2VYPA

Rabbit-muscle g-actin in complex with myxobacterial rhizopodin
Total Genus 127
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS1 (8-12)TVIII2 (69-72)AH1 (55-61)TI1 (13-16)TVIII1 (27-30)S2 (16-21)TII1 (21-24)S3 (29-32)S4 (35-37)O1 (32-34)TIV1 (37-52)S5 (53-54)3H1 (62-64)AH4 (137-145)3H2 (98-100)S6 (66-68)S7 (71-72)TIV3 (76-79)TIV2 (71-74)AH2 (79-93)S8 (75-76)TI8 (352-355)3H7 (350-352)S9 (103-107)AH3 (113-126)AH12 (337-348)TII2 (108-111)AH9 (274-284)TIV4 (129-132)S10 (131-136)TIV5 (165-168)S11 (150-155)TI2 (156-159)3H4 (264-267)S12 (160-166)3H3 (172-174)S13 (169-170)S15 (238-241)S14 (176-178)O2 (178-180)AH5 (182-195)TI3 (234-237)AH7 (223-232)AH10 (290-295)AH6 (203-216)TVIII3 (220-223)TI4 (242-245)S16 (247-250)AH8 (252-262)3H5 (287-289)AH11 (309-320)S17 (297-300)3H6 (302-304)TII3 (306-309)S18 (329-330)TI5 (322-325)TI6 (332-335)TI7 (334-337)S19 (357-358)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Contractile protein
publication title The Absolute Configuration of Rhizopodin and its Inhibition of Actin Polymerization by Dimerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 127
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2vypA03
3EKSA 5F2RA 3D2FA 3UKUA 1NGJA 3O08A 5AQUA 4BRNA 4J8FA 3GOIA 4CBWA 4BR4A 5B8HA 3C7NA 3LDNA 4IJAA 3VGMA 1T6DA 2ZWHA 1ZXOA 5AQLA 4H03B 2YJEA 2GWKA 2ASOA 5AQQA 5BRFA 1MWMA 2NRHA 4WQ5C 1OKJA 2VCPA 5FPNA 2F9TA 3GL1A 1BOTO 3W3DA 3HI0A 1T44A 3U8XA 5AFUA 3CQXA 4BQZA 5JLFA 2GUPA 2IVNA 3VEXA 3O80A 4IO8A 2E88A 2YHWA 5TKYA 2GEMA 5BPNA 3QBXA 4WQ4A 1TUUA 3FZKA 1XC3A 4BRPA 5E84A 1RGIA 4B1UB 3MMVA 4BRFA 5JICA 4PKHA 4BR2A 3EN9A 4H5VA 3TPQA 4A61A 2J4RA 3WXLA 4BRAA 3SMPA 4BVOA 1RFQA 5AQPA 4Z94A 4JNEA 4FWLA 1BWFO 3BEXA 1Q18A 3FGUA 3ENHA 1NGHA 3CERA 4CZGA 3GDQA 3O5BA 3WT0A 3MN7A 1HPMA 1E4GT 2QM1A 4H0TB 3H45C 4BC3A 4BVPA 4CZFA 1GLLO 3VEZA 4DB3A 5BN8A 5E26A 3D7EO 3A5LC 5AQGA 5KPZA 2VYPA 4CZJA 2V7ZA 1LCUA 2WUSA 4K43A 2P9IB 3HM8A 1E4FT 4K42A 