2A5XA

Crystal structure of a cross-linked actin dimer
Total Genus 119

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
370
structure length
342
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTII3 (306-309)S1 (8-12)TIV3 (71-74)S8 (150-155)TIV1 (13-16)TVIII1 (27-30)S2 (16-21)S3 (29-32)TIV2 (36-67)O1 (32-34)AH2 (113-127)AH1 (79-92)TVIII2 (69-72)S4 (71-72)3H1 (98-100)S15 (329-330)TI1 (92-95)TI6 (322-325)S6 (103-107)AH3 (137-145)S13 (247-250)AH6 (223-231)3H2 (172-174)S9 (160-166)TVIII3 (220-223)AH4 (182-195)S11 (176-178)AH5 (203-216)AH8 (274-284)TI3 (234-237)TI4 (242-245)3H3 (264-267)AH7 (252-260)TI5 (260-263)AH9 (290-295)3H4 (287-289)3H5 (302-304)S14 (297-300)AH11 (337-348)TI7 (332-335)AH10 (309-320)S5 (75-76)TII2 (108-111)S7 (131-136)S12 (238-241)TI2 (156-159)S10 (169-170)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Contractile protein
publication title The crystal structure of a cross-linked actin dimer suggests a detailed molecular interface in F-actin
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 119
structure length 342
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a5xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a5xA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2a5xA03
3P4IA 2VWBA 3L0QA 3O8MA 4ISEA 2Q1NA 2ZGYA 3AARA 1ZBSA 1WOQA 5JLFA 1GLLO 3BUZB 2HF3A 1RFQA 2YHWA 1T44A 2Q0UA 1HUXA 3HBTA 2FSNA 1ATNA 2P9UA 1HJOA 3ZEUA 1NMDA 1KAZA 2QWMA 4HTLA 4IXCA 4BRLA 2QW9A 4EHUA 1S3XA 4IWVA 1CZAN 3A5MC 2FLOA 2P9SA 3IDHA 5F1XA 1R59O 2GELA 3VEWA 2QWNA 4HWIA 3RSEB 2AP1A 1BO5O 1SQKA 4BQLA 4H0VB 4FWKA 1GLDG 5B8HA 5AQXA 4A2BA 3H3NO 3QBWA 3WXJA 2NRHA 4GY2B 4YDUA 3F9MA 4BC5A 4FO0A 2I7NA 3VF2A 3AAQA 1JCGA 1DEJA 3WXIA 3W0LA 1P8ZA 3VEVA 2FF3B 2H3GX 3GBTA 4BROA 4BR9A 5AQUA 3O1BA 4BR7A 5KPZA 1BU6O 1QQNA 3WUHA 4CD3A 3MN6A 4WQ5C 2YJFA 1XQSC 4XH1A 3BEXA 5ADXH 4RCHA 1NGIA 4BR2A 4DHYA 1SZ2A 1TYQA 1ESVA 4MLEA 3D2EA 2QXLA 1YAGA 3SLCA 1HKCA 4BGBA 2IIRA 1GLFO 3SK3A 2P9LB 2GWKA 3CETA 3M3ZA 2V52B 3C7NB 5EOYA 4EHTA 3ULEA 3CJ9A 4QS8A 4I6MB 4B1VA 4BGAA 4BRFA 3JS6A 4RTFD 1Q18A 4MO5A 5AQTA 3VETA 1H1VA 4FOEA 2ASMA 2P9UB 3HSCA 5AQKA 3ZEUB 3LDNA 3CHWA 2J4RA 1QQOA 2D1KA 4NO7A 