2VCPA

Crystal structure of n-wasp vc domain in complex with skeletal actin
Total Genus 104

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
371
structure length
370
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI9 (332-335)S1 (8-12)S12 (176-178)TIV1 (13-16)TVIII1 (27-30)S3 (29-32)TIV5 (61-64)TI'1 (47-50)O1 (32-34)TI2 (59-62)3H1 (41-43)TIV2 (38-41)TIV3 (43-46)TI1 (44-47)AH1 (79-93)S5 (53-54)3H2 (55-58)TIV4 (58-61)S6 (65-68)TIV6 (71-75)TII2 (108-111)TVIII2 (69-72)TIV7 (72-76)AH2 (113-126)TIV8 (76-79)3H3 (98-100)TIV9 (129-132)S8 (131-136)S7 (102-107)TI10 (366-369)S17 (357-358)AH12 (350-354)AH14 (369-374)TIV10 (147-150)AH9 (287-296)S9 (150-155)TI4 (171-174)TI5 (172-175)TIV11 (156-159)S10 (160-166)S11 (169-170)AH8 (274-284)TIV12 (165-168)AH5 (203-216)AH4 (182-196)AH7 (252-257)O2 (178-180)TI7 (242-245)3H6 (302-304)TII3 (306-309)AH6 (223-232)S14 (247-250)TI6 (234-237)S13 (238-241)3H4 (259-262)3H5 (264-267)AH10 (309-320)S16 (329-330)S15 (297-300)TI8 (322-325)TIV14 (334-337)AH11 (337-348)AH13 (359-365)S2 (16-21)S4 (35-38)AH3 (137-145)TVIII3 (220-223)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein
source organism Homo sapiens
publication title Interactions of isolated C-terminal fragments of neural Wiskott-Aldrich syndrome protein (N-WASP) with actin and Arp2/3 complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 104
structure length 370
sequence length 371
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 2vcpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vcpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vcpA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2vcpA04
4C23A 4JD2A 4B1ZA 2FF3B 4K43A 1BWFO 1K8KA 4WQ4A 5BN9A 2A40A 2D0PA 3L6QA 2GUPA 2P9UB 2ZF5O 3GOIA 3VESA 1JCFA 4BRFA 4L3QA 4BQZA 1NM1A 2HOEA 4BRGA 1RFQA 3R8EA 2WUSA 4A2AA 1TYQA 3HZ6A 3O80A 5AFUH 4H03B 4IJAA 4BGBA 3KVGA 1NGHA 4FL9A 4BC2A 3D2EB 2Q97A 4CBUA 3U8XA 4H0OA 1S3XA 1NLVA 2Q1NA 3C7NB 2A41A 5BRFA 3BF1A 1G99A 2CH5A 2KHOA 2FSNA 1BUPA 2ITMA 2VWBA 3QMLA 5AQKA 4BRDA 5KQDA 2A5XA 4I6MB 4FWQA 4MO5A 2P9NA 3HTVA 2I7NA 2P9KA 3SJHA 1BOTO 3CETA 3CJAA 3IFRA 3QDKA 3EO3A 1HKBA 4BVOA 5AQPA 2GWJA 3D2FA 3O5BA 4CZMA 5KPTA 3WXIA 4BR9A 2QWPA 2V7YA 3HSCA 4F9OA 3WQUA 3FGUA 1HPMA 1CZAN 2E20A 3CERA 1MWKA 5E84A 4ISFA 