MU2A 2ZWHA 2F96A 2JWKA 4LD0A 3CCJN 2HBLA 4IDHA 4OVLA 3ZSXA 4WQ5C 5FROA 4I2QA 1P90A 3FZHA 3ULEB 2YCHA 1FKPA 5SZTA 3MN5A 1VSDA 2HW3A 3HVTA 2HF4A 4IXCA 3J81O 3M8QA 4E7IA 3F2KA 5KPRA 2OPPA 1GLJO 1J5OA 3F9MA 1KD1O 3M1FA 1RBTA 3OYKA 2OANA 1BO5O 2PZSA 4J2BA 2ZM6K 2UXCK 4DR7K 4MLEA 4N56A 3K9JA 3MCAB 3C7NA 3RRGA 1TK0A 3UKUB 1NJIO 4XIUA 1X1PA 3QFUA 1I39A 1WSGA 4DTRA 1NOYA 4UY8O 4LY7A 3TAEA 2QM1A 5AQVA 3CPWM 3O80A 2UU9K 2GBZA 4J2DA 1ASUA 4R5PA 4IG3A 4GV6A 3KK7A 1OH8A 4BEBA 3SV3A 4MO4A 5BN8A 3HOSA 3WNFA 4KTWA 3V81A 1L5UA 4DQ8A 2P9SB 5AQXA 1XHZA 3ZETB 4IWVA 2O8BB 4O55A 4BR5A 2A1RA 1KRPA 3NVMA 4NCAA 1NGIA 1U45A 3DLRA 3NE6A 1IH7A 2YHWA 1QQCA 5AQOA 4KAZA 1NJXA 1NBWA 1QQOA 1TKZA 4BACA 1JXEA 4BG9A 1ZBUA 2ZGZA 4CIGA 4LF4K 2OZMA 3ENHA 3THXB 4Q5VA 4KI4A 4GVEA 5J1EA 5C15A 4KHNA 3E01A 3VQ5A 2OPSA 5B8HA 2O8DA 3B8AX 4KFBA 4B8AB 3V9UA 3AVAA 3TANA 2BTFA 4CHYA 1H1VA 2E6MA 5M1KA 2NRWA 1BI4A 2ZJRL 3I0RA 4CEAA 2HNDA 3NH2A 4JKDA 1C0GA 2KZZA 5EX5A 1NJYA 4O4GA 1WAFA 4CGFA 3VENA 1O1WA 2B6AA 3NGYA 2F4VK 1X9SA 4O44A 2AA4A 3HXMA 3PSIA 3SAFA 1YXQA 1Q9XA 3MN9A 1I94K 4KB0A 2ETJA 3V9SA 5DK5A 4CEFA 4OPAA 3J7AP 1KLNA 1LW2A 4M3WA 2DFHA 3P5JA 3QB0A 4AILC 4DU3A 1FK9A 4HTUA 4DSEA 1KVBA 4BRAA 4J2AA 5HRSA 2PAVA 4FLTA 5EVZA 5HRPA 4A57A 2WC9A 5A2QO 2E2QA 2Z1IA 3PUFA 3JYTA 4FJLA 1ATRA 4DFMA 3BZKA 4OJRA 5LMUK 5FRNA 3VQ6A 4XH5A 2E5LK 2VQEK 4LF9K 1BU6O 3K58A 3BUZB 1VQ9N 4LF6K 1GLLO 1MDUB 3CI5A 2ATQA 3DMJA 4FJHA 3VF4A 2W41A 2A42A 3M8PA 4JAXA 1VQON 4JK7A 1RT7A 4OGEA 4AHUA 4DV2K 4IO8A 3OYBA 4JS5A 1BISA 4BRIA 4E72A 3IS9A 4MFBA 5JVHL 2Q0UA 2W40A 3HVRA 3NDKA 3HSTB 5AQTA 1TYQA 3F73A 3AAQA 5AQYA 3VETA 3I0SA 4CBWA 2EWSA 2FF6A 4IOAL 4FWNA 5C2DA 2O8CA 3FZKA 4B1VA 2E20A 3BZCA 4B9NA 4GV3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4C1N K;  3AA4 A;  4M3R A;  3D2E B;  1YHQ N;  1D5A A;  4BRC A;  3M3Z A;  4DV4 K;  2G8V A;  3DXK B;  4DCH A;  2HHU A;  1QQM A;  3TTF A;  3SUQ A;  2A40 A;  4Z4H A;  3HPH A;  3O3G A;  4LFC K;  5SWM A;  5AZJ A;  3VEY A;  1KFS A;  3SLC A;  2NRR A;  1EX4 A;  3SUP A;  4A61 A;  2GWK A;  3ID6 A;  4CZH A;  3CFP A;  3DXM A;  3VQE A;  3G71 N;  3TWH A;  4Y1D A;  3FLC O;  2OA8 A;  1MWK A;  1S9E A;  2P1J A;  4C8K A;  2P9K B;  5LJV A;  1IKW A;  3LAK A;  1M1K O;  1S3X A;  1TKT A;  2GV9 A;  3THY A;  4JKA A;  1NK0 A;  3A5N C;  2P9L B;  1F21 A;  4YOT A;  3ZT0 A;  1Q9Y A;  1NGB A;  1IJJ A;  1VRT A;  1JLB A;  2JLE A;  1SKS A;  3R3L A;  1KTQ A;  4I6M A;  4LH4 A;  1ZXO A;  2CH6 A;  5HRO A;  5M1P A;  3ZYY X;  4DUY K;  3KD1 E;  1CZA N;  1BCO A;  5AQI A;  2HBM A;  5GAD P;  5KRT A;  4LH5 A;  5FRM A;  3D2E A;  4K43 A;  2E2N A;  4IBN A;  1Q8I A;  4CJ4 A;  1RTJ A;  5AQR A;  3PIO L;  1ZBL A;  3TAR A;  5C42 A;  1R0A A;  4NXN K;  4FVU A;  3U3Y A;  3OS1 A;  1BA1 A;  3IG1 A;  4JKC A;  3L2W A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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