4XEIA 3H3OB 3M6GA 5AQKA 4K25A 4H0OA 5BR9A 5FPMA 4H5TA 5AQXA 5EVZA 3SMSA 5AQWA 3VETA 4FWNA 4CJ7A 2P9IA 5AQZA 2A41A 4L3QA 3M3ZA 1GLAG 5KPRA 4BGAA 4BR9A 4ISGA 1KAXA 3DJCA 3CJBA 2E2NA 5LJVA 4RCHA 3LDOA 5LJWA 4BC4A 5AR0A 3SJHA 3GBTA 4JD2B 5KQDA 2CGJA 3JS6A 1GLCG 2QWNA 3VEYA 3IFRA 1NGFA 1NGCA 1Z05A 2FSKA 1KAZA 3AY9A 3F9MA 3I33A 2CGLA 1BA1A 4NO7A 2Q31A 2QW9A 4XH1A 3B8AX 4CZIA 5AQOA 1SZ2A 3KZBA 3GE1A 4FOIA 2ZF5O 4XH4A 4NB4A 3R8EA 3WXKA 4BG8A 4JD2A 1MWKA 1ATNA 1XQSC 4BRLA 1DEJA 1U2VA 4GY2B 2GWJA 4WYBA 3O1BA 1YAGA 4CBUA 1YUWA 2YHYA 2ZGZA 2PBDA 1ZC6A 3ATVA 3W0LA 3LDPA 4BC2A 3VGKA 5F1XA 1HUXA 4KBOA 2BUPA 5I9EB 5JMVA 2QWQA 3GG4A 3L6QA 4O8KA 5AQSA 1WUAA 2FF6A 4I6MB 3ENOA 4IXCA 4FWRA 3FZHA 3CQYA 5AFUH 4FL9A 4K41A 3ZX3A 2A3ZA 3VF4A 4GNIA 4I6MA 4MO4A 4QS8A 4AM6A 4LC9B 3KVGA 4DHYA 2Q2RA 2YHXA 1JCFA 4CZEA 2E1ZA 2ITMA 3VGLA 4BRIA 5KPTA 1TYQB 2HOEA 2FXUA 1GLDG 4IZ9A 1BDGA 2PAVA 3KHYA 2VWBA 4FWPA 4EHTA 4JAXA 4FOEA 4H0VB 1NWKA 5EOYA 2FLOA 3ATUA 4FPAA 3I8BA 5ELZA 1NGBA 3ZX0A 4BGBA 1EQYA 1KAYA 4O5FA 3IMXA 3L0QA 1TYQA 3FR0A 4H0XB 3VOVA 1T6CA 1X3MA 4CD3A 4AM7A 1C0GA 2QWRA 2UYTA 3RSEB 1GLFO 4PL8A 2V51B 4M63C 5AQRA 1NGIA 3CETA 3D2EB 3R6MA 3VF2A 4BROA 4BRCA 3ID8A 1BG3A 4E1JA 4RWTA 5EX5A 2Q1NA 4H5RA 3UKRB 3RSEA 1HJOA 2DPNA 3QFUA 3S41A 1SAZA 3D2EA 3CIPA 2IVPA 3IDHA 2A40A 1BO5O 2V7YA 1ESVA 4FWQA 4BR5A 3FLCO 1R59O 3VERA 3C0BA 1NLVA 3IUCA 2QWLA 3DAWA 1RDWX 4EIAA 2P9SB 3UKRA 2FSNA 1IG8A 3VENA 1J6ZA 1NGDA 1H1VA 4B1XB 3BUZB 3WUHA 4B1ZA 3BF3A 4CD1A 3O6WA 3MDQA 2QWPA 2P9SA 2QXLA 3QMLA 4BRDA 4MLHA 1ATSA 3AARA 4PL7A 3BP8A 3DXMB 3MN6A 4BRGA 2D0OA 2CH6A 1X3NA 3MN5A 1U2VB 3QICA 2E2QA 1DGKN 1HLUA 3LDQA 2YI1A 4FO0A 3MN9A 5FPEA 1YXQA 5AZJA 3EO3A 3UB5A 1C0FA 1S22A 2W41A 3DXMA 2E2PA 2IIRA 3VESA 5AZIB 4BC5A 4A62A 3ZX2A 3SLCA 2E1YA 2Q36A 3A0IX 4IJNA 1V4TA 2GELA 4H0YB 3H1QA 3HTVA 5AQHA 1G99A 5AQVA 1GLEG 2NLXA 3ULEA 1XUPO 2EWSA 5AZIA 3U9ZA 4EAHD 4H0PA 1S3XA 5BPLA 2P9LB 3A5NC 2H3GX 4XH5A 5JLHA 4CI6A 3LL3A 1NGGA 3AAPA 2A5XA 