2V52B

Structure of mal-rpel2 complexed to g-actin
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
373
structure length
360
Chain Sequence
DETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis for G-actin binding to RPEL motifs from the serum response factor coactivator MAL.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
molecule tags Structural protein/contractile protein
total genus 123
structure length 360
sequence length 373
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v52B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v52B02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2v52B03
1BO5O 1QZ6A 4CBWA 2VWBA 5AQOA 5AQVA 4BR5A 4FOIA 2Q2RA 2WUSA 4YDUA 4B1YB 1U6ZA 3W3DA 4B1VA 4ISEA 2BUPA 4H0TB 1HLUA 2HF4A 1NGHA 1IJJA 4FL9A 3IUCA 2QWPA 3FZLA 4QS7A 3U4LA 3LDOA 1ESVA 1J6ZA 4GNIA 4FWOA 4BRLA 3L4IA 1C0FA 3S41A 3CJCA 3AARA 2A6AA 3R8EA 4B1ZA 2P9IB 5F2RA 1NGDA 5BN8A 4FO0A 2FF3B 1MA9B 2ASPA 3CHWA 5JLHA 3IDHA 5BR9A 4BRPA 3FZHA 1EQYA 1D4XA 2GEMA 1Y64A 2ZGZA 2P9KA 3VEZA 2PBDA 2CGJA 4XH5A 1K8KB 5BRDA 2Q0RA 3MDQA 2Q31A 4O8KA 2QWRA 2UYTA 3DXKA 2OANA 5AQZA 2GWJA 2IVNA 5F1XA 4RCHA 3KHYA 4FWQA 3QBXA 3QB0A 3TPQA 3BEXA 4ISFA 4CD1A 3C7NA 4BRHA 2P9NB 2A40A 2KHOA 3I8BA 2FSNA 4CZLA 4CJ7A 3H3OB 1KAZA 4RTFD 2A5XA 4FSVA 3UKUB 1MDUB 1DEJA 3M3ZA 4BRDA 3VEXA 4BRAA 5AQUA 5AR0A 5AZJB 5EVZA 3ATVA 4BQLA 5BN9A 2D0OA 1BA0A 2ASMA 2ITMA 2YI1A 2ZGYA 1Z05A 5AQRA 2GUPA 3U8XA 2HF3A 4FWRA 1Q18A 3VEYA 1NMDA 4IWVA 1NGAA 3H45C 4K43A 4H5RA 5EXWA 1JCEA 3FR0A 5E26A 1RDWX 5B8HA 5ELZA 2BTFA 2FXUA 4H5VA 4B9QA 1KXPA 4BRCA 1WUAA 1YUWA 2YHYA 1YVNA 4HTLA 3VPZA 4H03B 1NGEA 2VCPA 4NB4A 4RWTA 2DPNA 4FWMA 2VYPA 3DXMB 4A2AA 2Q97A 4DCHA 1DGKN 3EN9A 4BR4A 3A8YA 1T44A 4H0YB 4IXCA 3OHRA 4XEIA 1NGJA 4DHYA 4H0OA 5AQPA 4H0PA 3C0BA 2Q0UA 1HKGA 2P9IA 4MLHA 1GLLO 5BRFA 3R6MA 1IG8A 5BPNA 3UE5A 3VEVA 4EHTA 4A2BA 1SZ2A 2GTDA 3HBTA 4DQ8A 4MO4A 4AM6A 3WT0A 3D2FB 5BPMA 5KPRA 3SMPA 4CBUA 2FSKA 1G99A 4BRGA 1QQOA 1BWFO 1K8KA 3I33A 3ID8A 4BR0A 2IVPA 5JICA 1NBWA 5AQGA 2NZTA 5EY4A 