2YJEA

Oligomeric assembly of actin bound to mrtf-a
Total Genus 114

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
367
structure length
333
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHR
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (8-12)EMPTYAH3 (137-145)TIV1 (13-16)TVIII1 (24-27)TIV2 (21-24)S2 (16-21)S3 (29-32)S4 (71-72)TI5 (332-335)TIV4 (76-79)AH1 (79-93)TI4 (322-325)S6 (102-107)3H3 (260-262)AH7 (252-259)TII1 (108-111)AH2 (113-127)S7 (131-136)TI3 (242-245)3H2 (172-174)S9 (160-166)TIV5 (165-168)AH5 (203-216)S11 (176-178)TVIII4 (220-223)TI2 (234-237)AH6 (223-232)S13 (247-250)AH9 (290-295)3H4 (264-267)3H5 (287-289)AH8 (274-283)S14 (297-300)AH10 (309-320)S15 (329-330)TVIII2 (27-30)3H1 (98-100)TIV3 (71-74)S5 (75-76)S12 (238-241)S8 (150-155)TI1 (156-159)S10 (169-170)AH4 (182-196)3H6 (302-304)TII2 (306-309)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Motor protein
source organism Oryctolagus cuniculus
publication title Structure of a pentavalent G-actin*MRTF-A complex reveals how G-actin controls nucleocytoplasmic shuttling of a transcriptional coactivator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 114
structure length 333
sequence length 367
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yjeA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yjeA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2yjeA03
1RFQA 2QWNA 3LM9A 3VEOA 3WXJA 3A5LC 5AQMA 4E1JA 1E4FT 3IFRA 2QWRA 1ZC6A 1BOTO 3O5BA 2Q1NA 3B8AX 4FWMA 4H0OA 4BRGA 2ASOA 1NGJA 4F9OA 3UKUA 2HF3A 2ZWHA 3GDQA 1QQMA 5AQHA 4H03B 3WXKA 4BRKA 5AQRA 2CGLA 4NB4A 4BROA 4JHDB 3DJCA 3CJAA 4PL7A 4FPBA 4YDUC 5ADXH 3HTVA 4K42A 1NGEA 4QS7A 1T6DA 3VETA 5CE3A 4A2BA 3DXMA 3AAPA 5AZJA 2P9NA 1H1VA 4BRQA 1HKCA 1JCFA 3O1WA 4AM6A 3A5NC 2E2NA 5AQKA 2A41A 4B1ZA 1DEJA 3CI5A 3O4WA 3BP8A 4MO5A 4FWRA 3LDLA 2ZGYA 4FWPA 4XH4A 4LC9B 4Z94A 3SLCA 3BF3A 5F2RA 2P9SA 4H5WA 4ISEA 2KHOA 3FLCO 1SZ2A 2FSJA 4H0VB 3UE5A 4J8FA 4M63C 4M7YA 5AZJB 