1E4GT 3FZLA 5JLFA 4CD1A 3ATVA 2E1YA 4PKGA 2E2NA 3CJBA 1XC3A 4FWNA 3UE5A 3LDQA 4O8KA 1TUYA 5JLHA 3CI5A 4IZ9A 5AQUA 4BRQA 3AAPA 2FSJA 3DWLA 1MDUB 4FWPA 1Y64A 2CGJA 2PAVA 4HWIA 3QFUA 3H1QA 1GLEG 5F1XA 2E8AA 4O5FA 4XH4A 3W3DA 3VEXA 5BPMA 2P9IB 4IJNA 2QWLA 3UB5A 2YHXA 4B1VA 4I6MA 4JHDA 5AQJA 2BUPA 3MN5A 2Q36A 3WXJA 3QB0A 3H6EA 1ZXOA 3SMPA 4FOIA 3DAWA 2P9PA 1HKGA 3ID8A 4LC9B 1J6ZA 5CE3A 4B1XB 3FE1A 5AQWA 2IVNA 2GWKA 4RTFD 2YCHA 5AQQA 4BRLA 3ULEB 1BA0A 3DXMA 2W40A 4BROA 3UKUB 4YDUC 5AZIA 4CZHA 4AM7A 3H3OB 1SAZA 4EIAA 3ENOA 3IMXA 4MLHA 1U2VA 5AFUA 3DXKA 3CJ9A 3LDLA 1GLBG 3H46O 2Q2RA 3WT0A 4JAXA 3MN6A 1QZ6A 3IUCA 4QS9A 4BRAA 1HKCA 2YI1A 3UKRA 5AQLA 2HF3A 1NGDA 1ATNA 4QS8A 3EL2A 3MN9A 3WEEB 1C0GA 1DKGD 1X3MA 4PL7A 4EAHD 4GY2B 2BTFA 5KPZA 2FSKA 5BREA 3L0QA 1GLDG 4E1JA 3EKUA 2D0OA 1S22A 4MO4A 1QHAA 3FFKB 1QZ5A 4H5WA 2Q0RA 4FWLA 3BEXA 3FZHA 3CIPA 3EZWA 3I33A 3H3NO 2F9WA 2QWNA 3M1FA 1NGJA 4ISGA 4EHTA 3MDQA 3WXLA 3R6MA 2P9LA 3J8AA 5AZJB 4WQ5A 3I8BA 4CZGA 1GLJO 3TPQA 5BPNA 3VPZA 3O6WA 5AQTA 3ZEUB 4BC4A 1E4FT 5BRHA 3ENHA 2P9SA 2IVOA 4FWRA 3BF3A 4Y0WA 5KPRA 3M6GA 3HI0A 4H0VB 2VYPA 3VF6A 5AR0A 1SZ2A 2HF4A 3ZETA 4BRIA 5ELZA 3B8AX 3AARA 1GLAG 1BDGA 1IJJA 5LJWA 4H5NA 3FLCO 4BGAA 4PKHA 1QQNA 2FF6A 3AAQA 4NO7A 5EOYA 1NWKA 1T44A 4CZLA 3VEZA 3W0LA 1ZC6A 3FR0A 3VEOA 4B1UB 2P9UA 5AQIA 5AQMA 1GLCG 1QQMA 3O4WA 2V7ZA 2ASPA 5BR9A 3VGLA 4RWTA 3CQYA 1H1VA 4IWVA 1LOTB 3H45C 3A0IX 3LM2A 3D2EA 3A5MC 3QBWA 2H3GX 3ZX2A 2GTDA 5BN8A 3C7NA 2NRHA 4BR0A 2QWOA 2J4RA 2E2QA 4WQ4C 3ZEUA 4DHYA 1NGAA 1BU6O 3RSEB 4FOEA 4A61A 5KQ8A 4NB4A 3ZX3A 2AA4A 3FZFA 3IDHA 2A6AA 3VENA 1BO5O 1EQYA 1R59O 1GLLO 3P4IA 4B1YB 4CZEA 1ZBSA 2A3ZA 3VF4A 4JD2B 2GELA 3VGKA 5BPLA 1K8KB 1KAXA 1P8ZA 5AQVA 2A42A 4BVPA 4XH1A 1Z05A 4H0YB 1T6CA 3SLCA 3A8YA 4CZFA 1NGIA 1KAZA 3SMSA 3KHYA 4CZKA 1Z6RA 5EVZA 2UYTA 1KAYA 3VEWA 1TYQB 3QICA 5TKYA 1U6ZA 1X3NA 2W41A 5FPNA 1ATSA 2ZGYA 3KZBA 5F2RA 2V52B 5EX5A 1ESVA 3L4IA 3JS6A 2Q0UA 4BRHA 1YXQA 4WYBA 5AQZA 3U4LA 5B8HA 3GBTA 4FWSA 3VF2A 3C0BA 2IIRA 2P9IA 3CJCA 3A5LC 1OKJA 3VOVA 2CGKA 2P9NB 3D7EO 1TUUA 2P9KB 3LDPA 3JXUA 1NGBA 3BP8A 4HTLA 4K25A 1BG3A 4CBXA 4BRKA 3D2FB 3BUZB 1IG8A 3WUHA 2CH6A 4H0XB 1V4SA 1LCUA 3ULEA 3UKUA 3ZX0A 3U9DA 4AM6A 2V51B 1WUAA 4BRNA 4BQLA 1KXPA 4XH5A 5ADXH 4PL8A 3VGMA 4H5RA 4H0TB 3S41A 1DGKN 3ATUA 1JCGA 2QWMA 