2P9LA

Crystal structure of bovine arp2/3 complex
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
415
structure length
399
Chain Sequence
AGRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the Influence of Nucleotides on Actin Family Proteins from Seven Structures of Arp2/3 Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-like protein 3
molecule tags Structural protein
source organism Bos taurus
total genus 124
structure length 399
sequence length 415
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 2p9lA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9lA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9lA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2p9lA04
2NZTA 1TUYA 2P9PA 1S22A 1T6CA 1NGFA 3FR0A 2QWRA 2E88A 4FWSA 1BDGA 4CJ7A 5AQUA 1QQOA 3CQXA 4QS7A 5ELZA 3WXKA 1SAZA 5I9EB 5AQNA 2P9IA 4FL9A 5TKYA 4Y0WA 3O8MA 1RFQA 5F1XA 3TPQA 3LDPA 2FF6A 5B8HA 4FOIA 3JXUA 4FWPA 3CJ1A 2A3ZA 4PL7A 1J6ZA 1KAXA 3O5BA 5AQPA 1QZ6A 1EQYA 3VF4A 4A2AA 1H1VA 3R8EA 3O6WA 5EOYA 3HSCA 1U2VA 3M1FA 3KVGA 2P9UB 3VF2A 3EZWA 4B1XB 5BRDA 1NGIA 2YJFA 4CBUA 2E2OA 5BRFA 4CZHA 3FGUA 5BN8A 5JLFA 4BRMA 1XC3A 2E2PA 3QDKA 3A5NC 2J4RA 4IZ9A 4EHTA 3GE1A 4RWTA 3DXKA 2GTDA 4BVOA 5JMVA 3JS6A 4O5FA 1QZ5A 4PKHA 1QQNA 3HM8A 1SQKA 2CGKA 3LDNA 4H0OA 1LCUA 3ZEUA 3CJBA 4JAXA 5BPNA 3QBXA 3C7NB 4FWOA 1HLUA 2QM1A 3LL3A 3VETA 4BRHA 1HKBA 4WYBA 2Q97A 1HKGA 2F9TA 3TU5A 1WOQA 4ISEA 1NGGA 3A5MC 4BQZA 2H3GX 1HKCA 4CZEA 2OANA 4PKGA 5JICA 3CI5A 4JNEA 4XEIA 2FXUA 2P9SA 1V4SA 4EFHA 4IJNA 2F9WA 4PKIA 3GOIA 4H0YB 3UKUA 4QS9A 2VCPA 3ZETB 3O1WA 3DXMB 4CZJA 3H1VX 2CGJA 3D7EO 4H5RA 1BWFO 5AQYA 4BR5A 5BPLA 2A6AA 4IO8A 3FZMA 5FPDA 2YI1A 4BGAA 1NGCA 2QWMA 4H0VB 1G99A 2D0PA 3HTVA 4I6MB 1KAZA 2W41A 3ENOA 3H45C 4F9OA 3BP8A 3FE1A 2AP1A 4B1UB 4ISGA 1S3XA 1NGEA 4BC2A 4BRFA 1Z6RA 4JD2A 3D2FB 1MWMA 3MN7A 4BREA 4DCHA 4L3QA 2V7YA 3O08A 1X3MA 2GWJA 4CI6A 1KAYA 1KXPA 1E4GT 2CGLA 1BUPA 3RSEB 2YHWA 2AA4A 2E1YA 5KQ8A 4J8FA 4B1YB 1ZC6A 3CERA 5AQKA 3ULEB 5AQVA 1E4FT 3VGKA 4PL8A 1C0GA 3A0IX 2IVOA 3SLCA 