2ZWHA

Model for the f-actin structure
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
375
structure length
374
Chain Sequence
DEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The nature of the globular- to fibrous-actin transition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Contractile protein
total genus 114
structure length 374
sequence length 375
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 2zwhA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zwhA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zwhA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2zwhA04
2FSJA 4XH1A 4IZ9A 3ZEUA 3CETA 3VEOA 3ATVA 2NRHA 2FSKA 5E26A 2V51B 5ADXH 5AQNA 1X9JA 5BPLA 4BRAA 3VGKA 3ID8A 3UKRB 2E20A 3IFRA 4J8FA 1Z05A 5LY3A 2H3GX 5KPRA 4CZIA 3QBWA 2A42A 2CGJA 2ZGYA 3MCPA 2AA4A 2ZWHA 1ATNA 2QWNA 4QS9A 4QS8A 3H3NO 3LL3A 2YJFA 4PL8A 3I33A 3VGLA 4A2BA 2IVPA 5BREA 4WQ5A 4YDUC 2D4WA 3ZETA 2P9KA 4F9OA 4K43A 3VEWA 4BG9A 4GY2B 4B1ZA 1TYQB 4MLEA 5KQ8A 3BP8A 2DPNA 3UKUA 3A5OC 1HUXA 2AP1A 4FWSA 5EY4A 3CJAA 3U4LA 1H1VA 3ZETB 4A61A 4BGBA 1R59O 2P9KB 2A6AA 1NGGA 3IUCA 2P9PA 4E1JA 1DKGD 3L6QA 4DHYA 4O8KA 1HJOA 3FLCO 3UKUB 2E2PA 1BU6O 2E1ZA 4EAHD 2OANA 3WXIA 4WQ4A 1QZ6A 1E4FT 3AAQA 2FSNA 2D1KA 2E1YA 2Q0UA 1YVNA 3CJ9A 2Q1NA 4NB4A 4ISGA 1ZXOA 3D2FA 4RWTA 3JXUA 1GLBG 1MDUB 1IG8A 3D2EB 2GTDA 3QICA 4BRHA 1BDGA 3O5BA 4H0VB 4H0OA 4BQZA 3DXKB 1Z6RA 5B8HA 3VEZA 1S22A 2D0OA 4H5WA 5LJWA 3CJCA 2YI1A 3TU5A 3H46O 5AQUA 4H5TA 3HBTA 1HKGA 1RDWX 2BTFA 3CQXA 4DQ8A 3L0QA 5AQIA 3QFPA 1SAZA 4H0TB 1HKBA 5KQDA 4CZEA 1NGBA 3HM8A 3SLCA 2QM1A 3VEYA 5AQPA 1BA0A 1OKJA 4JNEA 4PKHA 1JCFA 3O80A 2ITMA 4Y0WA 3LDLA 5KPTA 3M1FA 5JLFA 4ISEA 4QS7A 3R9PA 3ZX2A 4CZJA 3O1WA 1BWFO 4BRMA 3P4IA 2P9NA 4FWKA 1E4GT 1HLUA 3ZX3A 1BG3A 4BRLA 1WUAA 5AQKA 2HMPA 3HSCA 4CBWA 4AM7A 4M7YA 1BUPA 1IJJA 1NM1A 5ELZA 5BN9A 1NMDA 5AZIA 1YUWA 3VPZA 3ENHA 3VF2A 4JHDA 2KHOA 4H0XB 2V52B 3C0BA 5BRHA 1GLDG 1NBWA 3U9ZA 4BREA 4RCHA 5F1XA 3R8EA 3BEXA 1RFQA 2HF3A 2V7ZA 3R6MA 4BR9A 3U9DA 4JHDB 