2Q1NA

Actin dimer cross-linked between residues 41 and 374
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
369
structure length
345
Chain Sequence
ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
publication title Multiple crystal structures of actin dimers and their implications for interactions in the actin filament.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 114
structure length 345
sequence length 369
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2q1nA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2q1nA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2q1nA03
4NB4A 1XQSC 1QZ5A 2NZTA 3BEXA 1KXPA 2Q0RA 3CI5A 4WYBA 2P9KB 3UKRB 3MN6A 4PKIA 4PKHA 2E2QA 3WXIA 3CJBA 5BR9A 3FZHA 4PL8A 3IFRA 5AFUA 1X3NA 5ADXH 2FSJA 4RWTA 1BDGA 5AZJA 4JNEA 4H0YB 4JAXA 4BRMA 3DXMA 3EKSA 2ASOA 1X9JA 1BU6O 5CE3A 3WEEA 4M7YA 5LY3A 4FWOA 4B9QA 5KPZA 5I9EB 3GOIA 1QQMA 4BRQA 4CZFA 3CQYA 2FXUA 3F9MA 5EVZA 3BF3A 1WUAA 4H5RA 2H3GX 3MN9A 1WOQA 3DJCA 2GWJA 1ATSA 1BG3A 4MO4A 3FZMA 1BA0A 4PKGA 4K25A 4B1XB 4CD1A 3AY9A 3IDHA 3HSCA 1C0FA 1GLDG 2ZF5O 3ZEUB 3LM9A 3VESA 4JHDB 4BREA 1JCFA 3H45C 2QWQA 5AQIA 1SQKA 3WXKA 5FPEA 1BA1A 3M1FA 3VENA 3P4IA 3M3ZA 5BN8A 3FZLA 2GWKA 3J8AA 5EX5A 3BP8A 1V4SA 3DXKB 5AFUH 2Q1NA 2QM1A 2YHWA 2A40A 4JHDA 5EOYA 5E84A 1MA9B 4WQ5A 3VGMA 2HF4A 1NBWA 5AQRA 3VGKA 3CJ7A 1C0GA 4GY2B 2P9SB 3W0LA 2QWPA 3VPZA 3HZ6A 4ISEA 1T6DA 2IVPA 5AQJA 3H1VX 3HBTA 3QDKA 3U4LA 3A5NC 2P9IA 3AAPA 1MWKA 3KZBA 4QS7A 1JCGA 1XUPO 1ZBSA 1NGEA 3L4IA 3L6QA 5AZIB 1NGGA 1Y64A 4CZEA 3QFPA 1G99A 3SJHA 1K8KA 1U2VB 3QICA 1BOTO 3W3DA 3C0BA 1KAZA 3JS6A 5F0XA 4YDUA 1Z05A 3D2EB 1S22A 3VF4A 5FPMA 4BRHA 4IZ9A 2YHYA 3U8XA 4B1UB 3O6WA 3O08A 5AQOA 2A41A 4PL7A 4XH5A 4BRAA 5JLFA 1JCEA 1SZ2A 5AQQA 4A62A 2Q97A 4BGBA 1KAYA 1GLBG 3WQUA 2FSNA 1KAXA 3GG4A 3L0QA 2NRHA 3C7NB 4M63C 5EY4A 2QWRA 4BRDA 1ZC6A 3A5MC 1BUPA 5KQDA 4QS9A 3KHYA 2BTFA 5AZJB 4Z94A 1BO5O 1GLEG 3DXMB 5AQLA 3WEEB 2GTDA 3BF1A 2E8AA 1HKCA 4HWIA 4H0OA 5JLHA 1SAZA 2Q31A 3C7NA 4BC3A 2E2OA 3O4WA 