2QWOA 4FPBA 3LDNA 4I6MB 2YHXA 3H46O 5AQNA 5AFUA 2P9NA 3HZ6A 3LDQA 3A5LC 3ZX0A 3WXJA 4M7XA 5ADXH 3FZKA 3O08A 1KAXA 3UKUA 2GELA 2QM1A 2PAVA 4NO7A 3VGMA 1TYQB 1XC3A 1MWMA 2AA4A 3F9MA 5LJWA 4JAXA 5AZJA 4BRKA 1P8ZA 3AY9A 2E8AA 4BRIA 3EO3A 3ZEUB 1U2VB 1HPMA 3D2EB 3FE1A 1NWKA 3LM9A 3VGLA 3L6QA 4CZHA 1QQNA 5AZIB 3GG4A 5BREA 5CE3A 4J8FA 4WQ4C 3FFKB 1TUUA 3JS6A 4EFHA 3H1QA 4PKIA 4WQ5C 3U9DA 1HKBA 3CI5A 3A0IX 3FLCO 3VENA 4QS8A 3VF4A 5JMVA 2NLXA 1NGBA 2P9SB 3LM2A 3R9PA 3G25A 3UKRB 2E1YA 1DKGD 3BUZB 1GLBG 5FPNA 4JNEA 3LDLA 1GLDG 3MCPA 1NGFA 2ASOA 2CH5A 3VETA 4BGAA 5LY3A 3WXKA 2P9PB 1NM1A 3H3NO 3M1FA 4H0VB 1BOTO 5KQ8A 3O1WA 4ISGA 3ENOA 3TU5A 3VEWA 1GLCG 2E2OA 3SMSA 1ATRA 5AQIA 1LCUA 3B8AX 3DXMA 4BRFA 3CERA 1ZC6A 5FPDA 1X3MA 4BRQA 3GE1A 3AAQA 4O5FA 1NGIA 2NRHA 3VGKA 4M63C 4YDUC 2AP1A 4PKHA 3WUHA 4IJNA 3KZBA 3MK6A 2D4WA 3QMLA 3GOIA 1XQSC 3O5BA 2I7PA 4CZMA 4XH1A 2E2PA 1NLVA 4PL8A 1YAGA 3ULEB 3HI0A 3VF6A 3WEEB 1SQKA 4FOEA 4FWLA 5AQSA 3D2FA 3IFRA 1H1VA 3HM8A 3LL3A 4CZGA 5AQKA 3RSEB 1JCFA 1QQMA 4CD3A 3ZX2A 4M7YA 4K41A 3QFUA 1YXQA 4K42A 1Z6RA 1E4GT 4JD2B 3QDKA 4BR9A 2P9LB 3MN5A 1CZAN 5BRHA 4E1JA 1QZ5A 2A42A 4I6MA 4BVPA 3CIPA 2J4RA 5TKYA 4CZKA 5EOYA 4MO5A 4BC2A 3DAWA 4EAHD 3AAPA 3IMXA 2Q36A 3CJBA 5AQJA 2FSJA 1BDGA 1GLAG 1C0GA 2H3GX 3L0QA 1HX1A 3DWLA 3O1BA 1TYQA 1BG3A 4JN4A 3BF1A 1V4SA 1T6CA 3FGUA 3H1VX 4A61A 5KPZA 2FLOA 5LJVA 3ZEUA 1U2VA 3D2EA 2IVOA 1BA1A 2E88A 4QS9A 5FPEA 4PL7A 4LC9B 5AZIA 4CI6A 3BF3A 1GLFO 5F0XA 4CZIA 4C23A 3CJ7A 3WQUA 1ATSA 1E4FT 4JHDB 2W41A 3W0LA 4H5NA 2D0PA 4EHUA 1BUPA 1TUYA 1X3NA 2GWKA 4BR7A 2QWQA 2QW9A 2P9SA 3VF2A 3ATUA 3UKRA 3CJ1A 4K25A 4CBXA 5EX5A 2D1KA 5AQTA 4BC5A 4BROA 4IO8A 3JXUA 2P9PA 3MN9A 4BC3A 3CQYA 5JLFA 3GBTA 2P9UB 4B1XB 4BG9A 3A5OC 1NGCA 3D7EO 5AQLA 2CGKA 5AQYA 3MMVA 3ENHA 1JCGA 4FWKA 1BU6O 5KQDA 5AQWA 5E84A 5AQMA 3CJAA 1GLEG 2V7YA 2IIRA 1HKCA 1GLJO 2CH6A 2E1ZA 3QBWA 5ADXA 4CZJA 4KBOA 3ZETB 3EKUA 3LDPA 2F9WA 2I7NA 3M6GA 4GY2B 3KVGA 4IZ9A 2QXLA 3ULEA 2QWLA 3WQTA 3EL2A 3WEEA 1WOQA 4L3QA 1V4TA 4CZEA 3A5MC 3VESA 3RSEA 