2P9KB

Crystal structure of bovine arp2/3 complex co-crystallized with atp and crosslinked with glutaraldehyde
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
356
structure length
275
Chain Sequence
VVCDNGTGFVKCGYAGSNFPEHIFPSYPMENWDDMKLLTEPPMNPTKNRAIQAVLTLYAQGLLTGVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPRRKHMVFLGGAVLADI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the Influence of Nucleotides on Actin Family Proteins from Seven Structures of Arp2/3 Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-like protein 3
molecule tags Structural protein
source organism Bos taurus
total genus 69
structure length 275
sequence length 356
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9kB02
3.30.420.520 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9kB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2p9kB03
2VCPA 5AQXA 3L0QA 4B1VA 2A41A 1MA9B 1NGHA 4BGAA 5AFUA 3EN9A 2HOEA 3IMXA 4BRCA 4PKGA 2QXLA 3W0LA 1NGEA 3OHRA 2OANA 3M6GA 1NMDA 1SQKA 1JCGA 3BP8A 3U4LA 5EX5A 4BRQA 2I7NA 3WQUA 1BG3A 3J8AA 3TPQA 3CQXA 4F9OA 2CGLA 1S3XA 4JN4A 3EKUA 3SK3A 1NGBA 1NGCA 3DXMB 3MDQA 3BF3A 1NGAA 1SAZA 1U2VB 2QWLA 3DXMA 3WXJA 1U2VA 4BQLA 2V7YA 4H0OA 1ATRA 2HF3A 2E1YA 2WUSA 5AQHA 2BUPA 5JICA 1TUUA 3C7NB 4K42A 4ISGA 2ITMA 4FWMA 1BO5O 3SMPA 3C7NA 3VEZA 1LOTB 5BRHA 3VPZA 1LCUA 1QZ6A 4XH5A 3RSEB 3FZHA 2HF4A 4WQ5A 1G99A 3QICA 3MN5A 1C0GA 3RSEA 4YDUA 5AQOA 3KZBA 4DQ8A 4PL8A 3FZKA 2E8AA 3GL1A 4JHDB 1ZXOA 5FPNA 2P9UB 3F9MA 5KPZA 3HM8A 3O6WA 2GEMA 4JHDA 1DKGD 3HSCA 4EAHD 2P9UA 1HKBA 1E4GT 2D0PA 4O8KA 2A42A 4WYBA 1KAXA 4AM6A 4BRNA 1NGJA 3L6QA 3I33A 4LC9B 3R9PA 5CE3A 1T44A 2P9PB 1Z05A 1EQYA 3EO3A 3O8MA 5E26A 4RTFD 2IVOA 3A8YA 4WQ4A 2IIRA 4BRGA 2P9PA 1ATNA 1OKJA 1XQSC 3QDKA 2CGJA 3SLCA 4CBWA 3LDQA 5F1XA 2QW9A 3BEXA 2P9IB 3DXKB 3D7EO 4K43A 2P9IA 2Q2RA 3WQTA 3IDHA 4H03B 3DXKA 4ISFA 4BVPA 3ZEUB 5LY3A 1C0FA 1Z6RA 3ZEUA 4IXCA 3BUZB 1GLLO 2EWSA 4BR9A 4FWOA 4H5NA 2Q36A 2A40A 2GELA 3VF2A 2FSNA 3FZLA 3ZETB 1GLJO 1WOQA 4I6MB 4NO7A 3P4IA 4BRMA 1HPMA 3ZETA 5BPNA 4I6MA 4FWPA 1ATSA 1NM1A 3CHWA 3I8BA 