2VYPA

Rabbit-muscle g-actin in complex with myxobacterial rhizopodin
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Absolute Configuration of Rhizopodin and its Inhibition of Actin Polymerization by Dimerization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 127
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2vypA03
1YAGA 2GUPA 3JS6A 1U6ZA 1T6DA 3BF1A 5EOYA 3L6QA 4XH5A 4BVPA 1HKGA 2P9SA 2ZGZA 4H0XB 3GE1A 4B1ZA 2GEMA 3UKRA 1RGIA 1P8ZA 3G25A 3O1WA 2P9LA 2Q0RA 3O8MA 2EWSA 4IJAA 4JN4A 4O5FA 2P9NA 4BREA 1NGCA 1XUPO 2I7NA 3WQTA 4BC5A 1BA0A 2E88A 1T6CA 2QXLA 3MK6A 4CZGA 4B1VA 1SQKA 1NGJA 3WT0A 5AZIA 4EIAA 2P9KB 4C23A 4JHDA 4CI6A 4I6MB 4IO8A 4M7YA 1QHAA 3LM9A 3CJCA 4CZFA 1HJOA 4K41A 5ADXA 4IWVA 5BR9A 4BRMA 2GTDA 2BTFA 2AP1A 3R8EA 4A2AA 4FOEA 3ATVA 2QWOA 4WQ5C 4WQ5A 1T44A 3HBTA 3SJHA 2CGJA 1IG8A 4GY2B 4BGBA 3AY9A 4BG8A 2WUSA 3B8AX 2W40A 3M1FA 3O5BA 4H0VB 4A62A 3GL1A 3A5MC 4BC3A 2D4WA 3IUCA 5AQPA 1RDWX 2NLXA 2FSJA 2ASPA 1XC3A 2ASOA 1LOTB 4WYBA 3F9MA 3ATUA 2YJEA 5BREA 5F2RA 3C7NB 2J4RA 1CZAN 1GLCG 3VEYA 3UKUB 4AM6A 3CETA 3W0LA 3VESA 5KPZA 3H45C 5ELZA 5AQSA 4H0PA 4ISGA 2VCPA 4BRAA 1JCEA 3DXMB 1HKBA 1S3XA 3FZLA 4BRNA 2P9UB 3O1BA 3FFKB 1YXQA 2A41A 3L4IA 4K25A 4BRQA 2YJFA 4JD2A 4KBOA 3SLCA 3WEEA 5BPLA 2HF4A 3CI5A 4CZLA 2CH5A 1ZC6A 4K42A 1Q18A 2YHXA 5AQQA 2YCHA 2QM1A 2VYPA 4PL7A 4LC9B 3LDQA 2I7PA 1GLBG 3RSEA 1GLLO 3QFUA 5BRHA 5AQFA 3SMSA 4DB3A 1ATSA 1ZXOA 2A40A 2YHYA 4FPAA 1MA9B 2H3GX 3WXLA 4JAXA 4IXCA 3DAWA 2E8AA 4FWOA 3QB0A 4CBXA 1IJJA 3MDQA 4FWNA 3VERA 1KAXA 2QWMA 4RCHA 5EVZA 4CZJA 3WXJA 4FPBA 5AQYA 1SZ2A 1X3NA 1BU6O 4QS9A 3BEXA 3H3OB 2W41A 1ATNA 3VGLA 1NMDA 3HM8A 1YVNA 3A5NC 5AQLA 2P9KA 2QWLA 3ZEUB 4BRDA 2ZGYA 3U8XA 3M6GA 1K8KB 4I6MA 3A0IX 1GLEG 4A2BA 3MCPA 1V4SA 3CHWA 5KQDA 3A5OC 4O8KA 4BRFA 3AARA 5AZJB 4BC4A 2FSKA 4BR2A 5LJWA 1KXPA 4CZHA 4BVOA 4BRKA 2NZTA 3VGKA 3L0QA 3IMXA 4L3QA 3CJ9A 3W3DA 4FO0A 1MWKA 4FOIA 1X9JA 1KAZA 2V7YA 5I9EB 3EN9A 4F9OA 4FL9A 