2YJFA

Oligomeric assembly of actin bound to mrtf-a
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
371
structure length
352
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVKDSYVGDEAQSKRKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a pentavalent G-actin*MRTF-A complex reveals how G-actin controls nucleocytoplasmic shuttling of a transcriptional coactivator.
pubmed doi rcsb
molecule tags Motor protein
source organism Oryctolagus cuniculus
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 111
structure length 352
sequence length 371
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yjfA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yjfA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2yjfA03
2P9UA 3A0IX 4H5TA 5AQPA 3VEYA 4CZMA 4B1ZA 4EHTA 4BRQA 3P4IA 5FPDA 3D7EO 4FL9A 4GY2B 2A6AA 5AZJB 2P9PA 3HSCA 1YUWA 3BP8A 2OANA 3LDQA 3ATVA 3BEXA 4K43A 4MO4A 5JICA 1BDGA 4FWRA 2P9UB 2A5XA 3VEWA 5AQFA 3A5OC 1CZAN 4BRKA 2FSNA 3DWLA 2EWSA 2F9TA 3R8EA 3LL3A 4XH1A 3DXMB 3D2FA 3HTVA 2QXLA 4K41A 3EKSA 4JAXA 1KAYA 4BRIA 1X3MA 1NM1A 3A8YA 2V52B 2ZF5O 3MCPA 4CZLA 1RGIA 2GELA 2P9IB 3ZX2A 1NGDA 2QWRA 2P9LB 4B9QA 4BRNA 1QHAA 3ENOA 3D2FB 3CJ7A 1X3NA 4I6MA 4YDUC 3WEEA 3GL1A 4M7YA 3WT0A 4FWLA 3EO3A 3CHWA 1QQMA 3M1FA 2HF3A 4BR0A 3FZMA 2CGJA 2A42A 3RSEB 1C0FA 3VPZA 4CBXA 4FWOA 3AARA 5AQSA 1IJJA 1HUXA 5LJWA 5E26A 3SLCA 5B8HA 4CZHA 4LC9B 2E2QA 3U4LA 3MN7A 3QB0A 2FSJA 1NBWA 3O8MA 5BN9A 2ITMA 4CD1A 2D0OA 3ZEUB 1V4SA 3QMLA 4BRDA 4FWMA 1X9JA 2YHXA 3CERA 5JMVA 3CQXA 1KXPA 4EFHA 4WQ5A 4BRFA 3ID8A 4FPAA 5ADXA 2GUPA 3H1VX 3D2EA 4IZ9A 3SJHA 2E8AA 4CI6A 4BQLA 3SMPA 3FZLA 1GLCG 3WXKA 5BPMA 1NGHA 2P9SB 3LM2A 3AY9A 3U9ZA 3IMXA 2Q36A 3AAPA 3MK6A 2QWNA 3O1BA 3B8AX 4JHDB 5AQIA 4B1XB 3CJ9A 3TPQA 2CGLA 1J6ZA 5F2RA 1GLBG 5AFUH 5AQMA 3DXKB 1LOTB 3A5NC 1NGAA 3FZKA 3BF1A 1U2VB 4BVOA 2W41A 3C7NB 1HPMA 4H0YB 4JNEA 4CZEA 4CJ7A 1BOTO 3L0QA 1Y64A 3TU5A 3U9DA 4CZKA 2Q31A 5FPNA 4GNIA 3QICA 3GE1A 2ASOA 4M63C 5AQXA 2E2NA 2A40A 1KAZA 5AQKA 3EKUA 4AM7A 4H0XB 3L6QA 4QS9A 2YCHA 4H5RA 4JD2B 