2YJFA

Oligomeric assembly of actin bound to mrtf-a
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
371
structure length
352
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVKDSYVGDEAQSKRKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a pentavalent G-actin*MRTF-A complex reveals how G-actin controls nucleocytoplasmic shuttling of a transcriptional coactivator.
pubmed doi rcsb
molecule tags Motor protein
source organism Oryctolagus cuniculus
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 111
structure length 352
sequence length 371
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yjfA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yjfA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2yjfA03
5AQNA 2QWNA 3GG4A 1GLLO 4BR7A 2E8AA 2QW9A 4E1JA 4RWTA 5E26A 3WXLA 2VCPA 3FZMA 1Y64A 4CZKA 3VGLA 2E2NA 5LJVA 3R8EA 4M63C 4BVOA 3EO3A 4MO4A 1SAZA 2GWKA 3FZFA 2WUSA 3EKSA 2ASPA 4BR9A 5AQPA 3CQYA 2P9LA 1NBWA 3QDKA 4BRDA 1BWFO 1NGHA 2QWMA 5AQYA 2FSKA 5AQKA 1BDGA 1YXQA 4FWKA 2E2PA 3QFPA 4JHDB 3VEXA 3L6QA 5JLHA 5AQLA 4B1UB 3A5MC 4RTFD 4WQ4A 5AR0A 1YAGA 5JICA 1QZ5A 3A5NC 3CHWA 4PL8A 3P4IA 1Z05A 3WXJA 5BN9A 4WYBA 3GE1A 4BC4A 4EHUA 2E2QA 3B8AX 5B8HA 1T6CA 4L3QA 1S22A 4GNIA 1HPMA 4BG9A 4FWOA 4MLHA 1EQYA 5CE3A 3W3DA 1U6ZA 2Q31A 4A61A 4PKGA 4BC3A 1XC3A 3C7NA 2QXLA 1DKGD 2IIRA 5AQXA 3CJ9A 1Q18A 4XH4A 2P9UA 3A5OC 1TYQA 3CETA 4H03B 4I6MB 3VEWA 3ZX2A 5BRDA 4BRPA 1GLBG 5FPMA 3UKUB 1U2VA 1X9JA 3BEXA 3VEZA 3LM9A 5ADXA 3MK6A 1HKBA 2FF6A 1HUXA 5EY4A 1P8ZA 4CZEA 3MN6A 5F0XA 3LDLA 3JS6A 4BGAA 3BF1A 3JXUA 5LY3A 1MWKA 4LC9B 4RCHA 3MN7A 1ZBSA 2E1YA 2F9TA 1HJOA 2QWQA 3ZEUB 1V4SA 3VGMA 4B1XB 1ZXOA 4BC5A 3BUZB 1CZAN 1S3XA 3D2EB 4FWMA 3O4WA 3ULEB 3WXIA 2QWLA 1BA0A 2P9NB 1K8KB 4BRIA 1WUAA 2QWOA 4JHDA 2ASMA 4BG8A 2GUPA 1HKGA 5BN8A 4M7YA 1SZ2A 3LDNA 3MN5A 3F9MA 4A2BA 3A5LC 4EIAA 3SK3A 2V7YA 2CGKA 5TKYA 5AQVA 4ISGA 4QS7A 4Y0WA 1WOQA 3LDPA 2YHWA 3EKUA 4JNEA 5LJWA 2AA4A 2YJFA 1SQKA 3G25A 2A6AA 4FO0A 2A3ZA 2Q0RA 4K42A 4FWSA 4BRQA 3CJCA 1ESVA 2VYPA 5JMVA 4I6MA 5AZJA 4BVPA 