2VYPA

Rabbit-muscle g-actin in complex with myxobacterial rhizopodin
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Absolute Configuration of Rhizopodin and its Inhibition of Actin Polymerization by Dimerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
molecule tags Contractile protein
total genus 127
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2vypA03
1SZ2A 3EZWA 3QBXA 1NM1A 1DGKN 1MA9B 5BN8A 3C0BA 5BRDA 2AA4A 5E84A 5AQUA 5KQ8A 4FWQA 2Q2RA 4CZEA 2NZTA 2QWOA 4NO7A 2QXLA 1JCGA 2UYTA 4ISEA 3VEVA 4A61A 2V7YA 2Q1NA 3DJCA 5AQKA 1J6ZA 1NGIA 3ZX0A 1MWKA 4FWNA 4MO5A 3W0LA 5AFUA 4O8KA 1XC3A 3ENOA 2BUPA 1KAYA 3UKRA 3CIPA 3TPQA 3I33A 3LM9A 3MK6A 1P8ZA 2FF3B 2PBDA 3IUCA 5AQQA 1NGBA 4M7XA 4QS9A 4IJAA 3CQXA 4A2AA 4BVOA 2GWJA 4H0OA 2QWRA 5FPMA 2IVNA 1YUWA 3GOIA 3CJCA 3LM2A 3GG4A 4MLEA 1ZC6A 5BRHA 2F9WA 1ZXOA 3WEEA 4CZIA 1G99A 4Z94A 5KQDA 4H0PA 1MDUB 3WUHA 4H5NA 3AY9A 4BRQA 1HX1A 3ZX3A 2DPNA 4BRLA 3CETA 4BG8A 1ESVA 4BRCA 3BP8A 5EY4A 1NGFA 4B1ZA 2YJEA 4XEIA 3W3DA 3IMXA 4WQ5C 2VCPA 1BG3A 4EFHA 3SK3A 5BREA 5F2RA 1C0GA 4DQ8A 5LJVA 3MN9A 3BF3A 2E88A 4CD1A 3KVGA 4H03B 3O5BA 3AAQA 3VERA 4FOIA 4F9OA 4FOEA 5FPNA 4BR0A 1U2VB 4HTLA 3H3NO 4CJ7A 2J4RA 3DXKB 4O5FA 4FWKA 5BPLA 3BF1A 4BGAA 5AQIA 3WXKA 3LDQA 4BR5A 3VEWA 4CZMA 3WT0A 2FF6A 4MLHA 3UKUB 3WXJA 3MN7A 1QZ6A 3BUZB 2A41A 2ZGYA 1QHAA 4I6MB 5AQZA 1IJJA 3ZEUA 2H3GX 4IZ9A 4NB4A 3R9PA 4WQ5A 5AFUH 3H46O 3CJBA 1YAGA 3VGMA 5JMVA 4IO8A 4XH5A 4K25A 1QQMA 1Z6RA 1Y64A 1K8KB 1ATSA 3O08A 1U6ZA 3VF2A 2FSNA 1X3MA 5AQRA 1T44A 1TYQA 2P9KA 4BC4A 4BC5A 1RFQA 3A0IX 5AR0A 3QMLA 4H0TB 3A5LC 2GUPA 2CH5A 4BRKA 1BWFO 5CE3A 2CGKA 2FSKA 2FXUA 4M7YA 2E2PA 4CZLA 3ZETA 3UB5A 3FZLA 3M3ZA 3LDNA 3D2EB 5JICA 3QB0A 2P9PB 4BQLA 4AM6A 4FWMA 3VPZA 1Q18A 3LDOA 3DWLA 5AQJA 2YJFA 1JCEA 2QWNA 2P9SA 2P9LA 5AQVA 3O4WA 3M6GA 5AZJA 3GE1A 1C0FA 1XQSC 2V52B 4DHYA 3H3OB 3EKSA 3QICA 2Q0UA 2GEMA 3EN9A 3DXMA 4C23A 3EKUA 5AZIA 5AQMA 1NBWA 4WQ4A 1CZAN 2HF3A 3ENHA 3GDQA 3QBWA 