4BC2A 1TYQB 2V52B 4DHYA 3IMXA 3QFPA 3O8MA 4AM7A 4M7XA 5KQDA 2YHXA 1HPMA 4YDUA 2ITMA 4L3QA 3R8EA 1QHAA 3I33A 3QMLA 5AFUH 3FZFA 1JCGA 4IZ9A 3VOVA 1NGHA 1KAZA 3AY9A 1NLVA 3ULEA 1MWKA 4BRLA 1NGAA 1YAGA 4I6MB 1BG3A 2W40A 2FSNA 5AQNA 3GG4A 3M3ZA 4WQ4A 3J8AA 4XEIA 3WUHA 1Z05A 1XQSC 2E8AA 3EN9A 4QS8A 4RTFD 3QDKA 2E2QA 3CQYA 1T44A 5BREA 1NGDA 1NWKA 1ZBSA 1S22A 2CGKA 1GLJO 4BGAA 2Q0RA 2Q31A 3QBXA 1LCUA 2GTDA 3O08A 3UKRA 3ULEB 2A6AA 2OANA 1V4SA 3O80A 4FWOA 4CD3A 3D2EB 4MLHA 4MO4A 4CBXA 4RCHA 1GLEG 1G99A 4Y0WA 3RSEB 1BA0A 4JN4A 3CJ1A 4K25A 5AQQA 3U4LA 4HWIA 4BRDA 5KPRA 1J6ZA 2ASMA 3ZETA 2P9PB 4FOEA 2GWKA 5AQZA 4CZGA 4H5RA 3QFUA 4FWNA 1NGBA 4JD2B 3VENA 3U9ZA 4CZJA 2PAVA 4FWLA 5AQJA 5JLHA 2IVPA 3CJ7A 3MN9A 1S3XA 2F9WA 3MMVA 1KAYA 1T6CA 4JHDA 3FE1A 3LM2A 4BR4A 1YVNA 3U9DA 4B1VA 3ZEUB 2NRHA 1Z6RA 4PKIA 3ZETB 3O6WA 4FOIA 3W0LA 2HMPA 1QZ6A 3FZHA 3BUZB 2HOEA 4BGBA 3FZLA 1NGFA 2HF4A 3GBTA 1TUUA 3C7NB 2Q0UA 1MWMA 1XC3A 4BRNA 3LL3A 2FXUA 5FPDA 4CJ7A 2P9UB 5AQWA 2NZTA 2QWQA 3HM8A 3KZBA 1HKBA 4EAHD 3CQXA 3A5MC 4CBUA 4B1YB 2VYPA 4EHUA 5KPZA 3H46O 3H1QA 4MLEA 4KBOA 5TKYA 5EY4A 2FF3B 1BDGA 1HJOA 4A61A 4CZEA 1TYQA 3BF1A 1NGIA 1HX1A 3WXIA 3VERA 5FPEA 2D0PA 3CJCA 1K8KB 2BTFA 4DQ8A 1P8ZA 3D2FB 4WQ4C 1EQYA 1X3NA 3H1VX 3H3OB 1OKJA 3M6GA 1Y64A 2GELA 3SJHA 3IDHA 4O8KA 3VEYA 3EKUA 4BG8A 4B9QA 4EIAA 1QQNA 1GLAG 1NGCA 4FO0A 3AAQA 4BC4A 3LDQA 5E26A 2H3GX 2DPNA 2D4WA 5ADXA 5I9EB 4I6MA 1IJJA 1X3MA 4BRIA 1ESVA 4BQLA 3U8XA 4BR5A 3GE1A 1BWFO 2QWPA 2E88A 3EKSA 2FF6A 3VESA 5BRFA 4CBWA 4GY2B 4H0TB 3MK6A 4H0YB 4CZKA 2CH5A 4XH5A 4BC3A 4CZHA 3KVGA 2BUPA 2GUPA 3VGMA 1DGKN 1HLUA 3ENHA 4B1WB 3EL2A 2J4RA 2V51B 5AQPA 4NO7A 1D4XA 5AQSA 3QB0A 3FFKB 4HTLA 3SK3A 3ZX3A 4CZIA 2NLXA 3G25A 3D2EA 3FGUA 4PL8A 2AP1A 3L6QA 4DB3A 5JLFA 4BG9A 4BVOA 4IWVA 4BRCA 5KPTA 4CZFA 1RDWX 3RSEA 5EX5A 1DKGD 1HUXA 2YCHA 4EFHA 3VPZA 4DCHA 2GWJA 3CHWA 4JAXA 3WQTA 2YJFA 4H0XB 3M1FA 2P9PA 2ZF5O 5JICA 2E2OA 1NM1A 2WUSA 4ISGA 4B1UB 1ATSA 2A5XA 3EO3A 4JD2A 4BR2A 4BREA 1ATRA 1MDUB 1YUWA 