3SJHA 3H3OB 3IDHA 4EFHA 2PAVA 2QWPA 4JAXA 3WQTA 5AR0A 3J8AA 4BR7A 1U2VA 3LDQA 1KAYA 5FPMA 3O4WA 1ZBSA 2QWRA 3LDOA 3CIPA 3IMXA 1K8KB 2P9SB 4H5NA 1HX1A 2BUPA 2W41A 3GBTA 3ZEUB 2GELA 3DAWA 3KHYA 1HPMA 2Q36A 1G99A 1NGDA 2Q2RA 2FF6A 1XQSC 4CZGA 4I6MA 4DCHA 3OHRA 2IVOA 1XUPO 1DGKN 3O08A 4WYBA 2YHYA 3GOIA 3WQUA 3SK3A 2IIRA 4EHTA 1T6DA 3U8XA 4BR0A 3WXJA 3D7EO 3EO3A 3S41A 1YAGA 5FPEA 2ASOA 4K41A 4FWQA 3LDPA 2VYPA 4CZMA 1C0GA 5KPZA 4BGAA 3DXMA 4MLHA 4CD3A 5CE3A 3MN9A 3SMPA 1MWMA 3VEVA 3FZKA 1NGJA 1KAZA 3MN7A 3WT0A 5AQGA 1ZC6A 2F9TA 4MO4A 3LM9A 2F9WA 2QW9A 4IJNA 2ZGZA 4FSVA 4XH4A 3A5MC 4BG8A 5AZJA 2P9PB 3GE1A 5EVZA 2GWJA 4B9QA 4HWIA 1QQMA 5FPNA 4CZFA 1LOTB 2FF3B 3CQYA 3O8MA 2A5XA 1S3XA 1C0FA 4BVOA 1T6CA 1X3NA 4Z94A 3SMSA 3VESA 3D2FB 2E88A 3EKUA 2VWBA 1GLJO 1BA1A 5AQTA 3VF6A 1LCUA 3EL2A 2HF4A 4RTFD 3L4IA 3CJ7A 2A40A 4IXCA 4BRCA 3W0LA 3WEEA 1Y64A 4FOEA 1KXPA 5AQRA 1U6ZA 3BUZB 4HTLA 5E84A 5BPMA 2CGLA 3HI0A 1NWKA 5EXWA 5JICA 1X3MA 2HOEA 4BQLA 2I7PA 4GNIA 2Q0RA 4PL7A 2A3ZA 1EQYA 4BRPA 3EZWA 3RSEA 1QQNA 3CJ1A 2QWLA 4FWPA 1SQKA 4CBXA 1GLFO 1T44A 1Q18A 4FO0A 4DB3A 2P9UA 2P9NB 3FZHA 3RSEB 5BR9A 3ULEA 3M6GA 5BRDA 4KBOA 1NGIA 5F2RA 4L3QA 1V4SA 2GUPA 4B1XB 5AQVA 4B1WB 1GLAG 2P9LA 3FE1A 3C7NA 5AZIB 4WQ5C 3KZBA 3I8BA 1V4TA 1HKCA 4JD2A 1NGCA 1JCEA 4FL9A 4CZKA 2UYTA 4AM6A 3M3ZA 4BR2A 3MN5A 3QMLA 4EIAA 1QZ5A 3G25A 3A8YA 1GLLO 1NGHA 5LJVA 3CJBA 5BPNA 2CH5A 4FWNA 3MDQA 4H0YB 1MA9B 3QFUA 4NO7A 4BRNA 3ZX0A 3GL1A 4BC4A 3W3DA 5AFUA 3LM2A 1U2VB 2QWOA 1CZAN 4JN4A 2E2QA 5AQYA 3MN6A 4M63C 3MK6A 4BRFA 1J6ZA 4WQ4C 5EOYA 3VEXA 3A5LC 4FWLA 3ATUA 3UKRA 3VF4A 3A5NC 1WOQA 4FWMA 4BRGA 2ZF5O 2YHWA 3CERA 2EWSA 5EX5A 4BC5A 1SZ2A 4BC3A 5JMVA 2NLXA 3UB5A 1GLEG 3FFKB 1D4XA 4CJ7A 2ASMA 3BF1A 5AQLA 2YCHA 4CBUA 2E8AA 5AQOA 5AQHA 4I6MB 4PKIA 4CD1A 2I7NA 3VGMA 2QWQA 1KAXA 1MWKA 5AQJA 5I9EB 2E2OA 4H5RA 1QHAA 4ISFA 1BO5O 5AQSA 2YJEA 1TYQA 5AQFA 1P8ZA 2QXLA 2ASPA 4O5FA 4FOIA 4FPAA 3DXMB 3FZFA 2Q97A 3MMVA 4M7XA 4XH5A 4CZLA 3VOVA 2YHXA 4FWRA 3FR0A 2GEMA 2VCPA 3B8AX 1XC3A 3BF3A 3LDNA 1ESVA 