2V52B

Structure of mal-rpel2 complexed to g-actin
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
373
structure length
360
Chain Sequence
DETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein/contractile protein
publication title Molecular basis for G-actin binding to RPEL motifs from the serum response factor coactivator MAL.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 123
structure length 360
sequence length 373
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v52B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v52B02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2v52B03
3O8MA 2NRHA 3H45C 1S3XA 3MN9A 2QWLA 3ZX2A 1KAYA 3UKUB 4B1YB 2E2OA 4FSVA 1ZXOA 3A8YA 3HBTA 3IFRA 3QMLA 3SMPA 4O8KA 5EY4A 2GELA 4PKIA 1TYQB 1GLEG 2BTFA 4H03B 5BREA 4BR7A 3F9MA 1YVNA 4CZLA 3B8AX 3LDOA 1C0FA 2E2NA 2PBDA 4K41A 2ASMA 5JLHA 3FZMA 1GLBG 4ISFA 4J8FA 4DHYA 3IDHA 1NGEA 4L3QA 1GLFO 3SLCA 1JCGA 2F9TA 3DJCA 2HF3A 4QS8A 3VGLA 3HSCA 2FSNA 4B1WB 2CGKA 4AM6A 2Q2RA 3A5LC 2KHOA 2E2PA 4BRFA 2I7PA 5BRHA 5AQRA 1NGGA 4B1ZA 3J8AA 1RGIA 3LDLA 5ADXH 2Q97A 4BC2A 4JHDA 4CBUA 3EZWA 3VGMA 3FLCO 1J6ZA 5AQTA 3HZ6A 2D0PA 4FWSA 3A5MC 1XQSC 5TKYA 4BQZA 3MCPA 3FGUA 5AQYA 5AZIA 4YDUA 4H0OA 4B9QA 1KAXA 4H0VB 4CZEA 3CERA 4H5TA 1TUUA 3FR0A 4IO8A 3VPZA 2E1ZA 4IXCA 1BOTO 3I8BA 3QDKA 4WQ5C 4EFHA 3OHRA 2P9UA 4EHUA 4CZHA 1QQNA 3DAWA 3W0LA 3HTVA 2D1KA 4I6MB 3DXMA 2Q0UA 4FWRA 3FZHA 4LC9B 3VEZA 4BG9A 3DXKB 4H5RA 1SZ2A 1RFQA 1TUYA 4CZJA 4BRMA 2P9KB 3IMXA 3M1FA 3I33A 5AQKA 3CJ7A 2FF6A 4GY2B 4O5FA 4CZGA 3M3ZA 2IVNA 3A0IX 1P8ZA 3UKUA 3UKRB 4BRAA 1QQMA 1NWKA 3ZETA 4BR0A 5BN8A 5AR0A 5AQPA 4H5VA 3ENHA 3QB0A 3VF4A 1R59O 4H0PA 2GUPA 3WXJA 1TYQA 4FWOA 1HLUA 4BVOA 5BPNA 5CE3A 2P9UB 3H6EA 1Q18A 1ESVA 4XH5A 3HI0A 2P9LB 4IZ9A 3H1QA 4XEIA 3VEYA 3ZEUB 3A5NC 3LL3A 5FPNA 4BQLA 3DXMB 3QBWA 