2HF4A

Crystal structure of monomeric actin in its atp-bound state
Total Genus 123
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
374
structure length
364
Chain Sequence
DEEVAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTEEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELKDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI2 (92-95)S1 (8-12)S18 (329-330)S8 (75-76)S3 (29-32)3H1 (62-64)TI1 (13-16)S2 (16-21)TII1 (21-24)O1 (32-34)AH1 (55-61)S4 (35-38)TVIII1 (69-72)S6 (65-68)3H2 (98-100)AH13 (359-365)S9 (103-107)TII2 (108-111)AH3 (113-127)3H8 (350-352)S10 (131-136)TIV3 (129-132)TIV4 (165-168)S13 (169-170)S11 (150-155)TI3 (156-159)S12 (160-166)O2 (178-180)S14 (176-178)AH5 (182-196)TI5 (242-245)AH7 (223-232)3H7 (302-304)AH6 (203-216)TVIII2 (220-223)S15 (238-241)TI4 (234-237)S16 (247-250)AH8 (252-259)AH11 (309-320)AH9 (274-284)3H6 (287-289)AH10 (290-295)S17 (297-300)AH12 (338-348)TI7 (332-335)TI8 (334-337)TI10 (352-355)S19 (357-358)TI11 (353-356)AH2 (79-92)S5 (53-54)S7 (71-72)TIV1 (71-74)TIV2 (76-79)AH4 (137-145)3H3 (172-174)3H4 (260-262)3H5 (264-267)TI6 (322-325)TII3 (306-309)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Contractile protein
source organism Drosophila melanogaster
publication title Crystal Structures of Expressed Non-polymerizable Monomeric Actin in the ADP and ATP States.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-5C
total genus 123
structure length 364
sequence length 374
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hf4A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hf4A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2hf4A03
3VF6A 1DGKN 5BN8A 1BOTO 1NMDA 1GLBG 4IJNA 2YCHA 4Z94A 4O5FA 4BQLA 3AY9A 3H6EA 2D1KA 1ZBSA 1NGIA 4CD1A 5AZJA 1U6ZA 3VESA 4AM6A 1TYQA 4RCHA 1Q18A 3QBWA 2IVPA 3C7NB 4DB3A 4IXCA 2P9SB 2Q0RA 3GOIA 5TKYA 5BREA 2AA4A 5AQFA 3CQYA 2VYPA 2EWSA 1G99A 3I8BA 1GLJO 4F9OA 1GLAG 3IMXA 3DXKA 3A5LC 1BU6O 4BRCA 4BR2A 1S3XA 4IZ9A 2P9LA 4FWLA 5EOYA 1YAGA 3LDLA 4NB4A 2P9IA 4DCHA 1BUPA 1ZXOA 2QW9A 3CJAA 4BR9A 4Y0WA 4PKHA 3CJBA 2GWKA 1KXPA 4IJAA 1X3MA 2FXUA 1NGJA 1R59O 5EXWA 4FWPA 2BTFA 4B1UB 4LC9B 5AQYA 1SZ2A 1RGIA 2AP1A 5JLFA 3IFRA 4BRGA 4BRLA 4FOIA 2P9NA 5CE3A 3UKUA 3QFPA 4O8KA 3DXMA 3ULEA 1BO5O 2NRHA 4H0VB 4A2BA 3HTVA 