4H03B 1JCGA 3EN9A 5AFUH 3H1VX 4H5VA 4XEIA 5JLHA 5AQMA 1YXQA 4B1UB 1NLVA 2Q31A 1TUYA 2J4RA 5AZJB 5AQWA 3VERA 1NGFA 3GG4A 3CI5A 5F0XA 3O6WA 4K42A 3WXKA 2W40A 4K25A 2V7YA 3D2EA 3QBXA 3H1QA 3EKSA 3AY9A 4BRQA 2NZTA 3FGUA 3DXKA 4PKGA 1ATSA 2QWMA 3HZ6A 2A41A 3TPQA 5FPDA 4BRDA 4YDUA 4B1VA 2P9IA 3H45C 2D0PA 2FLOA 4BR4A 4LC9B 4MO5A 3WEEB 3DWLA 4IJAA 4C23A 5BN8A 2P9IB 4BVPA 1NGEA 2IVNA 4H0PA 3UE5A 3VETA 1ATRA 2WUSA 3DJCA 2PBDA 5AQXA 3AARA 5ADXA 3FZMA 3AAPA 1GLCG 4CI6A 1RGIA 3O1BA 1BOTO 3QDKA 4FWOA 2GWKA 3WUHA 2CGKA 2P9UB 4FPBA 4IO8A 4BROA 5BRFA 3KVGA 3ULEB 3A0IX 4IWVA 3ENOA 3WXLA 3F9MA 2P9LB 4BC2A 4BRIA 2E2NA 3C7NB 1DEJA 3FZLA 4CZHA 3VENA 1QQOA 3HTVA 5TKYA 4B1YB 3H6EA 4JD2B 4BRKA 3QB0A 4BR5A 2CH6A 5AQQA 4A62A 1K8KA 2P9SA 5AQZA 4EHUA 1NGAA 3GDQA 4A2AA 3CHWA 3JS6A 2FXUA 1TUUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V9ZA 2X78A 4K8XA 3ATVA 2NRHA 1HYSA 3ASMA 5E26A 3G0ZA 3V1OA 3S5TA 1VQ7N 4E3SA 3UKRB 4J8FA 1BL3A 1YHQN 3HT3A 3D0PA 2QXFA 5KPRA 5FLXO 1Q86O 3VQPA 2P1JA 1JLAA 4LF9K 2HVHA 2QWNA 4QS9A 2O8BB 3LL3A 3HK2A 3I33A 3VGLA 2EHGA 4A2BA 3LPUA 3VMFB 5BREA 2RN2A 3AV9A 3LP0A 3SAHA 3RMAA 4GV3A 1SS6A 3O3GA 3UIQA 3OYGA 4CGDA 1VQKN 1HUXA 3THYB 1LW2A 2P9KB 5C2FA 1NK9A 3M8RA 4DV4K 4O8KA 3UKUB 1NKEA 1JXEA 3L2QA 1K73O 4JI7K 4IDHA 2D1KA 2E1YA 2EX3A 3CJ9A 4NB4A 4DQSA 1ZXOA 4M3WA 3E66A 5GAEP 3PV8A 3NH2A 4M3RA 1IG8A 4CEQA 1REVA 1TGOA 2HBKA 2GTDA 4FJKA 4BRHA 4CFAA 4CHOA 1BDGA 3O5BA 4H0VB 4BQZA 4FJ7A 1Z6RA 3JYTA 3OYNA 4H5WA 2RF2A 3CJCA 3TU5A 5AQUA 4H5TA 4JEPA 2ATQA 1EWQA 1RDWX 2BTFA 4C8LA 4F2SA 1X1PA 2W42A 1SL1A 2OPSA 5AQIA 2BH1A 1HKBA 4CZEA 1HRHA 3HM8A 3SLCA 2O8EB 1BA0A 4B8CA 3K9JA 2ITMA 3ZX2A 2ZQBA 4R79A 5AJ3K 3P39A 2XY6A 4FK0A 4CW7B 1WSJA 2P9NA 4FWKA 4DR5K 1D5AA 4KV8A 2HMPA 1RBSA 4M7YA 4BDPA 1UA0A 1IJJA 1NM1A 3NF6A 5ELZA 4KO0A 4FM2A 1L3TA 4DQPA 1DT9A 2D5RA 3C0BA 5BRHA 4DFJA 4V19S 5HLFA 4AILC 4CF8A 1YI2N 4FCYA 3M8SA 3ZSZA 4JHDB 1KFSA 4CIGA 3C6HA 2HBLA 3IDHA 2D0AA 2PAVA 2E4LA 3K59A 3HSTB 1ZBLA 5AR0A 3LWLA 3EYZA 2OYQA 4LF8K 4CEDA 3LDQA 1R0AA 1XNRK 