1NGGA 5JLHA 1DKGD 2CGKA 2Q31A 3O80A 5JICA 3QICA 4BROA 3QBWA 2PAVA 3QBXA 4FWQA 4H0TB 4H5WA 1GLAG 2HF3A 2NRHA 3VEZA 2Q97A 2CH6A 3D2EB 4BC2A 4FWPA 1H1VA 5BRDA 3C7NA 3EKUA 4FWRA 1NGFA 4B1YB 1QQOA 2E2PA 4CZEA 5BRFA 2F9WA 4H0YB 3UKUA 2UYTA 2Q1NA 3VOVA 4EAHD 1E4FT 1C0GA 4H03B 3DXMA 2FLOA 3J8AA 5FPNA 1TUYA 2P9SB 3HSCA 2P9UA 4BQLA 4BGAA 5FPEA 1J6ZA 5EY4A 4MLEA 2E1YA 4MO4A 4PKHA 5TKYA 3VF4A 1BDGA 5KPTA 3LDOA 3QFPA 4NO7A 2P9LB 5BN9A 1BUPA 4Z94A 1Z6RA 3ZETB 3IFRA 4BR4A 3R9PA 3OHRA 4BRHA 3VGMA 4QS8A 1NBWA 3QDKA 5AR0A 3LM2A 4PKGA 5AZIB 2V51B 3EO3A 1OKJA 3GG4A 3ZX2A 3FGUA 2YHWA 4BRGA 4FWMA 3FZHA 4FSVA 5AQVA 1NM1A 1GLJO 3JXUA 3IDHA 3U4LA 1NGIA 1TYQB 5AQRA 1D4XA 3H6EA 3ID8A 4M63C 3C0BA 1C0FA 3O6WA 1BG3A 4GNIA 4BR7A 2A3ZA 2FF6A 1WOQA 1KAYA 3BUZB 5AQGA 3TU5A 3KHYA 2E2NA 3VEVA 1JCFA 1ESVA 1BOTO 2QWRA 3VF2A 4B1WB 4BG9A 2P9PA 3ZEUA 2PBDA 1G99A 4DQ8A 1NLVA 1K8KA 2KHOA 2FSNA 2ZF5O 3I8BA 5AZJA 4BRLA 3GDQA 2ZWHA 3CERA 1MWMA 3BP8A 4B1XB 1LCUA 3SK3A 3FZKA 5AQXA 3VENA 4E1JA 1HX1A 1GLDG 3CQXA 3TPQA 3R6MA 3GOIA 4WQ4C 4BRCA 4WQ4A 4XH1A 1QQMA 1XQSC 2FF3B 2QW9A 4RTFD 5JMVA 2QWPA 1NWKA 3H3NO 4CBWA 4FWKA 1RFQA 1E4GT 4HWIA 3VETA 1ATRA 3H1QA 1BWFO 1ZBSA 3A8YA 1NGDA 2GELA 5BPMA 5FPDA 5LJVA 3KZBA 2DPNA 1HUXA 2E2OA 1HKCA 1YUWA 3VEXA 3KVGA 4FWSA 2QWQA 1JCGA 4H5TA 5KQ8A 2P9IB 4H5NA 4EFHA 3DXKB 3CJ7A 3P4IA 2CGLA 4FWLA 4MO5A 1U2VB 4RWTA 4XEIA 4K43A 3EL2A 3MMVA 5AQJA 4CJ7A 5BN8A 4HTLA 5AFUH 3ZETA 2FXUA 3D7EO 3AAPA 3U9ZA 3HTVA 4H0OA 2Q36A 3ULEB 3D2FB 5E26A 2V52B 4J8FA 3QMLA 4CZIA 3FR0A 5AQKA 2ITMA 5AFUA 1NGEA 2E20A 2F9TA 3S41A 5CE3A 3WXIA 2A5XA 2A42A 4JNEA 5ADXH 1NGAA 3U9DA 4CD3A 4BR0A 5B8HA 4IZ9A 3UE5A 2IVNA 3CJAA 5FPMA 5AQNA 2QWNA 1TYQA 5EXWA 3H46O 2ASMA 3DWLA 3EKSA 1V4TA 3UKRB 5AQMA 3VPZA 3H1VX 2P9NB 1Z05A 3FZFA 4CZKA 3EZWA 3O08A 5F0XA 5KPRA 5AQIA 4M7XA 4XH4A 1EQYA 2D1KA 4QS7A 3ZX0A 3LDLA 5AQWA 5AQHA 3MN5A 4BR5A 3BF3A 4JHDB 3MN9A 1BO5O 5EX5A 5AQUA 3ENOA 3CJ1A 3GBTA 2V7ZA 2IIRA 3ZX3A 4Y0WA 3WQUA 4YDUC 