2P9UA

Crystal structure of bovine arp2/3 complex co-crystallized with amp-pnp and calcium
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
414
structure length
398
Chain Sequence
GRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the Influence of Nucleotides on Actin Family Proteins from Seven Structures of Arp2/3 Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-like protein 3
molecule tags Structural protein
source organism Bos taurus
total genus 129
structure length 398
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 2p9uA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9uA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9uA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2p9uA04
2EWSA 3BUZB 4H5WA 3BF1A 2QM1A 3GBTA 2YHYA 4FPAA 3FE1A 5EX5A 2OANA 1YAGA 1C0FA 2BUPA 4BVPA 4CZLA 3R9PA 1U2VB 5AZJB 4O8KA 4M7XA 4QS8A 3ZX0A 3CJ7A 4PKGA 2FLOA 4B1XB 4FWMA 2Q0UA 4BR9A 2V52B 3DXMA 4BR0A 5AQHA 4FWOA 4HTLA 3WXLA 5LY3A 4FPBA 5BPNA 4AM7A 4FWSA 3VEXA 4FWQA 4CZJA 2I7NA 3AARA 5KQ8A 1KXPA 3U9ZA 4H0YB 2NRHA 5JICA 1ATSA 1C0GA 1NGEA 4RWTA 3ZEUB 4MLHA 3MMVA 4FWNA 3VESA 3GOIA 2P9NA 1GLEG 1V4TA 3UKRB 3LDOA 3EKSA 3QBXA 4BGAA 2P9PB 3EO3A 1XQSC 3TU5A 4MLEA 2A42A 2GUPA 3DXKB 1CZAN 4BRHA 1MDUB 4BRDA 2P9KB 3UKUB 3J8AA 5JLFA 3A5LC 5AQKA 2D1KA 2E2OA 1J6ZA 3VEOA 2A6AA 3VF4A 3P4IA 2V7YA 4JHDA 3CJ9A 2QWOA 4H5NA 4GY2B 2W41A 3SJHA 3ZEUA 3G25A 3VPZA 4BRNA 3WEEA 3SMSA 3QFPA 4A2BA 1ATRA 1QQNA 4EFHA 3MN5A 4BGBA 4JNEA 4I6MB 3EZWA 3A8YA 4A61A 1NBWA 4H5TA 3CIPA 3VOVA 4EHUA 3WT0A 5AQWA 4QS9A 1QZ6A 2PAVA 5AQOA 3UKUA 3FGUA 1T44A 4AM6A 4L3QA 1T6CA 3ZX3A 4RCHA 2FSKA 5AQYA 2W40A 1GLFO 2P9SA 1ZC6A 2ZGYA 5AQQA 1XC3A 2FXUA 3A5NC 5AQFA 5EY4A 4JN4A 1GLCG 2I7PA 2QWPA 2HF4A 1HPMA 4I6MA 3A5MC 1BWFO 3FZMA 3C0BA 3H3NO 1QQMA 4H0XB 4JAXA 4H0TB 5ADXH 5EVZA 4B1VA 2VYPA 2HF3A 3I8BA 3VETA 5AFUH 4BRFA 2AA4A 5TKYA 3UB5A 2IVPA 4WQ4C 3W0LA 3DWLA 3DXMB 1LOTB 4Y0WA 4CBUA 1U6ZA 4BRGA 4CZHA 2GTDA 1XUPO 4ISGA 1RFQA 5BPMA 1TUUA 3QDKA 2E2NA 4FL9A 2A3ZA 3VEZA 2YHWA 4B1YB 1Z05A 4WQ4A 2P9NB 1JCFA 2E88A 