2V52B

Structure of mal-rpel2 complexed to g-actin
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
373
structure length
360
Chain Sequence
DETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis for G-actin binding to RPEL motifs from the serum response factor coactivator MAL.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein/contractile protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 123
structure length 360
sequence length 373
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v52B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v52B02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2v52B03
2KHOA 4K25A 1RFQA 1NGBA 3QBXA 1BU6O 1CZAN 1TUYA 3EO3A 3VGLA 3LDOA 1SZ2A 2A41A 1Z05A 1ZBSA 1HPMA 1NGDA 1NGEA 3GG4A 5FPNA 2D1KA 2V7ZA 3C7NB 3M3ZA 4B9QA 2PAVA 1HKGA 1NBWA 1BA1A 1BDGA 1C0FA 4BQZA 3VEOA 3EN9A 2GWKA 3H1VX 1NGAA 4BC3A 4H5TA 2J4RA 3R8EA 3VERA 3WXIA 1RDWX 2YJEA 3WXJA 4BRPA 2HOEA 4B1WB 4K42A 3L6QA 2CGKA 2Q36A 3FZLA 3LDLA 3AY9A 3H1QA 3ENHA 4A2BA 3W3DA 1SAZA 1ZXOA 4A61A 4PL7A 3ID8A 5F0XA 1C0GA 3EL2A 3GL1A 3QB0A 2CH6A 3VEVA 1MWMA 1IG8A 3SLCA 4FWOA 3ZX2A 4M7YA 1NGHA 3QDKA 3OHRA 4WQ4C 4I6MA 5BRDA 3WEEB 1QHAA 3WXLA 2FLOA 5JICA 5AZIA 4H0OA 4H5VA 2P9NB 1BWFO 2YHYA 2A5XA 2FSKA 3EKSA 1TYQB 1OKJA 3LDNA 3VGKA 3FE1A 2CGLA 3MK6A 1J6ZA 1E4GT 4FPBA 4MO5A 4H0VB 3RSEB 2E2QA 4DCHA 3A0IX 2GELA 4PKHA 3CERA 2Q1NA 3FZHA 2QWOA 2P9LB 3ZETB 1KAYA 4FWPA 3VEZA 1T6CA 2P9IB 3CQXA 2E2OA 2WUSA 4CZMA 5JLHA 4CJ7A 1GLJO 1GLAG 3CQYA 3VEWA 3G25A 2E8AA 4FWRA 4FL9A 4K41A 4CZGA 3CETA 3C7NA 1HKCA 4F9OA 4HTLA 1U6ZA 2W41A 3DXKA 4H0XB 1LCUA 1GLDG 4B1YB 4JHDB 3EZWA 3CIPA 2Q97A 2A42A 3LDPA 2GEMA 1GLLO 3I33A 4FWNA 3O4WA 1NGIA 4JD2B 3GBTA 4BQLA 2CH5A 4BRLA 1HX1A 5AQMA 2QWRA 1X3NA 4BR4A 2YCHA 3W0LA 4CZFA 3ATVA 4XH5A 4GY2B 4BG8A 4BR7A 1V4SA 1WOQA 4IWVA 3QFPA 5AQWA 4WQ5C 5I9EB 3CI5A 3KZBA 1BO5O 3O1BA 5AZJA 5AQUA 4CZJA 3A8YA 4B1XB 4BVOA 3LL3A 3MN5A 1V4TA 3O6WA 3WEEA 5AQPA 2YHXA 1Y64A 2YHWA 4B1UB 3GE1A 3HBTA 2P9NA 4IXCA 1ATSA 4MLHA 5EVZA 4XEIA 4ISGA 4XH4A 