2P9SA

Structure of bovine arp2/3 complex co-crystallized with atp/mg2+
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
414
structure length
397
Chain Sequence
AGRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the Influence of Nucleotides on Actin Family Proteins from Seven Structures of Arp2/3 Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-like protein 3
molecule tags Structural protein
source organism Bos taurus
total genus 127
structure length 397
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 2p9sA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9sA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9sA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2p9sA04
3VEWA 4BR4A 1C0GA 1Y64A 2KHOA 5ADXA 4FWOA 3ZX0A 5BRHA 1H1VA 4FWQA 1BO5O 3FLCO 2E2PA 2P9PB 3LM9A 1JCFA 2E1YA 4FSVA 2AA4A 5JLFA 2ASPA 4H5VA 3A0IX 2A5XA 3VGKA 5AQRA 1KAYA 4H03B 3DXMB 1GLCG 5AQYA 1BUPA 2ZWHA 3UB5A 2D0PA 5AR0A 4J8FA 1Z6RA 2P9NB 4H5RA 4IXCA 3U8XA 1NGCA 4CBXA 3H3OB 5AQQA 4CZHA 3O1BA 4KBOA 4H0XB 2FF3B 2F9WA 4BR0A 3EKSA 3VOVA 5BPLA 2QWQA 4BREA 1E4GT 1NWKA 4RTFD 4DB3A 3I8BA 1GLEG 3GG4A 1WOQA 4BR2A 2P9IA 2QWRA 5B8HA 4K42A 4NO7A 4BC2A 1MA9B 5AZIB 4C23A 5BPMA 4E1JA 3LM2A 2D4WA 4FWSA 2A6AA 3A8YA 1QQOA 2A41A 3CQYA 4IZ9A 3DXKA 5F2RA 4XEIA 3QFUA 4BC4A 5AQJA 3JS6A 1MWKA 5BN8A 2CH5A 3ZEUA 4EFHA 3FZKA 2P9UA 4CBWA 1HX1A 3FGUA 1TYQB 4EHTA 2V7ZA 2GWKA 2GEMA 2P9IB 4WQ5C 4JD2A 3BUZB 5AQKA 1X9JA 4BQLA 4BVOA 1SAZA 4BRIA 1BOTO 3H3NO 2ZGYA 3CJ7A 3LDLA 5AQOA 3DWLA 3HBTA 1JCEA 4XH5A 4EIAA 3DXKB 3ULEA 1BG3A 1HJOA 3U4LA 1T6DA 2HOEA 3CI5A 3QFPA 1QQNA 4PKGA 5AQMA 3VENA 3WEEA 3W3DA 5AQZA 3GE1A 4BRMA 3ZEUB 2P9KA 5E26A 3D2FB 4Y0WA 4EAHD 4JHDB 2NZTA 3FE1A 3HZ6A 4DCHA 1BA0A 1TUUA 3M6GA 4FOEA 4JAXA 1GLJO 2FF6A 3HTVA 2Q0UA 3IMXA 3BEXA 5AQVA 2P9PA 3CETA 1ZC6A 3ATUA 3AY9A 4JD2B 4BGBA 3EKUA 3VGLA 1EQYA 4YDUC 1GLFO 4K41A 4BC5A 2ZGZA 3DXMA 2GUPA 3HSCA 1U2VB 4GY2B 4BRFA 3DAWA 2F9TA 3CQXA 2A42A 2FSJA 4BRHA 1NGJA 3LDNA 2P9SB 2P9NA 1Z05A 2I7NA 2V51B 3WXKA 1QQMA 3A5NC 3UKRB 5F1XA 3MCPA 3HM8A 2J4RA 