2YJFA

Oligomeric assembly of actin bound to mrtf-a
Total Genus 111

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
371
structure length
352
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVKDSYVGDEAQSKRKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (13-16)AH2 (79-93)S1 (8-12)S7 (160-166)S2 (16-21)S5 (131-136)TII1 (71-74)TVIII2 (76-79)AH3 (113-126)TI2 (97-100)3H7 (351-354)TI3 (98-101)3H6 (335-337)S4 (103-107)TI6 (332-335)TII2 (108-111)AH9 (274-284)TI4 (156-159)AH4 (137-145)AH8 (252-262)S6 (150-155)AH5 (182-193)TIV6 (234-237)3H2 (194-196)AH7 (223-232)AH6 (203-216)TVIII3 (220-223)3H4 (287-289)S9 (238-241)TI5 (242-245)S10 (247-250)3H3 (264-267)3H5 (302-304)AH10 (290-295)TIV7 (322-325)S12 (329-330)AH12 (338-347)AH11 (309-320)S3 (29-32)TIV2 (24-27)TIV4 (129-132)TIV5 (165-168)S8 (169-170)3H1 (172-174)TII3 (306-309)AH1 (55-60)TIV3 (69-72)S11 (297-300)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Motor protein
source organism Oryctolagus cuniculus
publication title Structure of a pentavalent G-actin*MRTF-A complex reveals how G-actin controls nucleocytoplasmic shuttling of a transcriptional coactivator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 111
structure length 352
sequence length 371
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yjfA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yjfA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2yjfA03
5BPLA 5LY3A 5TKYA 3HZ6A 3O1WA 3LDLA 1WOQA 1MDUB 4BC3A 3IUCA 1XC3A 1KAZA 3B8AX 3LDNA 3L6QA 4FWMA 3CETA 3CJCA 3DXMA 3SMSA 2A41A 3EZWA 5AQMA 1QZ5A 4BC4A 3DXMB 1U6ZA 1ATRA 4I6MA 4WQ4A 5EX5A 4XH5A 2HF4A 3DJCA 3D2EA 3H46O 4I6MB 3RSEA 5AZIA 3TPQA 3H3NO 5AQNA 1T6CA 2W40A 2V7ZA 5AZJA 3D2EB 4BRMA 3RSEB 5AZIB 3UKRB 4H0TB 1V4TA 