1XUPO 1NGDA 4DCHA 1BA1A 4O8KA 5F2RA 4KBOA 5AZIA 1MWKA 3DXMB 1X9JA 5AQWA 2HMPA 2Q36A 3VGLA 1BWFO 1YXQA 4BREA 4CZIA 4CZGA 2YHXA 5AQPA 2ASPA 2HF4A 4NB4A 4ISGA 3FFKB 4XEIA 2P9SB 5ELZA 1NM1A 3VEXA 1X3MA 5BRDA 4CZKA 5KQ8A 2A5XA 2EWSA 1WUAA 1U2VB 4FSVA 1T6DA 2A6AA 5AFUH 3ATUA 4BVPA 2Q31A 3A5NC 3W3DA 3HTVA 3M6GA 4IO8A 5AZJB 1GLJO 3CJ1A 5BN8A 4IZ9A 3WEEA 4JD2A 3U8XA 2PAVA 4H5WA 5FPDA 2F9TA 3WQTA 3H45C 2E2QA 2QWLA 4K25A 3UE5A 4B1UB 4JHDB 2V7ZA 2P9PA 4BR5A 1GLAG 2YCHA 2VCPA 4BC2A 3DXKB 1KAYA 3H1VX 3WXLA 3EO3A 2W41A 3FZLA 4CZFA 3HZ6A 4FPBA 2P9NA 3LDOA 1ZXOA 2ASOA 5KQDA 2OANA 1C0GA 4DQ8A 3H6EA 2CH6A 4FWMA 2DPNA 4H0OA 3L4IA 2V51B 1NGEA 4BRMA 4BR0A 4CZMA 5AQIA 3CIPA 3KHYA 3ID8A 4FWOA 3FZKA 4FWNA 3O6WA 2P9KA 2ZWHA 3DWLA 4H0YB 5AZIB 2E8AA 3ENHA 3VEOA 5BRFA 2GEMA 3A0IX 3ENOA 3KVGA 5JLHA 3CJBA 5BPLA 4CZJA 3GOIA 5EY4A 2A3ZA 1ATRA 1D4XA 3O4WA 1TUYA 5FPNA 4B9QA 2D0PA 1ZC6A 2IVPA 3FE1A 2PBDA 4BRKA 5ADXA 3EZWA 5LJVA 4YDUC 4IJAA 4B1XB 1NWKA 3KZBA 4IJNA 5TKYA 3IMXA 3FZMA 3QMLA 3UKUA 4CD1A 2D4WA 5EVZA 2P9IA 4B1WB 3O5BA 2I7PA 1QQMA 3B8AX 3GE1A 4JD2B 3WEEB 2NZTA 3ATVA 4H5VA 4Y0WA 5AQLA 3AAPA 4O5FA 3A5LC 2UYTA 3D2FA 3LDLA 4H0PA 4H5NA 1HLUA 4XH4A 3VGKA 5LY3A 2E20A 3U9ZA 1K8KB 3CI5A 4BRHA 2IVNA 3BF3A 3VEZA 1HKGA 5AQJA 1SAZA 3VGMA 4MLHA 3TPQA 4A62A 5BPMA 2QWRA 3EN9A 4ISFA 1NGHA 3VOVA 3QFUA 2Q0RA 3S41A 3VESA 4BRNA 4QS9A 4BRQA 3O80A 5EX5A 2E1ZA 4M63C 4BC3A 2CH5A 2YI1A 3WT0A 4XH5A 5BR9A 3SMPA 1HPMA 4WQ4A 4F9OA 4Z94A 4BRPA 2P9KB 3BP8A 1DKGD 5AQHA 2E2NA 2A40A 3CJCA 3D7EO 4FWPA 1S22A 3MCPA 3HI0A 2AA4A 1QZ5A 5AFUA 4PL7A 4A2AA 2QWOA 4FWQA 3CQYA 4B1ZA 4WYBA 3TU5A 1V4TA 2BTFA 3LM9A 4WQ4C 5AQQA 2F9WA 4H0TB 1NGCA 3HM8A 3MDQA 3H3OB 3RSEA 3GG4A 3FZHA 1BOTO 5FPMA 4H5RA 3CJAA 3FZFA 4BRDA 5BRHA 3OHRA 1HKBA 3SMSA 1NGFA 4BRIA 3UKUB 4FWRA 3LM2A 5AQOA 3J8AA 2P9IB 3A8YA 1TYQB 1YVNA 3CJ7A 3EKUA 3D2EB 4CI6A 3BF1A 4EIAA 3FR0A 5JICA 2NLXA 3ZX0A 3QFPA 3ULEB 1V4SA 5AQRA 4BG8A 1Y64A 4BC4A 4C23A 5I9EB 5EXWA 2YJEA 2CGKA 2IVOA 4PL8A 3ZX3A 2ZGZA 3I33A 5BPNA 1C0FA 2P9LA 3IUCA 2E2OA 2E1YA 2GUPA 4EFHA 3SJHA 4I6MA 1LCUA 3AY9A 4EAHD 3WQUA 5E84A 4BVOA 4L3QA 3R8EA 2A42A 3MK6A 3VF4A 4JAXA 4PKGA 1XC3A 1MDUB 2D0OA 1IJJA 3ZETA 1J6ZA 3DAWA 3GDQA 3H1QA 1HX1A 