4A61A 4BRIA 3CIPA 3AAQA 1TUUA 3M3ZA 4YDUA 4BR9A 4PL8A 4BRPA 3FLCO 1Y64A 3FZMA 3FE1A 3LDPA 5AQOA 1MDUB 1QZ5A 3UB5A 4EHUA 1NGHA 1BA1A 1GLFO 4MLHA 3SMPA 3CJBA 3CQYA 1QZ6A 1QQNA 2Q2RA 2GWKA 4B1UB 2D0OA 5E84A 2GWJA 4CD1A 4IJNA 4ISFA 3ENHA 2BUPA 3WXKA 3LDNA 1HPMA 3MN7A 2E2QA 5LY3A 2HMPA 3HI0A 5BPNA 1X3MA 2E1ZA 4AM7A 2P9IA 3I33A 3DXKA 3VEWA 4H5VA 4DHYA 1U2VA 3VF6A 3HZ6A 1DEJA 4ISEA 3MN6A 2AA4A 5F1XA 2OANA 3DJCA 4BQZA 2IVOA 1DGKN 3WUHA 3A5LC 4DCHA 4JD2B 3WEEB 1HLUA 1SAZA 1S22A 3D2EA 4NB4A 5AQTA 3VEOA 2A6AA 4B9QA 4H5RA 2Q0UA 4CZMA 3O4WA 2IVPA 3LL3A 5JLFA 5AQZA 3ULEA 3D2FA 1WUAA 4EHTA 2YI1A 1NGBA 1R59O 2P9PB 2VWBA 2HOEA 4PKIA 4CBUA 3RSEB 2D0PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NOYA 5C25A 4H0XB 5LL6Z 3M5RA 2GEMA 3UKRA 3NH1A 3OTOK 1S9EA 4IJAA 4CE9A 1W7AA 1XUPO 3WQTA 2G8VA 3QETA 1BA0A 3MK6A 4CZGA 2QXLA 3HRGA 4ZHRA 1SQKA 1NGJA 3WT0A 1JL2A 3ID6A 1OH8A 3D45A 3SCXA 4A5AA 3LM9A 1NK5A 2FBTA 5FROA 1FKPA 3N4PA 3TTFA 1HJOA 4FLXA 4NYNA 3E66A 3HJFA 1REVA 4BRMA 4JKGB 3E1YA 3R8EA 1VHXA 3V1OA 4DSKA 4GY2B 1L3TA 3SUNA 1B92A 3OJUA 2WUSA 2W40A 2O8DB 3RVCA 4IDKA 2HHTA 3A5MC 4BC3A 2NLXA 2ASPA 2ASOA 4RW7A 4B3RK 1XMQK 4IDHA 2YJEA 5BREA 3KLGA 2J4RA 2YHAA 1CZAN 4Z0UA 3T7ZA 4O44A 3C94A 3UKUB 1RBTA 1N8RO 2GUIA 4LF6K 3W0LA 3VESA 5AQSA 3QEVA 3FZLA 4BRNA 3O1BA 3FFKB 2VG5A 3KLEA 4K25A 4YOXA 2YJFA 3SLCA 3AO2A 4M3WA 3DI6A 3CMEN 4DV4K 2QM1A 4HUFA 4E1MA 3ZT4A 3NF9A 4CJKA 1TVRA 1GLBG 2QA4N 3THWB 4FZXC 2BGGA 2O8FA 3SMSA 4DB3A 1ZXOA 3VN5A 4FPAA 1MA9B 2H3GX 2DTUA 4DF8A 3I55N 4FK4A 4KAZA 4V19S 3SPYA 4XJXA 4NLCA 1IJJA 3MDQA 3VERA 5C10A 1O13A 1I94K 2Z1GA 4FPBA 5AQYA 4I9QA 4YNQA 4KPYA 1SZ2A 1KVAA 1VQ9N 4FJXA 4EP4A 4JKCA 3G4SN 2W41A 4UQGA 1ATNA 1JL1A 3VGLA 3SAHA 3VQCA 5AQLA 3HM8A 1YVNA 3A5NC 2RE2A 4DFKA 4FJHA 3U8XA 3M6GA 3KK3A 4LF9K 3CM5A 4N76A 2VWKA 4M3RA 3JSMA 5KQDA 1W97L 3LPUA 4FM1A 3VQ6A 3TSPA 1TV6A 1KXPA 4CZHA 4DS4A 1IKXA 3L0QA 4L3QA 4JKGA 3OYIA 4MQ3A 3PO5A 4AH9A 1X9JA 1J9AA 2KW4A 4JI5K 3CXCM 