2V52B

Structure of mal-rpel2 complexed to g-actin
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
373
structure length
360
Chain Sequence
DETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis for G-actin binding to RPEL motifs from the serum response factor coactivator MAL.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
molecule tags Structural protein/contractile protein
total genus 123
structure length 360
sequence length 373
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v52B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v52B02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2v52B03
1NGEA 2E2QA 4FWKA 3FZHA 1R59O 2FF6A 2D4WA 4DB3A 4ISGA 1HX1A 4CZLA 4QS7A 5AQSA 4AM7A 3DXKB 2ITMA 2FF3B 2ZWHA 1RFQA 5KQ8A 1T44A 4PL7A 4BR0A 3HBTA 4JAXA 1NM1A 4ISFA 4JHDA 4MLEA 1X3NA 1BDGA 3VERA 3CI5A 4B1UB 4FPAA 1HKGA 1MDUB 3BP8A 1NGCA 4IZ9A 4KBOA 5AQUA 3GBTA 1V4SA 3O1BA 4FWMA 4BC4A 4BRIA 1HKCA 4EFHA 3DXKA 2VCPA 2BUPA 4O5FA 4K41A 4B1ZA 4BRDA 3WUHA 3FLCO 4BR7A 1QHAA 3AARA 3KHYA 3IDHA 2UYTA 2HMPA 4FWNA 4CZMA 5ELZA 2F9WA 3J8AA 3O08A 1QQNA 5AQJA 5I9EB 4BC2A 4H5VA 2P9NB 3CETA 5AQPA 1LCUA 2A41A 2YJEA 2Q2RA 3WT0A 3GE1A 4FWRA 4H5RA 3MDQA 5AR0A 5AZIB 4H0YB 5KPRA 4B1WB 3L0QA 3LDNA 1NGDA 4BR2A 3FZKA 3H3OB 4A2BA 1HPMA 1ZC6A 3FZFA 4CZJA 1EQYA 3LDLA 4MO5A 1G99A 5E84A 5EOYA 3LDQA 1ATNA 1T6DA 3AAQA 3KVGA 3QB0A 3A5OC 3ATUA 4CI6A 3A0IX 4AM6A 4FWQA 4BC3A 1RDWX 3QICA 1KAZA 4JD2B 2P9NA 1C0FA 1QZ5A 2EWSA 1MWMA 3HI0A 2D1KA 1HLUA 2QW9A 4BRGA 2E2NA 3HM8A 3VETA 5BRHA 5AZIA 3ENHA 3MN6A 4FL9A 1NBWA 3D2EB 2ZF5O 3MN7A 1YAGA 4K42A 4H5NA 3IFRA 3FE1A 2E20A 2D0OA 4ISEA 4IJAA 4FOEA 1IJJA 1IG8A 1X9JA 5AQIA 5AQOA 3DWLA 3TU5A 4FWLA 1BA0A 2P9IB 4BRCA 3AAPA 3VENA 3EN9A 4BRFA 2FSKA 3QFUA 4BRAA 5BPNA 4A61A 2ZGYA 4PKGA 2BTFA 3I8BA 4JD2A 5EVZA 5E26A 2A5XA 1D4XA 2V7YA 5AQWA 4NO7A 4MLHA 4J8FA 4QS8A 4WQ5A 3O4WA 1BWFO 3KZBA 4C23A 5KQDA 1HKBA 4IJNA 1U6ZA 4B1VA 3RSEB 5LJWA 4NB4A 3D2EA 2GUPA 1DKGD 3H45C 1P8ZA 4Y0WA 1NLVA 3W3DA 2FXUA 3CJCA 4CZFA 1GLBG 2QXLA 4H0VB 4EAHD 