2P9SA

Structure of bovine arp2/3 complex co-crystallized with atp/mg2+
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
414
structure length
397
Chain Sequence
AGRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the Influence of Nucleotides on Actin Family Proteins from Seven Structures of Arp2/3 Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-like protein 3
molecule tags Structural protein
source organism Bos taurus
total genus 127
structure length 397
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 2p9sA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9sA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9sA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2p9sA04
5AQKA 3EL2A 2E8AA 4CJ7A 5AQMA 3ZETA 1MWMA 2V7ZA 3QFUA 4H0YB 2CGLA 3VEVA 3CETA 2FLOA 2D1KA 5I9EB 3O4WA 4BRCA 3H1VX 3FLCO 1K8KB 2E20A 3R9PA 4JN4A 1KAZA 5AQUA 3ZX0A 2Q31A 2E2QA 3AY9A 3ULEA 1S22A 1QHAA 4IJNA 4FWQA 4I6MB 3CJ9A 3JS6A 1ESVA 3SK3A 1ATRA 5AQZA 2E2OA 2P9PA 3MCPA 3QBWA 2Q97A 3QICA 4H5NA 1NGEA 2VYPA 4BRKA 1YVNA 2YI1A 3I8BA 5JMVA 5TKYA 1SAZA 1RFQA 5AQQA 1G99A 3O8MA 2E1YA 4O8KA 2ITMA 3VGKA 3ZEUA 3IUCA 4C23A 1SZ2A 4A2AA 4BREA 4BR0A 1OKJA 2D0OA 3U9ZA 3QDKA 1NGBA 3TU5A 1NGDA 5F1XA 2P9NB 5F0XA 5KPZA 3LL3A 2V52B 1KAYA 5AQYA 2Q1NA 3QB0A 3H3NO 2GWJA 4H5RA 2QM1A 3GE1A 5AQTA 3SMPA 1HLUA 2VCPA 5AZJA 4B1YB 3VETA 1HKBA 4BC5A 4ISFA 2V51B 4WQ5C 5AZIA 4DQ8A 1QZ5A 1NWKA 2QWMA 3LDOA 4EIAA 4QS9A 2FSJA 3ATVA 4RTFD 3HZ6A 5ADXA 1GLBG 3O5BA 3AARA 3LDNA 3SLCA 4E1JA 4EFHA 3MMVA 4XH4A 2QWPA 5EOYA 4B1VA 3MN6A 5FPDA 2A42A 3ZETB 3VF2A 1BU6O 1GLDG 1ZXOA 2QWOA 4I6MA 4BR5A 3CHWA 1YAGA 3L0QA 3L4IA 3ZX3A 4BG9A 5AQGA 2CH5A 3I33A 1JCFA 4JHDA 4FO0A 1Q18A 3ENOA 4WQ5A 1RGIA 4BRLA 1QZ6A 4RCHA 5FPEA 3VPZA 3VESA 5AQLA 3ULEB 2IVNA 2A3ZA 3O1WA 1NGJA 2A40A 4CZFA 2GELA 1Y64A 4BR4A 3H3OB 3BEXA 3QFPA 2IIRA 4B1UB 1DEJA 4IZ9A 2P9PB 2FF3B 2F9TA 5AQVA 4EAHD 3D2EB 1NGHA 3EZWA 3QBXA 4B1XB 4FOEA 1HJOA 4CBXA 4FSVA 4CZGA 1BWFO 2W40A 1Z05A 3O08A 4PL8A 3HI0A 2BUPA 4H0PA 1GLJO 2QW9A 2P9UB 3VERA 3A5OC 5LJWA 3ENHA 