2UYTA 3DAWA 2I7PA 5AQVA 4RWTA 4EHTA 4BRMA 5LJWA 1TUYA 1QQOA 3SMPA 2P9LB 4CZLA 2P9IA 4FL9A 3VGKA 2PBDA 3WEEA 3ZEUA 3VF2A 2QWOA 3D7EO 3WT0A 2QM1A 3TPQA 3H45C 5BPMA 1Q18A 5BR9A 5EVZA 1ZXOA 3C7NA 2QW9A 5AQTA 2P9UA 3HZ6A 3JS6A 2P9IB 4B1XB 2Q36A 1ATNA 3ENOA 1BUPA 3WEEB 3SMSA 1U2VB 3CJ9A 3HSCA 1KXPA 5KQ8A 3VEXA 5AQGA 2P9KA 3VEZA 4FWKA 2GEMA 3A0IX 2D1KA 3VGLA 3JXUA 2ZGZA 1X9JA 1K8KA 4IJAA 1R59O 3D2FA 3QBWA 1SQKA 4FWQA 4FWSA 1QZ5A 1CZAN 3FR0A 3L4IA 3QICA 3I8BA 1NMDA 2P9KB 3OHRA 1C0GA 3VEVA 3DWLA 3EZWA 4CI6A 3MN6A 4PKGA 3VF4A 3R6MA 1KAXA 4WQ5A 1GLDG 5JMVA 3HI0A 1IG8A 4K41A 1MA9B 5AQFA 5ELZA 2E20A 2EWSA 4BVPA 1SAZA 3IUCA 1C0FA 1WOQA 5EXWA 2IVNA 5EOYA 5FPMA 5AQYA 4BRPA 3FZMA 5AZIA 5F1XA 4BRHA 3MN5A 1LOTB 1BO5O 1BU6O 3UKUB 1XUPO 2QWMA 2YI1A 5AQIA 4BR0A 4IO8A 4CZMA 3C0BA 2FSKA 3ID8A 4GNIA 5LJVA 1YXQA 4IXCA 5AR0A 1E4GT 2YHYA 3ATUA 2E2PA 5AQXA 4PKHA 3MN7A 5BPNA 2Q2RA 4H0PA 4K43A 3ATVA 3GOIA 5B8HA 3KHYA 5AZIB 3DXMB 4BC5A 4CD1A 3MDQA 2P9NB 1GLFO 3WQUA 5BRDA 2QXLA 2QWLA 3ZX0A 4QS9A 5E84A 3LDOA 3DXKA 3WXLA 2V7ZA 2ASPA 2P9LA 2W41A 3H6EA 3H3NO 3MCPA 3P4IA 4FPAA 4WYBA 1WUAA 2P9SB 4BR9A 1BA1A 1GLCG 1GLLO 5AFUA 1HKGA 2CH6A 4H5TA 1V4TA 1RGIA 5FPNA 4H5NA 2IVOA 3GL1A 3LDPA 4BR7A 3DXKB 3CERA 5LY3A 4A2AA 3L0QA 2V7YA 3CETA 2A3ZA 2E1ZA 2VWBA 3BEXA 2A40A 3ZX2A 5BN8A 5F0XA 4O5FA 3R9PA 3VEWA 4ISFA 3HBTA 2E1YA 3S41A 3F9MA 5AQLA 1NGGA 1U2VA 2IIRA 4BQZA 1U6ZA 4XH1A 3A5OC 4H5VA 2I7NA 4BRFA 3AARA 3CIPA 2CGJA 2Q97A 2YHWA 1JCEA 3VF6A 2D0OA 2F9TA 5BRHA 2FLOA 3UB5A 3O1BA 1GLBG 4IJNA 4FSVA 4C23A 4WQ5C 4JNEA 3FZKA 4BRAA 2AA4A 3LDNA 2A42A 3UKRB 4A62A 5AQOA 3W3DA 3TU5A 1NBWA 3CJBA 2YJEA 5BPLA 3A8YA 2VCPA 5BN9A 5AQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QWNA 4Z4CA 4I7FA 2OPPA 1QQCA 4E1JA 1VQ4N 3IFRA 1RDCA 1ZC6A 3BY5A 1SKWA 1IBLK 3THYA 3J7AP 2VWJA 4ELUA 2ASOA 3HOSA 1T8EA 3GDQA 4F8RA 1QQMA 1U49A 4BECA 5AQRA 4KHSA 1QTMA 3MWTA 1EKEA 3L8BA 4NB4A 4N47A 1VSHA 5IT9O 4CCHA 3THVA 4FJ8A 2HHUA 3L2QA 4IEIA 3R1XA 1ASWA 3V81A 3VETA 1JXEA 1U47A 4A2BA 