4FO0A 2Q2RA 5FPNA 4IJNA 4CI6A 4CZKA 5LJWA 1NGBA 3O4WA 4DHYA 4XH4A 3VEYA 5JMVA 3WXJA 2W41A 2UYTA 2QM1A 1XC3A 1NLVA 4GNIA 5AQGA 3WXIA 4BRAA 5AZIA 4B1YB 4BRGA 4I6MB 1KAXA 1GLBG 1NMDA 2HF3A 3P4IA 2NRHA 4ISGA 3J8AA 4JN4A 4XH1A 5AFUH 4PL7A 2BTFA 2ASMA 2E2QA 2IVOA 3L0QA 2FSKA 4BR9A 2E1ZA 1HKGA 5FPMA 4ISFA 5I9EB 2HMPA 3FZLA 4A62A 3RSEB 1T44A 1IJJA 3S41A 1QZ5A 1D4XA 1TYQA 5BRDA 3SLCA 2H3GX 4QS8A 4K25A 2QWMA 1HKCA 1RDWX 1ESVA 5BREA 4H0YB 4BGAA 4BVPA 2CGKA 1MDUB 2EWSA 1S3XA 4WYBA 5JLHA 3ENHA 3VESA 2NLXA 3QDKA 1T6CA 5BPNA 2IVPA 4O8KA 3VPZA 4IO8A 5AQUA 5JICA 1NBWA 3LL3A 3M3ZA 4CZMA 2V52B 1GLLO 5AQHA 3WQUA 1KAZA 5KQ8A 5EX5A 2GWJA 1XQSC 3D2FA 4CZFA 3MK6A 4JHDA 1BA1A 1NGEA 1ZBSA 3OHRA 2PBDA 4QS7A 3WXLA 2D1KA 2QWLA 3LDQA 3CHWA 4FWRA 4WQ4C 3CJ9A 3VEVA 4IWVA 5EY4A 5CE3A 1E4FT 4QS9A 4K43A 4RCHA 2E88A 2QWNA 1ZXOA 3VEXA 3EZWA 1IG8A 3MDQA 1Q18A 2VWBA 4H5WA 3QB0A 1U2VA 3SMSA 4BRLA 4YDUA 4FWLA 4F9OA 1RFQA 1WUAA 1G99A 2P9SA 4CJ7A 2QWOA 3UKRA 2Q97A 1XUPO 4BRPA 1SZ2A 2GELA 2Q1NA 4LC9B 2HF4A 2FSNA 4CBUA 2YHYA 4BROA 4HWIA 1YAGA 5ADXH 1K8KA 4DQ8A 1CZAN 3GDQA 3WQTA 5AQXA 4B9QA 1TUYA 2IIRA 4I6MA 1V4SA 3C7NA 4MO4A 5TKYA 5AQIA 2BUPA 2E8AA 3B8AX 3KZBA 2CGJA 4MLEA 3QBWA 4BRDA 4BC3A 4FOIA 2D0OA 5AQLA 3CERA 4CZEA 3GBTA 5AQSA 2ZF5O 2A3ZA 3A5MC 3SMPA 3O5BA 2FXUA 1HLUA 3RSEA 4FWPA 3O08A 4B1WB 3ZETB 4FPBA 4PL8A 5KPTA 3R6MA 3O80A 4FWMA 4B1ZA 2YJEA 1ATSA 3ID8A 3A5LC 4FPAA 1GLAG 3AAQA 1K8KB 3HI0A 1NGDA 2AP1A 4H5TA 3DJCA 3ENOA 5AQNA 4BQZA 1YUWA 4BR5A 4NB4A 1U6ZA 2QXLA 3C7NB 3IDHA 3FZFA 4MO5A 2A40A 3H1QA 1NGFA 1NGGA 3D2EA 4B1VA 2PAVA 2Q36A 4AM7A 4CD1A 1SQKA 3KHYA 2Q31A 5BRFA 1GLDG 2ASOA 2Q0RA 3QBXA 2P9LB 4BRKA 2WUSA 3O8MA 1JCGA 2YCHA 4FL9A 5AQTA 3L6QA 3O1WA 3G25A 3UKUA 3M1FA 3JXUA 5FPEA 1DEJA 4BRNA 3SK3A 5E84A 3FFKB 1NM1A 4WQ4A 3KVGA 3VF2A 4HTLA 4WQ5A 1MWMA 2VCPA 3WT0A 4IJAA 1C0FA 3D2EB 3LDPA 2QWPA 4L3QA 3CJCA 2YHWA 3R8EA 4CD3A 1X3MA 4O5FA 1OKJA 2YHXA 3VEOA 5FPDA 5KPZA 5AQFA 3BP8A 1V4TA 1ATRA 3H45C 4Z94A 4CZGA 4H0OA 4CZLA 4BRQA 3EN9A 1R59O 1YXQA 2V7YA 4ISEA 4H0VB 5AFUA 4A2AA 3UKUB 1S22A 3U9DA 3ATVA 1KXPA 3VGMA 