1T44A 4YDUC 1ATNA 1HUXA 3VGLA 2CGKA 3WQTA 2Q0UA 4FWOA 2Q0RA 3VEWA 2YJEA 2YHYA 5KPRA 5LJVA 5AZJB 1WOQA 2ASMA 2ASOA 5JLHA 3EO3A 5BRDA 1KAXA 5AZIB 2QXLA 3VGMA 4Z94A 5BPLA 3UE5A 2IVPA 4CZMA 4CBUA 4HWIA 1NBWA 3FGUA 5KQDA 3RSEA 1EQYA 4EHTA 3WUHA 4FL9A 5EXWA 4BRQA 3U9DA 2AP1A 3UKUA 1RDWX 4NB4A 1CZAN 2CH6A 5AQWA 4AM7A 3JXUA 3VOVA 1HKCA 5AQFA 3DXMB 4JHDB 1BA1A 3D2EA 3CJ7A 1NM1A 5AQNA 4L3QA 1YUWA 3H45C 1NGIA 4M63C 4IWVA 1ZC6A 4AM6A 3UB5A 2A5XA 2P9UA 1BA0A 4H0VB 4BRAA 4B1WB 1IG8A 2ZF5O 1Z6RA 3VEXA 4BR9A 4BRIA 2VWBA 1GLAG 3CERA 2A41A 4QS7A 4BR7A 5ADXH 2DPNA 4BRGA 3GOIA 5AQSA 1GLEG 3BP8A 4FWLA 4J8FA 4MLEA 3LDLA 3CIPA 3B8AX 2E2PA 2Q36A 4A61A 1DGKN 4RWTA 2J4RA 3L6QA 2P9LA 5E26A 4H5TA 4WYBA 3FR0A 3C0BA 4BRMA 3LDQA 3ID8A 3C7NA 3H1QA 3GL1A 4GNIA 3TPQA 2QWQA 4CZKA 1X3MA 1X9JA 4H03B 3H46O 4PKIA 3LM9A 1NLVA 3G25A 4K43A 1KXPA 4CBWA 1JCGA 4CD3A 3P4IA 1GLFO 5LY3A 4XEIA 2E2NA 3KVGA 3MN5A 3WQUA 2ASPA 5AR0A 5FPNA 4JAXA 3DXMA 3M3ZA 4M7XA 4JD2A 1U6ZA 4MO4A 1V4SA 3KHYA 2P9IA 4CD1A 3CQXA 1TUUA 5KQ8A 3RSEB 3IMXA 5BRFA 3WXIA 4BRHA 3R8EA 1JCEA 3A5NC 3MK6A 4FWRA 1C0FA 3FZKA 1MA9B 3UKUB 1NGCA 1NGFA 1NGAA 4H5WA 4BC4A 1NGGA 2H3GX 3SJHA 4PKGA 3D2FB 5AQHA 4IJAA 2YHXA 3AAPA 1T6CA 1HX1A 2QWRA 4GY2B 3BUZB 4B1ZA 3H6EA 3GDQA 3O1BA 2ZWHA 1E4GT 2QWNA 2IVOA 3A5LC 3U8XA 5AFUA 1T6DA 5FPMA 3FZFA 5EY4A 2CGJA 4BRDA 1HKGA 1NMDA 3M6GA 3ZX2A 3HM8A 3VF4A 3KZBA 2HF4A 5AQRA 4Y0WA 1QQOA 4BRPA 2HMPA 4BGAA 4BC2A 4LC9B 3WXJA 3A0IX 3VEYA 2GEMA 2FSKA 3UKRA 3LDPA 4PL7A 1S3XA 3EKUA 2P9SA 1BG3A 4XH1A 5AQJA 3FE1A 5B8HA 5BN8A 2W41A 4CZIA 3FZHA 4K25A 3HSCA 3CJ1A 2P9LB 1XUPO 2NLXA 3R6MA 3FZLA 4PKHA 1J6ZA 2YJFA 4FOIA 4ISGA 1E4FT 4BQLA 2PAVA 4DB3A 3C7NB 3QMLA 5BR9A 4F9OA 2NRHA 1LOTB 4YDUA 5AQOA 1IJJA 3MN7A 3OHRA 4CZLA 2F9WA 2HF3A 3O6WA 5F2RA 5BN9A 1X3NA 1MDUB 4H0XB 3D2FA 1XC3A 3F9MA 5EX5A 3IDHA 4JD2B 5BREA 2P9IB 3VEZA 4A2BA 4FPBA 3HBTA 1HPMA 1BUPA 5KPTA 3W0LA 1GLLO 3DXKA 4H0TB 5JICA 3DJCA 2D4WA 2Q2RA 1U2VA 2FXUA 2D0PA 3W3DA 1QQNA 1QQMA 4HTLA 4MO5A 4BC3A 2I7NA 1TUYA 5AQIA 3ATUA 2GUPA 3CJCA 3J8AA 1BOTO 3CQYA 2P9KB 4CZHA 4DCHA 