2HMPA

Uncomplexed actin cleaved with protease ecp32
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of polymerization-competent actin
pubmed doi rcsb
molecule keywords actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Structural protein
total genus 124
structure length 360
sequence length 371
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hmpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hmpA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2hmpA03
1LCUA 2E20A 4BRAA 5BREA 3IUCA 4CBUA 1X3NA 4A2BA 1V4TA 3WXIA 2D0PA 3R6MA 4FWSA 3F9MA 2EWSA 2IVPA 3DWLA 4NB4A 5E84A 4AM6A 3O80A 1HKCA 5CE3A 4B9QA 4M7YA 4BGBA 1MA9B 3HI0A 3VEXA 3ZEUA 5AZJA 2VYPA 3CQYA 2J4RA 2OANA 3M1FA 3QMLA 5AZIA 4H5VA 2P9PB 3IDHA 3IMXA 5ADXA 2ZF5O 4BGAA 4BRDA 5FPEA 3EKSA 3LL3A 3EL2A 2I7NA 1JCGA 3H1VX 3J8AA 2FXUA 2NZTA 2E8AA 4IXCA 5BRFA 2F9TA 3LDNA 5JLFA 1OKJA 3WEEB 1Z6RA 4MLEA 1NGAA 4CZIA 1BUPA 2Q97A 2V7ZA 3DAWA 3MDQA 5AQQA 2E88A 2NLXA 1NBWA 3CJ1A 4C23A 3LDLA 3BEXA 3RSEA 1K8KA 1X9JA 1S3XA 2GWKA 3O6WA 1E4GT 1TUUA 1HX1A 1GLLO 3M6GA 3QBXA 1ESVA 3CIPA 4JHDA 2D1KA 4FWNA 1JCFA 4H5NA 3VF2A 3HSCA 3A5NC 4A62A 1ATSA 4BR4A 3HTVA 3L0QA 3LDOA 5AFUA 2AA4A 3GG4A 4FPBA 4JD2B 4QS8A 5AZJB 1CZAN 3FE1A 1NM1A 5KPZA 3ZX0A 2AP1A 3CHWA 3AAPA 4M7XA 5AZIB 4B1VA 5KPTA 1U6ZA 3L4IA 3ULEB 3S41A 3MCPA 5AQYA 1Q18A 3O08A 3U8XA 1C0GA 4RWTA 3QBWA 4ISGA 3I8BA 1WUAA 4Y0WA 4CBXA 4PL7A 1BDGA 3ATUA 1HUXA 2ASPA 3DXKB 5AQWA 3DJCA 5EXWA 3IFRA 4PKHA 3DXMA 3GBTA 4PKGA 2IVNA 2V7YA 3U9ZA 1C0FA 3RSEB 4M63C 3EZWA 3CI5A 3FFKB 3H1QA 3WXLA 4H03B 3A8YA 2YHYA 1NGGA 2QWOA 3LM9A 1LOTB 3VF6A 2E2PA 4B1ZA 3FZMA 3W0LA 4FPAA 4YDUC 5EOYA 2A41A 4HTLA 2E2NA 3ZETA 5AQVA 5AQKA 4BC2A 3B8AX 2QWPA 5AR0A 1P8ZA 2HOEA 2YJFA 4IJNA 1TYQB 4MLHA 4BR2A 3M3ZA 2Q1NA 2Q0RA 2P9LB 1QQMA 5ADXH 3UKRB 2P9SB 4MO5A 4O5FA 2GEMA 3H45C 5AQPA 4EAHD 4CZGA 4YDUA 5AQRA 1MWMA 4QS7A 3WT0A 2A6AA 2VCPA 1QQOA 5AQLA 3I33A 2PAVA 1SQKA 2VWBA 3DXMB 4EHTA 5KPRA 2A3ZA 4CZEA 4FWLA 1KAYA 5ELZA 2GELA 4WQ5C 4XH1A 