2V51B

Structure of mal-rpel1 complexed to actin
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
367
structure length
351
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis for G-actin binding to RPEL motifs from the serum response factor coactivator MAL.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
molecule tags Structural protein/contractile protein
total genus 122
structure length 351
sequence length 367
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v51B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v51B02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2v51B03
5AQOA 5KPTA 4JHDB 3VF2A 3QMLA 1ZXOA 4FWOA 3RSEA 3UB5A 1YVNA 2YHXA 5AQRA 1EQYA 4FO0A 4WQ4C 4MLEA 2YI1A 4JD2B 4FWQA 1SQKA 1SAZA 5BN9A 1R59O 4BR2A 2J4RA 4F9OA 2QWMA 4QS9A 3FE1A 3VEWA 1XC3A 2D1KA 2A41A 2P9PA 2V51B 1TYQA 2ZGZA 1GLFO 3MDQA 2GUPA 1LOTB 2P9NB 1WUAA 2P9SA 2FSNA 3FZKA 3HI0A 2WUSA 3AARA 3VEVA 2P9LA 1TUYA 1HLUA 2PBDA 4MO5A 1XQSC 2VWBA 3U4LA 1D4XA 2GELA 2I7PA 2P9KA 4I6MB 3BP8A 4B1ZA 3LDQA 3EN9A 1WOQA 3EL2A 4BRCA 1RDWX 1QZ5A 5AQHA 3DXKA 3CQXA 4FWSA 5LJWA 2FF3B 3L0QA 3VERA 3LM2A 4A62A 4CZGA 1BU6O 1NGFA 4H0TB 2EWSA 1ATRA 3VEYA 3H6EA 1ATNA 1DGKN 3QBXA 3A5LC 4FL9A 3D2EB 3WXIA 4XH1A 5JLHA 1QQOA 1YUWA 4BG9A 4DCHA 2FF6A 4CZMA 3LDPA 4K41A 4BR4A 3ZETB 1Z05A 1LCUA 4QS7A 4HWIA 3QFPA 5F0XA 1NGJA 5AFUH 4BRPA 2E20A 1HJOA 4H03B 3HTVA 1E4GT 3FLCO 3ZETA 3EZWA 2Q1NA 1BWFO 2HMPA 3TU5A 3H3NO 3HZ6A 1U2VB 4XEIA 5AQNA 4BC2A 5AQWA 3VGMA 4DHYA 4GNIA 1NGDA 1BOTO 2P9IB 4CZKA 2D0OA 4FSVA 1K8KA 5EX5A 5AQLA 1C0FA 4CZFA 4K25A 2NLXA 3GE1A 3HM8A 3HBTA 3VGKA 4BR5A 2HF4A 5AQQA 1T44A 2QWPA 3UKRB 5BPLA 2ZWHA 3WQUA 1BA0A 4BC3A 1KXPA 3O4WA 3O80A 3VEZA 2GWJA 3QB0A 5AZJA 4IXCA 4BRIA 1TUUA 3SLCA 5EVZA 4BQLA 4E1JA 5ELZA 4H0XB 3UKRA 3BUZB 3H1VX 5AZIA 5EY4A 5BRHA 3O5BA 3DJCA 5EXWA 2QWRA 3UE5A 3CJBA 2ZGYA 4K42A 5ADXH 5BN8A 2Q97A 5F2RA 2W40A 4WYBA 2Q0RA 4CBUA 4O8KA 3CI5A 1NGGA 3AAQA 4BG8A 1MDUB 3FZLA 3ZEUA 4PKGA 3ULEA 3GBTA 3P4IA 4RTFD 1BG3A 2DPNA 3QICA 2NZTA 1GLLO 3F9MA 