3WEEA 4BGBA 3MDQA 3FZMA 4KBOA 4IXCA 2YCHA 4XH5A 4BRFA 2E88A 2YHWA 3EN9A 1TYQA 3WXKA 1D4XA 1MWKA 2GTDA 4FWNA 5BRHA 3UKRB 4WQ4C 2OANA 2E1ZA 2WUSA 2P9SB 2ZGZA 4H0OA 4K42A 2ZGYA 4B9QA 3WXLA 4FWKA 3S41A 3FFKB 1K8KA 1C0GA 4IO8A 1XQSC 5CE3A 3CJBA 1BDGA 3CI5A 3O80A 4FWSA 5EVZA 3WT0A 3LM2A 4FWPA 4ISEA 1ATSA 5AFUH 4CI6A 5JLFA 2FSNA 4FWMA 2UYTA 4FPAA 4M7YA 3AAQA 4BVPA 4BQZA 4WQ4A 4DHYA 3D7EO 5E84A 2HOEA 4H5VA 3MN9A 1SQKA 4BROA 5ELZA 4EHUA 1GLCG 1BO5O 2GWKA 2P9KA 3DXKB 4CZJA 3A8YA 1U2VB 3GBTA 4BR2A 2AA4A 4K41A 1LCUA 2V7YA 3DWLA 3BF1A 3IFRA 4QS8A 2P9NA 3SMSA 3GG4A 4A62A 3EKSA 5AQPA 4BVOA 4CZEA 3BF3A 4JNEA 2KHOA 3U4LA 1P8ZA 2BTFA 1H1VA 2QWLA 2NZTA 5AQXA 3HTVA 4BG8A 3ZEUB 1V4TA 1DKGD 1R59O 1YXQA 5BPMA 1WUAA 2FF6A 3WEEB 3DAWA 4MLHA 4O5FA 3VEOA 4BRNA 2I7PA 2EWSA 4NO7A 3M1FA 2A6AA 3VENA 5BPNA 1ZBSA 3CJAA 1TYQB 2PBDA 3A5MC 3VF6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CPWM 2E8AA 4CJ7A 1I39A 5AQMA 4JKHA 3RMDA 3OYJA 2V7ZA 1NOYA 5C0YA 3KWGA 3TTFA 3KK3A 2CGLA 5I9EB 4IDKA 1JL2A 4BRCA 4K8XA 1REVA 4Q5VA 3FLCO 3KD5E 3VMFB 4KHQA 2X6NA 1Z25A 4KTZA 3OBWA 3MECA 3T3FA 4OKJA 3O4QA 3L3VA 3N4PA 3V81A 2ZJQL 3KK7A 1WAFA 4YOXA 3QICA 2P9PA 2HHUA 2NRZA 4H5NA 1RTIA 2A1RA 1NGEA 3CCLN 3G10A 1YVNA 1C0TA 2RE2A 1RT5A 4CHPA 3ZEUA 2E1YA 4DR6K 2ITMA 4ICLA 4B9NA 3D0PA 3EEQA 4BR0A 2GBZA 1JXBA 3U9ZA 4E7JA 2Z1HA 4MFBA 4B9SA 1MU2A 4DV7K 4IFYA 1KC8O 4H5RA 2KKZA 3SPZA 5AQTA 4FJ5A 3ZSXA 3VETA 4DUZK 4ISFA 3VN5A 1L3VA 4WQ5C 4DQ8A 1QZ5A 2QWMA 3LDOA 4YHHK 5JS1A 4DTUA 3HZ6A 3QO9A 3K57A 4E1NA 4LF5K 1IV0A 3O5BA 4R5PA 2OTLN 1T3VA 4LSNA 3HJFA 1L3TA 5EOYA 3V9XA 4Z4FA 3D6RA 3ZETB 3E66A 3RTVA 3CCSN 4GW6A 2YKMA 5DMRA 3L0QA 3L4IA 3SQ2A 4BG9A 3I33A 4DV2K 4DQPA 2YNIA 1N33K 2YHBA 2F7TA 4WQ5A 5KRSA 1A5WA 2G8FA 4DV0K 2HHVA 1QZ6A 3J7ZO 3ULEB 3OYIA 4O0IA 1WSFA 3BEXA 4IFVA 3QFPA 4OO1J 3SBGA 1JLGA 3V1OA 4EAHD 2VWKA 3NF8A 3TTCA 4FXDA 4B1XB 1IKXA 4N5SA 1BWFO 2HSTA 3QIOA 2XY7A 4J2DA 2HW3A 1Z05A 1GOAA 3O08A 3HI0A 1K6YA 3VQEA 1GLJO 1NJZA 3PX4A 5C2DA 3NF6A 5LJWA 3SAFA 4ID1A 3AVMA 4F4KA 4YDUC 1HUXA 3EE8A 3K5NA 3J80O 3C94A 