1GLJO 1XQSC 2QWLA 5E26A 4DB3A 4FPAA 3VEZA 5AZIA 3HI0A 2QWQA 2V7ZA 2ASPA 2GEMA 2YHYA 3QICA 4CBXA 4H0XB 1ZXOA 1RDWX 2BUPA 5AZJA 1X3NA 1YVNA 4WQ4C 4XH5A 2UYTA 2FF3B 3QBWA 2P9NB 4WQ4A 3CJCA 3D2EB 4GNIA 3L0QA 5F2RA 5F0XA 4BRKA 2GELA 3A5OC 2Q1NA 2P9IB 3FZKA 4GY2B 1XUPO 4FSVA 1NMDA 2QWPA 1MA9B 5AQSA 5BN9A 4BQLA 1TUUA 2CH5A 1BA0A 1GLEG 1IG8A 2Q0RA 2DPNA 3ZX3A 3R9PA 2YJEA 2P9KA 5AQWA 5BR9A 3WXJA 4FWKA 3H3OB 4O8KA 3VGLA 4JHDA 1IJJA 3H3NO 5EXWA 1MDUB 4K43A 4KBOA 1NM1A 3VENA 4NB4A 2FLOA 3CQYA 3BF3A 3WQTA 5ADXA 1NGJA 2BTFA 1HX1A 2D1KA 3LDQA 4BRAA 2IIRA 4MLHA 5AQTA 3MN6A 2NRHA 3U4LA 3HBTA 4YDUC 4DHYA 4CBWA 2D4WA 3ZEUB 3O1BA 4YDUA 4M7XA 2CH6A 3CETA 3KHYA 3VEOA 4A61A 1Y64A 3EKUA 5AQIA 1U6ZA 2P9UA 3M6GA 3WUHA 5LY3A 4BR9A 2ZGZA 3H1QA 2NLXA 3UKRB 4BC3A 5AQZA 3HZ6A 3G25A 3GG4A 1ESVA 2E20A 2FSKA 3CJ7A 4M7YA 2HOEA 4BRPA 4H5WA 5AQQA 3I33A 4IXCA 2IVNA 3FLCO 4BR7A 4H5TA 3U9ZA 3QFUA 5ADXH 2YCHA 2P9LB 1D4XA 4MLEA 4BRDA 1MWKA 3BF1A 3F9MA 4A62A 4BR2A 4BGBA 1GLFO 3C7NA 1BG3A 1DKGD 4IJAA 3L4IA 2Q0UA 1JCGA 5LJVA 3J8AA 2PBDA 3SMSA 1TYQA 3B8AX 2GUPA 1DGKN 3UE5A 5KPRA 1X9JA 2QW9A 3ID8A 4RTFD 4M63C 3QB0A 3VEYA 5AQGA 3WEEB 4C23A 1ATRA 3ZETA 1BA1A 3DXMA 1BO5O 1V4TA 2VYPA 1NGAA 4FWNA 2E2NA 3FZFA 1K8KA 4AM7A 3MCPA 4MO5A 3WQUA 3GBTA 1NBWA 1R59O 2Q2RA 4I6MA 3CIPA 1GLCG 2VWBA 4BROA 3VOVA 5AQXA 2ZF5O 5BRHA 3D2FA 1LOTB 3SMPA 3WT0A 2P9PB 3IUCA 4RCHA 1Q18A 2A5XA 5BREA 3MMVA 3IDHA 5AR0A 1T6DA 4H0PA 2QXLA 1ZBSA 5EX5A 3R6MA 4BRIA 3CJAA 1NLVA 2Q31A 4E1JA 2ASMA 4CZKA 1RGIA 4FOEA 1YXQA 2I7NA 3MN9A 3A5LC 3I8BA 3KZBA 4H5VA 4CD3A 2V52B 2I7PA 4HWIA 4FWLA 3VGMA 4B1ZA 4CZFA 5AQJA 2ZGYA 1YUWA 2HMPA 3AY9A 4JHDB 4BRLA 4DQ8A 1U2VB 4K41A 4IWVA 4BVPA 4JN4A 2P9NA 1Z05A 4BRCA 3D2EA 3W3DA 3VEWA 4B1WB 3AARA 3DJCA 3ATUA 5EVZA 5AQHA 3S41A 4B1VA 3M3ZA 3WXLA 4EHUA 1YAGA 2E1ZA 3MK6A 2HF4A 3AAPA 3MN5A 2ITMA 5KQDA 3ZX0A 3FFKB 1GLDG 3DXKB 4BC4A 4FO0A 3EKSA 2D0OA 1ATSA 2KHOA 4FWMA 4HTLA 4BRQA 3C0BA 1ATNA 3ZX2A 4MO4A 1T44A 4H0TB 2W40A 4XH4A 3LM2A 4XH1A 3SJHA 1CZAN 5AQRA 1DEJA 1BOTO 3W0LA 3BUZB 2EWSA 5AQLA 3QFPA 3VPZA 1OKJA 1HUXA 