The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
129
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sequence length |
371
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structure length |
361
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Chain Sequence |
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for the recruitment of profilin-actin complexes during filament elongation by Ena/VASP.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Actin, alpha skeletal muscle
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| total genus |
129
|
| structure length |
361
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| sequence length |
371
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00022 | Actin | Actin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Actin; Chain A, domain 4 | Actin; Chain A, domain 4 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3QML A; 5AZJ A; 5EX5 A; 1Q18 A; 3VGL A; 4BR5 A; 2A41 A; 4BRI A; 1C0G A; 2HF3 A; 1ATN A; 2V7Z A; 4EAH D; 1CZA N; 3VET A; 4BRG A; 1HKC A; 2ASP A; 1BU6 O; 4YDU A; 4K25 A; 4BRE A; 4B1W B; 3O80 A; 1Y64 A; 3M1F A; 1GLE G; 3MN6 A; 2ASM A; 4H0Y B; 4BC2 A; 2PBD A; 4BRN A; 2IIR A; 1X9J A; 4KBO A; 2E2O A; 2FSK A; 1G99 A; 2CH5 A; 1QQO A; 1P8Z A; 1DKG D; 1OKJ A; 1SQK A; 5I9E B; 4BVP A; 3DXK B; 1MA9 B; 4A2A A; 3GG4 A; 4FWR A; 4RWT A; 3CQX A; 5BRD A; 5AQJ A; 5AQL A; 3WXK A; 1BO5 O; 2IVP A; 3BF3 A; 4I6M A; 4F9O A; 5LJW A; 5BN8 A; 2A42 A; 1RDW X; 4BRO A; 3U4L A; 2ZWH A; 3WXL A; 1DEJ A; 5AQW A; 5BPL A; 3EKS A; 5AQN A; 3FZF A; 4XH1 A; 3H6E A; 3DXK A; 3ENO A; 1GLD G; 2E2Q A; 3HM8 A; 2QWP A; 3CJC A; 4FSV A; 3SLC A; 2D0O A; 4WQ4 A; 5FPM A; 4IO8 A; 2NLX A; 4XEI A; 3VF4 A; 1NGD A; 4XH5 A; 3LDQ A; 3HSC A; 3KZB A; 1HJO A; 2VWB A; 4A62 A; 3A5M C; 5AQO A; 1XUP O; 5BRE A; 3D2E B; 4CD1 A; 2VYP A; 2P9N B; 4IWV A; 5KQD A; 1QQM A; 2OAN A; 3UKU A; 4CJ7 A; 3O5B A; 3W0L A; 4BRK A; 1NGI A; 1GLF O; 1BA0 A; 2J4R A; 3I33 A; 1GLA G; 1HLU A; 3GOI A; 3VGK A; 3ZET A; 1SZ2 A; 1IJJ A; 5AQS A; 3ZX3 