2VYPA

Rabbit-muscle g-actin in complex with myxobacterial rhizopodin
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Absolute Configuration of Rhizopodin and its Inhibition of Actin Polymerization by Dimerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
molecule tags Contractile protein
total genus 127
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2vypA03
1MA9B 3LDOA 1NGIA 2FSNA 2YCHA 3DXMB 3R6MA 4JD2B 3FGUA 3H3OB 3OHRA 5JLFA 2P9PB 4H0PA 2QM1A 4PKGA 2QWLA 3SMPA 3G25A 1IJJA 3UKUB 1V4TA 1E4GT 5BPMA 1ESVA 1DGKN 3JXUA 3VEWA 2E88A 5BRFA 5EVZA 3QDKA 2YJEA 1XC3A 5E84A 1KAZA 3VEZA 3EN9A 3L4IA 4FWPA 1BO5O 1Y64A 2Q31A 5AQSA 3CQXA 2IVNA 4B1XB 5BREA 1S22A 3DAWA 3EKSA 2V7YA 5F2RA 4H5WA 2GELA 1G99A 2HF4A 3F9MA 3CJ1A 3CJAA 2ASMA 4FWLA 2FSJA 5FPMA 2QWPA 5AQNA 1E4FT 4CZHA 4IWVA 4FWNA 5KPRA 3O08A 4BRDA 4DQ8A 3MN5A 4BRCA 4BRPA 4H5RA 2HF3A 2D1KA 3CETA 2I7PA 4NO7A 4H0TB 1IG8A 1NLVA 1HJOA 3O6WA 3CJ9A 1TUYA 2ZF5O 5EOYA 1GLEG 1XUPO 4BC3A 3S41A 3W0LA 1HUXA 4BC2A 3CJBA 2A5XA 5LJVA 4GNIA 3VEOA 2E2NA 3LDLA 5I9EB 5AQWA 2GUPA 3CJ7A 3QB0A 1GLLO 2I7NA 5AQTA 2AP1A 4FWMA 4H03B 5AQGA 5AQLA 3D2EA 3FLCO 4JHDA 1HKBA 2QWQA 4YDUA 3A5OC 3CERA 3ENOA 1C0FA 4Y0WA 4RWTA 3IUCA 4MLEA 3AAQA 2YJFA 5ADXA 3UE5A 2UYTA 1JCEA 4FL9A 1YAGA 2P9IA 4FWSA 3VESA 5AQZA 1YUWA 4DCHA 2A41A 1ATRA 2P9NB 3U9DA 4KBOA 4ISEA 4FSVA 2FXUA 1WOQA 2YI1A 5LY3A 4IJAA 4CZLA 3ATUA 3FZHA 3FZMA 3VF6A 3CIPA 5JLHA 4CZKA 4HWIA 5CE3A 3FE1A 1K8KA 2P9NA 4J8FA 5AZIA 2GTDA 3MN9A 3WXIA 1BA1A 2FLOA 5AQXA 4GY2B 3VPZA 1KXPA 3EZWA 3SLCA 3MK6A 5AZJA 1MWKA 1YXQA 1QZ5A 1BU6O 2QWMA 2F9WA 4BR0A 5AR0A 3H3NO 3O5BA 4XH4A 2FF3B 1Z6RA 4ISFA 2YHXA 4BGAA 4CBWA 5FPEA 2EWSA 3EKUA 3RSEA 4RCHA 3R9PA 3L0QA 1U2VB 1QZ6A 1WUAA 2VWBA 4CZJA 5AQYA 4E1JA 3WUHA 1BDGA 2FF6A 3DWLA 5AQOA 3U4LA 1NGEA 4BC4A 4BR5A 4EHUA 5AQJA 3GBTA 3I8BA 2W41A 3VEYA 3DXMA 4JD2A 1P8ZA 1T44A 5ELZA 4K43A 4CZIA 2ASPA 2OANA 2P9PA 1ZBSA 2FSKA 2Q97A 3HI0A 2P9KB 3VGMA 4WQ4A 2CH5A 2V52B 3VGLA 4H5NA 