2P9LA 3U9DA 1JCGA 4YDUC 2CGKA 4PKIA 5AQYA 5KQ8A 2HF4A 1ATRA 2D0PA 3O1WA 3EZWA 4BRMA 2F9WA 4IWVA 4HWIA 1QZ5A 4WQ5A 3M1FA 4F9OA 4JN4A 2Q0RA 3CJ1A 3A5MC 3CI5A 3HSCA 4JHDB 5BRDA 2P9PB 5ADXA 4FSVA 2NZTA 2FF3B 3QFPA 4BREA 3TU5A 3QBWA 3H1VX 2E20A 4BRHA 1MA9B 5CE3A 4RTFD 4JHDA 4CZKA 3O8MA 3CJ9A 4FWOA 2P9PA 3DWLA 2QWMA 2YCHA 2Q97A 1QQOA 2E2OA 4ISFA 4MO5A 3U4LA 3CJAA 4A2BA 4FWKA 5F0XA 2W40A 5EY4A 1BUPA 3H3NO 4Y0WA 4CZMA 1JCEA 1QZ6A 3VPZA 2BTFA 2AA4A 4FWSA 1YVNA 1NGAA 3G25A 3LM9A 1Y64A 2IVOA 3EL2A 2HF3A 3H6EA 3VF6A 5AQJA 4WQ4C 1GLBG 2ASPA 4B1YB 5BRHA 4PKGA 3WXIA 2HMPA 3LM2A 1NM1A 3L4IA 1K8KB 3FE1A 3CJCA 1HX1A 3CHWA 5FPDA 1NMDA 3EKUA 2D1KA 3A8YA 5AQTA 1K8KA 3WEEB 4HTLA 1BA0A 2AP1A 3WQTA 3CJ7A 3VEOA 5BREA 2P9UB 2D4WA 5AQMA 5LY3A 1CZAN 3FFKB 3FZLA 4H5NA 1LOTB 3J8AA 3WEEA 1NGEA 3MK6A 4CZHA 3OHRA 4EFHA 4QS7A 3R9PA 2E8AA 2GTDA 5AZJB 2P9UA 4BR7A 2A6AA 1Z6RA 1P8ZA 2I7PA 4M7XA 4H5WA 4B1VA 1BU6O 2KHOA 3WXJA 1NBWA 5BPMA 3VEVA 3FZFA 3FZMA 3A5OC 2I7NA 1V4SA 2CH5A 3SK3A 4BR0A 4BRQA 4BQLA 4QS9A 4FWMA 3ULEB 1DKGD 4CZLA 1QQNA 3DXKB 4B9QA 3HZ6A 3VEWA 2A42A 2OANA 3O4WA 1WOQA 4A2AA 1HKCA 2FSJA 5AQIA 2Q0UA 4ISEA 1QHAA 1SQKA 3DXKA 1MDUB 1IJJA 3HBTA 1U6ZA 3H46O 3ZEUB 2P9NB 2P9KB 2QWOA 2ZGYA 5AQNA 3WQUA 4B1WB 2V52B 3MCPA 4BG9A 4EHUA 1D4XA 4MLEA 3JXUA 5EXWA 1HKGA 3ZETB 1GLJO 1TUYA 1HKBA 2YJFA 1KXPA 3QDKA 4CBXA 3ZEUA 1X9JA 3P4IA 5AQFA 3QB0A 3AAQA 2P9NA 2P9KA 4C23A 4BRKA 4DQ8A 4YDUA 4DCHA 3D2FB 3UKUB 3LDLA 2ASMA 4FPBA 5ADXH 3UE5A 4M7YA 3ZETA 1ZBSA 3BF1A 3C7NB 1QQMA 5BN9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F2RA 1RT7A 4DTJA 4IFVA 1J54A 5AQUA 2JWKA 4BRNA 3L3VA 1IKXA 4CBWA 4KHQA 3HJFA 3VGMA 4DG1A 1T6DA 2ZWHA 4H8KA 5AQLA 1VSDA 1JLGA 5FROA 4DFKA 2GWKA 3TWHA 5AQQA 4ILGB 3S3OA 4CK3A 2F9TA 3QEWA 4LF8K 2VG7A 3T69A 1HYVA 4CJWA 1QTMA 2YHAA 3VTHA 2KZMA 1LWCA 3KK2A 4AILC 3OYJA 4WQ4A 4CHQA 3FZKA 1Q8IA 3NF7A 1KVAA 1RGIA 3K5LA 5JICA 1LW2A 3EN9A 2J4RA 2GV9A 4BVOA 3PX4A 3KWGA 1BWFO 3N4QA 3OYFA 2X78A 4W5RA 1WAJA 