3AAPA 1H1VA 5AJ3K 1B9DA 5E41A 3C6AA 3NF6A 4DR2K 5AQKA 2UXCK 4B1ZA 1DEJA 2E5LK 3CI5A 3BP8A 1G15A 4ZTFA 4FWRA 2D0CA 4XH4A 3T7ZA 4O0IA 4LC9B 1SL0A 4BE0A 5F2RA 3Q7BA 5HRRA 2VQFK 2P9SA 4ISEA 2UUCK 1YVUA 4H0VB 5AZJB 4BC2A 4CGGA 3QFPA 4NLCA 1FKOA 4M7XA 5KQDA 4LH4A 4CHPA 3CMAN 3SQ4A 1ZBLA 3HPOA 1UWBA 1SKSA 3ZSOA 5AFUH 1OVYA 3FZFA 4IZ9A 5K14A 1JLCA 1J53A 1NLVA 3M8PA 1VSMA 1MWKA 4JKAA 1JLAA 5KGXA 3D0PA 3DLLL 4CJTA 4WQ4A 4Q5VA 1XQSC 4OJRA 1ZYQA 2E8AA 5JVHL 3EN9A 2VGMA 3CPWM 3SV4A 2VG7A 5BREA 1NWKA 3SPYA 1S22A 1GLJO 2Q31A 3LP0A 2GTDA 1KFSA 3TSQA 5JS1A 2Z1GA 3LDSA 2HVHA 5T7BA 3U3YA 3HPGA 4CBXA 4RCHA 2D5RA 4CJ3A 4Y0WA 1M90O 1BA0A 4JN4A 2B4JA 4OLAA 4HWIA 3ZCMA 1WSGA 2YHBA 3OYJA 1RTDA 3VQAA 4CZGA 1I39A 2ETJA 1YTUA 4FWNA 1NGBA 1SL1A 4GV6A 2DTUA 2PAVA 4FWLA 5AQJA 1RDAA 3MN9A 2HBKA 5J2MA 4BR4A 1Y97A 3TAFA 3U9DA 4H8KA 4ZHRA 4PKIA 2HMIA 3O6WA 2HMPA 4DV3K 5C2DA 5GADP 3G10A 3OYAA 1NGFA 3D45A 3GBTA 5J2QA 2HB5A 3C7NB 1MWMA 3TSUA 1NK5A 4CEFA 3TTCA 5CYQA 5FPDA 4NCBA 2QI2A 2P9UB 3T1AA 3OA9A 4JKFA 3K9KA 3VQ4A 3I55N 3QESA 3AVHA 3CFPA 3H1QA 4HCCA 1VSFA 1BDGA 4JKHA 3BF1A 2F8TA 4B9MA 3E01A 3ZLJA 1P8ZA 2XY5A 1HNIA 1IKYA 1OKJA 3M6GA 3NBPA 4O8KA 4B9QA 4EIAA 3KIOA 4QCLA 1QQNA 1GLAG 2QTDA 1BIUA 3AAQA 3I0SA 5I9EB 4BRIA 3U8XA 4FJXA 1GOAA 3F2KA 1IG9A 4KH5A 4H0YB 4CZKA 3RRGA 4XH5A 4GV3A 2GUPA 4Z4FA 1KQSM 3ENHA 4FJ5A 3THXB 2GV9A 2OPSA 5AQPA 4NO7A 4CHYA 3CG7A 3SAHA 4HTLA 4DV7K 1TKZA 5CY4A 1N36K 3SPZA 4LD0A 3CC4N 4XJXA 3TAMA 1S1TA 5JLFA 1U45A 4IWVA 4BRCA 4CZFA 1RDWX 5EX5A 3JYTA 1DKGD 2YCHA 3PO4A 3O3GA 1QVGM 4DQPA 3EEQA 4U67L 1OH7A 3S3NA 3T1HK 2YJFA 4NCAA 2O8FA 2ZD1A 4H0XB 4CJLA 4YOVA 1NJYA 4GKJK 2ZF5O 1NM1A 3VQQA 4B1UB 4CGDA 2HHSA 1ATSA 3RWUA 4DTJA 3EO3A 4JD2A 4LY7A 4X62K 1ATRA 3DAWA 1SS6A 4BRMA 4EHTA 1HNVA 5HL7L 2P9LB 1KC8O 2P9IA 5DMRA 3VGKA 1Z26A 2KLAA 3OYGA 3QERA 2QWOA 1N6QA 3WT0A 2FBYA 3HYFA 5C15A 1FJGK 3TPQA 1KVBA 4ELTA 2W6LA 4KHNA 1VQNN 5GAEP 3MAQA 4Z0UA 2QW9A 2O8BB 1OH5A 1Z25A 4F3TA 4OGCA 3SUQA 3ZSXA 4AHUA 4FCYA 5DK5A 3TAEA 3KK3A 3ENOA 