4FL9A 1NGGA 5JLHA 3QBWA 3G10A 3SNNA 4B9NA 4B3TK 2HW3A 4CHNA 3FFIA 2NRHA 3VEZA 2HHVA 1X9WA 1IBLK 1YVUA 4MDAA 5J2MA 5BRDA 3AGKA 4FWRA 1T7PA 2KZMA 1SL1A 5BRFA 4FW1A 1VSHA 4H0YB 2UU9K 2HHSA 3UKUA 4OKJA 1SL2A 3OYJA 2Q1NA 3VOVA 4EAHD 1J54A 2B5JA 2BDPA 2W42A 4NCBA 1EWQA 1DLOA 5JS2A 3DLBA 1TUYA 1VSFA 2OPSA 1EO1A 5M1KA 1J6ZA 1QVFM 5HOOA 2P9LB 3S9HA 4DR5K 1Z6RA 3CG7A 3G0ZA 3V81A 3VGMA 3TI0A 3EE8A 1TK0A 4O5BA 2V51B 1C1AA 3OS0A 5KI6A 3ZX2A 1T8EA 1QQCA 4FWMA 3FZHA 3OY9A 4N56A 4A57A 3LP0A 3PY8A 4A59A 1RT3A 3V9XA 4AHTA 4PQUA 4M63C 4FLTA 3QESA 3IKMA 3O9SA 3SQ2A 3DYAA 1XNQK 5H1SQ 1RDCA 3VA0A 4YHHK 2UXDK 2E2NA 1JCFA 4ILGB 2ITGA 4IOXA 1BOTO 2QWRA 3MWPA 4BE2A 2WTUA 2NRXA 4DQ8A 3PLAA 2F8TA 2KHOA 4I7FA 4CFDA 3TAFA 4W5OA 2ZF5O 2ZWHA 3N4QA 4BDPA 1MWMA 1YJNN 1YF5L 1LCUA 3VENA 4CEFA 4E3SA 2D0BA 3CQXA 4J2BA 4DR7K 4WQ4C 4XH1A 2HBMA 2D0PA 2QW9A 2FF3B 5GIOA 1TK8A 3H3NO 4CBWA 4FWKA 5HRSA 5AJ3K 4I2QA 3H1QA 5KTQA 3TWHA 1NJWA 3A8YA 1A5WA 1EP4A 4NCGA 2P1JA 5FPDA 3BDPA 2O8BB 1KLMA 2DPNA 2E4LA 4DMNA 1HUXA 4JI8K 1ZBUA 4CF8A 2P9IB 5IT9O 3AA5X 4YOWA 3P4IA 5KRSA 2OPPA 4FWLA 3TANA 3EYZA 5KGWA 4DV2K 3ASMA 1U04A 4CGHA 3ZCMA 5FDLA 4DQIA 4B8CA 4U67L 3ZSWA 1EETA 1VAZA 4LD0A 4HTLA 2FXUA 2JWKA 2UXBK 4FJ9A 3RRHA 1JXBA 2Z1JA 3HTVA 3K59A 1HR0K 3FR0A 3HYFA 5GAEP 3NGYA 3U9DA 5D3GA 1ILYA 5B8HA 1WSGA 4CIEA 3CJAA 3CCUN 5FPMA 1WB9A 5AQNA 4DTSA 5EXWA 3H46O 3DWLA 1V4TA 3VPZA 3D0PA 3H1VX 3QEXA 1Q86O 3RR7A 4XH4A 5C2DA 1W0HA 3SQ0A 5HP1A 3VQBA 3LDLA 1ASUA 1VSMA 3SBGA 2ZM6K 3WNEA 1BCMA 4BR5A 1ASWA 4CJSA 4CFBA 4FJ7A 2O4IA 4NLBA 3ZT3A 4DQRA 2OCEA 4Z4GA 3WQUA 4BR9A 5KRTA 2Z1HA 2EHGA 1UAXA 2W6KA 3KJVA 2ZJPL 3V1RA 1TKZA 5AQOA 3MWTA 2IOCA 3UB5A 3E9LA 3CJBA 2W6LA 3CCSN 1QZ6A 3RR8A 1IBKK 2X6NA 4E1NA 4DUYK 3NGZA 3J7ZO 3M8PA 3P38A 2D0OA 5I3UA 5E84A 4CD1A 1KVCA 3IAYA 4DQPA 4N41A 4Z4CA 2BUPA 3WXKA 3LDNA 1L3SA 2O8BA 3J7YP 2E2QA 2HMPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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