1YXQA

Crystal structure of actin in complex with swinholide a
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
367
structure length
355
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of swinholide a binding to actin
pubmed doi rcsb
molecule keywords actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Contractile protein
total genus 120
structure length 355
sequence length 367
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yxqA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yxqA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1yxqA03
3MDQA 2AP1A 5AZIA 3FZMA 4BVPA 1MDUB 1U6ZA 2IIRA 3FZLA 3LM9A 5E26A 1Z05A 3LDQA 3M3ZA 1BDGA 4EAHD 1R59O 4NO7A 3D2FA 1NBWA 4H0YB 4JNEA 4XH1A 3DJCA 4CZIA 3EL2A 4DHYA 3WXKA 3A8YA 5AQKA 3CQXA 1E4GT 2F9TA 2GTDA 1MWKA 2D1KA 1HPMA 4DQ8A 1XQSC 4BC2A 4MO5A 1TUUA 4PL8A 4BQZA 3VGLA 4FOEA 3VF2A 5LJVA 5ELZA 5AQLA 1QZ5A 4L3QA 4YDUA 4YDUC 2E2PA 4CZHA 3UKUB 4EIAA 2NRHA 4FPAA 3ULEB 3SJHA 3CJCA 3MMVA 4BRFA 1J6ZA 4XH4A 2V7YA 3QBXA 4B1UB 1BA1A 1GLAG 2A42A 1GLJO 2FSKA 3A5MC 3CHWA 4B1ZA 3VF4A 4BR2A 3L4IA 1KAXA 4H5WA 2NLXA 4H5NA 4MO4A 4CD1A 3RSEA 3VEVA 3FZKA 1ATRA 2V51B 4JHDA 3EN9A 4HWIA 4BRPA 4ISFA 3D2EA 3VEZA 3CQYA 5JLFA 4FWRA 1NGAA 1YUWA 2GUPA 3H46O 3IUCA 3QFPA 5E84A 4PL7A 3CERA 4O5FA 4CZJA 3IFRA 2YCHA 2P9SA 2W41A 3VPZA 4B1VA 5LY3A 3VGMA 3CI5A 1DGKN 2ASPA 2GWJA 1HX1A 3UKRA 3B8AX 4H5TA 2D4WA 4RTFD 3AARA 3VEOA 3QDKA 4FWLA 4FWNA 4H5RA 2D0PA 2QWNA 3SMSA 2J4RA 1BUPA 5AQOA 2QM1A 5BN9A 4FWSA 1ATSA 2DPNA 1E4FT 5AQRA 3WQTA 3GDQA 2A6AA 2P9KA 3WQUA 4NB4A 4JD2B 2AA4A 3WT0A 2E8AA 2IVNA 3QFUA 3FGUA 5EXWA 3HTVA 1JCEA 3M1FA 3ID8A 2A41A 4H0TB 3EKUA 2FSJA 3ZEUA 3O08A 2E2OA 4CZGA 4J8FA 3MN9A 2P9PA 1DEJA 1T6DA 2ASMA 2FXUA 2Q0UA 3LM2A 3QMLA 4CZEA 4B1YB 3J8AA 3LL3A 4H0XB 4CBXA 3KHYA 5AQNA 3LDLA 1T44A 1TYQA 4FL9A 1YXQA 4IO8A 2ITMA 1H1VA 2H3GX 2YJFA 1BG3A 5BPLA 3VETA 2Q36A 1ESVA 2P9LA 2QWQA 1V4SA 5KQDA 2A40A 1X3MA 3HM8A 4A61A 3H6EA 4BR5A 1Y64A 4BRKA 4DCHA 4B1WB 5BPMA 2ZWHA 2GWKA 3U9ZA 3FE1A 1HLUA 5BREA 