2YJEA

Oligomeric assembly of actin bound to mrtf-a
Total Genus 114

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
367
structure length
333
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHR
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (8-12)EMPTYAH3 (137-145)TIV1 (13-16)TVIII1 (24-27)TIV2 (21-24)S2 (16-21)S3 (29-32)S4 (71-72)TI5 (332-335)TIV4 (76-79)AH1 (79-93)TI4 (322-325)S6 (102-107)3H3 (260-262)AH7 (252-259)TII1 (108-111)AH2 (113-127)S7 (131-136)TI3 (242-245)3H2 (172-174)S9 (160-166)TIV5 (165-168)AH5 (203-216)S11 (176-178)TVIII4 (220-223)TI2 (234-237)AH6 (223-232)S13 (247-250)AH9 (290-295)3H4 (264-267)3H5 (287-289)AH8 (274-283)S14 (297-300)AH10 (309-320)S15 (329-330)TVIII2 (27-30)3H1 (98-100)TIV3 (71-74)S5 (75-76)S12 (238-241)S8 (150-155)TI1 (156-159)S10 (169-170)AH4 (182-196)3H6 (302-304)TII2 (306-309)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Motor protein
source organism Oryctolagus cuniculus
publication title Structure of a pentavalent G-actin*MRTF-A complex reveals how G-actin controls nucleocytoplasmic shuttling of a transcriptional coactivator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 114
structure length 333
sequence length 367
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yjeA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yjeA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2yjeA03
1HJOA 4DQ8A 5AQMA 2P9NB 2P9LA 2QWOA 2Q2RA 2A40A 1D4XA 2P9IA 2QWQA 2FSJA 1K8KA 4BC5A 3VEWA 2YCHA 2PAVA 3MCPA 4ISGA 5BN9A 3CJCA 5BPMA 4B1VA 3U4LA 3O08A 2P9LB 3AARA 2QM1A 3VEVA 2P9IB 1YVNA 3H45C 1K8KB 3LM9A 4BVPA 5KPZA 4H0OA 2D1KA 3ENOA 3VETA 3IDHA 3FZKA 1T6DA 5FPNA 1HLUA 2QXLA 3CIPA 2NLXA 1V4SA 4XH1A 5AQNA 4KBOA 3WXKA 3L4IA 2VCPA 1X3MA 1TUUA 3EZWA 3WEEA 4CZKA 1ATSA 3CQXA 5AQIA 4CZFA 4MLHA 3GBTA 4BRAA 1XUPO 3ATUA 4B1XB 2ZGYA 3CJ7A 1TUYA 2F9WA 2GWJA 5KQDA 3LDPA 5AZIA 3UKRA 3VEZA 3WEEB 1BU6O 4XH5A 4DCHA 3QBXA 1E4GT 2FF6A 1NGGA 1BUPA 5JLFA 1QHAA 3W0LA 2FLOA 5ADXA 5JMVA 2AP1A 1YXQA 5AZIB 3UKRB 4A2BA 1KAZA 5BREA 5FPDA 2BUPA 2CGJA 3CJBA 3GE1A 3FFKB 4FPBA 4YDUC 4H0PA 4AM6A 3FE1A 1JCFA 1SZ2A 5BRDA 2HOEA 2P9SB 2D0PA 1NMDA 4ISEA 1HKCA 1MA9B 5FPMA 3P4IA 4K43A 4M63C 1NGIA 2ZGZA 