3EE9A 4KHWA 1ZBSA 2QWRA 3K5MA 1BI4A 2O8DB 1UWBA 4DLEA 4EZ6A 4JI2K 4NXMK 1D9DA 4BE7B 3DAWA 4DV3K 3KWIA 1NOYA 4HVJA 4JI8K 4CZGA 1L5UA 3PX6A 4C1NI 2YHYA 2IIRA 3WXJA 1T8EA 3D7EO 3EO3A 4OPKA 4DR4K 3VQ6A 5KPZA 4BGAA 4OPJA 1MWMA 4QOZB 4JI6K 1IKVA 3QINA 3MAQA 3MN7A 4CJKA 4IFEA 1ZC6A 4JKAA 4MO4A 5AQGA 2Z1HA 2E5LK 1YF5L 1BCMA 4XH4A 5JVGL 3A5MC 1KQSM 4KHSA 1N8RO 4B9QA 1VQON 3AGKA 5FPNA 3AO3A 4IOCL 3CQYA 2D0CA 3E01A 1S3XA 4CE9A 4YOUA 4FZZA 3D6RA 1A5VA 3JAMO 2Y1JA 2HSTA 4IEEA 5GINA 3LP2A 2E88A 2VWBA 4WCEL 1BA1A 4Y1CA 4JKHA 3H08A 3LWMA 4RTFD 3L4IA 2A40A 4H4OA 3BUZB 2QK9A 4HTLA 4M3TA 1ZYQA 4JKGA 1S9EA 2X6NA 3HI0A 5EXWA 5JICA 1S1WA 4E0DA 3ZT2A 4BQLA 2I7PA 1QQNA 2VG5A 4CBXA 1T44A 1Q18A 4NYNA 5CZ1A 3NCIA 3LP3A 2P9NB 4E7LA 3F2KA 3R1XA 3ULEA 3TAQA 1NGIA 4L3QA 4B1XB 4JI0K 1VK0A 4YOTA 3TSPA 3KZBA 3FFIA 3I8BA 3LZJA 3HXMA 2XO7A 4CZKA 3SUPA 3CXCM 5C42A 3QMLA 4QAGA 4EIAA 3CJBA 3V1QA 2YV0X 3QFUA 1BHLA 4NO7A 4TSXA 1JL2A 4M63C 5HL7L 4CECA 3SQ2A 4WQ4C 1TKXA 2QTDA 1Q9XA 3VQ5A 4FWLA 1WOQA 4BRGA 2ZF5O 2YHWA 3CERA 3E9LA 4BC5A 4BC3A 3L8BA 3UB5A 3FFKB 3PIOL 2ASMA 4OGCA 4CBUA 3AVCA 5AQOA 4CD1A 2I7NA 3THWA 3VGMA 2QWQA 4KI4A 3PUFA 1KVAA 3C6UA 1DLOA 1QHAA 1N32K 3R3LA 2UXDK 2IOCA 2YJEA 3TTDA 5AQFA 3HJFA 4FZYA 3ZSYA 1VQLN 4FOIA 4FPAA 4CJ3A 2GEMA 1Z25A 3B8AX 1HNZK 4KHNA 1TKTA 3LDNA 4AHVA 1ESVA 4H03B 5DM7L 3V9UA 3H1VX 4H5VA 4XEIA 1QHTA 1C6VA 1FW6A 1VQMN 3U3GA 4F8RA 1NLVA 2Q31A 1TUYA 4ELTA 2HMIA 5HRNA 4ID5A 4JRPA 4Z4GA 1FK9A 1RNHA 3O6WA 2W40A 3D2EA 2B6AA 3CCSN 3C95A 3ZT3A 1ATSA 4WE1A 2IGIA 4ILGB 3VQDA 3HPOA 1KLNA 1K9MO 4YDUA 4DTUA 2P9IA 1RT3A 2D0PA 3QNNA 4O55A 3L2RA 5KRSA 3CC7N 3V6DA 3SI6A 3DWLA 2HHHK 1LAVA 1JXBA 3L2UA 4H0PA 4JKGB 4LD0A 4Y1DA 4PA1A 3U3YA 5ADXA 3T1AA 4BE2A 1GLCG 1TKDA 1FKOA 4CI6A 1Q81O 1NK4A 3OA9A 3QDKA 4Z4CA 2CGKA 1M90O 1QSSA 2G8VA 2HHQA 3VQQA 4BROA 3KVGA 1RTIA 3ULEB 2QI2A 4BWJA 3IS9A 4CF1A 1P90A 3CCMN 3ENOA 2RPIA 4CGFA 4DV1K 4BRIA 3THXA 4CZHA 4AHCA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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