3BF3A 5KPZA 5BR9A 4MO4A 4EHUA 1TYQA 4BRIA 4DHYA 1K8KB 2W40A 4BR9A 4J8FA 4FWMA 2P9SB 5F2RA 2GTDA 3U8XA 3RSEA 5FPEA 1NM1A 2Q31A 3JXUA 4H5WA 5AQKA 4A62A 4BR5A 2H3GX 5KPRA 5E26A 2P9LA 1T44A 3CJAA 3R6MA 3BEXA 1NGJA 2P9IA 1R59O 3MMVA 4B1ZA 4FOIA 3P4IA 4CBUA 3UKUB 5BRFA 1NGGA 3BF1A 4FWQA 5BPMA 3A5NC 3U4LA 5E84A 5LY3A 3H3NO 4AM7A 4FOEA 3GOIA 5BRHA 5AQXA 5AR0A 4BRHA 1NGFA 3J8AA 3QICA 5AQLA 3D7EO 5BN8A 5AFUH 1X9JA 1G99A 4BRGA 3B8AX 3KHYA 3IMXA 4ISFA 4JHDA 2ASOA 1U2VB 4K43A 4NB4A 1DGKN 4JNEA 4JD2A 4YDUC 5BN9A 1ATRA 1JCFA 2CGJA 4CD3A 2QM1A 1XC3A 2YJFA 1JCGA 1ZC6A 2YI1A 4O8KA 4WQ4A 4AM6A 1BA0A 4BRQA 3UB5A 4BROA 3ZEUB 3A5MC 4H5NA 3DAWA 4M63C 1NMDA 5AFUA 3QFUA 5AQHA 4CBXA 1BUPA 1XQSC 5LJVA 3F9MA 2VCPA 3MN9A 3CJ7A 3WT0A 4C23A 3HM8A 4LC9B 1NLVA 2F9TA 3O08A 4FWKA 5AQOA 1YXQA 3D2EB 2D4WA 1X3MA 2BTFA 4CI6A 2A3ZA 2E20A 3FGUA 4BRNA 5B8HA 1HLUA 2QWQA 2ZGYA 3DWLA 3VF6A 4BR2A 2A40A 1K8KA 3HZ6A 2IVNA 2E1ZA 4BRMA 3H6EA 3HI0A 3ULEB 1YVNA 2ZF5O 1JCEA 3ENOA 4QS7A 4EHTA 2AA4A 3I8BA 4M7XA 2E88A 1QZ5A 3KVGA 1H1VA 1HUXA 2HF3A 3VETA 5BPLA 4BC2A 5AQTA 4MLEA 4E1JA 4H0YB 5ELZA 3VENA 5KQDA 2PBDA 3UKUA 2IVOA 2E2NA 4QS8A 4BR0A 3DXMB 1BG3A 5KQ8A 2GWJA 1QQMA 2HMPA 2I7NA 2VWBA 1QQOA 3O1WA 3WUHA 1GLBG 3TPQA 4RWTA 3U9ZA 3EKUA 2D0OA 3GDQA 4CZHA 3FFKB 5KPTA 3SMPA 3M1FA 3LM2A 1U2VA 3H45C 1HKBA 4IJNA 4H0PA 1YUWA 4WQ5A 2FXUA 3A5OC 4BRKA 5JLFA 5AQYA 4FPAA 2QWNA 3FZKA 4CZIA 3FLCO 4IJAA 3SK3A 3CJ1A 4FSVA 4BGBA 4BRDA 2D0PA 3SMSA 5CE3A 3L4IA 4FWLA 2QWPA 3LM9A 3MN7A 3ZX0A 3DJCA 1S3XA 5EOYA 4DB3A 5BPNA 1BOTO 1YAGA 2I7PA 2HF4A 2BUPA 3MDQA 4RCHA 1QQNA 4BRAA 3ZETA 4JAXA 1MDUB 2QWMA 5AQNA 4B1VA 3D2FB 3O8MA 2P9PB 3M6GA 5JMVA 3BUZB 4Y0WA 3UKRB 3VOVA 2A6AA 4PKGA 3QMLA 1GLEG 3ZX3A 3O80A 4NO7A 1GLFO 3D2EA 1SQKA 2DPNA 3CJCA 3U9DA 4BRFA 3S41A 2ZGZA 4GNIA 2E2PA 3DXKB 3H3OB 5AQSA 3ATUA 1EQYA 2Q0RA 5ADXA 1XUPO 2IVPA 2FF3B 1D4XA 3HSCA 5EX5A 4BRCA 3FZFA 1LOTB 3VEXA 4O5FA 1WUAA 4KBOA 5AQQA 3VPZA 5AQZA 4IZ9A 5EXWA 1HJOA 5FPDA 3JS6A 3AARA 4BREA 3FR0A 1MA9B 1Z6RA 3VF2A 3ULEA 1QZ6A 2NLXA 2NRHA 1ATNA 3VESA 5LJWA 