2ZGYA 4Z94A 3GL1A 5AQTA 4JD2A 4XH4A 2FSNA 3QICA 4B1UB 4I6MB 3U4LA 3VEOA 3JXUA 5BPNA 1QZ5A 3ENHA 3ULEA 1DEJA 1HLUA 2E2QA 5AFUH 3ZETB 5JLHA 4H5TA 4BRPA 3MN6A 1NMDA 3VGKA 4DB3A 3D2EA 2I7PA 3CQXA 4WQ5A 1T6DA 1XQSC 3SMSA 2A5XA 3DXKA 3R9PA 5AQHA 3TPQA 2KHOA 5EY4A 1KAXA 2FSJA 3C0BA 3QFPA 4CZFA 3CJAA 5AQSA 4BG8A 1GLCG 1NWKA 1KAZA 3BUZB 1ZBSA 2P9KA 1RGIA 4K25A 2P9NA 4CD1A 5LJVA 2P9UB 1TUYA 4BRIA 5BRDA 2QWNA 5B8HA 3KZBA 1GLFO 3VGLA 1GLEG 2P9IA 1GLBG 1U2VA 2YHWA 4QS9A 3HZ6A 4H0PA 3O1WA 4A61A 1X3MA 1NGDA 1TYQA 5KQDA 1MWKA 2P9LA 3VOVA 4BQLA 1XUPO 5JMVA 1ZC6A 3UKRA 2P9SA 4PL8A 1Y64A 4BRHA 1HKGA 2ASOA 4BVPA 3LDPA 5JICA 1BA1A 3D2EB 3H46O 2E1YA 2CH5A 1ATNA 1QQNA 3HM8A 2FF3B 4H0TB 5AQZA 1IJJA 1BU6O 4HWIA 2NRHA 3GOIA 1RDWX 1ZXOA 4CD3A 4BQZA 3SJHA 1BA0A 2GTDA 3W3DA 1NGIA 4FL9A 4AM7A 3A5MC 2P9KB 3MN5A 3VEZA 2P9NB 1BO5O 3ATVA 4I6MA 3P4IA 4H0OA 3UKUB 1EQYA 1RFQA 2BTFA 3FZKA 1KXPA 1HKBA 1GLJO 2P9IB 1U2VB 3U9DA 1S22A 2DPNA 4FWPA 3FLCO 4IWVA 2UYTA 3VEVA 4K42A 2YHXA 3HBTA 1NGJA 3D2FB 2H3GX 2ITMA 4IJAA 3O5BA 4PKIA 4BRFA 3EKUA 5LJWA 1E4FT 4K41A 4JNEA 4DQ8A 2E1ZA 1GLDG 3D7EO 2WUSA 4CBWA 4FSVA 1ATRA 4BR0A 4FO0A 1DKGD 3FZFA 4H0YB 4BRNA 2HF4A 5EX5A 3JS6A 4CI6A 5AQGA 1T44A 3VENA 3CETA 2P9UA 1YAGA 3UB5A 2QM1A 4BRGA 2QWQA 4CZMA 4DCHA 5I9EB 3FR0A 3VEYA 4H0VB 5LY3A 2GWJA 4BR9A 1H1VA 3VF4A 4L3QA 4RCHA 5AQUA 4EFHA 3O1BA 2QWLA 1NGCA 2YI1A 3SLCA 2CH6A 2YJEA 5FPMA 2QWMA 4EIAA 1T6CA 3FGUA 5FPNA 2BUPA 3VPZA 4F9OA 4H5RA 1SZ2A 2FLOA 5BPMA 3CJ9A 3CJBA 1NLVA 2D0OA 3VGMA 2E2OA 3GE1A 2W40A 3FZHA 3OHRA 3A0IX 5KQ8A 4BRMA 3QFUA 3CJCA 3KHYA 3VEWA 1MDUB 3AAQA 3ZX2A 5BPLA 4ISEA 4BR7A 3C7NA 2V52B 4K43A 3H3OB 2CGLA 2FF6A 3MMVA 2Q0UA 2ZWHA 1NGHA 1BWFO 1D4XA 3LM2A 3UKUA 2A40A 3H3NO 4B1XB 3BF1A 3ENOA 3QB0A 3A5LC 4CZLA 4BREA 3LDQA 1R59O 5EVZA 1JCEA 2ASMA 1NGFA 4FOIA 3SK3A 5AQJA 3UE5A 5TKYA 4JN4A 4XEIA 4BROA 1BOTO 1IG8A 3D2FA 3O4WA 1DGKN 4JAXA 2CGKA 2Q31A 3AY9A 5FPDA 2CGJA 3EN9A 4A2AA 3MN9A 4B1WB 2IIRA 5BN8A 1NGBA 4E1JA 3O8MA 4BRQA 3FZLA 4WQ4C 2QW9A 2HF3A 