1KAXA 4QS8A 3DXMB 3CJAA 1GLEG 4YDUC 3WEEB 2YJFA 4CD1A 5FPEA 2F9TA 2P9UA 4BVPA 5KQ8A 3A5OC 4EIAA 3DXMA 3MN6A 3AY9A 2UYTA 4B1YB 4JHDA 2CH6A 3M3ZA 2E1YA 3CETA 4Z94A 4BRHA 5AQIA 4WQ5C 4BR9A 1Q18A 1ZBSA 3A5MC 1JCFA 1BO5O 1NLVA 4JD2A 4MLHA 1NGIA 1GLBG 4BROA 1IG8A 1U6ZA 3M1FA 3CHWA 3IFRA 4JAXA 3WXJA 3QBWA 3KHYA 4C23A 5AQVA 3H45C 4IJNA 2V52B 4BGAA 4H0OA 5BPNA 1JCEA 3A5NC 1S3XA 3D2FB 5KPRA 2E2PA 5AQSA 4FWLA 2Q2RA 2P9NA 4XH4A 4JN4A 1JCGA 1NGEA 3W0LA 1S22A 2GTDA 2V7ZA 4A2BA 2GEMA 1DKGD 2IIRA 3LDNA 2IVPA 5FPNA 5AFUA 4NO7A 1YAGA 2FXUA 3FFKB 1NGCA 5AQTA 1QHAA 4ISGA 3ZX3A 4MO4A 3DAWA 4ISEA 4LC9B 1NMDA 2E2OA 1X3MA 3QDKA 4I6MA 5JICA 2YHYA 4FWRA 3S41A 4CJ7A 3IDHA 3ZX0A 1BUPA 1IJJA 3H1QA 4YDUA 2I7NA 4EFHA 4BC4A 4FWNA 3WXLA 4CZHA 2CGLA 4IO8A 1X3NA 3BF1A 3SK3A 4WQ4A 3VEOA 1YXQA 3BEXA 5BRFA 1RFQA 3CQYA 2CH5A 3SJHA 1C0GA 5LJVA 4WQ5A 1HPMA 2CGJA 3D2EA 3M6GA 5AQZA 3C7NB 3C0BA 5FPDA 3G25A 3JXUA 3LDLA 5EOYA 3ID8A 2F9WA 3MN5A 5AQUA 3OHRA 3VOVA 2IVNA 3H46O 1HUXA 3EKUA 4PKHA 4A61A 1OKJA 3ATVA 4M63C 4RWTA 4L3QA 3UKUB 1U2VA 1ZC6A 4J8FA 3VGLA 1E4FT 4CZJA 3LM9A 3U8XA 3B8AX 3O1BA 4K43A 2P9IA 2E2QA 1ESVA 1T6CA 1XUPO 3CJ9A 3I33A 2A40A 2PAVA 2D4WA 1GLCG 2Q0UA 5AQYA 3ENHA 2Q36A 4H5NA 1GLDG 4PKIA 5AQGA 5KPZA 3O8MA 4H5TA 3VPZA 2YJEA 1ATSA 2QWQA 2Q31A 4EHUA 3VEXA 1GLAG 5CE3A 5JLFA 4BC5A 1SZ2A 4FOEA 4BRGA 2IVOA 5JMVA 3JS6A 4FWPA 4FPAA 3R6MA 4AM7A 3QFUA 4H0PA 5E84A 3W3DA 3O6WA 1HKBA 5AQPA 1QQMA 2A42A 3DWLA 2QWLA 4BRDA 3A8YA 2BTFA 3O1WA 1DEJA 4EHTA 2AA4A 2QWNA 4M7XA 2QM1A 3J8AA 1CZAN 1NWKA 2W41A 5TKYA 3HSCA 3WEEA 2CGKA 2YHWA 2QXLA 4CZEA 5B8HA 4M7YA 4CI6A 2HF3A 1V4TA 4BRQA 3O08A 1KAYA 4B9QA 5I9EB 3CERA 3RSEB 3CIPA 4IWVA 2VCPA 4BRMA 1QQNA 5AQMA 4BRNA 2ZF5O 2FSJA 3FR0A 3LDOA 5F1XA 3BF3A 4FPBA 5LY3A 2V7YA 4FOIA 3EO3A 3FGUA 2QWOA 4KBOA 4BQZA 3GDQA 3VESA 2BUPA 4GY2B 4CBXA 2P9PB 3L6QA 4IJAA 1TYQB 2A3ZA 4DB3A 3D2FA 2P9SB 5AQFA 1BA1A 3LL3A 3MN9A 2E1ZA 4EAHD 1RGIA 3MK6A 3ATUA 4FWKA 3VENA 4BGBA 2P9LB 3FZFA 3GL1A 3EKSA 3VF6A 4CBWA 5AQJA 2ASMA 3GOIA 2VYPA 2H3GX 2P9KB 4BRLA 3MMVA 1MA9B 