2GWKA 3UKUA 5EVZA 2QWPA 5AQOA 2A5XA 3CJ9A 3BF3A 1NGAA 4NO7A 4BQLA 2A6AA 2E2NA 4BRPA 2CGLA 1NM1A 1BG3A 3KVGA 5CE3A 5B8HA 3FZMA 3UKUB 3ZX2A 4JHDA 3M1FA 1T44A 4B1YB 3FLCO 4PL8A 1CZAN 2QWLA 1E4FT 4CJ7A 3ZEUA 5AQXA 2GTDA 1BDGA 4A62A 3H1QA 3DWLA 2GEMA 3G25A 4CZIA 4JHDB 5E26A 4BRHA 5AQWA 4EHTA 2D4WA 5KPRA 3FZHA 3MN7A 4CZLA 4CBXA 5AQGA 3ZEUB 2QWMA 1WUAA 4XH4A 2VYPA 2A42A 3CJ1A 5TKYA 1U6ZA 3D2EA 3TU5A 3GL1A 3ZETA 5EY4A 1IJJA 1HUXA 3EO3A 5ADXH 2P9KA 3D7EO 2V52B 4A61A 3WQUA 5BR9A 4FOIA 4WQ5C 1BA0A 4O8KA 3EN9A 2E1ZA 5KQ8A 1GLBG 4BC3A 4H03B 3D2EB 1LCUA 3CHWA 3KZBA 1WOQA 4FWRA 1NLVA 2FSKA 3ZETB 4BGBA 5I9EB 1MWMA 4BR9A 2E2PA 2AA4A 4JD2B 1HX1A 1MWKA 5ELZA 3L6QA 4E1JA 4EHUA 1HPMA 2ZF5O 5AQJA 3R8EA 4H5NA 1ZBSA 1KXPA 2HF3A 3ID8A 3MMVA 5AZJB 4H0XB 1ATNA 1U2VA 1ZC6A 3IFRA 1DKGD 3VPZA 1V4TA 1S22A 1DEJA 5LJWA 3EL2A 1Y64A 2IVPA 3VF2A 1U2VB 1EQYA 3VF6A 3LM2A 5AR0A 3W3DA 4BR5A 1C0GA 2FXUA 2W40A 4Y0WA 2E1YA 4K25A 4MO4A 2F9TA 3VF4A 3DXMA 3L0QA 2W41A 3SLCA 4J8FA 1JCGA 3BF1A 3S41A 3KHYA 1GLEG 4FWLA 3BUZB 3RSEA 1RGIA 2BTFA 5BRFA 4PL7A 4C23A 2HF4A 3H3OB 5FPEA 3DXMB 4CZHA 3VEOA 2A3ZA 3U8XA 3JS6A 4YDUA 4O5FA 1ZXOA 2VWBA 3O80A 3ENHA 3RSEB 2UYTA 1TYQA 4JAXA 5F0XA 4K41A 4BVOA 2P9SA 5F2RA 3CI5A 3QFUA 1BWFO 4I6MB 5AQYA 1QQMA 4IZ9A 1IG8A 4BR2A 3DAWA 3A5LC 4FWPA 4IXCA 1NGJA 1TYQB 3DJCA 4HTLA 3JXUA 4H5RA 5AFUA 3A0IX 1T6CA 3H6EA 3VOVA 1HKBA 2V51B 3BP8A 5AQUA 4BRGA 4RWTA 1JCEA 4BRNA 3HBTA 2GUPA 2CH5A 3HZ6A 4QS9A 4FWQA 1XQSC 3QB0A 1MDUB 4HWIA 1KAYA 1YUWA 3WQTA 4FO0A 4AM7A 3F9MA 2WUSA 4PKGA 4IJNA 2E2QA 3A5OC 4CD3A 4DHYA 5BN8A 4M7XA 4WYBA 3VEYA 3FZLA 3VERA 3U9DA 4FWKA 2CGKA 3IMXA 1ATRA 3MN9A 2ITMA 2E8AA 4CBUA 4BR7A 2HMPA 4WQ5A 3VEXA 2Q1NA 4H5TA 2YI1A 4H5WA 2E88A 1R59O 2Q0UA 2KHOA 3CETA 4H0YB 4M7YA 1GLJO 4CZEA 1BO5O 1S3XA 2P9PA 2ASPA 3SMSA 1LOTB 4H0TB 4JD2A 3MK6A 3J8AA 3HI0A 4RCHA 3I33A 4JN4A 4QS8A 1J6ZA 4IWVA 3D2FA 3R9PA 2P9PB 5AQHA 3WT0A 5AZJA 3BEXA 1GLLO 1QQOA 3H1VX 3QBWA 3QICA 5AQZA 4BRCA 3EKUA 2EWSA 3O5BA 1NBWA 4BC2A 1X9JA 3VGMA 2H3GX 3D2FB 4EAHD 3M6GA 2Q97A 2NZTA 3QDKA 5EXWA 1ESVA 3FZFA 3HM8A 3ZX3A 2YJFA 3A5NC 4EIAA 3OHRA 4JNEA 3HSCA 3TPQA 4BQZA 1YAGA 3CERA 5AQTA 4BR4A 1X3NA 4GY2B 4WQ4C 2I7PA 3EKSA 4Z94A 4FL9A 5AQVA 1NGBA 3SMPA 1BA1A 3WXJA 4A2AA 3SK3A 2IVNA 