1DEJA 3IUCA 3LM2A 3VGMA 5FPDA 2P9IA 3HSCA 2E8AA 2P9PA 5AQGA 2V51B 3LDOA 4CD3A 2HF4A 2IVPA 3ZX2A 2Q0UA 3EL2A 4EIAA 3QBWA 5AFUH 2YHXA 1SAZA 4BRNA 5AFUA 1JCEA 1X3MA 3DXMB 3CJ1A 4A2AA 5F0XA 5F1XA 1U2VB 5EX5A 1Y64A 1E4GT 2P9SA 5AQHA 1V4TA 3BUZB 2A6AA 2A42A 3ULEB 2P9LB 2YCHA 3M1FA 2V7ZA 3EKSA 4JN4A 3O1WA 3ZETB 3VGLA 4XEIA 4A62A 4H5WA 1QZ6A 2P9UB 2QM1A 1GLFO 1JCFA 3CJAA 3R6MA 4EHUA 3VPZA 5BR9A 4BRLA 4WQ4A 1TYQB 2YHWA 4CD1A 1SQKA 1GLLO 3D2FB 5AZJB 3WQUA 3SMPA 3VESA 5F2RA 3CQYA 5AQXA 2H3GX 4FSVA 1WOQA 3SMSA 4YDUA 3DXMA 4BRKA 1Q18A 2IVOA 5AQKA 1XQSC 1U2VA 5KPTA 2P9KB 5AQYA 3VF4A 1Z05A 3U9DA 3F9MA 4DCHA 3ULEA 1ZBSA 4M63C 1BU6O 2ASPA 3VF2A 4L3QA 2DPNA 5FPMA 3CJ9A 2YHYA 4HWIA 2P9UA 4BROA 3EZWA 1GLJO 3LM9A 2GTDA 2Q1NA 3VEWA 3ENOA 3BF1A 2CH6A 3HTVA 1TYQA 3G25A 2NZTA 3JXUA 5AQZA 5BPMA 1K8KB 3D2FA 5AZJA 1KAYA 4BRMA 1ZXOA 2FSNA 4DQ8A 1NGGA 4FWPA 5LY3A 3CERA 2GELA 5AQVA 3C7NB 3H3NO 2P9KA 3QDKA 2GWKA 5KPZA 3AY9A 1KXPA 3DJCA 1GLCG 4PL8A 2PAVA 3WEEB 4FWOA 4H0OA 1BOTO 4EHTA 2WUSA 3FZMA 3WXIA 4BG8A 5BPLA 2Q97A 1E4FT 2E2OA 3ZEUB 4BVOA 4K43A 4RWTA 4GNIA 3VOVA 3O80A 4XH1A 1NGIA 4BR4A 5JLFA 3L4IA 3H6EA 3BF3A 3A5LC 3ATVA 1NGBA 1YXQA 3H1VX 4B1XB 5B8HA 2HOEA 4CBXA 3FZLA 1BUPA 1KAXA 3CJBA 3A5NC 3MCPA 5FPNA 3C7NA 1S22A 1DGKN 5JICA 3CJ7A 2VWBA 1C0GA 3BEXA 4FOIA 3VEXA 2AA4A 1NGFA 5AQNA 3WEEA 2CH5A 1NGJA 2I7NA 2YJFA 1J6ZA 4CZEA 4WQ5C 4XH5A 3ZEUA 2FSJA 2NLXA 3U9ZA 3DAWA 5EXWA 4CZKA 3C0BA 5EY4A 4CJ7A 2QWRA 1NGHA 3SJHA 3D7EO 2Q36A 4CBUA 3CIPA 3M6GA 4M7XA 3VEVA 4M7YA 4B1YB 1MA9B 2OANA 1ATSA 3H46O 4CBWA 2QWPA 2E2PA 3UE5A 3EKUA 4RCHA 4Z94A 3QBXA 1H1VA 3VEOA 3RSEA 2E88A 1YUWA 3WXLA 1NWKA 2HF3A 4H0XB 1GLAG 1BO5O 1OKJA 4IXCA 2PBDA 2QWMA 1GLEG 4BR5A 1GLDG 4BG9A 5AQTA 4B9QA 1YVNA 3JS6A 3LL3A 3QFPA 2QWNA 4BGAA 5JMVA 1NGAA 5AQFA 2Q0RA 4BQZA 5CE3A 5BN8A 4WQ4C 3SK3A 5BREA 3SLCA 3OHRA 1HUXA 2NRHA 3ID8A 3VF6A 1MWKA 1Z6RA 3IMXA 4XH4A 4YDUC 3MN5A 2A3ZA 4H03B 4IWVA 2J4RA 4RTFD 5BRDA 2P9LA 3HZ6A 1TUYA 3EO3A 2CGKA 4H0PA 2A40A 3S41A 3ZETA 4MO4A 3UB5A 4JNEA 3MK6A 4BGBA 4PKIA 5AQQA 4CZIA 