3MN6A 1BU6O 3VF6A 3I33A 1HUXA 3W0LA 2FLOA 3GOIA 3EL2A 5EVZA 3BF1A 3FZHA 4BG8A 5BR9A 1HKBA 3H46O 1YVNA 4BRCA 4PKIA 1DKGD 1DGKN 2E2NA 3QMLA 3FZMA 4BR7A 4H0TB 1QZ6A 2DPNA 2E20A 2YI1A 3MN9A 4AM6A 5ELZA 2E2OA 3U9ZA 1J6ZA 3TPQA 3CIPA 3R9PA 4A2BA 3ZX2A 4EHUA 3FR0A 4JNEA 3MN5A 3A5OC 4FWKA 4M7YA 4B1UB 2ITMA 3ZETA 5AZJA 3SJHA 1LOTB 1P8ZA 3CJBA 3WUHA 3EO3A 3AAPA 3H6EA 4FWNA 1ATNA 3VEZA 2IVNA 3ZX3A 2GTDA 3L4IA 3C0BA 2I7PA 4PKHA 1NGAA 4A61A 4H5NA 3GL1A 1BDGA 3MN7A 1NGHA 4RWTA 4M63C 3CJAA 4M7XA 3IFRA 2OANA 2P9UB 3TU5A 1BWFO 5KQDA 4MLHA 5AQPA 3CJ1A 2P9LA 2QW9A 3H1VX 3AARA 4CZIA 5F0XA 4H0PA 3IUCA 3BF3A 5AZJB 2VYPA 3QICA 5EXWA 5LJVA 3D7EO 2YJFA 1RGIA 3O6WA 1QHAA 3F9MA 5BN9A 5KPRA 3LDOA 5EOYA 4B1XB 3VF4A 3VETA 3UE5A 1HPMA 3ULEB 4BG9A 4CZJA 3MMVA 1X3NA 5LY3A 3VERA 1LCUA 1NGIA 3WEEB 5AQWA 2CGLA 2CH6A 2P9KB 2W40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WFNL 1BIUA 1C0GA 4FWOA 1XC9A 4JV5K 1HYSA 1J5OA 1VQ5N 2P9PB 3PUFA 4Z4FA 4DV4K 2E1YA 5JLFA 4IOXA 3PIOL 4H5VA 3SBGA 1HNXK 3O3HA 4LF5K 1IV0A 4X62K 2HHIA 3DXMB 1GLCG 5AQYA 2O8BA 3DI6A 4BE1A 3LDSA 3S3MA 4J8FA 4H5RA 2P9NB 4IXCA 5HRPA 3U8XA 4CF1A 1ASUA 3O1BA 1JJ2M 4KBOA 4H0XB 4U67L 1C0TA 1U49A 3ZT2A 2QWQA 4BREA 5FDLA 4LH4A 5H1SQ 4DB3A 3J81O 1GLEG 4BR2A 2QWRA 4KHYA 4K42A 4IFEA 3CD6N 1YT3A 4C23A 3LALA 4E1JA 5M1QA 3NGZA 2A6AA 4X65K 3AO5A 3EY1A 3MXMA 1NJZA 1B9FA 1QQOA 2A41A 4IFVA 3RTVA 1N5YA 3BZKA 4KHPK 4BC4A 4A59A 2DFEA 3SQ0A 1N33K 3O3FA 4DR2K 4FM2A 5BN8A 3E66A 3ZEUA 2P9UA 1VRUA 2E5LK 4M3TA 3OYCA 1WSEA 3CC4N 3C6UA 4NXMK 4CIEA 1D5AA 1TKTA 4CHOA 2W6KA 4DF4A 2P9IB 3MX2A 1X9JA 4DFJA 3DRRA 3CCRN 2ZGYA 3HBTA 4CJRA 4I2PA 4EIAA 3RMBA 3DXKB 3U4LA 4PKGA 3VQ6A 3SCXA 3W3DA 4KHUA 3GE1A 1S9EA 3D2FB 3Q7BA 5C10A 1TAQA 2BANA 4CIFA 4DV3K 4DUZK 3BEXA 5AQVA 2P9PA 4F3OA 3S3OA 3AY9A 3ATUA 4BGBA 1NJIO 4N41A 3E9LA 3EKUA 2X74A 1S72N 4YDUC 4FW2A 4CJ5A 1RDDA 3DXMA 5D3GA 4FXDA 4BRFA 1KC8O 4GMJB 3SUPA 1YJNN 2P9NA 2I7NA 2V51B 4DSEA 2E6LA 3WXKA 3UKRB 4CGGA 5I42A 3MCPA 3P31A 2J4RA 4FJLA 2F7TA 3SPZA 1ZYQA 4IJNA 1TKDA 2G8VA 3TTFA 5KGXA 4JRQA 4FM1A 1HYZA 2W41A 