2Q2RA 4CBWA 1HKBA 2QWQA 5AZJB 4JD2A 2A5XA 2KHOA 2V52B 5AQSA 5FPDA 2QWPA 3AAPA 5F1XA 4JD2B 2F9WA 4BR7A 4QS7A 5ADXA 5AQUA 5AQRA 4H5VA 4BVPA 4CZFA 1JCEA 2V51B 3JS6A 1R59O 3GBTA 3FFKB 3LM9A 4FWRA 4JNEA 1BO5O 3FLCO 3P4IA 4B1UB 4H03B 3VETA 1BWFO 3KZBA 3VF6A 1GLFO 1NLVA 2CH5A 4BC5A 1JCGA 1BA1A 2VCPA 4JHDA 2FSKA 1Z6RA 3LDQA 3MMVA 3A5MC 3U8XA 1WUAA 2P9IA 4A61A 2P9NA 2QM1A 3FZHA 2QWOA 4K43A 4BGBA 2I7PA 4WYBA 1NGIA 2F9TA 4GY2B 5BPNA 3M1FA 2P9IB 2P9NB 3FE1A 4BRLA 4PKGA 3SLCA 1Y64A 5E26A 4B1YB 2VYPA 4IJNA 4FWOA 5B8HA 2ZWHA 1QQOA 4YDUA 2E8AA 1DEJA 1HUXA 3VENA 4RWTA 1KAXA 5AQIA 3QBWA 3WXJA 1JCFA 3VF2A 4CI6A 2HF3A 3FZLA 5JLHA 1HX1A 5JMVA 3L0QA 3U4LA 1X9JA 2FSJA 2A42A 5AQZA 4GNIA 2YJEA 4Y0WA 2ZGZA 4BR4A 3EL2A 4DQ8A 3VESA 5AQGA 4B1XB 4FWKA 4IZ9A 3ATUA 3GL1A 5AQYA 1SZ2A 4BGAA 3FZFA 3QFPA 2QWLA 1ATSA 3VERA 3ZETB 1BUPA 3CI5A 3CJ9A 1P8ZA 1C0FA 4NO7A 5I9EB 3VOVA 3KVGA 2CH6A 2GWKA 4BRAA 5AQOA 3WQUA 5AR0A 3D2FA 4BR9A 4J8FA 4FWPA 3R6MA 5EXWA 3VEVA 4AM7A 4DCHA 3SJHA 3QICA 4CZHA 5AQPA 5AQQA 1NGHA 3D7EO 5F2RA 2IVPA 2DPNA 2NRHA 3D2FB 1IJJA 4H5RA 3A5NC 3FR0A 3ULEA 2GWJA 4PKHA 4PL7A 1DKGD 5BRHA 5KPTA 3ENHA 3A8YA 3VEOA 4BG9A 1GLJO 3ULEB 2A40A 3L4IA 3J8AA 2ASMA 2A6AA 1QHAA 3WEEA 3DAWA 2V7YA 2IVNA 3MCPA 4O8KA 4FPBA 2A3ZA 1BU6O 1S22A 2Q31A 3EKSA 4MO4A 3H1QA 3VEZA 3ZX2A 4HTLA 2CGJA 2D4WA 3WEEB 4XEIA 4CZKA 4QS8A 1Z05A 4B9QA 1NGBA 3UKRA 4DHYA 2HMPA 3CJAA 3QB0A 4BRQA 4BRHA 1XUPO 4CZEA 1SQKA 3QDKA 4CD1A 3HI0A 5BPMA 3A5LC 1U2VA 1GLCG 4A62A 1T6DA 4XH4A 3IMXA 4EIAA 1HKCA 1KXPA 4CBXA 4CD3A 1U2VB 3IDHA 1NGEA 3CQXA 2QWMA 4WQ4C 4BRIA 4BVOA 2W41A 4BR5A 4WQ5A 2UYTA 3ENOA 1TYQA 4ISEA 5BN9A 2Q0RA 1KAYA 5FPMA 1GLAG 4FO0A 2P9PA 1J6ZA 1TYQB 5BREA 3ZX0A 1MWKA 1RDWX 5AQWA 3SMPA 1V4SA 1NGFA 2GELA 2FSNA 2P9PB 2QWNA 3EKUA 3H6EA 5AQFA 1ZC6A 2YJFA 3GDQA 1HKGA 