1ATNA 3MN7A 3H6EA 4FWNA 3CQXA 3VOVA 2YJFA 3QICA 3EZWA 3FZFA 4JD2A 2Q1NA 2P9LA 3VEOA 3DJCA 1HJOA 2V52B 2EWSA 4BRNA 3CETA 3GL1A 3O6WA 2W40A 3BP8A 4H5WA 1KAYA 1MWKA 3EKSA 1RFQA 1HUXA 2ZWHA 2YCHA 3FZMA 1XUPO 2YHWA 2P9KB 4BR2A 2V51B 1ZXOA 1S22A 3HSCA 1LOTB 3QFPA 3SJHA 5AQQA 3O8MA 2YJEA 4FPAA 4BG8A 4JHDA 3DXKB 4A62A 3UB5A 1S3XA 1RGIA 5I9EB 4XH4A 4H0XB 3U9ZA 4FWPA 3C7NB 3CJ9A 2ZF5O 4Z94A 4AM7A 4EIAA 2V7ZA 3MN6A 1OKJA 4Y0WA 1QHAA 2A3ZA 4BGBA 4B1WB 4WQ4A 5AQHA 1ZBSA 4BQZA 5KPTA 4WQ5A 2E20A 3P4IA 4DB3A 3J8AA 3SK3A 5AQXA 4F9OA 2FF6A 2P9UA 2HMPA 3WXLA 2F9TA 2HOEA 2A41A 1SAZA 1T6DA 3A5NC 4H5TA 4BC4A 4BRMA 4MLEA 3SLCA 3HTVA 2CGLA 5BPLA 4HWIA 3O80A 3VERA 3O4WA 3GDQA 2E2QA 4IJAA 3WXIA 2QWNA 3ZX3A 1X9JA 5AQFA 3ZETA 5AFUH 5FPMA 4PKGA 2QWMA 2E2NA 4WYBA 4B1UB 4CZFA 4FWSA 4BREA 4BVOA 1R59O 1NGGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CXQA 4CBWA 2P1JA 1GOAA 3VA0A 4FK4A 2NRWA 4AHTA 3TAEA 1RDAA 4B1VA 1VQ8N 1C0TA 3L3VA 3OJSA 1Z26A 2HF4A 1EETA 5KGXA 1B9FA 4DF8A 3CMEN 4FL9A 4B3MK 4KPYA 3AO1A 2JWKA 4CF8A 3U4LA 4FJHA 5J1EA 4FWOA 3WNGA 4JKBA 2E5LK 3S41A 1D9FA 1VSJA 4A59A 3R8EA 5GIOA 5F2RA 4CK1A 2IGIA 4CK2A 1NK8A 4KHYA 2FF3B 5M1QA 3K5NA 2XO7A 2YNHA 1JLCA 4KTQA 3LP2A 3LWLA 4FJMA 1W2BM 2P9KA 4LSLA 3TR8A 3OYDA 3HP9A 2E4LA 2PFUA 1GOCA 4BE7B 5M1OA 2Q31A 4O8KA 3MEEA 4CECA 5AQZA 2O4GA 3CCMN 5F1XA 1ZBIA 3R3LA 3QBXA 3V9UA 2KHOA 3O9RA 4JI1K 2EX3A 2A5XA 4FSVA 3UKUB 3IRXA 1VQKN 4BRAA 5GADP 1IKWA 1XI1A 3C95A 3WXMB 1RDDA 3M8RA 4E0DA 1NU0A 1NK4A 2ASMA 1RTJA 4OKEA 1FKOA 3PX6A 2ZGYA 3D6RA 3DOKA 3SI6A 3L4QA 1YHQN 4UQGA 3SCXA 1EKEA 4FWRA 2OTJN 4DTUA 1Q18A 1RDBA 4CHOA 3L2UA 4JK7A 4Z4IA 1DTQA 4O8UA 4MFBA 3FR0A 5E26A 4AH9A 4JI8K 2FXUA 4BRCA 1L3VA 4MDAA 3TABA 4LF9K 3VPZA 4H03B 4KREA 3MEGA 4R79A 4N41A 2F4VK 3T1YK 3SQ0A 2O8FB 2DPNA 1WBDA 4JRQA 4JI5K 1TK8A 3T19A 3A8YA 4JI4K 4M41A 3OHRA 3LANA 1HMVA 4CF0A 4DHYA 2QKBA 4H0OA 3K59A 4H0PA 3C0BA 4AHCA 1HKGA 3HRGA 2P9IA 2W6LA 1JLBA 1W7AA 4DSKA 3VQCA 1UAXA 5BPNA 2X74A 1SZ2A 4MO4A 5BPMA 5KPRA 3THWB 2F96A 4CBUA 2FSKA 4KHWA 2HW3A 4BRGA 