3WT0A 1SL0A 4BC3A 1E4GT 2QM1A 3H45C 5CY4A 4BVPA 4DTSA 3VEZA 5E26A 3CFPA 3THXB 5AQGA 5KPZA 2VYPA 3ZSOA 4K42A 3QERA 2O8FA 3QEXA 1KFDA 4H0OA 4Z4FA 5EVZA 4JI2K 3SJJA 3VQAA 4FWNA 2P9IA 4L3QA 3M3ZA 2WBNA 1VSHA 2YV0X 5AJ3K 5KPRA 2XY7A 4B9TA 4BGAA 1KAXA 4DS4A 2E2NA 2WONA 5LJVA 3EEQA 1QHTA 2D0BA 1R0AA 1YT3A 3OS0A 4BC4A 3OYBA 3RMBA 3NGYA 3GBTA 3ZSYA 4DR4K 4CERA 2QWNA 1Z05A 2XRIA 3QESA 1OH6A 2O4GA 1EP4A 3V4IA 4LFAK 4XH4A 4WFNL 2ZF5O 4CF1A 4NB4A 3AA3A 1VQ5N 3AV9A 1DEJA 1KLMA 5MLCQ 4AHUA 3TANA 3K57A 3T19A 4KH5A 4CEQA 1NK6A 5E41A 3V1QA 3SUNA 2GWJA 3O1BA 4Z4IA 3O9SA 3EE9A 3K5OA 3J7YP 1NK9A 1ZC6A 2FBVA 4EP4A 5C10A 4KHSA 2Y1JA 5JMVA 1E3MA 4G1QA 4DSEA 3L6QA 3HVRA 1WSIA 1N34K 4M3ZA 3AO5A 3CQYA 5AFUH 4CEAA 4K41A 3NCIA 2A3ZA 3V6DA 2Y1IA 1VSMA 3VF4A 4EP5A 4I6MA 5DMRA 1BCOA 1DTQA 3KVGA 2OTJN 2YKMA 2HBMA 3PY8A 3P1GA 2WC9A 5CZ1A 2KW4A 4RG8A 4CZEA 4PHTX 2E1ZA 5KPTA 2O8DA 2PAVA 2HBKA 3HYFA 1QSSA 2VWBA 4CK2A 5EOYA 1NWKA 3NBPA 1J5OA 1BQNA 4QCLA 1KC8O 1KAYA 2OZSA 4CF0A 3KD5E 4H0XB 5C25A 1U48A 1NOZA 4W5QA 1C0GA 2QWRA 3RSEB 3VQ9A 5IT9O 1GLFO 1NGIA 4FK4A 1UA1A 4BRCA 3CQ8A 3ID8A 4DTMA 3V1RA 4RWTA 1Q82O 3LP2A 3V9ZA 2Q1NA 3DOKA 3QFUA 1RT2A 4IBNA 4ZTJA 3D2EA 2IVPA 4BR5A 1ASUA 3SQ1A 4KRFA 3THWA 3IUCA 2OTLN 5KI6A 1Q86O 2UXCK 4OPAA 4OKEA 3RWUA 4OLBA 2ZQBA 3WUHA 4MDAA 3BF3A 3MDQA 2QXLA 4FLUA 2B4JA 3SPYA 3NH0A 1N32K 1BI4B 3DXMB 3DLEA 1NJXA 4Z0UA 3THYA 1XHZA 1U2VB 1QE1A 5FPEA 1YJNN 4JI5K 2O8BB 4DF8A 5LL6Z 3VESA 4BC5A 4BWMA 3SLCA 3AVKA 3WNGA 2Q36A 4RW8A 4M3XA 2GELA 3HTVA 1XMQK 1G99A 1G15A 4AHTA 1W0HA 3QNNA 1GLEG 2NLXA 3B6PA 4J2AA 4FJ5A 3G6EN 5BPLA 1LWEA 2P9LB 1NMNA 3OS2A 4C1NI 3TSQA 1OVYA 4M3WA 4O0JA 2CGKA 1CXQA 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1KRPA 4DV1K 3NMUA 1RBSA 3DXKA 1IJJA 2P9KB 2QWOA 5C2FA 3DLGA 4FLTA 4B1WB 5C2DA 3MCPA 3RMCA 1S1TA 3VQDA 5EXWA 4B9UA 3ZETB 1N5YA 3OYLA 1RNHA 2YHBA 2YJFA 1BGXT 4CBXA 3CMEN 3HOTA 3HO1A 4C23A 3NH2A 4A59A 4BWJA 2X6NA 4F2RA 4HCBA 4CHOA 3C6TA 3D2FA 4GVMA 3E9LA 