1GLLO 2E20A 2P9NA 5F2RA 1U6ZA 2A3ZA 3FFKB 5AQWA 1G99A 2CH6A 3SJHA 1Y64A 1YAGA 4MO4A 3RSEB 3VEXA 5LY3A 3WT0A 3FZLA 5EVZA 3D2EA 4JD2B 4XH1A 2V7YA 3H46O 5EOYA 4FWQA 1GLJO 3BUZB 4A62A 2ASPA 1S22A 3S41A 2QXLA 3VERA 2HMPA 4HWIA 3O08A 3ZETB 1BWFO 4QS9A 3VETA 4WQ4A 1D4XA 4BVPA 3BF3A 3GL1A 2A40A 2DPNA 3LM2A 3D2FB 1NGAA 4FL9A 3U9DA 5AQOA 1CZAN 3UB5A 2QWPA 1X3NA 1H1VA 1DEJA 1BA1A 1ATRA 4BRHA 2QWQA 1NGBA 2Q31A 4BRGA 3H1VX 4Z94A 2AA4A 2P9NB 3O80A 1T6DA 2IIRA 2P9IB 2I7NA 2YJEA 5AQVA 1NGDA 4I6MA 3D2EB 3VENA 3ZX0A 1MA9B 1BG3A 3DXKA 4XH4A 3VEWA 2NZTA 3VF6A 2NLXA 4H5NA 2VCPA 5F0XA 5AQSA 3AY9A 1NGIA 3O1WA 1MWMA 3H3NO 4CI6A 3CETA 2P9KA 4BRPA 1NMDA 1GLAG 4FPBA 2ZGYA 1NM1A 4FWPA 2YHXA 4BRDA 4BG8A 4QS7A 4M7XA 1DKGD 3UKRA 1HKBA 2W41A 3WQTA 4BC5A 4IJNA 1U2VB 1YUWA 1T44A 2FLOA 4BRIA 3P4IA 3EKSA 3O5BA 5AZJB 2ZGZA 5AQQA 3SMSA 2FXUA 3LDNA 4CZFA 2P9LA 2CGLA 3ZEUA 4A2BA 2J4RA 2F9WA 2FF3B 2D0OA 5AQZA 2FSJA 1SQKA 3U4LA 4CZKA 1HPMA 3CJ9A 3LDPA 2Q0RA 3RSEA 3CJ1A 3GDQA 3EO3A 3QFUA 4IJAA 3AAPA 5AQJA 4DCHA 4JD2A 5ELZA 3L4IA 3SK3A 1HUXA 3VOVA 2QWRA 4ISGA 4IWVA 3O6WA 1BDGA 1QQOA 3M6GA 2A6AA 2HOEA 4FOIA 3ATVA 3R9PA 3FE1A 3EN9A 4EAHD 2E8AA 2GWJA 4H5WA 4PKGA 4M63C 4CZMA 5KPTA 3H3OB 4JAXA 2AP1A 5AQLA 4RCHA 2FSKA 4CBWA 3WEEB 4MLEA 1X3MA 5AQUA 3VEVA 3D2FA 4F9OA 1LCUA 2VYPA 1E4FT 1RDWX 1T6CA 3L0QA 2ASOA 4PKHA 5LJVA 3G25A 3ZX3A 5AFUA 3U8XA 1XUPO 4EIAA 4E1JA 5KPZA 1ATNA 3CJAA 2E88A 1EQYA 3JXUA 5BR9A 2GEMA 1JCEA 3CQYA 4BRNA 5LJWA 4NO7A 2P9IA 4BGBA 3DWLA 5AQGA 4CD3A 3BF1A 3IUCA 1NGCA 4K42A 1NLVA 3U9ZA 4K43A 2Q1NA 4JN4A 3WXIA 4YDUC 1HKGA 4WQ5A 2P9PB 3QICA 3BEXA 3MDQA 4BREA 1K8KB 5BPMA 2PAVA 4BC4A 1BUPA 3ID8A 3WUHA 4C23A 1V4SA 4CZIA 5BN9A 1U2VA 2A42A 3C7NB 5EX5A 3KZBA 5FPDA 4PL7A 1OKJA 5JLFA 5AZJA 4BRLA 1GLCG 4BRKA 2QWMA 2P9SB 4DB3A 2YI1A 3EKUA 5F1XA 2WUSA 4BR9A 1GLDG 2ZF5O 3CHWA 5EXWA 4ISEA 