2HMPA

Uncomplexed actin cleaved with protease ecp32
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of polymerization-competent actin
pubmed doi rcsb
molecule keywords actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Structural protein
total genus 124
structure length 360
sequence length 371
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hmpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hmpA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2hmpA03
4E1JA 3MN9A 4BR5A 5JMVA 4FWSA 4CZGA 4BRCA 1MWKA 3LM9A 1NGHA 4M7YA 3VEXA 4BQZA 2VWBA 3VPZA 2Q97A 1K8KA 5AR0A 4BC3A 5AQVA 3M3ZA 3L4IA 1HX1A 3JS6A 2A5XA 3BEXA 3HSCA 2P9PB 2YJEA 3B8AX 3O6WA 3WXIA 1GLFO 3ENHA 3GL1A 4B1ZA 2E2NA 1NGEA 2H3GX 4J8FA 5AFUH 3I33A 1ZBSA 2QWMA 1DKGD 2FF3B 3BF1A 5F2RA 4BGBA 2FSJA 3VF4A 3H46O 4H0VB 1WOQA 4BR0A 4WQ5A 4MLHA 2ITMA 2E20A 3IDHA 5BRFA 4CBXA 2YI1A 3MMVA 4CZKA 2IVPA 2FF6A 4IXCA 4FWMA 3SJHA 4RCHA 1LOTB 5AZJB 4BG8A 2Q1NA 2E8AA 4K43A 2BUPA 5KPTA 1GLDG 3C7NB 3ZX2A 3U9DA 3LM2A 3OHRA 2QXLA 2GELA 3I8BA 4GNIA 3VF6A 2FXUA 2W41A 1NM1A 3F9MA 5LY3A 1XQSC 3CJAA 4K25A 3UKRA 4AM7A 4H0XB 3ZEUA 2ASPA 3LL3A 3SK3A 4PL7A 2P9KA 4A62A 4CZFA 2ASOA 3MN6A 3DXMA 3MN5A 5JLFA 2P9SB 3CHWA 3W0LA 2GUPA 2Q2RA 2HF3A 3ZETB 3AAPA 1MA9B 3GOIA 3KVGA 4FWQA 4BRQA 1E4GT 3QDKA 3IUCA 4PL8A 1GLJO 1GLEG 3U8XA 4NO7A 2A3ZA 4XH1A 5JICA 3WXJA 4BRFA 3H1VX 2NZTA 1U2VA 3M6GA 3O4WA 4CZJA 5AQPA 4I6MB 3A8YA 2IVNA 2P9IA 3TU5A 1DGKN 4BRDA 4FPAA 3A5NC 4CD3A 1XUPO 4FWKA 4F9OA 1Q18A 3GE1A 3ZX3A 1X3MA 1GLCG 3HTVA 5ADXA 3HBTA 3QICA 3R6MA 3IFRA 2E1ZA 2ZF5O 3U9ZA 2OANA 1SQKA 5AQOA 1BOTO 3ATVA 1ZXOA 5AQKA 3LDLA 4XEIA 1NGFA 4Z94A 5TKYA 1KAXA 4JD2B 5FPDA 3H3OB 5KQ8A 5EVZA 1P8ZA 2ZGYA 3WQTA 4BRPA 4H0PA 4H5VA 1JCGA 5FPMA 4WQ5C 5AQQA 3WXKA 1EQYA 1G99A 3SMSA 4EAHD 4MO4A 4EFHA 3CQXA 4QS9A 1QQOA 3UKUB 4HTLA 5AZJA 1NGIA 3EN9A 3WT0A 2GWJA 2V52B 3C0BA 1V4TA 1QZ5A 1YVNA 3SLCA 4DB3A 2P9UB 2NLXA 3GDQA 2E88A 1NMDA 4FWNA 5AQJA 4JNEA 2P9NA 3AARA 2CGLA 3P4IA 3QMLA 3D2FB 3EZWA 