2ITMA 4H0VB 2A5XA 4BRKA 1MWMA 1HKGA 3CJ7A 4CZIA 4RCHA 3DXKB 1GLJO 1V4SA 3FZHA 3ENOA 5BPMA 4B1WB 2E8AA 2HOEA 4BR7A 3D7EO 5AQXA 3CJCA 1KAZA 2YCHA 1MWKA 3AAPA 1QZ6A 1BDGA 5AQKA 3C7NA 3VETA 1Y64A 3KVGA 3GG4A 4XH5A 3U9DA 4CD3A 5BR9A 3CJ1A 3U9ZA 5ADXA 1T6DA 4JNEA 3FZMA 4FWMA 3SMPA 3ZX2A 1NGAA 1NGBA 2KHOA 1HX1A 3SMSA 1P8ZA 5KQDA 4A2AA 3UKUA 3MN7A 3WUHA 3A0IX 2ASPA 5BREA 3TPQA 1K8KB 1NGHA 4O5FA 1HKCA 4CZLA 2GWKA 2D0PA 4IZ9A 3MCPA 3IUCA 5AR0A 3WQTA 4BRFA 5AZJB 4HTLA 2ASOA 2E88A 3H3OB 5FPMA 4H0YB 4BVOA 5AZIB 4DQ8A 4AM6A 3WT0A 2AP1A 2FLOA 2E2NA 5BRDA 3KZBA 4B1UB 1X9JA 1J6ZA 5E26A 4Y0WA 4ISFA 3R9PA 4B1VA 4BREA 3VF4A 4H5VA 4B1XB 4PL8A 1H1VA 2A6AA 3ZEUB 4NB4A 2FSKA 1Z6RA 4BR0A 3ULEB 4PL7A 1NBWA 4H5RA 2OANA 3WXKA 1G99A 2NRHA 4BRAA 4H5WA 3I8BA 2P9UB 2QW9A 3IMXA 3L4IA 3R8EA 1NM1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQOA 4JHDB 4CEZA 5KI6A 3UB5A 1VQ5N 3OYBA 2YHXA 1KTQA 3L8BA 4MLEA 2D0BA 2X78A 1SQKA 1QQCA 1VRUA 4FJLA 2QXFA 4FYDA 1S9EA 4G1QA 5DM6L 1XWLA 4CJSA 4CJ4A 2OPSA 4X62K 2ZGZA 1GLFO 4C8OA 4E7JA 1CZBA 4IEIA 3AARA 4KH6A 4CIEA 4DF4A 2HNZA 4Q0BA 2P9LA 3TI0A 4PY5A 3D6RA 4DQIA 4I6MB 3CM5A 1KLMA 3ZSOA 4MQ3A 2FBVA 3WNEA 3ZSZA 4FLTA 1YJNN 3TAFA 4WFAL 1IH7A 4FWSA 5LJWA 1TAUA 3VERA 4MDBA 4DV1K 4DV5K 4KH4A 3SAGA 3CM6A 1KRPA 3H6EA 1UOCA 4DU3A 1DGKN 1RBRA 3QBXA 4GMJB 1X1PA 2WBNA 2FBTA 4XH1A 1QQOA 1S1XA 3SCXA 1TL3A 3SUNA 1EP4A 4O4GA 1L3UA 2Z1GA 5JS1A 4QS7A 4F2RA 3E9OA 2NRVA 4BRPA 4H03B 4DF8A 4CEOA 3OTOK 4J2BA 5FRMA 4U7BA 1HNWK 3TU5A 4UQGA 3HZ6A 3OYDA 1HNXK 3O9UA 4KAZA 4MFBA 3VGMA 4DUYK 4GNIA 3SV4A 4CJUA 1KCFA 1YVUA 4JRPA 2D0OA 4DR3K 5EX5A 2RN2A 1C0MA 4BE1A 4K25A 1EWQA 1TVRA 4BR5A 1T44A 3UKRB 5HP1A 3MX5A 4M3XA 1ASVA 3VEZA 2E4LA 2VG6A 4DTUA 4JI5K 3KWGA 4E1NA 4F2SA 4CFCA 3QINA 2QA4N 4H0XB 5BRHA 5EY4A 4HUGA 5EXWA 1IBMK 3UE5A 2UU9K 4FM0A 4C1NI 2VWKA 4WYBA 1EX4A 2O8DB 3O9RA 4WCEL 3VQ8A 5KRTA 4O8KA 1UAXA 1NGGA 5FROA 5C15A 3AAQA 1C6VA 4RTFD 1BG3A 2DPNA 4F3TA 1GLLO 3CJAA 1GLEG 3WEEB 1TL1A 1OH5A 3AA5X 4JI3K 5FPEA 4QCLA 4CEBA 4DTMA 3HPHA 4CHQA 1KC8O 