2F9WA 3UKUA 2VWBA 3A0IX 4H5VA 2DPNA 2Q36A 3U9DA 3VF2A 4CZHA 4CZFA 2D0OA 3CJ1A 2ZF5O 3WXKA 4ISEA 3LDQA 2KHOA 1NGCA 3H3OB 1QQNA 1GLEG 5AQFA 4WQ5A 2QWRA 1JCGA 1C0FA 4MO5A 2V51B 3ZEUA 4YDUC 4BQLA 3LL3A 4BRMA 4XH1A 1ATSA 1R59O 4O8KA 3W0LA 1NGBA 3D2EA 3HM8A 3ULEA 2P9NA 1NGFA 1K8KA 5AQWA 4H5NA 4BRKA 1BOTO 2ASOA 3EN9A 3FZLA 3VERA 5E84A 4J8FA 5AQOA 2I7NA 3I8BA 3RSEB 3BP8A 3GOIA 3H1QA 5EOYA 5JLFA 5KPRA 4CI6A 4NO7A 2PBDA 4CZMA 4CBXA 3ENHA 3AAQA 4FL9A 3O1WA 4XEIA 3DXKB 3TU5A 3DXMB 1JCFA 4CBUA 1GLCG 3FGUA 3VOVA 3CIPA 4CJ7A 4BROA 4WQ5C 2ZGZA 4IXCA 3O8MA 2FXUA 4BREA 5ADXH 5ELZA 2ITMA 3CJBA 1LOTB 2FLOA 2W41A 3VGKA 3HZ6A 4WQ4C 5EX5A 2J4RA 4A2AA 2P9IB 3UE5A 2YJEA 5BPMA 4H0PA 4H5RA 3S41A 4CD3A 4CZJA 1ZC6A 4BR4A 2GWJA 3DWLA 4XH5A 4FOEA 3IFRA 1MWMA 1IJJA 4K43A 5AZIB 2CGLA 1X3NA 3VETA 3O6WA 3VEOA 3FZKA 3AY9A 5AQRA 2P9PB 3R9PA 4ISFA 3O80A 4IZ9A 5KPTA 4PL7A 4FPBA 2A42A 2E88A 3FLCO 3HI0A 3ZETB 1NGGA 3KHYA 4BRHA 1XQSC 4K41A 3MCPA 1GLJO 3WQTA 4F9OA 4H0YB 1KAXA 3VF6A 2FSJA 3SMPA 3D2FB 1ATNA 4H0TB 4CBWA 4IJAA 4FSVA 2CH5A 1RFQA 3DAWA 5I9EB 4QS8A 4B1YB 4JD2B 3O08A 5AQTA 3FE1A 1XUPO 3SLCA 1TUUA 3KZBA 3CERA 1ATRA 2YHXA 4CD1A 3VPZA 4IWVA 4A62A 3RSEA 3SMSA 3U9ZA 3M6GA 4B1ZA 3J8AA 2P9KB 2Q2RA 3A8YA 2GEMA 5BPLA 2PAVA 2IVPA 3CJAA 3EL2A 1T6DA 3WEEB 1H1VA 3C0BA 2HMPA 5AQGA 4H0XB 3FZHA 3DXKA 2GELA 3DXMA 2IVNA 3MMVA 4H5TA 2EWSA 4NB4A 3WT0A 4FPAA 3MDQA 3WQUA 3O5BA 4BR5A 5BRHA 1KXPA 5AQIA 4PKIA 2IVOA 2P9SB 1C0GA 5AFUA 5KQ8A 3H6EA 4FWNA 2Q0UA 3QBWA 2BTFA 2P9IA 2Q1NA 3IMXA 2D1KA 1BG3A 2Q97A 3I33A 4IJNA 4BRFA 5AZIA 3ATVA 3LM2A 4M7XA 5AQMA 2P9PA 2E2OA 2E1ZA 2GTDA 2D4WA 1TUYA 3ZX0A 1U2VB 1BO5O 1V4TA 3HBTA 4PKHA 1NGDA 4CZGA 5BPNA 3KVGA 3ZETA 1E4GT 3L4IA 5F2RA 4CZLA 4K25A 3AARA 2FSNA 5AQJA 4EAHD 1MDUB 1DGKN 2CGJA 4H5WA 1GLAG 3D2FA 1QQMA 3AAPA 3O1BA 4EFHA 2A40A 4B1WB 4JD2A 5BREA 3QBXA 2BUPA 4QS9A 3H3NO 2W40A 3ID8A 3TPQA 2UYTA 3QFUA 3L0QA 3HSCA 1HX1A 1HLUA 1E4FT 3HTVA 3OHRA 2P9KA 1QZ6A 2HF4A 2HF3A 3WEEA 2FF3B 1RDWX 2NLXA 3BF3A 3CI5A 1BA1A 4BC2A 1GLDG 3IUCA 1BUPA 4BGBA 4B9QA 3DJCA 4O5FA 3GBTA 2E20A 3M1FA 1HKCA 