2W40A 2UYTA 3GG4A 2QW9A 5KQDA 3C0BA 1MWKA 3A5OC 3ULEB 2IVOA 1MDUB 3D7EO 3KHYA 3CIPA 5JICA 4B1UB 1DGKN 2VWBA 2QM1A 3MN7A 4BRCA 1ATSA 3HM8A 2V52B 1BA0A 2QWNA 3ENOA 1IG8A 1NGJA 2YJFA 4PL8A 4CJ7A 3TPQA 5I9EB 2YCHA 4AM7A 3WQUA 3W3DA 4A61A 3AAQA 3QBXA 4H0XB 3LDQA 3GOIA 4WYBA 3GBTA 1IJJA 1NBWA 4NB4A 2ZWHA 4FOEA 3KVGA 1XC3A 4BR2A 3MK6A 1KAZA 2CH5A 1Z6RA 1C0GA 4FWKA 5AQNA 3QFPA 3O1BA 3MN5A 4BGAA 4DQ8A 3FZFA 3WEEA 2YHWA 3CJCA 4FWLA 3LM9A 3AARA 4BR4A 1QZ6A 3CI5A 2ITMA 4H0YB 2BUPA 1HX1A 4KBOA 3MMVA 2A41A 1WOQA 3WXKA 5AFUH 5KPRA 2V7ZA 4Y0WA 4M7YA 2YHYA 3TU5A 4FO0A 5AQMA 5AQHA 5BPLA 1QZ5A 2GTDA 3O4WA 1BO5O 2HF4A 4WQ4C 3WXLA 4H0TB 4B1VA 5AQXA 2Q36A 1E4GT 2V51B 3GE1A 4CD1A 3VF2A 4BROA 4BR5A 2P9PA 1NGFA 5FPEA 1V4TA 1K8KA 3CQXA 3MN6A 5ADXA 2IVPA 3L6QA 3FZKA 5E26A 5AQIA 4JHDB 1HKCA 2CGJA 4K25A 1SAZA 4FPAA 4MLHA 3C7NA 5E84A 1HJOA 3CJBA 3VESA 5B8HA 1NGHA 4EHTA 2P9SA 2D4WA 2EWSA 4FWMA 4RWTA 4JNEA 5AZIB 5FPMA 3VEOA 4B1XB 1LOTB 3UE5A 2GWKA 2E1YA 1KXPA 3EL2A 1WUAA 5BRFA 3ULEA 4RTFD 1ZC6A 2OANA 4MO5A 3VGKA 4GNIA 2A5XA 1JCFA 3ATUA 4FWNA 5KQ8A 5BRDA 4BC3A 3R8EA 4CBXA 2E2QA 3JS6A 1X9JA 1Z05A 1YXQA 5AQFA 1QHAA 4A2AA 5JMVA 3R6MA 1ZBSA 4HTLA 4BRQA 2QWOA 1BU6O 2H3GX 3BP8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NRHA 3H45C 3AA2A 3Q7BA 1JLGA 4AHUA 3U3GA 2QWLA 4NYNA 1Q9YA 3ZX2A 4Z4GA 4YOVA 2KKZA 3HBTA 4B9SA 1LWEA 3IFRA 2IOCA 1TV6A 5J2QA 4O0JA 4IOXA 1IKXA 1KVAA 1WSHA 4BDYA 1TYQB 2BTFA 1YVNA 3NE6A 3ZSZA 2NRVA 3G4SN 5M1KA 4K41A 1JXEA 1VSMA 2ASMA 4I2PA 4M3YA 3TSUA 3FZMA 1GLBG 4ISFA 1NGEA 3VQBA 2R7YA 4L3QA 1QSLA 3SLCA 4LF9K 4G1QA 4QS8A 3VGLA 4FK2A 1BQNA 2FSNA 1DTTA 4AM6A 3K5MA 1A5WA 2E2PA 3HVRA 2ZJQL 4B1ZA 3M8SA 3V1QA 1J53A 5ADXH 2PFUA 1EX4A 4ZTJA 4C8NA 4CFAA 2ATQA 1J6ZA 4B9UA 4DSIA 1IG9A 1UWBA 3L3VA 1XQSC 2KZZA 4C8LA 4B8CA 3FGUA 4B9LA 4R79A 3K2PA 4B9QA 2QA4N 1O13A 3HOTA 1YHQN 