1GLFO 2ASMA 4BR7A 4BR5A 4CJ7A 4JNEA 4IXCA 1NBWA 3MN7A 3QBXA 5EY4A 5E26A 4DB3A 3WEEA 1YVNA 1WOQA 1NGFA 2E2OA 3GG4A 3HBTA 5FPMA 4B1WB 3U9ZA 1T6DA 2NLXA 3O1WA 4YDUA 2EWSA 2IVPA 2QXLA 3MCPA 4FPAA 5AQFA 3EN9A 3LL3A 4JHDB 3GE1A 1X9JA 4BC5A 4CZJA 5AQSA 4M63C 3LDOA 4A62A 2P9PB 1MWMA 4BR4A 5AQRA 5JICA 2YJEA 4BRPA 2GEMA 2DPNA 3OHRA 1BA1A 2Q31A 1NGEA 1RDWX 4FWKA 4FWMA 3AY9A 5AZJA 5FPEA 5JMVA 5LY3A 3VERA 3DXMB 2CGLA 3H1VX 4K42A 4CD3A 3DJCA 2D4WA 5AZIB 4GNIA 2VCPA 2NZTA 4BC3A 4DQ8A 1D4XA 4BG9A 2ZGZA 5I9EB 4FO0A 3FZKA 1MA9B 2E88A 4BG8A 2QWRA 3SK3A 2YJFA 1U2VB 3HM8A 1JCEA 2OANA 3DXKB 4CBWA 5FPDA 3R9PA 1SQKA 1NMDA 3WXKA 4A2BA 2HMPA 3GL1A 3UKRB 3O8MA 2D1KA 2ZWHA 4J8FA 5AQXA 1HX1A 2I7PA 4ISEA 3A5OC 1HJOA 4CI6A 4WQ5C 2ASOA 2PBDA 4MLEA 1DEJA 2QM1A 4JN4A 1QQOA 3M3ZA 3TU5A 4B9QA 2YHWA 3O1BA 5AQGA 4FSVA 1C0FA 5AQNA 2FLOA 2E2PA 2QW9A 4H5VA 5AQHA 3VETA 3CJ7A 4EFHA 5AQOA 5LJVA 3CHWA 3MMVA 1HLUA 1YUWA 2FXUA 3WQTA 4H5TA 4QS7A 3EKSA 3CQXA 4RCHA 3VEVA 4XEIA 4BR2A 1ATRA 1NGGA 4FWOA 4BREA 2P9LB 3LDNA 5F0XA 1XUPO 5AQYA 3VEYA 4BRMA 4BRCA 4IO8A 4PKIA 4H0PA 5ADXA 3RSEA 3LM9A 2P9SB 2E1ZA 2QWQA 3FZMA 2YHYA 3CJ1A 4EHUA 3MK6A 1HUXA 3F9MA 4FPBA 4K41A 3O08A 5EXWA 4CZIA 3QFPA 3ZETB 4Z94A 4DCHA 4M7YA 5BRDA 1V4TA 2AP1A 1YAGA 2F9TA 1Q18A 1NGCA 1XQSC 3G25A 3GDQA 4M7XA 3A5NC 4KBOA 1RGIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LP3A 4FJHA 4JKHA 3PUFA 4OKJA 3ITHA 1K8KA 4WQ4A 3J7ZO 1WAJA 1S1VA 2P9UB 3NF9A 5K14A 2KFZA 3VESA 4RW9A 2KLAA 3TI0A 1M90O 1EWQA 5JVHL 4JI7K 4DR4K 5AFUH 4IJAA 1NGHA 1HYZA 3THWA 3U8XA 1I94K 4JLHA 2KHOA 4CGGA 4Z4CA 2VWBA 3QMLA 4CEFA 1X9SA 4DV4K 1EETA 3E01A 2IDOA 1NK0A 4FM0A 3PLAA 3SPZA 2P9KA 1SKRA 1BOTO 3CJAA 1UA0A 4OKEA 3HVTA 1HMVA 3EO3A 3D45A 4LF6K 4B9TA 2XO7A 3MAQA 1Z25A 3SPYA 1HQUA 1NK8A 3WXIA 1IKXA 1WNSA 2QWPA 2FC0A 3T19A 3WQUA 3FGUA 4DTOA 1D8YA 3MXJA 4KHUA 3TR8A 1C1AA 5JLFA 1J5OA 2E1YA 4JK9A 4PKGA 4ILJA 4LY7A 4CEOA 4FWNA 3UE5A 4O8KA 1IG9A 3B6OA 3MXMA 4JRPA 1HNWK 2G8IA 2E6MA 2FSJA 1KFSA 1S6QA 2UUBK 2ETJA 3H1QA 5F1XA 3W3DA 4RW7A 1GOBA 4B08A 2QWLA 3JSMA 5AQJA 3MN5A 3CCVN 1S1WA 3H6EA 1ZXOA 5CHIA 3O9UA 1W97L 4B3RK 3LP1A 3ID8A 4HVJA 4BDYA 5KGWA 4DU4A 4IEIA 5CE3A 1JLBA 1KTQA 3SUNA 1RBVA 3OYDA 1T03A 3ZSQA 3R3LA 4EZ9A 1S9EA 3QEPA 4N76A 3CCMN 1VQ6N 4BROA 4QCLA 4JKFA 2WOMA 4CHPA 3CCRN 1HJRA 4EIAA 1NMNA 3ENOA 5C24A 4AHUA 