5BRFA 2ZGYA 1YUWA 3VEYA 5FPDA 5F1XA 4BRCA 4EHTA 3ATUA 3UB5A 2QM1A 4BRLA 4BRNA 4BRAA 2P9SA 3FR0A 1T44A 5AQZA 4H0VB 1D4XA 3UKRB 4FWQA 5BR9A 1GLFO 5KQDA 1QHAA 3H1VX 3GL1A 2V7ZA 4DCHA 3FFKB 1OKJA 4MLEA 2OANA 1NGEA 5FPNA 4BRGA 3VESA 2NZTA 3GDQA 4FWLA 1X3MA 3U4LA 1NM1A 3CQXA 5KPZA 5AZJB 4BQZA 4DB3A 2YHYA 1J6ZA 4KBOA 4DQ8A 1RGIA 1YVNA 4B1VA 2A41A 4DHYA 5EVZA 2YI1A 5AQSA 2P9LB 5FPEA 3MN9A 4FWRA 4C23A 2QWPA 2I7PA 3D7EO 2YCHA 4FWPA 1NGJA 4JAXA 3QICA 1LCUA 4HTLA 1DEJA 3QMLA 3EZWA 2V52B 3CJ7A 3WUHA 1NGIA 4FOIA 3VENA 2CH6A 4BR0A 1BU6O 1MA9B 5EXWA 1IG8A 3ZX3A 4CZIA 1Z6RA 3U8XA 1NLVA 3H45C 1QQOA 4HWIA 1KAZA 5AQQA 2AP1A 4IO8A 5AFUH 1NGAA 2NRHA 3IDHA 3R6MA 3M3ZA 1NMDA 4H0OA 4GY2B 3VEVA 3SJHA 2H3GX 2ZWHA 4Z94A 1KAYA 5AQUA 3VF4A 4JN4A 3C7NB 1G99A 5AQHA 2A5XA 4YDUA 2D0PA 3LDOA 3ENOA 3UKRA 1NWKA 2HOEA 4AM6A 2P9UB 3QB0A 1JCEA 3H46O 1TYQB 4BR2A 4AM7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CPEA 4CFBA 2OCEA 1GLLO 2NRZA 1U47A 5E26A 2VCPA 4AHTA 4M3TA 3EE9A 4BVOA 4M42A 3B6PA 1Q81O 3EO3A 1SAZA 1KVBA 2WUSA 3EKSA 5GAEP 3V9ZA 3CQYA 2P9LA 2XY5A 3ZT2A 4JKHA 2O8EA 1IKXA 2YNFA 4KTZA 2HNYA 1BDGA 1TKTA 1YXQA 1S1XA 4CECA 3KK3A 1Q8IA 1NNEA 3NGIA 1IBMK 5E41A 5JLHA 4AILC 5AQLA 4B1UB 1NK6A 1QZ5A 4B9SA 1ITGA 5C42A 5KGXA 4WYBA 1NG9A 5B8HA 1OH7A 3H08A 3KK1A 1UOCA 4L3QA 1E3MA 5C2FA 1HPMA 4BG9A 1GOAA 5CE3A 1EQYA 1U6ZA 4JK9A 4RW7A 3M8QA 2E6LA 4BC3A 5HOOA 1EWRA 1VQLN 4DTNA 3DOLA 2Z1HA 2RN2A 3NH1A 4C8KA 4NCBA 4KHSA 4I6MB 1XHZA 3VEWA 2O8BA 5CR4A 4FCYA 5FPMA 4CEAA 3BEXA 3VEZA 3RMBA 3G0ZA 5HLFA 3KWGA 3JS6A 3JXUA 3L2RA 4DR3K 3NH0A 4JI1K 4DTJA 4OLBA 5JENA 4BECA 3KK2A 1EX4A 4E7LA 1HYZA 3ZEUB 2D0CA 4DR6K 2D5RA 1ZXOA 1NK4A 1W97L 3BUZB 1S3XA 3VQ6A 4RW4A 5KGWA 4FWMA 2O8FA 3O4WA 1BA0A 3ZLJA 3BDPA 1B9FA 2ASMA 1HKGA 4E7IA 1P90A 3F9MA 2O8DA 5GINA 1W2BM 1XNQK 3ZT3A 4GVMA 3A5LC 5AQVA 4ISGA 4QS7A 4E19A 4CJLA 1WOQA 4CEOA 3K0SA 4BE2A 1XI1A 1HR0K 3LDPA 2NRVA 4WFAL 2PYJA 3EKUA 3RRHA 4DMNA 2AA4A 2YJFA 3VQ9A 1WBDA 4LH4A 5LMNK 1K6YA 4KI6A 3G25A 5DK5A 2Q0RA 3BGRA 2OZMA 1F21A 1HNXK 4KHPK 4BRQA 2YKMA 1ESVA 3D45A 1RT2A 5JMVA 