A; 3MCP A; 4DCH A; 2I7N A; 3FLC O; 1QQN A; 2Q31 A; 3GDQ A; 4BG8 A; 2GWJ A; 1MWK A; 2P9S B; 3EN9 A; 4IZ9 A; 4NO7 A; 5JLH A; 1DGK N; 5B8H A; 3B8A X; 5F0X A; 2ZF5 O; 3HBT A; 4BRQ A; 5AR0 A; 3O08 A; 4CZM A; 2GEL A; 1HX1 A; 2V51 B; 4BR9 A; 3FE1 A; 3H3N O; 4EFH A; 3QBW A; 3D2F B; 1BG3 A; 1BOT O; 3O8M A; 2Q0R A; 4FL9 A; 3HZ6 A; 1U6Z A; 3A5N C; 5AQT A; 4CBW A; 3IDH A; 4H0V B; 3LL3 A; 3BEX A; 1ESV A; 4J8F A; 4M7Y A; 4B1V A; 1QZ6 A; 3R9P A; 4CZH A; 1T6D A; 3WT0 A; 2E2P A; 3EKU A; 2CH6 A; 3TPQ A; 3A0I X; 3VEZ A; 1NGH A; 4ISG A; 3R6M A; 1RFQ A; 3ATU A; 4FWK A; 4PKI A; 5AQQ A; 2AP1 A; 4BRM A; 3F9M A; 4M63 C; 4WQ5 C; 4CZJ A; 3JS6 A; 3VPZ A; 3WUH A; 2GUP A; 2QWL A; 3CI5 A; 4K41 A; 2D4W A; 1LOT B; 3CHW A; 4JN4 A; 2NRH A; 2YHX A; 1KXP A; 4O5F A; 1QZ5 A; 3VEW A; 4B1Y B; 3VES A; 5EOY A; 3DAW A; 3CJ9 A; 3A5L C; 1HKB A; 2QWR A; 1JCG A; 5BPM A; 3BF1 A; 3UKR A; 2ZGY A; 3MK6 A; 4HWI A; 2AA4 A; 3CER A; 4BQZ A; 3WEE B; 1Z05 A; 1ATR A; 2QM1 A; 3SK3 A; 3QFP A; 2KHO A; 1JCE A; 2Q1N A; 4B1U B; 2CGJ A; 3M6G A; 4H5V A; 1KAY A; 3FGU A; 2FF6 A; 5BRH A; 2IVN A; 4BVO A; 4M7X A; 4FPA A; 4BQL A; 3C0B A; 1X3M A; 2HOE A; 3H1Q A; 2YCH A; 5ADX A; 4CZF A; 4H0P A; 3LDO A; 2QW9 A; 5BPN A; 1YAG A; 3CIP A; 5AFU H; 5TKY A; 4BGA A; 1NGJ A; 5AQY A; 3A5O C; 4PL7 A; 5EXW A; 4A2B A; 5AQV A; 5FPN A; 3AAR A; 3ZEU B; 1T44 A; 3MN9 A; 3M3Z A; 1TUU A; 5AZI B; 2H3G X; 3BP8 A; 4FWQ A; 5AQG A; 5AQM A; 3L0Q A; 4BR2 A; 3WXI A; 1X3N A; 3O1B A; 1NBW A; 2YHW A; 1C0F A; 4CZE A; 2GEM A; 3O4W A; 4H0T B; 2F9W A; 1V4S A; 3I8B A; 3P4I A; 3QBX A; 2QWM A; 2DPN A; 5AQX A; 3FZK A; 2ASO A; 4NB4 A; 1GLC G; 3KHY A; 3JXU A; 3H1V X; 3AAQ A; 1S3X A; 4ISE A; 2CGK A; 2IVO A; 3UE5 A; 5KPZ A; 3QB0 A; 3LDN A; 1TUY A; 3AY9 A; 5ELZ A; 4H5W A; 3LM2 A; 2FSJ A; 3D7E O; 5LY3 A; 1HKG A; 1U2V B; 4FWM A; 3D2E A; 1T6C A; 2E88 A; 4XH4 A; 2NZT A; 2P9N A; 4BGB A; 1NGC A; 3H3O B; 1GLL O; 4BC3 A; 2QWO A; 2P9L B; 5AQK A; 3EO3 A; 5KQ8 A; 2PAV A; 3CET A; 1LCU A; 1D4X A; 5AQR A; 3OHR A; 5F1X A; 1YXQ A; 3CJ1 A; 4L3Q A; 2GTD A; 2HF4 A; 3VGM A; 5KPR A; 1NLV