3M3ZA 3WXLA 4CD1A 2P9UB 2ASOA 2OANA 2QW9A 2D0OA 2E20A 3O1BA 1KAXA 2Q31A 4MLEA 1RFQA 4BC4A 4I6MA 3A8YA 4BRFA 3AY9A 1GLCG 4FPAA 1NGCA 2PBDA 3O6WA 3FR0A 4RTFD 5JICA 5AQLA 4K42A 4BG9A 4FWSA 3O8MA 2DPNA 3DXKA 4FWNA 3QFPA 4BGAA 3MN6A 3H46O 4QS7A 5KPTA 5AQKA 4BRIA 5BPLA 4H0VB 3UE5A 1GLFO 4FSVA 4BRQA 5JLHA 4H5VA 4CZGA 3DXKB 1NGFA 2CH6A 3VENA 3AAPA 3HTVA 4GNIA 4B1ZA 3U9ZA 1SQKA 3GG4A 4NB4A 4BRDA 1Z05A 1DGKN 3WXIA 5EOYA 5LJVA 1SAZA 1QQNA 3ULEA 1G99A 3LDOA 1P8ZA 5AQQA 4XEIA 5AQSA 4BRLA 4BG8A 2IVOA 3VGKA 3AAQA 3B8AX 1NWKA 2IIRA 4L3QA 4BREA 4MO5A 2Q0RA 2FSNA 2GELA 3MN5A 3FGUA 3LDQA 3QMLA 4F9OA 3ULEB 3WUHA 1QZ6A 2ZWHA 4BR0A 4PKIA 1RDWX 2ASMA 3VGLA 4IJAA 3ZX0A 4IO8A 5AQRA 3LDLA 4B9QA 3R6MA 1HKGA 1XC3A 2FF3B 5BRHA 3O4WA 3CQYA 5LY3A 4FOEA 3SJHA 3C0BA 3ATVA 4DB3A 4BROA 4CZJA 2QWRA 4CZMA 3LDNA 4BRKA 4FWOA 5AQPA 2YJEA 2NRHA 3CJAA 4BRMA 3MDQA 1GLDG 1Z6RA 2I7NA 4LC9B 3A5MC 3C7NA 4CBWA 3GDQA 2A41A 4PKHA 1GLAG 1NGDA 5AFUH 4FWMA 3I8BA 2YHYA 2V7YA 3IUCA 1QZ5A 3VESA 2QWNA 2E2OA 3C7NB 2V7ZA 3LL3A 4B1WB 3H3NO 4B1UB 4WQ4A 5E84A 4CI6A 2YHXA 5AQFA 1C0FA 1NGEA 3GOIA 5EX5A 1NGHA 1Q18A 1OKJA 1H1VA 2YHWA 2P9NA 4EFHA 1BOTO 3O1WA 2J4RA 2P9KB 4ISFA 5BPNA 5F1XA 2Q36A 3UB5A 2P9UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJKA 3SUNA 5HL7L 1VQ5N 2KW4A 4HCBA 2P9NB 1T03A 2P9LA 1IH7A 3F73A 4OGCA 2WC9A 4JI0K 3DI6A 1S1VA 4NYFA 3CJCA 1N33K 4LF9K 3O08A 4DFMA 3AVKA 1P90A 3QERA 1VSMA 2P9IB 1YVNA 3AV9A 3H45C 3M8QA 3LM9A 2JLEA 2ATQA 4NXMK 3SAHA 3I8DA 4JK9A 3B6OA 3L4IA 3I0RA 2ZQBA 3AVGA 3CQXA 2YX6A 4CZFA 2P51A 1J54A 3MAQA 2YV0X 4O44A 1S1XA 5CZ1A 4CVNE 1EXQA 3UKRA 3ID6A 4OPAA 4DTPA 4DCHA 3BGRA 2P1JA 4OKKA 1M1KO 4YOYA 1QSLA 1QHAA 4OKEA 4FJKA 5HRPA 3OYBA 4Z4IA 4DR7K 5BREA 2VQFK 3P39A 3U3GA 4F4KA 3FFKB 4H0PA 3ZYYX 1RDUA 1RT2A 5C12A 1KRPA 2O8FA 3DLBA 2F7TA 1NGIA 2ZGZA 3KKRA 3UKUA 5EVZA 4PWDA 3CCRN 3CJ9A 1NGAA 3S3OA 2A6AA 4M3TA 3NGZA 4CEZA 5B8HA 4LFCK 3JSMA 2G8WA 1QSYA 1A5VA 1T44A 1QSSA 3FLCO 2HHWA 3SPYA 4BDPA 1E3MA 5KGXA 3LAMA 1BDGA 4YHHK 4BE2A 1KTQA 5AQWA 3NGYA 5KPRA 3G6EN 4KV8A 3ZLJA 3E66A 4HVJA 3CCEN 4CHYA 1U6ZA 3OJSA 3WNHA 4HTUA 4AILC 1RNHA 3CYMA 2V52B 3WQUA 2VGNA 4FOIA 5BR9A 3ZT2A 4CEOA 5JVGL 1K9MO 3AO1A 4WQ5C 5C2DA 5KQ8A 4O8UA 4RW7A 1TVRA 4BGBA 2FSKA 1JKHA 