3VPZA 1K9MO 1WLJA 2HHIA 2KZMA 1VQKN 4PQUA 2D5RA 3K5OA 3OHRA 4FW2A 3TTCA 3E9PA 2G8KA 3ZYYX 1RT4A 2D1KA 4E7IA 3DLGA 3DXMA 2OZMA 2Q0UA 3I0RA 1XNRK 4H5RA 1VQ8N 1N6QA 3HPGA 1RFQA 4EP4A 4GV9A 1NNEA 3K5NA 1IBMK 4KHPK 2P9KB 4KB0A 4GY2B 5FRNA 3SQ0A 1HYSA 2IVNA 1P8ZA 3DM2A 4FYDA 3UKRB 3ULDA 5HP1A 1OH8A 2FBTA 2IGIA 3HPHA 3MX2A 3QB0A 3WXJA 4DSEA 1HLUA 4BVOA 3HO1A 4JK9A 2C1GA 5BPNA 5J2MA 4J2DA 1Q18A 1WNSA 5DMRA 3F2KA 1DTQA 2NUBA 3LPUA 3DI6A 5FPNA 3ZT3A 2B4JA 3QBWA 4CIFA 3V9ZA 5F2RA 4GW6A 1WBBA 4DQSA 4B9NA 3EE9A 2QTDA 2ZJRL 1VQLN 4KHQA 1NK5A 4AH9A 5EVZA 4F2RA 1TL1A 4XH1A 2V7YA 3H46O 4EZ9A 3BUZB 1S22A 3VQ5A 3CPEA 5EU7A 1NOYA 3ASMA 2HMPA 3O08A 3QNOA 4CK2A 2X6NA 4G9ZA 2EHGA 1VAZA 1LV5A 3AVLA 3LM2A 1NGAA 1TVRA 4FL9A 2DFFA 3U9DA 4ID5A 3J81O 5AQOA 2O8DA 3WNEA 2QWPA 1S9GA 2EX3A 3LP2A 3CMEN 2OYQA 4W5OA 1DEJA 3S3MA 3V6DA 1NGBA 4AHCA 4BRGA 2Y1JA 2AA4A 2P9NB 3HOSA 5C24A 3VQEA 4C1NI 2IIRA 3AVHA 3CCMN 2I7NA 3Q7CA 5AQVA 3OY9A 3VENA 3D2EB 3CMAN 1MA9B 1BL3A 1XHZA 1RT7A 5KGWA 1BG3A 3DXKA 4XH4A 3VEWA 4DR2K 4JI7K 1XMQK 2NLXA 4H5NA 1ZBLA 1X1PA 3L2WA 5AQSA 4OKKA 3O1WA 3TR8A 4Z4EA 4ILGB 3H3NO 4IEEA 4CI6A 3CM6A 1LW2A 3PX6A 4BRPA 1NMDA 1GLAG 3K59A 3CCJN 2HHHK 3KK1A 2OTJN 4IKFA 4QS7A 5HRPA 3ZSXA 5SZTA 1DKGD 1RBTA 1N32K 1OH5A 3OYHA 1RCHA 2VG6A 5M1QA 4IJNA 4BC5A 2NNWA 5K14A 4R5PA 5AJ3K 1YUWA 3QEPA 2DTUA 4BRIA 3EKSA 3KD5E 4LFCK 1J5EK 4CJRA 1RTHA 3CCVN 1YJNN 3AO5A 4WF9L 2P9LA 3ZEUA 3OYBA 4H8KA 4ICLA 4A2BA 3LALA 5KTQA 2WTUA 1EETA 1HQUA 1HPMA 1WSIA 3RSEA 3CJ1A 4KH4A 4IJAA 4JD2A 5ELZA 3L4IA 3O6WA 1BDGA 4I9LA 1ZBFA 1XI1A 4EAHD 4W5QA 2HBJA 1YJ9N 4PKGA 4CZMA 3H3OB 4JAXA 1IH7A 2AP1A 5AQLA 2Y1IA 4B8AB 3WEEB 3SPYA 4ELVA 4MLEA 3SI6A 3D2FA 4I2QA 2VYPA 3G71N 1XNQK 4FJLA 1U47A 4LF5K 1RDWX 1T6CA 4PKHA 2ASOA 5LJVA 3G25A 3ZX3A 1LW0A 2HB5A 3ALYA 3U8XA 1XUPO 4X66K 4E1JA 4FK0A 1HQEA 3A2FA 2GEMA 4BRNA 