A; 2E1Y A; 4BRH A; 2W41 A; 2A5X A; 4JHD B; 4HTL A; 3DWL A; 3A8Y A; 2Q97 A; 4BRC A; 1NGF A; 2BUP A; 2QWN A; 3CJ7 A; 2CGL A; 3QFU A; 2P9S A; 3DXM B; 4RTF D; 4QS9 A; 4A61 A; 2P9U B; 4H03 B; 3H45 C; 5E26 A; 2GWK A; 1NGB A; 2QWQ A; 3EL2 A; 4PKH A; 3TU5 A; 4FPB A; 1JCF A; 3VOV A; 3D2F A; 3O6W A; 2YJF A; 2FSN A; 3FFK B; 4GY2 B; 1ZXO A; 3WQT A; 5LJV A; 4FOE A; 2P9U A; 2V7Y A; 3GE1 A; 3BUZ B; 1RGI A; 5AQZ A; 4CZK A; 3S41 A; 3IFR A; 1R59 O; 4CBU A; 5KPT A; 1E4G T; 4QS8 A; 1GLJ O; 3HI0 A; 2V52 B; 5AQF A; 5AQP A; 4MO5 A; 4CI6 A; 4CBX A; 2WUS A; 2FLO A; 1HUX A; 5AQI A; 1NWK A; 5AZJ B; 4FO0 A; 4IXC A; 1Z6R A; 3ATV A; 5JLF A; 3MN7 A; 5ADX H; 4MLH A; 3SJH A; 2Q36 A; 3QIC A; 5FPD A; 4AM7 A; 2E20 A; 2P9I B; 4Y0W A; 3WQU A; 1ATS A; 1NMD A; 3VER A; 1WUA A; 3J8A A; 4H0O A; 4H5R A; 3C7N B; 4EHU A; 3VEN A; 1E4F T; 4QS7 A; 4O8K A; 1NGG A; 2ZGZ A; 2A3Z A; 4GNI A; 3LM9 A; 4JNE A; 5AQU A; 3MDQ A; 1MWM A; 1HPM A; 2P9I A; 4FWS A; 3CJA A; 5AQH A; 2P9K B; 4MO4 A; 4IJN A; 3O1W A; 2E2N A; 4H0X B; 5JIC A; 4B1X B; 2YI1 A; 5BN9 A; 3ZX2 A; 3C7N A; 3WEE A; 4IJA A; 3R8E A; 4I6M B; 2BTF A; 4C23 A; 4PL8 A; 3G25 A; 1KAX A; 1J6Z A; 4H5N A; 1QHA A; 4ISF A; 4CZI A; 2E8A A; 3LDP A; 3SMP A; 2ITM A; 2FF3 B; 4H5T A; 4B9Q A; 4YDU C; 2VCP A; 1MDU B; 5F2R A; 2P9K A; 4RCH A; 4E1J A; 2I7P A; 4PKG A; 1TYQ B; 4BRL A; 4K43 A; 2QXL A; 2FXU A; 1IG8 A; 2W40 A; 3ZEU A; 4BR4 A; 3VEV A; 1K8K B; 5AZI A; 2A40 A; 3VEO A; 4LC9 B; 2Q2R A; 2HMP A; 4FWO A; 4DQ8 A; 4BR0 A; 2D1K A; 4B1Z A; 4Z94 A; 3VF2 A; 1BDG A; 4DHY A; 3IMX A; 4JD2 B; 1TYQ A; 3UKU B; 5AFU A; 1KAZ A; 4FWP A; 3ULE B; 1NGA A; 1YUW A; 3FZL A; 1ZC6 A; 2Q0U A; 5FPE A; 3W3D A; 3ZET B; 1K8K A; 4EIA A; 5EY4 A; 5JMV A; 3CJB A; 3L4I A; 4WQ4 C; 4WYB A; 2EWS A; 3EZW A; 3U9Z A; 1BUP A; 1NM1 A; 4JD2 A; 3VF6 A; 1XQS C; 3RSE B; 3ULE A; 2E1Z A; 4MLE A; 1U2V A; 1H1V A; 5BR9 A; 4BG9 A; 1BWF O; 1GLB G; 3MN5 A; 3GBT A; 3GL1 A; 3IUC A; 4FWL A; 4BC5 A; 1ZBS A; 3ENH A; 4BRA A; 4CZG A; 2P9L A; 3U9D A; 3WXJ A; 1BA1 A; 3FZM A; 4K42 A; 3RSE A; 4WQ5 A; 4CZL A; 3SMS A; 1EQY A; 