4BRPA 3B8AX 1RGIA 2V51B 3FZKA 5BRFA 3ULEB 2P9UA 4CI6A 1TYQA 1GLAG 4EAHD 3U9ZA 1E4GT 3HTVA 2YI1A 3CERA 1IG8A 3MN7A 1ATRA 3I33A 4FSVA 1CZAN 1QZ6A 5TKYA 4H03B 3A8YA 1LCUA 2Q0UA 5AR0A 2YCHA 4F9OA 1HUXA 2QWLA 4IO8A 3ULEA 2GELA 3I8BA 5JMVA 1S3XA 5LJVA 2I7NA 5KPRA 4B1ZA 3H1QA 1YAGA 2W41A 2E20A 4DB3A 4MLEA 4WQ5C 2DPNA 3A5LC 3AAQA 3CJCA 1V4TA 3A5OC 3TPQA 3VF2A 3ZETA 3FE1A 4H5NA 2CGLA 4FWMA 1HX1A 2P9NA 2ZGYA 2E1YA 2D0PA 4FWKA 3MCPA 1NGCA 2V7ZA 4BC5A 4CZMA 1NWKA 4FOIA 3QB0A 3S41A 3G25A 5JICA 2FF6A 4BR2A 3VEWA 3DAWA 4K43A 3CIPA 4FPAA 1HJOA 2QWMA 3O1WA 2A3ZA 4CZGA 5BRHA 3R8EA 4CD3A 2P9IB 3UKUA 3GBTA 3SLCA 4BC4A 2OANA 3VEYA 3LDOA 2NLXA 3WXLA 3EN9A 5KQ8A 2QWOA 2ASPA 4YDUC 2P9PB 2ZWHA 3LM2A 4IWVA 4B1YB 5AQTA 1K8KB 1MDUB 1NM1A 1HLUA 1DGKN 4CBWA 1H1VA 2Q36A 4CZKA 5LJWA 5BREA 1HKGA 3QBWA 4BQZA 2QW9A 4LC9B 5AQYA 3CETA 4FWNA 1QQNA 3CHWA 4FL9A 2HOEA 4H0TB 2P9PA 3VETA 4A2BA 5AQVA 1NGBA 4CJ7A 3EZWA 4H0XB 3FGUA 2F9TA 4H5TA 1NGDA 2PAVA 3VOVA 4JD2A 4BRKA 4I6MA 4H0PA 4KBOA 1GLJO 3TU5A 3HM8A 3MMVA 3O80A 2HF3A 5ADXA 4BR9A 4A2AA 2PBDA 5FPDA 4FWRA 2F9WA 3FLCO 4J8FA 2QXLA 4MO5A 4L3QA 2AP1A 3KVGA 4DCHA 4B1WB 4B1VA 3H3NO 3ATUA 2I7PA 1RDWX 1XC3A 1ZXOA 4O5FA 2P9UB 5BN9A 3EO3A 1TYQB 1P8ZA 3H3OB 1QHAA 1E4FT 1NGAA 3LL3A 4BR4A 2YHXA 5AQPA 2W40A 3GE1A 3RSEB 3D2FB 3GDQA 3WXJA 1NLVA 3ENHA 4WQ4A 2Q2RA 1YUWA 5AQKA 4EIAA 1U6ZA 3O5BA 5AQFA 1R59O 2J4RA 2P9LB 5FPNA 1T6CA 1GLFO 3H6EA 4IJAA 3VERA 4IXCA 4BR5A 2CH5A 4M7XA 4BRNA 3RSEA 3D2FA 4AM6A 1YVNA 5AQMA 4H5VA 2KHOA 3O1BA 4BROA 1ATNA 2EWSA 2A6AA 1GLLO 4QS8A 3LDPA 5ELZA 4O8KA 3ZETB 1IJJA 3WT0A 4H0VB 4XEIA 2AA4A 2P9LA 5EXWA 4BR0A 2P9NB 4FOEA 3ZX0A 4CZJA 3MK6A 4DQ8A 1EQYA 4HTLA 5AQGA 5AQZA 3ATVA 3WUHA 4FWQA 3JXUA 2E2PA 2P9KA 3UKRA 2E1ZA 1QQOA 3LDQA 3O8MA 2A5XA 3VEOA 1LOTB 2QWNA 1T44A 3HI0A 2V7YA 3UKUB 3A0IX 3QFUA 4XH4A 2IVOA 1D4XA 3OHRA 3R6MA 4BRIA 1YXQA 3CQXA 1OKJA 4BVPA 4BC2A 3EKUA 2FSKA 4FWLA 4ISFA 5B8HA 3CJ1A 3VGLA 5KPTA 3D7EO 4XH1A 3GL1A 4CZHA 1Z6RA 2E2NA 5BPLA 4BRLA 1HPMA 2D4WA 2VWBA 2CGJA 3CJ9A 3SMSA 2IIRA 2CGKA 3IMXA 5AQSA 