4MO5A 2F9WA 3QBXA 1MDUB 3VGLA 2V7YA 2P9KB 2NZTA 1NGJA 1BA1A 2QWLA 2HMPA 3FZHA 5AQJA 5LJVA 3ZX3A 3GDQA 2QWPA 4QS8A 5AR0A 1ZBSA 1LCUA 3FR0A 4A62A 5AQUA 1MWMA 3LDOA 4H0OA 3O80A 1JCEA 5BRDA 2Q2RA 3VESA 2P9PB 3H6EA 1T6CA 1JCFA 1MA9B 1Z6RA 2I7PA 2GWJA 3H46O 3IUCA 5E84A 4C23A 3VEOA 1QQOA 4EAHD 4PL8A 1HLUA 4CZIA 2CH6A 3BF3A 2GWKA 3VF4A 5FPMA 2FXUA 1NGBA 1BWFO 3FE1A 1YVNA 5AQNA 2BUPA 3C0BA 4H0TB 4L3QA 4BR9A 2V51B 1S22A 4BC4A 1SZ2A 2IVNA 3CJAA 4H5VA 4XH5A 4A2BA 4B1VA 1H1VA 3UKRA 5AQHA 2IVPA 2IVOA 4PKHA 3WUHA 2VCPA 4CZJA 2GEMA 4RWTA 3MDQA 4I6MB 3WXJA 2A41A 2J4RA 2YHYA 3J8AA 3O4WA 3QFUA 3WEEB 3F9MA 1TUYA 3HZ6A 3GG4A 1WOQA 2IIRA 5F1XA 2I7NA 3UE5A 4FWPA 4BRAA 4PKGA 4FOEA 2YHWA 2HOEA 3SK3A 3ZETA 4XH4A 4HTLA 1P8ZA 2H3GX 2Q1NA 2E20A 3WQTA 5AZIA 4B1YB 3UKUA 2FF6A 4BC2A 3HBTA 5TKYA 3R9PA 1NGIA 1WUAA 3ULEA 2GTDA 2FF3B 4BROA 3KHYA 2NRHA 4CZFA 3KVGA 5AQVA 1XUPO 2VYPA 5AQZA 4BR5A 4DHYA 2UYTA 4K42A 4BVPA 3I33A 1NGFA 4FWKA 3VEXA 4XEIA 3H3OB 3D2EB 1NGCA 5AFUA 3WXIA 2ZGZA 5AQOA 4WYBA 5BPNA 1DEJA 3H45C 4AM6A 5ADXH 1Q18A 4DCHA 2AA4A 3FZFA 4PL7A 4BR4A 1K8KA 3O5BA 1T6DA 3FFKB 4FOIA 1S3XA 2WUSA 2YI1A 1BUPA 4WQ4A 4BC3A 2AP1A 1TYQA 2D4WA 2CH5A 4IO8A 1ATRA 3H1QA 2P9NA 3BUZB 3S41A 4Z94A 2E88A 1HKCA 3HM8A 2QM1A 1C0GA 2E2OA 5AQRA 4ISGA 4ISFA 4BR7A 2DPNA 1E4GT 5EXWA 4JN4A 5AQQA 2NLXA 3QBWA 3M3ZA 1DGKN 3VF2A 3ZX0A 4DB3A 1SAZA 2FLOA 3ENHA 1QZ5A 2W40A 4H5NA 1RDWX 2V7ZA 3JXUA 4F9OA 5AZJA 5KQ8A 3UB5A 4BGBA 3CQYA 4BG8A 3VOVA 4M7XA 3KZBA 3VGKA 2Q0RA 3EL2A 3LM9A 3CIPA 5EX5A 4CZGA 4BRGA 3DXMA 1HJOA 1MWKA 3MN9A 4BC5A 4CBWA 5KPRA 4BRHA 4H0VB 5BR9A 2P9IA 3CJ1A 3VGMA 4BR2A 5JLFA 5CE3A 5BRHA 1BU6O 1QZ6A 3DJCA 2P9LA 4DQ8A 3EN9A 4J8FA 4QS7A 2D1KA 4FO0A 1IG8A 1BA0A 3VENA 1V4TA 2YJEA 3MMVA 2KHOA 3W0LA 4CBUA 4EIAA 4YDUA 3CI5A 3QFPA 4RTFD 3AAQA 2YJFA 4IXCA 3VETA 5F0XA 3RSEA 3R6MA 4IJAA 3LDPA 1R59O 2QWOA 3LDNA 2QWQA 4FWQA 3H3NO 3UKRB 1XC3A 2A3ZA 3WQUA 1U6ZA 4B1WB 2E1ZA 5FPEA 1NLVA 3U8XA 2PAVA 3IFRA 4H5WA 2VWBA 2E2PA 5BN8A 4FWSA 3HI0A 3ZEUA 4BG9A 4FWNA 4BGAA 2D0PA 2BTFA 4MLEA 5AQTA 1HX1A 3FGUA 3VERA 3DAWA 4WQ5C 4MLHA 