1QSLA 1MU2A 4CF0A 2YKNA 1ZBFA 4Y1DA 2OTJN 3UKUA 4DV2K 3O3FA 3IRXA 4FJNA 1RT7A 2D0OA 4WCEL 1C1CA 3NBPA 3SZ2A 1NGCA 4MDBA 2QWRA 1JCGA 2KLAA 4CEEA 4YDUC 3BY5A 3LL3A 4IEEA 1TK5A 4XH1A 1R59O 3MX2A 2IC3A 1NMNA 4FJKA 3RR7A 3D2EA 3MECA 4BWMA 4N47A 1IKWA 4FLWA 1NJZA 2KFZA 3SQ0A 4HUGA 3B6OA 1X9SA 3M8SA 2ASOA 3EN9A 1NKBA 3E9LA 1HQEA 5JLFA 5KPRA 3T1AA 1XNRK 1JLBA 1EWQA 3IKMA 4CBXA 3ENHA 4NLBA 4E7KA 3DXKB 3DXMB 3IG1A 3VOVA 3CPWM 4CJ7A 2ZJPL 4N5SA 3V9XA 4J2EA 3CM5A 2VWKA 4DR1K 5ELZA 4CK3A 3LP1A 4U7BA 1LOTB 1FKOA 4WQ4C 1LW2A 4J2BA 1C0MA 5BPMA 4H5RA 1LWFA 4FOEA 4CJ3A 4AHUA 4QCLA 2CGLA 3O6WA 3AY9A 3AVFA 4CEFA 4DWIA 3V1OA 4PL7A 3VN5A 3HI0A 3ZETB 5GAGP 3DLRA 1LW0A 4BRHA 4CJQA 3MCPA 1RDDA 3WQTA 4H0YB 2B5JA 4FVUA 1BHLA 4IJAA 1RFQA 1FXXA 5I9EB 4KB1A 3PSFA 1YJWN 3O08A 1XUPO 5GIPA 3EE8A 1YF5L 3KZBA 3CERA 4CD1A 1SV5A 3RSEA 3SMSA 3J8AA 5LL6Z 2IVPA 5J2QA 1RT4A 4H0XB 4DLEA 1TL1A 3AVKA 4B3MK 2IVNA 3MMVA 4H5TA 4NB4A 2YNGA 1D9DA 2E4LA 3MDQA 2Z1JA 3AV9A 4O44A 2IOCA 1EO1A 4Z4HA 5KQ8A 5M1KA 3OYHA 2Q0UA 1ASWA 3QBWA 1ZBHA 3E1YA 2P9IA 3V9SA 3BZCA 3C6AA 5TKWA 3TTFA 4U67L 4FLYA 4B9LA 3DLGA 2P9PA 2E2OA 3VQ8A 4ELVA 4JI4K 4KH6A 3AVCA 5BPNA 3KVGA 2G8WA 3AARA 1WSFA 4AHVA 4CHZA 4EAHD 1CXQA 4H5WA 1GLAG 2YV0X 3D2FA 4JS5A 3P31A 3AAPA 1NJXA 4M3WA 3NHGA 3E01A 5CY4A 1C1AA 1BI4B 1DLOA 3ZSWA 3CM6A 3PLAA 4H8KA 1SKWA 1JLCA 2W40A 4CIFA 1WSEA 2UYTA 3TARA 4HVJA 4O0JA 2Q3SA 5M1QA 3SAFA 1VSDA 2QKKA 1WN7A 4B9TA 2P9KA 4CJFA 2HBMA 4Z4GA 1QZ6A 2HF4A 3WEEA 4CJTA 2FBYA 4BC2A 3AVNA 1BA1A 3L8BA 4BGBA 3AVAA 3QO9A 4B9QA 3CF5L 3GBTA 2QI2A 2E20A 3N4QA 1HKCA 4AHRA 5BRFA 3VEYA 2G8IA 4JKFA 4CFCA 3CFPA 3E66A 4BRAA 2P9SA 3FR0A 5AQZA 2RF2A 1GLFO 1VSKA 1K8AO 2RE2A 1QHAA 1Y97A 1TK8A 5HL7L 3MXIA 4QOZB 4JI6K 1OKJA 3VQDA 3V9UA 3CCLN 4F3OA 4YOTA 4CJ4A 1VHXA 2JWKA 4BRGA 4CJRA 4FZYA 1X3MA 1YIJN 4LF9K 1NM1A 3CQXA 2VWJA 4YNQA 3V4IA 1RBRA 4JI0K 4GV6A 1W0HA 3QIPA 4YOWA 3CYGA 2HHWA 4I2QA 5AQSA 4E1NA 3RTVA 3N4PA 5FRMA 2FBXA 5FPEA 4DQIA 1N33K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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