2FLOA 1NMDA 3SMPA 3ZX2A 4RCHA 1BWFO 2GEMA 4BGAA 3BUZB 1RFQA 4BG8A 4CZIA 2UYTA 3LDLA 3FFKB 4BRFA 3CJAA 2A42A 2V52B 3ZEUA 5BPMA 3FZFA 2D0OA 4JD2B 5E26A 4I6MB 3H46O 3VEXA 3EL2A 3U9DA 1NGFA 3UB5A 2FF3B 4RTFD 4BVOA 4A61A 5AQXA 4BRGA 5AQNA 4AM7A 1DKGD 3VEZA 1Q18A 2ASMA 3QMLA 3DXKA 3QBXA 4JN4A 2IVNA 3DWLA 4NO7A 3VEVA 3SK3A 4CBXA 4Y0WA 4WQ4C 2D1KA 4H5WA 2VYPA 1J6ZA 4K41A 4EFHA 3VF6A 1NGJA 3ENOA 5BRDA 2P9SA 2GUPA 2YJEA 3UE5A 4FPBA 1NGIA 2YJFA 3FR0A 5AQHA 5AQUA 2ITMA 1TUUA 1DEJA 4FWPA 3ZX3A 4BR7A 2HMPA 4K42A 3ID8A 4E1JA 3IUCA 4BRCA 3M6GA 5BPNA 3WQTA 4C23A 4DHYA 1HKBA 4BG9A 2ZGZA 2BUPA 4IJNA 4ISGA 5AZIA 5AQWA 1NGHA 3LDNA 4CZLA 4FWSA 1U2VA 3MN5A 4BQLA 4CBUA 3MDQA 3R9PA 5F1XA 2WUSA 1X3MA 1TUYA 3AARA 2VCPA 3D2EA 4EHTA 4FO0A 4GNIA 1MWMA 5F2RA 2E88A 1ESVA 1GLCG 2CH6A 4MLHA 4EHUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O9QA 2IGIA 4QAGA 4NB4A 5IWAK 1QZ5A 3OYCA 5CZ1A 1P90A 4DFPA 1M1KO 2VGNA 4LFAK 2P9KB 4BACA 3TR8A 4JV5K 2ETJA 4PUOA 2HHSA 2NRZA 3S3MA 3NH0A 1X3NA 4CE9A 4RWTA 1IG9A 1BDGA 1C0MA 1NJWA 1WN7A 3L2QA 3EKSA 1X9JA 3CC2N 4GKKK 3E9LA 1WSIA 4B9QA 1VQMN 5KPZA 4BRQA 1QQMA 1LW2A 3CQYA 2FXUA 5EVZA 4B3SK 2H3GX 3MN9A 1QSSA 4FYDA 4IO9L 3HYFA 1UAXA 3FZMA 4MO4A 1S1TA 3NAEA 1BHLA 4K25A 2A1SA 2NUBA 3U3GA 1FJGK 2GV9A 1W9HA 3LM9A 4IEEA 1VSDA 3ZSVA 1S1XA 1L3VA 3LP1A 1RILA 2QWQA 4DUYK 3LP0A 3AVHA 5AQIA 4FLYA 1SQKA 4OKEA 3WXKA 4W5TA 1BA1A 3M3ZA 4CF0A 3J8AA 2GBZA 1Z25A 3CPEA 3CPWM 5JVHL 3V1QA 3H08A 3RTVA 1TK5A 1RTIA 3ENBA 5E84A 1MA9B 4WQ5A 4O5BA 2RE2A 4E0DA 1C0GA 4DR7K 2Y1JA 1RDDA 4IOXA 4MDAA 4CJLA 4FCYA 1WSFA 4CJ3A 1QVGM 1KVAA 3K2PA 4MQ3A 3HBTA 5C2FA 1EWQA 2PYLA 4IFVA 4DS4A 2QKKA 1NKCA 3ZT0A 1HYSA 2Z1HA 1VSLA 1U4BA 1ZBSA 5M1KA 1RTHA 3M8RA 5CY4A 3TAPA 4I9QA 1Y64A 3NBPA 4CZEA 3QFPA 1QSLA 3SJHA 1K8KA 1T7PA 3OYNA 5J2NA 1SL2A 5A2QO 1BCMA 1KAZA 4B9LA 1N8RO 1QHTA 5F0XA 1VQ8N 1BI4A 3VF4A 1NJZA 1S22A 3VTHA 3C94A 4LFBK 3U8XA 1OVQA 2OZMA 4F3OA 4CIEA 1KLMA 3MEGA 3TAMA 4WFAL 1O13A 4PL7A 3DLHA 4CHQA 1JCEA 1SZ2A 1JXBA 3NVMA 4BGBA 4EP4A 2HHTA 1GLBG 4DV4K 4DR2K 