3AO4A 3DWLA 4CF0A 4AILC 1B9FA 5J2PA 3SQ1A 4KB1A 1BIZA 1NK0A 4K43A 4DQIA 1BI4A 4DS5A 4ELUA 4YDUC 1NKCA 1HKGA 1NMNA 3LPTA 1HRHA 4QCLA 4BC4A 3ID8A 4KTZA 4IEIA 3L8BA 1U4BA 2HHXA 3HYFA 2PY5A 1U2VA 1Z26A 2O4GA 4DFKA 2A42A 3C7NB 4DTSA 1W2BM 4BE7B 4IFYA 4CJ3A 4PL7A 1N5YA 5C12A 3O9TA 3J80O 1KLMA 2YI1A 3EKUA 2Z1JA 1TK8A 2ZF5O 4CK1A 3BDPA 1JLEA 4IDHA 1MWKA 3A5OC 3AVKA 2Q3SA 3D7EO 3BGRA 2NRTA 3R1XA 4CGGA 4JS5A 3RR7A 1OH6A 1IG8A 3ENOA 4CJ7A 3TSQA 5I9EB 1NU0A 5IT9O 3AAQA 5CZ2A 1SUQA 4X64K 3LDQA 3GBTA 3ZSVA 4CFDA 4E89A 3CC4N 2W6LA 1XC3A 1KAZA 2CH5A 1UA1A 3CC7N 2HHQA 4M45A 3WNGA 3AARA 4BR4A 3RMCA 2ZM6K 1U45A 4M42A 3MMVA 1WOQA 2I5JA 4L8RB 4DV0K 1LWFA 5KPRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4KBO A;  1WN7 A;  2A41 A;  4KAZ A;  3WXK A;  1KFD A;  5AFU H;  4AHR A;  4NCG A;  4M7Y A;  1NK7 A;  2ZD1 A;  4O44 A;  5AQH A;  4DTX A;  4DLE A;  3NDK A;  1T7P A;  2BDP A;  2WOM A;  4DG1 A;  1C0T A;  1WSF A;  1BO5 O;  2HF4 A;  5JVH L;  3MX5 A;  3OJU A;  3WXL A;  4B1V A;  4DQP A;  4H4O A;  3AVM A;  3GE1 A;  1KRP A;  4PA1 A;  3HJF A;  3VF2 A;  4HHT A;  1RDB A;  2XRI A;  4YOY A;  1YIJ N;  4DR6 K;  4JRP A;  2O8B A;  1F21 A;  3AVJ A;  4JKG B;  4CGH A;  3L6Q A;  3MXJ A;  5E26 A;  4JHD B;  1HKC A;  1FXX A;  4Z4C A;  4FPA A;  3L2U A;  3E9O A;  5HBM A;  3V9U A;  3QO9 A;  4DV4 K;  2D4W A;  3OYL A;  3NFA A;  4DV1 K;  4JNE A;  1KCF A;  3UE5 A;  3ISN C;  3OYA A;  1I94 K;  2O8F B;  3V9X A;  1ZC6 A;  5HOO A;  4MO5 A;  3HPO A;  4GNI A;  2A5X A;  5T7B A;  2OPR A;  3L2Q A;  1JCF A;  3T3F A;  4XJX A;  4KHS A;  1VQP N;  4JK8 A;  4JKA A;  3IRX A;  1Z05 A;  2IDO A;  5AQF A;  2XHB A;  1QHA A;  1C6V A;  4CJW A;  3ID6 A;  3VQ9 A;  3R6M A;  3VN5 A;  4HTL A;  4C8M A;  1L3S A;  4W5N A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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