4UQGA 4OVLA 3DXKA 3LDLA 3VQ6A 5JVGL 3H46O 2Q2RA 3WT0A 4Z4EA 1JJ2M 3M5RA 3MWPA 1HKCA 4IKFA 1RDCA 2HF3A 5AQLA 3HVRA 1NGDA 4BDPA 5CZ1A 2O8DA 3LAKA 4OLAA 4IEEA 4J2EA 3DLLL 4Q0BA 5KPZA 5BREA 1GLDG 3E66A 3KK7A 3AGRA 3EKUA 5KGXA 3C6UA 3FFKB 4OPAA 2XRIA 4H5WA 3ZT0A 4BE1A 2HBLA 2G8HA 3CCUN 3EZWA 4M3TA 3H3NO 3TARA 3SBGA 4ISGA 3MDQA 3EYZA 4LH5A 1U04A 5AZJB 1HYVA 4CZGA 5BPNA 2RF2A 3HPOA 5AQTA 3K5NA 4BC4A 4YFUA 2HBKA 5BRHA 2OZMA 1X9MA 2IGIA 5KPRA 3SAHA 3M6GA 3HI0A 1L3SA 1YITN 3LP2A 1RDAA 1LW0A 4H0VB 3PX6A 3JYTA 5AR0A 1SZ2A 3OYGA 4DWIA 3LPUA 4IG0A 3KTQA 3B8AX 3BZCA 4V19S 1IJJA 3SCXA 4H5NA 4CIEA 3A2FA 4PKHA 4DFPA 2GUIA 4CZLA 3HPHA 4E1MA 3VEZA 3FR0A 1YJ9N 3VQ8A 4B1UB 5AQIA 1CLQA 1N36K 3DOKA 4IFVA 1QQMA 3PX0A 3O4WA 4DTNA 2ZQBA 5M1NA 3LM2A 1E3MA 3D2EA 3TAMA 3KK1A 2GTDA 5GAEP 3KJVA 4BACA 4CEZA 1L3TA 4WQ4C 3ZEUA 4DHYA 3TAGA 1ASVA 4A61A 5J2QA 5KQ8A 4NB4A 3S3OA 2G8VA 3FZFA 4BEBA 4JS5A 4IBNA 3TSPA 3VENA 1BO5O 1Q82O 2DFFA 1VQ8N 4B1YB 4QAGA 3EZ5A 1N8RO 4FVMA 3SBTA 5M1OA 2OPPA 1N32K 3VGKA 4HTUA 1YI2N 1K8KB 1P8ZA 1NJZA 2A42A 3DI6A 1RTJA 3AVLA 1T6CA 3NF6A 3SLCA 4E89A 4FJ9A 4CZFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LP3 A;  4FJH A;  4JKH A;  3PUF A;  4OKJ A;  3ITH A;  1K8K A;  4WQ4 A;  3J7Z O;  1WAJ A;  1S1V A;  2P9U B;  3NF9 A;  5K14 A;  2KFZ A;  3VES A;  4RW9 A;  2KLA A;  3TI0 A;  1M90 O;  1EWQ A;  5JVH L;  4JI7 K;  4DR4 K;  5AFU H;  4IJA A;  1NGH A;  1HYZ A;  3THW A;  3U8X A;  1I94 K;  4JLH A;  2KHO A;  4CGG A;  4Z4C A;  2VWB A;  3QML A;  4CEF A;  1X9S A;  4DV4 K;  1EET A;  3E01 A;  2IDO A;  1NK0 A;  4FM0 A;  3PLA A;  3SPZ A;  2P9K A;  1SKR A;  1BOT O;  3CJA A;  1UA0 A;  4OKE A;  3HVT A;  1HMV A;  3EO3 A;  3D45 A;  4LF6 K;  4B9T A;  2XO7 A;  3MAQ A;  1Z25 A;  3SPY A;  1HQU A;  1NK8 A;  3WXI A;  1IKX A;  1WNS A;  2QWP A;  2FC0 A;  3T19 A;  3WQU A;  3FGU A;  4DTO A;  1D8Y A;  3MXJ A;  4KHU A;  3TR8 A;  1C1A A;  5JLF A;  1J5O A;  2E1Y A;  4JK9 A;  4PKG A;  4ILJ A;  4LY7 A;  4CEO A;  4FWN A;  3UE5 A;  4O8K A;  1IG9 A;  3B6O A;  3MXM A;  4JRP A;  1HNW K;  2G8I A;  2E6M A;  2FSJ A;  1KFS A;  1S6Q A;  2UUB K;  2ETJ A;  3H1Q A;  5F1X A;  3W3D A;  4RW7 A;  1GOB A;  4B08 A;  2QWL A;  3JSM A;  5AQJ A;  3MN5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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