4FSVA 1NLVA 3JXUA 3DWLA 3D2EB 3QBWA 4DCHA 2UYTA 4J8FA 2QM1A 3D2EA 5FPMA 3ID8A 5AQPA 3QFPA 3WXKA 1X3NA 4BR0A 4XH4A 3ZX2A 3SMSA 5BREA 3MK6A 2E2NA 5AZIB 1HLUA 1QZ5A 2YHWA 3KHYA 1X9JA 1H1VA 2FSJA 5AQTA 2YHXA 5AZIA 2ZGZA 4BR2A 2ASOA 1XUPO 1T6CA 5AQGA 4CZMA 2PBDA 4BVOA 4M7XA 3VEVA 4K25A 5BN8A 4B9QA 5AQQA 1HX1A 2ASMA 3M3ZA 3VGMA 3VF6A 4GNIA 4BGBA 4AM7A 5F0XA 4CBXA 4CD1A 1HKCA 3O1BA 3UB5A 3MN9A 1HKGA 4CD3A 3H6EA 2F9WA 3CETA 5AQFA 4BG8A 2PAVA 1BWFO 5AQMA 5TKYA 5ADXA 3LM2A 4E1JA 3O5BA 4JNEA 1DEJA 2GWKA 3QMLA 2E2PA 3VEXA 3O08A 5EVZA 4EHTA 1HJOA 3LM9A 4FWNA 4BC2A 3IFRA 4RCHA 3GBTA 4BRPA 4IO8A 1R59O 4BC5A 5LJWA 1GLAG 4B1YB 4FPBA 4FOEA 4BG9A 5AQRA 1U6ZA 1KAZA 2A6AA 1CZAN 2ZGYA 4CZKA 2W41A 2BTFA 3H46O 4IZ9A 4M7YA 1JCEA 4B1UB 3ZX3A 4PKHA 1P8ZA 2VYPA 5BN9A 4B1ZA 2KHOA 4PKIA 1HUXA 4L3QA 4BRHA 2FF6A 3L4IA 1GLEG 1MDUB 2E2OA 2W40A 4ISEA 1RDWX 1JCFA 4FPAA 1KAYA 3VGKA 3QBXA 1WUAA 4CZHA 2IVNA 2P9SB 2V51B 3HTVA 3BF1A 4FWLA 2P9SA 5EXWA 4BRKA 3FR0A 4QS7A 4XH1A 2QWMA 1YXQA 3MMVA 2D1KA 3S41A 3H45C 3O4WA 4BRFA 5KQ8A 4H0YB 4BR7A 3SJHA 3VEYA 1NBWA 1GLBG 1TUYA 1YAGA 3WXIA 5JMVA 5AQLA 1BDGA 1GLCG 3CJ7A 4CJ7A 2E88A 1QQMA 1TYQB 2E20A 4Z94A 5JLHA 2FLOA 1TYQA 4QS8A 1RFQA 5LJVA 5AZJB 4BRDA 5AQSA 4MO4A 5AQIA 4H0XB 5AZJA 2P9LB 2YCHA 5BPLA 2YI1A 4DB3A 2GTDA 3A5NC 3A5OC 2P9LA 4H5WA 1YUWA 3IUCA 3M1FA 4B1WB 3FE1A 2ZWHA 4O5FA 2H3GX 4KBOA 3WUHA 3AARA 3HZ6A 3VESA 3ENOA 2QWPA 2CH5A 5BR9A 2Q97A 2YHYA 4CI6A 3ULEB 3ATUA 1S22A 4H0VB 3H1QA 3ULEA 5AQUA 1QQNA 5AQVA 3FGUA 5AQJA 3EL2A 3HI0A 3VENA 3MN7A 3WT0A 4BR4A 2GWJA 2D4WA 3R8EA 1QHAA 3H1VX 3D2FB 2IVPA 2Q0UA 3LL3A 4FWSA 3D2FA 4BR5A 1X3MA 1BA1A 3B8AX 3W3DA 5AFUH 3U9ZA 2I7PA 2FF3B 1NGFA 2ASPA 2AP1A 3VERA 4EFHA 1J6ZA 3CJCA 3MCPA 5F2RA 3HBTA 3WEEB 3A5MC 3CQYA 4EIAA 3UKRA 2ZF5O 3FFKB 3LDOA 5AQYA 3WEEA 2DPNA 5ADXH 5KPRA 4FWRA 3C0BA 5EY4A 4CZIA 4CZGA 4C23A 4H0TB 2D0OA 1IG8A 2P9NB 5EOYA 3QFUA 4DHYA 1NGIA 1Y64A 2YJFA 4FO0A 2P9NA 2NRHA 2FXUA 3FLCO 2CH6A 4QS9A 4CBUA 3JS6A 3GG4A 3G25A 3CJAA 5FPDA 4RWTA 4EHUA 3EKSA 1D4XA 3CJBA 3AAPA 3LDPA 4A2BA 5AQZA 4WQ5C 3QB0A 5AQNA 2E2QA 4CZEA 3CI5A 4YDUC 4MLHA 3ZX0A 