5KPZA 3DAWA 1P8ZA 4CZGA 1JCFA 1GLBG 2P9SB 1NGHA 4EAHD 2FSJA 4BG8A 3UKUB 2QWOA 5EY4A 3CJ9A 4K25A 3WXIA 5BPMA 4WQ5C 4BR0A 3VESA 3SK3A 2E8AA 4WQ5A 5FPMA 3FZLA 3UB5A 3A8YA 1TYQB 3O4WA 2Q36A 5AFUA 2A40A 4FWQA 4AM6A 4QS8A 1NGDA 1HPMA 3QMLA 3MDQA 4LC9B 3OHRA 3UKRA 2ZWHA 3FZHA 3L6QA 1NGBA 2A42A 4BRNA 1WUAA 4JD2B 2V51B 2PAVA 5JLHA 3IMXA 3VERA 5E84A 2YHXA 5CE3A 3GL1A 3U8XA 2IVPA 5FPEA 2P9LA 1K8KB 1QHAA 1BU6O 1GLLO 1GLAG 3VEVA 4CZMA 5KPTA 5FPNA 2FSNA 2QWNA 3H46O 4BRGA 1HJOA 2A41A 5AZIB 3VEXA 2E2QA 3VF6A 3AAQA 5AQOA 4CZIA 4B9QA 4Z94A 5AZJB 3EO3A 3EL2A 5AFUH 4K42A 3WEEA 1NWKA 3BEXA 3H6EA 3U9DA 3RSEA 3ATVA 4FWRA 3O80A 4NO7A 4BC5A 4CD1A 3IFRA 3LM9A 1C0FA 3CHWA 1QQMA 3ULEA 3EN9A 3DWLA 2GWKA 5AQMA 4A2BA 4BG9A 1SZ2A 1JCEA 3GDQA 4ISFA 3LDLA 3P4IA 4FPBA 3ENHA 4H03B 2ASOA 4BR4A 5LJWA 2WUSA 2P9KB 4EIAA 4H5NA 2HF3A 3LDOA 5AQFA 4CZLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NGYA 1TUYA 3SUQA 2ZM6K 2JWLA 2E88A 4LH4A 5AQUA 4QS7A 5AQNA 3SAHA 3QEXA 5HP1A 3EE8A 3VQEA 4C8MA 2OTLN 2O4IA 3CJ1A 4PL7A 1QSYA 1KAXA 5AQPA 1EQYA 3CMEN 4MFBA 3HSCA 1U2VA 4FJNA 1XNRK 2NUBA 3KVGA 5SZTA 2G8UA 4KHPK 3EZWA 2I5JA 1NGIA 3F73A 4KH4A 2E2OA 2XY5A 4UY8O 1JLFA 3KLIA 5TKWA 3CCVN 5CY4A 4CZHA 3FGUA 1N8RO 2E2PA 3QDKA 2QKKA 1VQ7N 4IZ9A 5HRRA 4EHTA 1HQEA 3KTQA 1NK8A 5CHIA 5JMVA 3SJJA 3L2VA 1IKXA 5K14A 3O9TA 4LFCK 1K9MO 2QM1A 4E19A 1I3AA 3L8BA 3M5RA 3TU5A 2C1GA 4C8LA 4BDYA 4CZEA 3S9HA 3L2WA 4GKKK 2QI2A 5M1FA 2FXUA 2P9SA 3OS1A 4N47A 4PKIA 4FJ7A 3ZETB 2D5RA 2HBMA 3R1XA 1T8EA 3OYGA 2BGGA 4H5RA 1QTMA 2O8DB 3G0ZA 4BR5A 1TAQA 5FPDA 4AF1A 1T05A 4KB1A 4BGAA 1BGXT 1M90O 2NNWA 4IEEA 3VTIA 4H0VB 1G99A 2D0AA 4I6MB 1KAZA 3ENOA 3PIOL 4FJLA 4LH5A 5FRMA 3BP8A 1Y97A 3RMBA 3TTDA 3KD5E 4BRFA 3ZSXA 4CF9A 5LL6Z 4JD2A 1VSDA 2HNDA 3HPHA 3TARA 1SL1A 4YY3K 3O08A 2GWJA 4OGEA 2CGLA 3QESA 4CJUA 4F2SA 2AA4A 3DOKA 3K9KA 4CEZA 3VGKA 3TAEA 4PL8A 3A0IX 1L5UA 5DMRA 4CJQA 1XQSC 2UUBK 3CC2N 4FPAA 3RRGA 3QICA 2GEMA 4HVJA 3C6HA 1JLQA 2HW3A 1ZXOA 2BUPA 2DFEA 2YX6A 4FVMA 2YNGA 1WBBA 1E3MA 3QBWA 2P9NB 5F2RA 3CJCA 2HBJA 3NDKA 3L0QA 3CC4N 