4JD2A 3IDHA 4PKHA 4BG8A 3FR0A 5AQMA 4WQ5C 3WQUA 2GELA 1K8KA 2CH5A 3CJCA 4IWVA 1OKJA 3D2FA 4BRQA 4BRIA 4K42A 4IXCA 2F9TA 3FZHA 3ZETA 5B8HA 4WQ5A 1NGCA 4H5RA 4JHDB 1WUAA 5E84A 5AZIA 4RTFD 3FZLA 5BRFA 1NWKA 3WEEB 3O08A 3ID8A 3A0IX 1GLAG 3M1FA 4B1UB 4FWPA 4BROA 3LDLA 3HZ6A 4FO0A 3DAWA 1IG8A 2ZF5O 3KVGA 4FSVA 3FZFA 4K41A 1R59O 1RGIA 2E1ZA 3AAQA 4CZMA 5F1XA 2Q36A 4CZIA 2Q1NA 2FF6A 1E4FT 2P9IA 3U8XA 3MN9A 1HLUA 3SLCA 2QWNA 2ZWHA 1BA1A 5E26A 5EOYA 4H0PA 3VF6A 5AQRA 2P9SB 3HI0A 3HBTA 3CERA 4H03B 5AQVA 4BG9A 3SK3A 2GWJA 4EAHD 3O1BA 4DB3A 5FPMA 4BC5A 4B1ZA 4IZ9A 3VGMA 1SQKA 2ASOA 3CQYA 4XEIA 5F2RA 3ULEA 3VGLA 3B8AX 3H46O 4CI6A 5I9EB 4XH1A 4F9OA 3R6MA 3U9DA 3QB0A 4FOEA 3WUHA 5BPLA 3WXIA 3CHWA 3ENOA 4YDUA 3R8EA 3CJ1A 3RSEB 4BRLA 1DEJA 2YI1A 2P9UB 4BR7A 1NGIA 3BF3A 1TYQB 2VCPA 3OHRA 3IUCA 2ZGZA 5FPEA 1ZXOA 3MCPA 3D2EB 5AQZA 1H1VA 4DHYA 1RDWX 5AQUA 1G99A 3M6GA 3VF2A 1NGJA 5EXWA 1DKGD 4O5FA 1IJJA 4BVOA 2DPNA 4Z94A 4K25A 2WUSA 2A5XA 2D0OA 4BC3A 4M63C 1GLDG 2E8AA 4JD2B 5FPNA 4CD3A 1LCUA 5JMVA 2QWLA 4MO5A 1K8KB 2E2QA 3GE1A 4H5VA 4BQZA 3RSEA 5BRDA 1MWMA 4LC9B 2ITMA 2CGLA 1BDGA 1JCGA 2P9UA 1ATNA 3EL2A 3D2FB 4EHTA 5JLHA 1YXQA 1TUYA 1P8ZA 2E2PA 4ISEA 1JCEA 1TYQA 1T6DA 5AQSA 5AQXA 3MN7A 2FSNA 1V4SA 4FWLA 3I33A 2Q97A 3W3DA 4BR2A 1NGAA 2H3GX 3CI5A 3D2EA 4FOIA 3ZETB 4CZKA 4PL8A 2YJEA 1X3MA 5AZIB 1BO5O 1KAXA 3LDPA 3S41A 2NZTA 3D7EO 3AAPA 3SMPA 5BR9A 4PL7A 1BG3A 3DJCA 3VERA 2GWKA 3H1VX 4CZFA 1HJOA 2GEMA 2Q0RA 5AQTA 1HUXA 1Q18A 1GLBG 1BOTO 3QICA 3U4LA 1NGBA 2CH6A 3O5BA 3AY9A 1NGHA 4WYBA 3ZX2A 4B1WB 3LDNA 5AQIA 1BU6O 1Z6RA 1NGGA 4IO8A 4BQLA 2P9IB 1S22A 3EN9A 3VEYA 5AQGA 2ASMA 3CJBA 3VEVA 1GLJO 1YVNA 3CETA 3WXKA 1SAZA 4FWKA 2QWMA 1NGDA 1NMDA 3JS6A 3KZBA 4XH4A 4A2AA 2IVNA 1KAZA 1BA0A 3HTVA 2KHOA 2QXLA 5AR0A 4H0VB 4PKIA 5ELZA 3C7NA 3LL3A 3O6WA 2CGJA 1NGFA 5BRHA 2P9LA 3KHYA 3HSCA 2YCHA 4BRAA 5LJVA 5ADXA 3TPQA 3MK6A 4CBXA 3M3ZA 3O8MA 5AFUA 4BR5A 5BREA 3ULEB 1QZ5A 1WOQA 1QHAA 2A41A 2IVOA 3UE5A 2Q2RA 1ZBSA 3CQXA 1MWKA 1YUWA 4BRPA 2E20A 3VEWA 3WXJA 1Y64A 2NLXA 2Q31A 5AQJA 1NM1A 5LJWA 2FF3B 