1QS4A 1KD1O 2HNDA 4JHDA 1Z25A 2E1YA 1RT1A 3RRHA 4BRHA 4AQYK 3ISNC 3A5MC 4KHSA 1NLVA 4IFYA 4MLHA 3VMFB 3KWIA 4BROA 1IG8A 3M1FA 3CHWA 4E7IA 4BDZA 1OH8A 3QBWA 3ASMA 3ALYA 3KHYA 4RG8A 5GIOA 5FRNA 2V52B 4KB1A 3J81O 4EZ9A 2F8TA 4JN4A 1K9MO 4FLXA 3KLEA 3MEDA 4JI8K 3P5JA 3LDNA 2IVPA 3RMBA 3FFKB 2X6NA 4PQUA 1NMDA 3EEQA 1X3MA 4I6MA 5HRRA 3K5MA 4FWRA 4CJ7A 1ZBHA 4CJTA 1XMOK 4IOCL 2G8KA 4BC4A 4LF4K 3RVCA 1X3NA 3RWUA 4DKWA 3LALA 4DFPA 1TAQA 1XMQK 5BRFA 1BISA 2YKNA 1C0GA 4DSEA 2UXDK 3ZSXA 4FLVA 1VQ8N 2VQFK 4DV0K 3C7NB 2FBYA 5T7BA 3LDLA 4B9MA 2IDOA 1QSSA 1C1CA 1JLBA 3MX2A 3EKUA 3OYHA 1JLGA 4N47A 1OKJA 3ATVA 3P38A 5CYMA 1CZ9A 1BGXT 3VGLA 1E4FT 4CZJA 4DUZK 2BANA 4R79A 3F5TA 1NK0A 4K43A 3PX6A 1Q7YO 2RPIA 2D0AA 1XUPO 3PLAA 3MEEA 2ITGA 4ILGB 4BACA 4FLWA 2KZMA 2Q0UA 3HO1A 5AQYA 1JLEA 4B8CA 3QIOA 4E0DA 2X74A 4H5TA 1YT3A 3NFAA 2YJEA 1ATSA 4JI6K 3VEXA 2O4IA 2YHAA 1I94K 5CE3A 4BRGA 4FJGA 1X9SA 2O8DA 3RRGA 1IKYA 1RDDA 4K8ZA 2NNWA 3LDSA 5CZ2A 4CE9A 3LWMA 4IO9L 3AVAA 4BRDA 3A8YA 4B9LA 2XY5A 2WFBA 4B3MK 3B6OA 3AVIA 4W5QA 5TKYA 3WEEA 5GINA 2YHWA 3QEXA 2QXLA 1K73O 3F73A 1JLQA 2P1JA 2O8CB 4OKEA 4BRQA 3EY1A 4OLAA 3OBYA 4B9QA 5I9EB 4CEFA 3RSEB 3CIPA 4BRMA 4BRNA 2ZF5O 1VRTA 4FW2A 4QOZB 4EP4A 3HPGA 4Z4HA 3DOKA 3HYFA 1EWRA 5BR8K 3EO3A 4XIUA 1FKPA 3NAEA 3IRXA 4KBOA 3VESA 1J5OA 3QNOA 2P9PB 4FXDA 3AA4A 2P9SB 1VSJA 1ZBUA 3TAEA 5AQFA 1BA1A 3MN9A 1RGIA 3MK6A 1S72N 3NF7A 4CBWA 4BDPA 5DM7L 2DFHA 1HRHA 4WE1A 3TR8A 4W5RA 3DM2A 3P83D 3MMVA 3H08A 5C2DA 1HMVA 4RW8A 1Y97A 3AVGA 3K2PA 2KQ2A 3SAHA 1W7AA 1HQEA 2HOEA 4CJFA 4BR7A 1K8AO 5LMUK 3QEIA 1KAZA 2YCHA 1MWKA 4KO0A 1QVGM 1QZ6A 2I5JA 2O8FB 1IO2A 2PYLA 3C7NA 1BIUA 1JLAA 4XH5A 5BR9A 3CJ1A 4DQRA 4RW4A 3FZMA 4O5BA 4UY8O 1NGBA 1LW2A 3SMSA 1YHQN 2VGMA 4DTJA 4A2AA 2Z1HA 2O8BB 3A0IX 4AHUA 1W97L 1XNRK 1VQPN 1NGHA 1N6QA 4DSLA 4O5FA 2OZSA 3AO2A 5KTQA 1LWCA 4O0JA 2E6MA 4IZ9A 3PSIA 1NK6A 5AR0A 3K59A 1J5EK 1GOCA 3K5NA 2E88A 4H0YB 1JJ2M 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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