4BREA 5BRFA 2Q97A 5KQDA 4FSVA 3A5LC 3ZETB 1GLLO 5AQYA 4CD3A 5AZIB 2FSKA 1T44A 3M6GA 1XQSC 3G25A 3UKUB 4H0PA 2P9SA 3L4IA 4NO7A 2Q0UA 5ELZA 1D4XA 3ULEB 3VEVA 1NMDA 1OKJA 2HF4A 4JHDA 4H03B 1JCGA 4BRMA 1TUUA 3GBTA 2E1YA 3A5MC 4KBOA 5JLHA 4PKIA 1GLAG 3O1WA 4ISEA 1KAXA 4B1UB 1QQNA 1NGGA 1ESVA 1RFQA 2ASMA 1ATSA 3JS6A 3DXKA 1SQKA 1GLDG 3CJBA 4BRPA 5EOYA 4HWIA 5EVZA 2ZWHA 1U2VA 3MN6A 1GLJO 3O6WA 1G99A 4RCHA 3C7NA 4A2AA 4O5FA 3OHRA 5AQGA 5AQWA 4IWVA 1ZXOA 1YXQA 4IJNA 3CETA 3WXLA 1DKGD 4K25A 1NWKA 3I8BA 5AQLA 5I9EB 1BO5O 5EY4A 5KPTA 5BREA 1GLEG 1BG3A 3LDLA 4Y0WA 3VEZA 1K8KB 5LY3A 4WQ4C 1GLFO 4BRCA 5KPZA 3GOIA 3O08A 1NGEA 1EQYA 3ATUA 1ATNA 2PBDA 1TYQB 3W3DA 5BPLA 4A61A 1HKBA 3CJCA 2P9NB 2QW9A 4JD2A 2CGKA 3FLCO 4O8KA 2P9KA 3QDKA 1E4FT 3MN5A 1HKGA 4NB4A 4FPBA 1Z05A 4E1JA 2QWMA 3SMSA 3IDHA 2ZGYA 3VF6A 4BQZA 2ASPA 3EZWA 4EHUA 1ZC6A 1YAGA 4BRLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CPWM 4NCAA 2ZQBA 4CW7B 4H5TA 4B1ZA 2UUBK 2QXFA 4JKBA 3WNHA 4DR4K 3QEXA 4LSNA 2P9PA 4DF4A 1YUWA 1S1UA 3BEXA 3OYFA 1BDGA 4FWRA 2A5XA 5AQFA 2FSNA 3TSPA 3DWLA 3NF7A 3SAGA 3R8EA 3PSIA 3DXMB 4LFAK 1HRHA 2QXLA 5KI6A 4JAXA 1KAYA 4DQPA 2V52B 2ZF5O 3AA2A 3DRSA 4M3ZA 2P9IB 5GADP 3IRXA 3OYNA 2QWRA 2P9LB 4Q0BA 4LH5A 1T3VA 4AHUA 4BRNA 3QINA 3D45A 4I6MA 3T19A 3WT0A 3C65A 3C6UA 3M1FA 2CGJA 3LAKA 4KHSA 1RBRA 5AQSA 1SL1A 1LW0A 4DR2K 4E7JA 3CM5A 2QTDA 4LC9B 3MN7A 2UU9K 4JKAA 1EKEA 1NJXA 4JYAK 1HNVA 4YFUA 3OYCA 1NBWA 4C8LA 4CD1A 2D0OA 3HP6A 1V4SA 3QMLA 4FWMA 5JMVA 3CQXA 1KXPA 1IBKK 3N4PA 2UXDK 3DLGA 1NJIO 4G1QA 4AQYK 4FPAA 5ADXA 3VQDA 4E3SA 3SI6A 4IZ9A 4AH9A 2KW4A 5FLXO 2ZJPL 4GW6A 3NF6A 1JLGA 3WXKA 5BPMA 4DQQA 3AY9A 4EP5A 3IMXA 2HSTA 3O1BA 4CEBA 4JHDB 4B1XB 3TAQA 2IC3A 1FKPA 2F96A 2CGLA 1S6PA 2O8DA 5F2RA 5TKWA 1TKXA 5AQMA 2RPIA 3CG7A 4KV8A 2HHVA 4BDYA 4B3SK 2OTLN 4QAGA 4J2AA 5DMRA 4E1MA 4IEIA 5CYMA 3NH0A 3ALYA 4JNEA 4H0YB 3TABA 4CJ7A 1BOTO 3TU5A 1W97L 3AVAA 2Q31A 1IO2A 5AQXA 2E2NA 4NLCA 3K9KA 1L5UA 1JLCA 3EKUA 4MDAA 1GOBA 4NLBA 4H5RA 4MO5A 2F9WA 1MDUB 3PIOL 4DS4A 4CEQA 3AO3A 2G8WA 5LJVA 4Z4CA 1VQ5N 