2CGLA 4CBWA 2P9UB 5BR9A 4PKHA 2I7NA 2F9TA 3BEXA 1NGAA 5AQYA 2I7PA 4BGBA 1X9JA 3D7EO 5KPTA 4LC9B 4JHDA 3L4IA 1NGDA 4FWRA 4H5WA 3R6MA 2A3ZA 3VEZA 2GWKA 4BRNA 3O1WA 3SJHA 4M63C 4RWTA 4BVPA 4FSVA 3VENA 3RSEA 3S41A 1WUAA 3FFKB 1E4GT 1HPMA 2PAVA 4FPBA 1RDWX 2NRHA 4IXCA 3VF6A 4IJNA 3GBTA 5JLFA 3LL3A 3UKRB 3WXIA 3CJ7A 1ATRA 3HTVA 2ITMA 1S3XA 3EL2A 3MMVA 4DB3A 4EIAA 3LDLA 4K41A 2Q0RA 2OANA 4RCHA 4I6MA 3VGKA 4BR7A 1D4XA 3O6WA 5ADXA 2CGJA 4CBXA 3TU5A 3HM8A 4K43A 2E1YA 1BO5O 2FLOA 1S22A 4JD2A 4KBOA 3WEEB 1GLFO 1TUYA 2V51B 5AQWA 3H6EA 3U4LA 2P9IA 5F0XA 3CJ1A 1NLVA 4GNIA 3ID8A 2NLXA 1V4SA 3C7NB 3GL1A 3G25A 1E4FT 2ASOA 2HMPA 2VWBA 2P9NB 4Y0WA 2WUSA 3CJ9A 4H0VB 2W40A 3FZMA 1BU6O 4FWSA 1LCUA 3D2FA 3CJAA 4BC3A 4H5VA 3ULEA 2E2QA 3FZKA 1QQNA 4CD3A 2YHYA 4BRMA 3F9MA 2ZWHA 2E8AA 4FPAA 1HKCA 3IDHA 3U9ZA 1QZ5A 1X3NA 4CZKA 5JLHA 4H5RA 4PL7A 4FWOA 4CZGA 4EHUA 4BRGA 1NGHA 3QFPA 1GLEG 2A6AA 5KPRA 4JNEA 1RGIA 2ZF5O 5BPNA 2ZGZA 1NGGA 3R8EA 1NGEA 3SMPA 2Q36A 4BRAA 2YHWA 3L6QA 1V4TA 4PL8A 4BR2A 3ZEUB 2E20A 3B8AX 3P4IA 4H0XB 4JN4A 4H5TA 3O80A 4BR9A 3VEXA 4EAHD 5EOYA 4YDUC 1GLCG 2E1ZA 4B1YB 5LY3A 1WOQA 2BTFA 1T6CA 5E26A 5F1XA 4PKIA 2ASPA 2E2OA 3VGLA 3CQYA 3HI0A 3LDPA 1KXPA 4RTFD 1QQOA 3ATUA 2P9KB 5EVZA 5ADXH 2QWMA 2Q31A 3JS6A 3WQTA 3KHYA 3KZBA 2E2NA 5AQTA 3QDKA 2IVOA 4BRIA 4BRFA 3HZ6A 4BRHA 4MO4A 3ATVA 3HSCA 2A40A 5AQGA 4ISGA 3M1FA 3A8YA 4L3QA 3H1VX 3WQUA 2VYPA 3IFRA 4BG9A 3ZETB 1HUXA 3A5MC 2W41A 3MCPA 5AQNA 3ZX2A 2CH6A 2QW9A 3H1QA 4XH4A 3SLCA 2P9SB 1HKGA 2P9LB 4FO0A 2GELA 2QWQA 3UE5A 3MDQA 5AZJB 4YDUA 4BRDA 3CI5A 2A42A 1GLJO 1NWKA 3U9DA 2V7ZA 3J8AA 1JCFA 3A5OC 1NMDA 1GLDG 1Z05A 4JAXA 3DXMB 2QM1A 5EXWA 5AZIB 4WYBA 1U2VA 3CHWA 3MN5A 2KHOA 5BRFA 1KAZA 4J8FA 3DXKA 1EQYA 2D0OA 3FE1A 4A62A 4GY2B 4B1WB 1GLAG 3UKUA 2IVPA 3EO3A 5AQOA 5AQHA 5KPZA 1NGCA 1TUUA 4HWIA 4K42A 1BDGA 2FSJA 3AAPA 3OHRA 3A5NC 3U8XA 4JHDB 3C7NA 4B1VA 1BA0A 1SAZA 1ATNA 2D4WA 2P9NA 4CZJA 4FWLA 5AQPA 3FZFA 1KAXA 1ZBSA 2ASMA 5TKYA 3FR0A 4BROA 