4H0XB 3MCPA 3UKUA 1ATNA 2D0OA 3BF1A 1X3NA 2V51B 2E2PA 1NGAA 2HMPA 3BP8A 3GE1A 3VEVA 3M6GA 2GEMA 1ATSA 3UB5A 4O5FA 4Z94A 5AQRA 3TU5A 1QQNA 1BWFO 3BUZB 2CGJA 4DB3A 3GOIA 3H46O 4BRFA 4WYBA 3FZKA 3MN7A 5AQKA 4PKIA 5AFUA 2P9LB 1JCGA 4BRMA 1CZAN 3SMSA 4M7XA 4BC5A 2A42A 4WQ4C 3A8YA 5AQMA 1H1VA 2ASOA 5TKYA 1HKCA 4CZGA 4A61A 4BG9A 4BRAA 3QFPA 5AFUH 3A5NC 2J4RA 1RDWX 1RGIA 1SQKA 3C0BA 2P9LA 3UKRB 3LM9A 5AQVA 4AM6A 1X3MA 2W40A 4XEIA 2D4WA 3J8AA 4IJNA 3HBTA 3O1WA 3IMXA 3I33A 1NM1A 1LCUA 4BRNA 1GLBG 1KAXA 2Q36A 3B8AX 4FPAA 3BEXA 3ZETB 1NGBA 3BF3A 3LDPA 4QS8A 4BRIA 3HM8A 4BG8A 5KPTA 1NGHA 3FFKB 3M1FA 4MO5A 1HPMA 3MDQA 4A62A 2CH6A 3MMVA 5FPDA 1R59O 3LDQA 4XH1A 2Q1NA 4CJ7A 4BRGA 5BR9A 1NBWA 5EY4A 2ITMA 4CI6A 2F9TA 3H1QA 5AQFA 3C7NB 3A0IX 2DPNA 1NGCA 4DHYA 3LDNA 3ZETA 3ZEUB 5F1XA 3GG4A 3M3ZA 3W3DA 1XQSC 4ISGA 5AQPA 4B1UB 2KHOA 2AA4A 2NLXA 2BTFA 3DXKB 1QHAA 4O8KA 1NMDA 1SZ2A 3FZLA 3CI5A 4LC9B 4BR2A 4EAHD 2P9UB 1S3XA 1GLJO 2Q0UA 3C7NA 4FWQA 3ULEB 4H0VB 3ZEUA 2QWRA 3KZBA 2ZWHA 3D7EO 3VF4A 3EO3A 3WXLA 4BRHA 5BPNA 3DXKA 1KAYA 1U6ZA 1EQYA 4BQLA 1NGJA 3FZFA 2P9UA 3WXJA 3ZX2A 3WQTA 3QICA 4CZFA 4QS9A 4FOEA 2ZGYA 5KQ8A 5KQDA 2CGLA 4C23A 3WQUA 4QS7A 2HOEA 1NWKA 3HZ6A 1X9JA 4RTFD 1C0GA 3QFUA 3QBWA 2H3GX 1GLCG 2NZTA 5BRDA 4MO4A 1TUUA 2YHYA 5FPNA 2QXLA 1U2VA 3KVGA 4K25A 1BOTO 2BUPA 2E20A 3LM2A 4MLHA 4L3QA 4A2BA 4IXCA 3LL3A 3CQYA 2E8AA 4IO8A 2IIRA 4A2AA 4CD3A 3AARA 5BN9A 3GDQA 3HSCA 3WXKA 2E2QA 3ENHA 4B1YB 5B8HA 2E1ZA 5E26A 4EIAA 3ZX3A 1ZC6A 2P9KA 2IVOA 5EX5A 4BVOA 1DEJA 4B1ZA 5BRHA 1TYQB 3IDHA 4FPBA 4BRLA 4PKHA 4I6MB 1NGFA 2Q0RA 2V7ZA 2GWKA 4FOIA 4IZ9A 2PAVA 2A40A 4AM7A 4BRKA 3HTVA 2P9SB 1GLFO 4WQ5A 1D4XA 4FWOA 3R8EA 3VETA 4BRQA 1TYQA 4EHTA 5BN8A 4B1VA 4CZEA 2VYPA 3P4IA 4K41A 3ID8A 3SJHA 3AY9A 4B9QA 3ATVA 4I6MA 3GL1A 1RFQA 2PBDA 2QWOA 5JMVA 1NGGA 1JCFA 2P9SA 5JICA 3AAPA 3D2EB 3SK3A 3UKRA 3VF2A 3KHYA 2IVPA 5LJWA 2A6AA 3U9ZA 1HKGA 3VEXA 1J6ZA 4JHDB 3QMLA 4BQZA 4CZMA 4K42A 2QWNA 2QW9A 3U8XA 2E2OA 3CJCA 