2VWKA 3TSPA 4IOAL 5AQGA 2ZJQL 1XNQK 3VEZA 4FWKA 3EE9A 3QNNA 1L3VA 1Q81O 1K8KA 1TAQA 4GKKK 1S1VA 5J2NA 1JLQA 4JRPA 1QZ5A 3C65A 1IBKK 4FK0A 3FR0A 3KLEA 3L4IA 2HW3A 3OHRA 1C0GA 1JJ2M 1QE1A 2XO7A 5HRPA 1M1KO 4PKGA 5DM6L 3R6MA 1RT6A 1KTQA 3SUNA 1WSJA 3HI0A 4PQUA 4LF6K 1IG8A 1MA9B 2ZM6K 1IBMK 4YORA 2GUIA 2YNFA 3DRSA 4DSLA 4B3TK 3AO4A 4CFAA 1C0FA 3THYB 1HJRA 1T7PA 5AQYA 4JK8A 5AZIA 3MN5A 1LOTB 4OKEA 4F2SA 2HNDA 3DYAA 4DR1K 4FJ7A 3NGYA 4BR0A 4AHCA 3C0BA 3ITHA 3NFAA 5GAHP 5LJVA 1LV5A 5HLFA 3VA3A 1YXQA 1E4GT 2YHYA 2E2PA 1KLMA 2D0BA 5AQXA 3BGRA 3OS2A 3V9ZA 2Q2RA 3OY9A 1S1UA 3WQUA 5BRDA 3M8QA 3G6EN 1NK4A 2QXLA 2QWLA 3J7ZO 4BEBA 3DXKA 1XMQK 4DV4K 2RF2A 1KRPA 4E7JA 4HHTA 1RDDA 3V9WA 3H3NO 4B9UA 4WYBA 4BR9A 2P9SB 4CJPA 3CF5L 1BA1A 1GLLO 3LZIA 5HP1A 1NK9A 1V4TA 4KI4A 4BY9C 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3WNH A;  4ISG A;  5KI6 A;  1YUW A;  2UYT A;  5AQV A;  3NVM A;  4RWT A;  2YNI A;  1JXB A;  3NE6 A;  4PUO A;  1QQO A;  3AVL A;  1VSK A;  4FLY A;  4FL9 A;  2PBD A;  3SQ1 A;  3OJS A;  2IAJ A;  3MED A;  1BI4 B;  4DR7 K;  4CER A;  1KFD A;  4RW7 A;  2F7T A;  5BPM A;  4N41 A;  3AO2 A;  3C7N A;  1S5J A;  2P5O A;  2KKZ A;  5KRS A;  2P9U A;  2W6K A;  4B1X B;  3VQ6 A;  3VQE A;  4ILJ A;  1VSE A;  1ATN A;  2Q36 A;  1BUP A;  3WEE B;  1U2V B;  5KQ8 A;  1KXP A;  3VEX A;  1S9G A;  3WXM B;  3LP2 A;  1C1C A;  2R7Y A;  3VGL A;  3JXU A;  1X9J A;  4Z4E A;  2KQ2 A;  4A57 A;  4FJG A;  1JL1 A;  3AVA A;  1X9W A;  1C0M A;  1R59 O;  1BIZ A;  3LPT A;  4I2Q A;  4WCE L;  4FJJ A;  1YJN N;  4NCG A;  4CFD A;  3HJF A;  1CZA N;  4MDA A;  1S72 N;  3AVG A;  2OCE A;  2P9K B;  3VEV A;  3DWL A;  1J5E K;  3TAP A;  4CI6 A;  4FLV A;  3HL8 A;  2WBN A;  3VF4 A;  3DLB A;  1GLD G;  5JMV A;  3THW B;  4K41 A;  1U4B A;  2DY4 A;  2ITG A;  3PV8 A;  1NOY A;  3PLA A;  3IUC A;  3CCL N;  1DTT A;  2YKM A;  1OH6 A;  5EXW A;  2IVN A;  4JKC A;  5KTQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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