4CJLA 3T3FA 2GELA 3A5OC 3C6AA 4IO9L 3KLEA 1XMOK 4PA1A 5DM7L 4FSVA 1MA9B 3LALA 2W00A 4CJKA 1BA0A 5M1NA 3R9PA 4B08A 4V19S 4BE1A 3D45A 4OLBA 4HCCA 3SPYA 4Z4GA 4ZTJA 4KV8A 3AO5A 1S1UA 4HUEA 4FJGA 2G8WA 4JHDA 3V9WA 3MX2A 3H3NO 1KQSM 5GIOA 2RHKA 3Q7BA 1NM1A 2FLOA 1RBUA 4DU3A 3CQYA 4JKGA 3BF3A 4CF0A 3OYNA 2UXCK 1NGJA 3LDQA 1YJNN 4KHQA 2OCEA 4OPAA 1RT6A 3KK7A 3MN6A 1NJYA 1EETA 4YDUC 4DHYA 2O8EB 4CBWA 3DRPA 4CF8A 1VQ9N 3NF6A 4BE2A 4B3MK 3KHYA 1FXXA 3C94A 1Y64A 1NU0A 3EKUA 4FVUA 5LY3A 3WUHA 3ID6A 2PYLA 1HRHA 4ID5A 4CF2A 3O9SA 1RTIA 1BCOA 1RT7A 4BC3A 2XHBA 3OJSA 2HHVA 2FSKA 3CJ7A 5KI6A 3DOLA 4E7HA 1WSHA 3B6OA 4IXCA 4ELUA 4LF6K 3U9ZA 3QFUA 1YJWN 2P9LB 1D4XA 2NRZA 4BRDA 3BF1A 4X62K 1BG3A 2RE2A 2PBDA 3KIOA 1C1AA 1C1BA 1KVCA 3UE5A 3THWB 2WFBA 3CPEA 4ZHRA 3QB0A 5AQGA 3QO9A 4KKOA 3WEEB 3AVGA 4OLAA 5SWMA 4JI4K 3ZETA 1BO5O 1RBVA 3OYDA 1S1XA 3KK3A 4JK9A 2O8DA 1WNSA 4FWNA 2E2NA 4AM7A 4MO5A 1U4BA 3ZSVA 3AO1A 3KWGA 5HRNA 4GV9A 1R59O 4DQSA 4IG3A 2UXBK 4I6MA 3CIPA 2Y1JA 3OBWA 3NF7A 2NRXA 3AVJA 1NK6A 1HYZA 3CPWM 2WC9A 4RCHA 1FKPA 3HXMA 1NK7A 5M1PA 3NVMA 3ZLJA 2P1JA 2QXLA 4A5AA 2G8FA 3KD1E 2ITGA 2ZE2A 4DFPA 3QEVA 4FLUA 3KZBA 4JKEA 3NH1A 2IDOA 3AA5X 3CD6N 4HWIA 4CZFA 2RN2A 3PO4A 4DSFA 2ZGYA 2E6LA 2HMPA 3QINA 3AA2A 2PY5A 2G8HA 2P9NA 4BRCA 3W3DA 5FROA 5JVHL 3ATUA 5C2DA 5AQHA 1LAVA 2O8FA 1VSFA 1M1KO 3AA3A 5KQDA 4O0JA 3ULDA 3MCAB 1JLCA 4FO0A 2D0OA 2YV0X 4GVEA 4E0DA 4BRQA 1Q9YA 2X78A 4XH4A 4FXDA 4X64K 3L3VA 3QNNA 4OKKA 5J2QA 3LZIA 1CZAN 1J54A 1T3VA 4IG0A 3NGIA 1DEJA 3W0LA 4NYNA 2EWSA 3M8SA 3D0PA 4IFVA 3OYAA 3OYCA 1J9AA 5EY4A 1WSEA 2O8EA 4M42A 4K8XA 4N76A 4KB0A 1HMVA 4DV1K 2ZD1A 1F21A 2VG6A 4CE9A 4DV2K 5AFUA 3KLHA 2KFZA 5M1QA 3RMDA 4CEOA 1N36K 3PSIA 2A42A 1HNZK 1OH6A 4F4KA 4K0KK 3IMXA 3AVBA 5T7BA 3CFPA 4PUOA 5CE3A 3GL1A 1ZBFA 2IVPA 4NCBA 2P9LA 2OPSA 1O13A 3CG7A 1RILA 4DFJA 4BWJA 4OKJA 4FM2A 3AGKA 2E2QA 3T69A 3THWA 1ILYA 4FJMA 1QSSA 2JLEA 3BGRA 4CJ5A 4DQQA 3HK2A 3EL2A 4RG8A 3WEEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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