5AQIA 3ZX0A 2Q2RA 4WQ5C 3O1BA 3A5MC 4CBXA 3IFRA 4PL7A 4H0YB 2A3ZA 2P9IB 1SAZA 4CD1A 3VENA 1NGDA 1BG3A 4JN4A 2E1YA 4FWKA 3O4WA 4PL8A 3EL2A 4EFHA 4BROA 1GLDG 1LOTB 4M7YA 3D2FB 1HX1A 3VERA 1GLAG 3MN6A 4BR7A 1ZXOA 5AQQA 4B1WB 3WEEB 1Q18A 5KPZA 1OKJA 4NB4A 5BPLA 4JNEA 1MWMA 3JS6A 4HTLA 5F0XA 3TPQA 1K8KB 3WT0A 3H6EA 1HLUA 4F9OA 1T6CA 1BUPA 3H45C 3A5LC 5AZIB 1DKGD 4FWRA 4BR9A 5ADXH 4H5VA 5AQHA 1BA0A 3D2FA 3DJCA 5AZJB 4M63C 2YHWA 4BGBA 4BR4A 3WEEA 2D0PA 2ZGZA 5AQUA 2VCPA 2NRHA 4YDUC 2WUSA 3O80A 1Z05A 2CGKA 3VOVA 4H5TA 3RSEB 3ULEA 4BVPA 4FO0A 3L6QA 1QQMA 4CBUA 1V4SA 4BREA 3QBXA 2GWJA 3FR0A 4JAXA 1MDUB 4XH5A 3H1VX 1YVNA 4H0OA 1QQOA 5EXWA 3CHWA 3O8MA 3VGKA 1T6DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Y1JA 3VQ4A 3MEEA 1KCFA 3HSTB 3KKRA 1LWEA 4JS5A 3ZSOA 3G25A 4FJJA 3J7AP 3VA0A 1V4TA 1ESVA 1U47A 3BZCA 4CJ5A 3VQ6A 1JJ2M 1XC3A 5EU7A 3WNEA 1EKEA 3MWPA 3EN9A 4JK9A 1BO5O 3SQ2A 1YITN 1S22A 3DAWA 5F2RA 5GADP 2GELA 3B6PA 3P31A 2ZE2A 2E4LA 3F9MA 1S9EA 3BDPA 4RW6A 5I42A 2QWPA 2UXBK 1E4FT 4CZHA 3OYKA 5KPRA 4FCYA 5J2QA 2QKKA 4E7JA 3S5TA 4CGGA 2D1KA 4ELVA 3O6WA 1OVYA 2OA8A 3SZ2A 5EOYA 2PY5A 1XHXA 4NYNA 3P39A 3QLHA 1IKXA 4BC2A 5HROA 1VQPN 1FK9A 3OYDA 1ZBHA 2E2NA 5I9EB 3SYZA 4KB0A 2O4GA 1D8YA 4JKGB 2O8FB 2NRRA 3LP3A 3CJ7A 1O13A 4FW1A 1D5AA 4AHRA 1HNXK 2HBLA 5AQTA 5AQGA 1EXQA 3KKSA 3FLCO 1Q9YA 4JHDA 1JXEA 3LDSA 4DV1K 2F4VK 1C1AA 4Y0WA 1C0FA 3AVMA 4ID5A 4CESA 2XRIA 2BGGA 3DOLA 1TK8A 3AVBA 5ADXA 2UUAK 4FVMA 1JCEA 1BL3A 2P9IA 4DCHA 2A41A 4DSIA 3RVCA 3OS0A 3U9DA 3PV8A 2E6LA 2YI1A 2JGUA 1VSMA 1XWLA 4FJLA 3K9JA 4CJEA 3CIPA 3MX5A 5CE3A 1A5VA 3G71N 1K8KA 3MN9A 2FLOA 1T7PA 1ILYA 4DMNA 5AZJA 1YXQA 1TK5A 3FFIA 1WAJA 1KFDA 1BU6O 5AR0A 3RRHA 3SUOA 3H3NO 2KZMA 3ZYYX 4ISFA 1NOZA 1JLBA 4BGAA 4WFAL 4KKOA 3EKUA 2HSTA 2GBZA 2G8HA 3SUPA 3L8BA 4XJXA 1WUAA 4DSJA 2GV9A 4CZJA 4WFNL 3KD5E 4B3OA 1YF5L 3F5TA 4GMJB 2W6KA 1L3SA 4HTUA 4CHZA 2VGNA 1X9SA 5AQOA 2ZJPL 3THVA 4BC4A 5AQJA 2I5JA 3I8BA 1EO1A 1TK0A 1NK0A 