2P51A 2XY8A 4KAZA 1LCUA 4A62A 2JGUA 3OTOK 1MWMA 3V9SA 1CZBA 4OGEA 1ASWA 3VESA 2P9PB 3KWIA 2VWJA 2GWJA 3H46O 3IUCA 1YF5L 1L3TA 3RR8A 1HLUA 4CZIA 3EEQA 3KJVA 4KH6A 3BZKA 3I0SA 4JKCA 5FPMA 4CEZA 2G8IA 2D5RA 3O9RA 3K5LA 3FE1A 5AQNA 4BR9A 4CJVA 1S22A 1QS4A 3TAFA 1SZ2A 4H5VA 3SNNA 2IVPA 4BE2A 2IVOA 3WUHA 4A5AA 3NE6A 2C1GA 4I6MB 4CJ4A 3TAEA 3HZ6A 1CZ9A 3EE9A 1RT5A 4YOYA 2I7NA 5GAGP 4PA1A 4FOEA 3K58A 2YHWA 3SK3A 1HYSA 4XH4A 4H8KA 4KPYA 4NXNK 4PHTX 2OA8A 2FBTA 4B1YB 3UKUA 5FRNA 4FJKA 3HBTA 5TKYA 3R9PA 4BDPA 4IBNA 3QETA 3CCRN 3ULEA 1WSJA 2O4GA 2NRHA 3KVGA 4DHYA 5AQZA 2VWKA 3LALA 4CF8A 4BVPA 2W00A 1KD1O 3S9HA 1VQ8N 4ZTFA 5GIPA 4OGCA 2AJQA 3TWHA 4E7IA 4WFAL 2UUAK 1LW2A 5AFUA 4DF8A 3ZSOA 1VRUA 3H45C 5ADXH 1HMVA 4KTQA 4HUGA 1Q18A 1WSGA 4CIFA 1C1AA 3A2FA 4M3WA 2O8DB 1XHXA 4AHRA 3OW2M 3L2VA 2YI1A 1BUPA 3RMCA 1ZBLA 1TYQA 2HB5A 4B9LA 2D4WA 2CH5A 3AVMA 1I39A 1ATRA 2HBLA 2E6MA 5JS1A 3S41A 3ZSZA 3SAHA 1C0TA 4ZTJA 4OKKA 3OBWA 2E2OA 5HLFA 1UAXA 1J54A 4B3TK 3F5TA 2NLXA 5J2NA 1YT3A 2NRVA 3I0RA 4ELVA 4HCCA 1SAZA 4R5PA 3ISNC 3ENHA 3O3GA 4CERA 1RCHA 2V7ZA 1HJRA 4BGBA 4CGIA 3HVRA 3CMAN 1WB9A 4RG8A 1F21A 3CQYA 4PQUA 1I94K 3MEGA 2ETJA 2WC9A 3HK2A 3EL2A 4CEEA 1S72N 5EX5A 1U47A 1HNZK 1NK8A 1IH7A 3TAPA 4BC5A 1KVBA 3HT3A 3AVKA 3THXA 2IOCA 3LP2A 3CJ1A 3VGMA 3VMFB 2KLAA 3EN9A 1FKOA 1J9AA 4YOUA 2D1KA 2KZZA 5LMUK 5I3UA 3ZLJA 3QLHA 3THVA 3T3FA 4ICLA 1QSSA 1J5EK 3QFPA 1VAZA 4RTFD 4IXCA 3J7YP 1S1XA 3RSEA 2OPQA 3DRRA 4BY9C 1CXUA 3LDNA 4WE1A 3OYKA 4FWQA 3H3NO 4CGJA 4N47A 3J7AP 1BQNA 4B3RK 1JLEA 1WN7A 4F3TA 1SV5A 1HNXK 1VHXA 2VWBA 1QSLA 3AO5A 1LWEA 4B9VA 3HYFA 2VQEK 3ZEUA 1KFDA 4IG3A 1X9SA 1W0HA 4MLEA 2XY5A 1HX1A 3VERA 3DAWA 4BREA 4CJTA 2HW3A 3A5LC 4DU1A 3LWMA 3SAFA 1XQSC 4FJIA 3G25A 3UKUB 2KQ2A 4YNQA 1G15A 3L4IA 4NO7A 3BY5A 1TV6A 3ULEB 1NMDA 4CJRA 3VQ4A 3PV8A 4K8ZA 1C0UA 2GBZA 4IOXA 3KLIA 5HRSA 4FW1A 2E1YA 1GLAG 2OZMA 3O1WA 4ISEA 4OLAA 1NGGA 1ESVA 2ASMA 1IV0A 1UA0A 1GLDG 2X74A 3AA3A 3C95A 3CJBA 4CJUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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