1V4SA 1BG3A 1J6ZA 2GUPA 5AQMA 4FWKA 2FSKA 3H6EA 3ZEUB 4CZJA 2PBDA 2QWRA 4B1YB 4FWMA 4CZHA 4CZKA 4H5WA 3SMPA 5BRHA 4FWRA 3VERA 2D4WA 3BP8A 1WOQA 1XC3A 1YVNA 4BC3A 3GDQA 3C7NB 4H0XB 4IO8A 3WQTA 4CJ7A 1HPMA 4MO4A 4O8KA 2IVOA 5E26A 5AQNA 3MK6A 4IZ9A 4DHYA 5F0XA 3WQUA 3AARA 3QDKA 3ZX3A 4BVOA 4WQ4A 4WYBA 1NGEA 5AQOA 5BR9A 3VETA 2V51B 1G99A 4GNIA 3R8EA 2YCHA 2Q2RA 1K8KB 2F9WA 4RTFD 4BRKA 1Z05A 4XH5A 4NO7A 4JHDB 4BRLA 5BN9A 3CERA 5F2RA 1SAZA 2P9PA 3ID8A 3G25A 3WUHA 5AQIA 3CJ7A 4BG9A 4EHUA 4BRCA 4J8FA 3WXKA 1QHAA 3EO3A 4KBOA 3WXJA 3VESA 4BC5A 4GY2B 1HJOA 2A42A 4FWOA 4FOEA 4FWQA 2W41A 4BC4A 3WEEA 1YUWA 1GLAG 1YXQA 3L6QA 2Q36A 3A5OC 5AQFA 1QZ6A 4BR5A 3KVGA 2HMPA 5AQXA 3TU5A 2QXLA 3BF3A 4ISFA 3MN7A 5F1XA 2ZGZA 4LC9B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BANA 4HUFA 4LH5A 4TSXA 1TKDA 4A2BA 1D9DA 3DWLA 2OTJN 3NBPA 4ZTFA 1HKCA 1CZBA 2DY4A 5JVHL 5KRSA 4O0IA 4BGBA 4FZXC 3ZEUA 1Z26A 3B6PA 3M1FA 3F5TA 5AZIA 4JI0K 3OBWA 4DR5K 3IMXA 4BGAA 1T05A 4FJIA 3H1VX 3BZCA 3O9SA 4IXCA 3MXJA 3KIOA 4E7KA 1Z6RA 4C8KA 3AVLA 3DLGA 4CZIA 1BUPA 4H4OA 3HL8A 1ITGA 3VQ9A 4CJKA 4O0JA 3R1XA 4DQSA 1ZBHA 3K2PA 3CM6A 3ENBA 3OS2A 1S3XA 1E4GT 4A5BA 3OS0A 1ESVA 2D1KA 1VSLA 4H5NA 4OPAA 4GV6A 1QSSA 1ATSA 1HNXK 4I2QA 3L0QA 4GV3A 1RBRA 1QSLA 5C10A 2PYLA 4JD2B 2IC3A 1CZAN 3FE1A 1NM1A 4CIFA 4B1VA 2HHQA 5HROA 2VWKA 3Q7CA 3MCPA 1XHZA 3U8XA 1OH6A 3MX5A 4Z4IA 4DG1A 2HB5A 5HBMA 4FLUA 4JS4A 3DXKB 3HO1A 2IVNA 3I8DA 3OYFA 3ZT4A 3H1QA 4KREA 3EE9A 1FKOA 3DRPA 2QWOA 2IGIA 2BDPA 4B1ZA 3FZMA 5HRRA 4CJSA 1LAVA 3V9UA 4FPAA 3E66A 2PFUA 3AA5X 4N41A 3CD6N 4X64K 4CJVA 2AJQA 4IG3A 3F2KA 4W5RA 1P8ZA 2YJFA 2A1SA 3P1GA 4MLHA 4BR2A 4NCAA 4E3SA 1A5XA 2P9LB 1SL1A 2RF2A 3OA9A 5ADXH 4MO5A 3MWTA 4FJHA 4I2PA 1HNWK 4OKKA 5KRTA 4YDUA 5AQRA 1RNHA 1ZBIA 3QIOA 2FBYA 1NMNA 4Z4GA 5AQLA 1QQOA 3ZYYX 3HOTA 4FK0A 1SQKA 3THXA 1Q9XA 2NRZA 3S3NA 3DXMB 2A3ZA 4FWLA 1KAYA 4FJMA 2O8EB 4XH1A 3QEVA 4KH6A 1HYVA 1XI1A 1X9WA 1TKZA 1GOBA 4I6MB 1BI4A 4JKFA 3ULEA 5AJ3K 4DSEA 4FJ5A 5AFUH 2O8FB 