2IS3A 4NXNK 2OANA 1HNZK 2FSKA 1A5WA 1QVFM 3CCRN 1Q7YO 5M1NA 4C8MA 2HHWA 2V52B 4CCHA 4H5NA 4H0XB 1VAZA 4IOXA 4DUZK 2V51B 1D9FA 3LWLA 3GE1A 3LAMA 3VEVA 3BP8A 2GEMA 1BGXT 3AVLA 1UA1A 4JS4A 3HOTA 1LAWA 2ITGA 1HJRA 4PUOA 3VQPA 3AGKA 1RDDA 1JCGA 2VG7A 4BRMA 2P5GA 1JL1A 1VQ6N 1JXBA 4WQ4C 3A8YA 3AVAA 1SL0A 3CD6N 4KRFA 1VQ8N 4BRAA 1L3UA 4DFMA 1ITGA 3VQBA 1C1BA 4HUFA 1RGIA 3HVTA 1TKTA 3EEQA 3OBWA 1VQNN 1KSPA 4NCBA 3ZCMA 3LM9A 3CM6A 3O9RA 5GAEP 1SL2A 3MEGA 1W7AA 4ILJA 4JI8K 3HBTA 4A5BA 1Q86O 3PLAA 1TGOA 1NM1A 1Q9XA 2QTDA 4DR3K 1HMVA 3T69A 1CXQA 4FPAA 1WSIA 1TL3A 4E1NA 3ZETB 3BF3A 4CHNA 3AO2A 2YNIA 3CM5A 4BG8A 3M1FA 4A62A 1HPMA 2CH6A 3MMVA 2O8FA 3DLEA 2O8CB 4CEAA 4XH1A 1TV6A 2Z1HA 2HHTA 3A0IX 1NGCA 4DHYA 1RT5A 3LANA 3ZT2A 4CEZA 1IH7A 4JI0K 3QEXA 3GG4A 1LW2A 1KLMA 3W3DA 5C10A 5M1OA 4ISGA 2KHOA 4W5OA 4I9QA 3HYFA 4Z4CA 2KKZA 1S3XA 4CJVA 1W9HA 3ZLJA 3ZEUA 4MQ3A 4X66K 2QWRA 3D7EO 4WFBL 1NKBA 3VF4A 3EO3A 4B9SA 3DXKA 1KAYA 1FKOA 3KIOA 3BY5A 3FZFA 4Q0BA 3ITHA 2P9UA 3IG1A 2JLEA 3WXJA 3WQTA 4CEEA 5C15A 3A2FA 1I94K 4CZFA 3TSPA 1B92A 4FOEA 2ZGYA 4DSKA 3WQUA 1HQEA 4JKFA 1UAXA 2HOEA 1X9JA 3QFUA 3S3NA 1TUUA 1NJIO 5DK5A 3RR7A 5FPNA 2QXLA 1L5UA 3KVGA 1HYSA 5C25A 4E7HA 2XY6A 4IXCA 3OYAA 3LL3A 3CQYA 3OJUA 2HMIA 3SV4A 3AO5A 2QK9A 3AARA 2G8KA 1ASVA 2FBXA 3WXKA 3V4IA 3TI0A 3HM9A 1BCMA 2E1ZA 4CHYA 1ZC6A 4DU3A 1DT9A 4FM2A 2IVOA 2YHBA 4BVOA 4C1NI 3BGRA 2YHAA 4FVUA 3CFRA 4FPBA 3OA9A 3O4NA 3TAGA 3PX6A 4AM7A 4WF9L 1NK9A 1RT7A 2KW4A 3WNGA 4ELUA 1UWBA 4FWOA 3R8EA 5BN8A 4CZEA 3P4IA 4C8NA 2GUIA 3NCIA 2F96A 1RFQA 4IOCL 4DR7K 1XMQK 3C95A 2P9SA 4KHQA 1NMNA 4CGFA 5LJWA 1N5YA 3VEXA 5JS1A 3DRRA 3ULDA 4K42A 1QS4A 5J2NA 4OO1J 2D5RA 2XY5A 3I56N 2DFEA 3RTVA 3DOKA 3SV3A 4CD1A 4JI3K 3V1OA 1BG3A 4JN4A 4LFCK 3J80O 1TKDA 4LF8K 4PL8A 4Z4IA 3NGIA 3AVGA 2XY7A 4EFHA 2HVIA 1LOTB 5HOOA 3VERA 3MAQA 4U67L 4C8OA 4W5RA 3WEEB 5KPZA 1NJXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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