3J8AA 1ESVA 1NGAA 5AQXA 4H5WA 3CI5A 2D0PA 1E4FT 4KBOA 5EY4A 3CQYA 5AQMA 4CZIA 3O1WA 3VENA 3VETA 5CE3A 3SMPA 4B1XB 3FR0A 2PAVA 3A5MC 4FWOA 3QB0A 3A5LC 3HM8A 3ZETA 3VEVA 3FZKA 3D7EO 1NGJA 1MWMA 3ATUA 3KZBA 4BG9A 5BRDA 2YHYA 1BG3A 4CZMA 2A6AA 1HLUA 3LDPA 4A2BA 1NBWA 5F0XA 3DXKA 2QWOA 5AZIB 4FWLA 2GTDA 2YJFA 4A2AA 2UYTA 3VGKA 3HI0A 2J4RA 1JCFA 3QFPA 4AM6A 4BVPA 4IWVA 3ULEB 5BPNA 1QQMA 3U4LA 3O08A 4BR7A 2P9LA 3RSEB 4FWRA 2ZGZA 4PKHA 4BRAA 1ATSA 4B1YB 4H5TA 1GLAG 5EX5A 5AQZA 4BVOA 3QFUA 4BREA 2I7NA 5FPNA 3UB5A 1TYQB 3WEEB 4XH5A 4JHDB 4IJAA 1LCUA 1NGDA 4FOIA 1WUAA 2A42A 3FZMA 4MO5A 4C23A 3H1QA 1RFQA 1YXQA 4JAXA 3VF2A 1HUXA 2E2QA 3WUHA 2YCHA 3MN7A 3O8MA 4IZ9A 4YDUA 5AQYA 2ASMA 5AQUA 4BR2A 3UKUA 3AAQA 1K8KB 2YHXA 5BPLA 2HOEA 1T44A 3GG4A 3VGMA 4M63C 3VEWA 4BRNA 2QWPA 4B1VA 1ATRA 3H6EA 1ZC6A 3EO3A 2V7YA 3FZFA 1KAYA 4CJ7A 5LJVA 3VGLA 1NLVA 4QS8A 5E84A 1D4XA 3CJ9A 3D2FA 3GBTA 3HZ6A 3W3DA 3FGUA 4CBWA 2DPNA 5KQDA 1OKJA 2P9PA 1X9JA 2A41A 3S41A 3VEYA 3D2EB 3BP8A 2D4WA 4RTFD 1C0FA 2Q0UA 4H03B 4B1UB 4XH4A 5BN8A 5AQGA 5BRHA 3DWLA 2E1YA 4K41A 4CD1A 1YUWA 4L3QA 4B9QA 4O8KA 2CGKA 5BPMA 2PBDA 5KPRA 4IO8A 1ATNA 5AQFA 1SAZA 2W40A 4BC4A 3O5BA 3DJCA 3R8EA 4CI6A 4ISGA 4EIAA 2QWRA 3L6QA 5BN9A 5EXWA 3LDNA 4H0TB 3UKRB 1BA0A 4BRIA 3ULEA 5ADXH 3C7NA 4GY2B 1C0GA 3FLCO 4BRKA 2V51B 1NGBA 3DXMB 5AQIA 1IG8A 4CBUA 3MCPA 4H5RA 2QWQA 1MDUB 1BA1A 5AQSA 2NRHA 1BO5O 1GLLO 1QQNA 5AFUA 1TYQA 4ISFA 4JHDA 4EHTA 3A5OC 2ZWHA 4H0YB 3O1BA 2CH5A 5AQLA 2P9SA 3MK6A 1U2VB 1Y64A 3EKSA 4BRGA 2D1KA 5LJWA 4YDUC 4QS7A 3WQUA 3CERA 1X3NA 2P9IB 1H1VA 1Z6RA 1HPMA 1KAZA 1SZ2A 2HMPA 2Q0RA 2QWLA 2WUSA 3FFKB 4PKGA 2F9TA 4O5FA 1U6ZA 2GEMA 4PKIA 4CZHA 4BRLA 5ELZA 5E26A 3G25A 1S22A 4I6MA 3CETA 4H5NA 2V7ZA 1IJJA 1DEJA 5JLHA 2A40A 4FWPA 1JCEA 4EHUA 4WQ4A 4K42A 2QW9A 3FZHA 3FZLA 3CJ7A 3VESA 5AQTA 4BR9A 2FSNA 1HKBA 3ENOA 4BC2A 1XC3A 3VEOA 2I7PA 3D2EA 1T6CA 3FE1A 5BREA 4B1WB 1V4SA 4Y0WA 2CH6A 3QBWA 5FPEA 2AA4A 3BF3A 3IMXA 4JD2A 5KPZA 2CGJA 3WXLA 3TPQA 1BU6O 4BRMA 2VCPA 