4CZFA 3O1BA 3RSEB 1HJOA 4XH1A 1BA1A 2YCHA 4BR4A 4FL9A 4B1UB 5BPMA 1K8KA 1DEJA 3FLCO 5I9EB 2GTDA 1BUPA 3VETA 4DCHA 4E1JA 4EHTA 4PKGA 3AARA 5AQLA 1R59O 1NGJA 2Q97A 4H0YB 3FZHA 4IWVA 2HOEA 2YHXA 3QFUA 1IG8A 5AQFA 2IIRA 2QWPA 2YI1A 5EX5A 3DAWA 1T6DA 2D0PA 5AQXA 4CI6A 5B8HA 4ISFA 3H45C 3D2EA 3VEOA 3VESA 4JD2B 2P9PA 4FWPA 1GLBG 1XUPO 2P9IB 3FGUA 4QS8A 4B1XB 1SQKA 3HBTA 5AQSA 2HF4A 4CBUA 2EWSA 5ELZA 1YVNA 4B9QA 5FPEA 1HLUA 3CERA 3MN6A 3D2FB 4WQ4C 3L0QA 3I8BA 3ULEB 2QWLA 3WXLA 4BRPA 1HKBA 3SMSA 4BREA 3JXUA 1GLLO 2AP1A 4CZHA 5FPDA 3VF4A 1BOTO 1H1VA 5LJWA 3VEYA 4BQZA 4QS7A 5BN9A 1MWMA 1YXQA 1DKGD 3VOVA 4AM7A 1TYQB 2P9UA 2A5XA 2D1KA 3O8MA 1OKJA 4BC2A 4A2BA 1LOTB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TSQA 5KRTA 5M1NA 3EZWA 3QBXA 5GAGP 1NM1A 1DGKN 1MA9B 5BN8A 3NH0A 3C0BA 1NK7A 3VTIA 5E84A 3R3LA 1HQEA 2NZTA 5DK5A 4WFNL 3K5LA 2QXLA 4YOUA 4ISEA 4A61A 3I0RA 2Q1NA 3EYZA 3AA2A 1NGIA 4MO5A 5AFUA 4A5AA 1XC3A 3ZSZA 1KAYA 2HHIA 1CZ9A 4ID1A 2PYLA 1NGBA 1VSFA 4M7XA 3T3FA 1NKCA 4OPKA 2GWJA 1TL3A 3K59A 1QVFM 4GV6A 2IVNA 3LANA 3LM2A 1JJ2M 1ZXOA 3ZT1A 3WEEA 1G99A 1TL1A 4O55A 4Z94A 1OH6A 5IT9O 3LP0A 2DPNA 4BG8A 1ESVA 3THVA 5EY4A 1GOBA 4XEIA 4WQ5C 2VCPA 4NYNA 1SKWA 1BG3A 2Y1IA 1YJ9N 3TSPA 3WNEA 3CCVN 1VSDA 5LMNK 3SI6A 4FK4A 3BF3A 4DQRA 3AO2A 3G0ZA 4YOWA 3OS1A 5CY4A 1XMQK 4O5FA 3BF1A 3M8QA 2NRZA 5AQIA 3WXKA 3LDQA 1BCOA 4BR5A 3AGKA 4CZMA 3K58A 4K8ZA 4F2RA 1MU2A 1QZ6A 3TARA 4JI7K 4ICLA 2ZGYA 4JKBA 4JI5K 1KVAA 3V9WA 1TK5A 2LSNA 4CJ4A 4IZ9A 3R9PA 3HPGA 3CCQN 1NJYA 3H08A 1YAGA 3VGMA 3V6DA 5JMVA 2F8TA 2O8FA 1J54A 1QQMA 3EE9A 1Z6RA 1Y64A 4QOZB 4CE9A 1X3MA 1TYQA 2P9KA 3A0IX 2OPPA 3ZSYA 4FJKA 1RT2A 4B8AB 4BWJA 4BRKA 3AVHA 4M7YA 4OKJA 4CZLA 4JV5K 4DLEA 4E72A 3UB5A 4DFKA 3QB0A 4CGDA 4AM6A 4CVNE 3M8SA 1HRHA 1Q18A 4DSJA 1N34K 1JCEA 4GV3A 3THWB 1T7PA 2Z1HA 3O4WA 1TGOA 3K2PA 1RT5A 1KFSA 4DHYA 1U45A 4FLYA 4KH6A 2GEMA 1IKWA 5AZIA 4H4OA 4I2QA 2W6LA 3C65A 1J5EK 4CEZA 3QBWA 2YHAA 5T7BA 1JLAA 4YFUA 4PKHA 2I7NA 