4CGFA 4JD2B 4DSKA 1HX1A 2IS3A 1RILA 1VK0A 5AQJA 2HBMA 3AGRA 4NCGA 3R8EA 4H5NA 1ZBSA 3ZSXA 4NLBA 4DU4A 3O3GA 4FLYA 2YNHA 1S22A 1TV6A 4LH5A 3EL2A 2IVPA 3VF2A 4CJWA 2O8CA 3F5TA 1C0GA 1I39A 3CCSN 1O1WA 1KCFA 4JKAA 2E1YA 4YOUA 4MO4A 1NOZA 4AHCA 3DXMA 3K57A 3SLCA 3EE9A 2OPPA 4FJGA 3S41A 2O8BA 1GLEG 5BRFA 1J9AA 3SAGA 3ZSYA 2WONA 3H3OB 4E89A 2A3ZA 2NRRA 4DQQA 4O5FA 1ZXOA 3RSEB 3G4SN 2HHTA 4JAXA 3O9TA 1DTTA 4DV3K 1N5YA 4BVOA 2P9SA 3C6AA 2OPQA 4YOWA 1BWFO 3DRRA 4LF6K 1QQMA 3A5LC 4IXCA 1NGJA 1LW2A 1QQCA 1RDBA 3DM2A 4HTLA 4QAGA 2W42A 5AFUA 5HOOA 3BZCA 2XY7A 3ZSQA 3EE8A 3A2FA 3NFAA 4CK1A 1T6CA 4Z4GA 4ELVA 1G15A 3H6EA 3NDKA 4I9QA 4BRNA 1Z26A 1RBUA 4QS9A 3K0SA 4E7IA 1KAYA 2NRXA 4C8MA 4AM7A 4JI6K 3TSPA 4I2PA 3NGIA 5J2MA 4IJNA 3LAKA 3OYLA 1X9SA 4MFBA 4J2AA 4C1NI 3U9DA 3NMUA 3OYAA 2CGKA 4KPYA 3OYGA 4JI3K 4FZXC 3CCQN 1WAFA 2UUBK 2HMPA 4WQ5A 1ZBFA 4CJFA 4H5TA 2YI1A 4H5WA 4GV9A 4M7YA 2RE2A 1S3XA 1S1TA 3PY8A 3SMSA 1LOTB 3QNNA 4J2DA 1YJWN 5CR4A 2HB5A 1I94K 1BIZA 4LFAK 5AZJA 4QOZB 3QBWA 4FJNA 2XY5A 3TABA 1WSIA 3WNGA 4CJTA 4CGJA 2Q97A 5DM6L 2KKZA 2NZTA 3QDKA 3R3LA 3U6FA 2HBJA 4EIAA 5JS2A 4BDZA 1VSKA 1YAGA 2HHUA 1RTHA 4GY2B 1U04A 4KO0A 4ELUA 1X9MA 3ZCMA 4AHTA 2HNDA 3EKSA 4Z94A 2W6LA 1FXXA 3C95A 3PLAA 3OTOK 4O4GA 4ZHRA 3M3ZA 4M3XA 1TKXA 3WNEA 2P9UB 3PX4A 1A5XA 4JRQA 3QESA 1VQ8N 4M3YA 3O1BA 1KAXA 1Z25A 3LPTA 4X62K 1IBKK 4DLEA 4MLEA 1RFQA 2VWJA 5FROA 2OCEA 4BC4A 5C10A 1FW6A 4C8KA 3A8YA 4V19S 1NGCA 4CEQA 3AA5X 2KFZA 4BG9A 3QETA 4KI6A 5GAHP 4DG1A 2DPNA 3DXKA 4JLHA 3AVAA 4CJQA 4QS7A 3L2QA 5AQKA 3DMJA 5BPLA 4H0VB 4LD0A 3UE5A 2VWKA 4CZGA 4DS5A 1VAZA 3N4PA 4I7FA 3HJFA 2I5JA 4GNIA 1BGXT 3GG4A 4DV2K 5D3GA 2O4IA 1I3AA 5LJVA 1JLBA 3ZT4A 1P8ZA 3FFIA 5AJ3K 3IS9A 3VGKA 3I56N 1NWKA 4BREA 4MO5A 1QVFM 4E0DA 4KB1A 2FSNA 4DTJA 2HHVA 1XMOK 1JLFA 1QZ6A 1HYSA 4LF4K 3VQ5A 4YFUA 2A1SA 1RDWX 3CC2N 1L3VA 1K6YA 2O8FB 3LDLA 3TANA 3K9JA 4JS5A 2JWKA 1FJGK 4FJ8A 4BDYA 5CY4A 3ISNC 1BQMA 3V9XA 2QWRA 4B3RK 3LDNA 4BRKA 3S3MA 2OTLN 3PO4A 4JI8K 5AQPA 4BRMA 1T3VA 3CMEN 1GLDG 3C7NA 1GLAG 1NGDA 2X78A 4FWMA 2G8HA 4DF4A 3V4IA 3S9HA 3VQBA 3RR7A 3KD1E 4FJJA 5GADP 1UA0A 4CF8A 1XI1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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