3L6Q A; 4BC4 A; 3ID8 A; 3QDK A; 5CE3 A; 4JHD A; 4CD3 A; 5BRF A; 3MMV A; 4BRP A; 2YHY A; 2YJE A; 3U8X A; 2P9P B; 3DXM A; 4DB3 A; 2F9T A; 3CQY A; 1WOQ A; 2UYT A; 3AAP A; 1XC3 A; 4BRD A; 4AM6 A; 3FR0 A; 4EHT A; 2A6A A; 3HTV A; 2D0P A; 3ZX0 A; 4FOI A; 2P9P A; 3VEY A; 4BRF A; 1V4T A; 1S22 A; 1SAZ A; 3H46 O; 5EVZ A; 4JAX A; 3DJC A; 1NGE A; 4FWN A; 1YVN A; 3FZH A; 4BR7 A; 3VEX A; 3UB5 A; 3UKR B; 3KVG A; 3LDL A; 5E84 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QML A; 1DTT A; 1YTA A; 1Q18 A; 2A41 A; 3HK2 A; 1ATN A; 3MEG A; 3SV3 A; 3N4P A; 4K25 A; 4BRE A; 1EWQ A; 1Y64 A; 3M1F A; 3F9K A; 2IIR A; 1X9J A; 1TAU A; 2O8E A; 1G99 A; 2Z1I A; 1QQO A; 3IG1 A; 1VSE A; 1OKJ A; 1RDB A; 1NJI O; 1SQK A; 3DXK B; 5KI6 A; 2OPR A; 3VN5 A; 4A2A A; 1BIZ A; 1W2B M; 3CQ8 A; 4RWT A; 4M41 A; 4YOT A; 3VQ7 A; 4J2D A; 3HVR A; 2ZM6 K; 4M42 A; 3O4Q A; 2XY8 A; 4F9O A; 5LJW A; 3S3O A; 3O3F A; 2A42 A; 1RDW X; 4OVL A; 1IBM K; 4FJJ A; 5MLC Q; 3JYT A; 3FZF A; 4RW7 A; 4DV2 K; 4JK9 A; 3H6E A; 3ENO A; 1GLD G; 1RT6 A; 3L4Q A; 2QWP A; 3LAM A; 4GVE A; 2JWL A; 2IAJ A; 2YHA A; 1UOC A; 3SAG A; 4IO8 A; 2NLX A; 1NGD A; 3RTV A; 4XH5 A; 1LW0 A; 4JI6 K; 3G71 N; 3WNF A; 3LAL A; 2VWB A; 1RNH A; 3A5M C; 5AQO A; 1XUP O; 5BRE A; 3D2E B; 1ITG A; 4E7L A; 2VYP A; 4KAZ A; 3K57 A; 3AVI A; 1D9F A; 1VQM N; 1HRH A; 4X64 K; 4FM2 A; 3ZT3 A; 4CJ3 A; 2QK9 A; 3THW A; 3H08 A; 3KK1 A; 4DFK A; 1HLU A; 1WBB A; 1SZ2 A; 3OYE A; 3O9S A; 3VQ8 A; 3MED A; 4BG8 A; 1VQP N; 1L3V A; 1BIS A; 3VQP A; 4JK8 A; 1DGK N; 2WC9 A; 4I7F A; 3B8A X; 4DSL A; 1IH7 A; 4N41 A; 3HPH A; 4BRQ A; 4NCA A; 3OY9 A; 3V9Z A; 1RTH A; 1N8R O; 4CJT A; 3E9O A; 4CER A; 1LAV A; 4DG1 A; 1Q81 O; 3CC7 N; 4KKO A; 1CLQ A; 4H0V B; 3ZSQ A; 3BEX A; 1QQC A; 1NK8 A; 3AO5 A; 3SCX A; 2KQ2 A; 4DSJ A; 4CHP A; 5CYM A; 5C12 A; 1D8Y A; 1KLM A; 3K9K A; 4YOW A; 2CH6 A; 1T3V A; 2B5J A; 3A0I X; 3KLF A; 1ILY A; 1RBR A; 3SV4 A; 1FW6 A; 3VPZ A; 3WUH A; 1W7A A; 3VQC A; 2FBT A; 3CHW A; 4LH4 A; 3PX4 A; 1RT5 A; 2YHX A; 1VSL A; 3VEW A; 4B1Y B; 3VES A; 5EOY A; 4FLZ A; 4JKC A; 4KTQ A; 3DAW A; 