3SK3A 4MO5A 4EAHD 3VGKA 1ZXOA 4FWNA 4O5FA 4PL8A 4DB3A 2Q97A 3VGMA 4ISFA 4BQZA 4E1JA 3O80A 5BRDA 5LJVA 3GE1A 5FPNA 3O8MA 3HM8A 2E2QA 2ASOA 4EHTA 3GOIA 5KPZA 1NBWA 4CZJA 1ATNA 2IIRA 3KHYA 4FOIA 2IVOA 4IJAA 4IWVA 2ZF5O 4KBOA 2ASPA 4B1VA 1GLDG 2E2PA 4H0YB 4K42A 4BR0A 2AP1A 4H0PA 4FPAA 1E4GT 4LC9B 4BRFA 1TUYA 3BEXA 5EY4A 4B1ZA 3G25A 2WUSA 5EOYA 3BP8A 1TUUA 4YDUC 5AQXA 2QWRA 1BDGA 2P9UB 4FSVA 4IO8A 3FGUA 2P9SA 3WQTA 3ZETA 3HSCA 2YI1A 3HBTA 5BN8A 2NLXA 4RTFD 1X3NA 2YHXA 1SAZA 2FLOA 3I33A 2P9SB 3I8BA 3U9DA 1MWMA 5AQHA 1BA0A 1LOTB 3MK6A 1YUWA 3WXIA 1T44A 3M3ZA 4BROA 1QQMA 1IG8A 3FZKA 4XH1A 1YXQA 1BOTO 3CJ7A 1HPMA 3DXKA 4L3QA 5F0XA 3C7NA 1RFQA 2D0OA 2QXLA 3W3DA 4B1WB 2VWBA 2D0PA 3DXKB 3MDQA 3C7NB 2PAVA 3CHWA 4A2AA 3A5OC 3H3OB 4BRPA 3O08A 1DGKN 4IXCA 1HJOA 3ZEUA 4BG8A 5ELZA 3AY9A 1Q18A 3R8EA 2E2NA 3AAQA 5AFUH 4BRKA 2NZTA 4EHUA 3O1BA 3ZEUB 3BUZB 1OKJA 3MN5A 3UKUB 4Z94A 3O5BA 2FXUA 1QQNA 1S3XA 3TU5A 4FWSA 4M7YA 4HWIA 4F9OA 1ZBSA 4RCHA 3F9MA 3BF3A 5EVZA 2AA4A 4CZGA 3MN6A 2HOEA 1NMDA 1D4XA 2GEMA 3AARA 1EQYA 3EN9A 3HTVA 4M7XA 3VEWA 5LJWA 2EWSA 4A2BA 3UB5A 5JICA 2YHWA 4H0XB 4H0OA 4ISGA 1C0GA 1E4FT 1GLLO 5JLFA 2D1KA 3CJ1A 3VPZA 4AM6A 3QBXA 2Q0UA 4H0VB 3VF4A 4PKIA 4CZMA 1LCUA 2ZGYA 2E88A 4C23A 2Q1NA 2H3GX 2GTDA 4BR2A 3CIPA 4NB4A 4K41A 3LL3A 3LDOA 1YAGA 5KPRA 2ITMA 4BQLA 4WQ5C 3ATVA 4H5NA 3QFUA 2E20A 3QMLA 1NWKA 2CGKA 3R9PA 1NGDA 1XQSC 4CZIA 4H5TA 5BR9A 3VEXA 2E1YA 4FWQA 4CZLA 1MA9B 3WT0A 3U9ZA 3WXKA 2OANA 1ESVA 2E1ZA 3H45C 5KQDA 3LM2A 3CJBA 5CE3A 1CZAN 2PBDA 1NGCA 2P9KA 2E2OA 2Q36A 2YCHA 4QS9A 5AQLA 4CBUA 4BC2A 3VEYA 3CERA 1BG3A 4JAXA 2P9KB 4JHDB 5ADXH 3EO3A 3VGLA 1QZ6A 4H5WA 3LDPA 2FF3B 2CGLA 4BRDA 2BUPA 5E84A 3CQYA 2P9LA 3W0LA 2P9UA 1RGIA 3A0IX 1NM1A 3O6WA 5FPEA 2P9LB 4M63C 3ZX3A 4K25A 3WXLA 2FF6A 1NGGA 1NGAA 1YVNA 