4J8FA 2G8VA 3GOIA 2PFUA 5B8HA 1Q7YO 4OGCA 4CJFA 4IJAA 4BDPA 4Z4GA 3PO4A 1MWMA 2NRHA 1K9MO 1SV5A 4DFPA 1L3TA 1OKJA 5H1SQ 4RW6A 3GL1A 2QA4N 4BECA 2P51A 3L2VA 1T44A 4LD0A 3C6HA 3CQXA 4BQZA 5JLFA 4B3SK 2RPIA 3AO4A 4JK8A 5HRNA 4Z4EA 3VEXA 1J5EK 1MU2A 3HPOA 4I9QA 2OZMA 1VRTA 4CFBA 4A57A 1X9WA 3CFOA 5E84A 4B1UB 4BR2A 4N5SA 3PX0A 1S1VA 4BRAA 3SMPA 4GKKK 1RFQA 4BDZA 4Z94A 4XJXA 4JNEA 4CESA 3FGUA 1XNRK 3ENHA 3M8SA 3GDQA 3MXJA 2YNHA 4ICLA 4CZFA 4H0TB 2F4VK 2XY5A 1A5XA 4JKHA 3TTCA 1K8AO 4GMJB 3UIQA 4IDHA 1IBLK 3P5JA 4H4MA 3ID6A 3SUQA 3M6GA 4CGHA 1BHLA 3QIPA 3KK3A 1T3VA 5FPMA 4DR1K 3SMSA 5AQWA 1WBBA 3VETA 2NRTA 5AQZA 1GLAG 2YNGA 4BR9A 3SQ2A 1TL1A 4FCYA 3V9UA 3ENBA 3AVLA 3A2FA 5LJWA 1S5JA 3SYZA 1S9EA 2UUCK 3TTFA 4B8AB 3SJHA 3MEEA 4JD2B 2CGJA 3VEYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5F2R A;  1RT7 A;  4DTJ A;  4IFV A;  1J54 A;  5AQU A;  2JWK A;  4BRN A;  3L3V A;  1IKX A;  4CBW A;  4KHQ A;  3HJF A;  3VGM A;  4DG1 A;  1T6D A;  2ZWH A;  4H8K A;  5AQL A;  1VSD A;  1JLG A;  5FRO A;  4DFK A;  2GWK A;  3TWH A;  5AQQ A;  4ILG B;  3S3O A;  4CK3 A;  2F9T A;  3QEW A;  4LF8 K;  2VG7 A;  3T69 A;  1HYV A;  4CJW A;  1QTM A;  2YHA A;  3VTH A;  2KZM A;  1LWC A;  3KK2 A;  4AIL C;  3OYJ A;  4WQ4 A;  4CHQ A;  3FZK A;  1Q8I A;  3NF7 A;  1KVA A;  1RGI A;  3K5L A;  5JIC A;  1LW2 A;  3EN9 A;  2J4R A;  2GV9 A;  4BVO A;  3PX4 A;  3KWG A;  1BWF O;  3N4Q A;  3OYF A;  2X78 A;  4W5R A;  1WAJ A;  3WT0 A;  1SL0 A;  4BC3 A;  1E4G T;  2QM1 A;  3H45 C;  5CY4 A;  4BVP A;  4DTS A;  3VEZ A;  5E26 A;  3CFP A;  3THX B;  5AQG A;  5KPZ A;  2VYP A;  3ZSO A;  4K42 A;  3QER A;  2O8F A;  3QEX A;  1KFD A;  4H0O A;  4Z4F A;  5EVZ A;  4JI2 K;  3SJJ A;  3VQA A;  4FWN A;  2P9I A;  4L3Q A;  3M3Z A;  2WBN A;  1VSH A;  2YV0 X;  5AJ3 K;  5KPR A;  2XY7 A;  4B9T A;  4BGA A;  1KAX A;  4DS4 A;  2E2N A;  2WON A;  5LJV A;  3EEQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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