2E2QA 3CIPA 3VGKA 1X9JA 2ZF5O 5AQPA 1Q18A 2E20A 4CZLA 2V7ZA 4KBOA 1RGIA 3O80A 3U4LA 1EQYA 4BR7A 2UYTA 3A5OC 4K25A 2ZGZA 1XUPO 3EO3A 1V4TA 1SQKA 5KPRA 5I9EB 3KVGA 4BRLA 3DXMB 4H0VB 2Q31A 1NGGA 1QHAA 4BROA 1XC3A 3UKUA 1K8KB 3ULEA 3A0IX 3BP8A 1BA0A 3H3NO 3DWLA 3C7NB 1LCUA 3ATUA 3I8BA 4PKHA 3FZFA 3FR0A 1KAZA 4BRIA 3O8MA 2P9UA 5AFUH 4BC5A 5BR9A 1HJOA 3SMPA 3VOVA 4RWTA 2QWLA 4AM7A 2HF3A 5AQWA 5FPNA 2E2NA 4WQ4A 4WQ4C 3VEYA 4H5VA 2BUPA 4GY2B 2Q2RA 2BTFA 2GEMA 1NLVA 3WEEB 5AFUA 2F9WA 4XEIA 4BGAA 1NMDA 3BF3A 1OKJA 4IWVA 1CZAN 5AQUA 3M6GA 1ZXOA 3H45C 3R6MA 2YHYA 3UB5A 4CD3A 4GNIA 4A2AA 3A5NC 1QZ6A 3O1WA 3H1QA 2HF4A 4HTLA 2HMPA 4LC9B 3O5BA 2I7NA 3ENOA 2CH5A 3BF1A 2E1ZA 4BRMA 3BUZB 1WOQA 3CJ9A 1RDWX 1YVNA 1MWMA 1BU6O 1NGHA 3GOIA 2CGLA 3UE5A 3MN7A 2I7PA 3JS6A 5BN8A 3F9MA 2QXLA 1HUXA 3EZWA 1QQNA 3DXKB 4K41A 4A62A 4C23A 2A3ZA 5TKYA 2V52B 1G99A 1GLBG 4MLHA 4CJ7A 4H0PA 5BRHA 3WXLA 4I6MB 4BRHA 3ZX0A 5AQYA 4Y0WA 2YHXA 1IJJA 4WQ5A 4WQ5C 1P8ZA 5AZJB 1ATNA 4BGBA 2IVPA 2CH6A 3MN6A 1BOTO 1U2VB 4AM6A 3H1VX 1T6CA 3GL1A 3CJ1A 2D0OA 1C0FA 4CZKA 5EX5A 4IJAA 2QWRA 1WUAA 1HKBA 4BRQA 1NGCA 5AQFA 1ZC6A 3FLCO 2P9NB 5FPMA 1GLDG 4FPBA 3I33A 4H03B 4BC3A 1D4XA 3LDNA 3ZX2A 4IJNA 5KPZA 2FSNA 2Q1NA 4BRAA 3FFKB 1KAYA 5F1XA 5FPDA 3HI0A 4PKGA 4A2BA 3ENHA 5AQVA 1HKGA 3FZHA 3GE1A 3R8EA 5BPNA 3D7EO 4M63C 5AQHA 3ZETB 4IXCA 5AQZA 3VESA 3A5LC 3VEXA 2QWOA 3DXMA 2KHOA 4IZ9A 4FWOA 1RFQA 1MA9B 4CBUA 2P9IB 1K8KA 2PAVA 1NM1A 4QS9A 1NWKA 4EHUA 2QWPA 3HZ6A 3C7NA 2YHWA 1NGFA 4QS8A 5JMVA 3MCPA 2CGKA 4O8KA 4JAXA 1BWFO 4DB3A 2YI1A 2Q0RA 1BO5O 1JCFA 2QWMA 5AZIB 3TPQA 2W40A 1QQMA 3LDPA 4B1XB 5EOYA 5LJWA 4E1JA 2GELA 2YJEA 5BRDA 1YAGA 3D2FB 4BREA 4WYBA 2NZTA 3BEXA 3AY9A 3QBWA 3L6QA 3L0QA 3C0BA 3WEEA 5EVZA 4H0OA 5FPEA 4FWQA 2CGJA 4BR4A 3EKSA 4CZFA 5CE3A 4BRDA 4BRNA 5AQXA 3QB0A 5EY4A 5ADXH 3U9DA 5AQIA 3O1BA 3MN5A 4BG8A 5AQSA 1QQOA 5AQGA 4B9QA 4PKIA 5JLHA 4BQLA 3WXIA 3R9PA 2P9UB 1SAZA 3SLCA 3TU5A 4FSVA 5ADXA 1S22A 3W3DA 2E88A 1Z6RA 3AAQA 3RSEB 3H3OB 3AAPA 3W0LA 3MK6A 4JHDB 3DXKA 4BRCA 