3O4WA 5KQ8A 2YHYA 4MLHA 4FL9A 2I7NA 3C0BA 3DWLA 4CJ7A 4JN4A 3IFRA 5BRFA 5AFUA 1GLBG 3WUHA 2J4RA 2QW9A 5AQTA 4BRCA 1HLUA 3MN9A 4BREA 2GUPA 3H1VX 1G99A 1H1VA 1X3MA 1NGJA 3S41A 4FOEA 2BTFA 3M6GA 4BRNA 3ID8A 5AQVA 3OHRA 3FZMA 4MLEA 1K8KA 3GG4A 3BF1A 4FWLA 3UKUA 1GLEG 4EFHA 3JXUA 3MN7A 5AQKA 1K8KB 5AQJA 3UE5A 4BRGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GUIA 4A5AA 1LW0A 4ELVA 1XC3A 4IBNA 3CFPA 4XIUA 3LDNA 3NCIA 1Z25A 1JXBA 3DXMA 3WNGA 4M3TA 2R7YA 2A41A 3EZWA 1QZ5A 3NF7A 4BC4A 4YOYA 4X62K 1ATRA 3WXMB 3KD1E 4DTNA 2X6NA 2HF4A 4N56A 4ELTA 3QLHA 4DSKA 2X74A 4LF8K 2VGMA 3PIPL 3M8PA 1T6CA 2YV0X 4I9LA 4BRMA 3ZSWA 4A57A 1C1AA 5AZIB 4FJJA 3HPOA 2G8KA 2A5XA 2YKNA 1XNQK 1BI4A 3HXMA 5F1XA 1NK5A 4JD2B 4J2AA 4HUFA 3HPHA 2JGUA 4RW9A 4QS7A 4W5OA 4DSEA 3AO3A 1BCMA 3NHGA 1LWFA 2V51B 4I7FA 1C1BA 3VQDA 4I2PA 3GBTA 3VQQA 3QIPA 1FK9A 3FFKB 3LM9A 3K59A 4B1UB 2WFBA 1X9WA 1OH5A 2PYLA 2UU9K 3VETA 1BWFO 3B6PA 3OYCA 3OS1A 4FJNA 4AHUA 4DTUA 1BA1A 4DQRA 2G8VA 1Z6RA 3LDQA 3MMVA 3OTOK 1NK4A 1WUAA 4A61A 3ASMA 4K43A 4M45A 1TV6A 4BGBA 3VQ4A 4WYBA 4K0KK 2F9TA 2ZJPL 4GY2B 3M1FA 3AGRA 3SLCA 4Z4IA 4F4KA 3CC2N 5B8HA 2ZWHA 4F2RA 4I2QA 1HUXA 5M1NA 1JKHA 4J2BA 3LZJA 1JCFA 3AV9A 4EP4A 4K8XA 2HF3A 3FZLA 2RKIA 1HX1A 3BY5A 4LFBK 2HBKA 3ZSYA 4EZ6A 2A42A 4LFAK 1XC9A 3R3LA 1BIUA 2XY5A 2YJEA 4Y0WA 3J81O 4CEQA 3AVNA 5AQGA 1LWCA 4IZ9A 4KFBA 3ATUA 1S1WA 2KTQA 1KTQA 4FJGA 1TKDA 4DWIA 4NYNA 4BWMA 3QFPA 4DR6K 4G1QA 1GOBA 4B9UA 5MLCQ 1BUPA 4DQPA 4YORA 1P8ZA 3HP9A 3VOVA 4DSJA 3DLKA 4UQGA 3WQUA 5EXWA 4DTRA 3VEVA 3QICA 3ZYYX 1SUQA 3D7EO 1BQNA 1C0MA 4G9ZA 3ZSRA 1VRTA 5KRTA 4ILHA 3QEVA 5KPTA 3ID6A 3ENHA 3SUNA 3SUQA 4FJKA 5GIPA 3TAQA 2ASMA 3WNEA 2RN2A 4KHSA 1QHAA 5AJ3K 2IVNA 3P39A 4JEPA 4DKWA 3RMAA 4MO4A 3H1QA 3ZX2A 3O3GA 2HBJA 3ZT3A 4XEIA 2IS3A 1RT7A 