5KPTA 2AA4A 2FSKA 1BA0A 3O1WA 2V7ZA 4H5TA 3ATVA 4A2AA 2A5XA 4FL9A 5KQDA 3UE5A 3GOIA 3GE1A 4WQ4C 2V52B 2Q31A 1V4SA 1T6DA 3TU5A 4IWVA 4BRIA 3H3OB 3EZWA 2YJEA 5AQKA 4BQZA 5B8HA 3U8XA 4B1XB 4HTLA 4NB4A 4MO5A 3AAQA 1QQOA 3VF4A 1IJJA 5BRFA 1V4TA 4FWKA 3R6MA 3A5LC 3LDNA 1BUPA 2QWQA 1ZBSA 3FZMA 3A0IX 3AY9A 1ESVA 3U9DA 4JD2B 1SZ2A 5E84A 3VEOA 1E4FT 4JD2A 3MN6A 5JLFA 5ELZA 4BREA 4Y0WA 2J4RA 3H3NO 1NWKA 3CJ1A 1ZC6A 3ENHA 4XEIA 3DAWA 2QWOA 2E1ZA 2Q0RA 2QWRA 3VEWA 4H5VA 3VETA 4H5RA 3VOVA 1BOTO 4CZJA 5I9EB 1XC3A 3GDQA 3UKUB 1RGIA 3CJ9A 4MLEA 2F9TA 3DJCA 3LDLA 4FWQA 4PL7A 3UKUA 5AR0A 1BU6O 4M63C 3VGLA 3O80A 4IJNA 1MWMA 2NLXA 3CERA 4BRLA 2GUPA 4IJAA 1GLFO 4HWIA 1KXPA 2HMPA 3FZFA 5BPMA 1Q18A 4FOIA 4K41A 4BRAA 4A62A 1MWKA 1YVNA 5BRDA 3KVGA 2P9KB 1K8KB 2P9KA 4A61A 2QWNA 2Q1NA 4BC3A 1K8KA 2A3ZA 3CIPA 4JAXA 4H0PA 5AQWA 4CZFA 3WXLA 2NZTA 4BROA 1DGKN 4BC4A 4CZLA 1GLDG 5FPEA 1NGGA 3UKRB 1NGDA 2CGKA 4GY2B 2VWBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OBYA 5AQXA 4AHSA 3LAKA 2HOEA 3E9PA 3EEQA 4B3OA 4RW8A 5C24A 4AF1A 1CXQA 1SQKA 4O55A 4GV9A 3AVGA 4F3TA 3THXA 4BRQA 1VAZA 3QO9A 2OCEA 1IG9A 1S3XA 4JN4A 4CJRA 1BQNA 4Q0BA 1BI4B 1U2VB 1Z26A 2QWLA 3ZSQA 4DSFA 1BI4A 1U2VA 4BQLA 2HF3A 5FRMA 1VSMA 2E1YA 2WUSA 2BUPA 1TUUA 4FWMA 4BE2A 4R5PA 4YY3K 1VRTA 5BRHA 1LOTB 1K9MO 3K5LA 1WSEA 1CXUA 3P39A 1TKZA 1HRHA 2HF4A 2XRIA 4WQ5A 4JEPA 4CJLA 4DSEA 3TAGA 4FYDA 5AQOA 3T19A 4KHQA 4PL8A 3FZKA 1LV5A 2BH1A 3SUOA 3PIOL 2OPPA 1RDBA 1ZXOA 3F9MA 3O6WA 2Y1JA 4DSLA 4C8KA 3BY5A 4IEIA 4WYBA 1NGJA 3I33A 1HNZK 1T44A 1WBBA 4KREA 1Z05A 3EO3A 1JLBA 4WQ4A 4FJNA 5KGXA 1Q8IA 4DS5A 4FJXA 2CGJA 5SZTA 2P9IB 1S6PA 4H4OA 4JK9A 4CE9A 3K5MA 1ASVA 2P9IA 2Q2RA 1C0FA 4B9LA 1VSLA 4KB1A 4IXCA 1GLLO 2EWSA 4CF1A 3VF2A 2WONA 2FSNA 5I42A 3OYBA 3P4IA 1YITN 4E7HA 4DFJA 1ATSA 3SPZA 4FSVA 4MDBA 3DWLA 4N47A 3LDSA 3QBWA 3DLKA 2UYTA 3L2RA 2QM1A 2HHQA 3NF6A 2O4GA 5AQPA 3WXKA 4BR0A 3SQ1A 1YIJN 5BREA 3VQ8A 4QCLA 2E2NA 1QZ5A 1KD1O 3KHYA 1X9JA 1H1VA 2FSJA 1KLNA 2YHXA 3HXMA 3P5JA 3KLIA 4BR2A 3PX4A 3LP1A 3KK7A 1T6CA 4DWIA 3CQ8A 3TAQA 2PBDA 2A1RA 4BVOA 2YX6A 1YTUA 2ZQBA 5BN8A 