4EFHA 1GLFO 1S3XA 1JCGA 4K43A 2HOEA 3U8XA 3VF6A 2ZGYA 4JD2A 4F9OA 3D2EB 4M7YA 4I6MA 5F0XA 1GLEG 5JICA 4XH5A 3P4IA 4EHTA 1ZBSA 5B8HA 4MLEA 2IVOA 4JN4A 5AZJA 3WXJA 2Q97A 4CBWA 2VYPA 1IG8A 2P9SB 3DAWA 2FF6A 3ATVA 2FLOA 4RCHA 1NGDA 1U2VA 1KXPA 3WUHA 3S41A 1GLLO 3UKRB 3GG4A 3ZX3A 3GBTA 3KZBA 2VWBA 5AR0A 1NGIA 4CI6A 4M7XA 3O4WA 1C0GA 5KQ8A 4BG9A 3LDOA 1X3NA 4FOIA 3VERA 2FF3B 4FO0A 5AQQA 2P9NA 4BR9A 4Z94A 2WUSA 3CJBA 3OHRA 5KPTA 3QICA 5AQJA 4BRGA 4K42A 2P9KB 3CJ7A 5AQTA 2A5XA 1HKCA 3IMXA 3CJAA 4QS7A 1NGEA 2PBDA 1NGBA 4BC4A 1SZ2A 4ISGA 2EWSA 5F2RA 1NGJA 3ZEUB 4BVOA 2E1YA 2VCPA 3ZETA 2OANA 3HBTA 1TUYA 1LOTB 2P9PB 3O6WA 4ISEA 4BR0A 5BRFA 1GLCG 2ASOA 3IDHA 2P9IA 1DKGD 3VEWA 1TYQB 3CETA 3JXUA 4CZMA 4FWKA 3VENA 3HSCA 3SK3A 2QW9A 2P9LB 4FWMA 4FWPA 3G25A 5AQMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3M8RA 3FZMA 1IKVA 1HYVA 3JYTA 3MWTA 1YVUA 2IIRA 2VWKA 3LM9A 4O4GA 3SAFA 2O4GA 5E26A 1UA1A 4A57A 4NO7A 1TV6A 1NBWA 4BE0A 3NHGA 1VRTA 3BZKA 3EL2A 3WXKA 3CQXA 2NRWA 4B3RK 1MWKA 1JXEA 3LZJA 1XQSC 4LH5A 3VGLA 4H4MA 3O3HA 1A5WA 3VF2A 3CMEN 3AVNA 3OYDA 5FLXO 5ELZA 3LPUA 4L3QA 4YDUA 5M1FA 4FPAA 3CCMN 1J6ZA 1ZYQA 1BA1A 1GLAG 2A42A 4MQ3A 3RRGA 5I42A 3CHWA 4M41A 2ZJPL 3VF4A 4H5WA 1VQMN 4KREA 2HHQA 4JI0K 4FK4A 3CD6N 5DM7L 3VEVA 3PSFA 2PFUA 3FZKA 4HWIA 3L2RA 4KHYA 2HBLA 5LMUK 4H8KA 4ISFA 3D2EA 3VEZA 4KTQA 4KH4A 4O44A 3PIOL 1YUWA 1EX4A 2VGMA 3U6FA 3QFPA 5E84A 4PL7A 1REVA 4O5FA 4CK3A 3IFRA 4JK8A 3MAQA 5C15A 2HNYA 3KIOA 3C95A 4W5OA 3C6TA 1DGKN 2ASPA 4CESA 3UKRA 1XWLA 4BE1A 3VEOA 2D4WA 5JS1A 2UXDK 4Z4FA 4FWLA 1LW2A 5C24A 3F5TA 3SUNA 4X62K 1D8YA 4Y1CA 4A59A 4PUOA 3TANA 1Q9YA 3I8DA 3O9SA 5AQOA 4Z4CA 3DLKA 3B6OA 4L8RB 1ATSA 3ZYYX 2DPNA 4B9TA 4NXMK 3WQUA 1KVBA 4OGCA 4NB4A 1HYSA 2AA4A 4YHHK 3KD1E 3QFUA 2O8BA 1JCEA 3M1FA 4IFYA 1LW0A 3MX5A 2D0AA 4JKHA 3K9JA 2O8FB 3ZSQA 4DSFA 3EKUA 3CYGA 3ZEUA 2E2OA 1ITGA 1RCHA 1W97L 1QE1A 2ASMA 2YX6A 2FXUA 3DRPA 1K6YA 3J8AA 4JI8K 1RBUA 1RTIA 2ITMA 4CHPA 1H1VA 1RBVA 4DV1K 2H3GX 3KKRA 1D9FA 5BPLA 1B9FA 5FRMA 3V81A 