2E2PA 4H0PA 4YDUA 4FL9A 5EY4A 1NM1A 1QQOA 2CH6A 4CZKA 4BRKA 4CZGA 2YJEA 4CJ7A 4CBUA 3D2FB 3UKUB 3AAPA 3WT0A 2E2QA 4H5VA 1V4SA 3TPQA 3VERA 2E88A 3ZX2A 2ZGZA 3M6GA 4WQ4C 4WQ5A 4BR7A 4K25A 1SAZA 2OANA 3ZEUA 3IDHA 3QDKA 1JCGA 2E2NA 5AQLA 1NWKA 1HJOA 2W41A 2QWQA 3DAWA 1V4TA 1ESVA 4JAXA 5AZIB 1BDGA 1GLFO 5JMVA 3ENOA 3D2EB 3R6MA 5LJWA 3CETA 3H3OB 3RSEA 3EL2A 3EN9A 4FWSA 4BRDA 4H5NA 3WXKA 1BA1A 4MLHA 4XH5A 4CD3A 3LDQA 5LY3A 4B9QA 1NGAA 5FPEA 1HKCA 2E8AA 1QQNA 1XUPO 1T6CA 4JNEA 1TUYA 3UKRB 4PKIA 3R8EA 4B1VA 2Q2RA 3CHWA 1ATNA 5BN9A 1HPMA 2GEMA 1NGCA 1ZC6A 3ATVA 5E26A 3R9PA 1NGFA 2I7PA 2WUSA 3A5NC 5EVZA 2FF6A 2F9WA 2CGJA 5KQDA 3VPZA 2P9UA 1U2VB 3C0BA 3AAQA 4JHDA 1C0GA 3LM2A 4KBOA 4M7YA 1YVNA 3QMLA 3DJCA 5F1XA 2HOEA 4NO7A 5AFUA 3CJ7A 5KPZA 4CZJA 5EX5A 3O5BA 3A5OC 4DQ8A 4JHDB 4PL8A 2ITMA 5BPLA 5AZJB 4ISEA 1NGBA 3BF1A 2VWBA 1TYQB 1C0FA 3MMVA 1NGGA 3L6QA 3O80A 4QS9A 1KAYA 4BRHA 2NLXA 1X3NA 2V52B 3ZETA 3O08A 4DHYA 5AQHA 2ZWHA 3OHRA 4H5TA 3MK6A 3CJCA 3FLCO 3CQXA 4RTFD 3HBTA 1NBWA 2Q31A 4JD2A 5AQPA 4QS8A 2BUPA 3HZ6A 3KVGA 3W3DA 3WUHA 2J4RA 3DXKB 3VETA 3MN9A 5AQVA 1JCEA 1HKBA 2H3GX 2HMPA 4M7XA 2P9LB 4BRQA 1NGHA 3WXIA 2P9PA 2ASPA 2P9IB 3H1QA 3BF3A 4K41A 5FPNA 5AR0A 2YHWA 1DEJA 4JD2B 2V51B 3HM8A 5BRFA 2A42A 1D4XA 3O8MA 5ADXA 4BVOA 3LDPA 2UYTA 2ZGYA 3A8YA 1LOTB 4FWKA 4FPAA 1WOQA 1IJJA 2P9KA 4BC2A 5B8HA 3H1VX 3VEZA 4K42A 1BWFO 3VGMA 1BG3A 4QS7A 3LDOA 3VEYA 4BGAA 1WUAA 2P9NB 2A3ZA 3CJ9A 4WQ4A 3MN5A 3DXMB 5AFUH 1GLDG 3ULEB 3GG4A 5AQQA 2Q36A 3SJHA 5AQXA 3FZMA 1HX1A 4XEIA 2FF3B 4H0OA 3JS6A 4H03B 1T44A 3FZHA 2YI1A 4BREA 5AQRA 4PL7A 3F9MA 1QZ6A 2YJFA 5LJVA 2IVOA 3VGLA 2Q0UA 4YDUC 2IVNA 5AQGA 4BG8A 4MO5A 2QWLA 3WQTA 4E1JA 1NGEA 1QQMA 5AQTA 3ID8A 5BRDA 1DKGD 3GE1A 3EKUA 1MA9B 5BPMA 4FWMA 3JXUA 3ZEUB 1K8KA 3EKSA 2V7YA 1HLUA 3I33A 3O4WA 5KQ8A 3GL1A 3ZX0A 3UE5A 3MDQA 3KHYA 3VEWA 1H1VA 3M3ZA 3QB0A 3QFUA 3SLCA 2Q97A 5AQKA 3O1BA 4C23A 4FO0A 3VEVA 3UB5A 3LM9A 3MN7A 3MN6A 5AQIA 3VEXA 3HSCA 3CI5A 3RSEB 1K8KB 3SMSA 5ADXH 3BUZB 1MWKA 4BG9A 4EIAA 4BC3A 2NZTA 3WEEA 1KAXA 2E1ZA 4EAHD 3A5MC 3GBTA 4L3QA 1S22A 3VEOA 2GELA 3W0LA 4CBXA 5AQZA 4B1ZA 1MWMA 1E4FT 3H45C 4AM7A 4M63C 2E2OA 5E84A 4BR4A 2QXLA 2FSKA 3O1WA 1QHAA 3BEXA 1XQSC 1HKGA 2GUPA 4CI6A 4BRNA 4JN4A 4MO4A 1KAZA 2I7NA 3EZWA 4H5RA 1GLCG 3C7NA 3EO3A 2ZF5O 3AARA 2ASMA 3HI0A 2P9SA 