3O4QA 3IS9A 1HX1A 4A57A 4CJSA 2R7YA 4GNIA 2ZE2A 3NGYA 4CBXA 1HKCA 3WNEA 4DV4K 2F9WA 1S72N 3ZSXA 5AQFA 4BG8A 1C0TA 1JLCA 2PAVA 2BANA 1KFDA 1LWFA 4K0KK 4E1JA 1NOYA 3S5TA 3CCSN 5EU7A 5M1PA 1BL3A 2IGIA 2GWKA 1OH5A 3VEXA 4FXDA 2DTUA 3O08A 5EVZA 4FLUA 4B9VA 1RDCA 4EHTA 4B8AB 3MEGA 3KLFA 4GW6A 4BRPA 5LMUK 3OYIA 3AA5X 4B1YB 4FPBA 4X62K 4JKEA 2KLAA 3E66A 4W5TA 1U4BA 1JLQA 4M7YA 4M42A 4H4MA 3ZT4A 3TR8A 4B1UB 3ZX3A 1M1KO 3IAYA 3LP0A 4FJHA 1P8ZA 4DR3K 2VYPA 3J7AP 3LP2A 4E7JA 1GLEG 2ZJQL 2QK9A 2W40A 3CCMN 1N5YA 1SKSA 1KAYA 4DV7K 3VGKA 3DOLA 1WUAA 3HTVA 3F9KA 4FWLA 4A5AA 3CD6N 1RBVA 5GINA 3V9SA 4FJIA 1VK0A 2D1KA 4OPJA 3V9XA 4KH5A 4H0YB 4BR7A 4E3SA 1GLBG 3WXIA 5JMVA 3CMAN 5LL6Z 1TKTA 4F3OA 3CJ7A 2HBMA 4Z94A 2UXBK 3HPHA 2VG5A 2RE2A 4BRDA 4CHNA 2OZSA 3RRHA 1WB9A 3K59A 1TAUA 4J2EA 2YI1A 1NKCA 3A5OC 4H5WA 3KD5E 3IUCA 2DFFA 1K73O 5J2QA 3NMUA 1TAQA 3ALYA 3AARA 3AA4A 4ILGB 3VESA 2KW4A 1IKVA 4FM0A 1VQ4N 5BR9A 2Q97A 3MX2A 4AHCA 4DV3K 4WCEL 4CF0A 2O8EB 3VTIA 3P38A 4H0VB 2O8EA 3TSQA 3H1QA 4U7BA 5CHIA 1Q81O 4FJJA 3FGUA 3EL2A 3MAQA 4WFNL 4NXMK 3R8EA 4FJ5A 4DKWA 4F8RA 1BIUA 4WE1A 4IDKA 3QNOA 1BA1A 2FF3B 1S1UA 2AP1A 2D0CA 4Y1DA 3M8PA 1RT7A 1LW0A 3WEEB 4M3XA 4JI6K 3UKRA 1U49A 2ZF5O 3WEEA 2OZMA 4FWRA 5EY4A 4C23A 3QIPA 4H0TB 2D0OA 4BWJA 1IG8A 3OVNA 1QSLA 4N56A 1BQMA 1RBUA 1NGIA 4FO0A 3KK2A 1HMVA 4FM2A 4FJ7A 3RTVA 4EP4A 2KZMA 3G25A 1X9SA 5FPDA 1NK7A 1Q9XA 2P5OA 1CLQA 2NRWA 3EKSA 1D4XA 4DQIA 3NH0A 3OYKA 3PUFA 4CGDA 3SYZA 5CR4A 2FC0A 3QB0A 2E2QA 3ZSZA 1Q7YO 3PSFA 5MLCQ 3ZT3A 3ZX0A 3NCIA 2FSKA 3ULDA 3O1WA 3G71N 1L3SA 5C15A 1XNRK 1QVGM 1IKXA 4JI4K 3L8BA 4LSNA 3UE5A 2OPSA 1QSSA 1Q86O 3K58A 4PUOA 4BDZA 1KSPA 3HYFA 4WFBL 3H3OB 3ZSOA 1UWBA 1NJXA 3OYEA 5AQKA 5B8HA 1LW2A 1RCHA 2O8DB 2OTLN 2O8DA 2LSNA 2KZZA 1QQOA 1IJJA 5BRFA 1L3UA 4FW2A 3LDNA 3B6OA 3HP9A 3L2UA 1ZBSA 4HUFA 2ATQA 3VEOA 1E4FT 4DV6K 5ELZA 3KD1E 3CJ1A 2WTUA 1D5AA 3MECA 3R1XA 1ZC6A 1QS4A 3ENHA 3TABA 3O9SA 1YF5L 4WF9L 3NH1A 2RHKA 4GV3A 4MFBA 4CHOA 3HP6A 1JLEA 1TVRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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