4ISEA 4FO0A 2Q0UA 5AQJA 4CZKA 3BP8A 4CZEA 2P9KB 3IFRA 2VYPA 5AZJB 5AQRA 4FWSA 2P9UB 3DXMA 2EWSA 4PKIA 5FPMA 4HWIA 4BVPA 4IO8A 4A2AA 4YDUA 4PL8A 3AAPA 4BC4A 3WQUA 5AQVA 2QW9A 4RTFD 3MCPA 1Q18A 2ZWHA 1ESVA 2NZTA 3R9PA 5TKYA 1DEJA 3VGMA 4JN4A 4CBWA 1P8ZA 2AP1A 4WYBA 3H46O 4L3QA 2Q2RA 3FZMA 2E1YA 4EIAA 1NGCA 2P9SA 3VEYA 3L0QA 1MWKA 4H5RA 3AAQA 2IIRA 3UE5A 5BREA 1NWKA 1TUUA 3LDQA 4Z94A 3D2FA 1T6DA 3TU5A 2P9PA 2V52B 3CJBA 3UKRA 4BGAA 1KAZA 1GLCG 3WQTA 4DQ8A 3IUCA 3HTVA 4BC5A 3QBWA 2ASMA 1S22A 2V51B 2UYTA 3SJHA 2F9WA 2QXLA 2FSJA 4H03B 4BG9A 3MN6A 4I6MB 4EFHA 1KAXA 2ASPA 5F1XA 5AZIB 2V7YA 3CJ9A 1DKGD 3WXKA 3O5BA 3VF4A 4H0TB 5AQFA 4CZLA 2ITMA 3C0BA 3CHWA 4EAHD 5AQGA 1E4FT 5EY4A 5AQIA 2OANA 3IDHA 2P9KA 2FF6A 1RGIA 5ADXH 4XH1A 1IJJA 2QWLA 2P9UA 2FSNA 3ZEUA 2GUPA 4QS9A 4CD1A 1KXPA 3A5LC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KHOA 4YOUA 3CMAN 1BU6O 3HT3A 4HTUA 3VGLA 4CF8A 4DLEA 1Z05A 2KKZA 1E3MA 3JAMO 1HPMA 1NGEA 3GG4A 2P1JA 5FPNA 1RBUA 2V7ZA 4OO1J 2PAVA 4OLAA 3LAKA 1HKGA 1NBWA 1BDGA 3I0SA 3VEOA 2GWKA 3DLHA 4DR3K 3HK2A 4H5TA 3V1QA 3VMFB 2ZJPL 3TARA 1RDWX 3WXJA 4BRPA 4B1WB 1XNQK 4AILC 1FKOA 3L6QA 4CK3A 2Q36A 2WFBA 3C95A 3ENHA 4DV6K 3W3DA 1ZXOA 1BGXT 4O4GA 3GL1A 2CH6A 1LAVA 2UXCK 3IRXA 1IG8A 1SKWA 3KLIA 3NGYA 3SJJA 4M7YA 1NK0A 1S1TA 1NGHA 3OHRA 4MDBA 3AO5A 3VN5A 4DQPA 4DQSA 4CFBA 3WXLA 2FLOA 5AZIA 4H5VA 2P9NB 1EETA 5DK5A 3CG7A 4KHSA 4N41A 4PWDA 1OVQA 1T8EA 4KB1A 3ZYYX 2YX6A 3O9QA 1KLNA 4DCHA 1CLQA 2GELA 3OYGA 1NJYA 4JV5K 2QWOA 1KAYA 3SV3A 1WSGA 2NRRA 1T6CA 3CQXA 2QXFA 2WUSA 4BWJA 3AVIA 1GLJO 4BACA 1GLAG 3NGIA 4Z4CA 1T05A 2F8SA 2G8WA 5GADP 4FWRA 4K41A 2D0CA 4FLVA 4DS5A 1EX4A 4F9OA 3HP9A 3TAMA 4F2RA 4A5AA 3V9XA 1KRPA 2XY6A 1S6QA 3V9WA 2A42A 3NAEA 1GLLO 1S1UA 3I33A 1QQCA 1NGIA 2DFHA 5AJ3K 3GBTA 2VG7A 3PX4A 3G6EN 4DKWA 1TVRA 1X3NA 2YCHA 3AVNA 3ATVA 4XH5A 5IT9O 4IEIA 3QIPA 4J2DA 3CFPA 1JL2A 4IWVA 3LZJA 5I9EB 3CI5A 1T03A 5AZJA 5AQUA 4M3RA 1BCOA 3A8YA 3ZSOA 5M1NA 4BVOA 3ZT2A 4W5NA 3LL3A 1ASVA 1V4TA 3O6WA 3LALA 4E7LA 5E41A 4I2QA 1WAJA 1RDDA 