4EHTA 3LL3A 3TU5A 1RFQA 2P9UB 4BVPA 1E4GT 3A0IX 1OKJA 2QWNA 5AQMA 3BP8A 4BRAA 4WYBA 1YUWA 3B8AX 5AQWA 3LDNA 3H46O 4BQZA 2E1YA 5AQOA 5BR9A 2YHXA 4FWNA 2FSNA 4GNIA 3U9DA 2QM1A 2D4WA 4B1XB 2GWJA 4CZHA 4IO8A 3FGUA 5I9EB 2A40A 3FZFA 1LCUA 4XH1A 5F2RA 1Z05A 4FSVA 3WQUA 5BPNA 2GTDA 4BRIA 1JCFA 4A61A 1P8ZA 4FWQA 1ATSA 4K43A 5AQNA 2F9TA 4CZFA 3O6WA 4IWVA 3ZETB 3M1FA 4I6MA 1CZAN 1GLLO 4A2AA 1QZ5A 2QWPA 2A6AA 5ELZA 2FSJA 1ATRA 2A41A 3VGKA 4FWRA 4ISFA 3FZKA 4EHUA 3FZLA 4XH4A 4BRPA 3G25A 4I6MB 2E20A 1RDWX 2P9PB 4PKGA 1X9JA 4BROA 2KHOA 3VOVA 2QWOA 4BC4A 3DWLA 3WXLA 4A62A 4HTLA 5JLHA 2A5XA 2FLOA 2IIRA 3D2FA 3KZBA 5FPMA 2D0PA 4BRMA 4J8FA 3U8XA 2D0OA 4BR5A 5JICA 4EFHA 2DPNA 2P9KB 4FWOA 1T6DA 3FFKB 4BRFA 2Q1NA 1GLEG 1J6ZA 4MLEA 3QBXA 1TUUA 3VENA 3WXJA 1EQYA 3ENHA 5AQSA 3IUCA 1MDUB 5AZIA 4CZMA 3VF2A 4H5WA 4CZIA 5KPTA 2VCPA 3L0QA 4ISGA 2ASOA 3D2EA 4CBWA 2QWMA 3GDQA 5F0XA 3S41A 3J8AA 2V7ZA 3CERA 3FE1A 3P4IA 4FPBA 4CZEA 2CH5A 3D7EO 4H0YB 4BGBA 4WQ5C 4HWIA 5FPDA 1Y64A 2HF3A 3CJ1A 3U4LA 4CZLA 3ZX3A 3U9ZA 4FOEA 3UKRA 2YHYA 3QICA 3ATUA 3MCPA 5AQJA 5BRHA 3H3NO 3VF4A 2QWRA 4RWTA 2W40A 1YXQA 4GY2B 3SMPA 1HUXA 1SQKA 2CGLA 2CGKA 3CIPA 4B1YB 2PAVA 3FR0A 4H0XB 1XC3A 1BA0A 1IG8A 4H0TB 1NGDA 1U2VA 2PBDA 3L4IA 5AQUA 1NLVA 3SK3A 3WEEB 5KPRA 4BC5A 2HF4A 4BR0A 1Z6RA 4B1WB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZJQL 1SKSA 5JENA 4FVUA 1GLBG 3VTIA 1SL1A 4Y1CA 1YIJN 4BECA 3AVIA 4Z94A 3CCSN 4RW6A 3SJJA 1ZBSA 2P5OA 4CIFA 4DTSA 3CQ8A 1NGIA 4K8ZA 3C7NB 4DB3A 5LMUK 4A59A 4CJQA 1IBLK 3CQYA 3V9SA 2HHSA 3WNEA 1CZ9A 1VSFA 2VYPA 1QVGM 1QSYA 2EWSA 3I8BA 3MWTA 1C1CA 4IKFA 3A5LC 1WNSA 4W5OA 2GV9A 3PSIA 4JLHA 5GAGP 4B9SA 1XHZA 1YAGA 4HVJA 1KRPA 2GWKA 3AV9A 2FXUA 3T3FA 3NBPA 1R59O 5EXWA 3F9KA 3BZCA 4B1UB 1D5AA 1RGIA 3DLGA 3OVNA 1RNHA 3DLRA 4BRLA 4DQRA 4JKHA 3UKUA 4DSKA 3ULEA 4FJKA 1C0TA 5CZ2A 1LWCA 4W5QA 3TAEA 4H0PA 5EY4A 1NM1A 3U6FA 1HMVA 3CF5L 3OW2M 1NK5A 4F4KA 4QAGA 4CFBA 4NYNA 4A5BA 3QNNA 4CBUA 3D2FB 1S1VA 4FLXA 1NJWA 1EP4A 1REVA 1BHLA 3HJFA 4IDHA 3SQ1A 2QKBA 4BR7A 4CJSA 3NH1A 4K25A 2OANA 5CYQA 3ZEUA 2KKZA 3QINA 3VQ6A 3QDKA 2OTLN 2HVIA 1NWKA 1HJOA 4I2PA 2QWQA 2YKMA 3DAWA 1V4TA 1ESVA 1XC9A 1BDGA 4NCGA 2HB5A 2YV0X 4GV6A 2GBZA 3ENOA 3CXCM 1RTJA 1TV6A 2HNYA 4FWSA 2HHXA 3WXKA 4B9UA 1BA1A 3NH2A 3LDQA 4IFEA 4B9QA 4CJ5A 3CM6A 5FPEA 3M8PA 