2UYTA 2QM1A 3WXIA 4C8KA 3OYKA 4NCAA 3V1OA 1KCFA 3V9ZA 1SS6A 4JI2K 3TARA 1GLBG 4XH1A 5AFUH 3ZSOA 4PL7A 4FJ5A 1RT2A 2ASMA 3L0QA 3HOSA 3LPUA 1NK6A 3AVNA 1TVRA 4ISFA 3CG7A 2HMPA 3FZLA 2OPQA 3RSEB 3OYEA 4LFCK 4M3YA 1T44A 3VQ7A 1L3VA 1Q8IA 3SLCA 4M3XA 3S9HA 3HO1A 1FKPA 1HKCA 1ESVA 3TTCA 3MEEA 4BGAA 4BVPA 1S3XA 4L8RB 1T6CA 3SV3A 3VPZA 3I55N 4B8CA 1L5UA 3C65A 1S1VA 3THXA 3ITHA 3TSPA 1O13A 4CZMA 3DLGA 2XHBA 2C1GA 4KAZA 3WQUA 3NVKA 4J2BA 4FLVA 4QOZB 5EX5A 2BDPA 1NK9A 3D2FA 4JS5A 1BA1A 4WCEL 1VQKN 4YNQA 3OHRA 3EEQA 3WXLA 1L3TA 1E3MA 2QWLA 4ZTJA 3U6FA 3CJ9A 3AA5X 4GVMA 4IWVA 4QS9A 4MFBA 1RTJA 1C0UA 4U7BA 3EZWA 1Q18A 4DTPA 4H5WA 4I7FA 2NRRA 4BRLA 3SMSA 4YDUA 4FWLA 3LP3A 4DTJA 3EZ5A 1G99A 3AVMA 1QVFM 3LZJA 2QWOA 5HOOA 4B3MK 3UKRA 4LF6K 1VQNN 4DS4A 3C6AA 5GIPA 2QI2A 3SPYA 1JLQA 3OBWA 3OTOK 2NRVA 3NF6A 4CBUA 5GIOA 3OYAA 2UUAK 4E3SA 4IOCL 4FK0A 2G8UA 1V4SA 1BQMA 4MO4A 5J2MA 1TGOA 5AQIA 4YOVA 1ZBIA 1VHXA 1QQCA 2E8AA 3B8AX 3PX6A 3K57A 1X1PA 4BC3A 4C1NK 2D0OA 1OVQA 3ENBA 4DTRA 3CERA 4PA1A 3LP1A 2ZQBA 3RSEA 4FPBA 3K9JA 1BL3A 3AVLA 4LSNA 2KW4A 4CF9A 4DV7K 4B3TK 1RDAA 4ICLA 4FM0A 4NLBA 1C1BA 3HVRA 3ENOA 2E4LA 1U6ZA 2UU9K 1IO2A 1JXEA 2FBVA 2B4JA 1SQKA 4Q0BA 1VSLA 2VGMA 3K58A 1XMQK 1X9SA 1HRHA 4OJRA 1JCGA 4FL9A 1QTMA 3HT3A 1NKCA 4DR3K 2HNZA 2Z1IA 3MX5A 4MQ3A 2HNDA 3M1FA 3ZSRA 5C12A 4LFAK 2Y1JA 5JS2A 1KFDA 5FPEA 4AQYK 3FFKB 3O9TA 1RT1A 2RN2A 1Q7YO 2B6AA 1W97L 2RHKA 2Z1JA 3D2EB 4CHQA 4KTWA 4L3QA 3CJCA 2HSTA 5A2QO 3R8EA 4IOAL 2WOMA 3QEWA 3H08A 3NF7A 4Z94A 4CZGA 4DU3A 1R59O 1YXQA 4JI4K 4ISEA 4CF0A 1XHXA 3DLHA 3UKUB 3PLAA 1CZ9A 4CGIA 4E1NA 3D45A 3VQPA 1FW6A 4JKFA 4WF9L 4OGCA 3BF1A 5KGWA 4BG8A 5AJ3K 3NDKA 1L3SA 4FLTA 1J9AA 3H46O 4B3RK 2NUBA 1KSPA 3TAMA 2E2NA 3QMLA 4Y1DA 5CZ2A 3KLGA 3Q7CA 4BE2A 5C42A 4E72A 4R5PA 2HNYA 2G8IA 3CIPA 4A2BA 3JYTA 4I2QA 3JAMO 3ID6A 3NAEA 3A5OC 3L2UA 1RT3A 5E41A 5HL7L 2KZMA 3V81A 1YITN 3CJBA 3AAPA 3VQBA 3OYBA 4FWNA 1QSSA 5JENA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5KPT A;  4YOR A;  4B1Z A;  2YJE A;  1ATS A;  3LAM A;  4E19 A;  3AV9 A;  3NE6 A;  4C8L A;  