1RDWX 1Z05A 4BROA 1NWKA 4DQ8A 3UE5A 5F1XA 4BC5A 2EWSA 3LDOA 2P9NB 1YAGA 2GWKA 1R59O 1QHAA 4FOEA 4DHYA 2P9UA 5I9EB 1BDGA 3KHYA 2E2PA 4JN4A 3QBXA 1TUUA 4FO0A 3CJCA 2BTFA 2AP1A 1TUYA 5BR9A 4ISEA 1HKCA 4LC9B 4FPBA 1HJOA 4BRHA 3EKUA 2E2OA 1T6DA 3ID8A 1GLBG 1KXPA 4FL9A 4A61A 3BUZB 5AQNA 3R9PA 2FSKA 4MLEA 4CZEA 4CZLA 5AQHA 3ZX0A 3H45C 2IVOA 3CJ1A 2QM1A 1QZ6A 4NB4A 3DXKB 2D0OA 3H3NO 3M1FA 3CJBA 3VEZA 3AY9A 1S3XA 4HWIA 2QWNA 1HKGA 2P9LB 4IJNA 5AQWA 4WYBA 4BR4A 4BGAA 4RWTA 4FSVA 1RGIA 2F9WA 2Q36A 5AZIA 2HF4A 2YHWA 1NGGA 3VOVA 5AQRA 3LDQA 4BQLA 4WQ4C 4M7XA 1BWFO 3A0IX 3ZEUB 2FLOA 2P9KB 4DCHA 3O80A 1CZAN 1BUPA 1NGCA 3RSEA 3EL2A 2Q31A 3MDQA 4H0OA 5EOYA 3DAWA 3VERA 2KHOA 1J6ZA 5B8HA 2VYPA 3L0QA 3CIPA 3WEEA 3JXUA 2IIRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VSMA 2YHBA 4FM0A 4CGHA 3CC7N 3LM9A 1NGHA 3VEXA 3QO9A 4CJWA 4FLUA 2QKBA 5C15A 5AQVA 3AVCA 4CJLA 3HSCA 4B3TK 2HBJA 3SAGA 1B9DA 4TSXA 3ENHA 3GL1A 4NXMK 4E7HA 3SAFA 2O8FA 1LAVA 1N5YA 3HOTA 4PA1A 4DV5K 4BGBA 2NUBA 3ZSYA 4H0VB 4O4GA 2FBYA 3V1QA 4CW7B 4WQ5A 4H4OA 3DRPA 1DLOA 5H1SQ 3K2PA 1RILA 2HBMA 2YI1A 4CZKA 2VQEK 1UA1A 1QQCA 3NVMA 4RCHA 3QINA 1U4BA 1JLEA 2KZMA 3EY1A 5I3UA 3AVFA 4OGEA 4K43A 1Q7YO 1GLDG 3C7NB 1LV5A 1JLGA 4FM1A 3LAMA 3ZT3A 4Z4EA 5LY3A 1K6YA 3C6UA 4OPKA 1JLQA 3CCRN 3ZEUA 3LL3A 4PL7A 4RW4A 4A62A 4CF1A 3MN6A 4L8RB 3DXMA 4B9VA 4MQ3A 5KRSA 3KLGA 2D0AA 4IFYA 1WAJA 3TTDA 4DS5A 2P9SB 3N4QA 4E7KA 1TVRA 2HF3A 3ZETB 4IKFA 3AAPA 4KH5A 1MA9B 3KVGA 4FWQA 1VK0A 2F8SA 4DU4A 3KK7A 4KHYA 3SJJA 2PFUA 4E7LA 3WNFA 2A3ZA 5JICA 3CQ8A 3NVKA 5AQPA 4NXNK 3OYCA 4GW6A 3TU5A 1DGKN 3MEEA 2O8EB 4RW6A 1YJ9N 2YKMA 4FJ5A 1JJ2M 5HROA 1X3MA 1GLCG 3HTVA 5ADXA 3HBTA 2C1GA 2IDOA 3IFRA 3R6MA 4X66K 2ZF5O 1S1TA 4CJQA 3CXCM 3QEWA 5AQOA 3L2UA 1ZXOA 3ULDA 1IKVA 4XEIA 1X9WA 3QNNA 1NGFA 3M5RA 1T7PA 4ID1A 2ZGYA 3WQTA 4KTZA 3NGIA 1WB9A 4DU3A 1EQYA 3SMSA 5J2NA 2Q3SA 1W9HA 2YKNA 4QS9A 4DFJA 3SUQA 5KI6A 4M3TA 2HHVA 3EE8A 2KZZA 1NGIA 3WT0A 2P1JA 2GWJA 3SAHA 2V52B 3MXIA 1V4TA 1QZ5A 3SLCA 