3HP9A 3V1OA 4E1MA 2F9TA 4OLAA 3BEXA 1NGAA 3AO5A 4JKFA 3CCLN 2W6KA 4AH9A 1X9JA 4BGBA 3NHGA 4LC9B 1NGDA 4FWRA 2HVHA 4DV5K 3AVNA 4FSVA 2HW3A 1S1UA 4MFBA 4JYAK 4BE7B 3OYDA 3C95A 4FPBA 3ZSWA 3BZKA 3KK7A 4DR5K 3QIPA 4K8XA 3J7AP 1M90O 4I9LA 3D45A 4HUGA 3CCRN 4KI6A 3MEDA 3RMBA 3CCEN 4NXMK 5HBMA 2Q0RA 4KHQA 4I6MA 4FM0A 1WAJA 4HCCA 5ADXA 4GW6A 1IBKK 1P90A 4JD2A 3NCIA 1S22A 3QEWA 4LD0A 4N56A 3H6EA 1HNXK 2P9IA 4WF9L 5F0XA 3BDPA 1XWLA 4GNIA 5I3UA 4IFEA 2WTUA 2D0CA 2WFBA 3C7NB 3SQ1A 1WSGA 3V9ZA 5IWAK 4Y0WA 2WUSA 3FZMA 2YX6A 3VQ4A 4X62K 2X74A 4CD3A 2HBLA 3RRGA 4CJVA 1XMOK 2XY7A 2E8AA 4BE2A 2OCEA 4B3SK 1ZBUA 4OKKA 1X3NA 1NMNA 1S9GA 1B9DA 1Y97A 1NK8A 1TKDA 5KPRA 3HO1A 1RGIA 2ZF5O 1N33K 5A2QO 4DKWA 4B3OA 5GIOA 1EWRA 4M45A 4PL8A 4FW2A 4ELVA 3OA9A 4FK0A 3TAFA 2E20A 5CZ2A 3P4IA 3F73A 2KFNA 3NGIA 3PV8A 4E7KA 3OJSA 4FM1A 1FKOA 4YDUC 3CMAN 2JWKA 1WOQA 3SYZA 2BTFA 2ATQA 2VWJA 3FFIA 1TK0A 4PKIA 3CQYA 3AVMA 3LALA 4Z0UA 4LF5K 4E3SA 1LWEA 3T1AA 2QWMA 2Q31A 3WQTA 3KHYA 4KHWA 5AQTA 4E7IA 4AHRA 4CGFA 3KWGA 4IFYA 3HZ6A 4BRHA 3ATVA 4PWDA 2HHHK 2G8UA 3M1FA 4NCGA 2VYPA 1FKPA 3HRGA 2HHUA 2HNZA 4BG9A 4DLGA 4RG8A 4IBNA 3A5MC 1D9FA 2E5LK 2KLAA 3H1QA 1WAFA 3N4QA 3NFAA 2IS3A 2P9LB 3THYA 4FZXC 3J81O 3PSFA 1RDUA 2QWQA 4FLWA 3J7ZO 2G8HA 2A42A 1GLJO 1NWKA 4G1QA 3OS0A 3ALYA 1LW0A 3O9SA 2RHKA 5J1EA 4YORA 1JCFA 3MAQA 1Z05A 4JAXA 3DXMB 3T69A 1JLQA 1RBSA 4DMNA 1BQMA 2QEXN 1YVUA 4Y1DA 3EO3A 3E9OA 5KGXA 4JHDB 4CHYA 3VQ7A 4DTSA 1BA0A 1SAZA 3AVCA 4OPJA 3K0SA 3FZFA 5JS1A 4LH5A 4V19S 3FR0A 1XC9A 4CZFA 1QS4A 3CCSN 3DLGA 2YCHA 4FL9A 4DSLA 4DTOA 3AO1A 3V9UA 3FLCO 3DLRA 4DQQA 4O5BA 1KLMA 1BI4B 3IAYA 2GTDA 4EHTA 4PKGA 1VSHA 3LZIA 3ZSRA 1NGJA 4IWVA 3VTHA 2HOEA 3MEGA 5C12A 4CFCA 3ZSVA 1WSHA 1W97L 2IIRA 2BGGA 1EXQA 4DTMA 3AV9A 3VQ6A 2YI1A 4CW7B 1WBDA 2D0PA 4CI6A 4DR6K 3D2EA 3SZ2A 2P9PA 4M3ZA 1Q9XA 2KTQA 4CEBA 5CZ1A 2UUBK 3E01A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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