2FSJA 1U2VA 2D0PA 3F9MA 4BC4A 5AZJA 3H6EA 4CBWA 4YDUC 3IFRA 4C23A 3MN6A 3L0QA 2E1YA 3WQTA 4HWIA 3ATVA 4NO7A 2ASPA 3O1WA 3CJAA 4DCHA 1BUPA 4DQ8A 1E4GT 3FLCO 4BR4A 4QS7A 2IIRA 3O80A 4BC2A 4BRKA 1HX1A 2CGKA 1S3XA 4NB4A 3GG4A 3GDQA 4CZEA 1X9JA 1GLLO 4BREA 3MDQA 4XH5A 4K43A 3ENHA 1ESVA 1EQYA 5AQLA 4ISFA 5KQDA 4BRMA 1MA9B 4EIAA 4CZGA 2D4WA 3VENA 3FFKB 2UYTA 5BN8A 4E1JA 3H45C 3L6QA 4CJ7A 2HMPA 4FWRA 4IJAA 3UKRA 1D4XA 5F0XA 1NLVA 5BN9A 3BP8A 2P9PA 5FPDA 3DXKA 3O4WA 1HKCA 2P9KA 2V7ZA 5AQPA 2V51B 4A62A 3QBWA 1X3NA 2VWBA 4KBOA 4GNIA 1SZ2A 3GL1A 3LDQA 2QWRA 4H0OA 5CE3A 4J8FA 2BTFA 3L4IA 3QFUA 2YJFA 3H3OB 3LM2A 1HKBA 1DGKN 3FZKA 2QW9A 3BEXA 4IJNA 2QWQA 4CD1A 5KPZA 3H1QA 4MO4A 2HOEA 3HM8A 3A5OC 4M7YA 4B9QA 1QQOA 1KAYA 3ATUA 3IMXA 5AQNA 5KPRA 2A40A 2AP1A 2PBDA 3QMLA 5KPTA 1HKGA 3LM9A 2YHXA 3C7NB 2P9LB 3VGKA 3JXUA 2F9WA 2J4RA 3EKUA 4BRCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JKDA 4PHTX 2OPPA 3V9XA 2RPIA 3GBTA 2VG7A 2YHYA 5EX5A 5A2QO 2Z1JA 3AVMA 1YAGA 4BVPA 5C15A 3CCLN 5C2DA 2QA4N 3KLIA 1U2VB 1W0HA 3OA9A 4M7XA 2P51A 2HBMA 3LWMA 1NJWA 1P90A 3CJ7A 5C24A 2FLOA 4I7FA 4CVNE 3QEPA 2V52B 3DXMA 4BR0A 2JLEA 4FWOA 1U4BA 3K59A 5BPNA 4W5QA 4AM7A 1A5VA 1XHZA 2I7NA 5KQ8A 4JS4A 3O3FA 1IKVA 4YOWA 3VQQA 3VQAA 5M1NA 1VQNN 1ATSA 4BWMA 4B3SK 1JLAA 4RWTA 1FKPA 4MLHA 3MMVA 1L3TA 3RR8A 4WFAL 3AO2A 4OGEA 1GLEG 4KTZA 4BE7B 3UKRB 4DS4A 5D3GA 3LDOA 3ZT3A 4GVEA 4MLEA 1VSKA 4CGIA 5H1SQ 4BRHA 1ZBUA 1S9EA 1TVRA 4BRDA 2ETJA 3THYA 4JEPA 3UKUB 3E01A 5AQKA 2D1KA 2E2OA 3DRRA 1RBUA 3CXCM 3V9WA 2VQFK 3HVTA 2A6AA 2XRIA 5DM6L 3OYKA 3TARA 4JHDA 3CJ9A 4BE2A 1BGXT 1X1PA 2W41A 4CJVA 1LAVA 3ZEUA 1Q9XA 3VPZA 3WEEA 3QFPA 3MN5A 4CK3A 1TKDA 2OA8A 4JNEA 4H5TA 3CIPA 3HP6A 1QZ6A 4XJXA 3NF8A 2O8DA 2HHXA 4JI8K 1NJZA 1T44A 4AM6A 4L3QA 1VQ6N 4KI4A 5AQYA 4N5SA 4UY8O 4OJRA 2P9SA 1ZC6A 3LP3A 3V9ZA 1VRUA 2B4JA 5EU7A 1XC3A 3TTDA 4CHOA 2HW3A 1C0UA 5EY4A 4CJTA 4DTOA 1GLCG 2ZE2A 3H3NO 4H0XB 1CXQA 4DFMA 3KKRA 5EVZA 3I8BA 3LAMA 1HNVA 2AA4A 2GUIA 2YX6A 3EE8A 3OYEA 2F96A 1XMOK 4OO1J 3K9JA 1C0MA 1LOTB 4DQSA 2JWLA 4CBUA 4IG3A 