2FSKA 4CBUA 5FPEA 2VYPA 4FOIA 3FGUA 2WUSA 3DXMA 1E4GT 1ATSA 1RDWX 2W40A 3C0BA 3EL2A 3M1FA 2ZF5O 3O08A 2Q97A 5AQGA 5BREA 3VEYA 5AR0A 1NGGA 1NLVA 1NGAA 2QWQA 5KPRA 4CZHA 3UKRA 5BN9A 1T6CA 5AQSA 4CZLA 1KAXA 1U2VA 4CJ7A 3QBXA 1NGJA 4WQ5A 1BDGA 4CZEA 3O1WA 3MN5A 2QM1A 1JCEA 1BUPA 1U6ZA 3MN7A 2P9PB 4K43A 5AZJA 4AM7A 3R6MA 1G99A 3LL3A 1QHAA 3LDQA 4LC9B 1BG3A 3MN9A 4FPAA 4QS7A 1Z6RA 1QZ6A 2V7YA 3R9PA 2P9NB 4FWLA 3U4LA 4BRCA 1E4FT 1GLEG 1NGBA 4JHDA 2YHYA 3FLCO 2A41A 3MMVA 1IG8A 3H46O 5CE3A 1JCFA 3L6QA 4BQZA 1DGKN 4RWTA 1BA0A 3DXKA 3CERA 2BUPA 3LDPA 3U9DA 2Q2RA 3QB0A 3CQXA 4E1JA 2E88A 4M7YA 5AQYA 2GTDA 4BRAA 1GLBG 2QWPA 4H0XB 1YUWA 2E2PA 2ITMA 5AQZA 4JNEA 4A61A 1EQYA 4AM6A 3UB5A 1RGIA 3IFRA 4BRGA 3ZETB 1OKJA 4J8FA 5E26A 4FWSA 2CGJA 4BR4A 4M7XA 2KHOA 1GLCG 4CBWA 5AQNA 1Z05A 4JN4A 2FF6A 3G25A 3QICA 1KXPA 4GNIA 2FSJA 2FXUA 4K41A 5JMVA 2HOEA 3I8BA 3VERA 1MWMA 3UKRB 5KPTA 5LJWA 3DJCA 3A5OC 3VPZA 2GWJA 4H5TA 3JXUA 5F0XA 5AQMA 4BG9A 4DB3A 3VENA 5AQFA 1TUUA 3D2FB 1X3NA 5AQVA 4MO4A 4H03B 4PKHA 1NBWA 2CGLA 4PKIA 4CBXA 3GL1A 3ZX2A 3WXKA 4K42A 3VF6A 4B1YB 1LOTB 3QDKA 3EKSA 1MA9B 3C7NA 1K8KA 4FL9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3P4IA 1IKXA 3J7AP 3O8MA 1OVQA 4E7JA 1KD1O 2G8KA 2UU9K 2ZM6K 4A5AA 1VQ5N 3BUZB 1TV6A 3CC4N 4CHYA 4KAZA 3HBTA 4FW2A 1ATNA 2P9UA 4F2SA 3DOLA 4AHCA 4HTLA 4E7IA 1GOBA 3RMBA 1S3XA 4FM1A 4BDYA 1R0AA 1CZAN 3A5MC 4IDKA 3IDHA 3ZCMA 1J5OA 1ZBFA 2QWNA 3WXMB 1BO5O 5CYMA 4FWKA 5B8HA 3NF8A 5AQXA 5C10A 4J2BA 4A2BA 2F8SA 4E1NA 3AAQA 1S72N 1JCGA 4CEFA 4FM0A 1DEJA 3W0LA 1P8ZA 3T69A 3CCQN 5KPZA 4CF2A 3AO2A 1RTDA 3THYA 3MN6A 4C1NI 3EE9A 1JKHA 1XQSC 3SQ0A 1NOYA 5ADXH 4YY3K 2HBLA 2WOMA 4DV6K 4FJ7A 3S3NA 4JI0K 1VQNN 4BE0A 3AVFA 1GLFO 3WNHA 2GWKA 1L5UA 3C7NB 4QS8A 3KD5E 4O8UA 3O9TA 1YJWN 1Q18A 2Z1IA 1YI2N 3J81O 3AGKA 2XY8A 5AJ3K 3C6AA 4DR2K 4FYDA 2ITGA 1H1VA 2ASMA 4AHVA 3HSCA 3QIPA 5AQKA 3ZEUB 2ZJQL 1NGDA 4JEPA 5AZIA 2XO7A 1YXQA 2NNWA 4CZGA 4KPYA 4PWDA 3O3FA 4ISGA 2HHHK 4XEIA 2P9SB 2YNHA 4E3SA 4C8MA 3VEXA 1X3MA 3VQ6A 3HPOA 4DR4K 5BRDA 3AVMA 4CZKA 4KRFA 4FSVA 2A6AA 4WE1A 4CJFA 3AVKA 2NUBA 1N5YA 4M3ZA 3DRRA 1OVYA 3HTVA 3M6GA 4IO8A 3W3DA 4CHPA 3RWUA 2WONA 1KTQA 4IZ9A 3HOSA 2HHTA 2KQ2A 2KW4A 