2YJEA 3VEWA 5KPRA 2RN2A 3CYGA 1WOQA 1S5JA 3I0SA 1NK9A 1W2BM 1BI4B 5MLCQ 3SNNA 1GOCA 3DLHA 3QINA 4CEFA 2KLAA 4AHUA 3AVHA 2Y1IA 1FK9A 3L2WA 3DI6A 1EQYA 4EHTA 3WUHA 3AVKA 4ILHA 4FK4A 4GMJB 3E1YA 1U47A 1RDWX 1T03A 3OYGA 5AQWA 3JXUA 3VOVA 1D9FA 3DXMB 1IBLK 3CJ7A 1NM1A 3AV9A 3ENBA 4L3QA 1YUWA 1NGIA 4CEDA 3HP9A 4A57A 4DQIA 3ZT4A 4Z0UA 5CYMA 1Q82O 3UB5A 4NLBA 2A5XA 3VQ8A 4B1WB 1Z6RA 3VEXA 4IDHA 1HRHA 1GLAG 3V1RA 5ADXH 3S3NA 3GOIA 5AQSA 3Q7CA 4RW7A 1CZBA 3TSUA 1S9EA 4FW1A 3L2RA 2E2PA 1QVFM 5M1KA 2QEXN 4CJ5A 5GIPA 2DFHA 4FK2A 4H5TA 1OH5A 3MEGA 3C0BA 4BRMA 4UY8O 3LDQA 4O5BA 3T69A 4DR5K 4M41A 3H46O 3LM9A 3LP3A 4DR3K 3SUNA 4K43A 1WNSA 3KD1E 3P4IA 3VTIA 4XEIA 3OYEA 2QKKA 3DXMA 2EX3A 3M3ZA 1M90O 4CD1A 2VQFK 4IG3A 1VQON 1VSFA 1TKXA 4KREA 3FFIA 4N76A 5KQ8A 2UUCK 5BRFA 1JCEA 4FWRA 3CM6A 3FZKA 1MA9B 5M1FA 1BL3A 4YOUA 3V9ZA 4M3TA 3RRGA 1XHZA 3D2FB 1VQLN 3VA3A 3GDQA 4DTPA 2HHSA 4JI8K 3M8SA 5AFUA 4JKAA 4WFNL 3FZFA 4CE9A 3F73A 3G4SN 3R1XA 1NMDA 3ZX2A 5SZTA 4XIUA 3VF4A 2HF4A 1QQOA 4CCHA 2E4LA 2HMPA 4NXMK 5J1EA 4DTJA 5TKWA 3UKRA 1XHXA 1OH8A 3HVTA 4RG8A 3TAFA 1Q8IA 5BN8A 2W41A 4CZIA 3FZHA 2NLXA 4C8LA 2JWKA 1X1PA 5GAGP 1J6ZA 4ISGA 1CLQA 4DB3A 1J9AA 3QETA 3I56N 3TWHA 3OBYA 5BR9A 3OYNA 1HNVA 4CJFA 5AQOA 2JGUA 4NCAA 4CIEA 4AH9A 3HP6A 3AVAA 4OPAA 3O9SA 1U4BA 3HOSA 3D2FA 5EX5A 3ISNC 5HRPA 5BREA 4ZTFA 2HNZA 2VQEK 3CFRA 4A2BA 1ZYQA 3KLFA 2ZJPL 4JRPA 5KPTA 3W0LA 5HRSA 1GLLO 1QVGM 3P38A 5GADP 1FXXA 1W7AA 1LAVA 4HHTA 3SAGA 3O9QA 3W3DA 1ZBLA 4G9ZA 3LP0A 4HTLA 1T8EA 2P5OA 1T7PA 3AO3A 3DLRA 1SL1A 1KRPA 3KKRA 1OH6A 4DSEA 1VSKA 4F2SA 4IXCA 3L2VA 1U49A 3DOKA 2HHHK 1HNIA 4E0DA 1D4XA 3N4QA 4FWNA 4WQ4C 2GV9A 2P9SB 1NG9A 3G6EN 4DFMA 3UIQA 2VGMA 4OPJA 3AVLA 3CCJN 1NKEA 3SPYA 2YX6A 5I42A 4IO8A 1D8YA 4FZYA 3QEVA 2ZJRL 1KVCA 4JKCA 2OPQA 1NNEA 2IS3A 2YNHA 2DTUA 4NYFA 3WT0A 4FWPA 2G8UA 2WTUA 4KHPK 1YI2N 1EXQA 3AVIA 1TK0A 4WQ4A 3TAMA 4LH4A 5CHIA 5E84A 4JLHA 5FRNA 4H5VA 2HBLA 3D45A 5C15A 1VQ5N 4DWIA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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