3LDPA 4FO0A 3O8MA 2E1ZA 2VYPA 3ZX3A 3GOIA 1ATRA 4BREA 2E1YA 3UKUB 4E1JA 4I6MB 3B8AX 3MMVA 4PKHA 3CHWA 2ZGZA 5LJVA 5FPEA 3O5BA 3M3ZA 4HTLA 1CZAN 2ASMA 4FPBA 3MN9A 1XC3A 3U8XA 5TKYA 5BRFA 1LOTB 2GEMA 3L6QA 2W41A 2IVNA 3H1QA 1RGIA 3GG4A 2IIRA 5AQMA 2V52B 3TPQA 3GDQA 2Q31A 1XUPO 2D0PA 4K25A 3UKRB 3W0LA 2QWOA 5AQLA 4LC9B 4F9OA 1NMDA 4CZHA 2AP1A 3U4LA 5JLHA 1K8KA 4BRPA 3GL1A 1QQOA 3FGUA 2CGLA 2KHOA 3R9PA 4BRHA 3UKUA 4FWSA 2ASOA 4I6MA 4BRQA 3FR0A 5ADXH 3WXJA 2GWJA 1QQMA 2W40A 5AQRA 5ADXA 4GY2B 4BVPA 1TUUA 4BQLA 4H0TB 4BR9A 3VEYA 3ZX0A 3VGKA 4DHYA 1BA1A 1JCGA 1SZ2A 1BG3A 2I7PA 2P9PB 1T6CA 2QWQA 3FFKB 4WYBA 4IO8A 3CQXA 2F9TA 3UKRA 3WQTA 3VEZA 4H5TA 1ESVA 3R8EA 2QWLA 2YI1A 4JHDB 4QS9A 4O8KA 5BN9A 3A5MC 1HJOA 3WXKA 3QMLA 3P4IA 1S3XA 3I33A 2CGJA 4BC5A 4CZGA 2FLOA 2P9SB 3A8YA 3O6WA 1WUAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVMA 1N32K 1X9MA 4FWKA 2FF6A 2D4WA 4M45A 1VQON 3ZSXA 3VQ6A 2ZWHA 3MWTA 5KQ8A 2FC0A 4JAXA 3T1YK 3MWPA 3DLKA 4W5NA 1VSMA 3MXMA 2X78A 4JHDA 3CCMN 3UIQA 1XHZA 3JSMA 3OYEA 4CFBA 1HKGA 4JRPA 3T1HK 1K73O 4CF0A 4ID1A 3PIPL 1LV5A 4BC4A 4E89A 4W5QA 1TL1A 4JK8A 3KLEA 4E7LA 4BRIA 2BUPA 4WFNL 4X66K 2O8DA 4K41A 3WUHA 2I5JA 4CK2A 4BR7A 1T05A 2O8CB 3T7ZA 3L3UA 2UYTA 5I3UA 2HMPA 2FBXA 5ELZA 2YNFA 3O08A 3PV8A 4C1NK 5I9EB 1WSFA 3L2UA 2YJEA 3F9KA 2Q2RA 3AVLA 1NJWA 1TKXA 4FWRA 3WXMB 4FJ8A 1DTTA 3MX2A 4F3OA 3LDNA 2PZSA 3AVNA 4KHYA 1HPMA 3HL8A 4CERA 4CZJA 4HCCA 1Z25A 1G99A 5E84A 3TSQA 4DV5K 3LDQA 1ATNA 4OVLA 1QHTA 3A0IX 4DTUA 4JLHA 4FWQA 3QICA 3SPYA 4AQYK 2KQ2A 5KI6A 1X1PA 1W97L 3HM8A 3SQ1A 1C1AA 2HHVA 5AZIA 3QEVA 3MN6A 4FZYA 3EE9A 3MN7A 4DR4K 4DV6K 3FE1A 2E20A 5HRRA 2D0OA 1B92A 4ISEA 4IJAA 5AQOA 3S3MA 3DWLA 1Q7YO 4GV6A 1S6PA 3BGRA 3EN9A 1TK5A 2HHWA 4KTQA 4KH4A 2ZGYA 2BTFA 3SV4A 4KPYA 2A5XA 3AVKA 2F4VK 4CJ4A 2HHIA 1QE1A 1B9DA 3KZBA 4KHWA 3ZT4A 1HKBA 4IJNA 2OTLN 3D2EA 2GUPA 4Y0WA 3KLFA 4EAHD 4LF4K 5AQGA 2V51B 1EETA 2OPRA 4AHRA 2E5LK 3EL2A 1EX4A 2XHBA 2Y1IA 3CCJN 5AFUA 4E7JA 1VQ8N 4E7HA 3DXMB 3CJ1A 5F0XA 5F1XA 4DWIA 5J2NA 1Y64A 4ID5A 