4JKGB 4KHYA 5SWMA 4H5TA 3MN6A 2HHXA 3V4IA 3VGKA 4Z4FA 4AF1A 3NH1A 4BECA 2I7PA 4CGHA 5DM6L 2WOMA 4UQGA 4F3TA 3R9PA 5AQHA 4CERA 1KAXA 2FBVA 4X66K 3PSFA 4DFKA 4BG8A 4DTJA 1YVUA 4OLAA 5J2PA 3C95A 2QTDA 4LF9K 1RGIA 4K25A 5KGWA 4JK7A 4M3RA 1D9FA 4E1MA 4BRIA 4RW6A 4DR2K 4PHTX 3O3GA 1GLFO 1XMQK 1ASVA 3THYA 1U2VA 3NDKA 3MX2A 1J9AA 3KLEA 1YI2N 5E41A 4A61A 2HBMA 3OYJA 3C6TA 4BQLA 5JMVA 4AHVA 4DF8A 3UKRA 4OKEA 4BRHA 4HUEA 4B3TK 5CYQA 3MCAB 2ASOA 4BVPA 3LDPA 5JICA 4KKOA 3D2EB 4RW7A 4E72A 3HM8A 1U47A 5AQZA 1BU6O 4DU3A 4E89A 1VRTA 2KQ2A 1Y97A 1BA0A 4W5NA 1KVBA 2W6KA 5CY4A 1WNSA 4AM7A 3A5MC 3MN5A 3VEZA 3OYLA 2P9NB 2A1RA 1S9GA 2WONA 4KB0A 3P4IA 1LWFA 3D6RA 1EQYA 3NH0A 4YOXA 2BTFA 3PX4A 4CFBA 5BR8K 3MWPA 1VHXA 3M8SA 3U9DA 3SCXA 1S22A 3FLCO 3QIPA 2UYTA 2YHXA 4I7FA 4FJ9A 3D2FB 1HNZK 4FJ8A 3DLBA 1JLBA 4PKIA 4FCYA 1UOCA 2HSTA 1E4FT 1JL2A 4DQ8A 3D7EO 4L8RB 4DV5K 2NRXA 4H0YB 4BRNA 3AGRA 4YNQA 2HF4A 5EX5A 5AQGA 3J81O 4FM0A 3CETA 3LP0A 4UY8O 3ZSYA 3LP3A 3SPZA 3O9TA 1YTAA 1T7PA 3PX6A 1REVA 1S72N 2OPQA 3VQDA 4FJJA 4H0VB 3AO4A 3VF4A 1IBLK 1JJ2M 1JKHA 1JLQA 2QWLA 3O1BA 1EX4A 2YI1A 4B3RK 2CH6A 4ILGB 4WFBL 4W5QA 5FPNA 1TGOA 4Y1CA 3VPZA 3DLKA 1HYZA 4F9OA 2FLOA 3K5LA 3CJ9A 2D0OA 4GMJB 3KD1E 4J2EA 1S9EA 5KQ8A 4BACA 3QFUA 4FM1A 3EE8A 3HP6A 1MDUB 1XC9A 1LWCA 3CFOA 4KHPK 3HPHA 4ISEA 1DLOA 4E7JA 3ZSWA 3G4SN 4DTUA 4DV4K 3AVIA 2WFBA 1VQON 1BQNA 3LM2A 1ASWA 3LDSA 3QB0A 1M90O 4DR7K 4CZLA 4DSLA 2JGUA 5EVZA 2ASMA 3AVCA 2YNFA 4PA1A 1KFSA 3L3VA 5AQJA 3TAPA 4JN4A 4XEIA 2X78A 2HHUA 3THVA 3O4WA 1BL3A 4CJPA 1SKRA 1NG9A 2VG7A 3AVBA 2Q31A 3AY9A 5FPDA 2CGJA 3NGYA 3WNGA 4BE1A 4B3SK 3MN9A 2IIRA 3J7ZO 4YOYA 4KHUA 3FZLA 4FJ7A 3OYMA 4KV8A 1BG3A 3ZEUB 1VSMA 4CZJA 2G8KA 2FSKA 2HBJA 2PBDA 4JRQA 5FDLA 1EP4A 4EP5A 2VGNA 3VQ7A 3SMPA 4FJKA 4JRPA 4KH5A 3NVMA 4DU4A 3TAFA 4BC3A 4H0XB 1HPMA 4LD0A 3L2RA 4MO4A 2IVOA 5E26A 1VAZA 4DHYA 3OYGA 4WCEL 2UUCK 2HNYA 4WQ4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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