3CJ9 A; 4NCG A; 3A5L C; 1HKB A; 1JCG A; 3MK6 A; 2AA4 A; 4M3Y A; 3CER A; 3SZ2 A; 4BQZ A; 1ATR A; 3QFP A; 2KLA A; 2HHW A; 4CJ4 A; 3OYK A; 4CJQ A; 2IVN A; 1WSJ A; 4BVO A; 4M3Z A; 4JKG A; 4H0P A; 1X9W A; 4FJI A; 3NVK A; 2QW9 A; 3MCA B; 4JKB A; 1QTM A; 5AFU H; 3G0Z A; 4PL7 A; 5EXW A; 2HVI A; 4CJS A; 3KK7 A; 4HHT A; 3ZEU B; 3NH1 A; 2P1J A; 1A5X A; 3M3Z A; 4CES A; 3PX0 A; 2XRI A; 3PIO L; 4FWQ A; 5GAH P; 3Q7C A; 2C1I A; 4C1N I; 1YJN N; 3O1B A; 4FLW A; 4BE7 B; 4FJM A; 1JL2 A; 2YHW A; 2FBX A; 3EY1 A; 3CYG A; 3U3G A; 5KTQ A; 3O4W A; 3AGR A; 3QBX A; 5AQX A; 3FZK A; 4NB4 A; 4CJL A; 1REV A; 4KFB A; 1M1K O; 3UE5 A; 5KPZ A; 3EE9 A; 3QB0 A; 3KJV A; 3F5T A; 1RBV A; 3LDN A; 3T3F A; 1BQM A; 3AY9 A; 5ELZ A; 4DS4 A; 3QEW A; 1SL0 A; 1HKG A; 1XNQ K; 1R0A A; 4XH4 A; 2E88 A; 2NZT A; 4DU1 A; 2A1S A; 2QTD A; 3TTF A; 1GLL O; 4LD0 A; 4BC3 A; 2QWO A; 5LMU K; 4NYF A; 3T69 A; 4DSE A; 5KQ8 A; 4TSX A; 3OVN A; 4J2E A; 3OYJ A; 1S1X A; 2PAV A; 2PZS A; 1VQ4 N; 5AQR A; 1YXQ A; 4CGJ A; 1N6Q A; 1VQ6 N; 4L3Q A; 1NOZ A; 4CFC A; 1NLV A; 4HCC A; 3SBG A; 3T7Z A; 4F2R A; 3A8Y A; 2QXF A; 3CCR N; 1NGF A; 2R7Y A; 3PUF A; 2QWN A; 4WFB L; 3CJ7 A; 4E1N A; 2P9S A; 3LP1 A; 3TR8 A; 5KGW A; 4AHT A; 3HM9 A; 3O9T A; 3AVK A; 4H03 B; 5HOO A; 3H45 C; 1NJY A; 4OPK A; 2HND A; 1KCF A; 5E26 A; 4N47 A; 3EL2 A; 3TU5 A; 1JLF A; 3VOV A; 4B9N A; 5CYQ A; 3HP9 A; 3OYM A; 2DFH A; 1JLE A; 3DOL A; 3WQT A; 2V7Y A; 4E89 A; 4MDA A; 3S41 A; 3IFR A; 4H4M A; 4LFC K; 1E4G T; 4E0D A; 3DI6 A; 1VSM A; 4CJP A; 5AQF A; 5AQP A; 4K8Z A; 2WUS A; 4FJG A; 2FC0 A; 1NJX A; 5GIO A; 4FO0 A; 1NMN A; 4ZHR A; 3CCS N; 5IT9 O; 1RT3 A; 2KFZ A; 4MLH A; 2Q36 A; 3AVF A; 3UIQ A; 4AM7 A; 2W42 A; 3VER A; 3J8A A; 3VEN A; 4LFB K; 3TSQ A; 2D0A A; 3V4I A; 4GNI A; 3LM9 A; 5A2Q O; 4FZZ A; 3MDQ A; 4ILH A; 1NOY A; 2E4L A; 3SAH A; 1NK4 A; 2PY5 A; 3O1W A; 4B1X B; 2FBY A; 2BTF A; 4C23 A; 1YTU A; 4JI8 K; 3AA2 A; 4CJR A; 1J6Z A; 4H5N A; 4KB0 A; 3V9U A; 3PV8 A; 2FF3 B; 3C6A A; 5M1Q A; 4YDU C; 2VCP A; 4NLC A; 4I2Q A; 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