3MX5A 2HW3A 3MXIA 5A2QO 3HT3A 4JNEA 1Q7YO 4FM0A 3ID6A 3DLLL 3CHWA 4FYDA 3NCIA 1CLQA 1Q8IA 3E9OA 4X64K 1TK5A 5J2PA 2G8UA 2JGUA 4RW9A 3CCEN 4DSIA 2X6SA 3A5NC 2FF6A 1KLNA 2F9WA 3KK2A 1SKRA 4O0JA 3K57A 1U2VB 3AAQA 4Z4FA 4JHDA 3OYNA 3OYJA 1QQCA 4CJ4A 1N5YA 4M7YA 1L3SA 4C1NI 1JL1A 3DJCA 5C2DA 4JS4A 4YOVA 2E4LA 4RW7A 4E89A 2G8IA 1TKZA 2X78A 3G4SN 3OYGA 2UXDK 3OYLA 2JWLA 4ISEA 4JI0K 2VWBA 3KD5E 3AVCA 1GOAA 1NGGA 3L6QA 3CCMN 1XMOK 4BRHA 1Q81O 5GAHP 3ZSYA 2ZWHA 3G0ZA 2VQFK 3C6HA 3MK6A 3IS9A 3VN5A 2QXFA 2Q31A 3TWHA 3WUHA 3W3DA 3CPWM 1B9DA 2FBYA 1HKBA 2HMPA 1OH5A 3QERA 1NGHA 3WXIA 2P9PA 3ZSQA 4IFVA 3L2RA 1CXQA 1DEJA 4JD2B 5BRFA 1D4XA 2UYTA 2ZGYA 3A8YA 1LOTB 4A5AA 4FJ5A 3CD6N 2WTUA 1BWFO 5HL7L 4OLAA 1BG3A 2HHHK 3TAQA 4M3TA 5J1EA 3VA0A 3ULEB 4XIUA 2O4IA 4Z4GA 3JAMO 1FKPA 3SYZA 3PV8A 2G8HA 2AJQA 4LH5A 3SJHA 3LWMA 5AQXA 1BL3A 4O5BA 4JI2K 4DWIA 3FZHA 2YI1A 3L4QA 1QZ6A 1YTUA 2W00A 3VGLA 4B08A 5AQGA 4BG8A 3SZ2A 4KREA 4BDYA 1NGEA 1QQMA 3ID8A 3GE1A 3EKUA 1SKWA 3L3VA 4B3MK 3TAGA 3ZEUB 1K8KA 4KI6A 1DTTA 4CEAA 3ZX0A 4AHRA 5KGXA 3K5OA 3TARA 2YNIA 3LM9A 4HHTA 3HSCA 3SNNA 4E72A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2ZJQ L;  1SKS A;  5JEN A;  4FVU A;  1GLB G;  3VTI A;  1SL1 A;  4Y1C A;  1YIJ N;  4BEC A;  3AVI A;  4Z94 A;  3CCS N;  4RW6 A;  3SJJ A;  1ZBS A;  2P5O A;  4CIF A;  4DTS A;  3CQ8 A;  1NGI A;  4K8Z A;  3C7N B;  4DB3 A;  5LMU K;  4A59 A;  4CJQ A;  1IBL K;  3CQY A;  3V9S A;  2HHS A;  3WNE A;  1CZ9 A;  1VSF A;  2VYP A;  1QVG M;  1QSY A;  2EWS A;  3I8B A;  3MWT A;  1C1C A;  4IKF A;  3A5L C;  1WNS A;  4W5O A;  2GV9 A;  3PSI A;  4JLH A;  5GAG P;  4B9S A;  1XHZ A;  1YAG A;  4HVJ A;  1KRP A;  2GWK A;  3AV9 A;  2FXU A;  3T3F A;  3NBP A;  1R59 O;  5EXW A;  3F9K A;  3BZC A;  4B1U B;  1D5A A;  1RGI A;  3DLG A;  3OVN A;  1RNH A;  3DLR A;  4BRL A;  4DQR A;  4JKH A;  3UKU A;  4DSK A;  3ULE A;  4FJK A;  1C0T A;  5CZ2 A;  1LWC A;  4W5Q A;  3TAE A;  4H0P A;  5EY4 A;  1NM1 A;  3U6F A;  1HMV A;  3CF5 L;  3OW2 M;  1NK5 A;  4F4K A;  4QAG A;  4CFB A;  4NYN A;  4A5B A;  3QNN A;  4CBU A;  3D2F B;  1S1V A;  4FLX A;  1NJW A;  1EP4 A;  1REV A;  1BHL A;  3HJF A;  4IDH A;  3SQ1 A;  2QKB A;  4BR7 A;  4CJS A;  3NH1 A;  4K25 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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