1A5XA 1QQOA 2OPPA 3EZ5A 2W42A 3I33A 3ID8A 4JKGB 2IVPA 3KK7A 5AQGA 3LDNA 1Z25A 1RT1A 1L3SA 4CFDA 2P9NA 3LDQA 1TKDA 4M7XA 3OYGA 4KO0A 4CERA 3MAQA 1Q82O 1BQMA 3HP6A 1MWMA 2AA4A 3LALA 1P8ZA 3HL8A 4BRIA 1U2VB 1OH7A 3D2EB 1FKPA 5BREA 3HPHA 3L2QA 3FFKB 3ZSOA 1J5OA 1ASUA 4EFHA 4WQ5C 1VSLA 3TSPA 2NRXA 4DTXA 4FM2A 2KW4A 3VENA 2JLEA 4CJPA 4CJEA 3DLEA 4HVJA 2GV9A 3UKRB 4DF4A 4JNEA 1RT3A 3VETA 2CH5A 4BGAA 4E7LA 5LY3A 3V1QA 1P90A 3M1FA 2GUIA 3SUNA 4ISGA 1MU2A 2DY4A 3VEWA 1S1WA 1HNZK 4NYFA 2YKMA 1ATRA 4FJ5A 1J5EK 5JVGL 3CERA 1ZC6A 1D8YA 4ELTA 3SBGA 2NNWA 3AAQA 2NRHA 1XHZA 3J81O 1RILA 2AP1A 3C6AA 3WUHA 3KZBA 1QS4A 3TI0A 3E66A 3RRGA 4CZMA 3RMBA 5FDLA 1Q9XA 1XNRK 3RR8A 1N34K 1YAGA 3AA2A 1N5YA 3HI0A 1VSKA 4IFEA 5C0YA 5AQSA 3T3FA 1QQCA 1U47A 4Y1CA 4C8KA 4CD3A 4M7YA 2QI2A 3M8SA 4OPHA 2OTLN 4A5AA 4FJIA 1Z6RA 4DSLA 4DFPA 3QDKA 2P9LB 5BRHA 1QZ5A 3NF9A 4KI4A 5J2MA 2OPSA 4CZKA 1SKWA 4JS5A 3DAWA 2QA4N 4KTZA 3KK3A 3TAMA 4M3ZA 3CJBA 1LWFA 3NVMA 1VSHA 2FSJA 3Q7CA 2H3GX 1FW6A 2KZMA 1HX1A 3O1BA 1BHLA 2YNGA 4BWJA 1V4SA 3THXA 3OTOK 2FLOA 3HOTA 5DMRA 1OVYA 1WAJA 4LFCK 5CYMA 4DG1A 4PL7A 4LC9B 3TTCA 5AZIA 1GLFO 4L8RB 5F0XA 4CZIA 4CGIA 3WQUA 4JHDB 1E4FT 2KQ2A 3RMAA 2D0PA 1X1PA 1X3NA 2GWKA 1IKXA 3AV9A 4O0IA 4DSEA 3VF2A 3AA3A 3ATUA 4FLYA 4IG0A 4F3TA 4CBXA 5EX5A 3TANA 2G8WA 5AQTA 4LF4K 2E6MA 3O9TA 3S5TA 3CQYA 5JLFA 3GBTA 4BE0A 4BG9A 4CVNE 5M1FA 4CE9A 4Z0UA 5AQLA 3D7EO 5M1PA 5AQYA 4CEEA 3ENHA 1TKXA 3QO9A 3MCAB 4Z4HA 4PY5A 2KKZA 5C24A 1F21A 1GLEG 1O1WA 2IIRA 2CH6A 1KFSA 4N47A 3R1XA 3EYZA 1KCFA 4CK3A 3LDSA 3ZETB 4KKOA 2F9WA 5FROA 3NH0A 1B9DA 1ZYQA 2RF2A 3ULEA 4C8MA 1C1BA 3NHGA 3LAMA 3KD5E 1WOQA 4CJTA 1OH6A 3KWIA 4CZEA 3NFAA 4OPAA 4B08A 4DMNA 3K5LA 1ATNA 3MN7A 1KC8O 4FLVA 2YHBA 4BY9C 4KTWA 3OYHA 3FZFA 3VEOA 2DFEA 4WFAL 3CG7A 4M3XA 4JK9A 4B9TA 1U49A 3CETA 1ZBHA 3AVHA 2W40A 4WF9L 1MWKA 4KI6A 4C8OA 3FZMA 3KLIA 2YHWA 2P51A 3VQ6A 1Q81O 4CHZA 3M8QA 3O3GA 4RG8A 4DLGA 1VQ4N 1NK0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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