2Q36A 1ESVA 2P9LA 4FVMA 2A40A 3HM8A 4CEFA 3H6EA 1KVAA 1Y64A 3O4NA 4W5QA 4DCHA 1I3AA 2P5OA 1WBBA 4B3TK 1WLJA 5BREA 2E2QA 3VGKA 5J2MA 2X6SA 2ZF5O 3V9XA 4K8XA 1OH5A 3Q7BA 1NK6A 4ZHRA 1W9HA 4CECA 4CZLA 1ILYA 4AHTA 1CZBA 4BR7A 3A5OC 1RTJA 3T1AA 4DR2K 3NH0A 3SJJA 5I9EB 4DSJA 3DXMB 4H0VB 4OO1J 4BROA 1VHXA 1XC3A 3OYBA 3ZSYA 3DMJA 1VSIA 3C7NB 3ATUA 1WBDA 1VSMA 3O8MA 4M42A 1T8EA 2P9UA 1RDUA 3L3VA 5AFUH 3SMPA 1YF5L 3PSIA 4CF8A 4DLGA 4FLYA 4W5RA 1ASUA 1DTQA 2E2NA 4WQ4A 3ITHA 3QIPA 4H5VA 3LAMA 2GBZA 2QXFA 2FBXA 5J2NA 2BTFA 3QNOA 3VQ7A 1NLVA 4IG3A 1Y97A 4J2EA 4FJHA 3BF3A 4KB0A 4CJFA 4TSXA 5AQUA 3NDKA 1Q8IA 3L2QA 1QS4A 3UB5A 4GNIA 3A5NC 1QZ6A 5HOOA 4DR7K 3BZCA 3NVKA 2Q3SA 4JKFA 4JRPA 3G6EN 1NG9A 4JKCA 4BRMA 3BUZB 3L4QA 1MWMA 4LH4A 1BHLA 3IS9A 3F9MA 2QXLA 4FJJA 4ID5A 1HUXA 3EZWA 1NK4A 2V52B 1G99A 2OTJN 1YJWN 1QVFM 3KJVA 2X74A 3WXLA 4BACA 2D0CA 3O9QA 5AQYA 1RTHA 3C6HA 3S9HA 2YHXA 1KD1O 4WQ5C 3I0RA 1Q9XA 1DTTA 4DFMA 1U2VB 1JLQA 4AM6A 4MDAA 2GV9A 3GL1A 1S9GA 4B9SA 2GUIA 3NH2A 3OJSA 2KLAA 2ATQA 4PHTX 3OYCA 4BRQA 5AQFA 4DR6K 3V4IA 3QIOA 1GLDG 2NNWA 3CYMA 4H03B 3CM5A 4X65K 1LAWA 5JS2A 1D4XA 3CG7A 3RMBA 1BCOA 3OYFA 2KFNA 4XIUA 5F1XA 4Y1DA 3HI0A 1NK0A 4A2BA 5AQVA 3RMCA 3GE1A 3PX0A 3TTCA 3M8QA 3ZETB 4EP4A 3HPHA 2O8EB 4DV3K 3VEXA 3IKMA 4CFAA 1X9MA 2KHOA 4FWOA 3K5OA 3T1YK 3J7YP 1MA9B 2P9IB 4E1MA 2PAVA 1NWKA 4EHUA 1RILA 2QWPA 4JI6K 4CHOA 4AH9A 4KRFA 3T3FA 2CGKA 4O8KA 4DFKA 4E89A 3RWUA 2YI1A 2Q0RA 2QWMA 1QQMA 1T05A 3HO1A 5GIOA 4E1JA 2HNDA 3AA4A 5BRDA 4CEOA 1XC9A 4JI1K 3DRRA 4DWIA 1WSEA 5KGXA 4WFNL 3QNNA 3O9TA 3WEEA 1O13A 5EVZA 2B5JA 1TL1A 4CERA 5DM6L 4CK1A 3U3GA 2YNHA 2C1GA 3O1BA 5C2DA 5AQSA 5AQGA 3MEEA 1KTQA 3LWLA 3ZLJA 4ILGB 4BQLA 4IO9L 4C8OA 4KHPK 1FKOA 4DR1K 5ADXA 3CQ8A 2E88A 1VQ4N 3H3OB 1T03A 4DSEA 4BRCA 4EFHA 1S3XA 4KPYA 2BANA 3U8XA 2ZGYA 3VN5A 4R5PA 4GMJB 3D2EB 4CJ5A 1I94K 4CF1A 5JICA 3AO5A 4EHTA 2O8FA 5AZJA 3WXJA 2R7YA 3CCJN 4CBWA 2OA8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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