1XUPO 4ISGA 3MXJA 3QEIA 4FLVA 4M3RA 4FJXA 4RW7A 1SL1A 1J5EK 2NRTA 1JLFA 2YHWA 1Z05A 2OTJN 4DLGA 2P9NB 2B5JA 4WCEL 3WQUA 3OYAA 1K8KA 4CERA 4FJHA 1YVUA 1RDBA 1NK6A 1ZBLA 4BRIA 2F4VK 4K42A 1LW0A 4F2RA 4IFEA 1VAZA 2F9TA 4JI2K 2HHSA 2E5LK 3FZHA 1VSDA 4IOAL 3OS1A 3NF7A 3AA4A 3VQ7A 3VQ6A 4BDZA 1EXQA 3G4SN 3M1FA 3NH1A 4L8RB 5LMNK 3MWTA 4FWPA 4CJKA 3DAWA 1OH8A 1IG8A 2ZF5O 3KVGA 4K41A 1R59O 1HYZA 1ZBHA 1W2BM 5M1PA 2WBNA 1MU2A 2Q1NA 2FF6A 4JI3K 3HJFA 2WONA 1NU0A 3CCQN 4OVLA 2QWNA 2ZWHA 3SZ2A 3VF6A 5AQRA 4YNQA 1VSEA 3HI0A 4CFAA 3QEXA 2E4LA 4DF4A 4W5RA 3LPUA 3O1BA 4DB3A 4B1ZA 4DR5K 4IZ9A 4JI7K 4NLBA 3EYZA 4XEIA 2ZJPL 3S9HA 5F2RA 1BIZA 3J81O 4FM1A 5I9EB 4BDYA 3TAMA 3U9DA 5J2PA 3C65A 1Q9YA 5BPLA 2DTUA 3K5MA 2O8CA 4AHSA 2UUCK 1XC9A 2YI1A 4E7JA 3IRXA 3G10A 4JLHA 2PYLA 1RBRA 1YTAA 2NRZA 2VCPA 4M3ZA 3OHRA 3TAGA 4JI6K 5CYQA 4DV7K 4YOTA 1H1VA 1RDWX 3T19A 3K58A 2DFHA 3SYZA 1TKTA 3CCMN 4K25A 2WUSA 1TGOA 4CHZA 1FJGK 1YT3A 2D0OA 4DV2K 4BC3A 1LAWA 3V9UA 2OYQA 5JMVA 4CEAA 4CJ3A 3HYFA 3I0SA 3L2WA 1IG9A 5M1OA 3GE1A 1VK0A 4CE9A 3OY9A 1MWMA 1YTUA 3SBTA 4CHNA 2P9UA 3PSIA 2E2PA 4CJSA 3OS2A 1JCEA 5AQXA 2FSNA 4FWLA 2Q97A 2UU9K 2H3GX 4E7IA 4DTXA 4EP5A 4FJ5A 4CIGA 1KAXA 3S41A 3NAEA 4FJGA 2NRVA 2YNFA 1NK7A 4PL7A 3DJCA 2PFUA 3VERA 3U6FA 2GWKA 4I2PA 3H1VX 3WNGA 4CZFA 4E0DA 3CCEN 3V6DA 3QESA 3T1HK 4OKEA 1U48A 1BOTO 2HHUA 1HR0K 5MLCQ 3L8BA 3ZX2A 1VQ8N 3OS0A 4HHTA 3LDNA 4QCLA 5AQIA 1Z6RA 3QIPA 1VSLA 4IO9L 3VEYA 4AF1A 1S5JA 5AQGA 3HXMA 2ASMA 3VEVA 3WXKA 1YVNA 4DG1A 4CEEA 1NGDA 1HYVA 3KZBA 3VA0A 2IVNA 5JENA 3T7ZA 2KHOA 1DTQA 3ZSRA 1XNRK 3LL3A 5BRHA 1NGFA 4ICLA 3HSCA 3ZSQA 4CBXA 3NF6A 3M3ZA 3ULEB 4CF0A 1WOQA 4LFBK 3UE5A 3HSTB 4FLUA 1WSIA 3MWPA 5GAGP 1YUWA 1Z25A 3VEWA 1Y64A 1WLJA 2QKBA 3BZCA 2FF3B 2IC3A 3F73A 1U2VA 4GKKK 1Q82O 4X62K 4R5PA 2E1YA 3WQTA 4HWIA 1NK4A 2YHAA 4NO7A 3NH2A 2ASPA 2EHGA 3CMEN 3KLFA 5HL7L 4QS7A 4BRKA 2CGKA 3HO1A 4CZEA 4DSFA 1X9JA 1GLLO 5CYMA 1NJIO 3PY8A 2A1RA 4JI1K 1K73O 3ENHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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