2FSNA 3TSPA 3GG4A 4FLUA 3L0QA 4M63C 3CFPA 1NKBA 4B9TA 2QWRA 3O9TA 4BRDA 1VQ6N 1J9AA 3QEPA 3LPTA 1C1BA 1BUPA 1Q82O 5KQDA 2BTFA 5AZJB 4DR1K 1NU0A 3LWMA 2VQEK 3CYMA 1J5OA 4DR5K 2KLAA 5JVGL 4A5BA 3NF6A 2NRVA 4DTUA 4BRPA 1RGIA 4CI6A 1TYQA 1UWBA 1GLAG 2E6MA 4KH6A 3U9ZA 3CM5A 1ATRA 1RT5A 3I33A 4FSVA 2ZM6K 3A2FA 5TKYA 3VQ6A 4B08A 5DK5A 4DU4A 3A8YA 4DV2K 1CXUA 4KB1A 5C25A 2YCHA 4JI4K 4FLXA 4FZYA 2IAJA 1S3XA 5LJVA 4O0IA 4KTZA 4AHVA 5KPRA 4OVLA 4CECA 1YAGA 3PO4A 2W41A 5TKWA 2ITGA 3AVIA 5BR8K 5JS1A 4MLEA 2DPNA 4BDYA 3CJCA 3A5OC 4KI6A 1I94K 3SQ0A 2PZSA 5CHIA 2ZGYA 3OYKA 4FK2A 1YJWN 3V1OA 1NGCA 2V7ZA 4BC5A 3MXIA 2HBKA 4CJKA 1KVBA 3MEDA 4LF7K 5GINA 1EXQA 5JICA 3QEIA 2UUAK 4DV1K 3K57A 3OYDA 4FPAA 4LF9K 4KAZA 3BY5A 4OPJA 3OYBA 1VSMA 2A3ZA 1RTJA 4CZGA 2UXDK 5BRHA 4CD3A 4CGFA 1J53A 3ZSXA 3GBTA 1SKWA 1KC8O 3LDOA 4CHZA 4KHQA 3WNGA 3CYGA 1E3MA 1RT7A 3P39A 4YDUC 2PY5A 3LM2A 4IWVA 5AQTA 4GV6A 4DQIA 3KLIA 1MDUB 1NM1A 4CF8A 2VG5A 4CBWA 2OYQA 3J7ZO 1G15A 2F4VK 5BREA 4CESA 4C8NA 3L2WA 1IKVA 2KFZA 1VSJA 2YNIA 4JKEA 3S3OA 2QW9A 1C6VA 2HOEA 2HHIA 1ZBIA 3O4NA 4H0TB 4HUGA 4WE1A 1VSHA 4A2BA 1FKPA 5AQVA 3OS2A 3S9HA 3F2KA 3DRRA 4H5TA 4Q5VA 3CCSN 1NGDA 2PAVA 3VQ8A 4M41A 4JD2A 3RMAA 4JEPA 3EY1A 1A5XA 3NDKA 4H0PA 3RMDA 4LF4K 3V9ZA 3TU5A 4CF1A 4CJRA 4KKOA 4RG8A 3N4QA 3FLCO 1R0AA 4CW7B 1QS4A 2P51A 4U67L 3H3NO 4DMNA 1B9DA 2P9UB 4KV8A 2GUIA 4I9LA 1QHAA 3SV3A 1NKEA 4FJIA 3GDQA 3NH1A 2O8BB 1RT4A 1RNHA 1R59O 2ZD1A 4MDBA 2O4GA 2P9LB 3R1XA 1SL1A 4IJAA 2YNFA 2CH5A 4M7XA 3O3HA 5I42A 1N34K 2DTUA 4AM6A 2F8TA 2WBNA 4CFAA 1NOYA 5SZTA 3RWUA 2EWSA 5SWMA 4DF4A 1I3AA 3ZETB 4O8UA 3WT0A 4B3TK 1S6PA 2P9LA 4FW2A 2P9NB 3ZX0A 3VA0A 4OPHA 2NRXA 4HTLA 4JI3K 5AQGA 4CFBA 1TAQA 1VSKA 3OJSA 4B3OA 5GIOA 1VQNN 2IOCA 2UXCK 2AJQA 1QQOA 2E1ZA 4NXMK 3ZYYX 1BQMA 1QTMA 2HHUA 4R79A 3P38A 3MWTA 2V7YA 5CZ2A 3UKUB 1TVRA 2I5JA 4BC2A 4IDKA 4FWLA 1S1UA 5B8HA 4I7FA 3DMJA 4XH1A 1SV5A 3GL1A 2E2NA 5BPLA 4JI6K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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