2KQ2A 1NGBA 4B9QA 4DHYA 2HMPA 4IFYA 4BRQA 4BRHA 3O9RA 4FJIA 1X1PA 5DM6L 4OKJA 2VWKA 5BPMA 4Z4FA 1DT9A 1KFDA 1GLCG 3VQ7A 3HVTA 3SAFA 4DUZK 1T6DA 2O8CA 1HKCA 4B3TK 4GVEA 1NGEA 3CQXA 4KKOA 4WQ4C 4BRIA 4BR5A 4M3ZA 2A1SA 4DV3K 2UYTA 2QEXN 1WAFA 4ISEA 3RMDA 1GLAG 5M1KA 5BREA 5KGWA 3ZX0A 4LH4A 3E01A 4CHYA 1NGFA 2FSNA 4TSXA 5AQFA 3TSQA 1HKGA 3SK3A 4H4MA 5HRRA 4JV5K 3KK2A 4EAHD 1VSLA 4DB3A 2Q97A 4Z4EA 4ISFA 3LWLA 1K9MO 5D3GA 3O80A 3DLRA 5FPNA 4B8CA 1P90A 2ASOA 4O5BA 4DSFA 4E7JA 3LANA 4KV8A 4Q5VA 2NRXA 3T19A 2IVOA 4IJAA 4JKGA 4IWVA 4CJFA 4AF1A 3KTQA 1GLDG 1RBRA 4RG8A 5C2FA 2QXFA 3S3NA 4LF7K 1FKPA 1IKYA 4CJKA 4BR0A 2AP1A 4CVNE 4Z4CA 3AVGA 3BEXA 1J9AA 2WUSA 4YDUC 4FCYA 2QWRA 3P31A 4IO8A 3WQTA 4WE1A 3DLBA 5BN8A 2NLXA 1RDAA 4RTFD 1DLOA 4FM0A 1W7AA 5JS1A 4CF0A 5IWAK 3CM5A 1MWMA 5AQHA 2WOMA 4FLTA 1NJIO 2P5OA 3HT3A 3QESA 2G8UA 4IKFA 3WXIA 1T44A 1LWEA 3M3ZA 1F21A 1IG8A 3NH1A 1BOTO 3CJ7A 4L3QA 1RILA 4FLYA 4KHUA 3SV4A 1HR0K 2D0PA 3VQEA 3DXKB 2EHGA 1A5WA 3ITHA 4JS5A 4DV1K 3OYJA 4CGGA 3QIOA 1GOCA 1WSHA 5AFUH 4E3SA 3DLHA 1JLAA 3PY8A 3BUZB 3SYZA 3UKUB 3V9UA 4Z94A 1JXEA 4ILGB 1QQNA 4QOZB 4BDPA 4IDHA 3OBWA 3TU5A 1NK8A 4DU1A 1TKTA 1Q8IA 4M7YA 3K0SA 1ZBSA 3L2QA 1RT5A 3AA4A 1RT3A 5JVGL 4HCCA 3S3OA 3VQ9A 4KH4A 2GEMA 4C8NA 1EQYA 3EN9A 3HTVA 2NRRA 5EU7A 5GAGP 4M7XA 2D0CA 4JI5K 1Z26A 4U7BA 1NOYA 2YHWA 1KLMA 3AO4A 4C1NI 3WNHA 1E4FT 4ILJA 1GLLO 3ZSOA 4DR4K 1NJWA 2Q0UA 3THXA 3VQCA 2Z1IA 4PKIA 5A2QO 2NRVA 3OYMA 4CW7B 3O3HA 3NF6A 2Z1JA 4NB4A 1QQCA 3LDOA 1RDBA 1L3UA 2ITMA 4H5NA 1OVYA 3R9PA 4DUYK 3KWIA 4BDYA 1XQSC 3L3UA 4H5TA 5BR9A 3VEXA 1KVCA 2E1YA 4FWQA 1MA9B 1RT6A 3U9ZA 3WXKA 3H45C 1YTUA 1I3AA 1CZAN 1UAXA 3P38A 2E2OA 3H08A 2Q3SA 4CBUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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