4DB3A 5GAGP 5DMRA 2NLXA 1M1KO 1NMDA 4FWNA 2P9NA 1TGOA 4B9TA 3CCMN 2CGLA 3P4IA 1DTQA 3I8DA 4BE7B 3ZSXA 4DSIA 1ESVA 4AHRA 4H5WA 1E4FT 1Y97A 3CQYA 4IDHA 4CZIA 4IBNA 5CE3A 1BIUA 4B1XB 1HYZA 3FR0A 5LMUK 3THYA 3QB0A 3A5LC 4NLBA 2D5RA 2ZM6K 4KAZA 2OTJN 5K14A 3SQ4A 1NGJA 3MEGA 3M8SA 3ATUA 3L2RA 4B9SA 4JRPA 5BRDA 4CJ3A 4A2BA 1VSDA 2IS3A 4JKEA 1Q86O 3SBTA 2YJFA 4KFBA 3DRRA 1JCFA 3QFPA 4AM6A 4DUYK 5HLFA 3T19A 4EZ9A 4CHZA 2ZGZA 3Q7BA 4BRAA 1GLAG 1OH5A 4BREA 2I7NA 3VQ4A 1LW2A 1N8RO 3VTHA 3AO3A 1CLQA 2DFEA 3UB5A 1XHXA 4FZYA 4XH5A 4A59A 4AHSA 3LPTA 4CHYA 4E3SA 3H1QA 3QIPA 1HUXA 2E2QA 4ZTFA 3O8MA 4YDUA 4E7JA 2ASMA 3VQDA 3UKUA 4B3OA 4BRNA 4DF8A 3TI0A 1N36K 4NYFA 4B1VA 1VQMN 1ATRA 2F8TA 4WF9L 2Y1JA 1KAYA 4CJ7A 3QETA 3HL8A 4DS4A 3CJ9A 1JXBA 3HOSA 3D2FA 4ELTA 5GAHP 1RT7A 3W3DA 4CHQA 2BANA 3F2KA 3FGUA 4CBWA 3PX0A 3M8RA 4O5BA 1OKJA 4DLGA 3D2EB 2GV9A 3BP8A 3OYDA 5GIOA 4XH4A 5BN8A 4FM2A 5BRHA 3DWLA 3NF9A 2QA4N 1S1WA 1YUWA 1X9SA 4B9QA 3O9QA 5BPMA 3NCIA 5KPRA 1BQNA 2WFBA 3SQ0A 1GOBA 4HCBA 5BN9A 5EXWA 4H0TB 3UKRB 1YIJN 1BA0A 3IRXA 3KK3A 3C7NA 3OYHA 2HMIA 1WN7A 4DV6K 1NGBA 4AHUA 4CBUA 4M3WA 1VQPN 3O4QA 2QWQA 4N41A 5AQSA 3THVA 5KGWA 3CCJN 3NH0A 1QQNA 3B6PA 1TYQA 1XWLA 1NK8A 4ISFA 1Q81O 3O3HA 2W00A 3V9WA 1KRPA 2P9SA 1NU0A 3AO1A 2PY5A 1ITGA 4BRGA 2D1KA 5LJWA 2VWJA 4QS7A 3WQUA 1QTMA 1X3NA 3CMEN 3SUOA 4O44A 4CGDA 1VQ5N 1RT6A 1Z6RA 3VA0A 1KAZA 1SZ2A 2HMPA 1ZBIA 4PKGA 3S5TA 5CZ2A 2F9TA 4O5FA 4PKIA 4BRLA 4KB1A 5ELZA 2AJQA 3QERA 3CETA 3OJSA 1T3VA 3AGKA 2O8EA 3WNHA 1WSIA 4WQ4A 3P38A 3NDKA 2HVHA 3LANA 4ILJA 2FSNA 4AHVA 5HOOA 3DLGA 3ENOA 4FJNA 1TK8A 1T6CA 3PSIA 2ZJRL 1W2BM 4LSNA 1V4SA 1WSJA 4YHHK 4Y0WA 2AA4A 1YI2N 3BF3A 3HVTA 3TPQA 1VQNN 1RDWX 4BROA 4BECA 4BC5A 1ZYQA 4QCLA 3OBWA 3LDOA 4CF9A 1TKDA 2JGUA 4N76A 4DLEA 2YNHA 1RNHA 3DLRA 4FZXC 2O8DB 3K59A 1HPZA 1BDGA 3KHYA 4OGCA 3ZSVA 5DM6L 3LWMA 1LW0A 4CERA 3QBXA 4KHUA 4JS4A 2ZJQL 1TKZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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