1SL1 A;  4E7K A;  3T1Y K;  1J5E K;  5DMR A;  2XY7 A;  4CFB A;  1NGD A;  3QES A;  2HHV A;  1SKS A;  2QXL A;  4MO5 A;  3BY5 A;  4CJQ A;  2YHA A;  4CJF A;  3D2E A;  3T1A A;  4DU1 A;  3SJJ A;  3KHY A;  5LMU K;  4UQG A;  4YOT A;  2Q31 A;  1Y97 A;  4EZ9 A;  3L2R A;  3SNN A;  2P51 A;  3PSI A;  4FYD A;  2B5J A;  4X64 K;  2YCH A;  3THW B;  3L6Q A;  4IKF A;  5CR4 A;  2G8H A;  2DFH A;  3UKU A;  2GV9 A;  3QEV A;  4YOW A;  4JI1 K;  1OH8 A;  1RT7 A;  4WQ5 A;  5IWA K;  1MWM A;  2OPP A;  2VCP A;  2GBZ A;  1VQM N;  3WT0 A;  2D0B A;  1C0F A;  3P38 A;  3FFI A;  2YHW A;  3AVJ A;  3TSQ A;  4F3T A;  1CLQ A;  4OPA A;  1X3M A;  4KHW A;  1OKJ A;  2YHX A;  3VEO A;  5IT9 O;  5FPD A;  1VSF A;  1IG9 A;  2HHT A;  4YOU A;  5AQF A;  3CPW M;  4A5A A;  1V4T A;  1G15 A;  1CXU A;  4H0O A;  3CFO A;  5AFU A;  3A2F A;  2G8K A;  1S22 A;  3HRG A;  3E9P A;  4WFA L;  3VQ4 A;  1XWL A;  3VF6 A;  3W0L A;  2FLO A;  1EO1 A;  3EL2 A;  5JVH L;  2OCE A;  4KPY A;  4Z4H A;  4H8K A;  1N34 K;  3T3F A;  3AVC A;  4BRC A;  3TR8 A;  3KKR A;  1GOC A;  4E1M A;  3CCQ N;  4BR7 A;  4H0T B;  1S1T A;  2DPN A;  3MN9 A;  4FLX A;  5ELZ A;  2IOC A;  2QKK A;  4Z4I A;  1J6Z A;  3SAF A;  3RVC A;  3ZX2 A;  3WXM B;  2O8C A;  4LY7 A;  5J2N A;  4M7Y A;  3CCU N;  4JKE A;  3SJH A;  3RMC A;  1LOT B;  3WUH A;  2XY8 A;  1ATN A;  3E9O A;  4IDH A;  3KK3 A;  3M8S A;  3ZX3 A;  4EP4 A;  4B9U A;  4K8X A;  1NGA A;  4DV0 K;  3CM5 A;  1NGH A;  4RWT A;  4DTM A;  3IFR A;  4GV6 A;  3TAF A;  2P9U B;  4O0I A;  3TU5 A;  3G6E N;  3E01 A;  3LWM A;  4FLU A;  2YV0 X;  4Y1C A;  4C1N I;  4OPJ A;  4FLW A;  3AAR A;  3CF5 L;  5F0X A;  4NXN K;  4FJH A;  4AHT A;  5AZJ B;  4NYN A;  1WB9 A;  3ZSZ A;  4DMN A;  3T1H K;  1QS4 A;  1QVG M;  3QIC A;  3VQ8 A;  3D7E O;  3KWG A;  1RTH A;  1MU2 A;  4JKA A;  1OH6 A;  3HJF A;  2HBJ A;  1JL1 A;  1HPM A;  4CJ3 A;  1Q9X A;  2VWK A;  2HB5 A;  2VG5 A;  4CJ4 A;  2O4I A;  3DMJ A;  4FLY A;  3CCV N;  1L3U A;  2CH6 A;  4W5R A;  3SQ1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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