1IH7A 3VQ9A 5EVZA 1DLOA 1J53A 4XH4A 5KPZA 3EEQA 3J80O 4B9NA 3E66A 2VGMA 2W40A 4BR9A 3OYKA 2YNHA 4DTXA 1VQ9N 2Q3SA 3U8XA 4Q0BA 1NM1A 3PIPL 3AO1A 1W9HA 3CCJN 5J2MA 1T44A 3BEXA 2PY5A 1R59O 1I3AA 1NGGA 2F7TA 3BGRA 5BPMA 3E9LA 5E84A 4KHNA 4FOEA 5BRHA 4DSKA 4JK8A 4AHSA 4BRHA 2NRZA 4KPYA 2PZSA 4FVMA 3T69A 3O3HA 4ISFA 4JHDA 4B9LA 4NB4A 1N32K 3SBTA 3ZSQA 4LSLA 2YKNA 3MAQA 3VQPA 1IO2A 1WAFA 3VQBA 4CEBA 2YJFA 3CC2N 3NF9A 4WQ4A 3HM9A 1BA0A 4DSFA 4B9TA 3LPUA 4BRQA 4BROA 4M63C 4U7BA 5AQHA 3O3FA 5D3GA 4YNQA 3ZCMA 1KC8O 4E7IA 4C8KA 1XQSC 1JLFA 4DU3A 3MN9A 1BI4B 2F9TA 3AVKA 3O08A 1TAQA 2HNYA 4JLHA 2WTUA 4CI6A 4F8RA 3V9SA 2YKMA 5B8HA 2XO7A 2OCEA 2ZGYA 1WSIA 4KHQA 1K8KA 4Z0UA 2E1ZA 2GX9A 2OPSA 3KK7A 3HI0A 2FBVA 1JCEA 4GW6A 3I8BA 3THYB 3KVGA 1NKCA 3G0ZA 1HMVA 2YNIA 4MLEA 4ILHA 3SQ2A 3HVRA 3UKUA 2IVOA 1G15A 1TKDA 2HHVA 3NH2A 3OYAA 2BGGA 3WUHA 1GLBG 3SQ1A 4I9LA 5T7BA 4CJEA 1VQ4N 2D0OA 1HNIA 1OH6A 3K2PA 5KPTA 3SMPA 4ELVA 5M1OA 3H45C 2HVIA 4H0PA 1Z25A 3AVBA 3VQQA 4KH6A 5JLFA 4UY8O 2QWNA 3NH1A 4AHRA 4LD0A 3NF6A 3CM6A 4DTOA 3SUPA 1TAUA 4CFCA 1TL1A 2D0PA 3SMSA 2DY4A 1OVYA 3ZX0A 3MN7A 3DLLL 4DB3A 4DFMA 1BOTO 2R7YA 4FLTA 3S3NA 2LSNA 1YAGA 2I7PA 1J5EK 3CCLN 2BUPA 4RCHA 1CZBA 1CXQA 2KFNA 4JAXA 2QWMA 3PLAA 2HHUA 4FJHA 2O8DA 5JMVA 4Y0WA 3QNNA 3VOVA 1JLGA 3NCIA 3QMLA 5BR8K 3DMJA 4IO9L 1SQKA 3ZLJA 3H3OB 3HPHA 5AQSA 1EQYA 2Q0RA 5ADXA 1XUPO 1RT1A 2IVPA 4FYDA 1S9EA 1U4BA 3HSCA 1Y97A 1NMNA 1VQMN 1LOTB 3OS2A 5KGXA 3MCAB 4CHPA 4JI6K 2ZD1A 4CJKA 3Q7CA 5AQZA 4WFBL 3J7AP 4CHZA 1LWEA 2NLXA 4DUZK 4WFAL 4B3OA 1LV5A 3VESA 4E72A 5LJWA 2G8UA 4RG8A 3OS0A 1T3VA 1W7AA 4DV4K 3NVKA 2VWKA 5KRTA 1C1BA 1SL2A 4RW7A 1HYZA 4JI0K 1KCFA 4HWIA 2NRTA 1EWQA 3AAPA 3WQUA 1VQON 5AQVA 3QEIA 3MCPA 2OTLN 3AVMA 3C65A 2NUBA 1VRTA 3QEPA 3QEWA 4DQRA 1D8YA 2C1GA 4A5BA 1DEJA 1RTIA 5GIOA 5J1EA 4CECA 2RF2A 2Q2RA 3KWIA 4FLXA 3P5JA 1XNRK 1NGCA 2O4GA 2JWLA 4G9ZA 4J2BA 3LAMA 1YJNN 3TTDA 3KJVA 4A59A 1TUUA 4Z94A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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