3LZJA 4LF4K 1WNSA 4DFMA 3LAMA 1YVUA 4EP5A 3OYLA 3H45C 3SJJA 4K25A 2V7ZA 2RN2A 2YCHA 2W6LA 3HJFA 3H1VX 3O9QA 1W2BM 4B9TA 3WXLA 3SPZA 2W41A 3FZLA 5M1PA 3LDOA 3J7ZO 2ASOA 4JKGB 5C2DA 3AVIA 3PX6A 4ZTFA 2NRWA 3HM9A 3L4IA 1NGEA 2P5GA 4CF9A 3ID8A 1HR0K 1NJZA 1BIZA 3C94A 3TTDA 3CYMA 4KI4A 4IFEA 3ENHA 5K14A 5BRFA 4GV6A 5JLHA 3K5OA 4M3TA 2HNYA 2P5OA 1LW0A 5EY4A 2OCEA 1D4XA 4NLBA 4LH5A 3TSQA 5FPNA 4B9QA 3FE1A 4CJ5A 4M3UA 1L3UA 3PO5A 3N4QA 4KH4A 3MX5A 3SAFA 5LJVA 3KK7A 3DLGA 1NG9A 3IMXA 5EVZA 1RT5A 3T1AA 2I7PA 3GE1A 3B8AX 3ATVA 4B9SA 4Y0WA 3I55N 3TTCA 2JGUA 5AQLA 3H08A 3D2FA 5LY3A 1RBTA 1NJXA 1YT3A 1K8KB 4CGDA 3KWGA 5JS1A 2G8HA 3VEZA 3LDSA 3SNNA 3VGMA 4F8RA 2FC0A 1HNVA 4M3WA 2Z1GA 3L4QA 3T7ZA 3EN9A 3LP2A 4ELVA 1NGHA 4DTSA 3QFUA 2HHWA 2Q0RA 3VESA 4BRNA 1TGOA 2HNZA 4BRQA 4BWJA 5CY4A 5CZ2A 5IT9O 2E1ZA 2BDPA 2UXDK 3G71N 2YI1A 1HPMA 2D0BA 1C1CA 2D0CA 2KKZA 1SL2A 2G8VA 3CMAN 1A5WA 4CF8A 1HYVA 1Q9XA 3K2PA 1K8AO 4LFAK 2E2NA 3PSFA 1T3VA 4FWPA 4A5BA 4PL7A 4DQRA 4JI4K 1JXEA 4WYBA 3M8SA 1V4TA 3DLBA 2F9WA 4IOAL 3AA4A 3QO9A 3RVCA 5HBMA 3VQPA 1T7PA 4E7LA 3H3OB 3GG4A 2IC3A 1BOTO 3NMUA 3NH0A 1HYZA 4JS5A 3FZFA 4BRDA 3QEWA 3OVNA 1Q81O 3UIQA 3OHRA 3J7YP 3SMSA 4RW8A 1NGFA 3UKUB 1BI4B 2P9IB 3V1QA 1YVNA 4W5RA 3AVHA 4OPAA 4GKKK 5CHIA 3KLGA 1YJNN 4KTQA 5I9EB 1KCFA 1S1XA 4PL8A 3NGZA 2UUBK 2JWLA 2E2OA 4N41A 1WBBA 2WFBA 4EFHA 3RR8A 4I6MA 1LCUA 3LWLA 3AY9A 3WQUA 2KLAA 4XJXA 3OYEA 3BGRA 4WFNL 1OH5A 2G8FA 3VF4A 4IFYA 4PKGA 1RT3A 1MDUB 3OYNA 1UA1A 1NK8A 1L3SA 3ZETA 2JWKA 3GDQA 1K9MO 2OYQA 1W0HA 2HW3A 2WUSA 1TK5A 2W40A 4IG0A 3BZKA 3MWTA 2NRXA 3HO1A 1KVCA 3KLHA 5AR0A 3EYZA 2QWQA 1RTIA 4UQGA 3G6EN 4B9VA 2XRIA 3HL8A 3ZSRA 4CZLA 2F4VK 2QI2A 3O3GA 1U2VA 1TL3A 2XY7A 1NGJA 3MCAB 4CEOA 1N8RO 3EEQA 2YHBA 4CZEA 5M1KA 2ZJRL 3RRHA 3MN5A 3HOTA 1KVBA 1SUQA 1BUPA 4U7BA 3MN7A 2Q3SA 4DS5A 1HNIA 1BQNA 3DYAA 3SQ1A 3LDQA 4DUZK 4LC9B 4JI2K 3HK2A 1BG3A 4QS7A 2V7YA 3U4LA 2P9NB 4FWLA 1E4FT 4OGCA 4JHDA 5CE3A 5JVGL 4FJKA 1JCFA 4W5TA 1JLFA 4W5NA 1Z26A 2BUPA 3LDPA 4RW9A 3U9DA 4BY9C 3QB0A 2HHQA 1S6PA 4Z4EA 2E88A 3E9OA 4M7YA 4OGEA 4DV5K 5EU7A 4J2EA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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