3MEGA 4FZZA 5J1EA 4CJFA 1YTUA 4CIEA 3SUNA 3S3OA 2YCHA 3M1FA 3EKSA 1C1BA 1BCOA 1LWEA 1VQMN 1DTQA 2P9UB 1JLCA 4EHUA 2VQFK 4WQ4A 3ZLJA 4PY5A 1SQKA 1GLLO 4JS4A 3VESA 1HPZA 4J2BA 4CF2A 3L2RA 1IKXA 2H3GX 4FSVA 3SMSA 2C1GA 4BRKA 2FBVA 2IVOA 5AQKA 3CMAN 1U2VA 1VK0A 5AQYA 3VF4A 4EP4A 2HHSA 3D45A 3U9DA 4FM2A 3SZ2A 4Z4FA 4E1NA 3C6TA 4M63C 2DPNA 2JWLA 4DFKA 4Z4CA 5GAHP 1GLJO 1RBVA 3SYZA 2CH6A 3LALA 4FM1A 4M3TA 3G25A 4B3MK 2O8FB 1K8KB 2O8CA 3RTVA 1ASVA 1D9FA 3NMUA 1ZXOA 1S9GA 4R5PA 3LAMA 4DTJA 1NGGA 3E9PA 1YJNN 3SI6A 4FJLA 4M3WA 5JENA 4HCBA 5KPZA 5KTQA 2WC9A 1GLCG 1N36K 5AJ3K 3E01A 2RHKA 3AV9A 3NF7A 3THXB 4A57A 1RDCA 2E2OA 1BISA 3QLHA 4BVOA 3LZJA 1KFSA 4OPAA 4HUEA 1ZBFA 3CPEA 5M1PA 3A5LC 3ATVA 2HW3A 2O4GA 3G71N 5JVHL 3H1VX 4DQQA 5H1SQ 4KAZA 1KAXA 4ILGB 1HNVA 1W0HA 3A5NC 3MCPA 1S22A 2VWBA 1I39A 3H08A 3KD5E 3VEXA 1RBTA 2AA4A 5AQNA 3HP9A 1JLAA 2I7NA 2YJFA 1BHLA 3B6PA 3ZEUA 2UUAK 4CZKA 4RG8A 3KLGA 1NKCA 4LD0A 2B6AA 2NNWA 1YJ9N 4CJ7A 3DOLA 3SBTA 1HYSA 2E6MA 3D7EO 4B8CA 2D0CA 3CCUN 3EE8A 1WLJA 2Q36A 3NDKA 4E3SA 3QEWA 5IWAK 4LF5K 4FLYA 4WCEL 2OANA 5HL7L 4FLXA 3EY1A 4CBWA 1RT4A 4CJPA 3PX6A 2HHTA 3V9ZA 3CC2N 1HNWK 1WAFA 3G10A 3VEOA 1RNHA 4CW7B 2E88A 3WXLA 4ICLA 3DRPA 4O4GA 1TVRA 1CXUA 4CF8A 2DFHA 1S6QA 3L2VA 2HVHA 3EEQA 3DLGA 2Z1JA 2QWMA 4M3RA 3ZT3A 2JWKA 3L3VA 2ZD1A 4LH5A 2QWNA 5C24A 4IDKA 4NCBA 1NGAA 4PUOA 4IDHA 4CEBA 4BQZA 2XY6A 1HUXA 2QEXN 1M1KO 4DTRA 4PWDA 4IEEA 5M1KA 3K5MA 2ITGA 2HHHK 3EO3A 4DKWA 3S41A 1EO1A 3UB5A 4JNEA 3QIPA 1KFDA 5AQQA 4ELTA 2OYQA 4W5OA 1RCHA 2ZQBA 4KHUA 4R79A 2VQEK 4I9LA 2VYPA 1ATRA 2E1YA 4E0DA 1N33K 5HRNA 3B8AX 1WN7A 4PKHA 5MLCQ 2XY8A 5FPEA 3K2PA 1JKHA 3K5OA 3M3ZA 3MN9A 5TKYA 3P5JA 3L6QA 4FJ9A 4QCLA 1TV6A 1VQ7N 4CFAA 1B9FA 2IIRA 5AQMA 2V52B 3KIOA 1XNQK 4GV3A 3M5RA 5AQLA 3NHGA 2W42A 1W7AA 1RTDA 2HBJA 1ITGA 1NNEA 4DQRA 1K8KA 3THYB 3GL1A 4KO0A 2KHOA 3TR8A 4OKJA 4GKKK 3CPWM 3LAKA 4HVJA 5AQRA 5ADXA 1WNSA 4V19S 1VSDA 1OH7A 4CEAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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